bio-samtools-wrapper 2.7.0

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  70. data/lib/bio/db/sam/external/COPYING +21 -0
  71. data/lib/bio/db/sam/external/VERSION +1 -0
  72. data/lib/bio/db/sam/library.rb +32 -0
  73. data/lib/bio/db/sam.rb +778 -0
  74. data/lib/bio/db/vcf.rb +105 -0
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  82. data/test/samples/LCI/test.bam.bai +0 -0
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  86. data/test/samples/small/map_for_reheader.sam +8 -0
  87. data/test/samples/small/map_to_merge1.bam +0 -0
  88. data/test/samples/small/map_to_merge1.bam.bai +0 -0
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  125. metadata +254 -0
Binary file
@@ -0,0 +1,274 @@
1
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2
+ @SQ SN:chr_1 LN:69930
3
+ @PG ID:bowtie2 PN:bowtie2 VN:2.1.0
4
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5
+ test_2 0 chr_1 73 1 70M * 0 0 CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:70 YT:Z:UU
6
+ reverse_2 16 chr_1 49 1 70M * 0 0 CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:70 YT:Z:UU
7
+ test_1_SNP 0 chr_1 231 1 70M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACGCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-6 XS:i:-6 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:1 MD:Z:28C41 YT:Z:UU
8
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9
+ test_1_DEL 0 chr_1 183 1 27M1D42M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 NM:i:1 MD:Z:27^C42 YT:Z:UU
10
+ test_1_DEL 0 chr_1 183 1 27M1D42M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 NM:i:1 MD:Z:27^C42 YT:Z:UU
11
+ test_1_DEL 0 chr_1 183 1 27M1D42M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 NM:i:1 MD:Z:27^C42 YT:Z:UU
12
+ test_1_DEL 0 chr_1 183 1 27M1D42M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 NM:i:1 MD:Z:27^C42 YT:Z:UU
13
+ test_1_DEL 0 chr_1 183 1 27M1D42M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 NM:i:1 MD:Z:27^C42 YT:Z:UU
14
+ test_1_DEL 0 chr_1 183 1 27M1D42M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 NM:i:1 MD:Z:27^C42 YT:Z:UU
15
+ test_1_DEL 0 chr_1 183 1 27M1D42M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 NM:i:1 MD:Z:27^C42 YT:Z:UU
16
+ test_1_DEL 0 chr_1 183 1 27M1D42M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 NM:i:1 MD:Z:27^C42 YT:Z:UU
17
+ test_1_DEL 0 chr_1 183 1 27M1D42M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 NM:i:1 MD:Z:27^C42 YT:Z:UU
18
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19
+ test_1_DEL 0 chr_1 183 1 27M1D42M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 NM:i:1 MD:Z:27^C42 YT:Z:UU
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+ test_1_DEL 0 chr_1 183 1 27M1D42M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 NM:i:1 MD:Z:27^C42 YT:Z:UU
21
+ test_1_DEL 0 chr_1 183 1 27M1D42M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 NM:i:1 MD:Z:27^C42 YT:Z:UU
22
+ test_1_DEL 0 chr_1 183 1 27M1D42M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 NM:i:1 MD:Z:27^C42 YT:Z:UU
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+ test_1_DEL 0 chr_1 183 1 27M1D42M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 NM:i:1 MD:Z:27^C42 YT:Z:UU
24
+ test_1_DEL 0 chr_1 183 1 27M1D42M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 NM:i:1 MD:Z:27^C42 YT:Z:UU
25
+ test_1_DEL 0 chr_1 183 1 27M1D42M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 NM:i:1 MD:Z:27^C42 YT:Z:UU
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34
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+ reverse_2 16 chr_1 49 1 70M * 0 0 CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 YT:Z:UU
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+ test_1_SNP 0 chr_1 231 1 70M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACGCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-6 XS:i:-6 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:1 YT:Z:UU
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+ test_1_DEL 0 chr_1 183 1 27M1D42M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 NM:i:1 YT:Z:UU
Binary file
Binary file
Binary file
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1
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4
+ reverse_2 16 test_1234.2 43 0 70M * 0 0 CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA * XT:A:R NM:i:0 X0:i:45 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70
5
+ test_1_SNP 0 test_1234.2 57 0 70M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACGCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC * XT:A:R NM:i:1 X0:i:45 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:28C41
6
+ test_1_DEL 0 test_1234.2 159 0 27M1D42M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC * XT:A:R NM:i:1 X0:i:45 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:27^C42
7
+ test_1_INS 0 test_1234.2 207 0 29M1I41M * 0 0 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCNCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC * XT:A:R NM:i:1 X0:i:45 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:70
8
+ reverse_2_SNP 16 test_1234.2 25 0 70M * 0 0 CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA * XT:A:R NM:i:1 X0:i:45 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:34A35
9
+ reverse_2_DEL 16 test_1234.2 247 0 33M1D36M * 0 0 CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA * XT:A:R NM:i:1 X0:i:45 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:33^A36
10
+ reverse_2_ins 16 test_1234.2 169 0 35M1I35M * 0 0 CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA * XT:A:R NM:i:1 X0:i:45 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:70