rsvm 0.0.1

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Files changed (27) hide show
  1. data/.gitignore +6 -0
  2. data/Gemfile +6 -0
  3. data/README.md +89 -0
  4. data/Rakefile +41 -0
  5. data/ext/libsvm/COPYRIGHT +31 -0
  6. data/ext/libsvm/FAQ.html +1837 -0
  7. data/ext/libsvm/README +748 -0
  8. data/ext/libsvm/extconf.rb +3 -0
  9. data/ext/libsvm/svm.cpp +3213 -0
  10. data/ext/libsvm/svm.h +102 -0
  11. data/lib/svm.rb +119 -0
  12. data/lib/svm/cross_validation.rb +39 -0
  13. data/lib/svm/debug.rb +12 -0
  14. data/lib/svm/model.rb +68 -0
  15. data/lib/svm/options.rb +69 -0
  16. data/lib/svm/problem.rb +151 -0
  17. data/lib/svm/scaler.rb +82 -0
  18. data/lib/svm/version.rb +3 -0
  19. data/rsvm.gemspec +25 -0
  20. data/test/fixtures/heart_scale.csv +270 -0
  21. data/test/fixtures/unbalanced.csv +164 -0
  22. data/test/lib/cross_validation_test.rb +35 -0
  23. data/test/lib/model_test.rb +84 -0
  24. data/test/lib/problem_test.rb +39 -0
  25. data/test/lib/scaler_test.rb +57 -0
  26. data/test/test_helper.rb +3 -0
  27. metadata +101 -0
data/lib/svm/scaler.rb ADDED
@@ -0,0 +1,82 @@
1
+ require 'yaml'
2
+
3
+ module Svm
4
+ class Scaler
5
+ attr_reader :data
6
+ attr_reader :num_samples
7
+ attr_reader :num_features
8
+
9
+ def self.scale(data)
10
+ instance = self.new(data)
11
+ instance.scale!
12
+
13
+ instance
14
+ end
15
+
16
+ def initialize(data)
17
+ @data = data
18
+
19
+ @num_samples = data.size
20
+ @num_features = data.first.size - 1
21
+ end
22
+
23
+ def scale!
24
+ (1..num_features).each do |i|
25
+ max = values_for_feature(i).compact.max
26
+ min = values_for_feature(i).compact.min
27
+
28
+ diff = (max - min).to_f
29
+
30
+ unit[i] = diff/2.0
31
+ zero[i] = min + unit[i]
32
+ end
33
+
34
+ data.collect { |sample| scale(sample, true) }
35
+ end
36
+
37
+ def scale(sample, with_labels = false)
38
+ # If the sample does't have label it should be accessed
39
+ # one more position to the left
40
+ offset = with_labels ? 0 : -1
41
+
42
+ (1..num_features).each do |i|
43
+ new_value = sample[i+offset].to_f - zero[i]
44
+ new_value = new_value / unit[i] unless unit[i] == 0
45
+ sample[i+offset] = new_value
46
+ end
47
+
48
+ sample
49
+ end
50
+
51
+ def values_for_feature(i)
52
+ @data.collect { |sample| sample[i] }
53
+ end
54
+
55
+ def labels
56
+ values_for_feature 0
57
+ end
58
+
59
+ def unit
60
+ @unit ||= []
61
+ end
62
+
63
+ def zero
64
+ @zero ||= []
65
+ end
66
+
67
+ # Release references to data so it can be garbage collected
68
+ def release_data!
