@nahisaho/satori 0.1.0

package/README.md

@@ -0,0 +1,191 @@
+# SATORI（悟り）— Agent Skills for Science
+
+**SATORI** は、科学データ解析のための **GitHub Copilot Agent Skills** コレクションです。
+
+## Overview
+
+このディレクトリには、Exp-01〜13 で蓄積した科学データ解析技法を Agent Skills として体系化した **27 個**のスキルを格納しています。Copilot がプロンプトの文脈に応じて適切なスキルを自動ロードし、各実験で確立した解析パターンを再利用します。
+
+スキルは **8 つの中区分**に分類されています。
+
+| 中区分 | スキル数 | 概要 |
+|---|:---:|---|
+| A. 基盤・ワークフロー | 5 | パイプライン構築・前処理・データ生成・論文図表・学術論文執筆 |
+| B. 統計・探索的解析 | 3 | EDA・仮説検定・次元削減 |
+| C. 機械学習・モデリング | 3 | 回帰・分類・特徴量重要度 |
+| D. 実験計画・プロセス最適化 | 2 | DOE・応答曲面法・ベイズ最適化 |
+| E. 信号・スペクトル・時系列 | 3 | スペクトル解析・生体信号・時系列分解 |
+| F. 生命科学・オミクス | 5 | バイオインフォ・メタボロ・ゲノム配列・マルチオミクス・ネットワーク |
+| G. 化学・材料・イメージング | 3 | ケモインフォ・材料特性評価・画像解析 |
+| H. 臨床・疫学・メタ科学 | 3 | 生存解析・因果推論・メタアナリシス |
+
+---
+
+## Skills 一覧
+
+### A. 基盤・ワークフロー（5 種）
+
+全 Exp に共通する横断的な基盤スキル。
+
+| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
+|---|---|---|---|
+| 1 | [scientific-pipeline-scaffold](scientific-pipeline-scaffold/SKILL.md) | パイプライン雛形・ディレクトリ構造・StepLogger・JSON 要約 | 全 Exp |
+| 2 | [scientific-data-preprocessing](scientific-data-preprocessing/SKILL.md) | 欠損値補完・エンコーディング・スケーリング・外れ値処理 | 全 Exp |
+| 3 | [scientific-data-simulation](scientific-data-simulation/SKILL.md) | 物理/化学/生物ベースの合成データ生成 | 06-09, 12, 13 |
+| 4 | [scientific-publication-figures](scientific-publication-figures/SKILL.md) | 論文品質図表・rcParams・カラーパレット・マルチパネル | 10, 11-13 |
+| 5 | [scientific-academic-writing](scientific-academic-writing/SKILL.md) | 学術論文執筆・ジャーナル別テンプレート・Cover Letter・査読対応 | 汎用 |
+
+### B. 統計・探索的解析（3 種）
+
+データの理解・検定・次元削減を担うスキル群。
+
+| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
+|---|---|---|---|
+| 6 | [scientific-eda-correlation](scientific-eda-correlation/SKILL.md) | 探索的データ解析・相関ヒートマップ・分布可視化 | 02, 12, 13 |
+| 7 | [scientific-statistical-testing](scientific-statistical-testing/SKILL.md) | 仮説検定・多重比較・エンリッチメント・ベイズ推論 | 03, 04, 06, 07 |
+| 8 | [scientific-pca-tsne](scientific-pca-tsne/SKILL.md) | PCA / t-SNE / UMAP 次元削減・クラスタリング | 02, 03, 07, 11, 13 |
+
+### C. 機械学習・モデリング（3 種）
+
+教師あり学習と特徴量解釈を担うスキル群。
+
+| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
+|---|---|---|---|
+| 9 | [scientific-ml-regression](scientific-ml-regression/SKILL.md) | マルチターゲット回帰・モデル比較・レーダーチャート | 05, 12, 13 |
+| 10 | [scientific-ml-classification](scientific-ml-classification/SKILL.md) | 分類 ML・ROC・PR 曲線・混同行列・PDP・Volcano | 03, 05 |
+| 11 | [scientific-feature-importance](scientific-feature-importance/SKILL.md) | Tree-based & Permutation 特徴量重要度・PDP | 05, 12, 13 |
+
+### D. 実験計画・プロセス最適化（2 種）
+
+実験設計と応答曲面最適化を担うスキル群。
+
+| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
+|---|---|---|---|
