pyTMHMM-binaries 1.3.6__cp314-cp314t-manylinux2014_aarch64.manylinux_2_17_aarch64.manylinux_2_28_aarch64.whl
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- pytmhmm_binaries-1.3.6.dist-info/top_level.txt +1 -0
pyTMHMM/TMHMM2.0.model
ADDED
|
@@ -0,0 +1,991 @@
|
|
|
1
|
+
|
|
2
|
+
# TMHMM2 model
|
|
3
|
+
|
|
4
|
+
|
|
5
|
+
########## HEADER ##################################################
|
|
6
|
+
header {
|
|
7
|
+
alphabet ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY;
|
|
8
|
+
wildcards BXZ;
|
|
9
|
+
}
|
|
10
|
+
########## STATE begin #############################################
|
|
11
|
+
begin { trans
|
|
12
|
+
in10: 0.549251
|
|
13
|
+
outglob10: 0.207469
|
|
14
|
+
out10: 0.24328;
|
|
15
|
+
type 0;
|
|
16
|
+
end 0;
|
|
17
|
+
letter NULL;
|
|
18
|
+
}
|
|
19
|
+
########## STATE in10 ##############################################
|
|
20
|
+
in10 { trans
|
|
21
|
+
in11: 0.995851
|
|
22
|
+
in29: 0.00111283
|
|
23
|
+
ohelixi1: 0.00303586;
|
|
24
|
+
label i;
|
|
25
|
+
only A:0.0713632 C:0.0188491 D:0.043014 E:0.0471663 F:0.0298789
|
|
26
|
+
G:0.0564853 H:0.0233906 I:0.038904 K:0.0894525 L:0.0551519
|
|
27
|
+
M:0.0427067 N:0.0544149 P:0.0370019 Q:0.0524006 R:0.114758
|
|
28
|
+
S:0.0661936 T:0.0689907 V:0.0416332 W:0.0146085 Y:0.0336358;
|
|
29
|
+
}
|
|
30
|
+
########## STATE in11 ##############################################
|
|
31
|
+
in11 { trans
|
|
32
|
+
in12: 0.976066
|
|
33
|
+
in28: 0.0239339
|
|
34
|
+
in29: 1.08323e-09;
|
|
35
|
+
label i;
|
|
36
|
+
tied_letter in10;
|
|
37
|
+
}
|
|
38
|
+
########## STATE in12 ##############################################
|
|
39
|
+
in12 { trans
|
|
40
|
+
in13: 0.895077
|
|
41
|
+
in27: 0.104922
|
|
42
|
+
in28: 1.76891e-06;
|
|
43
|
+
label i;
|
|
44
|
+
tied_letter in10;
|
|
45
|
+
}
|
|
46
|
+
########## STATE in13 ##############################################
|
|
47
|
+
in13 { trans
|
|
48
|
+
in14: 0.979527
|
|
49
|
+
in26: 0.0204673
|
|
50
|
+
in27: 5.81809e-06;
|
|
51
|
+
label i;
|
|
52
|
+
tied_letter in10;
|
|
53
|
+
}
|
|
54
|
+
########## STATE in14 ##############################################
|
|
55
|
+
in14 { trans
|
|
56
|
+
in15: 0.993341
|
|
57
|
+
in25: 0.00660812
|
|
58
|
+
in26: 5.08664e-05;
|
|
59
|
+
label i;
|
|
60
|
+
tied_letter in10;
|
|
61
|
+
}
|
|
62
|
+
########## STATE in15 ##############################################
|
|
63
|
+
in15 { trans
|
|
64
|
+
in16: 0.738969
|
|
65
|
+
in24: 0.159734
|
|
66
|
+
in25: 0.101297;
|
|
67
|
+
label i;
|
|
68
|
+
tied_letter in10;
|
|
69
|
+
}
|
|
70
|
+
########## STATE in16 ##############################################
|
|
71
|
+
in16 { trans
|
|
72
|
+
in17: 0.999938
|
|
73
|
+
in23: 1.4427e-06
|
|
74
|
+
in24: 6.0424e-05;
|
|
75
|
+
label i;
|
|
76
|
+
tied_letter in10;
|
|
77
|
+
}
|
|
78
|
+
########## STATE in17 ##############################################
|
|
79
|
+
in17 { trans
|
|
80
|
+
in18: 0.973203
|
|
81
|
+
in22: 0.0168132
|
|
82
|
+
in23: 0.00998417;
|
|
83
|
+
label i;
|
|
84
|
+
tied_letter in10;
|
|
85
|
+
}
|
|
86
|
+
########## STATE in18 ##############################################
|
|
87
|
+
in18 { trans
|
|
88
|
+
in19: 0.977498
|
|
89
|
+
in21: 0.0217216
|
|
90
|
+
in22: 0.000780768;
|
|
91
|
+
label i;
|
|
92
|
+
tied_letter in10;
|
|
93
|
+
}
|
|
94
|
+
########## STATE in19 ##############################################
|
|
95
|
+
in19 { trans
|
|
96
|
+
in20: 0.16223
|
|
97
|
+
in21: 0.10126
|
|
98
|
+
inglob1: 0.73651;
|
|
99
|
+
label i;
|
|
100
|
+
tied_letter in10;
|
|
101
|
+
}
|
|
102
|
+
########## STATE in20 ##############################################
|
|
103
|
+
in20 { trans
|
|
104
|
+
in21: 1;
|
|
105
|
+
label i;
|
|
106
|
+
tied_letter in10;
|
|
107
|
+
}
|
|
108
|
+
########## STATE in21 ##############################################
|
|
109
|
+
in21 { trans
|
|
110
|
+
in22: 1;
|
|
111
|
+
label i;
|
|
112
|
+
tied_letter in10;
|
|
113
|
+
}
|
|
114
|
+
########## STATE in22 ##############################################
|
|
115
|
+
in22 { trans
|
|
116
|
+
in23: 1;
|
|
117
|
+
label i;
|
|
118
|
+
tied_letter in10;
|
|
119
|
+
}
|
|
120
|
+
########## STATE in23 ##############################################
|
|
121
|
+
in23 { trans
|
|
122
|
+
in24: 1;
|
|
123
|
+
label i;
|
|
124
|
+
tied_letter in10;
|
|
125
|
+
}
|
|
126
|
+
