niwrap-freesurfer 0.6.3__py3-none-any.whl → 0.7.0__py3-none-any.whl

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  1. niwrap_freesurfer/freesurfer/__init__.py +714 -0
  2. niwrap_freesurfer/freesurfer/analyzeto4dfp.py +34 -51
  3. niwrap_freesurfer/freesurfer/anatomi_cuts_utils.py +21 -44
  4. niwrap_freesurfer/freesurfer/annot2std.py +70 -77
  5. niwrap_freesurfer/freesurfer/ants_denoise_image_fs.py +25 -47
  6. niwrap_freesurfer/freesurfer/ants_n4_bias_field_correction_fs.py +48 -66
  7. niwrap_freesurfer/freesurfer/aparc2feat.py +45 -61
  8. niwrap_freesurfer/freesurfer/aparc_stats_aseg.py +70 -72
  9. niwrap_freesurfer/freesurfer/aparcstats2table.py +72 -79
  10. niwrap_freesurfer/freesurfer/aparcstatsdiff.py +36 -55
  11. niwrap_freesurfer/freesurfer/apas2aseg.py +34 -56
  12. niwrap_freesurfer/freesurfer/apply_morph.py +30 -49
  13. niwrap_freesurfer/freesurfer/aseg2feat.py +44 -60
  14. niwrap_freesurfer/freesurfer/asegstats2table.py +82 -83
  15. niwrap_freesurfer/freesurfer/asegstatsdiff.py +29 -51
  16. niwrap_freesurfer/freesurfer/avi2talxfm.py +27 -48
  17. niwrap_freesurfer/freesurfer/bblabel.py +46 -61
  18. niwrap_freesurfer/freesurfer/bbmask.py +39 -58
  19. niwrap_freesurfer/freesurfer/bbregister.py +62 -71
  20. niwrap_freesurfer/freesurfer/bedpostx_mgh.py +40 -56
  21. niwrap_freesurfer/freesurfer/beta2sxa.py +33 -54
  22. niwrap_freesurfer/freesurfer/biasfield.py +35 -52
  23. niwrap_freesurfer/freesurfer/bmedits2surf.py +45 -60
  24. niwrap_freesurfer/freesurfer/brec.py +22 -44
  25. niwrap_freesurfer/freesurfer/browse_minc_header_tcl.py +24 -45
  26. niwrap_freesurfer/freesurfer/bugr.py +27 -47
  27. niwrap_freesurfer/freesurfer/build_desikan_killiany_gcs_csh.py +20 -43
  28. niwrap_freesurfer/freesurfer/cblumwmgyri.py +39 -58
  29. niwrap_freesurfer/freesurfer/check_mcr_sh.py +20 -43
  30. niwrap_freesurfer/freesurfer/check_recons_sh.py +25 -48
  31. niwrap_freesurfer/freesurfer/check_subject.py +20 -43
  32. niwrap_freesurfer/freesurfer/compute_interrater_variability_csh.py +35 -55
  33. niwrap_freesurfer/freesurfer/compute_label_volumes_csh.py +42 -59
  34. niwrap_freesurfer/freesurfer/compute_vox2vox.py +24 -49
  35. niwrap_freesurfer/freesurfer/conf2hires.py +67 -70
  36. niwrap_freesurfer/freesurfer/connected_components.py +26 -48
  37. niwrap_freesurfer/freesurfer/cor_to_minc.py +23 -46
  38. niwrap_freesurfer/freesurfer/cp_dicom.py +24 -45
  39. niwrap_freesurfer/freesurfer/create_morph.py +36 -54
  40. niwrap_freesurfer/freesurfer/csvprint.py +20 -43
  41. niwrap_freesurfer/freesurfer/dcmdir_info_mgh.py +29 -53
  42. niwrap_freesurfer/freesurfer/dcmdjpeg_fs.py +104 -88
  43. niwrap_freesurfer/freesurfer/dcmdrle_fs.py +86 -79
  44. niwrap_freesurfer/freesurfer/dcmsplit.py +39 -53
  45. niwrap_freesurfer/freesurfer/dcmunpack.py +111 -97
  46. niwrap_freesurfer/freesurfer/deface_subject.py +27 -48
  47. niwrap_freesurfer/freesurfer/defect2seg.py +40 -56
  48. niwrap_freesurfer/freesurfer/defect_seg.py +68 -70
  49. niwrap_freesurfer/freesurfer/dicom_rename.py +27 -48
  50. niwrap_freesurfer/freesurfer/diffusion_utils.py +20 -43
  51. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_ac_sh.py +21 -44
  52. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_anatomi_cuts.py +33 -51
  53. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_bset.py +54 -69
  54. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_colored_fa.py +23 -46
  55. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_extract_surface_measurements.py +49 -60
  56. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_forrest.py +38 -53
  57. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_group.py +33 -50
  58. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_group_by_endpoints.py +24 -45
  59. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_match.py +42 -56
  60. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_mergepaths.py +33 -50
  61. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_motion.py +52 -66
  62. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_neighboring_regions.py +23 -46
  63. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_paths.py +135 -123
  64. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_pathstats.py +72 -78
  65. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_project_end_points.py +32 -51
  66. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_save_histograms.py +28 -48
  67. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_spline.py +42 -59
  68. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_stats_ac.py +29 -49
  69. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_train.py +83 -79
  70. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_trk2trk.py +94 -92
