nimare 0.4.2rc4__py3-none-any.whl

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Files changed (119) hide show
  1. benchmarks/__init__.py +0 -0
  2. benchmarks/bench_cbma.py +57 -0
  3. nimare/__init__.py +45 -0
  4. nimare/_version.py +21 -0
  5. nimare/annotate/__init__.py +21 -0
  6. nimare/annotate/cogat.py +213 -0
  7. nimare/annotate/gclda.py +924 -0
  8. nimare/annotate/lda.py +147 -0
  9. nimare/annotate/text.py +75 -0
  10. nimare/annotate/utils.py +87 -0
  11. nimare/base.py +217 -0
  12. nimare/cli.py +124 -0
  13. nimare/correct.py +462 -0
  14. nimare/dataset.py +685 -0
  15. nimare/decode/__init__.py +33 -0
  16. nimare/decode/base.py +115 -0
  17. nimare/decode/continuous.py +462 -0
  18. nimare/decode/discrete.py +753 -0
  19. nimare/decode/encode.py +110 -0
  20. nimare/decode/utils.py +44 -0
  21. nimare/diagnostics.py +510 -0
  22. nimare/estimator.py +139 -0
  23. nimare/extract/__init__.py +19 -0
  24. nimare/extract/extract.py +466 -0
  25. nimare/extract/utils.py +295 -0
  26. nimare/generate.py +331 -0
  27. nimare/io.py +635 -0
  28. nimare/meta/__init__.py +39 -0
  29. nimare/meta/cbma/__init__.py +6 -0
  30. nimare/meta/cbma/ale.py +951 -0
  31. nimare/meta/cbma/base.py +947 -0
  32. nimare/meta/cbma/mkda.py +1361 -0
  33. nimare/meta/cbmr.py +970 -0
  34. nimare/meta/ibma.py +1683 -0
  35. nimare/meta/kernel.py +501 -0
  36. nimare/meta/models.py +1199 -0
  37. nimare/meta/utils.py +494 -0
  38. nimare/nimads.py +492 -0
  39. nimare/reports/__init__.py +24 -0
  40. nimare/reports/base.py +664 -0
  41. nimare/reports/default.yml +123 -0
  42. nimare/reports/figures.py +651 -0
  43. nimare/reports/report.tpl +160 -0
  44. nimare/resources/__init__.py +1 -0
  45. nimare/resources/atlases/Harvard-Oxford-LICENSE +93 -0
  46. nimare/resources/atlases/HarvardOxford-cort-maxprob-thr25-2mm.nii.gz +0 -0
  47. nimare/resources/database_file_manifest.json +142 -0
  48. nimare/resources/english_spellings.csv +1738 -0
  49. nimare/resources/filenames.json +32 -0
  50. nimare/resources/neurosynth_laird_studies.json +58773 -0
  51. nimare/resources/neurosynth_stoplist.txt +396 -0
  52. nimare/resources/nidm_pain_dset.json +1349 -0
  53. nimare/resources/references.bib +541 -0
  54. nimare/resources/semantic_knowledge_children.txt +325 -0
  55. nimare/resources/semantic_relatedness_children.txt +249 -0
  56. nimare/resources/templates/MNI152_2x2x2_brainmask.nii.gz +0 -0
  57. nimare/resources/templates/tpl-MNI152NLin6Asym_res-01_T1w.nii.gz +0 -0
  58. nimare/resources/templates/tpl-MNI152NLin6Asym_res-01_desc-brain_mask.nii.gz +0 -0
  59. nimare/resources/templates/tpl-MNI152NLin6Asym_res-02_T1w.nii.gz +0 -0
  60. nimare/resources/templates/tpl-MNI152NLin6Asym_res-02_desc-brain_mask.nii.gz +0 -0
