nysol-mining 3.0.0

data/bin/mgnfeatures.rb

@@ -0,0 +1,369 @@
+#!/usr/bin/env ruby
+# encoding: utf-8
+
+# 1.0 initial development: 2016/1/27
+$version="1.0"
+$revision="###VERSION###"
+CMD="mgnfeatures.rb"
+
+def help
+
+STDERR.puts <<EOF
+----------------------------
+#{CMD} version #{$version}
+----------------------------
+概要) ノードの特徴量を計算
+特徴) 以下のノードの特徴量を出力
+  degree      : 各ノードの次数
+	cc          : クラスタ係数
+  components  : 連結成分 (連結成分をクラスタとする)
+  betweenness : 媒介中心性 (ある点が他の点間の最短経路に位置する程度)
+  closeness   : 近接中心性 (他の点への最短経路の合計の逆数)
+  page_rank   : 各ノードの重要度をpage_rankで計算
+
+書式) #{CMD} I=|(ei= [ni=]) ef= [nf=] [ew=] [mode=] O= [-directed] [-normalize] [T=] [-verbose] [--help]
+  I=     : 入力パス
+         : パス中の枝ファイルは.edge拡張子が前提
+         : パス中の点ファイルは.node拡張子が前提
+  ei=    : 枝データファイル(I=とは一緒に指定できない)
+  ef=    : 枝データ上の2つの節点項目名
+  ni=    : 節点データファイル(I=とは一緒に指定できない)
+  nf=    : 節点データ上の節点項目名(省略時は"node")
+  ew=    : 枝ファイル上の重み項目名【省略時は全ての枝の重みを1と見なす】
+  mode=  : in|out|all (-directedを指定した場合のみ有向。省略時は"all"。詳しくは詳細)を参照)
+  O=     : 出力パス
+  -directed  : 有向グラフ
+  -normalize : 基準化
+
+  その他
+  T= : ワークディレクトリ(default:/tmp)
+  -verbose : show the END messages of MCMD and R used in this command
+  --help : ヘルプの表示
+
+必要なソフトウェア)
+  1) R
+  2) igraph package for R
+
+詳細)
+1.オプション一覧
+             | mode        | 重み |    基準化
+---------------------------------------------------------------------
+ degree      |in,out,all   | 無し | n-1で割る
+ cc          | 無し        | 有り | 無し
+ components  | 無し        | 無し | 無し
+ betweenness | 無し        | 有り | 2B/(n^2-3n+2) [B:raw betweenness]
+ closeness   |in,out,all   | 有り | n-1で割る
+ page_rank   | 無し        | 有り | 無し
+-------------------------------------------------------------------- 
+modeは-directedを指定された場合に有効になる。
+in:入枝が対象, out:出枝が対象, all: 両方対象を意味する
+
+2. ccは-directedが指定されていても無視される。
+3. componentsは-directedが指定された場合には強連結を求める。
+4. pageRankは"prpack"を利用。
+
+入力データ)
+２つの節点からなる枝データ
+
+入力データ)
+節点ペアのCSVファイル(ファイル名はei=にて指定)
+例)
+$ cat data/dat1.edge
+n1,n2
+a,b
+a,c
+a,d
+a,e
+a,f
+a,g
+b,c
+b,d
+b,e
+b,f
+c,h
+d,g
+e,f
+
+$ mgnfeatures.rb ei=data/dat1.edge ef=n1,n2 O=rsl01
+$ cat rsl01/dat1.csv
+node,degree,components,betweenness,closeness,page_rank
+a,6,1,8.5,0.125,0.216364844231035
+b,5,1,4,0.111111111111111,0.181335882714211
+c,3,1,6,0.0909090909090909,0.126673483636635
+d,3,1,0.5,0.0833333333333333,0.11508233404895
+e,3,1,0,0.0833333333333333,0.111947143712761
+f,3,1,0,0.0833333333333333,0.111947143712761
+g,2,1,0,0.0769230769230769,0.0820083475799325
+h,1,1,0,0.0588235294117647,0.0546408203637134
+
+# Copyright(c) NYSOL 2014- All Rights Reserved.