########## STATE in24 ##############################################
|
|
127
|
+
in24 { trans
|
|
128
|
+
in25: 1;
|
|
129
|
+
label i;
|
|
130
|
+
tied_letter in10;
|
|
131
|
+
}
|
|
132
|
+
########## STATE in25 ##############################################
|
|
133
|
+
in25 { trans
|
|
134
|
+
in26: 1;
|
|
135
|
+
label i;
|
|
136
|
+
tied_letter in10;
|
|
137
|
+
}
|
|
138
|
+
########## STATE in26 ##############################################
|
|
139
|
+
in26 { trans
|
|
140
|
+
in27: 1;
|
|
141
|
+
label i;
|
|
142
|
+
tied_letter in10;
|
|
143
|
+
}
|
|
144
|
+
########## STATE in27 ##############################################
|
|
145
|
+
in27 { trans
|
|
146
|
+
in28: 1;
|
|
147
|
+
label i;
|
|
148
|
+
tied_letter in10;
|
|
149
|
+
}
|
|
150
|
+
########## STATE in28 ##############################################
|
|
151
|
+
in28 { trans
|
|
152
|
+
in29: 1;
|
|
153
|
+
label i;
|
|
154
|
+
tied_letter in10;
|
|
155
|
+
}
|
|
156
|
+
########## STATE in29 ##############################################
|
|
157
|
+
in29 { trans
|
|
158
|
+
ohelixi1: 1;
|
|
159
|
+
label i;
|
|
160
|
+
tied_letter in10;
|
|
161
|
+
}
|
|
162
|
+
########## STATE inglob1 ###########################################
|
|
163
|
+
inglob1 { trans
|
|
164
|
+
in20: 0.0132918
|
|
165
|
+
inglob1: 0.986708;
|
|
166
|
+
label i;
|
|
167
|
+
only A:0.0773341 C:0.0212026 D:0.0556231 E:0.0789783 F:0.0291466
|
|
168
|
+
G:0.0821038 H:0.02529 I:0.0392883 K:0.0466567 L:0.0718204
|
|
169
|
+
M:0.0191835 N:0.0490524 P:0.0671432 Q:0.0472671 R:0.0492684
|
|
170
|
+
S:0.0852997 T:0.0610192 V:0.0528717 W:0.0166592 Y:0.0247916;
|
|
171
|
+
}
|
|
172
|
+
########## STATE outglob10 #########################################
|
|
173
|
+
outglob10 { trans
|
|
174
|
+
outglob11: 1
|
|
175
|
+
outglob29: 0
|
|
176
|
+
ihelixo1: 0;
|
|
177
|
+
label O;
|
|
178
|
+
only A:0.0693743 C:0.0149605 D:0.0406956 E:0.0538397 F:0.0531778
|
|
179
|
+
G:0.0792746 H:0.0221055 I:0.0440866 K:0.0565779 L:0.0988165
|
|
180
|
+
M:0.0432829 N:0.0414346 P:0.0615562 Q:0.0412212 R:0.0677628
|
|
181
|
+
S:0.0732544 T:0.0524824 V:0.0445653 W:0.0140309 Y:0.0275;
|
|
182
|
+
}
|
|
183
|
+
########## STATE outglob11 #########################################
|
|
184
|
+
outglob11 { trans
|
|
185
|
+
outglob12: 1
|
|
186
|
+
outglob28: 0
|
|
187
|
+
outglob29: 0;
|
|
188
|
+
label O;
|
|
189
|
+
tied_letter outglob10;
|
|
190
|
+
}
|
|
191
|
+
########## STATE outglob12 #########################################
|
|
192
|
+
outglob12 { trans
|
|
193
|
+
outglob13: 1
|
|
194
|
+
outglob27: 0
|
|
195
|
+
outglob28: 0;
|
|
196
|
+
label O;
|
|
197
|
+
tied_letter outglob10;
|
|
198
|
+
}
|
|
199
|
+
########## STATE outglob13 #########################################
|
|
200
|
+
outglob13 { trans
|
|
201
|
+
outglob14: 1
|
|
202
|
+
outglob26: 0
|
|
203
|
+
outglob27: 0;
|
|
204
|
+
label O;
|
|
205
|
+
tied_letter outglob10;
|
|
206
|
+
}
|
|
207
|
+
########## STATE outglob14 #########################################
|
|
208
|
+
outglob14 { trans
|
|
209
|
+
outglob15: 1
|
|
210
|
+
outglob25: 0
|
|
211
|
+
outglob26: 0;
|
|
212
|
+
label O;
|
|
213
|
+
tied_letter outglob10;
|
|
214
|
+
}
|
|
215
|
+
########## STATE outglob15 #########################################
|
|
216
|
+
outglob15 { trans
|
|
217
|
+
outglob16: 1
|
|
218
|
+
outglob24: 0
|
|
219
|
+
outglob25: 0;
|
|
220
|
+
label O;
|
|
221
|
+
tied_letter outglob10;
|
|
222
|
+
}
|
|
223
|
+
########## STATE outglob16 #########################################
|
|
224
|
+
outglob16 { trans
|
|
225
|
+
outglob17: 1
|
|
226
|
+
outglob23: 0
|
|
227
|
+
outglob24: 0;
|
|
228
|
+
label O;
|
|
229
|
+
tied_letter outglob10;
|
|
230
|
+
}
|
|
231
|
+
########## STATE outglob17 #########################################
|
|
232
|
+
outglob17 { trans
|
|
233
|
+
outglob18: 1
|
|
234
|
+
outglob22: 0
|
|
235
|
+
outglob23: 0;
|
|
236
|
+
label O;
|
|
237
|
+
tied_letter outglob10;
|
|
238
|
+
}
|
|
239
|
+
########## STATE outglob18 #########################################
|
|
240
|
+
outglob18 { trans
|
|
241
|
+
outglob19: 1
|
|
242
|
+
outglob21: 0
|
|
243
|
+
outglob22: 0;
|
|
244
|
+
label O;
|
|
245
|
+
tied_letter outglob10;
|
|
246
|
+
}
|
|
247
|
+
########## STATE outglob19 #########################################
|
|
248
|
+
outglob19 { trans
|
