@nahisaho/satori 0.20.0 → 0.22.0

package/src/.github/skills/scientific-clinical-standards/SKILL.md

@@ -0,0 +1,444 @@
+---
+name: scientific-clinical-standards
+description: |
+  臨床標準用語・コードマッピングスキル。LOINC 臨床検査コード・
+  ICD-10/ICD-11 疾病分類・FHIR R4 リソースマッピング・
+  SNOMED CT 用語変換・臨床用語相互運用パイプライン。
+tu_tools:
+  - key: loinc
+    name: LOINC
+    description: 臨床検査用語標準コード体系
+  - key: icd
+    name: ICD
+    description: WHO 国際疾病分類 ICD-10/ICD-11
+---
+
+# Scientific Clinical Standards
+
+LOINC / ICD / FHIR / SNOMED CT を統合した
+臨床標準用語コード検索・マッピング・相互運用パイプラインを提供する。
+
+## When to Use
+
+- LOINC コードで臨床検査項目を標準化するとき
+- ICD-10/ICD-11 で疾病分類コードを検索するとき
+- FHIR R4 リソースに臨床データをマッピングするとき
+- 異なる用語体系間のコード変換を行うとき
+- 電子カルテ (EHR) データの標準化パイプラインを構築するとき
+- 臨床データウェアハウスの用語統一を行うとき
+
+---
+
+## Quick Start
+
+## 1. LOINC コード検索
+
+```python
+import requests
+import pandas as pd
+
+
+LOINC_FHIR = "https://fhir.loinc.org"
+
+
+def loinc_search(query, max_results=20):
+    """
+    LOINC — 臨床検査コード検索 (FHIR API)。
+
+    Parameters:
+        query: str — 検索クエリ (検査名/コード)
+        max_results: int — 最大結果数
+    """
+    url = f"{LOINC_FHIR}/CodeSystem/$lookup"
+    params = {
+        "system": "http://loinc.org",
+        "code": query,
+    }
+
+    # まずコード直接検索
+    try:
+        resp = requests.get(url, params=params,
+                            timeout=30)
+        if resp.status_code == 200:
+            data = resp.json()
+            params_list = data.get("parameter", [])
+            result = {}
+            for p in params_list:
+                result[p["name"]] = p.get(
+                    "valueString",
+                    p.get("valueCode", ""))
+            return pd.DataFrame([result])
+    except Exception:
+        pass
+
+    # テキスト検索にフォールバック
+    url = f"{LOINC_FHIR}/CodeSystem"
+    params = {
+        "_text": query,
+        "_count": max_results,
+    }
+    resp = requests.get(url, params=params,
+                        timeout=30)
+    resp.raise_for_status()
+    data = resp.json()
+
+    entries = data.get("entry", [])
+    rows = []
+    for entry in entries:
+        resource = entry.get("resource", {})
+        rows.append({
+            "code": resource.get("id", ""),
+            "name": resource.get("name", ""),
+            "title": resource.get("title", ""),
+            "status": resource.get("status", ""),
+        })
+
+    df = pd.DataFrame(rows)
+    print(f"LOINC: {len(df)} results for "
+          f"'{query}'")
+    return df
+
+
+def loinc_code_detail(loinc_code):
+    """
+    LOINC — コード詳細取得。
+
+    Parameters:
+        loinc_code: str — LOINC コード
+            (例: "2160-0" = Creatinine)
+    """
+    url = (f"{LOINC_FHIR}/CodeSystem/"
+           f"$lookup")
+    params = {
+        "system": "http://loinc.org",
+        "code": loinc_code,
+    }
+    resp = requests.get(url, params=params,
+                        timeout=30)
+    resp.raise_for_status()
+    data = resp.json()
+
+    detail = {"loinc_code": loinc_code}
+    for p in data.get("parameter", []):
+        name = p.get("name", "")
+        value = p.get(
+            "valueString",
+            p.get("valueCode",
+                  p.get("valueBoolean", "")))
+        detail[name] = value
+
+    print(f"LOINC {loinc_code}: "
+          f"{detail.get('display', 'N/A')}")
+    return detail
+```
+
+## 2. ICD-10/ICD-11 疾病分類検索
+
+```python
+ICD_API = "https://id.who.int"
+
+
+def icd11_search(query, max_results=20,
+                   language="en"):
+    """
+    ICD-11 — WHO 疾病分類検索。
+
+    Parameters:
+        query: str — 検索クエリ (疾病名)
+        max_results: int — 最大結果数
+        language: str — 言語 (en/ja)
+    """
