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package/dist/session/session.d.ts.map

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AyB,0BAC3C,4BAA4B,0BAA0B,wBAChD,0BACX,kBAAkB,0BAA0B;gCAChC,0BACA;mCACD,0BAAuB;iCAEvB,0BAAuB;gCACzB,0BAEpB;gCAEc,0BAAyB;mCACO,0BACzC,gBAAgB,0BAA0B;qCACE,0BAC/B,gBACF,0BACM,kBAGR,0BAAY;uCACJ,0BAA0B,kBAChC,0BAAY,oBAAoB,0BACtC;;;gDAEY,0BAAwB,mBACxB,0BAAY,gCACZ,0BAAsB,wBACrB,0BACf,oBACY,0BAAY;;;;yDASxB,wBACM;qDAQA,wBALyB;;kDACL,wBAA6B;;;;;;;;oCAKS,CAAC;kDAC5B,wBACnC;;;;;;;8BAOM,CAAA;gCACA,CAAF,SAAS,0BACjB,6BACQ,0BAAqB,iBAAiB,0BACnD,0BAA0B,0BACnB,wBACQ,0BAA0B,gBAC1B,0BAAwB,kBAC1B,0BAAc;;;4CAGW,iDACjC;qDAEiB,iDAEf;;0BACsB,0BAA0B,yBACxC,0BAAgB;iCAA8C,0BACvD,mBACP,0BAAiB;kCAEjB,0BACN;iCAAgD,0BAC3C;qCACO,0BAA0B;8BAC/B,0BAA0B,yBAAyB,0BAC7C,4BACC,0BAA0B,wBAAwB,0BAErE,oBAAoB,0BAClB;kCAAyC,0BAA0B;iCAChC,0BAC1B;qCACK,0BAA0B;8BAC3B,0BACL,yBAAyB,0BAA0B;uBAAoC,0BAA0B;2CAC1G,wBAA2B;;;wCAMjC,0BACT,mCAAmC,wBAAmB;;;8DAI/C,iDAED;uBAAsC,0BAC5B,wBAAwB,0BAA0B;4BACvD,0BAA0B;6BAA4C,0BACtE;oCAAoD,0BAC/C;iCAGwB,0BAC1B,kBAAkB,0BAA0B;gCAClC,0BAA0B;mCAEvC,0BACd;iCAC6B,0BACb;gCAC0B,0BACjC;gCACa,0BAA0B;mCAElC,0BACb,gBAAgB,0BAEnB;qCACgC,0BAA0B,gBACxC,0BAClB,kBAAkB,0BAA0B;uCAEpB,0BACpB,kBAAkB,0BAEnB,oBAAoB,0BACR;;;gDAGG,0BACb,mBACS,0BACT,gCAAgC,0BAA0B,wBACjD,0BAAY,oBAAoB,0BAC/C;;;;yDAKiC,wBAE9B;qDAGQ,wBAAoB;;kDAKxB,wBAA0B;;;;;;;;oCAaxB,CAAL;kDAEgC,wBAA6B;;;;;;;8BAQpD,CAAA;gCAAkC,CAAC,SAAS,0BACnC,6BAA6B,0BAC/B,iBAAiB,0BAA0B,0BAExD,0BACI,wBAEF,0BAAe,gBACb,0BAAqB,kBAAkB,0BAC3B;;;4CAEL,iDAEN;qDAGD,iDAF2B;;0BACa,0BAChD,yBAAyB,0BACxB;iCAEG,0BAIL,oBACG,0BAAoB;kCAAyC,0BAChD;iCAEQ,0BACvB;qCACqC,0BACjB;8BAEZ,0BAAkB,yBACpB,0BACc;;2CACJ,wBAA6B;;;wCAIT,0BAC5B,mCACiB,wBAAmB;;;8DAGN,iDACxB;sBAAqC,0BACpD,yBAAyB,0BAA0B;;;;;;iCAIlC,0BAChB,iBAAiB,0BAA0B;gCAC3B,0BAA0B;mCAExB,0BAAqB;iCAEvB,0BAAK;gCACH,0BAAuB;gCAEzB,0BACb;mCAAkD,0BAA0B,gBAAiB,0BAC7E;qCACC,0BAClB,gBAAgB,0BACE,kBAAkB,0BAA0B;uCACnB,0BACrC,kBAAkB,0BAA0B,oBAChC,0BACxB;;;gDACsE,0BACxD,mBAAoB,0BAAyB,gCAC9B,0BAC5B,wBAA2B,0BAAuB,oBACzB,0BACV;;;;yDAKM,wBACX;qDAAiE,wBACpD;;kDAEC,wBAA6B;;;;;;;;oCASf,CAAC;kDAEb,wBACxB;;;;;;;8BAIiD,CAAC;gCAChC,CAAC,SAAS,0BAA0B,6BACrC,0BAAoB,iBAAiB,0BAC1C,0BAA0B,0BACvB,wBACE,0BAA0B,gBAAgB,0BACjD,kBAAkB,0BAC1B;;;4CACoF,iDACzE;qDACQ,iDACZ;;0BAEY,0BAAC,yBAAyB,0BACrC,4BAA6B,0BACjC,wBAAwB,0BAClB,kBAAkB,0BACnB;gCACU,0BACtB;mCAC0B,0BAAyB;iCACpB,0BAA0B;gCACjC,0BACjB;gCACsB,0BAA0B;mCAC/B,0BAA0B,gBAChC,0BACL;qCACK,0BAAU,gBAEV,0BADK,kBAAkB,0BAA0B;uCAChC,0BACxB,kBACK,0BAChB,oBACY,0BAEZ;;;gDAIK,0BAA0B,mBAC1B,0BAA0B,gCAC3B,0BAAmB,wBACP,0BACF,oBAEV,0BACG;;;;yDASH,wBAEH;qDAIkD,wBAC1C;;kDAER,wBAA6B;;;;;;;;oCAGqI,CAAC;kDAA2D,wBAA6B;;;;;;;8BAAuR,CAAC;gCAAkC,CAAC,SAAS,0BAA0B,6BAA6B,0BAA0B,iBAAiB,0BAA0B,0BAA0B,0BAA0B,wBAAwB,0BAA0B,gBAAgB,0BAA0B,kBAAkB,0BAA0B;;;4CAA0G,iDAA6B;qDAA8E,iDAA6B;;0BAAgF,0BAA0B,yBAAyB,0BAA0B;iCAA8C,0BAA0B,mBAAmB,0BAA0B;kCAAyC,0BAA0B;iCAAgD,0BAA0B;qCAAoD,0BAA0B;8BAA6C,0BAA0B,yBAAyB,0BAA0B,4BAA4B,0BAA0B,wBAAwB,0BAA0B,oBAAoB,0BAA0B;kCAAyC,0BAA0B;iCAAgD,0BAA0B;qCAAoD,0BAA0B;8BAA6C,0BAA0B,yBAAyB,0BAA0B;uBAAoC,0BAA0B;2CAAwD,wBAA6B;;;wCAA0K,0BAA0B,mCAAmC,wBAAmB;;;8DAA8I,iDAA6B;uBAAsC,0BAA0B,wBAAwB,0BAA0B;4BAAmC,0BAA0B;6BAA4C,0BAA0B;oCAAmD,0BAA0B;iCAAsE,0BAA0B,kBAAkB,0BAA0B;gCAAuC,0BAA0B;mCAAkD,0BAA0B;iCAAgD,0BAA0B;gCAA+C,0BAA0B;gCAA+C,0BAA0B;mCAAkD,0BAA0B,gBAAgB,0BAA0B;qCAAoE,0BAA0B,gBAAgB,0BAA0B,kBAAkB,0BAA0B;uCAAkD,0BAA0B,kBAAkB,0BAA0B,oBAAoB,0BAA0B;;;gDAAmH,0BAA0B,mBAAmB,0BAA0B,gCAAgC,0BAA0B,wBAAwB,0BAA0B,oBAAoB,0BAA0B;;;;yDAA0O,wBAA6B;qDAAiE,wBAA6B;;kDAA8E,wBAA6B;;;;;;;;oCAA4W,CAAC;kDAA2D,wBAA6B;;;;;;;8BAAuR,CAAC;gCAAkC,CAAC,SAAS,0BAA0B,6BAA6B,0BAA0B,iBAAiB,0BAA0B,0BAA0B,0BAA0B,wBAAwB,0BAA0B,gBAAgB,0BAA0B,kBAAkB,0BAA0B;;;4CAA0G,iDAA6B;qDAA8E,iDAA6B;;0BAAgF,0BAA0B,yBAAyB,0BAA0B;iCAA6C,0BAA0B,oBAAoB,0BAA0B;kCAAyC,0BAA0B;iCAAgD,0BAA0B;qCAAoD,0BAA0B;8BAA6C,0BAA0B,yBAAyB,0BAA0B;;2CAAgE,wBAA6B;;;wCAA0K,0BAA0B,mCAAmC,wBAAmB;;;8DAA8I,iDAA6B;sBAAqC,0BAA0B,yBAAyB,0BAA0B;;;wBA7kBtxO,0BAEzB;4BAEA,0BAAyB,kBACjB,0BAA0B;4BAC1B,0BAA0B;6BAE9B,0BACJ;oCAEsB,0BACX;iCACJ,0BAEE,kBAAkB,0BACH;gCAEtB,0BAAyB;mCAIxB,0BACW;iCAIJ,0BACR;gCAA+C,0BAA0B;gCACjC,0BACtB;mCAEN,0BAA0B,gBAAgB,0BACvD;qCACiB,0BAA0B,gBAC5C,0BAAyB,kBAAkB,0BAA0B;uCACvB,0BAGlC,kBACV,0BACD,oBAAoB,0BACD;;;gDAEoC,0BACpC,mBAClB,0BAAuB,gCACZ,0BAA0B,wBAGvC,0BAAwB,oBACZ,0BAEF;;;;yDAWc,wBACH;qDAEa,wBAA6B;;kDAG7D,wBAA4B;;;;;;;;oCAOA,CAAC;kDACK,wBACjC;;;;;;;8BAUgB,CAAC;gCACE,CAAC,SACb,0BAEH,6BACU,0BAA0B,iBAAiB,0BACtC,0BAA0B,0BAC7B,wBAAyB,0BACxC,gBACQ,0BAAoB,kBAClB,0BAAsB;;;4CAGxB,iDAGX;qDAGqC,iDAA6B;;0BACS,0BACrD,yBACjB,0BACc;iCACZ,0BAAyB,oBAE3B,0BAAoB;kCACZ,0BAAyB;iCACR,0BAA0B;qCAC5B,0BACtB;8BAGK,0BAAkB,yBAChB,0BAAW;;2CAEf,wBACE;;;wCAIa,0BAErB,mCAEiB,wBACL;;;8DAIV,iDACoB;sBACI,0BAA0B,yBAClC,0BACV;6BAAyC,0BAA0B,oBAC7D,0BAA0B;sCACJ,0BAErC,wBAAwB,0BAElB;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;oCA+DC,CAAC;;;;;;;;8BAQkD,CAAC;gCAAkC,CAAC;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;oCAkEzB,CAAC;;;;;;;;8BASzD,CAAA;gCACA,CAAF;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;oCAoHJ,CAAL;;;;;;;;8BAUS,CAAA;gCAAkC,CAAC;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;oCA4FV,CAAC;;;;;;;;8BAOY,CAAC;gCAChC,CAAC;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;oCAmE+I,CAAC;;;;;;;;8BAA+W,CAAC;gCAAkC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+export type Coord = [number, number];
