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data/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.rb

@@ -1,1055 +0,0 @@
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-
-german('Mikrobielle Physiologie') {
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-  padding: 0.5em;
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-}
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-}
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-'
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-
-# =========================================================================== #
-# === COMMON_CSS_CLASS
-# =========================================================================== #
-COMMON_CSS_CLASS = 'mars2em BOLD'
-
-# =========================================================================== #
-# === MAIN_DOCU_CSS_CLASS
-# =========================================================================== #
-MAIN_DOCU_CSS_CLASS = 'mar0px pad0px s0_5em marr2em'
-doc_smaller_preferred_width(MAIN_DOCU_CSS_CLASS) {
-  h1 dot(106, 'marr8px')+
-     string_span(
-       'Mikrobielle Physiologie',
-       css_class: 's4px BOLD',
-       css_style: 'border-bottom: 2px dotted royalblue'
-     ), 'mart1px marb0_5em'
-  # ========================================================================= #
-  # === Introduction
-  # ========================================================================= #
-  p_default_le {
-    e 'Die <b>mikrobielle Physiologie</b> beschäftigt sich mit den
-    <b>Grundmechanismen des Stoffwechsels und der Energieumwandlung
-    in Mikroorganismen</b>.'
-    br
-    e 'Mikroorganismen sind generell betrachtet die größten Chemiker auf
-    dem Planeten Erde. Ohne sie wäre höheres Leben auf dem Planeten
-    nicht möglich - der Sauerstoff ist, um ein Beispiel zu
-    bringen, das Ergebnis mikrobiellen Stoffwechsels.'
-    br
-    ee 'Auch für die Biotechnologie sind Mikroorganismen wichtig -
-    siehe Gärungsprozesse in der Lebensmittelbiotechnologie.'
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === Die metabolischen Eigenschaften der Clostridien
-  #
-  # Clostridium und dessen metabolische Eigenschaften, mitsamt
-  # Buttersäuregärung.
-  #
-  # Zwei Substratgruppen der Clostridien + Gärungsverlauf aller
-  # Gärungsprodukte wie gehabt mit Strukturformeln, Enzymen etc.
-  # Physiologie von Clostridien:
-  #
-  # - Beschreibung von Clostridien (Taxonomie und Merkmale). (2 Punkte)
-  # - Wie und woraus können Clostridien angereichert werden? (1 Punkt)
-  # - Welche Substrate können Clostridien verwerten? Jeweils ein
-  #   Bakterium aus jeder Substratgruppe nennen (3 Punkte)
-  # - Beschreiben Sie detailliert den Gärungsverlauf von Clostridien
-  #   der zwei gängigsten Substratgruppen (samt Enzymen, Strukturformeln
-  #   aller Intermediate und Bilanz). (8 Punkte)
-  # - Welche Effekte haben Clostridien aus diesen Substratgruppen auf
-  #   die menschliche Gesundheit? Nennen Sie die betreffenden Bakterien.
-  #   (1 Punkt)
-  # - Detailliert den Gärungsverlauf von Clostridien der zwei
-  #   gängigsten Substratgruppen beschreiben (Bilanz, Enzyme,
-  #   Strukturformel aller Intermediäre) (11 Punkte)
-  # - Welche Effekte haben Clostridien aus diesen substratgruppen auf 
-  #   die menschliche Gesundheit? Betreffenden Bakterien benennen. (1 Punkt)
-  #   Oxidation von molekularem Wasserstoff zur Energie- Generation bei Prokaryonten
-  # - Welche Bakterien können durch Ox zu mol Wasserstoff Energie
-  #   generieren? Wie heißen diese Bakterien? 2 Vertreter
-  #   nennen. (1 Punkt)
-  # - Die zugrunde liegende Bioenergetik beschreiben (2 Punkte)
-  #
-  # ========================================================================= #
-  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#clostridium_und_dessen_metabolische_eigenschaften_mitsamt_butters%C3%A4ureg%C3%A4rung
-  # ========================================================================= #
-  fancy2 'Clostridium und dessen metabolische Eigenschaften, mitsamt Buttersäuregärung'
-  p_default_le {
-    e '<i>Clostridien</i> sind <b>grampositive</b>, Sporen-bildende Bakterien
-    aus der Familie der <i>Clostridiaceae</i>. Die meisten Clostridien
-    sind <b>strikte Anaerobier</b> (und somit obligate Gärer). Zudem können
-    Clostridien nicht bei einem sauren pH-Wert wachsen.'
-    br
-    e 'Die <b>Endosporen</b> der Clostridien sind hitzeresistent und können
-    in siedendem Wasser viele Stunden überleben.'
-    br
-    e 'Ein bekannter Vertreter ist <i>Clostridium botulinum</i> -
-    bekannt aufgrund des Botulinus-Toxins.'
-    br
-    e 'Unter dem Aspekt ihrer bevorzugten Energiequelle können
-    Clostridien in drei große Gruppen eingeteilt werden:'
-    br; reset_the_counter
-    counter '<b>Proteolytische Clostridien</b>: Spaltung von
-    Eiweißen und/oder paarweise Umsetzung von Aminosäuren','mars3em'
-    counter '<b>Harnsäure-spaltende Clostridien</b>, zum Beispiel
-    <i>Clostridium acidi-urici</i>','mars3em'
-    counter '<b>Saccharolytische Clostridien</b>: Vergärung von
-    Kohlenhydraten (Zucker, Zellulose, Stärke)','mars3em'
-    br
-    e 'Hauptgärungsprodukte der saccharolytischen Clostridien sind
-    <b>Buttersäure</b>, <b>Aceton</b>, <b>Butanol</b>, <b>Kohlenstoffdioxid</b>
-    und <b>molekularer Wasserstoff</b> (<b>H₂</b>).'
-    br
-    e '<i>Clostridium ljungdahlii</i> wird in der Biotechnologie für
-    die Produktion von <b>Synthesegas</b> eingesetzt.
-    Synthesegas besteht aus Kohlenmonoxid (CO), Wasserstoff
-    (H₂) und Kohlendioxid (CO₂).'
-    br
-    e 'Es gibt zudem Vertreter von <i>Clostridien</i> die Stickstoff
-    fixieren können. Ein Beispiel hierzu ist <i>Clostridium
-    pasteurianum</i>.'
-    br
-    e 'Clostridien sind für die <b>Buttersäuregärung</b> berühmt.
-    Hierbei wird Zucker zu Buttersäure (Butyrat; Summenformel: C₄H₈O₂),
-    elementarem Wasserstoff (H₂) und Kohlenstoffdioxid (CO₂) abgebaut.'
-    br
-    e 'Buttersäuregärer können eingeteilt werden in
-    <b>saccharolytische Arten</b> (diese vergären
-    Kohlehydrate) oder in <b>peptolytische Arten</b> (diese
-    vergären Aminosäuren).'