+EOF
+exit
+end
+
+def ver()
+  $revision ="0" if $revision =~ /VERSION/
+  STDERR.puts "version #{$version} revision #{$revision}"
+  exit
+end
+
+help() if ARGV[0]=="--help" or ARGV.size <= 0
+ver()  if ARGV[0]=="--version"
+
+require "rubygems"
+require "nysol/mcmd"
+
+# Rライブラリ実行可能確認
+exit(1) unless(MCMD::chkRexe("igraph"))
+
+####
+# converting original graph file with text to one with integer
+# output #{numFile} and #{mapFile}, then return the number of nodes of the graph
+#
+# ei    ni   xxnum   xxmap
+# v1,v2 v            node%1,flag%0,num
+# E,J   A     0 3    A,0,0
+# E,A   B     0 4    B,0,1
+# J,D   C     0 6    D,0,2
+# J,A   D =>  1 5    E,0,3
+# J,H   E     2 4    F,0,4
+# D,H   F     2 5    H,0,5
+# D,F   G     2 6    J,0,6
+# H,F   H     3 6    C,1,7
+# A,F   I     4 5    G,1,8
+# B,H   J     5 6    I,1,9
+#
+# return value is 10 (nodes)
+# "flag" on xxmap: 0:nodes in "ei", 1:nodes only in "ni".
+def g2pair(ni,nf,ei,ef1,ef2,ew,numFile,mapFile,weightFile)
+  #MCMD::msgLog("converting graph files into a pair of numbered nodes ...")
+  wf=MCMD::Mtemp.new
+  wf1=wf.file
+  wf2=wf.file
+  wf3=wf.file
+
+  system "mcut f=#{ef1}:node i=#{ei} | msetstr v=0 a=flag o=#{wf1}"
+  system "mcut f=#{ef2}:node i=#{ei} | msetstr v=0 a=flag o=#{wf2}"
+  system "mcut f=#{nf}:node  i=#{ni} | msetstr v=1 a=flag o=#{wf3}" if nf
+
+  f=""
+  if nf
+    f << "mcat i=#{wf1},#{wf2},#{wf3} f=node,flag |"
+    f << "mbest k=node s=flag from=0 size=1 |"
+  else
+    f << "mcat  i=#{wf1},#{wf2}       f=node,flag |"
+    f << "muniq k=node |"
+  end
+  # isolated nodes are set to the end of position in mapping file.
+  # S= must start from 0 (but inside R vertex number will be added one)
+  f << "mnumber s=flag,node a=num S=0 o=#{mapFile}"
+  system(f)
+
+  f=""
+  f << "mcut f=#{ef1},#{ef2} i=#{ei} |"
+  f << "msortf f=#{ef1} |"
+  f << "mjoin  k=#{ef1} K=node m=#{mapFile} f=num:num1 |"
+  f << "msortf f=#{ef2} |"
+  f << "mjoin  k=#{ef2} K=node m=#{mapFile} f=num:num2 |"
+  f << "mcut   f=num1,num2 |"
+  f << "mfsort f=num1,num2 |"
+  f << "msortf f=num1%n,num2%n -nfno | tr ',' ' ' >#{numFile}"
+  system(f)
+
+  nodeSize=MCMD::mrecount("i=#{mapFile}")
+
+  if ew
+    system "mcut f=#{ew} i=#{ei} o=#{weightFile}"
+  else
+    ew="weight"
+    system "msetstr v=1 a=#{ew} i=#{ei} |mcut f=#{ew} o=#{weightFile}"
+  end
+
+  return nodeSize
+end
+
+def genRscript(directed,norm,mode,eFile,wFile,ew,nodeSize,oFile,scpFile)