|
249
|
+
outglobLong: 1
|
|
250
|
+
outglob20: 0
|
|
251
|
+
outglob21: 0;
|
|
252
|
+
label O;
|
|
253
|
+
tied_letter outglob10;
|
|
254
|
+
}
|
|
255
|
+
########## STATE outglobLong #######################################
|
|
256
|
+
outglobLong { trans
|
|
257
|
+
outglobLong: 0.999093
|
|
258
|
+
outglob20: 0.000906913;
|
|
259
|
+
label O;
|
|
260
|
+
tied_letter inglob1;
|
|
261
|
+
}
|
|
262
|
+
########## STATE outglob20 #########################################
|
|
263
|
+
outglob20 { trans
|
|
264
|
+
outglob21: 1;
|
|
265
|
+
label O;
|
|
266
|
+
tied_letter outglob10;
|
|
267
|
+
}
|
|
268
|
+
########## STATE outglob21 #########################################
|
|
269
|
+
outglob21 { trans
|
|
270
|
+
outglob22: 1;
|
|
271
|
+
label O;
|
|
272
|
+
tied_letter outglob10;
|
|
273
|
+
}
|
|
274
|
+
########## STATE outglob22 #########################################
|
|
275
|
+
outglob22 { trans
|
|
276
|
+
outglob23: 1;
|
|
277
|
+
label O;
|
|
278
|
+
tied_letter outglob10;
|
|
279
|
+
}
|
|
280
|
+
########## STATE outglob23 #########################################
|
|
281
|
+
outglob23 { trans
|
|
282
|
+
outglob24: 1;
|
|
283
|
+
label O;
|
|
284
|
+
tied_letter outglob10;
|
|
285
|
+
}
|
|
286
|
+
########## STATE outglob24 #########################################
|
|
287
|
+
outglob24 { trans
|
|
288
|
+
outglob25: 1;
|
|
289
|
+
label O;
|
|
290
|
+
tied_letter outglob10;
|
|
291
|
+
}
|
|
292
|
+
########## STATE outglob25 #########################################
|
|
293
|
+
outglob25 { trans
|
|
294
|
+
outglob26: 1;
|
|
295
|
+
label O;
|
|
296
|
+
tied_letter outglob10;
|
|
297
|
+
}
|
|
298
|
+
########## STATE outglob26 #########################################
|
|
299
|
+
outglob26 { trans
|
|
300
|
+
outglob27: 1;
|
|
301
|
+
label O;
|
|
302
|
+
tied_letter outglob10;
|
|
303
|
+
}
|
|
304
|
+
########## STATE outglob27 #########################################
|
|
305
|
+
outglob27 { trans
|
|
306
|
+
outglob28: 1;
|
|
307
|
+
label O;
|
|
308
|
+
tied_letter outglob10;
|
|
309
|
+
}
|
|
310
|
+
########## STATE outglob28 #########################################
|
|
311
|
+
outglob28 { trans
|
|
312
|
+
outglob29: 1;
|
|
313
|
+
label O;
|
|
314
|
+
tied_letter outglob10;
|
|
315
|
+
}
|
|
316
|
+
########## STATE outglob29 #########################################
|
|
317
|
+
outglob29 { trans
|
|
318
|
+
ihelixo1: 1;
|
|
319
|
+
label O;
|
|
320
|
+
tied_letter outglob10;
|
|
321
|
+
}
|
|
322
|
+
########## STATE out10 #############################################
|
|
323
|
+
out10 { trans
|
|
324
|
+
out11: 1
|
|
325
|
+
out29: 3.54571e-14
|
|
326
|
+
ihelixo1: 0;
|
|
327
|
+
label o;
|
|
328
|
+
only A:0.0690346 C:0.0129673 D:0.0627756 E:0.0541851 F:0.0425402
|
|
329
|
+
G:0.0835626 H:0.0271581 I:0.0292546 K:0.0530401 L:0.0822093
|
|
330
|
+
M:0.0334625 N:0.0506017 P:0.0693889 Q:0.0389539 R:0.0432109
|
|
331
|
+
S:0.0863749 T:0.0587278 V:0.0480586 W:0.0198473 Y:0.0346461;
|
|
332
|
+
}
|
|
333
|
+
########## STATE out11 #############################################
|
|
334
|
+
out11 { trans
|
|
335
|
+
out12: 0.910217
|
|
336
|
+
out28: 0.0495866
|
|
337
|
+
out29: 0.0401965;
|
|
338
|
+
label o;
|
|
339
|
+
tied_letter out10;
|
|
340
|
+
}
|
|
341
|
+
########## STATE out12 #############################################
|
|
342
|
+
out12 { trans
|
|
343
|
+
out13: 0.984498
|
|
344
|
+
out27: 0.00440955
|
|
345
|
+
out28: 0.0110921;
|
|
346
|
+
label o;
|
|
347
|
+
tied_letter out10;
|
|
348
|
+
}
|
|
349
|
+
########## STATE out13 #############################################
|
|
350
|
+
out13 { trans
|
|
351
|
+
out14: 0.997286
|
|
352
|
+
out26: 0.00258189
|
|
353
|
+
out27: 0.000132519;
|
|
354
|
+
label o;
|
|
355
|
+
tied_letter out10;
|
|
356
|
+
}
|
|
357
|
+
########## STATE out14 #############################################
|
|
358
|
+
out14 { trans
|
|
359
|
+
out15: 0.812906
|
|
360
|
+
out25: 0.0130127
|
|
361
|
+
out26: 0.174082;
|
|
362
|
+
label o;
|
|
363
|
+
tied_letter out10;
|
|
364
|
+
}
|
|
365
|
+
########## STATE out15 #############################################
|
|
366
|
+
out15 { trans
|
|
367
|
+
out16: 0.951951
|
|
368
|
+
out24: 0.0400992
|
|
369
|
+
out25: 0.00795001;
|
|
370
|
+
label o;
|
|
371
|
+
tied_letter out10;
|
|
372
|
+
}
|
|
373
|
+