-    br
-    selfy_newtab 'https://www.chemie.de/lexikon/Butters%C3%A4ureg%C3%A4rung.html',
-                  css_class: COMMON_CSS_CLASS
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === Der KDPG Weg                                               (KDPG tag)
-  # ========================================================================= #
-  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#der_kdpg_weg
-  # ========================================================================= #
-  fancy2 'Der KDPG Weg'
-  p_default_le {
-    e 'Der KDPG Weg wird auch <b>Entner-Doudoroff-Weg</b> genannt. Benannt
-    wurde dieser Weg nach den amerikanischen Biochemikern <b>N. Entner</b>
-    und <b>M. Doudoroff</b>. Beim KDPG-Weg handelt es sich um einen 
-    <b>Hexose-Abbauweg</b>.'
-    br
-    e '<b>KDPG</b> steht für die Substanz
-    <b><a href="https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fbioe.2020.00185/full">
-    2-Keto-3-desoxy-6-phosphogluconat</a></b>.'
-    br
-    e 'Der <b>KDPG Weg</b> kommt ausschließlich bei einigen Bakterien vor,
-    insbesondere bei den <b>Pseudomonaden</b> und bei <b>Zymomonas</b>, aber
-    auch bei <i>Rhizobium</i>, <i>Azotobacter</i> sowie <i>Agrobacterium</i>;
-    bei den <b>Pseudomonaden</b> ist der KDPG-Weg sogar die Hauptroute des
-    Glucose-Katabolismus, da sie die Glykolyse nicht verwenden können. Diesen
-    Bakterien fehlen oft bestimmte Enzyme, wie die <b>Phosphofructokinase-1</b>.
-    In <b>Zymomonas</b> ist der KDPG Weg überhaupt nur der einzige Weg für
-    den Abbau von Glucose.'
-    br
-    e 'Nur wenige gram-positive Bakterien verwenden den KDPG Weg. Ein
-    Beispiel für ein gram-positives Bakterium, welches den KDPG Weg
-    verwendet, ist <i>Enterococcus faecalis</i>.'
-    br
-    e 'Der KDPG Weg ist eine <b>Alternative</b> zum <b>Embden-Meyerhof-Weg</b>
-    (== der <b>klassischen Glykolyse</b>).'
-    br
-    e 'Die Energieausbeute in Form von Adenosintriphosphat (ATP) beträgt
-    jedoch nur <b>1 ATP pro Glucose</b> (<i>net yield of 1 ATP per every one
-    glucose molecule processed</i>); im Embden-Meyerhof Weg werden 
-    hingegen <b>2 ATP pro Glucose</b> gewonnen. Auch 1x NADH und
-    1x NADPH werden pro Zyklus im KDPG Weg gewonnen.'
-    br
-    boldbr 'Die <b>Nettobilanz</b> des KDPG Wegs geht wie folgt:'
-    br
-    cmd2 'D-Glucose + NADP⁺ + NAD⁺ + ADP + P<sub>i</sub> '+
-         gleichgewicht+' 2 Pyruvat + NADPH + NADH + ATP + 2 H⁺ + H₂O',
-         'darkblue mars3em BOLD'
-    br
-    e 'Folgendes Bild zeigt die wichtigsten Schritte des KDPG Wegs
-    an:'
-    br
-    dimg find_image('KDPG_Pathway'),
-         'round_black2 mars3em'
-    br
-    dimg find_image('colourized_KDPG_pathway'),
-         'round_black3 mars3em'
-    brbr
-    e 'Im ersten Schritt des KDPG Wegs wird <b>D-Glucose</b> zu
-    <b>Glucose-6-phosphat</b> (über die <b>Hexokinase</b>)
-    konvertiert. Hierbei wird <b>ATP verbraucht</b>.
-    <b>Glucose-6-phosphat</b> kann als Eintrittsmolekül
-    in den Zyklus aufgefasst werden.'
-    br
-    e 'Glucose-6-phosphat wird danach zu 6-Phosphogluconat dehydrogeniert,
-    über das Enzym <b>Glucose-6-phosphat-Dehydrogenase</b>.'
-    br
-    e 'Das nächste Substrat ist <b>6-Phosphogluconat</b>. Danach konvertiert
-    die Phosphogluconat-Dehydratase <b>6-Phosphogluconat</b> zu KDPG
-    (<b>2-Keto-3-desoxy-6-phosphogluconat</b>). Es entsteht danach
-    <b>Glycerinaldehyd-3-phosphat</b> (<b>GAP</b>) (synthetisiert durch das
-    Enzym <b>KDPG-Aldolase</b>) und schließlich <b>Pyruvat</b>. Das hierbei
-    entstehende Pyruvat kann dann, zum Beispiel von <i>Zymomonas mobilis</i>,
-    für die <b>alkoholische Gärung</b> (= Entstehung von Ethanol) verwendet
-    werden (über Acetaldehyd als Zwischenschritt).
-    Generell ist der KPDG-Weg ein Einstieg in den Gärungsstoffwechsel
-    mancher Bakterien.'
-    br
-    e 'Der KDPG Weg besitzt <b>zwei Schlüsselenzyme</b>:'
-    br; reset_the_counter
-    counter_li '6-PG-Dehydrogenase','mars3em'
-		counter_li 'KDPG-Aldolase','mars3em'
-    br
-    e 'Manche Bakterien, wie zum Beispiel <i>Escherichia coli</i>, nutzen
-    sowohl den <b>KDPG Weg</b> als auch die klassische Form der Glykolyse.'
-    br
-    e 'Wie gelangt <b>D-Glucose</b> in die bakterielle Zelle?'
-    br
-    e 'Dies geschieht über einen <b>H⁺-Symporter</b>, oder - bei
-    <i>Zymomonas mobilis</i> - durch <b>erleichterte Diffusion</b>.'
-    br
-    e 'Der KDPG Weg erlaubt die Verstoffwechslung von Gluconat,
-    sowie verwandter organischer Säuren, die in die Glykolyse nicht 
-    eintreten können. In <i>E. coli</i> können die beteiligten Gene
-    (wie zum Beispiel die <i>gluconate permease</i>)
-    durch Wachstum auf Gluconat als Substrat eingeschaltet
-    werden (== <i>induced by growth on gluconate</i>).'
-    br
-    selfy_newtab 'https://ocm.govtsciencecollegedurg.ac.in/Document/595_101944.pdf',
-                  css_class: COMMON_CSS_CLASS
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === Stickstofffixierung und Symbiose                     (stickstoff tag)
-  #
-  # Auch das Enzym im Detail hierzu genau beschreiben.
-  # ========================================================================= #
-  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#stickstofffixierung
-  # ========================================================================= #
-  fancy2('Stickstofffixierung - eine symbiotische Beziehung, als '\
-        'Teil des Stickstoffkreislaufs')
-  p_default_le(id: 'stickstofffixierung') {
-    e 'Einige Bakterien können <b>atmosphärischen Stickstoff</b> (N₂) fixieren
-    (= <i>"nitrogen fixation"</i>), sprich, in Assoziation mit Pflanzen 
-    <b class="darkblue">(bio)verfügbar</b> machen, als Teil des
-    <b>Stickstoffkreislaufs</b> auf dem Planeten Erde. Dabei entsteht
-    üblicherweise <b>Ammoniak</b> (<b>NH₃</b>) beziehungsweise
-    eigentlich <b>Ammonium-Ionen</b> (<b>NH₄⁺</b>).'
