openbabel-ruby 3.1.1.2-arm64-darwin

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  711. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/opendxformat.so +0 -0
  712. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/orcaformat.so +0 -0
  713. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/outformat.so +0 -0
  714. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/painterformat.so +0 -0
  715. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pcmodelformat.so +0 -0
  716. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pdbformat.so +0 -0
  717. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pdbqtformat.so +0 -0
  718. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/plugin_charges.so +0 -0
  719. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/plugin_descriptors.so +0 -0
  720. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/plugin_fingerprints.so +0 -0
  721. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/plugin_forcefields.so +0 -0
  722. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/plugin_ops.so +0 -0
  723. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/png2format.so +0 -0
  724. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pngformat.so +0 -0
  725. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pointcloudformat.so +0 -0
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  741. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/stlformat.so +0 -0
  742. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/svgformat.so +0 -0
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  744. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/thermoformat.so +0 -0
  745. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/tinkerformat.so +0 -0
  746. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/titleformat.so +0 -0
  747. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/turbomoleformat.so +0 -0
  748. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/unichemformat.so +0 -0
  749. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/vaspformat.so +0 -0
  750. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/viewmolformat.so +0 -0
  751. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/wlnformat.so +0 -0
  752. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/xedformat.so +0 -0
  753. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/xmlformat.so +0 -0
  754. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/xsfformat.so +0 -0
  755. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/xyzformat.so +0 -0
  756. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/yasaraformat.so +0 -0
  757. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/zindoformat.so +0 -0
  758. data/lib/openbabel/version.rb +4 -0
  759. data/lib/openbabel.rb +83 -0
  760. metadata +808 -0
@@ -0,0 +1,1229 @@
1
+ //Include for Babel
2
+ //Copyright (c) by Steffen Reith and Oliver Weichold 1996-2002
3
+ // This program is free software; you can redistribute it and/or modify
4
+ // it under the terms of the GNU General Public License as published by
5
+ // the Free Software Foundation version 2 of the License.
6
+ //EMail: streit@streit.cc
7
+ //For chemical questions send mail to
8
+ //weichold@sas.upenn.edu
9
+
10
+ //$Id$
11
+
12
+ #include "colors.inc"
13
+ #include "metals.inc"
14
+
15
+ //Do a ball and sticks model as default (nothing defined)
16
+ #ifndef (BAS)
17
+ #ifndef (SPF)
18
+ #ifndef (CST)
19
+ #declare BAS = true;
20
+ #declare SPF = false;
21
+ #declare CST = false;
22
+ #end
23
+ #end
24
+ #end
25
+
26
+ //Default: No Ball and Sticks-model (if undefined)
27
+ #ifndef (BAS)
28
+ #declare BAS = false;
29
+ #end
30
+
31
+ //Default: No Spacefill-model (if undefined)
32
+ #ifndef (SPF)
33
+ #declare SPF = false;
34
+ #end
35
+
36
+ //Default: No capped sticks-model (if undefined)
37
+ #ifndef (CST)
38
+ #declare CST = false;
39
+ #end
40
+
41
+ //Is a model (BAS, SPF or CST) selected ?
42
+ #if (!((BAS | SPF) | CST))
43
+
44
+ //Terminate parsing
45
+ #error "You have to select BAS (default), SPF or CST"
46
+
47
+ #end
48
+
49
+ //Select only one model
50
+ #if ((BAS & SPF) | ((BAS & CST) | (SPF & CST)))
51
+
52
+ //Terminate parsing
53
+ #error "You have to select only one model-type"
54
+
55
+ #end
56
+
57
+ //Display copyright
58
+ #render "\n\n"
59
+ #render "\nbabel31.inc (C) 1996-2002 by\n"
60
+ #render "Oliver Weichold (weichold@sas.upenn.edu)\n"
61
+ #render "and Steffen Reith (streit@streit.cc)\n"
62