########## STATE out16 #############################################
|
|
374
|
+
out16 { trans
|
|
375
|
+
out17: 0.660205
|
|
376
|
+
out23: 0.33979
|
|
377
|
+
out24: 4.76867e-06;
|
|
378
|
+
label o;
|
|
379
|
+
tied_letter out10;
|
|
380
|
+
}
|
|
381
|
+
########## STATE out17 #############################################
|
|
382
|
+
out17 { trans
|
|
383
|
+
out18: 0.992733
|
|
384
|
+
out22: 0.0072618
|
|
385
|
+
out23: 5.34599e-06;
|
|
386
|
+
label o;
|
|
387
|
+
tied_letter out10;
|
|
388
|
+
}
|
|
389
|
+
########## STATE out18 #############################################
|
|
390
|
+
out18 { trans
|
|
391
|
+
out19: 0.971165
|
|
392
|
+
out21: 0.0119931
|
|
393
|
+
out22: 0.0168416;
|
|
394
|
+
label o;
|
|
395
|
+
tied_letter out10;
|
|
396
|
+
}
|
|
397
|
+
########## STATE out19 #############################################
|
|
398
|
+
out19 { trans
|
|
399
|
+
outglobShort: 0.770716
|
|
400
|
+
out20: 0.00133523
|
|
401
|
+
out21: 0.227948;
|
|
402
|
+
label o;
|
|
403
|
+
tied_letter out10;
|
|
404
|
+
}
|
|
405
|
+
########## STATE outglobShort ######################################
|
|
406
|
+
outglobShort { trans
|
|
407
|
+
outglobShort: 0.960334
|
|
408
|
+
out20: 0.0396664;
|
|
409
|
+
label o;
|
|
410
|
+
tied_letter inglob1;
|
|
411
|
+
}
|
|
412
|
+
########## STATE out20 #############################################
|
|
413
|
+
out20 { trans
|
|
414
|
+
out21: 1;
|
|
415
|
+
label o;
|
|
416
|
+
tied_letter out10;
|
|
417
|
+
}
|
|
418
|
+
########## STATE out21 #############################################
|
|
419
|
+
out21 { trans
|
|
420
|
+
out22: 1;
|
|
421
|
+
label o;
|
|
422
|
+
tied_letter out10;
|
|
423
|
+
}
|
|
424
|
+
########## STATE out22 #############################################
|
|
425
|
+
out22 { trans
|
|
426
|
+
out23: 1;
|
|
427
|
+
label o;
|
|
428
|
+
tied_letter out10;
|
|
429
|
+
}
|
|
430
|
+
########## STATE out23 #############################################
|
|
431
|
+
out23 { trans
|
|
432
|
+
out24: 1;
|
|
433
|
+
label o;
|
|
434
|
+
tied_letter out10;
|
|
435
|
+
}
|
|
436
|
+
########## STATE out24 #############################################
|
|
437
|
+
out24 { trans
|
|
438
|
+
out25: 1;
|
|
439
|
+
label o;
|
|
440
|
+
tied_letter out10;
|
|
441
|
+
}
|
|
442
|
+
########## STATE out25 #############################################
|
|
443
|
+
out25 { trans
|
|
444
|
+
out26: 1;
|
|
445
|
+
label o;
|
|
446
|
+
tied_letter out10;
|
|
447
|
+
}
|
|
448
|
+
########## STATE out26 #############################################
|
|
449
|
+
out26 { trans
|
|
450
|
+
out27: 1;
|
|
451
|
+
label o;
|
|
452
|
+
tied_letter out10;
|
|
453
|
+
}
|
|
454
|
+
########## STATE out27 #############################################
|
|
455
|
+
out27 { trans
|
|
456
|
+
out28: 1;
|
|
457
|
+
label o;
|
|
458
|
+
tied_letter out10;
|
|
459
|
+
}
|
|
460
|
+
########## STATE out28 #############################################
|
|
461
|
+
out28 { trans
|
|
462
|
+
out29: 1;
|
|
463
|
+
label o;
|
|
464
|
+
tied_letter out10;
|
|
465
|
+
}
|
|
466
|
+
########## STATE out29 #############################################
|
|
467
|
+
out29 { trans
|
|
468
|
+
ihelixo1: 1;
|
|
469
|
+
label o;
|
|
470
|
+
tied_letter out10;
|
|
471
|
+
}
|
|
472
|
+
########## STATE ohelixi1 ##########################################
|
|
473
|
+
ohelixi1 { trans
|
|
474
|
+
ohelixi2: 1;
|
|
475
|
+
label M;
|
|
476
|
+
end 0;
|
|
477
|
+
only A:0.0890049 C:0.0170933 D:0.00159548 E:0.00489647 F:0.108081
|
|
478
|
+
G:0.0692068 H:0.00923517 I:0.113471 K:0.00466208 L:0.19417
|
|
479
|
+
M:0.0239901 N:0.0233656 P:0.0145168 Q:0.00487025 R:0.0127643
|
|
480
|
+
S:0.0455139 T:0.0292949 V:0.128208 W:0.0399529 Y:0.0661077;
|
|
481
|
+
}
|
|
482
|
+
########## STATE ohelixi2 ##########################################
|
|
483
|
+
ohelixi2 { trans
|
|
484
|
+
ohelixi3: 1;
|
|
485
|
+
label M;
|
|
486
|
+
end 0;
|
|
487
|
+
tied_letter ohelixi1;
|
|
488
|
+
}
|
|
489
|
+
########## STATE ohelixi3 ##########################################
|
|
490
|
+
ohelixi3 { trans
|
|
491
|
+
ohelixi4: 1;
|
|
492
|
+
label M;
|
|
493
|
+
end 0;
|
|
494
|
+
tied_letter ohelixi1;
|
|
495
|
+
}
|
|
496
|
+
########## STATE ohelixi4 ##########################################
|
|
497
|
+
ohelixi4 { trans
|
|
498
|
+
ohelixi5: 1;
|
|
499
|
+
label M;
|
|
500
|
+
end 0;
|
|