-    br
-    e 'Chemisch betrachtet ist diese Fixierung schwierig, da <b>N₂</b> aufgrund seiner 
-    <b>Dreifachbindung</b> sehr <b class="italic underline">reaktionsträge</b> ist -
-    also <b>chemisch relativ inert</b> ist. Dies bedingt daher das die Fixierung
-    von Stickstoff für das Bakterium äußerst <b>energieaufwändig</b> ist.'
-    br
-    dimg2 'science/plants/leguminosen_und_knöllchen_für_die_stickstoffixierung.png',
-          'https://i.imgur.com/BQcbdH1.png',
-          'marl5em rounded_black3'
-    dimg 'science/chemistry/N2.jpg','round_black2 marl1em'
-    dimg 'science/plants/Root_Nodules.jpg','round_black2 marl1em'
-    brbr # Freilebende versus symbiontische stickstofffixierende Bakterien
-    br
-    e 'Das Enzym, das für die Stickstofffixierung verwendet wird
-    (die Nitrogenase) wird an späterer Stelle genauer beschrieben.'
-    br
-    e 'Generell kann man stickstofffixierende Bakterien einteilen in
-    <b>freilebende Bakterien</b> und <b>symbiontische Bakterien</b>. Letztere
-    fixieren deutlich mehr Stickstoff als die freilebenden Bakterien.
-    In Summe werden in etwa 10¹¹ kg N₂ pro Jahr von Bakterien fixiert.'
-    br
-    e 'Bakterien die atmosphärischen Stickstoff fixieren können, wie zum
-    Beispiel die <i class="BOLD"> <a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Rhizobia">Rhizobia</a></i>,
-    nennt man <b class="italic">diazotroph</b>. Ein englischer Name hierfür,
-    welcher recht gut zu merken ist, ist <b class="italic">Bacterial fertilizers</b>.'
-    br
-    e 'Es handelt sich hierbei um eine <b>Symbiose</b>, die diese stickstofffixierende
-    Bakterien mit <b>Leguminosen</b> - wie zum Beispiel der <b>Sojabohne</b>
-    (<i>Glycine max</i>) - eingehen. Ohne diese Symbiose könnte <i>Rhizobia</i>
-    keinen Stickstoff fixieren. <i>Rhizobia</i> erhält hier von der Wirtspflanze
-    <b>Kohlenhydrate</b> und <b>Nährstoffe</b>, und versorgt seinerseits die Pflanze
-    eben mit diesem <b>fixierten Stickstoff</b>. Für die Leguminosen wiederum
-    gibt es auch einen <b>Selektionsvorteil</b>: sie können dank dieser Symbiose
-    auch <b>in unfruchtbaren Böden gedeihen</b>.'
-    br
-    e 'Die Rhizobien werden durch Substanzen von der Pflanze angelockt
-    und können sich - Dank ihrer Geisseln - zu der Pflanze hinbewegen.
-    Danach bilden sie sogenannte "<i class="BOLD">root nodules</i>" in
-    der Pflanze, wie am Bild oben zu sehen ist.'
-    br
-    e '<b>Stickstoff</b> ist für eine Pflanze eminent wichtig - es wirkt
-    oft als <b>ein <u>wachstumslimitierender Faktor</u></b>.'
-    br
-    e 'Auch Bäume gehen solche Symbiosen mit stickstofffixierenden
-    Mikroorganismen ein, wie zum Beispiel die <b>'+
-    string_link(:die_erle, content: 'Erle')+'</b>.'
-    br
-    dimg 'science/biology/Heterocyst_from_Anabaena.jpg',
-         'round_black2 mar0_5em mart2px'
-    e '<b>'+slink(:die_cyanobakterien, content: 'Cyanobakterien')+
-    '</b> die Stickstoff fixieren können bilden spezialisierte
-    Zellen aus: die sogenannten <b>Heterozysten</b>.
-    Man findet Cyanobakterien meistens im Wasser - insbesonders im Ozean,
-    aber auch in der Landwirtschaft (Reisenbau in den Tropen).
-    Auch Flechten sollten an dieser Stelle genannt werden, als
-    Beispiel für eine symbiotische Vergesellschaftung zwischen
-    einem Cyanobakterium und einem Pilz. Flechten sind oft die
-    Erstbesiedler einer unfruchtbaren Umgebung und ebnen den
-    Weg für eine spätere Ansiedlung von Pflanzen, die
-    einen anspruchsvolleren Nahrungsbedarf haben.'
-    br
-    e 'Die Gattung <b>Frankia</b> findet man oft bei verholzenden
-    Pflanzen, wie zum Beispiel bei <b>Erlen</b>.'
-    br
-    e 'Bei anderen Bakterien entstehen im Zuge dieser Symbiosen 
-    <b>Wurzelknöllchen</b> in der Pflanze selbst, wo dann die
-    <b>Stickstofffixierung</b> stattfindet.'
-    br
-    e 'Ein Beispiel für freilebende N₂-Fixierer ist <b>
-    Azotobacter</b>. Azotobacter sind obligate Aerobier.'
-    br
-    e 'Das <b>Schlüsselenzym</b>, das hierbei bei der Stickstofffixierung zum
-    Einsatz kommt, ist die <b>'+string_href(:nitrogenase,
-    content: 'Nitrogenase')+'</b>. Erstmals wurde die <b>Nitrogenase</b>
-    im Jahre 1960 isoliert, aus dem Bakterium <i class="BOLD">Clostridium
-    pasteruianum</i>.'
-    br
-    e 'Die <b>Nitrogenase</b> selbst besteht aus <b>zwei Untereinheiten</b>:
-    <b>Dinitrogenase</b> sowie <b>Dinitrogenase Reduktase</b>. Beide
-    Untereinheiten enthalten <b>Eisen</b>; die <b>Dinitrogenase</b>
-    enthält zudem <b>Molybdän</b> sehr wichtigen Kofaktor <b>FeMo-co</b>,
-    der für die Reduktion von <b>N₂</b> zu <b>NH₃</b> (Ammoniak)
-    verantwortlich ist. Der FeMo-co cluster bindet <b>Homocitrat</b>
-    sowie zwei Aminosäuren der Nitrogenase (Histidin 442 und Cystein 275).
-    Man kann die Nitrogenase daher auch als Nitrogenase-Komplex
-    bezeichnen, als Enzymsystem. Dieses komplexe Enzymsystem
-    besitzt mehrere Redoxzentren.'
-    br
-    e 'Die Dinitrogenase ist sehr langsam: sie fixiert nur etwa
-    3 N₂ pro Sekunde.'
-    br
-    e 'Im Zuge der Reaktion, die die <b>Nitrogenase</b> durchführt,
-    bindet der <b>FeMo-co Kofaktor</b> 2x H⁺ und entlässt danach
-    (gasförmiges) <b>H₂</b>. Die Aufgabe der <b>Dinitrogenase Reduktase</b>
-    ist es Elektronen an die <b>Dinitrogenase</b> zu liefern.
-    Die <b>Hydrolyse von ATP</b> bewirkt hier eine
-    <b>Konformationsänderung</b>.'