+ #render "\n\n"
63
+
64
+ //TRANS mode off by default (only needed for transparent textures)
65
+ #ifndef (TRANS)
66
+ #declare TRANS = false;
67
+ #end
68
+
69
+ #if (TRANS)
70
+ #include "glass.inc"
71
+ #end
72
+
73
+ //Finishs for atoms (Nonmetals, Transmetals, Halfmetals and Metals)
74
+ #if (TRANS)
75
+
76
+ #declare TransFinish = finish {
77
+ ambient 0.1
78
+ diffuse 0.1
79
+ specular 0.8
80
+ reflection 0.1
81
+ roughness 0.0003
82
+ phong 1 phong_size 400
83
+ }
84
+
85
+ //Transparent finishs
86
+ #declare MetalFinish = finish {TransFinish}
87
+ #declare HalfMetalFinish = finish {TransFinish}
88
+ #declare NonMetalFinish = finish {TransFinish}
89
+ #declare TransMetalFinish = finish {TransFinish}
90
+ #declare Bond_0_Finish = finish {TransFinish}
91
+ #declare Bond_1_Finish = finish {TransFinish}
92
+ #declare Bond_2_Finish = finish {TransFinish}
93
+ #declare Bond_3_Finish = finish {TransFinish}
94
+ #declare Bond_4_Finish = finish {TransFinish}
95
+ #declare Bond_5_Finish = finish {TransFinish}
96
+
97
+ //Filter values for transparent finishs
98
+ #declare MetalFilter = 1.00;
99
+ #declare HalfMetalFilter = 0.95;
100
+ #declare NonMetalFilter = 1.00;
101
+ #declare TransMetalFilter = 0.95;
102
+ #declare Bond_0_Filter = 0.00;
103
+ #declare Bond_1_Filter = 0.90;
104
+ #declare Bond_2_Filter = 0.90;
105
+ #declare Bond_3_Filter = 0.90;
106
+ #declare Bond_4_Filter = 0.90;
107
+ #declare Bond_5_Filter = 0.90;
108
+
109
+ #else
110
+
111
+ //Solid finishs
112
+ #declare MetalFinish = finish {F_MetalA}
113
+ #declare HalfMetalFinish = finish {F_MetalD}
114
+ #declare NonMetalFinish = finish {
115
+
116
+ ambient 0.2
117
+ diffuse 0.8
118
+ brilliance 1.0
119
+ phong 1.0
120
+ phong_size 80
121
+ reflection 0.25
122
+
123
+ }
124
+ #declare TransMetalFinish = finish {F_MetalD}
125
+ #declare Bond_0_Finish = finish {F_MetalC}
126
+ #declare Bond_1_Finish = finish {F_MetalC}
127
+ #declare Bond_2_Finish = finish {F_MetalC}
128
+ #declare Bond_3_Finish = finish {F_MetalC}
129
+ #declare Bond_4_Finish = finish {F_MetalC}
130
+ #declare Bond_5_Finish = finish {F_MetalC}
131
+
132
+ //No additional filter (texture is not transparent)
133
+ #declare MetalFilter = 0.0;
134
+ #declare HalfMetalFilter = 0.0;
135
+ #declare NonMetalFilter = 0.0;
136
+ #declare TransMetalFilter = 0.0;
137
+ #declare Bond_0_Filter = 0.0;
138
+ #declare Bond_1_Filter = 0.0;
139
+ #declare Bond_2_Filter = 0.0;
140
+ #declare Bond_3_Filter = 0.0;
141
+ #declare Bond_4_Filter = 0.0;
142
+ #declare Bond_5_Filter = 0.0;
143
+
144
+ #end
145
+
146
+ //Thickness of Bonds (see Makro Bond_order)
147
+ #if (CST)
148
+
149
+ // For capped-stick models you must use _one_ Bond_Thick !
150
+ #declare Bond_Thick_0 = 0.1;
151
+ #declare Bond_Thick_1 = Bond_Thick_0;
152
+ #declare Bond_Thick_2 = Bond_Thick_0;
153
+ #declare Bond_Thick_3 = Bond_Thick_0;
154
+ #declare Bond_Thick_4 = Bond_Thick_0;
155
+ #declare Bond_Thick_5 = Bond_Thick_0;
156
+
157
+ #else
158
+
159
+ #declare Bond_Thick_0 = 0.1;
160
+ #declare Bond_Thick_1 = 0.1;
161
+ #declare Bond_Thick_2 = 0.1;
162
+ #declare Bond_Thick_3 = 0.1;
163
+ #declare Bond_Thick_4 = 0.1;
164
+ #declare Bond_Thick_5 = 0.1;
165
+
166
+ #end
167
+
168
+ //Colors for Bonds (see Makro Bond_order)
169
+ #declare Bond_0_Color = rgbf <1.00,0.725,0.275,Bond_0_Filter>;
170
+ #declare Bond_1_Color = rgbf <1.00,0.725,0.275,Bond_1_Filter>;
171
+ #declare Bond_2_Color = rgbf <1.00,0.725,0.275,Bond_2_Filter>;
172
+ #declare Bond_3_Color = rgbf <1.00,0.725,0.275,Bond_3_Filter>;
173
+ #declare Bond_4_Color = rgbf <1.00,0.725,0.275,Bond_4_Filter>;
174
+ #declare Bond_5_Color = rgbf <1.00,0.725,0.275,Bond_5_Filter>;
175
+
176
+ #declare Bond_0_Color = rgbf <0.95,0.95,0.1,Bond_0_Filter>;
177
+ #declare Bond_1_Color = rgbf <0.95,0.95,0.1,Bond_1_Filter>;
178
+ #declare Bond_2_Color = rgbf <0.95,0.95,0.1,Bond_2_Filter>;
179
+ #declare Bond_3_Color = rgbf <0.95,0.95,0.1,Bond_3_Filter>;
180
+ #declare Bond_4_Color = rgbf <0.95,0.95,0.1,Bond_4_Filter>;
181
+ #declare Bond_5_Color = rgbf <0.95,0.95,0.1,Bond_5_Filter>;
182
+
183
+ //The bond declarations
184
+ #declare bond_0 = cylinder {
185
+ <0,0,0>
186
+ <1,0,0>
187
+ Bond_Thick_0
188
+ texture {
189
+
190
+ pigment {color Bond_0_Color}
191
+ finish {Bond_0_Finish}
192
+
193
+ }
194
+ #if (TRANS)
195
+ interior{ I_Glass}
196
+ #end
197
+ }
198
+ #declare bond_1 = cylinder {
199
+ <0,0,0>
200
+ <1,0,0>
201
+ Bond_Thick_1
202
+ texture {
203
+
204
+ pigment {color Bond_1_Color}
