pyTMHMM-binaries 1.3.6__cp314-cp314t-manylinux2014_aarch64.manylinux_2_17_aarch64.manylinux_2_28_aarch64.whl

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  1. pyTMHMM/TMHMM2.0.model +991 -0
  2. pyTMHMM/__init__.py +3 -0
  3. pyTMHMM/api.py +42 -0
  4. pyTMHMM/cli.py +92 -0
  5. pyTMHMM/hmm.c +14983 -0
  6. pyTMHMM/hmm.cpython-314t-aarch64-linux-gnu.so +0 -0
  7. pyTMHMM/hmm.pyx +164 -0
  8. pyTMHMM/model.py +178 -0
  9. pyTMHMM/utils.py +59 -0
  10. pytmhmm_binaries-1.3.6.dist-info/METADATA +44 -0
  11. pytmhmm_binaries-1.3.6.dist-info/RECORD +15 -0
  12. pytmhmm_binaries-1.3.6.dist-info/WHEEL +7 -0
  13. pytmhmm_binaries-1.3.6.dist-info/entry_points.txt +2 -0
  14. pytmhmm_binaries-1.3.6.dist-info/licenses/LICENSE.md +21 -0
  15. pytmhmm_binaries-1.3.6.dist-info/top_level.txt +1 -0
pyTMHMM/TMHMM2.0.model ADDED
@@ -0,0 +1,991 @@
1
+
2
+ # TMHMM2 model
3
+
4
+
5
+ ########## HEADER ##################################################
6
+ header {
7
+ alphabet ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY;
8
+ wildcards BXZ;
9
+ }
10
+ ########## STATE begin #############################################
11
+ begin { trans
12
+ in10: 0.549251
13
+ outglob10: 0.207469
14
+ out10: 0.24328;
15
+ type 0;
16
+ end 0;
17
+ letter NULL;
18
+ }
19
+ ########## STATE in10 ##############################################
20
+ in10 { trans
21
+ in11: 0.995851
22
+ in29: 0.00111283
23
+ ohelixi1: 0.00303586;
24
+ label i;
25
+ only A:0.0713632 C:0.0188491 D:0.043014 E:0.0471663 F:0.0298789
26
+ G:0.0564853 H:0.0233906 I:0.038904 K:0.0894525 L:0.0551519
27
+ M:0.0427067 N:0.0544149 P:0.0370019 Q:0.0524006 R:0.114758
28
+ S:0.0661936 T:0.0689907 V:0.0416332 W:0.0146085 Y:0.0336358;
29
+ }
30
+ ########## STATE in11 ##############################################
31
+ in11 { trans
32
+ in12: 0.976066
33
+ in28: 0.0239339
34
+ in29: 1.08323e-09;
35
+ label i;
36
+ tied_letter in10;
37
+ }
38
+ ########## STATE in12 ##############################################
39
+ in12 { trans
40
+ in13: 0.895077
41
+ in27: 0.104922
42
+ in28: 1.76891e-06;
43
+ label i;
44
+ tied_letter in10;
45
+ }
46
+ ########## STATE in13 ##############################################
47
+ in13 { trans
48
+ in14: 0.979527
49
+ in26: 0.0204673
50
+ in27: 5.81809e-06;
51
+ label i;
52
+ tied_letter in10;
53
+ }
54
+ ########## STATE in14 ##############################################
55
+ in14 { trans
56
+ in15: 0.993341
57
+ in25: 0.00660812
58
+ in26: 5.08664e-05;
59
+ label i;
60
+ tied_letter in10;
61
+ }
62
+ ########## STATE in15 ##############################################
63
+ in15 { trans
64
+ in16: 0.738969
65
+ in24: 0.159734
66
+ in25: 0.101297;
67
+ label i;
68
+ tied_letter in10;
69
+ }
70
+ ########## STATE in16 ##############################################
71
+ in16 { trans
72
+ in17: 0.999938
73
+ in23: 1.4427e-06
74
+ in24: 6.0424e-05;
75
+ label i;
76
+ tied_letter in10;
77
+ }
78
+ ########## STATE in17 ##############################################
79
+ in17 { trans
80
+ in18: 0.973203
81
+ in22: 0.0168132
82
+ in23: 0.00998417;
83
+ label i;
84
+ tied_letter in10;
85
+ }
86
+ ########## STATE in18 ##############################################
87
+ in18 { trans
88
+ in19: 0.977498
89
+ in21: 0.0217216
90
+ in22: 0.000780768;
91
+ label i;
92
+ tied_letter in10;
93
+ }
94
+ ########## STATE in19 ##############################################
95
+ in19 { trans
96
+ in20: 0.16223
97
+ in21: 0.10126
98
+ inglob1: 0.73651;