+	dir="FALSE"
+	dir="TRUE" if directed
+	normalize="FALSE"
+	normalize="TRUE" if norm
+
+  r_proc = <<EOF
+library(igraph)
+#### reading edge file
+g=read.graph("#{eFile}",format="edgelist",directed="#{dir}",n="#{nodeSize}")
+# reading weight file
+w=read.csv("#{wFile}")
+E(g)$weight=as.list(w$"#{ew}")
+
+####
+deg=degree(g,mode="#{mode}",normalized="#{normalize}")
+### ew=がnullの場合はweight=1として扱っているので以下で問題ない
+cc=transitivity(g,type="weight")
+cls=components(g,mode="strong")
+
+# -normalizeと-directedは一緒に指定できないため以下の処理を行う
+if ("#{dir}"=="TRUE") {
+	norm2 = "FALSE"
+	betweenness=betweenness(g,directed="#{dir}",weight=E(g)$weight,normalized=norm2)
+} else {
+	norm2 = "#{normalize}"
+	betweenness=betweenness(g,directed="#{dir}",weight=E(g)$weight,normalized=norm2)
+}
+
+closeness=closeness(g,weight=E(g)$weight,mode="#{mode}",normalized="#{normalize}")
+pgrank=page.rank(g,weight=E(g)$weight,directed="#{dir}")$vector
+
+dat=data.frame(
+  degree=deg,
+	cc=cc,
+  components=cls$membership,
+	betweenness=betweenness,
+	closeness=closeness,
+	page_rank=pgrank
+)
+
+write.csv(dat,file="#{oFile}",quote=FALSE,row.names=FALSE)
+
+EOF
+
+  File.open(scpFile,"w"){|fpw|
+    fpw.write(r_proc)
+  }
+end
+
+#################################################################################################
+#### Entry point
+
+args=MCMD::Margs.new(ARGV,"I=,ei=,ef=,ni=,nf=,ew=,O=,mode=,-directed,-normalize,-verbose,mp=","ef=,O=")
+
+
+# suppress the end message of MCMD
+ENV["KG_VerboseLevel"]="2" unless args.bool("-verbose")
+
+# work file path
+if args.str("T=")!=nil then
+  ENV["KG_TmpPath"] = args.str("T=").sub(/\/$/,"")
+end
+
+# setting variables for edge file(s) and its field name
+iPath = args.file("I=","r")
+oPath = args.file("O=","w")
+
+# 枝データの扱い
+edgeFiles=nil
+ef1  =nil
+ef2  =nil
+if iPath then
+  edgeFiles = Dir["#{iPath}/*.edge"]
+  if edgeFiles.size==0 then
+    raise "#ERROR# no edge file is found matching with #{iPath}/*.edge"
+  end
+  ef = args.field("ef=", edgeFiles[0])
+  ef1,ef2=ef["names"]
+else
+  edgeFiles = args.file("ei=","r").split # edge file name
+  unless edgeFiles
+    raise "#ERROR# ei= or I= is mandatory"
+  end
+  ef = args.field("ef=", edgeFiles[0])
+  ef1,ef2=ef["names"]
+end
+
+# ---- 枝重み
+ew = args.field("ew=", edgeFiles[0], nil, 1,1)
+ew = ew["names"][0] if ew
+
+# 節点データの扱い
+# if nf= is not specified, only edge files are used for generating a graph.