205
+ finish {Bond_1_Finish}
206
+
207
+ }
208
+ #if (TRANS)
209
+ interior{ I_Glass}
210
+ #end
211
+ }
212
+ #declare bond_2 = cylinder {
213
+ <0,0,0>
214
+ <1,0,0>
215
+ Bond_Thick_2
216
+ texture {
217
+
218
+ pigment {color Bond_2_Color}
219
+ finish {Bond_2_Finish}
220
+
221
+ }
222
+ #if (TRANS)
223
+ interior{ I_Glass}
224
+ #end
225
+ }
226
+ #declare bond_3 = cylinder {
227
+ <0,0,0>
228
+ <1,0,0>
229
+ Bond_Thick_3
230
+ texture {
231
+
232
+ pigment {color Bond_3_Color}
233
+ finish {Bond_3_Finish}
234
+
235
+ }
236
+ #if (TRANS)
237
+ interior{ I_Glass}
238
+ #end
239
+ }
240
+ #declare bond_4 = cylinder {
241
+ <0,0,0>
242
+ <1,0,0>
243
+ Bond_Thick_4
244
+ texture {
245
+
246
+ pigment {color Bond_4_Color}
247
+ finish {Bond_4_Finish}
248
+
249
+ }
250
+ #if (TRANS)
251
+ interior{ I_Glass}
252
+ #end
253
+ }
254
+ #declare bond_5 = cylinder {
255
+ <0,0,0>
256
+ <1,0,0>
257
+ Bond_Thick_5
258
+ texture {
259
+
260
+ pigment {color Bond_5_Color}
261
+ finish {Bond_5_Finish}
262
+
263
+ }
264
+ #if (TRANS)
265
+ interior{ I_Glass}
266
+ #end
267
+ }
268
+
269
+ //Generic definition of an atom
270
+ #if (BAS)
271
+ #render "\n\nCalculate a ball and sticks model of :"
272
+ #declare atom = sphere {<0,0,0>,0.6}
273
+ #end
274
+ #if (SPF)
275
+ #render "\n\nCalculate a spacefill model of :"
276
+ #declare atom = sphere {<0,0,0>,1.66}
277
+ #end
278
+ #if (CST)
279
+ #render "\n\nCalculate a capped sticks model of :"
280
+ #declare atom = sphere {<0,0,0>,1.0}
281
+ #end
282
+
283
+ //For Povray 3.1 only
284
+ #version 3.1;
285
+
286
+ //For capped sticks models we use Bond_Thick_0 for all atom radii
287
+ #if (CST)
288
+
289
+ #declare Radius_C1 = Bond_Thick_0;
290
+ #declare Radius_C2 = Bond_Thick_0;
291
+ #declare Radius_C3 = Bond_Thick_0;
292
+ #declare Radius_H = Bond_Thick_0;
293
+ #declare Radius_D = Bond_Thick_0;
294
+ #declare Radius_O = Bond_Thick_0;
295
+ #declare Radius_N = Bond_Thick_0;
296
+ #declare Radius_S = Bond_Thick_0;
297
+ #declare Radius_P = Bond_Thick_0;
298
+ #declare Radius_F = Bond_Thick_0;
299
+ #declare Radius_Cl = Bond_Thick_0;
300
+ #declare Radius_Br = Bond_Thick_0;
301
+ #declare Radius_I = Bond_Thick_0;
302
+
303
+ #declare Radius_Si = Bond_Thick_0;
304
+ #declare Radius_B = Bond_Thick_0;
305
+ #declare Radius_Ge = Bond_Thick_0;
306
+ #declare Radius_Se = Bond_Thick_0;
307
+
308
+ #declare Radius_Ca = Bond_Thick_0;
309
+ #declare Radius_Ca2 = Bond_Thick_0;
310
+ #declare Radius_Sn = Bond_Thick_0;
311
+ #declare Radius_Sn2 = Bond_Thick_0;
312
+ #declare Radius_Sn4 = Bond_Thick_0;
313
+ #declare Radius_Pb = Bond_Thick_0;
314
+ #declare Radius_Pb2 = Bond_Thick_0;
315
+ #declare Radius_Pb4 = Bond_Thick_0;
316
+ #declare Radius_Te = Bond_Thick_0;
317
+ #declare Radius_Te4 = Bond_Thick_0;
318
+ #declare Radius_Te6 = Bond_Thick_0;
319
+ #declare Radius_Na = Bond_Thick_0;
320
+ #declare Radius_Na1 = Bond_Thick_0;
321
+ #declare Radius_K = Bond_Thick_0;
322
+ #declare Radius_K1 = Bond_Thick_0;
323
+ #declare Radius_Li = Bond_Thick_0;
324
+ #declare Radius_Li1 = Bond_Thick_0;
325
+ #declare Radius_Al = Bond_Thick_0;
326
+ #declare Radius_Al3 = Bond_Thick_0;
327
+
328
+ #declare Radius_Mn = Bond_Thick_0;
329
+ #declare Radius_Mn2 = Bond_Thick_0;
330
+ #declare Radius_Mn3 = Bond_Thick_0;
331
+ #declare Radius_Mn4 = Bond_Thick_0;
332
+ #declare Radius_W = Bond_Thick_0;
333
+ #declare Radius_W4 = Bond_Thick_0;
334
+ #declare Radius_W6 = Bond_Thick_0;
335
+ #declare Radius_Fe = Bond_Thick_0;
336
+ #declare Radius_Fe2 = Bond_Thick_0;
337
+ #declare Radius_Fe3 = Bond_Thick_0;
338
+ #declare Radius_Pd = Bond_Thick_0;
339
+ #declare Radius_Pd2 = Bond_Thick_0;
340
+ #declare Radius_Pd4 = Bond_Thick_0;
341
+ #declare Radius_Ni = Bond_Thick_0;
342
+ #declare Radius_Ni2 = Bond_Thick_0;
343
+ #declare Radius_Ni3 = Bond_Thick_0;
344
+ #declare Radius_Cu = Bond_Thick_0;
345
+ #declare Radius_Cu1 = Bond_Thick_0;
346
+ #declare Radius_Cu2 = Bond_Thick_0;
347
+ #declare Radius_V = Bond_Thick_0;
348
+ #declare Radius_V2 = Bond_Thick_0;
349
+ #declare Radius_V3 = Bond_Thick_0;
350
+ #declare Radius_V4 = Bond_Thick_0;
351
+ #declare Radius_V5 = Bond_Thick_0;
352
+ #declare Radius_Zn = Bond_Thick_0;
353
+ #declare Radius_Zn2 = Bond_Thick_0;
354
+
355
+ #else
356
+
357
+ //Atom radii in A as published in J. Emsley, The Elements,
358
+ //Clarender Press, Oxford 1991
359
+
360
+ //All uncharged radii are kovalent. The values for Na and V are calculated
361
+ //from the atomic radius (10% less).