-    dimg 'science/molecular_biology/nitrogenase_3D_structure.png',
-         'mar0_5em mars5em round_black3'
-    br
-    dimg 'science/biochemistry/nitrogen-fixation-formula.png',
-         'round_black3 mars5em marb0_5em'
-    br
-    e 'Die <b>Stickstofffixierung</b> wird über die <b>nif</b> Gene
-    kodiert. Die drei primären Strukturgene sind <b>nif-K</b> (grün), 
-    <b>nif-D</b> (blau) sowie <b>nif-H</b> (rot) - siehe 
-    das Bild oben. Die Gene <b>nif-K</b> (grün) und <b>nif-D</b>
-    (blau) kodieren für die beiden primären Untereinheiten der
-    Dinitrogenase.'
-    br
-    e 'Pro fixiertem N₂ verbraucht die Nitrogenase <b>16 ATP</b> -
-    es ist somit ein sehr kostenintensiver Prozess. Zudem werden
-    8 Elektronen benötigt.'
-    br
-    e 'Die <b>Elektronen für die Stickstoffixierung</b> werden
-    durch <b>Ferredoxin</b> (ein FeS-Protein) bereitgestellt;
-    <b>Ferredoxin</b> ist somit der eigentliche
-    <b>Elektronendonor</b>.'
-    br
-    e 'Für den Transfer eines Elektronenpaars weden <b>vier Moleküle
-    ATP</b> benötigt.'
-    br 
-    e 'Die <b>Nitrogenase</b> ist gegenüber O₂ meistens sensitiv. Eine
-    Strategie gegen dieses Problem ist es eine <b>Schleimschicht</b> zu
-    bilden - dies wird von dem Bakterium <i>Azotobacter vinelandii</i>
-    eingesetzt. Beweisen kann man dies indem man das Bakterium bei
-    niedrigem O₂ Gehalt wachsen lässt, und dann im Vergleich hierzu
-    bei einem hohem O₂ Gehalt wachsen lässt. Man sieht dann das die
-    Schleimschicht wesentlich dicker ist.'
-    br
-    e 'Mikroorganismen verwenden verschiedene Strategien um
-    mit O₂ umzugehen. Eine Strategie ist die <u class="BOLD">Kompartimentierung</u>
-    der Stickstofffixierung: so führt <i>Anabaena spiroides</i>
-    die Stickstofffixierung in sogenannten <b>Heterocysten</b>
-    durch; hier ist somit ein räumlicher Schutz gegeben. In diesen
-    <b>Heterocysten</b> ist die Photosynthese abgeschalten, damit
-    die Nitrogenase <b>anaerob</b> arbeiten kann. Die Entwicklung
-    hin zu einter <b>Heterocyste</b> wird durch einen <b>Mangel an
-    Stickstoff</b> (genetisch) induziert.'
-    br # === Schutzsysteme für die Nitrogenase:
-    boldbr 'Schutzsysteme für die Nitrogenase:'
-    br
-    e 'Die Nitrogenase ist generell <b>sauerstoffempfindlich</b> -
-    Sauerstoff inaktiviert dieses Enzym irreversibel.'
-    br
-    e 'Azotobacter verwendet eine Schleimschicht als Strategie
-    um die Nitrogenase zu schützen.'
-    br
-    e 'Interessanterweise enthalten Rhizobien keine Hydrogenase. Sie
-    verwenden jedoch <b>Leghämoglobin</b> als Schutzsystem.'
-    br # === Nachweis von N₂-fixierenden Bakterien:
-    boldbr 'Nachweis von N₂-fixierenden Bakterien:'
-    br
-    e 'Die meisten Nitrogenasen können auch <b>Acetylene</b> reduzieren.
-    Dabei entsteht <b>Ethylene</b> (H₂C=CH₂). Diese Reaktion ist auch
-    Grundlage für den <i class="BOLD">acetylene reduction assay</i>,
-    mit Hilfe eines <b>Gaschromatographen</b> - somit können
-    Stickstoffixierende Bakterien nachgewiesen werden.'
-    br
-    e 'Ein weiteres Nebenprodukt der Nitrogenase ist Wasserstoffgas,
-    also H₂.'
-    br
-    e 'Die <b>Elektronen für die Stickstoffixierung</b> werden durch
-    <b>Ferredoxin</b> (einem <b>FeS-Protein</b>) bereitgestellt.'
-    br
-    e 'Es gibt auch <b>alternative Dinitrogenasen</b>. Diese verwenden
-    anstelle von Molybdän <b>Eisen</b> oder <b>Vanadium</b>.
-    Man kann sie als einen '+squote('zellulären Backup-Mechanismus')+
-    ' ansehen. Ein Beispiel für einen Organismus der
-    eine alternative Nitrogenase verwendet ist
-    <i>Streptomyces thermoautotrophicus</i>. Dessen Nitrogenase
-    wird durch molekularen Sauerstoff <b>nicht</b> inhibiert.'
-    br
-    e 'Die Regulation der Stickstoff-Fixierung erfolgt hauptsächlich
-    auf Transkriptionsebene. Das NifA-Protein fungiert als
-    Transkriptionsfaktor und aktiviert Transkription der nif-Gene.'
-    br
-    boldbr 'Welche Mikroorganismen können Stickstoff fixieren?'
-    br
-    e 'Man kann hier unterscheiden zwischen:'
-    br
-    le2 '- <b>frei-lebenden</b>, nicht-symbiotischen Bakterien wie
-    die Cyanobakterien, aber auch <i>Anabaena</i> oder <i>Nostoc</i>'
-    br
-    le2 '- mutualistischen (symbiotischen) Bakterien wie
-    <i>Rhizobium</i>. Diese sind mit Leguminosen (Pflanzen)
-    vergesellschaftet. Weitere Beispiele inkludieren
-    <i>Azospirillum</i> und deren Symbiose mit Gräsern.'
-    br
-    e '<b>N₂-Fixierung</b> ist einer der energieaufwendigsten
-    Prozesse in der Natur.'
-    br
-    boldbr 'Links und Quellen:'
-    br
-    selfy 'https://www.britannica.com/science/nitrogen-fixation',
-             css_class: COMMON_CSS_CLASS
-    selfy 'https://www.youtube.com/watch?v=44g83bAB0FI',
-             css_class: COMMON_CSS_CLASS
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === Die Sulfatatmung (= dissimilatorische Sulfatreduktion = Desulfurikation)
-  # ========================================================================= #
-  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#die_sulfatatmung
-  # ========================================================================= #
-  fancy2 'Die Sulfatatmung (= dissimilatorische Sulfatreduktion = Desulfurikation)'
-  p_default_le(id: 'sulfatatmung') {
-    e 'In anaeroben Meeressedimenten ist Sulfat ein fast unerschöpflicher
-    Elektronenakzeptor. Hier gibt es natürlich keinen Sauerstoff -
-    die Sulfatatmung ist daher eine Form der anaeroben Atmung.'
