bio-samtools 0.6.2 → 2.0.3

data/lib/bio/db/vcf.rb

@@ -6,76 +6,77 @@
 # VCF is described at http://www.1000genomes.org/node/101
 module Bio
   class DB
-class Vcf
-public
-  attr_accessor :chrom, :pos, :id, :ref, :alt, :qual, :filter, :info, :format, :samples
-
-  #create the vcf object, use the ordered list of sample names to label samples if provided ['A', 'B', 'C'], otherwise uses, 1,2,3 etc
-  #vcf = Bio::DB::Vcf("19	111	.	A	C	9.6	.	.	GT:HQ	0|0:10,10	0|0:10,10	0/1:3,3")
-  def initialize(line=nil, sample_names=nil)
-    @info = {}
-    @samples = {}
-    parse_line(line, sample_names) if line != nil
-  end
-
-  def int_or_raw(x)
-    Integer.new(x) rescue x
-  end
-
-  #gets the info in the Vcf lines and parses it, setting the attributes
-  def parse_line(line, sample_names=nil)
-    return false if line[0,1] == '#'
-
-    f = line.chomp.split("\t", -1)
-    raise "VCF lines must have at least 8 fields" if f.size < 8
-    @chrom = f[0]
-    @pos = f[1].to_i
-    @id =  '.' == f[2] ? nil : f[2]
-    @ref = f[3]
-    @alt = f[4]
-    @qual = f[5].to_f
-    @filter = '.' == f[6] ? nil : f[6]
-
-    @info = '.' == f[7] ? nil : {}
-    if @info
-      info_vec = f[7].split(";")
-      info_vec.each do |x|
-        keyval = x.split("=", -1)
-        if keyval.size == 2 # If it's key=value
-          @info[keyval[0]] = keyval[1]
-        else # Otherwise, it's just a flag
-          @info[x] = nil
-        end
+    class Vcf
+      public
+      attr_accessor :chrom, :pos, :id, :ref, :alt, :qual, :filter, :info, :format, :samples
+    
+      #create the vcf object, use the ordered list of sample names to label samples if provided ['A', 'B', 'C'], otherwise uses, 1,2,3 etc  
+      #    vcf = Bio::DB::Vcf("19	111	.	A	C	9.6	.	.	GT:HQ	0|0:10,10	0|0:10,10	0/1:3,3")
+      def initialize(line=nil, sample_names=nil)
+        @info = {}
+        @samples = {}
+        parse_line(line, sample_names) if line != nil
       end
-    end
-
-    @samples = {}
-    return true if f.size == 8  # Has just upto info
-    raise "Can't have format with no samples" if f.size == 9
     
-    @format = f[8]
-
-    sample_keys = @format.split(":")
-
-    num_samples = f.size - 9 # How many fields are past the format
-
-    if sample_names == nil # Make the sample names just ["1", "2", ... , "num_samples}"
-      sample_names = (1..num_samples).to_a.map{|i| i.to_s} 
-    elsif sample_names.size != num_samples
-      raise "Unexpected number of samples (#{num_samples}) based on the provided sample names (#{sample_names.inspect})"
-    end
-
-    sample_names.each_with_index do |sample_name, sample_index|
-      i = sample_index + 9 # index into columns (f)
-      sample_values = f[i].split(":")
-      raise "Expected number of sample values to be <= number of sample keys in FORMAT column Format=#{@format} but sample=#{f[i]}" if sample_values.size > sample_keys.size
-      @samples[sample_name] = {}
-      sample_keys.each_with_index {|key, value_index| @samples[sample_name][key] = sample_values[value_index] || ""}
-    end
+      #tests if the current variable is an Integer
+      #* x - any variable
+      def int_or_raw(x)
+        Integer.new(x) rescue x
+      end
+    
+      #gets the info in the Vcf lines and parses it, setting the attributes
+      def parse_line(line, sample_names=nil)
+        return false if line[0,1] == '#'
+    
+        f = line.chomp.split("\t", -1)
+        raise "VCF lines must have at least 8 fields" if f.size < 8
+        @chrom = f[0]
+        @pos = f[1].to_i
+        @id =  '.' == f[2] ? nil : f[2]
+        @ref = f[3]
+        @alt = f[4]
+        @qual = f[5].to_f
+        @filter = '.' == f[6] ? nil : f[6]
+    
+        @info = '.' == f[7] ? nil : {}
+        if @info
+          info_vec = f[7].split(";")
+          info_vec.each do |x|
+            keyval = x.split("=", -1)
+            if keyval.size == 2 # If it's key=value
+              @info[keyval[0]] = keyval[1]
+            else # Otherwise, it's just a flag
+              @info[x] = nil
+            end
+          end
+        end
+    
+        @samples = {}
+        return true if f.size == 8  # Has just upto info
+        raise "Can't have format with no samples" if f.size == 9
+        
+        @format = f[8]
+    
+        sample_keys = @format.split(":")
+    
+        num_samples = f.size - 9 # How many fields are past the format
+    
+        if sample_names == nil # Make the sample names just ["1", "2", ... , "num_samples}"
+          sample_names = (1..num_samples).to_a.map{|i| i.to_s} 
+        elsif sample_names.size != num_samples
+          raise "Unexpected number of samples (#{num_samples}) based on the provided sample names (#{sample_names.inspect})"
+        end
     