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+    message: string;
+    start: number;
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+    members: T[];
+    range: {
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+    featureIds: CheckResultIdsType;
+}
+export declare function clusterResultByMessage<T extends {
+    _id: string;
+    start: number;
+    end: number;
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+    ids: CheckResultIdsType;
+}>(items: readonly T[], width: number, touchesAsOverlap: boolean): CheckResultCluster<T>[];
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+    "@apollo-annotation/common": "^1.1.0",
+    "@apollo-annotation/mst": "^1.1.0",
+    "@apollo-annotation/shared": "^1.1.0",
     "@emotion/react": "^11.10.6",
     "@emotion/styled": "^11.10.6",
     "@gmod/gff": "^2.1.0",
-    "@jbrowse/plugin-authentication": "^4.1.1",
-    "@jbrowse/plugin-linear-genome-view": "^4.1.1",
-    "@mui/icons-material": "^7.3.7",
+    "@jbrowse/plugin-authentication": "^4.3.0",
+    "@jbrowse/plugin-linear-genome-view": "^4.3.0",
+    "@mui/icons-material": "^7.3.11",
     "@types/jsonpath": "^0.2.0",
     "autosuggest-highlight": "^3.3.4",
     "bson-objectid": "^2.0.4",
@@ -72,12 +72,12 @@
     "@babel/core": "^7.28.6",
     "@babel/plugin-proposal-class-properties": "^7.18.6",
     "@babel/preset-env": "^7.28.6",
-    "@jbrowse/cli": "^4.1.1",
-    "@jbrowse/core": "^4.1.1",
+    "@jbrowse/cli": "^4.3.0",
+    "@jbrowse/core": "^4.3.0",
     "@jbrowse/development-tools": "^2.2.1",
-    "@jbrowse/mobx-state-tree": "^5.5.0",
+    "@jbrowse/mobx-state-tree": "^5.8.7",
     "@jest/globals": "^29.0.3",
-    "@mui/material": "^7.3.7",
+    "@mui/material": "^7.3.11",
     "@mui/x-data-grid": "^8.0.0",
     "@rollup/plugin-babel": "^6.1.0",
     "@rollup/plugin-commonjs": "^29.0.0",
@@ -133,9 +133,9 @@
     "typescript": "^5.5.3"
   },
   "peerDependencies": {
-    "@jbrowse/core": "^4.1.1",
-    "@jbrowse/mobx-state-tree": "^5.5.0",
-    "@mui/material": "^7.3.7",
+    "@jbrowse/core": "^4.3.0",
+    "@jbrowse/mobx-state-tree": "^5.8.7",
+    "@mui/material": "^7.3.11",
     "mobx": "^6.6.1",
     "mobx-react": "^9.0.0",
     "prop-types": "^15.8.1",