  71. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_violin_plots.py +24 -45
  72. niwrap_freesurfer/freesurfer/dmri_vox2vox.py +46 -57
  73. niwrap_freesurfer/freesurfer/dt_recon.py +67 -74
  74. niwrap_freesurfer/freesurfer/export_gcam.py +44 -59
  75. niwrap_freesurfer/freesurfer/extract_seg_waveform.py +45 -61
  76. niwrap_freesurfer/freesurfer/exvivo_hemi_proc.py +55 -62
  77. niwrap_freesurfer/freesurfer/feat2segstats.py +66 -71
  78. niwrap_freesurfer/freesurfer/feat2surf.py +48 -63
  79. niwrap_freesurfer/freesurfer/fiducials_calibration.py +23 -46
  80. niwrap_freesurfer/freesurfer/fiducials_correction.py +29 -52
  81. niwrap_freesurfer/freesurfer/fix_subject.py +21 -44
  82. niwrap_freesurfer/freesurfer/fix_subject_corrected.py +22 -44
  83. niwrap_freesurfer/freesurfer/fix_subject_corrected_rh.py +21 -45
  84. niwrap_freesurfer/freesurfer/fix_subject_rh.py +22 -44
  85. niwrap_freesurfer/freesurfer/fixup_mni_paths.py +20 -44
  86. niwrap_freesurfer/freesurfer/flip_4dfp.py +33 -52
  87. niwrap_freesurfer/freesurfer/flirt_newdefault_20080811_sch.py +29 -48
  88. niwrap_freesurfer/freesurfer/fname2ext.py +20 -44
  89. niwrap_freesurfer/freesurfer/fname2stem.py +20 -43
  90. niwrap_freesurfer/freesurfer/freeview.py +21 -44
  91. niwrap_freesurfer/freesurfer/fs_check_version.py +34 -52
  92. niwrap_freesurfer/freesurfer/fs_install_mcr.py +20 -43
  93. niwrap_freesurfer/freesurfer/fs_lib_check.py +30 -50
  94. niwrap_freesurfer/freesurfer/fs_print_help.py +25 -48
  95. niwrap_freesurfer/freesurfer/fs_run_from_mcr.py +28 -48
  96. niwrap_freesurfer/freesurfer/fs_spmreg_glnxa64.py +23 -46
  97. niwrap_freesurfer/freesurfer/fs_temp_dir.py +23 -46
  98. niwrap_freesurfer/freesurfer/fs_temp_file.py +40 -57
  99. niwrap_freesurfer/freesurfer/fs_time.py +32 -52
  100. niwrap_freesurfer/freesurfer/fs_tutorial_data.py +21 -45
  101. niwrap_freesurfer/freesurfer/fs_update.py +27 -47
  102. niwrap_freesurfer/freesurfer/fscalc.py +45 -61
  103. niwrap_freesurfer/freesurfer/fsdcmdecompress.py +31 -50
  104. niwrap_freesurfer/freesurfer/fsl_5_0_2_xyztrans_sch.py +29 -48
  105. niwrap_freesurfer/freesurfer/fsl_label2voxel.py +27 -48
  106. niwrap_freesurfer/freesurfer/fsl_rigid_register.py +80 -83
  107. niwrap_freesurfer/freesurfer/fsl_sub_mgh.py +65 -76
  108. niwrap_freesurfer/freesurfer/fslregister.py +102 -97
  109. niwrap_freesurfer/freesurfer/fspalm.py +49 -59
  110. niwrap_freesurfer/freesurfer/fsr_coreg.py +35 -54
  111. niwrap_freesurfer/freesurfer/fsr_getxopts.py +20 -43
  112. niwrap_freesurfer/freesurfer/fsr_import.py +41 -61
  113. niwrap_freesurfer/freesurfer/fsrealpath.py +22 -44
  114. niwrap_freesurfer/freesurfer/fsvglrun.py +30 -49
  115. niwrap_freesurfer/freesurfer/fvcompare.py +87 -84
  116. niwrap_freesurfer/freesurfer/gauss_4dfp.py +33 -52
  117. niwrap_freesurfer/freesurfer/gca_apply.py +71 -78
  118. niwrap_freesurfer/freesurfer/gcainit.py +20 -43
  119. niwrap_freesurfer/freesurfer/gcaprepone.py +30 -48
  120. niwrap_freesurfer/freesurfer/gcatrain.py +65 -68
  121. niwrap_freesurfer/freesurfer/gcatrainskull.py +20 -43
  122. niwrap_freesurfer/freesurfer/gdcmconv_fs.py +109 -93
  123. niwrap_freesurfer/freesurfer/gems_compute_atlas_probs.py +57 -65
  124. niwrap_freesurfer/freesurfer/get_label_thickness.py +20 -43
  125. niwrap_freesurfer/freesurfer/getfullpath.py +20 -43
  126. niwrap_freesurfer/freesurfer/grad_unwarp.py +44 -60
  127. niwrap_freesurfer/freesurfer/groupstats.py +62 -73
  128. niwrap_freesurfer/freesurfer/groupstatsdiff.py +66 -70
  129. niwrap_freesurfer/freesurfer/gtmseg.py +78 -85
  130. niwrap_freesurfer/freesurfer/hiam_make_surfaces.py +22 -44
  131. niwrap_freesurfer/freesurfer/hiam_make_template.py +26 -46
  132. niwrap_freesurfer/freesurfer/hiam_register.py +25 -47
  133. niwrap_freesurfer/freesurfer/histo_compute_joint_density.py +25 -47
  134. niwrap_freesurfer/freesurfer/histo_register_block.py +34 -52
  135. niwrap_freesurfer/freesurfer/histo_synthesize.py +25 -47
  136. niwrap_freesurfer/freesurfer/ico_supersample.py +26 -48
  137. niwrap_freesurfer/freesurfer/ifh2hdr.py +23 -45
  138. niwrap_freesurfer/freesurfer/imgreg_4dfp.py +30 -48
  139. niwrap_freesurfer/freesurfer/inflate_subject.py +22 -46
  140. niwrap_freesurfer/freesurfer/inflate_subject3.py +22 -44
  141. niwrap_freesurfer/freesurfer/inflate_subject_lh.py +22 -44
  142. niwrap_freesurfer/freesurfer/inflate_subject_new.py +20 -43
  143. niwrap_freesurfer/freesurfer/inflate_subject_new_lh.py +22 -46
  144. niwrap_freesurfer/freesurfer/inflate_subject_new_rh.py +27 -50
  145. niwrap_freesurfer/freesurfer/inflate_subject_rh.py +21 -44
  146. niwrap_freesurfer/freesurfer/inflate_subject_sc.py +25 -47
  147. niwrap_freesurfer/freesurfer/irepifitvol.py +23 -46