+| 12 | [scientific-doe](scientific-doe/SKILL.md) | 田口直交表・CCD/Box-Behnken・ANOVA 因子効果・ベイズ最適化 | 汎用 |
+| 13 | [scientific-process-optimization](scientific-process-optimization/SKILL.md) | 応答曲面法 (ML-RSM)・パレート最適化・プロセスウィンドウ | 12, 13 |
+
+### E. 信号・スペクトル・時系列（3 種）
+
+波形・周波数領域の解析を担うスキル群。
+
+| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
+|---|---|---|---|
+| 14 | [scientific-spectral-signal](scientific-spectral-signal/SKILL.md) | スペクトル前処理・フィルタリング・ピーク検出 | 11 |
+| 15 | [scientific-biosignal-processing](scientific-biosignal-processing/SKILL.md) | ECG R波/HRV・EEG バンドパワー/ERP・EMG バースト・Poincaré | 08 |
+| 16 | [scientific-time-series](scientific-time-series/SKILL.md) | STL 分解・SARIMA 予測・変化点検出・FFT 周期解析・Granger 因果 | 汎用 |
+
+### F. 生命科学・オミクス（5 種）
+
+バイオ・オミクス・ネットワーク解析を担うスキル群。
+
+| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
+|---|---|---|---|
+| 17 | [scientific-bioinformatics](scientific-bioinformatics/SKILL.md) | scRNA-seq・PPI ネットワーク・バルク RNA-seq | 01, 04 |
+| 18 | [scientific-metabolomics](scientific-metabolomics/SKILL.md) | PLS-DA/VIP スコア・Pareto スケーリング・パスウェイ濃縮 | 07 |
+| 19 | [scientific-sequence-analysis](scientific-sequence-analysis/SKILL.md) | RSCU/CAI コドン解析・アラインメント・系統樹・ORF/CpG 島 | 09 |
+| 20 | [scientific-multi-omics](scientific-multi-omics/SKILL.md) | CCA 正準相関・SNF ネットワーク融合・パスウェイ統合・マルチオミクスクラスタ | 汎用 |
+| 21 | [scientific-network-analysis](scientific-network-analysis/SKILL.md) | ネットワーク構築・中心性・コミュニティ・PSP パス図 | 04, 07, 13 |
+
+### G. 化学・材料・イメージング（3 種）
+
+化学構造・材料特性評価・画像形態解析を担うスキル群。
+
+| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
+|---|---|---|---|
+| 22 | [scientific-cheminformatics](scientific-cheminformatics/SKILL.md) | RDKit 分子記述子・Tanimoto・構造アラート・Lipinski | 02, 05 |
+| 23 | [scientific-materials-characterization](scientific-materials-characterization/SKILL.md) | Thornton-Anders SZM・XRD Scherrer・Tauc プロット | 11, 12, 13 |
+| 24 | [scientific-image-analysis](scientific-image-analysis/SKILL.md) | Otsu/Watershed セグメンテーション・粒径分布・GLCM テクスチャ・蛍光合成 | 汎用 |
+
+### H. 臨床・疫学・メタ科学（3 種）
+
+臨床試験・因果推論・メタアナリシスを担うスキル群。
+
+| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
+|---|---|---|---|
+| 25 | [scientific-survival-clinical](scientific-survival-clinical/SKILL.md) | Kaplan-Meier・Cox PH・検出力分析・安全性解析 | 03, 06 |
+| 26 | [scientific-causal-inference](scientific-causal-inference/SKILL.md) | PSM 傾向スコア・IPW・DID・RDD・DAG 共変量選択・Rosenbaum 感度分析 | 汎用 |
+| 27 | [scientific-meta-analysis](scientific-meta-analysis/SKILL.md) | 固定/ランダム効果モデル・Forest/Funnel プロット・Egger 検定・サブグループ | 汎用 |
+
+---
+
+## 使い方
+
+### GitHub Copilot Agent Mode / Copilot CLI での利用
+
+Skills は `.github/skills/` に配置されているため、Copilot が自動的に検出します。
+プロンプトの文脈に応じて、関連する Skill の `SKILL.md` がエージェントに注入されます。
+
+```