package/src/ApolloInternetAccount/components/AuthTypeSelector.tsx

@@ -13,7 +13,12 @@ import React, { useEffect, useState } from 'react'
 import { Dialog } from '../../components/Dialog'
 import { createFetchErrorMessage } from '../../util'
 
-import { GoogleButton, GuestButton, MicrosoftButton } from './LoginButtons'
+import {
+  GenericButton,
+  GoogleButton,
+  GuestButton,
+  MicrosoftButton,
+} from './LoginButtons'
 
 const useStyles = makeStyles()((theme) => ({
   divider: {
@@ -22,6 +27,12 @@ const useStyles = makeStyles()((theme) => ({
   },
 }))
 
+interface AuthType {
+  name: string
+  message: string
+  needsPopup: boolean
+}
+
 export const AuthTypeSelector = ({
   baseURL,
   handleClose,
@@ -29,11 +40,11 @@ export const AuthTypeSelector = ({
 }: {
   baseURL: string
   name: string
-  handleClose: (type?: 'google' | 'microsoft' | 'guest' | Error) => void
+  handleClose: (type?: AuthType | Error) => void
 }) => {
   const { classes } = useStyles()
   const [errorMessage, setErrorMessage] = useState('')
-  const [loginTypes, setLoginTypes] = useState<string[]>([])
+  const [loginTypes, setLoginTypes] = useState<null | AuthType[]>(null)
   useEffect(() => {
     const controller = new AbortController()
     const { signal } = controller
@@ -48,8 +59,11 @@ export const AuthTypeSelector = ({
         setErrorMessage(newErrorMessage)
         return
       }
-      const data = (await response.json()) as string[]
+      const data = (await response.json()) as AuthType[]
       setLoginTypes(data)
+      if (data.length === 0) {
+        setErrorMessage('No login types configured')
+      }
     }
     getAuthTypes().catch((error) => {
       if (!isAbortException(error)) {
@@ -66,19 +80,20 @@ export const AuthTypeSelector = ({
     }
   }, [baseURL])
 