  148. niwrap_freesurfer/freesurfer/irepifitvol_glnx64.py +23 -46
  149. niwrap_freesurfer/freesurfer/is_lta.py +27 -50
  150. niwrap_freesurfer/freesurfer/is_surface.py +20 -43
  151. niwrap_freesurfer/freesurfer/isanalyze.py +20 -43
  152. niwrap_freesurfer/freesurfer/isnifti.py +20 -43
  153. niwrap_freesurfer/freesurfer/isolate_labels_csh.py +38 -55
  154. niwrap_freesurfer/freesurfer/isolate_labels_keeporigval_csh.py +33 -56
  155. niwrap_freesurfer/freesurfer/jkgcatrain.py +32 -51
  156. niwrap_freesurfer/freesurfer/label2flat.py +27 -48
  157. niwrap_freesurfer/freesurfer/label2patch.py +43 -57
  158. niwrap_freesurfer/freesurfer/label_elderly_subject.py +28 -49
  159. niwrap_freesurfer/freesurfer/label_subject.py +27 -50
  160. niwrap_freesurfer/freesurfer/label_subject_flash.py +33 -53
  161. niwrap_freesurfer/freesurfer/label_subject_mixed.py +29 -49
  162. niwrap_freesurfer/freesurfer/labels_disjoint.py +25 -47
  163. niwrap_freesurfer/freesurfer/labels_intersect.py +25 -47
  164. niwrap_freesurfer/freesurfer/labels_union.py +25 -47
  165. niwrap_freesurfer/freesurfer/list_otl_labels.py +20 -43
  166. niwrap_freesurfer/freesurfer/listsubj.py +38 -52
  167. niwrap_freesurfer/freesurfer/long_create_base_sigma.py +22 -44
  168. niwrap_freesurfer/freesurfer/long_create_orig.py +26 -50
  169. niwrap_freesurfer/freesurfer/long_mris_slopes.py +106 -96
  170. niwrap_freesurfer/freesurfer/long_qdec_table.py +32 -52
  171. niwrap_freesurfer/freesurfer/long_stats_combine.py +38 -55
  172. niwrap_freesurfer/freesurfer/long_stats_slopes.py +91 -86
  173. niwrap_freesurfer/freesurfer/long_stats_tps.py +36 -53
  174. niwrap_freesurfer/freesurfer/long_submit_jobs.py +83 -82
  175. niwrap_freesurfer/freesurfer/long_submit_postproc.py +43 -59
  176. niwrap_freesurfer/freesurfer/longmc.py +37 -54
  177. niwrap_freesurfer/freesurfer/lpcregister.py +55 -65
  178. niwrap_freesurfer/freesurfer/lta_convert.py +78 -82
  179. niwrap_freesurfer/freesurfer/lta_diff.py +38 -54
  180. niwrap_freesurfer/freesurfer/make_average_subcort.py +29 -50
  181. niwrap_freesurfer/freesurfer/make_average_subject.py +78 -80
  182. niwrap_freesurfer/freesurfer/make_average_surface.py +75 -77
  183. niwrap_freesurfer/freesurfer/make_average_volume.py +54 -63
  184. niwrap_freesurfer/freesurfer/make_cortex_label.py +36 -54
  185. niwrap_freesurfer/freesurfer/make_exvivo_filled.py +26 -46
  186. niwrap_freesurfer/freesurfer/make_folding_atlas.py +68 -77
  187. niwrap_freesurfer/freesurfer/make_hemi_mask.py +25 -47
  188. niwrap_freesurfer/freesurfer/make_segvol_table.py +44 -59
  189. niwrap_freesurfer/freesurfer/make_symmetric.py +28 -49
  190. niwrap_freesurfer/freesurfer/make_upright.py +31 -53
  191. niwrap_freesurfer/freesurfer/makevol.py +59 -76
  192. niwrap_freesurfer/freesurfer/map_all_labels.py +31 -50
  193. niwrap_freesurfer/freesurfer/map_all_labels_lh.py +31 -50
  194. niwrap_freesurfer/freesurfer/map_central_sulcus.py +112 -99
  195. niwrap_freesurfer/freesurfer/map_to_base.py +37 -57
  196. niwrap_freesurfer/freesurfer/meanval.py +27 -48
  197. niwrap_freesurfer/freesurfer/merge_stats_tables.py +61 -71
  198. niwrap_freesurfer/freesurfer/mergeseg.py +37 -55
  199. niwrap_freesurfer/freesurfer/mideface.py +99 -94
  200. niwrap_freesurfer/freesurfer/minc2seqinfo.py +23 -46
  201. niwrap_freesurfer/freesurfer/mkheadsurf.py +94 -91
  202. niwrap_freesurfer/freesurfer/mkima_index_tcl.py +23 -46
  203. niwrap_freesurfer/freesurfer/mkmnc_index_tcl.py +23 -46
  204. niwrap_freesurfer/freesurfer/mksubjdirs.py +33 -50
  205. niwrap_freesurfer/freesurfer/mksurfatlas.py +47 -63
  206. niwrap_freesurfer/freesurfer/mkxsubjreg.py +42 -58
  207. niwrap_freesurfer/freesurfer/mmppsp.py +44 -58
  208. niwrap_freesurfer/freesurfer/mni152reg.py +31 -51
  209. niwrap_freesurfer/freesurfer/morph_only_subject.py +21 -44
  210. niwrap_freesurfer/freesurfer/morph_only_subject_lh.py +21 -45
  211. niwrap_freesurfer/freesurfer/morph_only_subject_rh.py +25 -49
  212. niwrap_freesurfer/freesurfer/morph_rgb_lh.py +20 -43
  213. niwrap_freesurfer/freesurfer/morph_rgb_rh.py +20 -43
  214. niwrap_freesurfer/freesurfer/morph_subject.py +24 -47
  215. niwrap_freesurfer/freesurfer/morph_subject_lh.py +20 -43
  216. niwrap_freesurfer/freesurfer/morph_subject_rh.py +20 -43
  217. niwrap_freesurfer/freesurfer/morph_tables_lh.py +23 -46
  218. niwrap_freesurfer/freesurfer/morph_tables_rh.py +21 -44
  219. niwrap_freesurfer/freesurfer/mpr2mni305.py +20 -43
  220. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_3d_photo_recon.py +53 -64
  221. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_add_new_tp.py +26 -48
  222. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_add_xform_to_header.py +29 -49