+# 例：相関解析を依頼すると scientific-eda-correlation が自動ロードされる
+> ZnO 薄膜のプロセスパラメータと膜物性の相関ヒートマップを作成して
+
+# 例：分類モデルを依頼すると scientific-ml-classification が自動ロードされる
+> がん遺伝子発現データで Random Forest と SVM の ROC 比較をして
+
+# 例：実験計画法を依頼すると scientific-doe が自動ロードされる
+> 3因子の田口L9直交表を作成して主効果プロットを描画して
+
+# 例：メタアナリシスを依頼すると scientific-meta-analysis が自動ロードされる
+> 5本のRCT論文からランダム効果モデルでForestプロットを作成して
+```
+
+### ディレクトリ構造
+
+```
+.github/skills/
+├── README.md
+│
+│── [A] 基盤・ワークフロー
+│   ├── scientific-pipeline-scaffold/
+│   ├── scientific-data-preprocessing/
+│   ├── scientific-data-simulation/
+│   ├── scientific-publication-figures/
+│   └── scientific-academic-writing/
+│       └── assets/   ← ジャーナル別テンプレート 7 種
+│
+│── [B] 統計・探索的解析
+│   ├── scientific-eda-correlation/
+│   ├── scientific-statistical-testing/
+│   └── scientific-pca-tsne/
+│
+│── [C] 機械学習・モデリング
+│   ├── scientific-ml-regression/
+│   ├── scientific-ml-classification/
+│   └── scientific-feature-importance/
+│
+│── [D] 実験計画・プロセス最適化
+│   ├── scientific-doe/
+│   └── scientific-process-optimization/
+│
+│── [E] 信号・スペクトル・時系列
+│   ├── scientific-spectral-signal/
+│   ├── scientific-biosignal-processing/
+│   └── scientific-time-series/
+│
+│── [F] 生命科学・オミクス
+│   ├── scientific-bioinformatics/
+│   ├── scientific-metabolomics/
+│   ├── scientific-sequence-analysis/
+│   ├── scientific-multi-omics/
+│   └── scientific-network-analysis/
+│
+│── [G] 化学・材料・イメージング
+│   ├── scientific-cheminformatics/
+│   ├── scientific-materials-characterization/
+│   └── scientific-image-analysis/
+│
+└── [H] 臨床・疫学・メタ科学
+    ├── scientific-survival-clinical/
+    ├── scientific-causal-inference/
+    └── scientific-meta-analysis/
+```
+
+> 注: 実際のファイルシステム上ではすべてのスキルディレクトリは `.github/skills/` 直下にフラットに配置されています。上記の中区分グルーピングは論理的な分類です。
+
+---
+
+## 参考
+
+- [SATORI 使い方ガイド](../../docs/qiita-satori-guide.md)
+- [GitHub Copilot Agent Skills ドキュメント](https://docs.github.com/en/copilot/concepts/agents/about-agent-skills)
+- [Agent Skills オープン標準](https://github.com/agentskills/agentskills)

package/bin/satori.js

@@ -0,0 +1,95 @@
+#!/usr/bin/env node
+
+const fs = require('fs');
+const path = require('path');
+
+const COMMAND = process.argv[2];
+const FLAGS = process.argv.slice(3);
+
+const PACKAGE_ROOT = path.resolve(__dirname, '..');
+const SOURCE_DIR = path.join(PACKAGE_ROOT, 'src', '.github');
+
+function copyDirSync(src, dest) {
+  fs.mkdirSync(dest, { recursive: true });
+  for (const entry of fs.readdirSync(src, { withFileTypes: true })) {
+    const srcPath = path.join(src, entry.name);
+    const destPath = path.join(dest, entry.name);
+    if (entry.isDirectory()) {
+      copyDirSync(srcPath, destPath);
+    } else {
+      fs.copyFileSync(srcPath, destPath);