+ni=nil
+nf=nil
+if iPath then
+  nodeFile0=edgeFiles[0].sub(/\.edge/,".node")
+  if File.exists?(nodeFile0)
+    nf = args.field("nf=", nodeFile0)
+    if nf
+      nf=nf["names"][0]
+    end
+  else
+    nf = args.str("nf=")
+    if nf then
+      raise "#ERROR# nf= is specified, but no node file is found matching with #{iPath}/*.node"
+    end
+  end
+else
+  ni = args.file("ni=","r") # node file name
+  if ni
+    nf = args.field("nf=", ni)
+    unless nf
+      raise "#ERROR# nf= is mandatory, when ni= is specified"
+    end
+    nf=nf["names"][0]
+  end
+end
+
+mode=args.str("mode=","all")
+unless mode=="all" or mode=="in" or mode=="out" 
+      raise "#ERROR# mode= can specify all|in|out"
+end
+
+directed=args.bool("-directed")
+norm=args.bool("-normalize")
+MP=args.int("mp=",4)
+
+MCMD::mkDir(oPath)
+
+edgeFiles.meach(MP){|edgeFile|
+  #MCMD::msgLog("START fearture extraction: #{edgeFile}")
+
+  baseName=edgeFile.sub(/\.edge$/,"")
+  name=baseName.sub(/^.*\//,"")
+
+	if ni
+		nodeFile=ni	
+	else
+  	nodeFile=edgeFile.sub(/\.edge$/,".node")
+	end
+
+  # convert the original graph to one igraph can handle
+  wf=MCMD::Mtemp.new
+  xxnum=wf.file
+  xxmap=wf.file
+  xxout=wf.file
+  xxscp=wf.file
+  xxweight=wf.file
+
+  nodeSize=g2pair(nodeFile,nf,edgeFile,ef1,ef2,ew,xxnum,xxmap,xxweight)
+=begin
+system "cat #{xxnum}"
+system "cat #{xxmap}"
+puts "nodeSize=#{nodeSize}"
+=end
+	
+  # generate R script, and run
+  genRscript(directed, norm, mode, xxnum, xxweight, ew, nodeSize, xxout, xxscp)
+  if  args.bool("-verbose")
+    system "R --vanilla -q < #{xxscp}"
+  else
+		
+  #  system "R --vanilla -q < #{xxscp} &>/dev/null"
+    system "R --vanilla -q --slave < #{xxscp} 2>/dev/null "
+    #system "Rscript #{xxscp}"
+
+  end
+
+  # store the result
+	f=""
+	f << "mnumber -q S=0 a=num i=#{xxout} |"
+	f << "mjoin k=num f=node m=#{xxmap} |"
+	if nf
+	f << "mcut f=node:#{nf},degree,cc,components,betweenness,closeness,page_rank o=#{oPath}/#{name}.csv" 
+	else
+	f << "mcut f=node,degree,cc,components,betweenness,closeness,page_rank o=#{oPath}/#{name}.csv" 
+	end
+	system(f)
+
+}
+
+# end message
+MCMD::endLog(args.cmdline)

data/bin/mgpmetis.rb

@@ -0,0 +1,449 @@
+#!/usr/bin/env ruby
+# encoding: utf-8
+
+require "rubygems"
+require "nysol/mcmd"
+
+# 1.1: change from ufactor= to balance=, bug fix for isolated nodes
+$version="1.1"
+$revision="###VERSION###"
+
+def help
+
+STDERR.puts <<EOF
+----------------------------
+mgpmetis.rb version #{$version}
+----------------------------
+概要) METISを利用したグラフ分割(クラスタリング)
+特徴) 1) 節点数をできるだけ同じようにして、枝のカット数を最小化するように分割する。
+      2) 節点と枝に重みを与えることも可能。
+      3) 一つの節点が複数のクラスタに属することはない(ハードクラスタリング)。
+      4) 内部ではgpmetisコマンドをコールしている。
+用法) mgpmetis.rb kway= [ptype=rb|kway] ei= [ef=] [ew=] [ni=] [nf=] [nw=] [o=]
+                  [balance=] [ncuts=] [dat=] [map=] [-noexe] [--help]
+
+  ファイル関連