  223. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_align_long_csh.py +20 -44
  224. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_and.py +20 -43
  225. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_annotation2label.py +75 -78
  226. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_aparc2aseg.py +69 -73
  227. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_aparc2wmseg.py +30 -50
  228. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_apply_bias.py +25 -47
  229. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_average.py +74 -78
  230. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_binarize.py +109 -100
  231. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_brain_volume.py +29 -50
  232. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_brainvol_stats.py +31 -51
  233. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_ca_label.py +162 -135
  234. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_ca_normalize.py +97 -95
  235. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_ca_register.py +121 -107
  236. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_ca_tissue_parms.py +27 -48
  237. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_ca_train.py +59 -69
  238. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_cal_renormalize_gca.py +29 -49
  239. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_cc.py +54 -67
  240. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_cnr.py +41 -55
  241. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_compile_edits.py +23 -46
  242. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_compute_bias.py +27 -50
  243. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_compute_change_map.py +32 -51
  244. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_compute_distances.py +25 -47
  245. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_compute_layer_fractions.py +60 -71
  246. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_compute_overlap.py +48 -59
  247. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_compute_seg_overlap.py +42 -56
  248. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_compute_volume_fractions.py +87 -87
  249. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_compute_volume_intensities.py +25 -47
  250. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_concat.py +126 -102
  251. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_concatenate_gcam.py +35 -53
  252. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_concatenate_lta.py +48 -60
  253. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_convert.py +65 -71
  254. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_copy_params.py +27 -48
  255. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_copy_values.py +25 -47
  256. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_cor2label.py +55 -68
  257. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_coreg.py +168 -140
  258. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_correct_segmentations.py +22 -44
  259. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_create_t2combined.py +38 -56
  260. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_create_tests.py +73 -78
  261. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_cvs_check.py +30 -49
  262. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_cvs_data_copy.py +28 -47
  263. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_cvs_register.py +83 -81
  264. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_dct_align.py +25 -47
  265. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_dct_align_binary.py +25 -47
  266. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_deface.py +27 -48
  267. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_defacer.py +83 -83
  268. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_diff.py +91 -85
  269. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_dist_surf_label.py +25 -47
  270. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_distance_transform.py +32 -52
  271. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_easyreg.py +45 -60
  272. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_easywarp.py +31 -51
  273. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_edit_segmentation.py +25 -47
  274. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_edit_segmentation_with_surfaces.py +42 -58
  275. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_edit_wm_with_aseg.py +52 -63
  276. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_em_register.py +174 -143
  277. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_entowm_seg.py +90 -90
  278. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_evaluate_morph.py +29 -51