-    br
-    e 'Obligat anaerobe Bakterien können die Sulfatatmung durchführen,
-    insbesonders:'
-    br; reset_the_counter
-    counter 'Desulfovibrio'
-    counter 'Desulfomonas'
-    counter 'Desulfotomaculum'
-    br
-    e 'Das Hauptprodukt der Sulfat-Atmung ist <b>H₂S</b>.'
-    br
-    e 'Die Formel lautet:'
-    br
-    cmd '  8 [H] + 2 H+ + SO₄²⁻ → H₂S + 4 H₂O'
-    br
-    e 'Durchgeführt wird die Sulfatatmung von
-    <b>obligat anaeroben Bakterien</b>.'
-    br
-    e 'Drei Genera sind zu nennen:'
-    br; reset_the_counter
-    counter 'Desulfovibrio'
-    counter 'Desulfobacter'
-    counter 'Desulfuromonas'
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === Autotrophe CO2-Fixierung
-  # ========================================================================= #
-  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#auxotrophe_co2_fixierung
-  # ========================================================================= #
-  fancy2 'Autotrophe CO₂-Fixierung'
-  p_default_le(id: 'auxotrophe_co2_fixierung') {
-    le 'Mit der <b>Kohlenstoffdioxid-Assimilation</b> bezeichnet man bei
-    Lebewesen die Aufnahme von Kohlenstoff und Sauerstoff aus
-    Kohlenstoffdioxid (CO₂) zum Aufbau von organischen, körpereigenen
-    Kohlenstoffverbindungen.'
-    br
-    e 'Der erste Schritt dazu ist die Bildung einer Carboxygruppe. Da
-    Kohlenstoffdioxid hierbei in den organischen Stoffen gebunden
-    wird, spricht man auch von einer <b>Kohlenstoffdioxid-Fixierung</b>.'
-    br
-    e 'Man unterscheidet autotrophe und heterotrophe
-    Kohlenstoffdioxid-Assimilation. Bei autotrophen Lebewesen
-    ist Kohlenstoffdioxid die einzige Kohlenstoffquelle für den
-    Aufbau körpereigener Baustoffe. Heterotrophe Lebewesen
-    verwenden dagegen hauptsächlich organische Kohlenstoffverbindungen
-    als Baustoffquelle.'
-    br
-    e 'Pflanzen und Cyanobakterien verwenden den Calvin-Zyklus zur
-    auxotrophen CO₂-Fixierung.'
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === Calvin-Zyklus
-  # ========================================================================= #
-  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#der_calvin_zyklus
-  # ========================================================================= #
-  show_calvin_cycle
-  # ========================================================================= #
-  # === (1) Die Knallgasreaktion und das Enzym Hydrogenase  (hydrogenase tag)
-  #
-  # Knallgasbakterien: Lebensweise + Vertreter (3 Punkte)
-  # Welche Bakterien können durch Oxidation von molekularem
-  # Wasserstoff Energie generieren? Wie heißen sie? Vertreter?
-  # Beschreibe die zugrunde liegende Bioenergetik.
-  # ========================================================================= #
-  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#die_knallgasreaktion_und_das_enzym_hydrogenase
-  # ========================================================================= #
-  fancy2 'Die Knallgasreaktion und das Enzym Hydrogenase'
-  p_default_le(id: 'knallgasreaktion') {
-    e '<b>Knallgasbakterien</b> werden eigentlich
-    <b>Wasserstoff-oxidierende Bakterien</b> genannt.
-    Im Englischen werden sie <b>Hydrogen-oxidizing bacteria</b> 
-    genannt, oder, etwas kurios, <b>Knallgas bacteria</b>.
-    Es handelt sich hierbei um eine sehr <b>heterogene Gruppe</b>.'
-    br
-    e 'Ihnen dient <b>molekularer Wasserstoff</b> ('+wasserstoff+')
-    als Elektronen-Donor. Die bekannten Arten <b>wachsen relativ
-    schnell</b>, mit Verdopplungszeiten von 1–3 Stunden.'
-    br
-    e 'Sauerstoff (O₂) dient als der Elektronen-Akzeptor.'
-    br
-    e 'Die Reaktion wird auch <b>Knallgasreaktion</b> genannt.'
-    br
-    e 'Das Enzym <b>'+string_remote_link(:hydrogenase, 'Hydrogenase')+
-      '</b> führt folgende Reaktion durch:'
-    br
-    cmd2 '  H₂ + 1/2 O₂ → H₂O'
-    br
-    e 'Hierbei überführt die <b>Hydrogenase</b> die Elektronen von
-    H₂ auf einen <b>quinone</b> Akzeptor. Als Kofaktor verwendet
-    die Hydrogenase <b>Ni²⁺</b>. Die meisten Hydrogenasen
-    sind <b>sensitiv</b> (also <b>empfindlich</b>) gegenüber Sauerstoff.'
-    br
-    e 'Knallgasbaktieren bevorzugen ein <b>mikroaerophiles Milieu</b>:
-    also einen <b>O₂-Gehalt</b> zwischen <b>5 und 10%</b>.'
-    br
-    e 'Ein Beispiel für ein Bakterium welches die Hydrogenase verwendet,
-    und daher "<b>Knallgasbakterium</b>" genannt werden kann, ist <i class="BOLD">
-    Ralstonia eutropha</i> (auch <i>Alcaligenes eutrophus</i> genannt); hier erfolgt
-    die Reaktion bei Vorhandensein von molekularem Sauerstoff. Ein weiteres
-    Beispiel für einen Mikroorganismus der die Hydrogenase verwendet ist
-    <i class="BOLD"><a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Acidovorax_facilis#History">
-    Pseudomonas facilis</a></i>. Auch Archaea verwenden diese Reaktion - so
-    zum Beispiel <i>Aquifex pyrophilus</i>.'
-    br
-    e 'Allgemein werden Bakterien, die diese Reaktion katalysieren
-    können, "<b class="italic">Hydrogen bacteria</b>" (auch
-    <b>Wasserstoffoxidierer</b>) genannt.'
-    br
-    e 'Aerobe Knallgasbakterien verwenden etwa ein Drittel des
-    H₂ zur Synthese von Zellmasse.'
-    br
-    e 'Die meisten der Bakterien die diese Reaktion durchführen können
-    auch <b>CO₂</b> fixieren - sie sind somit <b>autotroph</b> (=
-    "Carboxidotrophe Bakterien"). Bei dieser Reaktion wird Kohlenmonoxid
-    zu Kohlendioxid konvertiert. Das dadurch entstehende CO₂ wird
-    in den <b>Calvin Zyklus</b> eingespeist.'
-    br
-    e 'Interessanterweise gibt es <b>zwei Varianten an
-    Hydrogenasen</b>:'
-    br
-    le2 '- Die eine Variante ist <b>membrangebunden</b>. Diese Variante
-    ist <b>für die ATP-Synthese wichtig</b>, über den Aufbau der
-    <b class="italic">proton motife force</b>.'
-    le2 '- Die andere Variante ist <b>cytoplasmatisch</b> vorzufinden.
-    Sie verwendet <b>NAD⁺</b> als Kofaktor, der im Zuge der Reaktion
-    zu <b>NADH</b> reduziert wird. Dieses NADH wird danach zumindest
-    in <i>Ralstonia eutropha</i> für den Calvin Zyklus verwendet.