+  ei=      : 枝ファイル名(節点ペア)【必須】
+  ef=      : 枝ファイル上の節点ペア項目名(2項目のみ)【デフォルト:"node1,node2"】
+  ew=      : 枝ファイル上の重み項目名(1項目のみ)【オプション:省略時は全ての枝の重みを1と見なす】
+           : 重みは整数で指定しなければならない。
+  ni=      : 節点ファイル名【オプション*注1】
+  nf=      : 節点ファイル上の節点項目名(1項目のみ)【デフォルト:"node"】
+  nw=      : 節点ファイル上の重み項目名(複数項目指定可)【オプション:省略時は全ての重みを1と見なす】
+           : 重みは整数で指定しなければならない。
+  o=       : 出力ファイル名【オプション:defaultは標準出力】
+
+  動作の制御関連
+  kway=    : 分割数【必須】
+  ptype=   : 分割アルゴリズム【デフォルト:kway】
+  balance= : 分割アンバランスファクタ【デフォルト: ptype=rbの時は1.001、ptype=kwayの時は1.03】
+  ncuts=   : 分割フェーズで、初期値を変えて試行する回数【オプション:default=1】
+  seed=    : 乱数の種(0以上の整数)【オプション:default=-1(時間依存)】
+
+  gpmetis用のデータ生成
+  dat=     : 指定されたファイルにgpmetisコマンド用のデータを出力する。
+  map=     : 指定されたファイルにgpmetisコマンド用の節点番号とi=上の節点名のマッピングデータを出力する。
+  -noexe   : 内部でgpmetisを実行しない。dat=,map=の出力だけが必要な場合に指定する。
+
+  その他
+	--help   : ヘルプの表示
+
+  注1：節点ファイルは、孤立節点(一つの節点からのみ構成される部分グラフ)がある場合、
+       もしくは節点の重みを与えたいときのみ指定すればよい。
+  注2：節点もしくは枝の重みを与えない時は、内部的に全ての重みを1として計算する。
+
+必要なソフトウェア)
+  gpmetis(metis-5.1.0)
+  インストールは以下のURLより行う。
+  http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download
+
+入力データ)
+  節点ペアのCSVファイル(ファイル名はei=にて指定)
+	例:
+    node1,node2,weight
+    a,b,1
+    a,c,2
+    a,e,1
+    b,c,2
+    b,d,1
+    c,d,2
+    c,e,3
+    d,f,2
+    d,g,5
+    e,f,2
+    f,g,6
+
+
+出力データ)
+  節点とクラスタ番号のCSVデータ(ファイル名はo=にて指定)
+    node,cluster
+    a,2
+    b,1
+    c,2
+    d,0
+    e,0
+    f,0
+    g,1
+
+# Copyright(c) NYSOL 2012- All Rights Reserved.
+EOF
+exit
+end
+
+def ver()
+	$revision ="0" if $revision =~ /VERSION/
+	STDERR.puts "version #{$version} revision #{$revision}"
+	exit
+end
+
+help() if ARGV[0]=="--help" or ARGV.size <= 0
+ver()  if ARGV[0]=="--version"
+
+args=MCMD::Margs.new(ARGV,"ei=,ef=,ew=,ni=,nf=,nw=,o=,kway=,ptype=,balance=,ncuts=,dat=,map=,-noexe,seed=,T=,-verbose,T=","kway=,ei=")
+
+# mcmdのメッセージは警告とエラーのみ
+ENV["KG_VerboseLevel"]="2" unless args.bool("-verbose")
+ENV["KG_ScpVerboseLevel"]="3" unless args.bool("-verbose")
+
+# コマンド実行可能確認
+CMD_gpmetis="gpmetis"
+exit(1) unless(MCMD::chkCmdExe(CMD_gpmetis,"wc",120))
+
+#ワークファイルパス
+if args.str("T=")!=nil then
+	ENV["KG_TmpPath"] = args.str("T=").sub(/\/$/,"")
+end
+
+kway   =args.int("kway=")
+ofile  =args.file("o=","w")
+efile  =args.file("ei=","r")
+nfile  =args.file("ni=","r")
+dfile  =args.file("dat=","o")
+mfile  =args.file("map=","o")
+
+# ---- edge field names (two nodes) on ei=
+ef1,ef2 = args.field("ef=", efile, "node1,node2",2,2)["names"]
+
+# ---- field name for edge weight
+ew = args.field("ew=", efile, nil, 1,1)
+ew = ew["names"][0] if ew
+
+# ---- node field name on ni=
+nf = args.field("nf=", nfile, "node")
+nf = nf["names"][0] if nf
+
+# ---- field names for node weights on ni=
+nw = args.field("nw=", nfile)
+ncon=0
+if nw then
+	ncon=nw["names"].size
+	nw=nw["names"].join(",")
+end
+
+# ---- other paramters
+ptype=args.str("ptype=","kway")