  279. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_extract.py +29 -50
  280. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_extract_fcd_features.py +27 -47
  281. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_extract_label.py +39 -56
  282. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_extract_largest_cc.py +37 -55
  283. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_exvivo_norm.py +57 -67
  284. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_exvivo_strip.py +52 -65
  285. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_fdr.py +40 -61
  286. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_fieldsign.py +76 -76
  287. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_fill.py +66 -74
  288. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_fit_bias.py +53 -66
  289. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_fslmat_to_lta.py +31 -52
  290. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_func2sph.py +42 -58
  291. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_funcvits.py +59 -71
  292. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_fuse_intensity_images.py +27 -48
  293. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_fuse_segmentations.py +41 -59
  294. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_fwhm.py +122 -112
  295. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_gca_ambiguous.py +27 -50
  296. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_gcab_train.py +23 -46
  297. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_gcut.py +31 -51
  298. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_gdfglm.py +25 -47
  299. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_glmfit.py +195 -148
  300. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_glmfit_sim.py +106 -102
  301. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_gradient_info.py +20 -44
  302. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_gradunwarp.py +50 -64
  303. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_gtmpvc.py +177 -140
  304. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_gtmseg.py +66 -71
  305. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_hausdorff_dist.py +42 -59
  306. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_head.py +31 -49
  307. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_hires_register.py +27 -48
  308. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_histo_eq.py +22 -44
  309. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_info.py +126 -98
  310. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_jacobian.py +49 -60
  311. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_joint_density.py +25 -47
  312. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_label2label.py +149 -127
  313. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_label2vol.py +71 -78
  314. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_label_histo.py +27 -48
  315. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_label_vals.py +26 -46
  316. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_label_volume.py +62 -71
  317. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_linear_align.py +24 -45
  318. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_linear_align_binary.py +28 -49
  319. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_linear_register.py +25 -47
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  321. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_long_normalize.py +51 -65
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  323. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_make_uchar.py +50 -65
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  330. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_mcsim.py +79 -81
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  333. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_modify.py +46 -56
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  336. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_motion_correct2.py +42 -57
  337. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_ms_fitparms.py +106 -95
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  343. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_nu_correct_mni.py +49 -61
  344. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_or.py +22 -44
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  354. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_relabel_hypointensities.py +25 -47
  355. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_relabel_nonwm_hypos.py +32 -51
  356. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_remove_neck.py +27 -48
  357. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_reorient_lr_csh.py +33 -51