501
|
+
tied_letter ohelixi1;
|
|
502
|
+
}
|
|
503
|
+
########## STATE ohelixi5 ##########################################
|
|
504
|
+
ohelixi5 { trans
|
|
505
|
+
ohelixi6: 1;
|
|
506
|
+
label M;
|
|
507
|
+
end 0;
|
|
508
|
+
tied_letter ohelixi1;
|
|
509
|
+
}
|
|
510
|
+
########## STATE ohelixi6 ##########################################
|
|
511
|
+
ohelixi6 { trans
|
|
512
|
+
ohelixi7: 1;
|
|
513
|
+
label M;
|
|
514
|
+
end 0;
|
|
515
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
516
|
+
}
|
|
517
|
+
########## STATE ohelixi7 ##########################################
|
|
518
|
+
ohelixi7 { trans
|
|
519
|
+
ohelixm: 1;
|
|
520
|
+
label M;
|
|
521
|
+
end 0;
|
|
522
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
523
|
+
}
|
|
524
|
+
########## STATE ohelixm ###########################################
|
|
525
|
+
ohelixm { trans
|
|
526
|
+
ohelix2: 0.000534023
|
|
527
|
+
ohelix3: 0.000567583
|
|
528
|
+
ohelix4: 0.00064457
|
|
529
|
+
ohelix5: 0.00159544
|
|
530
|
+
ohelix6: 0.000669433
|
|
531
|
+
ohelix7: 0.00161008
|
|
532
|
+
ohelix8: 0.000762887
|
|
533
|
+
ohelix9: 0.000789084
|
|
534
|
+
ohelix10: 0.000868204
|
|
535
|
+
ohelix11: 0.00519996
|
|
536
|
+
ohelix12: 0.00774891
|
|
537
|
+
ohelix13: 0.0108947
|
|
538
|
+
ohelix14: 0.697722
|
|
539
|
+
ohelix15: 0.0444777
|
|
540
|
+
ohelix16: 0.0328707
|
|
541
|
+
ohelix17: 0.111827
|
|
542
|
+
ohelix18: 0.0324248
|
|
543
|
+
ohelix19: 0.0448694
|
|
544
|
+
ohelix20: 0.00212234
|
|
545
|
+
ohelix21: 0.00107586
|
|
546
|
+
ohelixo1: 0.00072618;
|
|
547
|
+
label M;
|
|
548
|
+
end 0;
|
|
549
|
+
only A:0.110896 C:0.0254931 D:0.00235724 E:0.00383965 F:0.0942003
|
|
550
|
+
G:0.0818095 H:0.00408389 I:0.144377 K:0.00236432 L:0.182902
|
|
551
|
+
M:0.0385107 N:0.00978815 P:0.0201094 Q:0.00437833 R:0.00115335
|
|
552
|
+
S:0.0421756 T:0.0514071 V:0.132167 W:0.0158643 Y:0.0321232;
|
|
553
|
+
}
|
|
554
|
+
########## STATE ohelix2 ###########################################
|
|
555
|
+
ohelix2 { trans
|
|
556
|
+
ohelix3: 1;
|
|
557
|
+
label M;
|
|
558
|
+
end 0;
|
|
559
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
560
|
+
}
|
|
561
|
+
########## STATE ohelix3 ###########################################
|
|
562
|
+
ohelix3 { trans
|
|
563
|
+
ohelix4: 1;
|
|
564
|
+
label M;
|
|
565
|
+
end 0;
|
|
566
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
567
|
+
}
|
|
568
|
+
########## STATE ohelix4 ###########################################
|
|
569
|
+
ohelix4 { trans
|
|
570
|
+
ohelix5: 1;
|
|
571
|
+
label M;
|
|
572
|
+
end 0;
|
|
573
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
574
|
+
}
|
|
575
|
+
########## STATE ohelix5 ###########################################
|
|
576
|
+
ohelix5 { trans
|
|
577
|
+
ohelix6: 1;
|
|
578
|
+
label M;
|
|
579
|
+
end 0;
|
|
580
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
581
|
+
}
|
|
582
|
+
########## STATE ohelix6 ###########################################
|
|
583
|
+
ohelix6 { trans
|
|
584
|
+
ohelix7: 1;
|
|
585
|
+
label M;
|
|
586
|
+
end 0;
|
|
587
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
588
|
+
}
|
|
589
|
+
########## STATE ohelix7 ###########################################
|
|
590
|
+
ohelix7 { trans
|
|
591
|
+
ohelix8: 1;
|
|
592
|
+
label M;
|
|
593
|
+
end 0;
|
|
594
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
595
|
+
}
|
|
596
|
+
########## STATE ohelix8 ###########################################
|
|
597
|
+
ohelix8 { trans
|
|
598
|
+
ohelix9: 1;
|
|
599
|
+
label M;
|
|
600
|
+
end 0;
|
|
601
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
602
|
+
}
|
|
603
|
+
########## STATE ohelix9 ###########################################
|
|
604
|
+
ohelix9 { trans
|
|
605
|
+
ohelix10: 1;
|
|
606
|
+
label M;
|
|
607
|
+
end 0;
|
|
608
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
609
|
+
}
|
|
610
|
+
########## STATE ohelix10 ##########################################
|
|
611
|
+
ohelix10 { trans
|
|
612
|
+
ohelix11: 1;
|
|
613
|
+
label M;
|
|
614
|
+
end 0;
|
|
615
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
616
|
+
}
|
|
617
|
+
########## STATE ohelix11 ##########################################
|
|
618
|
+
ohelix11 { trans
|
|
619
|
+
ohelix12: 1;
|
|
620
|
+
label M;
|
|
621
|
+
end 0;
|
|
622