-    (Ralstonia hat sowohl eine membrangebundene Hydrogenase
-    als auch eine cytoplasmatische Hydrogenase.)'
-    br
-    e 'Die Reaktion der <b>cytoplasmatischen Hydrogenase</b> ist im
-    folgenden Bild dargestellt:'
-
-    dimg2 'science/microbiology/Cytosolic_Hydrogenase.jpg',
-          'https://i.imgur.com/61DznBf.jpg',
-          'round_black3 mar1em mars4em'
-    br
-    e 'Bis heute kennt man <b>drei Klassen an Hydrogenasen</b> 
-    (<i>H₂asen</i>). Diese haben entweder einen <b>FeFe</b>, einen
-    <b>NiFe</b> oder einen <b>Fe Kern</b>.'
-    br
-    e 'Warum ist die Knallgasreaktion wichtig, aus Sicht der
-    mikrobiellen Physiologie?'
-    br
-    e '<b>'+wasserstoff+'</b> entsteht beim anaeroben Abbau
-    organischer Substanzen durch Gärer.'
-    br
-    boldbr 'Links und Quellen:'
-    br
-    selfy_newtab 'https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrogen_oxidizing_bacteria',
-                  css_class: COMMON_CSS_CLASS
-    selfy_newtab :article_hydrogenase_enzymes_2016,
-                  css_class: COMMON_CSS_CLASS
-    selfy_newtab 'https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0048969722026559',
-                  css_class: COMMON_CSS_CLASS # 20.08.2022
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === Energiegewinnung bei Escherichia coli und Enterobacter aerogenes
-  #
-  # - Beschreiben Sie die Gärungsphysiologien von Enterobacter aerogenes
-  # und
-  # Escherichia coli im Detail mit allen Enzymen, Strukturformeln,
-  # Intermediaten und Bilanz.
-  # Durch welche Tests kann man die beiden Bakterien unterscheiden?
-  #
-  # - E.coli: beschreibe seine Lebensweise in aeroben und anaeroben
-  #   Bedingungen mit allen Reaktionswegen und Formeln sowie  Enzymen.
-  #   E. coli Stoffwechsel im aeroben und im anaeroben Millieu.
-  #
-  # - Stoffwechsel von E. coli in aerober Umgebung (12 punkte) und anaerober
-  #   umgebung (6 punkte)
-  # ========================================================================= #
-  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#ecoli
-  # ========================================================================= #
-  fancy2('Energiegewinnung bei Escherichia coli und Enterobacter aerogenes')
-  p_default_le {
-    e 'In <i>E. coli</i> wird Pyruvat phosphoryliert, über die
-    <b>Phosphoenolpyruvat-Synthase</b>, hin zu PEP.'
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # Show the glycolytic pathway next:
-  # ========================================================================= #
-  show_glycolysis
-  show_pentose_phosphate_pathway
-  # ========================================================================= #
-  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#pentose_phosphate_pathway
-  # ========================================================================= #
-  # ========================================================================= #
-  # === (3) Lactic Acid Fermentation
-  # ========================================================================= #
-  fancy2 'Lactic Acid Fermentation'
-  p_default_le {
-    e 'Lactic acid bacteria are gram-positive organism. They will produce
-    lactic acid as part of their fermentation.'
-    br
-    e 'We can distinguish two groups:'
-    br
-    le '(1) <b>Homofermentative</b>: these will only yield lactic acid
-    as fermentation product. They produce 2 ATP per glucose consumed.'
-    le '(2) <b>Heterofermentative</b>: these will yield lactic acid,
-    but also ethanol and CO₂. They produce only 1 ATP per glucose
-    consumed.'
-    br
-    e 'The primary difference can be explained by the enzyme aldolase.
-    Homofermentative bacteria contain aldolase, whereas heterofermentative
-    bacteria do <b>not</b> contain aldolase.'
-    br
-    e 'Because only heterofermentative lactic acid bacteria produce
-    CO₂ this lends itself well to observe for the production of
-    CO₂ in the laboratory, in order to distinguish between these
-    two fermenters.'
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === Acetogenese
-  # ========================================================================= #
-  fancy2 'Acetogenese'
-  p_default_le {
-    e 'Acetogenese wird von acetogenen Bakterien durchgeführt.'
-    br
-    e 'Die Reaktionsgleichung ist:'
-    br
-    cmd '  2 CO₂ + 4 H₂ ←→ Acetat + 2 H₂O'
-    br
-    e 'Diese Reaktion wird auch <b>Wood-Ljungdahl-Weg</b> genannt. Als
-    <b>Elektronendonor</b> dienen die 4 Wasserstoff-Moleküle.'
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === Die Nitratatmung
-  # ========================================================================= #
-  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#die_nitratatmung
-  # ========================================================================= #
-  fancy2 'Die Nitratatmung'
-  p_default_le {
-    e 'Die Nitratatmung - eine Form der anaeroben Atmung - wird auch
-    <b>Denitrifikation</b> genannt. Anstatt Sauerstoff tritt hier
-    <b>Nitrat</b> (NO₃⁻) als terminaler Elektronenakzeptor dient. '
-    br
-    dimg2 'science/biochemistry/DENITRIFIKATION.jpg',
-          'https://i.imgur.com/0s2Tupy.jpg',
-          'mar1em mars4em round_black3'
-    br
-    e 'Die <b>Nitratatmung</b> ist eine Form der anaeroben Atmung, bei
-    der an Stelle von Sauerstoff <b>Nitrat</b> (<b>NO₃⁻</b>) als
-    terminaler Elektronenakzeptor dient.'
-    br
-    e 'Der Energiegewinn erfolgt hierbei durch eine oxidative Phosphorylierung
-    an einer Elektronentransportkette.'
-    br
-    e 'Der wichtigste Typ der Nitratatmung ist die <b>Denitrifikation</b>,
-    in der Nitrat (<b>NO₃⁻</b>) bis zum <b>molekularen Stickstoff</b> (N₂)
-    reduziert wird (durch Bakterien).'
-    br
-    e 'Der Vorteil der Nitratatmung liegt darin das Bakterien dies auch in
-    Lebensräumen umsetzen können, die keinen Sauerstoff bieten.'
-    br
-    e 'Ein Beispiel für ein denitrifizierendes Bakterium ist
-    <b>Pseudomonas stutzeri</b>. Solche Bakterien werden auch
-    <b>Denitrifizierer</b> genannt.'
-    br
-    e 'Die <b>Nitratatmung</b> ist somit <b>ein wesentlicher Bestandteil
-    des global Stickstoffkreislaufes</b>.'
-    br
-    e 'Ein Beispiel für <b>Denitrifikanten</b> sind die
-    <b>Pseudomonaden</b>. Auch unter den Propionibakterien
-    gibt es Bakterien die die Nitratatmung verwenden,
-    wie zum Beispiel <i>Thiobacillus denitrificans</i>.'
