openbabel-ruby 3.1.1.2-arm64-darwin

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  711. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/opendxformat.so +0 -0
  712. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/orcaformat.so +0 -0
  713. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/outformat.so +0 -0
  714. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/painterformat.so +0 -0
  715. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pcmodelformat.so +0 -0
  716. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pdbformat.so +0 -0
  717. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pdbqtformat.so +0 -0
  718. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/plugin_charges.so +0 -0
  719. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/plugin_descriptors.so +0 -0
  720. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/plugin_fingerprints.so +0 -0
  721. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/plugin_forcefields.so +0 -0
  722. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/plugin_ops.so +0 -0
  723. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/png2format.so +0 -0
  724. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pngformat.so +0 -0
  725. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pointcloudformat.so +0 -0
  726. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/posformat.so +0 -0
  727. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/povrayformat.so +0 -0
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  729. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pubchem.so +0 -0
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  736. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/rxnformat.so +0 -0
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  740. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/smileyformat.so +0 -0
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  744. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/thermoformat.so +0 -0
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  747. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/turbomoleformat.so +0 -0
  748. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/unichemformat.so +0 -0
  749. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/vaspformat.so +0 -0
  750. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/viewmolformat.so +0 -0
  751. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/wlnformat.so +0 -0
  752. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/xedformat.so +0 -0
  753. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/xmlformat.so +0 -0
  754. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/xsfformat.so +0 -0
  755. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/xyzformat.so +0 -0
  756. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/yasaraformat.so +0 -0
  757. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/zindoformat.so +0 -0
  758. data/lib/openbabel/version.rb +4 -0
  759. data/lib/openbabel.rb +83 -0
  760. metadata +808 -0
data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/ringtyp.txt ADDED
@@ -0,0 +1,71 @@
1
+ ##############################################################################
2
+ # #
3
+ # Open Babel file: ringtyp.txt #
4
+ # #
5
+ # Copyright (c) 2007 Tim Vandermeersch #
6
+ # Part of the Open Babel package, under the GNU General Public License (GPL)#
7
+ # #
8
+ # SMARTS patterns for ring typing (used by typer.cpp:OBRingTyper) #
9
+ # (involved in MMFF94 atom typing, among other things) #
10
+ # #
11
+ # RINGTYP: used to assign the ring types #
12
+ # #
13
+ ##############################################################################
14
+
15
+ #
16
+ # 5 membered rings
17
+ #
18
+ # ring name smarts pattern
19
+ RINGTYP thiophene s1cccc1
20
+ RINGTYP furan o1cccc1
21
+ RINGTYP pyrrole n1cccc1
22
+
23
+ RINGTYP thiazole s1c[nD2]cc1
24
+ RINGTYP thiazole_cation s1c[nD3]cc1 # needed by MMFF
25
+ RINGTYP oxazole o1c[nD2]cc1
26
+ RINGTYP oxazole_cation o1c[nD3]cc1 # needed by MMFF
27
+ RINGTYP imidazole [nD3]1c[nD2]cc1
28
+ RINGTYP imidazole_cation [nD3]1c[nD3]cc1 # needed by MMFF
29
+
30
+ RINGTYP isothiazole s1[nD2]ccc1
31
+ RINGTYP isothiazole_cation s1[nD3]ccc1 # needed by MMFF
32
+ RINGTYP isoxazole o1[nD2]ccc1
33
+ RINGTYP isoxazole_cation o1[nD3]ccc1 # needed by MMFF
34
+ RINGTYP pyrazole [nD3]1[nD2]ccc1
35
+ RINGTYP pyrazole_anion [nD2]1[nD2]ccc1 # needed by MMFF
36
+
37
+
38
+ RINGTYP 1,2,3-thiadiazole s1[nD2][nD2]cc1
39
+ RINGTYP 1,2,3-thiadiazole_cation s1[nD2][nD3]cc1 # needed by MMFF
40
+ RINGTYP 1,2,4-thiadiazole s1[nD2]c[nD2]c1
41
+ RINGTYP 1,2,4-thiadiazole_cation s1[nD2]c[nD3]c1 # needed by MMFF
42
+ RINGTYP 1,3,4-thiadiazole s1c[nD2][nD2]c1
43
+ RINGTYP 1,3,4-thiadiazole_cation s1c[nD2][nD3]c1 # needed by MMFF
44
+
45
+ RINGTYP 1,2,3-oxadiazole o1[nD2][nD2]cc1
46
+ RINGTYP 1,2,3-oxadiazole_cation o1[nD2][nD3]cc1 # needed by MMFF
47
+ RINGTYP 1,2,4-oxadiazole o1[nD2]c[nD2]c1
48
+ RINGTYP 1,2,4-oxadiazole_cation o1[nD2]c[nD3]c1 # needed by MMFF
49
+
50
+ RINGTYP 1,2,3-triazole [nD3]1[nD2][nD2]cc1
51
+ RINGTYP 1,2,3-triazole_anion [nD2]1[nD2][nD2]cc1 # needed by MMFF
52
+ RINGTYP 1,2,4-triazole [nD3]1[nD2]c[nD2]c1
53
+ RINGTYP 1,2,4-triazole_anion [nD2]1[nD2]c[nD2]c1 # needed by MMFF
54
+ RINGTYP 1,3,4-triazole [nD3]1c[nD2][nD2]c1
55
+ RINGTYP 1,3,4-triazole_cation [nD3]1c[nD3][nD2]c1 # needed by MMFF
56
+
57
+ RINGTYP 1,2,3,4-tetrazole [nD3]1[nD2][nD2][nD2]c1
58
+ RINGTYP 1,2,3,4-tetrazole_cation [nD3]1[nD2][nD2][nD3]c1 # needed by MMFF
59
+ RINGTYP 1,2,3,5-tetrazole [nD3]1[nD2][nD2]c[nD2]1
60
+ RINGTYP 1,2,3,5-tetrazole_anion [nD2]1[nD2][nD2]c[nD2]1 # needed by MMFF
61
+
62
+ #
63
+ # 6 membered rings
64
+ #
65
+ # ring name smarts pattern
66
+ RINGTYP benzene c1ccccc1
67
+ RINGTYP pyridine n1ccccc1
68
+ RINGTYP pyridazine n1ncccc1
69
+ RINGTYP pyrimidine n1cnccc1
70
+ RINGTYP pyrazine n1ccncc1
71
+ #