99
+ label i;
100
+ tied_letter in10;
101
+ }
102
+ ########## STATE in20 ##############################################
103
+ in20 { trans
104
+ in21: 1;
105
+ label i;
106
+ tied_letter in10;
107
+ }
108
+ ########## STATE in21 ##############################################
109
+ in21 { trans
110
+ in22: 1;
111
+ label i;
112
+ tied_letter in10;
113
+ }
114
+ ########## STATE in22 ##############################################
115
+ in22 { trans
116
+ in23: 1;
117
+ label i;
118
+ tied_letter in10;
119
+ }
120
+ ########## STATE in23 ##############################################
121
+ in23 { trans
122
+ in24: 1;
123
+ label i;
124
+ tied_letter in10;
125
+ }
126
+ ########## STATE in24 ##############################################
127
+ in24 { trans
128
+ in25: 1;
129
+ label i;
130
+ tied_letter in10;
131
+ }
132
+ ########## STATE in25 ##############################################
133
+ in25 { trans
134
+ in26: 1;
135
+ label i;
136
+ tied_letter in10;
137
+ }
138
+ ########## STATE in26 ##############################################
139
+ in26 { trans
140
+ in27: 1;
141
+ label i;
142
+ tied_letter in10;
143
+ }
144
+ ########## STATE in27 ##############################################
145
+ in27 { trans
146
+ in28: 1;
147
+ label i;
148
+ tied_letter in10;
149
+ }
150
+ ########## STATE in28 ##############################################
151
+ in28 { trans
152
+ in29: 1;
153
+ label i;
154
+ tied_letter in10;
155
+ }
156
+ ########## STATE in29 ##############################################
157
+ in29 { trans
158
+ ohelixi1: 1;
159
+ label i;
160
+ tied_letter in10;
161
+ }
162
+ ########## STATE inglob1 ###########################################
163
+ inglob1 { trans
164
+ in20: 0.0132918
165
+ inglob1: 0.986708;
166
+ label i;
167
+ only A:0.0773341 C:0.0212026 D:0.0556231 E:0.0789783 F:0.0291466
168
+ G:0.0821038 H:0.02529 I:0.0392883 K:0.0466567 L:0.0718204
169
+ M:0.0191835 N:0.0490524 P:0.0671432 Q:0.0472671 R:0.0492684
170
+ S:0.0852997 T:0.0610192 V:0.0528717 W:0.0166592 Y:0.0247916;
171
+ }
172
+ ########## STATE outglob10 #########################################
173
+ outglob10 { trans
174
+ outglob11: 1
175
+ outglob29: 0
176
+ ihelixo1: 0;
177
+ label O;
178
+ only A:0.0693743 C:0.0149605 D:0.0406956 E:0.0538397 F:0.0531778
179
+ G:0.0792746 H:0.0221055 I:0.0440866 K:0.0565779 L:0.0988165
180
+ M:0.0432829 N:0.0414346 P:0.0615562 Q:0.0412212 R:0.0677628
181
+ S:0.0732544 T:0.0524824 V:0.0445653 W:0.0140309 Y:0.0275;
182
+ }
183
+ ########## STATE outglob11 #########################################
184
+ outglob11 { trans
185
+ outglob12: 1
186
+ outglob28: 0
187
+ outglob29: 0;
188
+ label O;
189
+ tied_letter outglob10;
190
+ }
191
+ ########## STATE outglob12 #########################################
192
+ outglob12 { trans
193
+ outglob13: 1
194
+ outglob27: 0
195
+ outglob28: 0;
196
+ label O;
197
+ tied_letter outglob10;
198
+ }
199
+ ########## STATE outglob13 #########################################
200
+ outglob13 { trans
201
+ outglob14: 1
202
+ outglob26: 0
203
+ outglob27: 0;
204
+ label O;
205
+ tied_letter outglob10;
206
+ }
207
+ ########## STATE outglob14 #########################################
208
+ outglob14 { trans
209
+ outglob15: 1
210
+ outglob25: 0
211
+ outglob26: 0;
212
+ label O;
213
+ tied_letter outglob10;
214
+ }
215
+ ########## STATE outglob15 #########################################
216
+ outglob15 { trans
217
+ outglob16: 1
218
+ outglob24: 0
219