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
623
|
+
}
|
|
624
|
+
########## STATE ohelix12 ##########################################
|
|
625
|
+
ohelix12 { trans
|
|
626
|
+
ohelix13: 1;
|
|
627
|
+
label M;
|
|
628
|
+
end 0;
|
|
629
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
630
|
+
}
|
|
631
|
+
########## STATE ohelix13 ##########################################
|
|
632
|
+
ohelix13 { trans
|
|
633
|
+
ohelix14: 1;
|
|
634
|
+
label M;
|
|
635
|
+
end 0;
|
|
636
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
637
|
+
}
|
|
638
|
+
########## STATE ohelix14 ##########################################
|
|
639
|
+
ohelix14 { trans
|
|
640
|
+
ohelix15: 1;
|
|
641
|
+
label M;
|
|
642
|
+
end 0;
|
|
643
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
644
|
+
}
|
|
645
|
+
########## STATE ohelix15 ##########################################
|
|
646
|
+
ohelix15 { trans
|
|
647
|
+
ohelix16: 1;
|
|
648
|
+
label M;
|
|
649
|
+
end 0;
|
|
650
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
651
|
+
}
|
|
652
|
+
########## STATE ohelix16 ##########################################
|
|
653
|
+
ohelix16 { trans
|
|
654
|
+
ohelix17: 1;
|
|
655
|
+
label M;
|
|
656
|
+
end 0;
|
|
657
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
658
|
+
}
|
|
659
|
+
########## STATE ohelix17 ##########################################
|
|
660
|
+
ohelix17 { trans
|
|
661
|
+
ohelix18: 1;
|
|
662
|
+
label M;
|
|
663
|
+
end 0;
|
|
664
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
665
|
+
}
|
|
666
|
+
########## STATE ohelix18 ##########################################
|
|
667
|
+
ohelix18 { trans
|
|
668
|
+
ohelix19: 1;
|
|
669
|
+
label M;
|
|
670
|
+
end 0;
|
|
671
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
672
|
+
}
|
|
673
|
+
########## STATE ohelix19 ##########################################
|
|
674
|
+
ohelix19 { trans
|
|
675
|
+
ohelix20: 1;
|
|
676
|
+
label M;
|
|
677
|
+
end 0;
|
|
678
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
679
|
+
}
|
|
680
|
+
########## STATE ohelix20 ##########################################
|
|
681
|
+
ohelix20 { trans
|
|
682
|
+
ohelix21: 1;
|
|
683
|
+
label M;
|
|
684
|
+
end 0;
|
|
685
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
686
|
+
}
|
|
687
|
+
########## STATE ohelix21 ##########################################
|
|
688
|
+
ohelix21 { trans
|
|
689
|
+
ohelixo1: 1;
|
|
690
|
+
label M;
|
|
691
|
+
end 0;
|
|
692
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
693
|
+
}
|
|
694
|
+
########## STATE ohelixo1 ##########################################
|
|
695
|
+
ohelixo1 { trans
|
|
696
|
+
ohelixo2: 1;
|
|
697
|
+
label M;
|
|
698
|
+
end 0;
|
|
699
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
700
|
+
}
|
|
701
|
+
########## STATE ohelixo2 ##########################################
|
|
702
|
+
ohelixo2 { trans
|
|
703
|
+
ohelixo3: 1;
|
|
704
|
+
label M;
|
|
705
|
+
end 0;
|
|
706
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
707
|
+
}
|
|
708
|
+
########## STATE ohelixo3 ##########################################
|
|
709
|
+
ohelixo3 { trans
|
|
710
|
+
ohelixo4: 1;
|
|
711
|
+
label M;
|
|
712
|
+
end 0;
|
|
713
|
+
tied_letter ohelixo7;
|
|
714
|
+
}
|
|
715
|
+
########## STATE ohelixo4 ##########################################
|
|
716
|
+
ohelixo4 { trans
|
|
717
|
+
ohelixo5: 1;
|
|
718
|
+
label M;
|
|
719
|
+
end 0;
|
|
720
|
+
tied_letter ohelixo7;
|
|
721
|
+
}
|
|
722
|
+
########## STATE ohelixo5 ##########################################
|
|
723
|
+
ohelixo5 { trans
|
|
724
|
+
ohelixo6: 1;
|
|
725
|
+
label M;
|
|
726
|
+
end 0;
|
|
727
|
+
tied_letter ohelixo7;
|
|
728
|
+
}
|
|
729
|
+
########## STATE ohelixo6 ##########################################
|
|
730
|
+
ohelixo6 { trans
|
|
731
|
+
ohelixo7: 1;
|
|
732
|
+
label M;
|
|
733
|
+
end 0;
|
|
734
|
+
tied_letter ohelixo7;
|
|
735
|
+
}
|
|
736
|
+
########## STATE ohelixo7 ##########################################
|
|
737
|
+
ohelixo7 { trans
|
|
738
|
+
outglob10: 0.0757404
|
|
739
|
+
out10: 0.92426;
|
|
740
|
+
label M;
|
|
741
|
+
end 0;
|
|
742
|
+
only A:0.110353 C:0.00498206 D:0.00469973 E:0.00649427 F:0.0973043
|
|
743
|
+
G:0.0737631 H:0.0119931 I:0.12167 K:0.00180854 L:0.157124
|
|
744
|
+
M:0.044721 N:0.0107496 P:0.0283821 Q:0.0143416 R:0.00857182