362
+ //We use the kovalent radii for the description of metal atoms. If you want to
363
+ //use ion radii, just replace the radius in the atom description.
364
+ //E.g., replace
365
+ //
366
+ //scale Radius_Zn
367
+ //
368
+ //by
369
+ //
370
+ //scale Radius_Zn2
371
+ //
372
+ //for creating a sphere with the ion radius of Zn2+.
373
+
374
+ #declare Radius_C1 = 0.770;
375
+ #declare Radius_C2 = 0.670;
376
+ #declare Radius_C3 = 0.600;
377
+
378
+ #declare Radius_H = 0.370;
379
+ #declare Radius_D = 0.370;
380
+ #declare Radius_O = 0.660;
381
+ #declare Radius_N = 0.700;
382
+ #declare Radius_S = 1.040;
383
+ #declare Radius_P = 1.100;
384
+ #declare Radius_F = 0.580;
385
+ #declare Radius_Cl = 0.990;
386
+ #declare Radius_Br = 1.142;
387
+ #declare Radius_I = 1.330;
388
+
389
+ #declare Radius_Si = 1.170;
390
+ #declare Radius_B = 0.880;
391
+ #declare Radius_Ge = 1.220;
392
+ #declare Radius_Se = 1.170;
393
+
394
+ #declare Radius_Ca = 1.740;
395
+ #declare Radius_Ca2 = 1.060;
396
+ #declare Radius_Sn = 1.400;
397
+ #declare Radius_Sn2 = 0.930;
398
+ #declare Radius_Sn4 = 0.740;
399
+ #declare Radius_Pb = 1.540;
400
+ #declare Radius_Pb2 = 1.320;
401
+ #declare Radius_Pb4 = 0.890;
402
+ #declare Radius_Te = 1.370;
403
+ #declare Radius_Te4 = 0.970;
404
+ #declare Radius_Te6 = 0.560;
405
+ #declare Radius_Na = 1.380;
406
+ #declare Radius_Na1 = 0.980;
407
+ #declare Radius_K = 2.030;
408
+ #declare Radius_K1 = 1.330;
409
+ #declare Radius_Li = 1.230;
410
+ #declare Radius_Li1 = 0.780;
411
+ #declare Radius_Al = 1.250;
412
+ #declare Radius_Al3 = 0.570;
413
+
414
+ #declare Radius_Mn = 1.170;
415
+ #declare Radius_Mn2 = 0.910;
416
+ #declare Radius_Mn3 = 0.700;
417
+ #declare Radius_Mn4 = 0.520;
418
+ #declare Radius_W = 1.300;
419
+ #declare Radius_W4 = 0.680;
420
+ #declare Radius_W6 = 0.620;
421
+ #declare Radius_Fe = 1.165;
422
+ #declare Radius_Fe2 = 0.820;
423
+ #declare Radius_Fe3 = 0.670;
424
+ #declare Radius_Pd = 1.280;
425
+ #declare Radius_Pd2 = 0.860;
426
+ #declare Radius_Pd4 = 0.640;
427
+ #declare Radius_Ni = 1.150;
428
+ #declare Radius_Ni2 = 0.780;
429
+ #declare Radius_Ni3 = 0.620;
430
+ #declare Radius_Cu = 1.170;
431
+ #declare Radius_Cu1 = 0.960;
432
+ #declare Radius_Cu2 = 0.720;
433
+ #declare Radius_V = 1.188;
434
+ #declare Radius_V2 = 0.720;
435
+ #declare Radius_V3 = 0.650;
436
+ #declare Radius_V4 = 0.610;
437
+ #declare Radius_V5 = 0.590;
438
+ #declare Radius_Zn = 1.250;
439
+ #declare Radius_Zn2 = 0.830;
440
+
441
+ #end
442
+
443
+ //Atom descriptions
444
+
445
+ //Section: Nonmetals
446
+ #declare Color_C1 = rgbf <0.00,0.00,0.00,NonMetalFilter>;
447
+ #declare Atom_C1 = object {
448
+
449
+ atom
450
+ scale Radius_C1
451
+ texture {
452
+
453
+ pigment {color Color_C1}
454
+ finish {NonMetalFinish}
455
+
456
+ }
457
+ #if (TRANS)
458
+ interior{ I_Glass}
459
+ #end
460
+
461
+ }
462
+ #declare Atom_C = Atom_C1
463
+ #declare Atom_Cac = Atom_C1
464
+ #declare Atom_Cbl = Atom_C1
465
+ #declare Atom_Cmi = Atom_C1
466
+ #declare Atom_Crad = Atom_C1
467
+ #declare Atom_Cx = Atom_C1
468
+ #declare Atom_Nr = Atom_C1
469
+
470
+ #declare Radius_Cac = Radius_C1;
471
+ #declare Radius_Cbl = Radius_C1;
472
+ #declare Radius_Cmi = Radius_C1;
473
+ #declare Radius_Crad = Radius_C1;
474
+ #declare Radius_Cx = Radius_C1;
475
+ #declare Radius_Nr = Radius_C1;
476
+
477
+ #declare Color_C = Color_C1;
478
+ #declare Color_Cac = Color_C1;
479
+ #declare Color_Cbl = Color_C1;
480
+ #declare Color_Cmi = Color_C1;
481
+ #declare Color_Crad = Color_C1;
482
+ #declare Color_Cx = Color_C1;
483
+ #declare Color_Nr = Color_C1;
484
+
485
+ #declare Color_C2 = rgbf <0.00,0.00,0.00,NonMetalFilter>;
486
+ #declare Atom_C2 = object {
487
+
488
+ atom
489
+ scale Radius_C2
490
+ texture {
491
+
492
+ pigment {color Color_C2}
493
+ finish {NonMetalFinish}
494
+
495
+ }
496
+ #if (TRANS)