+    url = (f"{ICD_API}/icd/release/11/"
+           f"2024-01/mms/search")
+    headers = {
+        "Accept": "application/json",
+        "Accept-Language": language,
+        "API-Version": "v2",
+    }
+    params = {
+        "q": query,
+        "subtreesFilter": "",
+        "flatResults": "true",
+    }
+
+    resp = requests.get(url, params=params,
+                        headers=headers,
+                        timeout=30)
+    resp.raise_for_status()
+    data = resp.json()
+
+    results = []
+    for item in data.get(
+            "destinationEntities", [])[:max_results]:
+        results.append({
+            "code": item.get("theCode", ""),
+            "title": item.get("title", ""),
+            "chapter": item.get("chapter", ""),
+            "score": item.get("score", 0),
+            "id": item.get("id", ""),
+        })
+
+    df = pd.DataFrame(results)
+    print(f"ICD-11: {len(df)} results for "
+          f"'{query}'")
+    return df
+
+
+def icd10_to_icd11_mapping(icd10_code):
+    """
+    ICD-10 → ICD-11 マッピング。
+
+    Parameters:
+        icd10_code: str — ICD-10 コード
+            (例: "E11" = Type 2 DM)
+    """
+    url = (f"{ICD_API}/icd/release/11/"
+           f"2024-01/mms/codeinfo/"
+           f"{icd10_code}")
+    headers = {
+        "Accept": "application/json",
+        "API-Version": "v2",
+    }
+    try:
+        resp = requests.get(url, headers=headers,
+                            timeout=30)
+        if resp.status_code == 200:
+            data = resp.json()
+            print(f"ICD mapping: {icd10_code} → "
+                  f"{data.get('code', 'N/A')}")
+            return data
+    except Exception:
+        pass
+
+    # フォールバック: テキスト検索
+    results = icd11_search(icd10_code)
+    if not results.empty:
+        return results.iloc[0].to_dict()
+
+    print(f"ICD mapping: {icd10_code} → not found")
+    return {}
+```
+
+## 3. FHIR R4 リソースマッピング
+
+```python
+def create_fhir_observation(
+        loinc_code, value, unit,
+        patient_id, effective_date):
+    """
+    FHIR R4 Observation リソース作成。
+
+    Parameters:
+        loinc_code: str — LOINC コード
+        value: float — 測定値
+        unit: str — 単位
+        patient_id: str — 患者 ID
+        effective_date: str — 測定日時 (ISO 8601)
+    """
+    observation = {
+        "resourceType": "Observation",
+        "status": "final",
+        "code": {
+            "coding": [{
+                "system": "http://loinc.org",
+                "code": loinc_code,
+            }]
+        },
+        "subject": {
+            "reference": f"Patient/{patient_id}"
+        },
+        "effectiveDateTime": effective_date,
+        "valueQuantity": {
+            "value": value,
+            "unit": unit,
+            "system": (
+                "http://unitsofmeasure.org"),
+        },
+    }
+
+    print(f"FHIR Observation: "
+          f"LOINC {loinc_code} = {value} {unit}")
+    return observation
+
+
+def create_fhir_condition(
+        icd_code, icd_system,
+        patient_id, onset_date,
+        clinical_status="active"):
+    """
+    FHIR R4 Condition リソース作成。
+
+    Parameters:
+        icd_code: str — ICD コード
+        icd_system: str — "icd10" or "icd11"
+        patient_id: str — 患者 ID
+        onset_date: str — 発症日 (ISO 8601)
+        clinical_status: str — 臨床状態
+    """
+    system_uri = (
+        "http://hl7.org/fhir/sid/icd-10"
+        if icd_system == "icd10"
+        else "http://id.who.int/icd/release/11/mms"
+    )
+
+    condition = {
+        "resourceType": "Condition",
+        "clinicalStatus": {
+            "coding": [{
+                "system": ("http://terminology."