|
|
745
|
+
S:0.0402204 T:0.0501039 V:0.107462 W:0.0501891 Y:0.0550665;
|
|
746
|
+
}
|
|
747
|
+
########## STATE ihelixo1 ##########################################
|
|
748
|
+
ihelixo1 { trans
|
|
749
|
+
ihelixo2: 1;
|
|
750
|
+
label M;
|
|
751
|
+
end 0;
|
|
752
|
+
tied_letter ohelixo7;
|
|
753
|
+
}
|
|
754
|
+
########## STATE ihelixo2 ##########################################
|
|
755
|
+
ihelixo2 { trans
|
|
756
|
+
ihelixo3: 1;
|
|
757
|
+
label M;
|
|
758
|
+
end 0;
|
|
759
|
+
tied_letter ohelixo7;
|
|
760
|
+
}
|
|
761
|
+
########## STATE ihelixo3 ##########################################
|
|
762
|
+
ihelixo3 { trans
|
|
763
|
+
ihelixo4: 1;
|
|
764
|
+
label M;
|
|
765
|
+
end 0;
|
|
766
|
+
tied_letter ohelixo7;
|
|
767
|
+
}
|
|
768
|
+
########## STATE ihelixo4 ##########################################
|
|
769
|
+
ihelixo4 { trans
|
|
770
|
+
ihelixo5: 1;
|
|
771
|
+
label M;
|
|
772
|
+
end 0;
|
|
773
|
+
tied_letter ohelixo7;
|
|
774
|
+
}
|
|
775
|
+
########## STATE ihelixo5 ##########################################
|
|
776
|
+
ihelixo5 { trans
|
|
777
|
+
ihelixo6: 1;
|
|
778
|
+
label M;
|
|
779
|
+
end 0;
|
|
780
|
+
tied_letter ohelixo7;
|
|
781
|
+
}
|
|
782
|
+
########## STATE ihelixo6 ##########################################
|
|
783
|
+
ihelixo6 { trans
|
|
784
|
+
ihelixo7: 1;
|
|
785
|
+
label M;
|
|
786
|
+
end 0;
|
|
787
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
788
|
+
}
|
|
789
|
+
########## STATE ihelixo7 ##########################################
|
|
790
|
+
ihelixo7 { trans
|
|
791
|
+
ihelixm: 1;
|
|
792
|
+
label M;
|
|
793
|
+
end 0;
|
|
794
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
795
|
+
}
|
|
796
|
+
########## STATE ihelixm ###########################################
|
|
797
|
+
ihelixm { trans ihelix2 ihelix3 ihelix4 ihelix5 ihelix6 ihelix7 ihelix8 ihelix9 ihelix10 ihelix11 ihelix12 ihelix13 ihelix14 ihelix15 ihelix16 ihelix17 ihelix18 ihelix19 ihelix20 ihelix21 ihelixi1;
|
|
798
|
+
tied_trans ohelixm;
|
|
799
|
+
label M;
|
|
800
|
+
end 0;
|
|
801
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
802
|
+
}
|
|
803
|
+
########## STATE ihelix2 ###########################################
|
|
804
|
+
ihelix2 { trans
|
|
805
|
+
ihelix3: 1;
|
|
806
|
+
label M;
|
|
807
|
+
end 0;
|
|
808
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
809
|
+
}
|
|
810
|
+
########## STATE ihelix3 ###########################################
|
|
811
|
+
ihelix3 { trans
|
|
812
|
+
ihelix4: 1;
|
|
813
|
+
label M;
|
|
814
|
+
end 0;
|
|
815
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
816
|
+
}
|
|
817
|
+
########## STATE ihelix4 ###########################################
|
|
818
|
+
ihelix4 { trans
|
|
819
|
+
ihelix5: 1;
|
|
820
|
+
label M;
|
|
821
|
+
end 0;
|
|
822
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
823
|
+
}
|
|
824
|
+
########## STATE ihelix5 ###########################################
|
|
825
|
+
ihelix5 { trans
|
|
826
|
+
ihelix6: 1;
|
|
827
|
+
label M;
|
|
828
|
+
end 0;
|
|
829
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
830
|
+
}
|
|
831
|
+
########## STATE ihelix6 ###########################################
|
|
832
|
+
ihelix6 { trans
|
|
833
|
+
ihelix7: 1;
|
|
834
|
+
label M;
|
|
835
|
+
end 0;
|
|
836
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
837
|
+
}
|
|
838
|
+
########## STATE ihelix7 ###########################################
|
|
839
|
+
ihelix7 { trans
|
|
840
|
+
ihelix8: 1;
|
|
841
|
+
label M;
|
|
842
|
+
end 0;
|
|
843
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
844
|
+
}
|
|
845
|
+
########## STATE ihelix8 ###########################################
|
|
846
|
+
ihelix8 { trans
|
|
847
|
+
ihelix9: 1;
|
|
848
|
+
label M;
|
|
849
|
+
end 0;
|
|
850
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
851
|
+
}
|
|
852
|
+
########## STATE ihelix9 ###########################################
|
|
853
|
+
ihelix9 { trans
|
|
854
|
+
ihelix10: 1;
|
|
855
|
+
label M;
|
|
856
|
+
end 0;
|
|
857
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
858
|
+
}
|
|
859
|
+
########## STATE ihelix10 ##########################################
|
|
860
|
+
ihelix10 { trans
|
|
861
|
+
ihelix11: 1;
|
|
862
|
+
label M;
|
|
863
|
+
end 0;
|
|
864
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