69
+ @data = nil
70
+ end
71
+
72
+ def save(path)
73
+ File.open(path, 'w+') do |f|
74
+ f.write(YAML.dump(self))
75
+ end
76
+ end
77
+
78
+ def self.load(path)
79
+ YAML.load(File.read(path))
80
+ end
81
+ end
82
+ end
data/lib/svm/version.rb ADDED
@@ -0,0 +1,3 @@
1
+ module Svm
2
+ VERSION = "0.0.1"
3
+ end
data/rsvm.gemspec ADDED
@@ -0,0 +1,25 @@
1
+ # -*- encoding: utf-8 -*-
2
+ $:.push File.expand_path("../lib", __FILE__)
3
+ require "svm/version"
4
+
5
+ Gem::Specification.new do |s|
6
+ s.name = "rsvm"
7
+ s.version = Svm::VERSION
8
+ s.authors = ["Alberto Fernández Capel"]
9
+ s.email = ["afcapel@gmail.com"]
10
+ s.homepage = "https://github.com/afcapel/rsvm"
11
+ s.summary = "Support Vector Machine Gem"
12
+ s.description = "FFI Ruby wrapper around libsvm"
13
+
14
+ s.rubyforge_project = "rsvm"
15
+
16
+ s.files = `git ls-files`.split("\n")
17
+ s.test_files = `git ls-files -- {test,spec,features}/*`.split("\n")
18
+ s.executables = `git ls-files -- bin/*`.split("\n").map{ |f| File.basename(f) }
19
+ s.require_paths = ["lib"]
20
+
21
+ # specify any dependencies here; for example:
22
+ s.add_runtime_dependency "ffi"
23
+
24
+ s.extensions << 'ext/libsvm/extconf.rb'
25
+ end
data/test/fixtures/heart_scale.csv ADDED
@@ -0,0 +1,270 @@
1
+ +1, 70.000000, 1.000000, 4.000000, 130.000000, 322.000000, 0.000000, 2.000000, 109.000000, 0.000000, 2.400000, 2.000000, 3.000000, 3.000000
2
+ -1, 67.000000, 0.000000, 3.000000, 115.000000, 564.000000, 0.000000, 2.000000, 160.000000, 0.000000, 1.600000, 2.000000, 0.000000, 7.000000
3
+ +1, 57.000000, 1.000000, 2.000000, 124.000000, 261.000000, 0.000000, 0.000000, 141.000000, 0.000000, 0.300000, 1.000000, 0.000000, 7.000000
4
+ -1, 64.000000, 1.000000, 4.000000, 128.000000, 263.000000, 0.000000, 0.000000, 105.000000, 1.000000, 0.200000, 2.000000, 1.000000, 7.000000
5
+ -1, 74.000000, 0.000000, 2.000000, 120.000000, 269.000000, 0.000000, 2.000000, 121.000000, 1.000000, 0.200000, 1.000000, 1.000000, 3.000000
6
+ -1, 65.000000, 1.000000, 4.000000, 120.000000, 177.000000, 0.000000, 0.000000, 140.000000, 0.000000, 0.400000, 1.000000, 0.000000, 7.000000
7
+ +1, 56.000000, 1.000000, 3.000000, 130.000000, 256.000000, 1.000000, 2.000000, 142.000000, 1.000000, 0.600000, 2.000000, 1.000000, 6.000000
8
+ +1, 59.000000, 1.000000, 4.000000, 110.000000, 239.000000, 0.000000, 2.000000, 142.000000, 1.000000, 1.200000, 2.000000, 1.000000, 7.000000
9
+ +1, 60.000000, 1.000000, 4.000000, 140.000000, 293.000000, 0.000000, 2.000000, 170.000000, 0.000000, 1.200000, 2.000000, 2.000000, 7.000000
10
+ +1, 63.000000, 0.000000, 4.000000, 150.000000, 407.000000, 0.000000, 2.000000, 154.000000, 0.000000, 4.000000, 2.000000, 3.000000, 7.000000
11
+ -1, 59.000000, 1.000000, 4.000000, 135.000000, 234.000000, 0.000000, 0.000000, 161.000000, 0.000000, 0.500000, 2.000000, 0.000000, 7.000000
12
+ -1, 53.000000, 1.000000, 4.000000, 142.000000, 226.000000, 0.000000, 2.000000, 111.000000, 1.000000, 0.000000, 1.000000, 0.000000, 7.000000
13
+ -1, 44.000000, 1.000000, 3.000000, 140.000000, 235.000000, 0.000000, 2.000000, 180.000000, 0.000000, 0.000000, 1.000000, 0.000000, 3.000000
14
+ +1, 61.000000, 1.000000, 1.000000, 134.000000, 234.000000, 0.000000, 0.000000, 145.000000, 0.000000, 2.600000, 2.000000, 2.000000, 3.000000
15
+ -1, 57.000000, 0.000000, 4.000000, 128.000000, 303.000000, 0.000000, 2.000000, 159.000000, 0.000000, 0.000000, 1.000000, 1.000000, 3.000000
16
+ -1, 71.000000, 0.000000, 4.000000, 112.000000, 149.000000, 0.000000, 0.000000, 125.000000, 0.000000, 1.600000, 2.000000, 0.000000, 3.000000
17
+ +1, 46.000000, 1.000000, 4.000000, 140.000000, 311.000000, 0.000000, 0.000000, 120.000000, 1.000000, 1.800000, 2.000000, 2.000000, 7.000000
18
+ +1, 53.000000, 1.000000, 4.000000, 140.000000, 203.000000, 1.000000, 2.000000, 155.000000, 1.000000, 3.100000, 3.000000, 0.000000, 7.000000
19
+ -1, 64.000000, 1.000000, 1.000000, 110.000000, 211.000000, 0.000000, 2.000000, 144.000000, 1.000000, 1.800000, 2.000000, 0.000000, 3.000000
20
+ -1, 40.000000, 1.000000, 1.000000, 140.000000, 199.000000, 0.000000, 0.000000, 178.000000, 1.000000, 1.400000, 1.000000, 0.000000, 7.000000
21
+ +1, 67.000000, 1.000000, 4.000000, 120.000000, 229.000000, 0.000000, 2.000000, 129.000000, 1.000000, 2.600000, 2.000000, 2.000000, 7.000000
22
+ -1, 48.000000, 1.000000, 2.000000, 130.000000, 245.000000, 0.000000, 2.000000, 180.000000, 0.000000, 0.200000, 2.000000, 0.000000, 3.000000