+    }
+  }
+}
+
+function countFiles(dir) {
+  let count = 0;
+  for (const entry of fs.readdirSync(dir, { withFileTypes: true })) {
+    if (entry.isDirectory()) {
+      count += countFiles(path.join(dir, entry.name));
+    } else {
+      count++;
+    }
+  }
+  return count;
+}
+
+function init() {
+  const dryRun = FLAGS.includes('--dry-run');
+  const force = FLAGS.includes('--force');
+  const targetDir = path.join(process.cwd(), '.github');
+
+  if (!fs.existsSync(SOURCE_DIR)) {
+    console.error('Error: source directory not found:', SOURCE_DIR);
+    process.exit(1);
+  }
+
+  const fileCount = countFiles(SOURCE_DIR);
+
+  if (fs.existsSync(targetDir) && !force) {
+    console.error(`Error: ${targetDir} already exists.`);
+    console.error('Use --force to overwrite.');
+    process.exit(1);
+  }
+
+  if (dryRun) {
+    console.log('[dry-run] Would copy:');
+    console.log(`  ${SOURCE_DIR}`);
+    console.log(`  -> ${targetDir}`);
+    console.log(`  (${fileCount} files)`);
+    return;
+  }
+
+  copyDirSync(SOURCE_DIR, targetDir);
+  console.log(`✔ Installed .github/ (${fileCount} files) into ${targetDir}`);
+}
+
+function showHelp() {
+  console.log(`
+SATORI — Agent Skills for Science
+
+Usage:
+  satori init [--force] [--dry-run]   Install .github/ skills into current directory
+  satori help                         Show this help message
+
+Options:
+  --force     Overwrite existing .github/ directory
+  --dry-run   Preview what would be installed without making changes
+`);
+}
+
+switch (COMMAND) {
+  case 'init':
+    init();
+    break;
+  case 'help':
+  case '--help':
+  case '-h':
+  case undefined:
+    showHelp();
+    break;
+  default:
+    console.error(`Unknown command: ${COMMAND}`);
+    showHelp();
+    process.exit(1);
+}

package/package.json

@@ -0,0 +1,29 @@
+{
+  "name": "@nahisaho/satori",
+  "version": "0.1.0",
+  "description": "SATORI — Agent Skills for Science. GitHub Copilot Agent Skills collection for scientific data analysis.",
+  "main": "index.js",
+  "bin": {
+    "satori": "./bin/satori.js"
+  },
+  "files": [
+    "bin/",
+    "src/.github/"
+  ],
+  "scripts": {
+    "test": "node bin/satori.js init --dry-run"
+  },
+  "keywords": [
+    "copilot",
+    "agent-skills",
+    "science",
+    "data-analysis",
+    "github-copilot"
+  ],
+  "author": "",
+  "license": "MIT",
+  "repository": {
+    "type": "git",
+    "url": "https://github.com/nahisaho/satori.git"
+  }
+}

package/src/.github/skills/scientific-academic-writing/SKILL.md

@@ -0,0 +1,361 @@
+---
+name: scientific-academic-writing
+description: |
+  科学技術・学術論文の執筆スキル。IMRaD 標準、Nature/Science 系、ACS 系、IEEE 系、