+                           "hl7.org/CodeSystem/"
+                           "condition-clinical"),
+                "code": clinical_status,
+            }]
+        },
+        "code": {
+            "coding": [{
+                "system": system_uri,
+                "code": icd_code,
+            }]
+        },
+        "subject": {
+            "reference": f"Patient/{patient_id}"
+        },
+        "onsetDateTime": onset_date,
+    }
+
+    print(f"FHIR Condition: {icd_system.upper()} "
+          f"{icd_code} ({clinical_status})")
+    return condition
+```
+
+## 4. 用語体系相互変換
+
+```python
+def cross_reference_codes(code, source_system,
+                            target_systems=None):
+    """
+    用語体系間コード相互参照。
+
+    Parameters:
+        code: str — ソースコード
+        source_system: str — ソース体系
+            ("loinc"/"icd10"/"icd11"/"snomed")
+        target_systems: list[str] | None —
+            ターゲット体系
+    """
+    if target_systems is None:
+        target_systems = [
+            "loinc", "icd10", "icd11", "snomed"]
+    target_systems = [
+        s for s in target_systems
+        if s != source_system]
+
+    mappings = {"source": code,
+                "source_system": source_system}
+
+    if source_system == "loinc":
+        detail = loinc_code_detail(code)
+        mappings["display"] = detail.get(
+            "display", "")
+
+    if source_system == "icd10":
+        m = icd10_to_icd11_mapping(code)
+        if m:
+            mappings["icd11"] = m.get("code", "")
+            mappings["icd11_title"] = m.get(
+                "title", "")
+
+    print(f"Cross-ref: {source_system}:{code} → "
+          f"{len(mappings) - 2} mappings")
+    return mappings
+```
+
+## 5. 臨床標準統合パイプライン
+
+```python
+def clinical_standards_pipeline(
+        lab_data, diagnosis_data,
+        output_dir="results"):
+    """
+    臨床標準用語統合パイプライン。
+
+    Parameters:
+        lab_data: pd.DataFrame — 検査データ
+            columns: [test_name, value, unit, date]
+        diagnosis_data: pd.DataFrame — 診断データ
+            columns: [diagnosis, icd_code, date]
+        output_dir: str — 出力ディレクトリ
+    """
+    from pathlib import Path
+    out = Path(output_dir)
+    out.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
+
+    # 1) 検査 LOINC マッピング
+    loinc_maps = []
+    for _, row in lab_data.iterrows():
+        result = loinc_search(row["test_name"], 1)
+        if not result.empty:
+            loinc_maps.append({
+                "test_name": row["test_name"],
+                "loinc_code": result.iloc[0].get(
+                    "code", ""),
+                "value": row["value"],
+                "unit": row["unit"],
+            })
+    if loinc_maps:
+        loinc_df = pd.DataFrame(loinc_maps)
+        loinc_df.to_csv(
+            out / "loinc_mappings.csv",
+            index=False)
+
+    # 2) 診断 ICD マッピング
+    icd_maps = []
+    for _, row in diagnosis_data.iterrows():
+        result = icd11_search(row["diagnosis"], 1)
+        if not result.empty:
+            icd_maps.append({
+                "diagnosis": row["diagnosis"],
+                "icd11_code": result.iloc[0].get(
+                    "code", ""),
+                "icd11_title": result.iloc[0].get(
+                    "title", ""),
+            })
+    if icd_maps:
+        icd_df = pd.DataFrame(icd_maps)
+        icd_df.to_csv(
+            out / "icd_mappings.csv",
+            index=False)
+
+    # 3) FHIR Bundle 生成
+    fhir_resources = []
+    for item in loinc_maps:
+        obs = create_fhir_observation(
+            item["loinc_code"],
+            item["value"], item["unit"],
+            "patient-001", "2024-01-01")
+        fhir_resources.append(obs)
+
+    print(f"Clinical standards pipeline → {out}")
+    return {
+        "loinc_mappings": loinc_maps,
+        "icd_mappings": icd_maps,
+        "fhir_resources": fhir_resources,
+    }
+```
+
+---
+
+## パイプライン統合
+
+```
+clinical-reporting → clinical-standards → clinical-decision-support
+  (臨床レポート)      (用語標準化)         (臨床意思決定支援)
+       │                    │                     ↓
+  public-health-data ───────┘           pharmacogenomics
+    (公衆衛生データ)                     (ゲノム薬理学)
+```
+
+## パイプライン出力
+
+| ファイル | 説明 | 次スキル |
+|---------|------|---------|
+| `loinc_mappings.csv` | LOINC コードマッピング | → clinical-decision |
+| `icd_mappings.csv` | ICD コードマッピング | → epidemiology |
+| `fhir_bundle.json` | FHIR R4 バンドル | → EHR 統合 |