497
+ interior{ I_Glass}
498
+ #end
499
+ }
500
+
501
+ #declare Color_C3 = rgbf <0.00,0.00,0.00,NonMetalFilter>;
502
+ #declare Atom_C3 = object {
503
+
504
+ atom
505
+ scale Radius_C3
506
+ texture {
507
+
508
+ pigment {color Color_C3}
509
+ finish {NonMetalFinish}
510
+
511
+ }
512
+ #if (TRANS)
513
+ interior{ I_Glass}
514
+ #end
515
+ }
516
+ #declare Atom_Car = Atom_C3
517
+ #declare Atom_Cpl = Atom_C3
518
+ #declare Atom_Cx = Atom_C3
519
+
520
+ #declare Radius_Car = Radius_C3;
521
+ #declare Radius_Cpl = Radius_C3;
522
+ #declare Radius_Cx = Radius_C3;
523
+
524
+ #declare Color_Car = Color_C3;
525
+ #declare Color_Cpl = Color_C3;
526
+ #declare Color_Cx = Color_C3;
527
+
528
+ #declare Color_H = rgbf <1.00,1.00,1.00,NonMetalFilter>;
529
+ #declare Atom_H = object {
530
+
531
+ atom
532
+ scale Radius_H
533
+ texture {
534
+
535
+ pigment {color Color_H}
536
+ finish {NonMetalFinish}
537
+
538
+ }
539
+ #if (TRANS)
540
+ interior{ I_Glass}
541
+ #end
542
+ }
543
+ #declare Atom_HC = Atom_H
544
+ #declare Atom_HO = Atom_H
545
+ #declare Atom_HN = Atom_H
546
+ #declare Atom_Hpl = Atom_H
547
+
548
+ #declare Radius_HC = Radius_H;
549
+ #declare Radius_HO = Radius_H;
550
+ #declare Radius_HN = Radius_H;
551
+ #declare Radius_Hpl = Radius_H;
552
+
553
+ #declare Color_HC = Color_H;
554
+ #declare Color_HO = Color_H;
555
+ #declare Color_HN = Color_H;
556
+ #declare Color_Hpl = Color_H;
557
+
558
+ #declare Color_D = rgbf <0.85,0.85,0.95,NonMetalFilter>;
559
+ #declare Atom_D = object {
560
+
561
+ atom
562
+ scale Radius_D
563
+ texture {
564
+
565
+ pigment {color Color_D}
566
+ finish {NonMetalFinish}
567
+
568
+ }
569
+ #if (TRANS)
570
+ interior{ I_Glass}
571
+ #end
572
+ }
573
+ #declare Atom_DC = Atom_D
574
+
575
+ #declare Radius_DC = Radius_D;
576
+
577
+ #declare Color_DC = Color_D;
578
+
579
+ #declare Color_O = rgbf <1.00,0.00,0.00,NonMetalFilter>;
580
+ #declare Atom_O = object {
581
+
582
+ atom
583
+ scale Radius_O
584
+ texture {
585
+
586
+ pigment {color Color_O}
587
+ finish {NonMetalFinish}
588
+
589
+ }
590
+ #if (TRANS)
591
+ interior{ I_Glass}
592
+ #end
593
+ }
594
+ #declare Atom_O3 = Atom_O
595
+ #declare Atom_O2 = Atom_O
596
+ #declare Atom_Omi = Atom_O
597
+ #declare Atom_OCO2 = Atom_O
598
+ #declare Atom_Oany = Atom_O
599
+ #declare Atom_Oco2 = Atom_O
600
+
601
+ #declare Radius_O3 = Radius_O;
602
+ #declare Radius_O2 = Radius_O;
603
+ #declare Radius_Omi = Radius_O;
604
+ #declare Radius_OCO2 = Radius_O;
605
+ #declare Radius_Oany = Radius_O;
606
+ #declare Radius_Oco2 = Radius_O;
607
+
608
+ #declare Color_O3 = Color_O;
609
+ #declare Color_O2 = Color_O;
610
+ #declare Color_Omi = Color_O;
611
+ #declare Color_OCO2 = Color_O;
612
+ #declare Color_Oany = Color_O;
613
+ #declare Color_Oco2 = Color_O;
614
+
615
+ #declare Color_N = rgbf <0.14,0.42,0.56,NonMetalFilter>;
616
+ #declare Atom_N = object {
617
+
618
+ atom
619
+ scale Radius_N
620
+ texture {
621
+
622
+ pigment {color Color_N}
623
+ finish {NonMetalFinish}
624
+
625
+ }
626
+ #if (TRANS)
627
+ interior{ I_Glass}
628
+ #end
629
+ }
630
+ #declare Atom_NPL3 = Atom_N
631
+ #declare Atom_N2 = Atom_N
632
+ #declare Atom_N4 = Atom_N
633
+ #declare Atom_N3 = Atom_N
634
+ #declare Atom_Npl = Atom_N
635
+ #declare Atom_N2pl = Atom_N
636
+ #declare Atom_Naz = Atom_N
637
+ #declare Atom_N1 = Atom_N
638
+ #declare Atom_Nox = Atom_N
639
+ #declare Atom_Ntr = Atom_N
640
+ #declare Atom_NC = Atom_N
641
+ #declare Atom_Nar = Atom_N
642
+ #declare Atom_Nam = Atom_N
643
+ #declare Atom_Ngpl = Atom_N
644
+ #declare Atom_N3pl = Atom_N
645
+ #declare Atom_Nany = Atom_N
646
+
647
+ #declare Radius_NPL3 = Radius_N;
648
+ #declare Radius_N2 = Radius_N;
649
+ #declare Radius_N4 = Radius_N;
650
+ #declare Radius_N3 = Radius_N;
651
+ #declare Radius_Npl = Radius_N;
652
+ #declare Radius_N2pl = Radius_N;
653