+  Elsevier 系のジャーナル形式に対応した論文構成・セクション設計・文章パターンを提供。
+  「論文を書いて」「Abstract を作成して」「Methods セクションを書いて」で発火。
+  assets/ に主要ジャーナル形式の Markdown テンプレートを同梱。
+---
+
+# Scientific Academic Writing
+
+科学技術・学術論文の執筆を支援するスキル。ジャーナル形式に応じた構成テンプレート、
+セクション別の文章パターン、引用・図表参照の規約を提供する。
+
+## When to Use
+
+- 学術論文の草稿を作成するとき
+- Abstract / Introduction / Methods / Results / Discussion を執筆するとき
+- 特定ジャーナル形式に合わせた論文構成が必要なとき
+- Cover Letter / Response to Reviewers を作成するとき
+- 既存原稿のセクション構成を見直すとき
+
+## Quick Start
+
+### 1. テンプレート選択ガイド
+
+```
+ジャーナル形式の選択フロー:
+
+Q1: 投稿先は？
+├── Nature / Nature Communications / Nature Materials → nature_article.md
+├── Science / Science Advances                       → science_research_article.md
+├── ACS Nano / JACS / Chem. Mater.                  → acs_article.md
+├── IEEE Trans. / IEEE Access                        → ieee_transactions.md
+├── Elsevier 系 (Acta Mater., etc.)                 → elsevier_article.md
+├── Qiita 技術記事                                   → qiita_technical_article.md
+└── その他 / 不明                                    → imrad_standard.md (最も汎用的)
+```
+
+### 2. 論文構成の基本原則
+
+```markdown
+## 論文構成の CARS モデル (Create A Research Space)
+
+### Introduction の 3 ステップ:
+1. **Establishing a territory** — 研究分野の重要性・先行研究の概観
+2. **Establishing a niche** — 先行研究のギャップ・未解決の問題
+3. **Occupying the niche** — 本研究の目的・アプローチ・主要な発見
+
+### Discussion の構成:
+1. 主要な発見の要約（Results の再述ではなく解釈）
+2. 先行研究との比較・位置づけ
+3. メカニズムの考察・理論的意味
+4. 研究の限界 (Limitations)
+5. 将来の展望 (Future perspectives)
+6. 結論 (Conclusion) — 一部ジャーナルでは独立セクション
+```
+
+### 3. セクション別ライティングパターン
+
+#### Abstract（構造化抄録）
+
+```markdown
+## Abstract テンプレート（250 words 以内が一般的）
+
+**Background/Context**: [研究分野] において [課題/問題] は依然として [重要な課題] である。
+
+**Objective/Purpose**: 本研究では、[手法/アプローチ] を用いて [研究目的] を達成することを
+目的とした。
+
+**Methods**: [材料/データ] に対して [実験手法/解析手法] を適用した。
+[主要なパラメータ/条件] は [値] とした。
+
+**Results**: [主要な定量的結果を 2-3 文で記述]。
+[統計的有意性: p < 0.05, 効果量, 信頼区間などを含む]。
+
+**Conclusions**: これらの結果は [解釈/意義] を示唆しており、
+[応用/今後の展望] に有用である。
+
+**Keywords**: keyword1, keyword2, keyword3, keyword4, keyword5
+```
+
+#### Introduction
+
+```markdown
+## Introduction テンプレート（800-1500 words）
+
+### 第 1 段落: 研究分野の重要性
+[研究分野] は [産業/科学的意義] において重要な役割を果たしている [ref1, ref2]。
+特に [特定のトピック] は [理由] から注目を集めている。
+
+### 第 2 段落: 先行研究の概観
+これまでに [研究グループ A] は [手法/発見] を報告しており [ref3]、
+[研究グループ B] は [別の手法/発見] を示した [ref4]。
+さらに [研究グループ C] による [成果] は [意義] を明らかにした [ref5, ref6]。
+
+### 第 3 段落: ギャップの特定
+しかしながら、[未解決の課題 1] や [未解決の課題 2] は依然として明らかにされていない。
+特に [具体的なギャップ] については [理由] から十分な検討がなされていない。
+
+### 第 4 段落: 本研究の目的
+本研究では、[アプローチ/手法] を用いて [目的] を明らかにすることを目指した。
+具体的には、(1) [サブ目的 1]、(2) [サブ目的 2]、(3) [サブ目的 3] を検討した。
+```
+
+#### Methods / Experimental