+ outglob25: 0;
220
+ label O;
221
+ tied_letter outglob10;
222
+ }
223
+ ########## STATE outglob16 #########################################
224
+ outglob16 { trans
225
+ outglob17: 1
226
+ outglob23: 0
227
+ outglob24: 0;
228
+ label O;
229
+ tied_letter outglob10;
230
+ }
231
+ ########## STATE outglob17 #########################################
232
+ outglob17 { trans
233
+ outglob18: 1
234
+ outglob22: 0
235
+ outglob23: 0;
236
+ label O;
237
+ tied_letter outglob10;
238
+ }
239
+ ########## STATE outglob18 #########################################
240
+ outglob18 { trans
241
+ outglob19: 1
242
+ outglob21: 0
243
+ outglob22: 0;
244
+ label O;
245
+ tied_letter outglob10;
246
+ }
247
+ ########## STATE outglob19 #########################################
248
+ outglob19 { trans
249
+ outglobLong: 1
250
+ outglob20: 0
251
+ outglob21: 0;
252
+ label O;
253
+ tied_letter outglob10;
254
+ }
255
+ ########## STATE outglobLong #######################################
256
+ outglobLong { trans
257
+ outglobLong: 0.999093
258
+ outglob20: 0.000906913;
259
+ label O;
260
+ tied_letter inglob1;
261
+ }
262
+ ########## STATE outglob20 #########################################
263
+ outglob20 { trans
264
+ outglob21: 1;
265
+ label O;
266
+ tied_letter outglob10;
267
+ }
268
+ ########## STATE outglob21 #########################################
269
+ outglob21 { trans
270
+ outglob22: 1;
271
+ label O;
272
+ tied_letter outglob10;
273
+ }
274
+ ########## STATE outglob22 #########################################
275
+ outglob22 { trans
276
+ outglob23: 1;
277
+ label O;
278
+ tied_letter outglob10;
279
+ }
280
+ ########## STATE outglob23 #########################################
281
+ outglob23 { trans
282
+ outglob24: 1;
283
+ label O;
284
+ tied_letter outglob10;
285
+ }
286
+ ########## STATE outglob24 #########################################
287
+ outglob24 { trans
288
+ outglob25: 1;
289
+ label O;
290
+ tied_letter outglob10;
291
+ }
292
+ ########## STATE outglob25 #########################################
293
+ outglob25 { trans
294
+ outglob26: 1;
295
+ label O;
296
+ tied_letter outglob10;
297
+ }
298
+ ########## STATE outglob26 #########################################
299
+ outglob26 { trans
300
+ outglob27: 1;
301
+ label O;
302
+ tied_letter outglob10;
303
+ }
304
+ ########## STATE outglob27 #########################################
305
+ outglob27 { trans
306
+ outglob28: 1;
307
+ label O;
308
+ tied_letter outglob10;
309
+ }
310
+ ########## STATE outglob28 #########################################
311
+ outglob28 { trans
312
+ outglob29: 1;
313
+ label O;
314
+ tied_letter outglob10;
315
+ }
316
+ ########## STATE outglob29 #########################################
317
+ outglob29 { trans
318
+ ihelixo1: 1;
319
+ label O;
320
+ tied_letter outglob10;
321
+ }
322
+ ########## STATE out10 #############################################
323
+ out10 { trans
324
+ out11: 1
325
+ out29: 3.54571e-14
326
+ ihelixo1: 0;
327
+ label o;
328
+ only A:0.0690346 C:0.0129673 D:0.0627756 E:0.0541851 F:0.0425402
329
+ G:0.0835626 H:0.0271581 I:0.0292546 K:0.0530401 L:0.0822093
330
+ M:0.0334625 N:0.0506017 P:0.0693889 Q:0.0389539 R:0.0432109
331
+ S:0.0863749 T:0.0587278 V:0.0480586 W:0.0198473 Y:0.0346461;
332
+ }
333
+ ########## STATE out11 #############################################
334
+ out11 { trans
335
+ out12: 0.910217
336
+ out28: 0.0495866
337
+ out29: 0.0401965;
338
+ label o;
339
+ tied_letter out10;