+ #declare Radius_Naz = Radius_N;
654
+ #declare Radius_N1 = Radius_N;
655
+ #declare Radius_Nox = Radius_N;
656
+ #declare Radius_Ntr = Radius_N;
657
+ #declare Radius_NC = Radius_N;
658
+ #declare Radius_Nar = Radius_N;
659
+ #declare Radius_Nam = Radius_N;
660
+ #declare Radius_Ngpl = Radius_N;
661
+ #declare Radius_N3pl = Radius_N;
662
+ #declare Radius_Nany = Radius_N;
663
+
664
+ #declare Color_NPL3 = Color_N;
665
+ #declare Color_N2 = Color_N;
666
+ #declare Color_N4 = Color_N;
667
+ #declare Color_N3 = Color_N;
668
+ #declare Color_Npl = Color_N;
669
+ #declare Color_N2pl = Color_N;
670
+ #declare Color_Naz = Color_N;
671
+ #declare Color_N1 = Color_N;
672
+ #declare Color_Nox = Color_N;
673
+ #declare Color_Ntr = Color_N;
674
+ #declare Color_NC = Color_N;
675
+ #declare Color_Nar = Color_N;
676
+ #declare Color_Nam = Color_N;
677
+ #declare Color_Ngpl = Color_N;
678
+ #declare Color_N3pl = Color_N;
679
+ #declare Color_Nany = Color_N;
680
+
681
+ #declare Color_F = rgbf<1.00,1.00,0.88,NonMetalFilter>;
682
+ #declare Atom_F = object {
683
+
684
+ atom
685
+ scale Radius_F
686
+ texture {
687
+
688
+ pigment {color Color_F}
689
+ finish {NonMetalFinish}
690
+
691
+ }
692
+ #if (TRANS)
693
+ interior{ I_Glass}
694
+ #end
695
+ }
696
+
697
+ #declare Color_Cl = rgbf <0.20,0.80,0.20,NonMetalFilter>;
698
+ #declare Atom_Cl = object {
699
+
700
+ atom
701
+ scale Radius_Cl
702
+ texture {
703
+
704
+ pigment {color Color_Cl}
705
+ finish {NonMetalFinish}
706
+
707
+ }
708
+ #if (TRANS)
709
+ interior{ I_Glass}
710
+ #end
711
+ }
712
+
713
+ #declare Color_Br = rgbf <0.65,0.16,0.16,NonMetalFilter>;
714
+ #declare Atom_Br = object {
715
+
716
+ atom
717
+ scale Radius_Br
718
+ texture {
719
+
720
+ pigment {color Color_Br}
721
+ finish {NonMetalFinish}
722
+
723
+ }
724
+ #if (TRANS)
725
+ interior{ I_Glass}
726
+ #end
727
+ }
728
+
729
+ #declare Color_I = rgbf<0.58,0.44,0.86,NonMetalFilter>;
730
+ #declare Atom_I = object {
731
+
732
+ atom
733
+ scale Radius_I
734
+ texture {
735
+
736
+ pigment {color Color_I}
737
+ finish {NonMetalFinish}
738
+
739
+ }
740
+ #if (TRANS)
741
+ interior{ I_Glass}
742
+ #end
743
+ }
744
+
745
+ #declare Color_P = rgbf <1.00,0.50,0.00,NonMetalFilter>;
746
+ #declare Atom_P = object {
747
+
748
+ atom
749
+ scale Radius_P
750
+ texture {
751
+
752
+ pigment {color Color_P}
753
+ finish{NonMetalFinish}
754
+
755
+ }
756
+ #if (TRANS)
757
+ interior{ I_Glass}
758
+ #end
759
+ }
760
+ #declare Atom_Pac = Atom_P
761
+ #declare Atom_P3 = Atom_P
762
+ #declare Atom_Pox = Atom_P
763
+ #declare Atom_P3pl = Atom_P
764
+
765
+ #declare Radius_Pac = Radius_P;
766
+ #declare Radius_P3 = Radius_P;
767
+ #declare Radius_Pox = Radius_P;
768
+ #declare Radius_P3pl = Radius_P;
769
+
770
+ #declare Color_Pac = Color_P;
771
+ #declare Color_P3 = Color_P;
772
+ #declare Color_Pox = Color_P;
773
+ #declare Color_P3pl = Color_P;
774
+
775
+ #declare Color_S = rgbf <1.00,1.00,0.00,NonMetalFilter>;
776
+ #declare Atom_S = object {
777
+
778
+ atom
779
+ scale Radius_S
780
+ texture {
781
+
782
+ pigment {color Color_S}
783
+ finish {NonMetalFinish}
784
+
785
+ }
786
+ #if (TRANS)
787
+ interior{ I_Glass}
788
+ #end
789
+ }
790
+ #declare Atom_S3pl = Atom_S
791
+ #declare Atom_S3 = Atom_S
792
+ #declare Atom_S2 = Atom_S
793
+ #declare Atom_Sac = Atom_S
794
+ #declare Atom_Sox = Atom_S
795
+ #declare Atom_Sany = Atom_S
796
+ #declare Atom_So = Atom_S
797
+
798
+ #declare Radius_S3pl = Radius_S;
799
+ #declare Radius_S3 = Radius_S;
800
+ #declare Radius_S2 = Radius_S;
801
+ #declare Radius_Sac = Radius_S;
802
+ #declare Radius_Sox = Radius_S;
803
+ #declare Radius_Sany = Radius_S;
804
+ #declare Radius_So = Radius_S;
805
+
806
+ #declare Color_S3pl = Color_S;
807
+ #declare Color_S3 = Color_S;
808
+ #declare Color_S2 = Color_S;
809
+ #declare Color_Sac = Color_S;
810
+ #declare Color_Sox = Color_S;