-  function handleClick(authType: 'google' | 'microsoft' | 'guest') {
-    if (authType === 'google') {
-      handleClose('google')
-    } else if (authType === 'microsoft') {
-      handleClose('microsoft')
-    } else {
-      handleClose('guest')
-    }
+  function handleClick(authType: AuthType) {
+    handleClose(authType)
+  }
+
+  if (loginTypes === null) {
+    return 'Loading…'
+  }
+
+  const firstLoginType = loginTypes.at(0)
+
+  if (firstLoginType && loginTypes.length === 1 && !firstLoginType.needsPopup) {
+    handleClick(firstLoginType)
   }
 
-  const allowGoogle = loginTypes.includes('google')
-  const allowMicrosoft = loginTypes.includes('microsoft')
-  const allowGuest = loginTypes.includes('guest')
   return (
     <Dialog
       open
@@ -90,32 +105,52 @@ export const AuthTypeSelector = ({
       <DialogContent
         style={{ display: 'flex', flexDirection: 'column', paddingTop: 8 }}
       >
-        {allowGoogle ? (
-          <GoogleButton
-            disabled={!allowGoogle}
-            onClick={() => {
-              handleClick('google')
-            }}
-          />
-        ) : null}
-        {allowMicrosoft ? (
-          <MicrosoftButton
-            disabled={!allowMicrosoft}
-            onClick={() => {
-              handleClick('microsoft')
-            }}
-          />
-        ) : null}
-        {allowGuest ? (
-          <>
-            <Divider className={classes.divider} />
-            <GuestButton
+        {loginTypes.map((loginType) => {
+          if (loginType.name === 'google') {
+            return (
+              <GoogleButton
+                key={loginType.name}
+                message={loginType.message}
+                onClick={() => {
+                  handleClick(loginType)
+                }}
+              />
+            )
+          }
+          if (loginType.name === 'microsoft') {
+            return (
+              <MicrosoftButton
+                key={loginType.name}
+                message={loginType.message}
+                onClick={() => {
+                  handleClick(loginType)
+                }}
+              />
+            )
+          }
+          if (loginType.name === 'guest') {
+            return (
+              <React.Fragment key={loginType.name}>
+                <Divider className={classes.divider} />
+                <GuestButton
+                  message={loginType.message}
+                  onClick={() => {
+                    handleClick(loginType)
+                  }}
+                />
+              </React.Fragment>
+            )
+          }
+          return (
+            <GenericButton
+              key={loginType.name}
+              message={loginType.message}
               onClick={() => {
-                handleClick('guest')
+                handleClick(loginType)
               }}
             />
-          </>
-        ) : null}
+          )
+        })}
       </DialogContent>
       <DialogActions>
         <Button

package/src/ApolloInternetAccount/components/LoginButtons.tsx

@@ -1,5 +1,6 @@
 import { makeStyles } from '@jbrowse/core/util/tss-react'
 import AccountCircleIcon from '@mui/icons-material/AccountCircle'
+import BusinessIcon from '@mui/icons-material/Business'
 import { Button, type ButtonProps } from '@mui/material'
 import React from 'react'
 
@@ -17,38 +18,43 @@ const useStyles = makeStyles()((theme) => ({
   },
 }))
 
-export function GoogleButton(props: ButtonProps) {
+interface LoginButtonProps extends ButtonProps {
+  message: string
+}
+
+export function GoogleButton(props: LoginButtonProps) {
   const { classes } = useStyles()
-  const { disabled } = props
+  const { message } = props
   return (
     <Button
       className={classes.loginButton}
       variant="outlined"
-      startIcon={<Google color={disabled ? 'disabled' : undefined} />}
+      startIcon={<Google />}
       {...props}
     >
-      Sign in with Google
+      {message}
     </Button>
   )
 }
 