340
+ }
341
+ ########## STATE out12 #############################################
342
+ out12 { trans
343
+ out13: 0.984498
344
+ out27: 0.00440955
345
+ out28: 0.0110921;
346
+ label o;
347
+ tied_letter out10;
348
+ }
349
+ ########## STATE out13 #############################################
350
+ out13 { trans
351
+ out14: 0.997286
352
+ out26: 0.00258189
353
+ out27: 0.000132519;
354
+ label o;
355
+ tied_letter out10;
356
+ }
357
+ ########## STATE out14 #############################################
358
+ out14 { trans
359
+ out15: 0.812906
360
+ out25: 0.0130127
361
+ out26: 0.174082;
362
+ label o;
363
+ tied_letter out10;
364
+ }
365
+ ########## STATE out15 #############################################
366
+ out15 { trans
367
+ out16: 0.951951
368
+ out24: 0.0400992
369
+ out25: 0.00795001;
370
+ label o;
371
+ tied_letter out10;
372
+ }
373
+ ########## STATE out16 #############################################
374
+ out16 { trans
375
+ out17: 0.660205
376
+ out23: 0.33979
377
+ out24: 4.76867e-06;
378
+ label o;
379
+ tied_letter out10;
380
+ }
381
+ ########## STATE out17 #############################################
382
+ out17 { trans
383
+ out18: 0.992733
384
+ out22: 0.0072618
385
+ out23: 5.34599e-06;
386
+ label o;
387
+ tied_letter out10;
388
+ }
389
+ ########## STATE out18 #############################################
390
+ out18 { trans
391
+ out19: 0.971165
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+ out21: 0.0119931
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+ out22: 0.0168416;
394
+ label o;
395
+ tied_letter out10;
396
+ }
397
+ ########## STATE out19 #############################################
398
+ out19 { trans
399
+ outglobShort: 0.770716
400
+ out20: 0.00133523
401
+ out21: 0.227948;
402
+ label o;
403
+ tied_letter out10;
404
+ }
405
+ ########## STATE outglobShort ######################################
406
+ outglobShort { trans
407
+ outglobShort: 0.960334
408
+ out20: 0.0396664;
409
+ label o;
410
+ tied_letter inglob1;
411
+ }
412
+ ########## STATE out20 #############################################
413
+ out20 { trans
414
+ out21: 1;
415
+ label o;
416
+ tied_letter out10;
417
+ }
418
+ ########## STATE out21 #############################################
419
+ out21 { trans
420
+ out22: 1;
421
+ label o;
422
+ tied_letter out10;
423
+ }
424
+ ########## STATE out22 #############################################
425
+ out22 { trans
426
+ out23: 1;
427
+ label o;
428
+ tied_letter out10;
429
+ }
430
+ ########## STATE out23 #############################################
431
+ out23 { trans
432
+ out24: 1;
433
+ label o;
434
+ tied_letter out10;
435
+ }
436
+ ########## STATE out24 #############################################
437
+ out24 { trans
438
+ out25: 1;
439
+ label o;
440
+ tied_letter out10;
441
+ }
442
+ ########## STATE out25 #############################################
443
+ out25 { trans
444
+ out26: 1;
445
+ label o;
446
+ tied_letter out10;
447
+ }
448
+ ########## STATE out26 #############################################
449
+ out26 { trans
450
+ out27: 1;
451
+ label o;
452
+ tied_letter out10;
453
+ }
454
+ ########## STATE out27 #############################################
455
+ out27 { trans
456
+ out28: 1;
457
+ label o;
458
+ tied_letter out10;
459
+ }
460
+ ########## STATE out28 #############################################
461
+ out28 { trans
462
+ out29: 1;
463
+ label o;
464
+ tied_letter out10;
465
+ }
466