811
+ #declare Color_Sany = Color_S;
812
+ #declare Color_So = Color_S;
813
+
814
+ //A special color for halfmetals
815
+ #declare HalfMetalColor = rgbf <0.6,0.6,0.85,HalfMetalFilter>;
816
+
817
+ //Section: HalfMetals
818
+ #declare Color_B = rgbf <0,1.0,0,HalfMetalFilter>;
819
+ #declare Atom_B = object {
820
+
821
+ atom
822
+ scale Radius_B
823
+ texture {
824
+
825
+ pigment {color Color_B}
826
+ finish {HalfMetalFinish}
827
+
828
+ }
829
+ #if (TRANS)
830
+ interior{ I_Glass}
831
+ #end
832
+ }
833
+ #declare Atom_Bac = Atom_B
834
+ #declare Atom_Box = Atom_B
835
+
836
+ #declare Radius_Bac = Radius_B;
837
+ #declare Radius_Box = Radius_B;
838
+
839
+ #declare Color_Bac = Color_B;
840
+ #declare Color_Box = Color_B;
841
+
842
+ #declare Color_Si = HalfMetalColor;
843
+ #declare Atom_Si = object {
844
+
845
+ atom
846
+ scale Radius_Si
847
+ texture {
848
+
849
+ pigment {color Color_Si}
850
+ finish {HalfMetalFinish}
851
+
852
+ }
853
+ #if (TRANS)
854
+ interior{ I_Glass}
855
+ #end
856
+ }
857
+
858
+
859
+ #declare Color_Ge = HalfMetalColor;
860
+ #declare Atom_Ge = object {
861
+
862
+ atom
863
+ scale Radius_Ge
864
+ texture {
865
+
866
+ pigment {color Color_Ge}
867
+ finish {HalfMetalFinish}
868
+
869
+ }
870
+ #if (TRANS)
871
+ interior{ I_Glass}
872
+ #end
873
+ }
874
+ #declare Color_Se = HalfMetalColor;
875
+ #declare Atom_Se = object {
876
+
877
+ atom
878
+ scale Radius_Se
879
+ texture {
880
+
881
+ pigment {color Color_Se}
882
+ finish {HalfMetalFinish}
883
+
884
+ }
885
+ #if (TRANS)
886
+ interior{ I_Glass}
887
+ #end
888
+ }
889
+
890
+ //Metals
891
+ #declare Color_Metal = rgbf <0.94,0.93,0.90,MetalFilter>;
892
+
893
+ #declare Color_Te = rgbf <0.6,0.6,0.6,MetalFilter>;
894
+ #declare Atom_Te = object {
895
+
896
+ atom
897
+ scale Radius_Te
898
+ texture {
899
+
900
+ pigment {color Color_Te}
901
+ finish {MetalFinish}
902
+
903
+ }
904
+ #if (TRANS)
905
+ interior{ I_Glass}
906
+ #end
907
+ }
908
+
909
+ #declare Color_Li = Color_Metal;
910
+ #declare Atom_Li = object {
911
+
912
+ atom
913
+ scale Radius_Li
914
+ texture {
915
+
916
+ pigment {color Color_Li}
917
+ finish {MetalFinish}
918
+
919
+ }
920
+ #if (TRANS)
921
+ interior{ I_Glass}
922
+ #end
923
+ }
924
+
925
+ #declare Color_Na = Color_Metal;
926
+ #declare Atom_Na = object {
927
+
928
+ atom
929
+ scale Radius_Na
930
+ texture {
931
+
932
+ pigment {color Color_Na}
933
+ finish {MetalFinish}
934
+
935
+ }
936
+ #if (TRANS)
937
+ interior{ I_Glass}
938
+ #end
939
+ }
940
+
941
+ #declare Color_K = Color_Metal;
942
+ #declare Atom_K = object {
943
+
944
+ atom
945
+ scale Radius_K
946
+ texture {
947
+
948
+ pigment {color Color_K}
949
+ finish {MetalFinish}
950
+
951
+ }
952
+ #if (TRANS)
953
+ interior{ I_Glass}
954
+ #end
955
+ }
956
+
957
+ #declare Color_Ca = Color_Metal;
958
+ #declare Atom_Ca = object {
959
+
960
+ atom
961
+ scale Radius_Ca
962
+ texture {
963
+
964
+ pigment {color Color_Ca}
965
+ finish {MetalFinish}
966
+
967
+ }
968
+ #if (TRANS)
969
+ interior{ I_Glass}
970
+ #end
971
+ }
972
+
973
+ #declare Color_Al = Color_Metal;
974
+ #declare Atom_Al = object {
975
+
976
+ atom
977
+ scale Radius_Al
978
+ texture {
979
+
980
+ pigment {color Color_Al}
981
+ finish {MetalFinish}
982
+
983
+ }
984
+ #if (TRANS)
985
+ interior{ I_Glass}
986
+ #end
987
+ }
988
+
989
+ #declare Color_Sn = Color_Metal;
990
+ #declare Atom_Sn = object {
991
+
992
+ atom
993
+ scale Radius_Sn
994
+ texture {
995
+
996
+ pigment {color Color_Sn}
997
+ finish {MetalFinish}
998
+
999
+ }
1000
+ #if (TRANS)
1001
+ interior{ I_Glass}
1002
+ #end
1003
+ }
1004
+
1005
+ #declare Color_Pb = Color_Metal;
1006
+ #declare Atom_Pb = object {
1007
+
1008
+ atom
1009
+ scale Radius_Pb
1010
+ texture {
1011
+
1012
+ pigment {color Color_Pb}
1013
+ finish {MetalFinish}
1014
+
1015
+ }
1016
+ #if (TRANS)
1017