-export function MicrosoftButton(props: ButtonProps) {
+export function MicrosoftButton(props: LoginButtonProps) {
   const { classes } = useStyles()
-  const { disabled } = props
+  const { message } = props
   return (
     <Button
       className={classes.loginButton}
       variant="outlined"
-      startIcon={<Microsoft color={disabled ? 'disabled' : undefined} />}
+      startIcon={<Microsoft />}
       {...props}
     >
-      Sign in with Microsoft
+      {message}
     </Button>
   )
 }
 
-export function GuestButton(props: ButtonProps) {
+export function GuestButton(props: LoginButtonProps) {
   const { classes } = useStyles()
+  const { message } = props
   return (
     <Button
       className={classes.loginButton}
@@ -56,7 +62,22 @@ export function GuestButton(props: ButtonProps) {
       startIcon={<AccountCircleIcon fontSize="small" />}
       {...props}
     >
-      Continue as Guest
+      {message}
+    </Button>
+  )
+}
+
+export function GenericButton(props: LoginButtonProps) {
+  const { classes } = useStyles()
+  const { message } = props
+  return (
+    <Button
+      className={classes.loginButton}
+      variant="outlined"
+      startIcon={<BusinessIcon fontSize="small" />}
+      {...props}
+    >
+      {message}
     </Button>
   )
 }

package/src/ApolloInternetAccount/model.ts

@@ -41,7 +41,10 @@ import { createFetchErrorMessage } from '../util'
 import { AuthTypeSelector } from './components/AuthTypeSelector'
 import type { ApolloInternetAccountConfigModel } from './configSchema'
 
-type AuthType = 'google' | 'microsoft' | 'guest'
+interface AuthType {
+  name: string
+  needsPopup: boolean
+}
 
 type Role = 'admin' | 'user' | 'readOnly' | 'none'
 
@@ -255,13 +258,13 @@ const stateModelFactory = (configSchema: ApolloInternetAccountConfigModel) => {
             )
           },
         )
-        if (authType !== 'guest') {
+        if (authType.needsPopup) {
           // eslint-disable-next-line @typescript-eslint/no-floating-promises
-          self.openAuthWindow(authType, resolve, reject)
+          self.openAuthWindow(authType.name, resolve, reject)
           return
         }
         const url = new URL('auth/login', baseURL)
-        const searchParams = new URLSearchParams({ type: authType })
+        const searchParams = new URLSearchParams({ type: authType.name })
         url.search = searchParams.toString()
         const uri = url.toString()
         const response = await fetch(uri, { signal: self.controller.signal })
@@ -396,7 +399,7 @@ const stateModelFactory = (configSchema: ApolloInternetAccountConfigModel) => {
         socket.on('COMMON', (message: ChangeMessage | CheckResultUpdate) => {
           if ('checkResult' in message) {
             if (message.deleted) {
-              deleteCheckResult(message.checkResult._id.toString())
+              deleteCheckResult(message.checkResult._id)
             } else {
               addCheckResult(message.checkResult)
             }

package/src/ApolloJobModel.ts

@@ -1,4 +1,3 @@
-/* eslint-disable @typescript-eslint/no-unsafe-assignment */
 /* eslint-disable @typescript-eslint/no-confusing-void-expression */
 import {
   type SessionWithWidgets,
@@ -35,14 +34,10 @@ export const ApolloJobModel = types
   .views((self) => ({
     get jobStatusWidget() {
       const { widgets } = getSession(self) as SessionWithWidgets
-      let jobStatusWidget = widgets.get('JobsList')
-      if (!jobStatusWidget) {
+      const jobStatusWidget =
+        widgets.get('JobsList') ??
         // @ts-expect-error: addWidget function not detected on the session
-        jobStatusWidget = getSession(self).addWidget(
-          'JobsListWidget',
-          'JobsList',
-        )
-      }
+        getSession(self).addWidget('JobsListWidget', 'JobsList')
       return jobStatusWidget as unknown as JobsListModel
     },
   }))

package/src/ApolloTextSearchAdapter/ApolloTextSearchAdapter.ts

@@ -78,7 +78,7 @@ export class ApolloTextSearchAdapter
     const { assemblyManager } = session as unknown as AbstractSessionModel
     for (const assemblyName of this.assemblyNames) {
       const backendDriver = apolloDataStore.getBackendDriver(assemblyName)
-      const assembly = assemblyManager.get(assemblyName)
+      const assembly = assemblyManager.get(assemblyName) as Assembly | undefined
       if (!(backendDriver && assembly)) {
         continue
       }