+ ########## STATE out29 #############################################
467
+ out29 { trans
468
+ ihelixo1: 1;
469
+ label o;
470
+ tied_letter out10;
471
+ }
472
+ ########## STATE ohelixi1 ##########################################
473
+ ohelixi1 { trans
474
+ ohelixi2: 1;
475
+ label M;
476
+ end 0;
477
+ only A:0.0890049 C:0.0170933 D:0.00159548 E:0.00489647 F:0.108081
478
+ G:0.0692068 H:0.00923517 I:0.113471 K:0.00466208 L:0.19417
479
+ M:0.0239901 N:0.0233656 P:0.0145168 Q:0.00487025 R:0.0127643
480
+ S:0.0455139 T:0.0292949 V:0.128208 W:0.0399529 Y:0.0661077;
481
+ }
482
+ ########## STATE ohelixi2 ##########################################
483
+ ohelixi2 { trans
484
+ ohelixi3: 1;
485
+ label M;
486
+ end 0;
487
+ tied_letter ohelixi1;
488
+ }
489
+ ########## STATE ohelixi3 ##########################################
490
+ ohelixi3 { trans
491
+ ohelixi4: 1;
492
+ label M;
493
+ end 0;
494
+ tied_letter ohelixi1;
495
+ }
496
+ ########## STATE ohelixi4 ##########################################
497
+ ohelixi4 { trans
498
+ ohelixi5: 1;
499
+ label M;
500
+ end 0;
501
+ tied_letter ohelixi1;
502
+ }
503
+ ########## STATE ohelixi5 ##########################################
504
+ ohelixi5 { trans
505
+ ohelixi6: 1;
506
+ label M;
507
+ end 0;
508
+ tied_letter ohelixi1;
509
+ }
510
+ ########## STATE ohelixi6 ##########################################
511
+ ohelixi6 { trans
512
+ ohelixi7: 1;
513
+ label M;
514
+ end 0;
515
+ tied_letter ohelixm;
516
+ }
517
+ ########## STATE ohelixi7 ##########################################
518
+ ohelixi7 { trans
519
+ ohelixm: 1;
520
+ label M;
521
+ end 0;
522
+ tied_letter ohelixm;
523
+ }
524
+ ########## STATE ohelixm ###########################################
525
+ ohelixm { trans
526
+ ohelix2: 0.000534023
527
+ ohelix3: 0.000567583
528
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543
+ ohelix19: 0.0448694
544
+ ohelix20: 0.00212234
545
+ ohelix21: 0.00107586
546
+ ohelixo1: 0.00072618;
547
+ label M;
548
+ end 0;
549
+ only A:0.110896 C:0.0254931 D:0.00235724 E:0.00383965 F:0.0942003
550
+ G:0.0818095 H:0.00408389 I:0.144377 K:0.00236432 L:0.182902
551
+ M:0.0385107 N:0.00978815 P:0.0201094 Q:0.00437833 R:0.00115335
552
+ S:0.0421756 T:0.0514071 V:0.132167 W:0.0158643 Y:0.0321232;
553
+ }
554
+ ########## STATE ohelix2 ###########################################
555
+ ohelix2 { trans
556
+ ohelix3: 1;
557
+ label M;
558
+ end 0;
559
+ tied_letter ohelixm;
560
+ }
561
+ ########## STATE ohelix3 ###########################################
562
+ ohelix3 { trans
563
+ ohelix4: 1;
564
+ label M;
565
+ end 0;
566
+ tied_letter ohelixm;
567
+ }
568
+ ########## STATE ohelix4 ###########################################
569
+ ohelix4 { trans
570
+ ohelix5: 1;
571
+ label M;
572
+ end 0;
573
+ tied_letter ohelixm;
574
+ }
575
+ ########## STATE ohelix5 ###########################################
576
+ ohelix5 { trans
577
+ ohelix6: 1;
578
+ label M;
579
+ end 0;
580
+ tied_letter ohelixm;
581
+ }
582
+ ########## STATE ohelix6 ###########################################
583
+ ohelix6 { trans
584
+ ohelix7: 1;
585
+ label M;
586
+ end 0;
587
+ tied_letter ohelixm;
588
+ }
589
+ ########## STATE ohelix7 ###########################################
590
+ ohelix7 { trans
591
+ ohelix8: 1;
592
+ label M;
593
+ end 0;
594
+ tied_letter ohelixm;
595
+ }
596
+ ########## STATE ohelix8 ###########################################
597
+ ohelix8 { trans
598
+ ohelix9: 1;
599