865
|
+
}
|
|
866
|
+
########## STATE ihelix11 ##########################################
|
|
867
|
+
ihelix11 { trans
|
|
868
|
+
ihelix12: 1;
|
|
869
|
+
label M;
|
|
870
|
+
end 0;
|
|
871
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
872
|
+
}
|
|
873
|
+
########## STATE ihelix12 ##########################################
|
|
874
|
+
ihelix12 { trans
|
|
875
|
+
ihelix13: 1;
|
|
876
|
+
label M;
|
|
877
|
+
end 0;
|
|
878
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
879
|
+
}
|
|
880
|
+
########## STATE ihelix13 ##########################################
|
|
881
|
+
ihelix13 { trans
|
|
882
|
+
ihelix14: 1;
|
|
883
|
+
label M;
|
|
884
|
+
end 0;
|
|
885
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
886
|
+
}
|
|
887
|
+
########## STATE ihelix14 ##########################################
|
|
888
|
+
ihelix14 { trans
|
|
889
|
+
ihelix15: 1;
|
|
890
|
+
label M;
|
|
891
|
+
end 0;
|
|
892
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
893
|
+
}
|
|
894
|
+
########## STATE ihelix15 ##########################################
|
|
895
|
+
ihelix15 { trans
|
|
896
|
+
ihelix16: 1;
|
|
897
|
+
label M;
|
|
898
|
+
end 0;
|
|
899
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
900
|
+
}
|
|
901
|
+
########## STATE ihelix16 ##########################################
|
|
902
|
+
ihelix16 { trans
|
|
903
|
+
ihelix17: 1;
|
|
904
|
+
label M;
|
|
905
|
+
end 0;
|
|
906
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
907
|
+
}
|
|
908
|
+
########## STATE ihelix17 ##########################################
|
|
909
|
+
ihelix17 { trans
|
|
910
|
+
ihelix18: 1;
|
|
911
|
+
label M;
|
|
912
|
+
end 0;
|
|
913
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
914
|
+
}
|
|
915
|
+
########## STATE ihelix18 ##########################################
|
|
916
|
+
ihelix18 { trans
|
|
917
|
+
ihelix19: 1;
|
|
918
|
+
label M;
|
|
919
|
+
end 0;
|
|
920
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
921
|
+
}
|
|
922
|
+
########## STATE ihelix19 ##########################################
|
|
923
|
+
ihelix19 { trans
|
|
924
|
+
ihelix20: 1;
|
|
925
|
+
label M;
|
|
926
|
+
end 0;
|
|
927
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
928
|
+
}
|
|
929
|
+
########## STATE ihelix20 ##########################################
|
|
930
|
+
ihelix20 { trans
|
|
931
|
+
ihelix21: 1;
|
|
932
|
+
label M;
|
|
933
|
+
end 0;
|
|
934
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
935
|
+
}
|
|
936
|
+
########## STATE ihelix21 ##########################################
|
|
937
|
+
ihelix21 { trans
|
|
938
|
+
ihelixi1: 1;
|
|
939
|
+
label M;
|
|
940
|
+
end 0;
|
|
941
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
942
|
+
}
|
|
943
|
+
########## STATE ihelixi1 ##########################################
|
|
944
|
+
ihelixi1 { trans
|
|
945
|
+
ihelixi2: 1;
|
|
946
|
+
label M;
|
|
947
|
+
end 0;
|
|
948
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
949
|
+
}
|
|
950
|
+
########## STATE ihelixi2 ##########################################
|
|
951
|
+
ihelixi2 { trans
|
|
952
|
+
ihelixi3: 1;
|
|
953
|
+
label M;
|
|
954
|
+
end 0;
|
|
955
|
+
tied_letter ohelixm;
|
|
956
|
+
}
|
|
957
|
+
########## STATE ihelixi3 ##########################################
|
|
958
|
+
ihelixi3 { trans
|
|
959
|
+
ihelixi4: 1;
|
|
960
|
+
label M;
|
|
961
|
+
end 0;
|
|
962
|
+
tied_letter ohelixi1;
|
|
963
|
+
}
|
|
964
|
+
########## STATE ihelixi4 ##########################################
|
|
965
|
+
ihelixi4 { trans
|
|
966
|
+
ihelixi5: 1;
|
|
967
|
+
label M;
|
|
968
|
+
end 0;
|
|
969
|
+
tied_letter ohelixi1;
|
|
970
|
+
}
|
|
971
|
+
########## STATE ihelixi5 ##########################################
|
|
972
|
+
ihelixi5 { trans
|
|
973
|
+
ihelixi6: 1;
|
|
974
|
+
label M;
|
|
975
|
+
end 0;
|
|
976
|
+
tied_letter ohelixi1;
|
|
977
|
+
}
|
|
978
|
+
########## STATE ihelixi6 ##########################################
|
|
979
|
+
ihelixi6 { trans
|
|
980
|
+
ihelixi7: 1;
|
|
981
|
+
label M;
|
|
982
|
+
end 0;
|
|
983
|
+
tied_letter ohelixi1;
|
|
984
|
+
}
|
|
985
|
+
########## STATE ihelixi7 ##########################################
|
|
986
|
+
ihelixi7 { trans
|
|
987
|
+
in10: 1;
|
|
988
|
+
label M;
|
|
989
|
+
end 0;
|
|
990
|
+
tied_letter ohelixi1;
|
|
991
|
+
}
|