23
+ -1, 43.000000, 1.000000, 4.000000, 115.000000, 303.000000, 0.000000, 0.000000, 181.000000, 0.000000, 1.200000, 2.000000, 0.000000, 3.000000
24
+ -1, 47.000000, 1.000000, 4.000000, 112.000000, 204.000000, 0.000000, 0.000000, 143.000000, 0.000000, 0.100000, 1.000000, 0.000000, 3.000000
25
+ -1, 54.000000, 0.000000, 2.000000, 132.000000, 288.000000, 1.000000, 2.000000, 159.000000, 1.000000, 0.000000, 1.000000, 1.000000, 3.000000
26
+ -1, 48.000000, 0.000000, 3.000000, 130.000000, 275.000000, 0.000000, 0.000000, 139.000000, 0.000000, 0.200000, 1.000000, 0.000000, 3.000000
27
+ -1, 46.000000, 0.000000, 4.000000, 138.000000, 243.000000, 0.000000, 2.000000, 152.000000, 1.000000, 0.000000, 2.000000, 0.000000, 3.000000
28
+ -1, 51.000000, 0.000000, 3.000000, 120.000000, 295.000000, 0.000000, 2.000000, 157.000000, 0.000000, 0.600000, 1.000000, 0.000000, 3.000000
29
+ +1, 58.000000, 1.000000, 3.000000, 112.000000, 230.000000, 0.000000, 2.000000, 165.000000, 0.000000, 2.500000, 2.000000, 1.000000, 7.000000
30
+ -1, 71.000000, 0.000000, 3.000000, 110.000000, 265.000000, 1.000000, 2.000000, 130.000000, 0.000000, 0.000000, 1.000000, 1.000000, 3.000000
31
+ +1, 57.000000, 1.000000, 3.000000, 128.000000, 229.000000, 0.000000, 2.000000, 150.000000, 0.000000, 0.400000, 2.000000, 1.000000, 7.000000
32
+ -1, 66.000000, 1.000000, 4.000000, 160.000000, 228.000000, 0.000000, 2.000000, 138.000000, 0.000000, 2.300000, 1.000000, 0.000000, 6.000000
33
+ -1, 37.000000, 0.000000, 3.000000, 120.000000, 215.000000, 0.000000, 0.000000, 170.000000, 0.000000, 0.000000, 1.000000, 0.000000, 3.000000
34
+ +1, 59.000000, 1.000000, 4.000000, 170.000000, 326.000000, 0.000000, 2.000000, 140.000000, 1.000000, 3.400000, 3.000000, 0.000000, 7.000000
35
+ +1, 50.000000, 1.000000, 4.000000, 144.000000, 200.000000, 0.000000, 2.000000, 126.000000, 1.000000, 0.900000, 2.000000, 0.000000, 7.000000
36
+ +1, 48.000000, 1.000000, 4.000000, 130.000000, 256.000000, 1.000000, 2.000000, 150.000000, 1.000000, 0.000000, 1.000000, 2.000000, 7.000000
37
+ +1, 61.000000, 1.000000, 4.000000, 140.000000, 207.000000, 0.000000, 2.000000, 138.000000, 1.000000, 1.900000, 1.000000, 1.000000, 7.000000
38
+ +1, 59.000000, 1.000000, 1.000000, 160.000000, 273.000000, 0.000000, 2.000000, 125.000000, 0.000000, 0.000000, 1.000000, 0.000000, 3.000000
39
+ -1, 42.000000, 1.000000, 3.000000, 130.000000, 180.000000, 0.000000, 0.000000, 150.000000, 0.000000, 0.000000, 1.000000, 0.000000, 3.000000
40
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41
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123
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124
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125
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126
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127
+ +1, 62.000000, 1.000000, 4.000000, 120.000000, 267.000000, 0.000000, 0.000000, 99.000000 , .000000 , .800000 , .000000 , .000000 , .000000
128
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129
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132
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133
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134
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135
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138
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140
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142
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144
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145
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146
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147
+ +1, 52.000000, 1.000000, 4.000000, 112.000000, 230.000000, 0.000000, 0.000000, 160.000000, 0.000000, 0.000000, 1.000000, 1.000000, 3.000000
148
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204
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206
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207
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209
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210
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211
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212
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213
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215
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216