+ label M;
600
+ end 0;
601
+ tied_letter ohelixm;
602
+ }
603
+ ########## STATE ohelix9 ###########################################
604
+ ohelix9 { trans
605
+ ohelix10: 1;
606
+ label M;
607
+ end 0;
608
+ tied_letter ohelixm;
609
+ }
610
+ ########## STATE ohelix10 ##########################################
611
+ ohelix10 { trans
612
+ ohelix11: 1;
613
+ label M;
614
+ end 0;
615
+ tied_letter ohelixm;
616
+ }
617
+ ########## STATE ohelix11 ##########################################
618
+ ohelix11 { trans
619
+ ohelix12: 1;
620
+ label M;
621
+ end 0;
622
+ tied_letter ohelixm;
623
+ }
624
+ ########## STATE ohelix12 ##########################################
625
+ ohelix12 { trans
626
+ ohelix13: 1;
627
+ label M;
628
+ end 0;
629
+ tied_letter ohelixm;
630
+ }
631
+ ########## STATE ohelix13 ##########################################
632
+ ohelix13 { trans
633
+ ohelix14: 1;
634
+ label M;
635
+ end 0;
636
+ tied_letter ohelixm;
637
+ }
638
+ ########## STATE ohelix14 ##########################################
639
+ ohelix14 { trans
640
+ ohelix15: 1;
641
+ label M;
642
+ end 0;
643
+ tied_letter ohelixm;
644
+ }
645
+ ########## STATE ohelix15 ##########################################
646
+ ohelix15 { trans
647
+ ohelix16: 1;
648
+ label M;
649
+ end 0;
650
+ tied_letter ohelixm;
651
+ }
652
+ ########## STATE ohelix16 ##########################################
653
+ ohelix16 { trans
654
+ ohelix17: 1;
655
+ label M;
656
+ end 0;
657
+ tied_letter ohelixm;
658
+ }
659
+ ########## STATE ohelix17 ##########################################
660
+ ohelix17 { trans
661
+ ohelix18: 1;
662
+ label M;
663
+ end 0;
664
+ tied_letter ohelixm;
665
+ }
666
+ ########## STATE ohelix18 ##########################################
667
+ ohelix18 { trans
668
+ ohelix19: 1;
669
+ label M;
670
+ end 0;
671
+ tied_letter ohelixm;
672
+ }
673
+ ########## STATE ohelix19 ##########################################
674
+ ohelix19 { trans
675
+ ohelix20: 1;
676
+ label M;
677
+ end 0;
678
+ tied_letter ohelixm;
679
+ }
680
+ ########## STATE ohelix20 ##########################################
681
+ ohelix20 { trans
682
+ ohelix21: 1;
683
+ label M;
684
+ end 0;
685
+ tied_letter ohelixm;
686
+ }
687
+ ########## STATE ohelix21 ##########################################
688
+ ohelix21 { trans
689
+ ohelixo1: 1;
690
+ label M;
691
+ end 0;
692
+ tied_letter ohelixm;
693
+ }
694
+ ########## STATE ohelixo1 ##########################################
695
+ ohelixo1 { trans
696
+ ohelixo2: 1;
697
+ label M;
698
+ end 0;
699
+ tied_letter ohelixm;
700
+ }
701
+ ########## STATE ohelixo2 ##########################################
702
+ ohelixo2 { trans
703
+ ohelixo3: 1;
704
+ label M;
705
+ end 0;
706
+ tied_letter ohelixm;
707
+ }
708
+ ########## STATE ohelixo3 ##########################################
709
+ ohelixo3 { trans
710
+ ohelixo4: 1;
711
+ label M;
712
+ end 0;
713
+ tied_letter ohelixo7;
714
+ }
715
+ ########## STATE ohelixo4 ##########################################
716
+ ohelixo4 { trans
717
+ ohelixo5: 1;
718
+ label M;
719
+ end 0;
720
+ tied_letter ohelixo7;
721
+ }
722
+ ########## STATE ohelixo5 ##########################################
723
+ ohelixo5 { trans
724
+ ohelixo6: 1;
725
+ label M;
726
+ end 0;
727
+ tied_letter ohelixo7;
728
+ }
729
+ ########## STATE ohelixo6 ##########################################
730
+ ohelixo6 { trans
731
+ ohelixo7: 1;
732
+ label M;
733
+ end 0;
734
+ tied_letter ohelixo7;