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === Fumarat- und aerobe Atmung vergleichen bezüglich Energie
-  # ========================================================================= #
-  fancy2 'Fumarat- und aerobe Atmung vergleichen bezüglich Energie'
-  p_default_le {
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === Glykolyse, PP-Weg
-  #
-  # Prüfungsfrage:
-  #
-  #   Glykolyse, PP-Weg: alle Strukturformeln zeichnen, alle Enzyme
-  #   benennen, Vergleich bezüglich ATP und NAD(P)H.
-  #
-  # ========================================================================= #
-  fancy2 'Glykolyse: alle Strukturformeln zeichnen, alle
-  Enzyme benennen, Vergleich bezüglich ATP und NAD(P)H.'
-  p_default_le {
-    e 'Die <b>Glykolyse</b> bei Prokaryoten:'
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === Cyanobakterien
-  # ========================================================================= #
-  fancy2 'Cyanobakterien'
-  p_default_le {
-    e 'Cyanobakterien sind einzigartig unter den Bakterien in dem Sinne
-    als das die meisten von ihnen die <b>Fähigkeit zur oxygenen
-    Photosynthese</b> besitzen.'
-    br
-    e 'Cyanobakterien besitzen meist blaues Phycocyanin und ihre Farbe ist
-    deshalb blaugrün - daher wurden sie früher <b>Blaualgen</b> genannt.'
-    br
-    e 'Cyanobakterien können die Richtung des Lichteinfalls wahrnehmen.'
-    br
-    e 'Etwa 2000 Arten von Cyanobakterien sind bekannt und benannt.'
-    br
-    e 'Cyanobakterien mit oxygener Photosynthese werden auch 
-    <b>Oxyphotobacteria</b> genannt.'
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === (4) NADH und FAD⁺
-  #
-  # Prüfungsfrage hierzu ist:
-  #
-  #   "NADH und FAD zeichnen, beschreiben, sowie den Reaktionsmechanismus
-  #    erklären."
-  #
-  # ========================================================================= #
-  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#fad%E2%81%BA
-  # ========================================================================= #
-  fancy1 'FAD⁺ und NADH - wichtige, biochemische Reaktionen'
-  div_default_le('mars2em') {
-    # ======================================================================= #
-    # === FADH₂
-    # ======================================================================= #
-    fancy2 'FADH<sub>2</sub>'
-    p_default_le {
-      dimg find_image(:FAD), 'mars3em'
-      br
-      e '<b>FAD⁺</b> (flavin adenine dinucleotide) can be
-      converted (via a reduction) into <b>FADH<sub>2</sub></b>.
-      Two H⁺ and two electrons (e−) have to be supplied here.'
-      br
-      e '<b>FADH<sub>2</sub></b> contains <b>stored energy</b>. Much of
-      the energy transfer in a biological cell involves redox reactions;
-      <b>FADH<sub>2</sub></b> is important in many of
-      these reactions. To use an analogy: <b>FADH<sub>2</sub></b> can
-      be assumed to work similar to a '+squote('<b>charged battery</b>')+'.'
-      br
-      e 'This reaction is reversible meaning that <b>FADH<sub>2</sub></b>
-      can be reoxidized back to <b>FAD⁺</b> again.'
-      br
-      e 'When <b>FADH<sub>2</sub></b> is reoxidized to FAD, two
-      molecules of ATP can be synthesized.'
-      br
-      e 'The <b>citric acid cycle</b> produces most of the
-      <b>FADH<sub>2</sub></b> in the cell.'
-      br
-      e 'FAD is derived from riboflavin (vitamin B2).'
-    }
-    # ======================================================================= #
-    # === NADH
-    # ======================================================================= #
-    fancy2 'NAD⁺'
-    p_default_le {
-      e '<b>NAD</b> steht für <b>Nicotinamidadenindinukleotid</b>.'
-      br
-      e 'Es überträgt formal ein Hydridion, also ein <b>H⁺ Proton</b>.'
-      br
-      e 'Enzyme die NADH verwenden:'
-      br
-      cmd 'Die Alkoholdehydrogenase (ADH)'
-    }
-  }
-  # =========================================================================== #
-  # === Phototrophie
-  # =========================================================================== #
-  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#phototrophie
-  # =========================================================================== #
-  fancy1 'Phototrophie'
-  div_default_le('mars2em') {
-    p_default_le {
-      e 'Unter Phototrophie versteht man <b>die Nutzung von Licht
-      als Energiequelle</b>.'
-      br
-      e 'Anders formuliert wandeln <b>phototrophe Organismen</b> Lichtenergie
-      in chemische Energie um. Hierbei spielt, wenig überraschend,
-      das Licht der Sonne in unserem Solarsystem eine wesentliche Rolle,
-      als die wichtigste Energiequelle für das Leben auf dem Planeten
-      Erde generell.'
-    }
-    p_default_le {
-      e 'Was geschieht mit dieser chemischen Energie?'
-      br
-      e 'Diese Energie wird zum Aufbau eines Protonengradienten über
-      der Membran eingesetzt. Dieser Gradient wird anschließend
-      von der <b>ATP-Synthase</b> zur Erzeugung von ATP
-      (= Elektronentransportphosphorylierung) verwendet. Dies
-      wird auch <b>Photophosphorylierung</b> genannt.'
-    }
-    p_default_le {
-      e 'Eine Unterscheidung der phototrophen Organismen wird danach
-      getroffen, ob sie bei der Photosynthese Sauerstoff aus Wasser
-      freisetzen (= <b>oxygene Photosynthese</b>) oder eben nicht
-      (= <b>anoxygene Photosynthese</b>).'
-      br
-      e 'Cyanobakterien verwenden als einzige Bakterien Wasser
-      als Elektronendonator für ihre Biosynthesen.'
-    }
-    # ========================================================================= #
-    # === Die oxygene Photosynthese
-    # ========================================================================= #
-    fancy2 'Die oxygene Photosynthese'
-    p_default_le {
-      e 'Die <b>oxygene Photosynthese</b> wird von Cyanobakterien und grünen
-      Pflanzen durchgeführt.'
-    }
-    # ========================================================================= #
-    # === Die anoxygene Photosynthese
-    # ========================================================================= #
-    fancy2 'Die anoxygene Photosynthese'
-    p_default_le {
-      e 'Anoxygene Photosynthese ist bakterielle Photosynthese unter
-      anaeroben Bedingungen, in der <b>kein</b> molekularer Sauerstoff (O₂)
-      entsteht. Die Bakterien die diese Reaktion durchführen sind
-      <b>phototrophe Bakterien</b> - sie verwenden somit <b>Lichtenergie</b>
-      als Energiequelle.'
-    }
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === Die Carbonatatmung (dies ist Acetogenese und Methanogenese)
-  # ========================================================================= #
-  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#die_carbonatatmung
-  # ========================================================================= #
-  fancy2 'Die Carbonatatmung'
-  p_default_le {
-    e 'Die <b>Carbonatatmung</b> ist ein chemolithotropher Energiestoffwechsel
-    obligat anaerober, wasserstoffoxidierender Bakterien. CO₂ kann als
-    Elektronenakzeptor fungieren - er ist zwar kein guter Elektronenakzeptor,
-    jedoch an anoxischen Standorten reichlich vorhanden.'