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217
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218
+ -1, 51.000000, 1.000000, 3.000000, 94.000000 , 27.000000 , .000000 , .000000 , 54.000000 , .000000 , .000000 , .000000 , .000000 , .000000
219
+ -1, 54.000000, 1.000000, 3.000000, 120.000000, 258.000000, 0.000000, 2.000000, 147.000000, 0.000000, 0.400000, 2.000000, 0.000000, 7.000000
220
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221
+ +1, 54.000000, 1.000000, 4.000000, 110.000000, 239.000000, 0.000000, 0.000000, 126.000000, 1.000000, 2.800000, 2.000000, 1.000000, 7.000000
222
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223
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224
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225
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226
+ -1, 41.000000, 1.000000, 2.000000, 135.000000, 203.000000, 0.000000, 0.000000, 132.000000, 0.000000, 0.000000, 2.000000, 0.000000, 6.000000
227
+ +1, 62.000000, 0.000000, 3.000000, 130.000000, 263.000000, 0.000000, 0.000000, 97.000000 , .000000 , .200000 , .000000 , .000000 , .000000
228
+ +1, 43.000000, 0.000000, 4.000000, 132.000000, 341.000000, 1.000000, 2.000000, 136.000000, 1.000000, 3.000000, 2.000000, 0.000000, 7.000000
229
+ -1, 58.000000, 0.000000, 1.000000, 150.000000, 283.000000, 1.000000, 2.000000, 162.000000, 0.000000, 1.000000, 1.000000, 0.000000, 3.000000
230
+ -1, 52.000000, 1.000000, 1.000000, 118.000000, 186.000000, 0.000000, 2.000000, 190.000000, 0.000000, 0.000000, 2.000000, 0.000000, 6.000000
231
+ +1, 61.000000, 0.000000, 4.000000, 145.000000, 307.000000, 0.000000, 2.000000, 146.000000, 1.000000, 1.000000, 2.000000, 0.000000, 7.000000
232
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233
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234
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235
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236
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237
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238
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240
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241
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242
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244
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247
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248
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249
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250
+ +1, 60.000000, 1.000000, 4.000000, 145.000000, 282.000000, 0.000000, 2.000000, 142.000000, 1.000000, 2.800000, 2.000000, 2.000000, 7.000000
251
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252
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253
+ +1, 44.000000, 1.000000, 4.000000, 112.000000, 290.000000, 0.000000, 2.000000, 153.000000, 0.000000, 0.000000, 1.000000, 1.000000, 3.000000
254
+ -1, 51.000000, 1.000000, 3.000000, 110.000000, 175.000000, 0.000000, 0.000000, 123.000000, 0.000000, 0.600000, 1.000000, 0.000000, 3.000000
255
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257
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258
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259
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262
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263
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265
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24
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36
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41
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56
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92
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93
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141
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142
+ +1, 43.000000, 0.000000, 4.000000, 132.000000, 341.000000, 1.000000, 2.000000, 136.000000, 1.000000, 3.000000, 2.000000, 0.000000, 7.000000
143
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144
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145
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146
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147
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148
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149
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