  358. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_rf_label.py +133 -118
  359. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_rf_long_label.py +21 -44
  360. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_rf_long_train.py +41 -57
  361. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_rf_train.py +40 -55
  362. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_ribbon.py +30 -50
  363. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_rigid_register.py +25 -47
  364. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_robust_register.py +159 -135
  365. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_robust_template.py +112 -100
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  367. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_sclimbic_seg.py +81 -81
  368. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_seg_diff.py +49 -64
  369. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_seg_overlap.py +44 -59
  370. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_segcentroids.py +36 -54
  371. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_seghead.py +58 -67
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  384. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_surf2volseg.py +91 -88
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  387. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_synthesize.py +37 -55
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  389. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_synthseg.py +60 -70
  390. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_synthsr.py +44 -58
  391. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_synthsr_hyperfine.py +36 -56
  392. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_synthstrip.py +40 -58
  393. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_tessellate.py +32 -51
  394. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_threshold.py +33 -52
  395. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_topologycorrection.py +22 -45
  396. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_train.py +23 -46
  397. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_transform.py +30 -50
  398. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_twoclass.py +34 -52
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  400. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_vessel_segment.py +29 -49
  401. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_vol2label.py +52 -65
  402. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_vol2surf.py +46 -62
  403. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_vol2vol.py +138 -119
  404. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_volcluster.py +156 -133
  405. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_voldiff.py +42 -57
  406. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_volsynth.py +141 -122
  407. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_warp_convert.py +60 -71
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  410. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_xvolavg.py +28 -49
  411. niwrap_freesurfer/freesurfer/mri_z2p.py +55 -64
  412. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris2rgb.py +20 -43
  413. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_aa_shrinkwrap.py +39 -56
  414. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_add_template.py +21 -45
  415. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_anatomical_stats.py +58 -69
  416. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_annot_diff.py +26 -46
  417. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_annot_to_segmentation.py +31 -50
  418. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_apply_reg.py +77 -79
  419. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_autodet_gwstats.py +62 -72
  420. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_average_curvature.py +32 -49
  421. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_ba_segment.py +27 -48
  422. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_ca_deform.py +29 -49
  423. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_ca_label.py +71 -77
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  432. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_congeal.py +60 -68
  433. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_convert.py +114 -101
  434. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_copy_header.py +29 -51
  435. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_curvature.py +59 -76
  436. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_curvature2image.py +36 -53
  437. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_curvature_stats.py +113 -100