+ncuts=args.int("ncuts=",1,1)
+balance=args.float("balance=",nil,1.0)
+ufactor=nil
+if balance then
+	ufactor=((balance-1.0)*1000).to_i
+else
+	if ptype=="kway"
+		ufactor=30
+	else
+		ufactor=1
+	end
+end
+seed=args.int("seed=",-1)
+noexe =args.bool("-noexe")
+
+# 本コマンドへの入力データイメージ
+# node1,node2
+# a,b
+# a,c
+# a,e
+# b,c
+# b,e
+# b,g
+# c,d
+# c,g
+# d,e
+# e,f
+
+# input file for gpmetis command
+# first line: n m fmt ncon
+# n: # of nodes
+# m: # of edges
+# fmt: 000(3 digits)
+#   first  degit: node size? (always 0 in this command)
+#   second degit: node weight is provided on the data
+#   third  degit: edge weight is provided on the data
+# 7 10    ( ノード数 エッジ数)
+# 2 3 5   ( 1番ノードの接続ノード)
+# 1 3 5 7 ( 2番ノードの接続ノード)
+# 1 2 4 7
+# 3 5
+# 1 2 4 6
+# 5
+# 2 3
+
+# gpmetisからの出力ファイルのイメージ
+# 1  ( 1番ノードのクラスタ番号)
+# 0  ( 2番ノードのクラスタ番号)
+# 1
+# 0
+# 0
+# 0
+# 1
+
+# 本コマンドの出力イメージ
+# node,cluster
+# a,1
+# b,0
+# c,1
+# d,0
+# e,0
+# f,0
+# g,1
+
+# 一時ファイル
+wf=MCMD::Mtemp.new
+
+##########################################
+# cleaning edge data (eliminate duplicate edge, add reverse directed edge for each existing edge)
+xxedge   =wf.file
+xxnode   =wf.file
+xxnam2num=wf.file
+xxnum2nam=wf.file
+xxebase  =wf.file
+
+xxe1     =wf.file
+xxe2     =wf.file
+f=""
+if ew then
+	f << "mcut f=#{ef1}:__node1,#{ef2}:__node2,#{ew}:__weight i=#{efile} |"
+else
+	f << "mcut f=#{ef1}:__node1,#{ef2}:__node2 i=#{efile} |"
+end
+f << "msortf   f=__node1,__node2 |"
+f << "muniq    k=__node1,__node2 o=#{xxe1}"
+system(f)
+system "mfldname f=__node2:__node1,__node1:__node2 i=#{xxe1} o=#{xxe2}"
+
+f=""
+f << "mcat i=#{xxe1},#{xxe2} |"
+f << "msortf f=__node1,__node2 |"
+f << "muniq  k=__node1,__node2 o=#{xxedge}"
+system(f)
+
+# cleaning the node data (remove duplicate nodes)
+if nfile then
+	f=""
+	if nw then
+		f << "mcut   f=#{nf}:__node,#{nw} i=#{nfile} |"
+	else
+		f << "mcut   f=#{nf}:__node       i=#{nfile} |"
+	end
+	f << "msortf f=__node |"
+	f << "muniq  k=__node o=#{xxnode}"
+	system(f)
+else
+	xxeNode1 =wf.file
+	xxeNode2 =wf.file
+	system "mcut f=__node1:__node i=#{xxedge} o=#{xxeNode1}"
+	system "mcut f=__node2:__node i=#{xxedge} o=#{xxeNode2}"
+	f=""
+	f << "mcat i=#{xxeNode1},#{xxeNode2} |"
+	f << "msortf f=__node |"
+	f << "muniq  k=__node o=#{xxnode}"
+	system(f)
+end
+
+# 節点名<=>節点番号変換表の作成
+f=""
+f << "mcut    f=__node i=#{xxnode} |"
+f << "mnumber a=__num S=1 -q o=#{xxnam2num}"
+system(f)
+system "msortf f=__num i=#{xxnam2num} o=#{xxnum2nam}"
+
+# 節点ファイルが指定された場合は枝ファイルとの整合性チェック
+if nfile then
+	xxdiff=wf.file
+	f=""
+	f << "mcut f=__node1:__node i=#{xxedge} |"
+	f << "muniq k=__node |"
+	f << "mcommon -r k=__node m=#{xxnam2num} o=#{xxdiff}"
+	system(f)
+	tbl=MCMD::Mtable.new("i=#{xxdiff}")
+	if tbl.size()>0 then
+		raise "#ERROR# the node named `#{tbl.cell(tbl.name2num["__node"],0)}' in the edge file doesn't exist in the node file."