735
+ }
736
+ ########## STATE ohelixo7 ##########################################
737
+ ohelixo7 { trans
738
+ outglob10: 0.0757404
739
+ out10: 0.92426;
740
+ label M;
741
+ end 0;
742
+ only A:0.110353 C:0.00498206 D:0.00469973 E:0.00649427 F:0.0973043
743
+ G:0.0737631 H:0.0119931 I:0.12167 K:0.00180854 L:0.157124
744
+ M:0.044721 N:0.0107496 P:0.0283821 Q:0.0143416 R:0.00857182
745
+ S:0.0402204 T:0.0501039 V:0.107462 W:0.0501891 Y:0.0550665;
746
+ }
747
+ ########## STATE ihelixo1 ##########################################
748
+ ihelixo1 { trans
749
+ ihelixo2: 1;
750
+ label M;
751
+ end 0;
752
+ tied_letter ohelixo7;
753
+ }
754
+ ########## STATE ihelixo2 ##########################################
755
+ ihelixo2 { trans
756
+ ihelixo3: 1;
757
+ label M;
758
+ end 0;
759
+ tied_letter ohelixo7;
760
+ }
761
+ ########## STATE ihelixo3 ##########################################
762
+ ihelixo3 { trans
763
+ ihelixo4: 1;
764
+ label M;
765
+ end 0;
766
+ tied_letter ohelixo7;
767
+ }
768
+ ########## STATE ihelixo4 ##########################################
769
+ ihelixo4 { trans
770
+ ihelixo5: 1;
771
+ label M;
772
+ end 0;
773
+ tied_letter ohelixo7;
774
+ }
775
+ ########## STATE ihelixo5 ##########################################
776
+ ihelixo5 { trans
777
+ ihelixo6: 1;
778
+ label M;
779
+ end 0;
780
+ tied_letter ohelixo7;
781
+ }
782
+ ########## STATE ihelixo6 ##########################################
783
+ ihelixo6 { trans
784
+ ihelixo7: 1;
785
+ label M;
786
+ end 0;
787
+ tied_letter ohelixm;
788
+ }
789
+ ########## STATE ihelixo7 ##########################################
790
+ ihelixo7 { trans
791
+ ihelixm: 1;
792
+ label M;
793
+ end 0;
794
+ tied_letter ohelixm;
795
+ }
796
+ ########## STATE ihelixm ###########################################
797
+ ihelixm { trans ihelix2 ihelix3 ihelix4 ihelix5 ihelix6 ihelix7 ihelix8 ihelix9 ihelix10 ihelix11 ihelix12 ihelix13 ihelix14 ihelix15 ihelix16 ihelix17 ihelix18 ihelix19 ihelix20 ihelix21 ihelixi1;
798
+ tied_trans ohelixm;
799
+ label M;
800
+ end 0;
801
+ tied_letter ohelixm;
802
+ }
803
+ ########## STATE ihelix2 ###########################################
804
+ ihelix2 { trans
805
+ ihelix3: 1;
806
+ label M;
807
+ end 0;
808
+ tied_letter ohelixm;
809
+ }
810
+ ########## STATE ihelix3 ###########################################
811
+ ihelix3 { trans
812
+ ihelix4: 1;
813
+ label M;
814
+ end 0;
815
+ tied_letter ohelixm;
816
+ }
817
+ ########## STATE ihelix4 ###########################################
818
+ ihelix4 { trans
819
+ ihelix5: 1;
820
+ label M;
821
+ end 0;
822
+ tied_letter ohelixm;
823
+ }
824
+ ########## STATE ihelix5 ###########################################
825
+ ihelix5 { trans
826
+ ihelix6: 1;
827
+ label M;
828
+ end 0;
829
+ tied_letter ohelixm;
830
+ }
831
+ ########## STATE ihelix6 ###########################################
832
+ ihelix6 { trans
833
+ ihelix7: 1;
834
+ label M;
835
+ end 0;
836
+ tied_letter ohelixm;
837
+ }
838
+ ########## STATE ihelix7 ###########################################
839
+ ihelix7 { trans
840
+ ihelix8: 1;
841
+ label M;
842
+ end 0;
843
+ tied_letter ohelixm;
844
+ }
845
+ ########## STATE ihelix8 ###########################################
846
+ ihelix8 { trans
847
+ ihelix9: 1;
848
+ label M;
849
+ end 0;
850
+ tied_letter ohelixm;
851
+ }
852
+ ########## STATE ihelix9 ###########################################
853
+ ihelix9 { trans
854
+ ihelix10: 1;
855
+ label M;