  438. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_defects_pointset.py +34 -54
  439. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_deform.py +27 -48
  440. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_diff.py +91 -86
  441. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_distance_map.py +23 -46
  442. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_distance_to_label.py +26 -48
  443. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_distance_transform.py +38 -55
  444. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_divide_parcellation.py +39 -57
  445. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_entropy.py +34 -53
  446. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_errors.py +20 -43
  447. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_estimate_wm.py +40 -55
  448. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_euler_number.py +24 -47
  449. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_expand.py +36 -54
  450. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_extract_main_component.py +23 -46
  451. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_extract_patches.py +22 -44
  452. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_extract_values.py +35 -54
  453. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_exvivo_surfaces.py +44 -62
  454. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_fill.py +32 -53
  455. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_find_flat_regions.py +28 -50
  456. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_fix_topology.py +96 -94
  457. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_flatten.py +40 -57
  458. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_fwhm.py +96 -89
  459. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_gradient.py +25 -47
  460. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_hausdorff_dist.py +31 -50
  461. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_image2vtk.py +37 -53
  462. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_inflate.py +42 -58
  463. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_info.py +80 -82
  464. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_init_global_tractography.py +24 -45
  465. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_intensity_profile.py +60 -71
  466. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_interpolate_warp.py +24 -45
  467. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_jacobian.py +31 -50
  468. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_label2annot.py +54 -65
  469. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_label_area.py +36 -52
  470. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_label_calc.py +30 -50
  471. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_label_mode.py +36 -52
  472. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_left_right_register.py +28 -49
  473. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_make_average_surface.py +61 -71
  474. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_make_face_parcellation.py +32 -51
  475. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_make_surfaces.py +170 -141
  476. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_make_template.py +55 -64
  477. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_map_cuts.py +22 -44
  478. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_mef_surfaces.py +39 -57
  479. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_merge_parcellations.py +31 -49
  480. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_mesh_subdivide.py +29 -50
  481. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_morph_stats.py +31 -52
  482. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_ms_refine.py +47 -63
  483. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_multimodal.py +42 -57
  484. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_multimodal_surface_placement.py +51 -59
  485. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_multiscale_stats.py +30 -48
  486. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_niters2fwhm.py +40 -53
  487. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_nudge.py +28 -48
  488. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_parcellate_connectivity.py +28 -49
  489. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_place_surface.py +134 -114
  490. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_pmake.py +69 -80
  491. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_preproc.py +149 -124
  492. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_profile_clustering.py +26 -48
  493. niwrap_freesurfer/freesurfer/mris_refine_surfaces.py +39 -56
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