+	end
+end
+
+# metisのグラフファイルフォーマット
+# 先頭行n m [fmt] [ncon]
+# n: 節点数、m:枝数、ncon: 節点weightの数
+# 1xx: 節点サイズ有り (not used, meaning always "0")
+# x1x: 節点weight有り
+# xx1: 枝がweightを有り
+# s w_1 w_2 ... w_ncon v_1 e_1 v_2 e_2 ... v_k e_k
+# s: 節点サイズ  (節点サイズは利用不可)
+# w_x: 節点weight
+# v_x: 接続のある節点番号(行番号)
+# e_x: 枝weight
+
+# --------------------
+# generate edge data using the integer numbered nodes
+xxnnum=wf.file
+xxenum=wf.file
+f=""
+f << "mcut   f=__num:__node_n1 i=#{xxnam2num} |"
+f << "msortf f=__node_n1       o=#{xxnnum}"
+system(f)
+
+f=""
+f << "mjoin  k=__node1 K=__node f=__num:__node_n1 m=#{xxnam2num} i=#{xxedge} |"
+f << "msortf f=__node2 |"
+f << "mjoin  k=__node2 K=__node f=__num:__node_n2 m=#{xxnam2num} |"
+f << "msortf f=__node_n1 o=#{xxenum}"
+system(f)
+
+f=""
+# this generates the isolated nodes
+f << "mnjoin  k=__node_n1 m=#{xxenum} i=#{xxnnum} -n |"
+f << "msortf f=__node_n1%n,__node_n2%n o=#{xxebase}"
+system(f)
+# xxebase
+# __node1,__node2,__weight,__node_n1,__node_n2
+# a,b,7,1,2
+# a,c,8,1,3
+# a,e,9,1,5
+
+##########################################
+# generate edge data for metis
+xxebody  =wf.file
+xxnbody  =wf.file
+xxnbody1 =wf.file
+xxwbody  =wf.file
+xxbody   =wf.file
+xxhead   =wf.file
+xxgraph  =wf.file
+
+unless ew then
+	f=""
+	f << "mcut   f=__node_n1,__node_n2   i=#{xxebase} |"
+	f << "mtra   k=__node_n1 f=__node_n2 -q |"
+	f << "mcut   f=__node_n2 -nfno o=#{xxbody}"
+	system(f)
+
+# if ew= is specified, merge the weight data into the edge data.