+
+```markdown
+## Methods テンプレート
+
+### 2.1 Materials / Datasets
+[材料名] (純度 XX%, [メーカー名], [国]) を使用した。
+[データセット名] は [出典/生成方法] から取得した (n = XXX)。
+
+### 2.2 Experimental Procedure / Data Processing
+[装置名] ([型番], [メーカー名]) を用いて [条件] で [操作] を行った。
+[パラメータ 1] は [範囲/値]、[パラメータ 2] は [範囲/値] とした。
+
+### 2.3 Characterization / Analysis
+[分析手法] ([装置型番]) を用いて [測定対象] を評価した。
+測定条件は [条件の詳細] とした。
+
+### 2.4 Statistical Analysis
+統計解析には [ソフトウェア名] (ver. X.X) を使用した。
+群間比較には [検定名] を用い、有意水準は p < 0.05 とした。
+多重比較には [補正法] を適用した。
+```
+
+#### Results
+
+```markdown
+## Results テンプレート
+
+### 3.1 [実験/解析 1 の結果]
+**図表の導入**: Figure 1a に [測定対象] の [可視化内容] を示す。
+**定量的記述**: [パラメータ] は [値 ± SD] (n = XX) であった。
+**比較・傾向**: [条件 A] と比較して [条件 B] では [XX]% の [増加/減少] が
+観察された (p = X.XXX, [検定名])。
+**図表の参照**: この傾向は Figure 1b の [内容] からも確認される。
+
+### 注意: Results での禁止事項
+- ❌ データの解釈・推測（→ Discussion で記述）
+- ❌ 先行研究との比較（→ Discussion で記述）
+- ❌ 方法の説明（→ Methods で記述）
+- ✅ 客観的な事実と数値のみ記述
+```
+
+#### Discussion
+
+```markdown
+## Discussion テンプレート
+
+### 第 1 段落: 主要な発見の要約
+本研究の主要な発見は以下の 3 点である:
+(1) [発見 1 — 最も重要な結果]、
+(2) [発見 2]、(3) [発見 3]。
+
+### 第 2 段落: 先行研究との比較
+[発見 1] は [先行研究の結果] と一致しており [refX]、
+[メカニズム/理論] を支持する結果である。
+一方、[発見 2] については [先行研究 Y] の報告 ([refY]) と
+異なる結果が得られた。この差異は [考えられる理由] に
+起因すると考えられる。
+
+### 第 3 段落: メカニズムの考察
+[観察された現象] のメカニズムとして、
+[仮説/モデル] が考えられる (Figure X)。
+[根拠 1] および [根拠 2] がこの解釈を支持している。
+
+### 第 4 段落: 限界と展望
+本研究にはいくつかの限界がある。
+第一に [限界 1]、第二に [限界 2] である。
+今後 [将来の研究方向] を検討することで、
+[期待される成果] が得られると考える。
+
+### 第 5 段落: 結論
+以上の結果から、[主要な結論] が示された。
+本研究は [分野] における [貢献/意義] を提供するものである。
+```
+
+### 4. 図表の参照規約
+
+```markdown
+## 図表参照のジャーナル別書式
+
+| ジャーナル | 図の参照 | 表の参照 | 補足図 |
+|---|---|---|---|
+| Nature 系 | Fig. 1a | Table 1 | Extended Data Fig. 1 |
+| Science 系 | Fig. 1A | Table 1 | fig. S1 |
+| ACS 系 | Figure 1a | Table 1 | Figure S1 |
+| IEEE 系 | Fig. 1(a) | TABLE I | — |
+| Elsevier 系 | Fig. 1(a) | Table 1 | Fig. S1 |
+| IMRaD 標準 | Figure 1 | Table 1 | Supplementary Figure S1 |
+
+## 図表キャプションの書き方
+**Figure キャプション**: 一文目は図全体の説明（太字）。
+二文目以降でパネルごとの説明 (a) ..., (b) ..., (c) ...
+
+**Table キャプション**: 表の上に配置。内容を一文で要約。
+略語は表の下部に脚注として記載。
+```
+
+### 5. 引用・参考文献の書式
+
+```markdown
+## 引用スタイル一覧
+
+### Nature 系（番号順）
+本文: "... has been reported¹."
+文献: 1. Author, A. B., Author, C. D. & Author, E. F.
+       Title of article. *Journal* **vol**, pages (year).
+
+### Science 系（番号順）
+本文: "... has been reported (1)."
+文献: 1. A. B. Author, C. D. Author, E. F. Author,
+       Title of article. *Journal* **vol**, pages (year).
+
+### ACS 系（番号順、上付き）
+本文: "... has been reported.¹"
+文献: (1) Author, A. B.; Author, C. D.; Author, E. F.
+       Title of Article. *Journal* **year**, *vol*, pages.