package/src/BackendDrivers/CollaborationServerDriver.ts

@@ -166,9 +166,7 @@ export class CollaborationServerDriver extends BackendDriver {
         const localSessionId = makeUserSessionId(token)
         const changeManager = new ChangeManager(this.clientStore)
         // Save server last change sequence into session storage
-        internetAccount.setLastChangeSequenceNumber(
-          Number(message.changeSequence),
-        )
+        internetAccount.setLastChangeSequenceNumber(message.changeSequence)
         if (message.userSessionId === localSessionId) {
           return // we did this change, no need to apply it again
         }
@@ -218,14 +216,12 @@ export class CollaborationServerDriver extends BackendDriver {
       const seq = await inFlightPromise
       return { seq, refSeq }
     }
-    let apolloAssembly = this.clientStore.assemblies.get(assemblyName)
-    if (!apolloAssembly) {
-      apolloAssembly = this.clientStore.addAssembly(assemblyName)
-    }
-    let apolloRefSeq = apolloAssembly.refSeqs.get(refSeq)
-    if (!apolloRefSeq) {
-      apolloRefSeq = apolloAssembly.addRefSeq(refSeq, refName)
-    }
+    const apolloAssembly =
+      this.clientStore.assemblies.get(assemblyName) ??
+      this.clientStore.addAssembly(assemblyName)
+    const apolloRefSeq =
+      apolloAssembly.refSeqs.get(refSeq) ??
+      apolloAssembly.addRefSeq(refSeq, refName)
     const clientStoreSequence = apolloRefSeq.getSequence(start, end)
     if (clientStoreSequence.length === end - start) {
       return { seq: clientStoreSequence, refSeq }

package/src/BackendDrivers/LocalDriver/LocalDriver.ts

@@ -74,7 +74,9 @@ export class LocalDriver extends BackendDriver {
   async getSequence(region: Region): Promise<{ seq: string; refSeq: string }> {
     const session = getSession(this.clientStore)
     const { assemblyManager } = session
-    const assembly = await assemblyManager.waitForAssembly(region.assemblyName)
+    const assembly = (await assemblyManager.waitForAssembly(
+      region.assemblyName,
+    )) as Assembly | undefined
     if (!assembly) {
       throw new Error(`Assembly not found: "${region.assemblyName}"`)
     }
@@ -96,7 +98,10 @@ export class LocalDriver extends BackendDriver {
       undefined,
       pluginManager,
     ) as BaseSequenceAdapter
-    const seq = await adapter.getSequence(region)
+    const seq = await adapter.getSequence({
+      ...region,
+      refName: assembly.getSeqAdapterRefName(region.refName),
+    })
     if (!seq) {
       throw new Error(`Sequence not found: ${JSON.stringify(region)}`)
     }
@@ -106,7 +111,9 @@ export class LocalDriver extends BackendDriver {
   async getRegions(assemblyName: string): Promise<Region[]> {
     const session = getSession(this.clientStore)
     const { assemblyManager } = session
-    const assembly = await assemblyManager.waitForAssembly(assemblyName)
+    const assembly = (await assemblyManager.waitForAssembly(assemblyName)) as
+      | Assembly
+      | undefined
     if (!assembly) {
       throw new Error(`Assembly not found: "${assemblyName}"`)
     }
@@ -124,7 +131,9 @@ export class LocalDriver extends BackendDriver {
   async getRefNameAliases(assemblyName: string): Promise<RefNameAliases[]> {
     const session = getSession(this.clientStore)
     const { assemblyManager } = session
-    const assembly = await assemblyManager.waitForAssembly(assemblyName)
+    const assembly = (await assemblyManager.waitForAssembly(assemblyName)) as
+      | Assembly
+      | undefined
     if (!assembly) {
       throw new Error(`Assembly not found: "${assemblyName}"`)
     }