+ interior{ I_Glass}
1018
+ #end
1019
+ }
1020
+
1021
+ //TransMetals
1022
+ #declare Color_TransMetal = rgbf <0.94,0.93,0.90,TransMetalFilter>;
1023
+
1024
+ #declare Color_W = Color_TransMetal;
1025
+ #declare Atom_W = object {
1026
+
1027
+ atom
1028
+ scale Radius_W
1029
+ texture {
1030
+
1031
+ pigment {color Color_W}
1032
+ finish {TransMetalFinish}
1033
+
1034
+ }
1035
+ #if (TRANS)
1036
+ interior{ I_Glass}
1037
+ #end
1038
+ }
1039
+
1040
+ #declare Color_Pd = Color_TransMetal;
1041
+ #declare Atom_Pd = object {
1042
+
1043
+ atom
1044
+ scale Radius_Pd
1045
+ texture {
1046
+
1047
+ pigment {color Color_Pd}
1048
+ finish {TransMetalFinish}
1049
+
1050
+ }
1051
+ #if (TRANS)
1052
+ interior{ I_Glass}
1053
+ #end
1054
+ }
1055
+
1056
+ #declare Color_Ni = Color_TransMetal;
1057
+ #declare Atom_Ni = object {
1058
+
1059
+ atom
1060
+ scale Radius_Ni
1061
+ texture {
1062
+
1063
+ pigment {color Color_Ni}
1064
+ finish {TransMetalFinish}
1065
+
1066
+ }
1067
+ #if (TRANS)
1068
+ interior{ I_Glass}
1069
+ #end
1070
+ }
1071
+
1072
+ #declare Color_Cu = rgbf <0.50,0.25,0.15,TransMetalFilter>;
1073
+ #declare Atom_Cu = object {
1074
+
1075
+ atom
1076
+ scale Radius_Cu
1077
+
1078
+ texture {
1079
+
1080
+ pigment {color Color_Cu}
1081
+ finish {TransMetalFinish}
1082
+
1083
+ }
1084
+ #if (TRANS)
1085
+ interior{ I_Glass}
1086
+ #end
1087
+ }
1088
+
1089
+ #declare Color_Mn = Color_TransMetal;
1090
+ #declare Atom_Mn = object {
1091
+
1092
+ atom
1093
+ scale Radius_Mn
1094
+ texture {
1095
+
1096
+ pigment {color Color_Mn}
1097
+ finish {TransMetalFinish}
1098
+
1099
+ }
1100
+ #if (TRANS)
1101
+ interior{ I_Glass}
1102
+ #end
1103
+ }
1104
+
1105
+ #declare Color_Fe = Color_TransMetal;
1106
+ #declare Atom_Fe = object {
1107
+
1108
+ atom
1109
+ scale Radius_Fe
1110
+
1111
+ texture {
1112
+
1113
+ pigment {color Color_Fe}
1114
+ finish {TransMetalFinish}
1115
+
1116
+ }
1117
+ #if (TRANS)
1118
+ interior{ I_Glass}
1119
+ #end
1120
+ }
1121
+
1122
+
1123
+ #declare Color_V = Color_TransMetal;
1124
+ #declare Atom_V = object {
1125
+
1126
+ atom
1127
+ scale Radius_V
1128
+ texture {
1129
+
1130
+ pigment {color Color_V}
1131
+ finish {TransMetalFinish}
1132
+
1133
+ }
1134
+ #if (TRANS)
1135
+ interior{ I_Glass}
1136
+ #end
1137
+ }
1138
+
1139
+ #declare Atom_V2 = object {
1140
+
1141
+ atom
1142
+ scale Radius_V2
1143
+ texture {
1144
+
1145
+ pigment {color Color_V}
1146
+ finish {TransMetalFinish}
1147
+
1148
+ }
1149
+ #if (TRANS)
1150
+ interior{ I_Glass}
1151
+ #end
1152
+ }
1153
+
1154
+ #declare Atom_V3 = object {
1155
+
1156
+ atom
1157
+ scale Radius_V3
1158
+ texture {
1159
+
1160
+ pigment {color Color_V}
1161
+ finish {TransMetalFinish}
1162
+
1163
+ }
1164
+ #if (TRANS)
1165
+ interior{ I_Glass}
1166
+ #end
1167
+ }
1168
+
1169
+ #declare Atom_V4 = object {
1170
+
1171
+ atom
1172
+ scale Radius_V4
1173
+ texture {
1174
+
1175
+ pigment {color Color_V}
1176
+ finish {TransMetalFinish}
1177
+
1178
+ }
1179
+ #if (TRANS)
1180
+ interior{ I_Glass}
1181
+ #end
1182
+ }
1183
+
1184
+ #declare Atom_V5 = object {
1185
+
1186
+ atom
1187
+ scale Radius_V5
1188
+ texture {
1189
+
1190
+ pigment {color Color_V}
1191
+ finish {TransMetalFinish}
1192
+
1193
+ }
1194
+ #if (TRANS)
1195
+ interior{ I_Glass}
1196
+ #end
1197
+ }
1198
+
1199
+
1200
+ #declare Color_Zn = Color_TransMetal;
1201
+ #declare Atom_Zn = object {
1202
+
1203
+ atom
1204
+ scale Radius_Zn
1205
+ texture {
1206
+
1207
+ pigment {color Color_Zn}
1208
+ finish {TransMetalFinish}
1209
+
1210
+ }
1211
+ #if (TRANS)
1212
+ interior{ I_Glass}
1213
+ #end
1214
+ }
1215
+
1216
+ #declare Atom_Zn2 = object {
1217
+
1218
+ atom
1219
+ scale Radius_Zn2
1220
+ texture {
1221
+
1222
+ pigment {color Color_Zn}
1223
+ finish {TransMetalFinish}
1224
+
1225
+ }
1226
+ #if (TRANS)
1227
+ interior{ I_Glass}
1228
+ #end
1229
+ }