  61. nimare/results.py +225 -0
  62. nimare/stats.py +276 -0
  63. nimare/tests/__init__.py +1 -0
  64. nimare/tests/conftest.py +229 -0
  65. nimare/tests/data/amygdala_roi.nii.gz +0 -0
  66. nimare/tests/data/data-neurosynth_version-7_coordinates.tsv.gz +0 -0
  67. nimare/tests/data/data-neurosynth_version-7_metadata.tsv.gz +0 -0
  68. nimare/tests/data/data-neurosynth_version-7_vocab-terms_source-abstract_type-tfidf_features.npz +0 -0
  69. nimare/tests/data/data-neurosynth_version-7_vocab-terms_vocabulary.txt +100 -0
  70. nimare/tests/data/neurosynth_dset.json +2868 -0
  71. nimare/tests/data/neurosynth_laird_studies.json +58773 -0
  72. nimare/tests/data/nidm_pain_dset.json +1349 -0
  73. nimare/tests/data/nimads_annotation.json +1 -0
  74. nimare/tests/data/nimads_studyset.json +1 -0
  75. nimare/tests/data/test_baseline.txt +2 -0
  76. nimare/tests/data/test_pain_dataset.json +1278 -0
  77. nimare/tests/data/test_pain_dataset_multiple_contrasts.json +1242 -0
  78. nimare/tests/data/test_sleuth_file.txt +18 -0
  79. nimare/tests/data/test_sleuth_file2.txt +10 -0
  80. nimare/tests/data/test_sleuth_file3.txt +5 -0
  81. nimare/tests/data/test_sleuth_file4.txt +5 -0
  82. nimare/tests/data/test_sleuth_file5.txt +5 -0
  83. nimare/tests/test_annotate_cogat.py +32 -0
  84. nimare/tests/test_annotate_gclda.py +86 -0
  85. nimare/tests/test_annotate_lda.py +27 -0
  86. nimare/tests/test_dataset.py +99 -0
  87. nimare/tests/test_decode_continuous.py +132 -0
  88. nimare/tests/test_decode_discrete.py +92 -0
  89. nimare/tests/test_diagnostics.py +168 -0
  90. nimare/tests/test_estimator_performance.py +385 -0
  91. nimare/tests/test_extract.py +46 -0
  92. nimare/tests/test_generate.py +247 -0
  93. nimare/tests/test_io.py +240 -0
  94. nimare/tests/test_meta_ale.py +298 -0
  95. nimare/tests/test_meta_cbmr.py +295 -0
  96. nimare/tests/test_meta_ibma.py +240 -0
  97. nimare/tests/test_meta_kernel.py +209 -0
  98. nimare/tests/test_meta_mkda.py +234 -0
  99. nimare/tests/test_nimads.py +21 -0
  100. nimare/tests/test_reports.py +110 -0
  101. nimare/tests/test_stats.py +101 -0
  102. nimare/tests/test_transforms.py +272 -0
  103. nimare/tests/test_utils.py +200 -0
  104. nimare/tests/test_workflows.py +221 -0
  105. nimare/tests/utils.py +126 -0
  106. nimare/transforms.py +907 -0
  107. nimare/utils.py +1367 -0
  108. nimare/workflows/__init__.py +14 -0
  109. nimare/workflows/base.py +189 -0
  110. nimare/workflows/cbma.py +165 -0
  111. nimare/workflows/ibma.py +108 -0
  112. nimare/workflows/macm.py +77 -0
  113. nimare/workflows/misc.py +65 -0
  114. nimare-0.4.2rc4.dist-info/LICENSE +21 -0
  115. nimare-0.4.2rc4.dist-info/METADATA +124 -0