package/src/FeatureDetailsWidget/ApolloFeatureDetailsWidget.tsx

@@ -35,6 +35,7 @@ export const ApolloFeatureDetailsWidget = observer(
     const [panelState, setPanelState] = useState<string[]>(['attributes'])
 
     useEffect(() => {
+      // eslint-disable-next-line @eslint-react/set-state-in-effect
       setPanelState(['attributes'])
     }, [feature])
 

package/src/FeatureDetailsWidget/ApolloTranscriptDetailsWidget.tsx

@@ -1,3 +1,5 @@
+/* eslint-disable @eslint-react/set-state-in-effect */
+/* eslint-disable @eslint-react/static-components */
 import type { AnnotationFeature } from '@apollo-annotation/mst'
 import styled from '@emotion/styled'
 import {
@@ -66,10 +68,10 @@ export const ApolloTranscriptDetailsWidget = observer(
 
     useEffect(() => {
       setPanelState(DEFAULT_PANELS)
-      // eslint-disable-next-line react-hooks/exhaustive-deps
+      // eslint-disable-next-line @eslint-react/exhaustive-deps
     }, [feature])
 
-    const session = getSession(model) as unknown as AbstractSessionModel
+    const session = getSession(model)
     const { pluginManager } = getEnv(session)
     const apolloSession = getSession(model) as unknown as ApolloSessionModel
     const currentAssembly =

package/src/FeatureDetailsWidget/Attributes.tsx

@@ -1,3 +1,4 @@
+/* eslint-disable @eslint-react/static-components */
 import type { AnnotationFeature } from '@apollo-annotation/mst'
 import { FeatureAttributeChange } from '@apollo-annotation/shared'
 import { type AbstractSessionModel, getEnv } from '@jbrowse/core/util'

package/src/FeatureDetailsWidget/DefaultAttributeEditor.tsx

@@ -49,6 +49,7 @@ export const DefaultAttributeEditor = observer(function DefaultAttributeEditor({
   return (
     <>
       {newValues.map((value, idx) => (
+        // eslint-disable-next-line @eslint-react/no-array-index-key
         <div key={`${idx}-${value}`} style={{ display: 'flex' }}>
           <StringTextField
             value={value}

package/src/FeatureDetailsWidget/DefaultAttributeViewer.tsx

@@ -10,6 +10,7 @@ export function DefaultAttributeViewer({ values }: AttributeViewerProps) {
     <>
       {values?.map((value, idx) => (
         <Typography
+          // eslint-disable-next-line @eslint-react/no-array-index-key
           key={`${idx}.${value}`}
           variant="body2"
           color="textSecondary"

package/src/FeatureDetailsWidget/NumberTextField.tsx

@@ -1,3 +1,4 @@
+/* eslint-disable @eslint-react/set-state-in-effect */
 /* eslint-disable @typescript-eslint/unbound-method */
 /* eslint-disable @typescript-eslint/no-unsafe-argument */
 import { TextField, type TextFieldProps } from '@mui/material'

package/src/FeatureDetailsWidget/StringTextField.tsx

@@ -1,3 +1,4 @@
+/* eslint-disable @eslint-react/set-state-in-effect */
 /* eslint-disable @typescript-eslint/unbound-method */
 /* eslint-disable @typescript-eslint/no-unsafe-argument */
 import { TextField, type TextFieldProps } from '@mui/material'

package/src/FeatureDetailsWidget/TranscriptSequence.tsx

@@ -1,3 +1,4 @@
+/* eslint-disable @eslint-react/set-state-in-effect */
 import type { AnnotationFeature } from '@apollo-annotation/mst'
 import { splitStringIntoChunks } from '@apollo-annotation/shared'
 import { defaultCodonTable, revcom } from '@jbrowse/core/util'
@@ -214,7 +215,7 @@ export const TranscriptSequence = observer(function TranscriptSequence({
     } else {
       setSequenceOptions(defaultSequenceOptions)
     }
-    // eslint-disable-next-line react-hooks/exhaustive-deps
+    // eslint-disable-next-line @eslint-react/exhaustive-deps
   }, [feature])
 
   if (!(currentAssembly && refData)) {