-    return true;
+        sample_names.each_with_index do |sample_name, sample_index|
+          i = sample_index + 9 # index into columns (f)
+          sample_values = f[i].split(":")
+          raise "Expected number of sample values to be <= number of sample keys in FORMAT column Format=#{@format} but sample=#{f[i]}" if sample_values.size > sample_keys.size
+          @samples[sample_name] = {}
+          sample_keys.each_with_index {|key, value_index| @samples[sample_name][key] = sample_values[value_index] || ""}
+        end
+        
+        return true;
+      end
+    end
   end
-
-end
-end
 end

data/test/.gitignore

@@ -0,0 +1 @@
+methods_test.rb

data/test/{test_basic.rb → old_test_basic.rb}

@@ -258,7 +258,7 @@ class TestBioDbSam < Test::Unit::TestCase
   end
   
   def test_avg_coverage
-    sam = Bio::DB::Sam.new({:fasta=>@testReference, :bam=>@testBAMFile })
+    sam = Bio::DB::Sam.new(:fasta=>@testReference, :bam=>@testBAMFile )
     sam.open
     cov = sam.average_coverage("chr_1", 60, 30)
     #p "Coverage: " + cov.to_s
@@ -370,6 +370,38 @@ class TestBioDbSam < Test::Unit::TestCase
       assert_equal length, 69930
     end
   end
+  
+  def test_view
+    sam = Bio::DB::Sam.new(:bam => @testBAMFile, :fasta => @testReference)
+    sam.open 
+    count = 0
+    sam.view() do |aln|
+      count = count +1
+    end
+    assert_equal count, 9
+  end
+  
+  def test_view_b
+    sam = Bio::DB::Sam.new(:bam =>"/Users/macleand/Desktop/AT1/realigned.bam", :fasta => "/Users/macleand/src/data/ash_dieback/chalara_fraxinea/Kenninghall_wood_KW1/assemblies/gDNA/KW1_assembly_version1/Chalara_fraxinea_TGAC_s1v1_scaffolds.fa")
+    sam.open 
+    count = 0
+    sam.view_b do |aln|
+
+      count = count +1
+    end
+    puts "count is: #{count}"
+    assert_equal count, 9
+  end
+  
+#  def test_view_big
+#    puts "...woot"
+#    sam = Bio::DB::Sam.new(:bam => "/Users/macleand/Desktop/AT1/realigned.bam", :fasta => "/Users/macleand/src/data/ash_dieback/chalara_fraxinea/Kenninghall_wood_KW1/assemblies/gDNA/KW1_assembly_version1/Chalara_fraxinea_TGAC_s1v1_scaffolds.fa")
+#    sam.open
+#    sam.view do |aln|
+#      puts aln
+#    end
+#  end
+  
 end
 
 class Feature 

data/test/samples/small/dupes.sam

@@ -0,0 +1,274 @@
+@HD	VN:1.0	SO:unsorted
+@SQ	SN:chr_1	LN:69930
+@PG	ID:bowtie2	PN:bowtie2	VN:2.1.0
+test_1	0	chr_1	225	1	70M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:0	XS:i:0	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:70	YT:Z:UU
+test_2	0	chr_1	73	1	70M	*	0	0	CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:0	XS:i:0	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:70	YT:Z:UU
+reverse_2	16	chr_1	49	1	70M	*	0	0	CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:0	XS:i:0	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:70	YT:Z:UU
+test_1_SNP	0	chr_1	231	1	70M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACGCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-6	XS:i:-6	XN:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:1	MD:Z:28C41	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	1	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
+test_1_DEL	0	chr_1	183	5	27M1D42M	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-8	XS:i:-8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:1	XG:i:1	NM:i:1	MD:Z:27^C42	YT:Z:UU
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