+else
+	f=""
+	f << "mcut f=__node_n1,__node_n2:__v i=#{xxebase} |"
+	f << "mnumber S=0 I=2 a=__seq -q     o=#{xxebody}"
+	system(f)
+
+	f=""
+	f << "mcut f=__node_n1,__weight:__v  i=#{xxebase} |"
+	f << "mnumber S=1 I=2 a=__seq -q     o=#{xxwbody}"
+	system(f)
+
+	f=""
+	f << "mcat i=#{xxwbody},#{xxebody} |"
+	f << "msortf f=__seq%n |"
+	f << "mtra   k=__node_n1 f=__v -q |"
+	f << "mcut   f=__v -nfno o=#{xxbody}"
+	system(f)
+end
+# xxbody
+# 2 7 3 8 5 9
+# 1 7 3 10 5 11 7 12
+# 1 8 2 10 4 13 7 14
+
+# --------------------
+# generate node data using integer number
+if nfile and nw then
+	# xxnode
+	# __node,v1,v2
+	# a,1,1
+	# b,1,1
+	# c,1,1
+	f=""
+	f << "msortf f=__node i=#{xxnode} |"
+	f << "mjoin  k=__node f=__num m=#{xxnam2num} |"
+	f << "msortf f=__num%n |"
+	f << "mcut   f=#{nw} -nfno |"
+	f << "tr ',' ' ' >#{xxnbody}" # tricky!!
+	system(f)
+	# xxnbody
+	# 1 1
+	# 1 1
+	# 1 1
+	# paste the node weight with edge body
+	system "mpaste -nfn m=#{xxbody} i=#{xxnbody} | tr ',' ' ' >#{xxnbody1}"
+	system "mv #{xxnbody1} #{xxbody}"
+end
+# xxbody
+# 1 1 2 7 3 8 5 9
+# 1 1 1 7 3 10 5 11 7 12
+# 1 1 1 8 2 10 4 13 7 14
+
+# 枝と節点のサイズ
+eSize=MCMD::mrecount("i=#{xxedge}")
+eSize/=2
+nSize=MCMD::mrecount("i=#{xxnode}")
+
+nwFlag=0
+ewFlag=0
+nwFlag=1 if nw
+ewFlag=1 if ew
+fmt="0#{nwFlag}#{ewFlag}"
+
+system "echo '#{nSize} #{eSize} #{fmt} #{ncon}' > #{xxhead}"
+
+system "cat #{xxhead} #{xxbody} > #{xxgraph}"
+
+system "mfldname f=__num:num,__node:node i=#{xxnum2nam} o=#{mfile}" if mfile
+system "cp #{xxgraph}   #{dfile}" if dfile
+
+##########################################
+## execute metis
+unless noexe
+	MCMD::msgLog "gpmetis -seed=#{seed} -ptype=#{ptype} -ncuts=#{ncuts} -ufactor=#{ufactor} #{xxgraph} #{kway}"
+	if args.bool("-verbose") then
+		system "gpmetis -seed=#{seed} -ptype=#{ptype} -ncuts=#{ncuts} -ufactor=#{ufactor} #{xxgraph} #{kway} "
+	else
+		system "gpmetis -seed=#{seed} -ptype=#{ptype} -ncuts=#{ncuts} -ufactor=#{ufactor} #{xxgraph} #{kway} > /dev/null"
+	end
+
+	if Dir["#{xxgraph}.part.*"].size == 0
+		raise "#ERROR# command `gpmetis' didn't output any results"
+	end
+
+	# 節点名を数字から元に戻す
+	# #{xxgraph}.part.#{kway}
+	# 1
+	# 0
+	# 1
+	f=""	
+	f << "mcut    f=0:cluster -nfni i=#{xxgraph}.part.#{kway} |"
+	f << "mnumber S=1 a=__num -q |"
+	f << "msortf  f=__num |"
+	f << "mjoin   k=__num f=__node m=#{xxnum2nam} |"
+	f << "msortf  f=__node,cluster |"
+	if nf then
+		f << "mcut    f=__node:#{nf},cluster o=#{ofile}" 
+	else
+		f << "mcut    f=__node:node,cluster o=#{ofile}" 
+	end
+	system(f)
+	# #{ofile}
+	# n,cluster
+	# a,1
+	# b,0
+	# c,1
+end
+
+# 終了メッセージ
+MCMD::endLog(args.cmdline)
+