856
+ end 0;
857
+ tied_letter ohelixm;
858
+ }
859
+ ########## STATE ihelix10 ##########################################
860
+ ihelix10 { trans
861
+ ihelix11: 1;
862
+ label M;
863
+ end 0;
864
+ tied_letter ohelixm;
865
+ }
866
+ ########## STATE ihelix11 ##########################################
867
+ ihelix11 { trans
868
+ ihelix12: 1;
869
+ label M;
870
+ end 0;
871
+ tied_letter ohelixm;
872
+ }
873
+ ########## STATE ihelix12 ##########################################
874
+ ihelix12 { trans
875
+ ihelix13: 1;
876
+ label M;
877
+ end 0;
878
+ tied_letter ohelixm;
879
+ }
880
+ ########## STATE ihelix13 ##########################################
881
+ ihelix13 { trans
882
+ ihelix14: 1;
883
+ label M;
884
+ end 0;
885
+ tied_letter ohelixm;
886
+ }
887
+ ########## STATE ihelix14 ##########################################
888
+ ihelix14 { trans
889
+ ihelix15: 1;
890
+ label M;
891
+ end 0;
892
+ tied_letter ohelixm;
893
+ }
894
+ ########## STATE ihelix15 ##########################################
895
+ ihelix15 { trans
896
+ ihelix16: 1;
897
+ label M;
898
+ end 0;
899
+ tied_letter ohelixm;
900
+ }
901
+ ########## STATE ihelix16 ##########################################
902
+ ihelix16 { trans
903
+ ihelix17: 1;
904
+ label M;
905
+ end 0;
906
+ tied_letter ohelixm;
907
+ }
908
+ ########## STATE ihelix17 ##########################################
909
+ ihelix17 { trans
910
+ ihelix18: 1;
911
+ label M;
912
+ end 0;
913
+ tied_letter ohelixm;
914
+ }
915
+ ########## STATE ihelix18 ##########################################
916
+ ihelix18 { trans
917
+ ihelix19: 1;
918
+ label M;
919
+ end 0;
920
+ tied_letter ohelixm;
921
+ }
922
+ ########## STATE ihelix19 ##########################################
923
+ ihelix19 { trans
924
+ ihelix20: 1;
925
+ label M;
926
+ end 0;
927
+ tied_letter ohelixm;
928
+ }
929
+ ########## STATE ihelix20 ##########################################
930
+ ihelix20 { trans
931
+ ihelix21: 1;
932
+ label M;
933
+ end 0;
934
+ tied_letter ohelixm;
935
+ }
936
+ ########## STATE ihelix21 ##########################################
937
+ ihelix21 { trans
938
+ ihelixi1: 1;
939
+ label M;
940
+ end 0;
941
+ tied_letter ohelixm;
942
+ }
943
+ ########## STATE ihelixi1 ##########################################
944
+ ihelixi1 { trans
945
+ ihelixi2: 1;
946
+ label M;
947
+ end 0;
948
+ tied_letter ohelixm;
949
+ }
950
+ ########## STATE ihelixi2 ##########################################
951
+ ihelixi2 { trans
952
+ ihelixi3: 1;
953
+ label M;
954
+ end 0;
955
+ tied_letter ohelixm;
956
+ }
957
+ ########## STATE ihelixi3 ##########################################
958
+ ihelixi3 { trans
959
+ ihelixi4: 1;
960
+ label M;
961
+ end 0;
962
+ tied_letter ohelixi1;
963
+ }
964
+ ########## STATE ihelixi4 ##########################################
965
+ ihelixi4 { trans
966
+ ihelixi5: 1;
967
+ label M;
968
+ end 0;
969
+ tied_letter ohelixi1;
970
+ }
971
+ ########## STATE ihelixi5 ##########################################
972
+ ihelixi5 { trans
973
+ ihelixi6: 1;
974
+ label M;
975
+ end 0;
976
+ tied_letter ohelixi1;
977
+ }
978
+ ########## STATE ihelixi6 ##########################################
979
+ ihelixi6 { trans
980
+ ihelixi7: 1;
981
+ label M;
982
+ end 0;
983
+ tied_letter ohelixi1;
984
+ }
985
+ ########## STATE ihelixi7 ##########################################
986
+ ihelixi7 { trans
987
+ in10: 1;
988
+ label M;
989
+ end 0;
990
+ tied_letter ohelixi1;
991
+ }