-    br
-    e 'Diese Bakterien verwenden <b>Carbonat</b> (CO₂, HCO3-) als
-    Elektronenakzeptor bei der <b>Oxidation von molekularem Wasserstoff</b>
-    (= Elektronendonor). <b>CO₂</b> wird hierbei zu organischen Molekülen
-    reduziert.'
-    br
-    e 'Bei den <b>acetogenen Bakterien</b> entsteht dabei <b>Acetat</b>.
-    Ein Beispiel für ein solches Bakterium ist
-    <i>Clostridium aceticum</i>.'
-    br
-    e 'Bei den <b>methanbildenden Archaea</b> - wie zum
-    Beispiel bei <i>Methanosarcina</i>, einem methanogenen
-    Archaeon - entsteht dabei <b>Methan</b> (= Methanogenese).
-    Hierbei werden nur zwei Substrate verwendet:
-    <b>Wasserstoff</b> oder </b>Acetat</b>.'
-    br
-    e 'Die Summenformel lautet:'
-    br
-    cmd 'CO₂ + 4H₂ '+chem_gleichgewicht+' CH₄ + 2H₂O'
-    br
-    e 'Der <b>Energiegewinn</b> (<b>ATP-Bildung</b>) erfolgt über einen
-    Protonen- oder einen Natriumgradienten durch eine
-    Elektronentransportphosphorylierung. Als Elektronenüberträger
-    fungiert bei den Methanogenen das Coenzym <b>Faktor F420</b>,
-    das durch seine Fluoreszenz bei UV-Bestrahlung
-    im Mikroskop erkennbar gemacht werden kann.'
-    br
-    e 'Wird die Art des Energiegewinns nicht berücksichtigt, kann
-    dieser Energiestoffwechsel auch als eine Form der
-    Essigsäuregärung beziehungsweise als Methangärung bezeichnet
-    werden.'
-    br
-    e 'Eine zusätzliche Carbonatatmung mit Wasserstoff als
-    Elektronendonor und Acetat sowie Buttersäure oder Formiat
-    als Endprodukt kann auch bei Butyribacterium- und Eubacterium-Arten
-    (sowie einigen Spirochäten im Termitendarm) stattfinden.'
-    br
-    selfy_newtab 'https://www.spektrum.de/lexikon/biologie-kompakt/carbonatatmung/2110',
-                  css_class: COMMON_CSS_CLASS
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === Die alkoholische Gärung
-  # ========================================================================= #
-  fancy2 'Die alkoholische Gärung'
-  p_default_le {
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === Microbial growth
-  # ========================================================================= #
-  fancy2 'Microbial growth'
-  p_default_le {
-    e 'One factor limiting microbial growth is the finite supply of
-    nutrients.'
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === Der Phosphoketolase-Weg
-  # ========================================================================= #
-  fancy2 'Der Phosphoketolase-Weg'
-  p_default_le {
-    e 'Die <b>heterofermentativen Milchsäurebakterien</b> verwenden
-    den <b>Phosphoketolase-Weg</b>.'
-    br
-    e 'Das Schlüsselenzym dieses Stoffwechselwegs ist die
-    <b>Phosphoketolase</b>. Ihr Substrat - die C5-Verbindung
-    <one>Xylulose-5-Phosphat</one> - entsteht im <b>Phosphoketolase-Weg</b>.'
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === Autotrophs and Heterotrophs
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-  fancy2 'Autotrophs and Heterotrophs'
-  p_default_le {
-    e 'Many microorganisms, such as the <a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X20306093">
-    phototrophic soil bacteria</a>, can use both heterotrophy and autotrophy 
-    to gain energy.'
-    br
-    e '<b>Autotrophs</b> - such as cyanobacteria - assimilate CO₂ as a carbon
-    source. Autotrophs can be classified into chemoautotrophs
-    or photoautotrophs, depending on how they obtain energy.'
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === Fermentations
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-  fancy2 'Fermentations'
-  p_default_le {
-    e 'This paragraph will keep track of some general information
-    pertaining to fermentations in bacteria.'
-    br
-    e 'Compared with respirations, fermentations are typically energetically
-    marginal.'
-    br
-    e 'Why is fermentation used by bacteria, then, if it is energetically
-    fairly inefficient?'
-    br
-    e 'There are several reasons for that. One is that many microbial
-    habitats are <b>anoxic</b> - that is, they lack oxygen. In such a
-    habitat bacteria simply can not make use of oxygen, quite
-    logically. So they need alternatives anyway.'
-    br
-    e 'An organism faces two major problems when it catabolizes organic
-    compounds for the purpose of energy conservation:'
-    br
-    cmd '  ATP synthesis'
-    cmd '  redox balance'
-    br
-    e 'In fermentations, ATP is typically synthesized by 
-    <b>substrate-level phosphorylation</b>. Here, a phosphate bond is
-    transferred directly to ADP, in order to form ATP.'
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === Litotrophie
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-  fancy2 'Litotrophie'
-  p_default_le {
-    e '<b>Litotrophie</b> bezeichnet die Verwendung eines anorganischen
-    Elektronendonors.'
-  }
-  # ========================================================================= #
-  # === Slogans                                                 (slogans tag)
-  # ========================================================================= #
-  fancy1 'Slogans'
-  p_default_le {
-    e 'Catabolic reactions provide building blocks for anabolic reactions.'
-    br
-    e 'The remarkable plasticity of microbial genomes enables
-    microorganisms <b>to adapt to new food sources</b>.'
-    br
-    e 'Learning how bacteria grow provides a window through which to view
-    the core processes of life.'
-    br
-    e 'Energy, once obtained, must be converted to a form useful
-    to the bacterial cell.'
-    br
-    e 'Ohne Mikroorganismen würde höheres Leben nicht existieren.'
-    br
-    e 'Mikroorganismen sind die effizientesten Biochemiker auf dem
-    Planeten Erde.'
-    br
-    e 'Microbial genomes evolve in response to nutrient availability.'
-    br
-    e 'Microbes must overcome the problem of low nutrient concentrations
-    in their natural environment - in particular in <b>lakes</b>.'
-    br
-    e 'Heterotrophs gain energy from degrading complex organic compounds -
-    such as polysaccharides - to smaller compounds - such as glucose.'
-    br
-    e 'Mikroorganismen sind <b>Energiewandler</b>.'
-    br
-    e 'The energy stored in the proton motife force can be used directly
-    to move nutrients into the cell via specific tansport proteins, to
-    drive motors that rotate flagellar.'
-    br
-    e 'Novel strategies for anaerobic growth are a hallmark of
-    prokaryotic diversity.'
-    br
-    e 'Die mikrobielle Physiologie beschäftigt sich mit der
-    Energieumwandlung in Mikroorganismen.'
-    br
-    e 'Virtually any kind of molecule in our biosphere can yield
-    energy for some kind of microbe.'
-    br
-    e 'Enzymes direct the transfer of energy onto carriers such
-    as <b>ATP</b>.'
-    br
-    e 'Leben ist ein hoch organisierte Prozess: daher ist
-    Energie unbedingt notwendig.'
-  }
-}}