+
+### IEEE 系（角括弧番号）
+本文: "... has been reported [1]."
+文献: [1] A. B. Author, C. D. Author, and E. F. Author,
+       "Title of article," *Journal*, vol. X, no. Y, pp. XX-YY, year.
+
+### Elsevier 系（著者名-年）
+本文: "... has been reported (Author et al., 2024)."
+文献: Author, A.B., Author, C.D., Author, E.F., 2024.
+       Title of article. Journal Vol, pages.
+```
+
+### 6. Cover Letter テンプレート
+
+```markdown
+Dear Editor,
+
+We are pleased to submit our manuscript entitled "[タイトル]" for
+consideration for publication in [ジャーナル名].
+
+[1-2 文で研究背景と動機を記述]
+
+In this study, we [研究の主要なアプローチを記述].
+Our key findings include:
+(1) [主要な発見 1],
+(2) [主要な発見 2], and
+(3) [主要な発見 3].
+
+These results [研究の意義・インパクトを記述], which we believe will be of
+significant interest to the readership of [ジャーナル名].
+
+This manuscript has not been published or submitted elsewhere.
+All authors have approved the manuscript and agree with its submission
+to [ジャーナル名]. We declare no competing interests.
+
+We suggest the following reviewers:
+1. Prof. [Name], [Affiliation] ([email])
+2. Prof. [Name], [Affiliation] ([email])
+3. Prof. [Name], [Affiliation] ([email])
+
+Thank you for your consideration.
+
+Sincerely,
+[Corresponding Author Name]
+[Affiliation]
+[Email]
+```
+
+### 7. Response to Reviewers テンプレート
+
+```markdown
+# Response to Reviewers
+
+We thank the reviewers for their constructive comments, which have
+significantly improved our manuscript. Below we address each comment
+point by point. Reviewer comments are shown in **bold**, and our
+responses follow each comment. Changes in the revised manuscript
+are highlighted in blue.
+
+---
+
+## Reviewer 1
+
+**Comment 1**: [レビュアーのコメントをそのまま引用]
+
+**Response**: We thank the reviewer for this insightful comment.
+[回答の内容]
+We have revised the manuscript accordingly (page X, lines YY-ZZ).
+
+> **Revised text**: "[修正箇所の文章を引用]"
+
+---
+
+**Comment 2**: [コメント]
+
+**Response**: [回答]
+
+---
+
+## Reviewer 2
+
+**Comment 1**: [コメント]
+
+**Response**: [回答]
+```
+
+### 8. Supplementary Information 構成
+
+```markdown
+## Supplementary Information テンプレート
+
+# Supplementary Information for:
+# [論文タイトル]
+
+[著者名]
+
+## Supplementary Figures
+
+**Figure S1.** [キャプション]
+
+**Figure S2.** [キャプション]
+
+## Supplementary Tables
+
+**Table S1.** [キャプション]
+
+## Supplementary Methods
+
+### S1. [追加実験手法の詳細]
+
+### S2. [追加解析手法の詳細]
+
+## Supplementary References
+
+[SI 内でのみ引用した文献]
+```
+
+## References
+
+### Output Files
+
+| ファイル | 形式 |
+|---|---|
+| `manuscript/manuscript.md` | Markdown 原稿 |
+| `manuscript/figures/` | 図表ディレクトリ |
+| `manuscript/supplementary.md` | 補足情報 |
+| `manuscript/cover_letter.md` | カバーレター |
+| `manuscript/response_to_reviewers.md` | レビュー回答 |
+
+### テンプレートファイル (assets/)
+
+| ファイル | 対応ジャーナル |
+|---|---|
+| `assets/imrad_standard.md` | IMRaD 標準形式 |
+| `assets/nature_article.md` | Nature / Nature Communications |
+| `assets/science_research_article.md` | Science / Science Advances |
+| `assets/acs_article.md` | ACS Nano / JACS / Chem. Mater. |
+| `assets/ieee_transactions.md` | IEEE Transactions |
+| `assets/elsevier_article.md` | Elsevier 系ジャーナル |
+| `assets/qiita_technical_article.md` | Qiita 技術記事（AI for Science シリーズ） |