  116. nimare-0.4.2rc4.dist-info/RECORD +119 -0
  117. nimare-0.4.2rc4.dist-info/WHEEL +5 -0
  118. nimare-0.4.2rc4.dist-info/entry_points.txt +2 -0
  119. nimare-0.4.2rc4.dist-info/top_level.txt +2 -0
nimare/resources/semantic_knowledge_children.txt ADDED
@@ -0,0 +1,325 @@
1
+ // Reference=MNI
2
+ // arnoldussen2006nc
3
+ // Subjects=11
4
+ 13.807 -46.707 33.481
5
+ 53.986 -38.108 50.253
6
+ -41.695 18.753 27.514
7
+ 53.661 -4.812 -6.399
8
+ -24.658 -78.872 -6.092
9
+ 34.924 -87.221 -2.396
10
+ 4.227 -31.767 44.494
11
+ 64.289 -37.614 14.407
12
+ -37.452 -59.209 -8.040
13
+ -44.843 -11.993 -5.112
14
+ 37.666 -61.768 -10.695
15
+ 18.242 -65.559 32.892
16
+
17
+ // arnoldussen2006rm
18
+ // Subjects=11
19
+ -27.594 -71.719 -9.669
20
+ 1.117 -36.844 41.052
21
+ -38.666 13.330 30.053
22
+ 58.235 -37.692 33.219
23
+ 62.480 -35.127 16.450
24
+ 26.376 -75.297 -11.215
25
+ 15.464 -91.296 -5.176
26
+ 37.477 -87.757 -4.053
27
+ -0.957 39.244 38.375
28
+ 39.276 -50.604 -19.233
29
+ 2.931 10.768 -9.577
30
+
31
+ // backes2002
32
+ // Subjects=8
33
+ -43.940 19.247 -14.099
34
+ -39.564 37.905 6.590
35
+ -47.845 7.673 29.294
36
+ 39.764 12.428 27.889
37
+ -0.686 16.013 50.357
38
+ 36.005 -65.733 63.483
39
+ -39.190 -98.814 0.208
40
+ 22.863 -99.872 8.506
41
+
42
+ // balsamo2002
43
+ // Subjects=11
44
+ -52.168 -38.991 4.262
45
+ -62.926 -24.422 0.934
46
+ -63.031 -10.133 -6.955
47
+ 67.395 -15.353 -3.554
48
+ 54.708 -38.179 5.197
49
+ 63.273 -37.957 7.310
50
+ -7.108 -104.966 0.356
51
+ -30.575 -102.478 7.108
52
+ -11.218 -107.680 20.704
53
+ 16.558 -105.398 20.194
54
+ 27.145 -106.362 6.771
55
+ 35.579 -98.708 -5.120
56
+ -60.762 -59.275 -9.551
57
+ 26.884 -87.099 -19.376
58
+ 35.360 -76.816 -24.797
59
+ 48.160 -65.994 -23.621
60
+ -7.279 -36.436 5.763
61
+ 3.351 -80.895 -19.626
62
+ -37.415 -47.644 -26.407
63
+ 7.219 64.308 -14.005
64
+ -3.483 64.073 -16.092
65
+ 26.445 62.138 -16.274
66
+ -43.649 -72.204 -13.124
67
+ 56.416 12.305 -30.282
68
+ -22.669 64.472 -9.214
69
+ -52.110 18.736 35.107
70
+
71
+ // balsamo2006
72
+ // Subjects=23
73
+ -41.434 7.712 29.218
74
+ -56.483 22.083 23.724
75
+ -43.981 21.020 -18.708
76
+ -0.700 29.044 53.725
77
+ -7.281 51.412 40.773
78
+ -7.314 51.069 36.341
79
+ -60.801 -48.700 -10.437
80
+ -35.292 -30.199 -21.203
81
+ -48.012 -57.768 -18.745
82
+
83
+ // bauer2017
84
+ // Subjects=14
85
+ 39.000 -64.000 -26.000
86
+ -6.000 8.000 64.000
87
+ -33.000 -67.000 46.000
88
+ -21.000 -31.000 -2.000
89
+ -6.000 -28.000 28.000
90
+ -9.000 47.000 -23.000
91
+ 33.000 26.000 1.000
92
+ -9.000 -13.000 13.000
93
+ 51.000 -58.000 46.000
94
+ 33.000 26.000 34.000
95
+ 66.000 -40.000 1.000
96
+ 24.000 -25.000 -5.000
97
+
98
+ // berl2014
99
+ // Subjects=57
100
+ -48.000 28.000 8.000
101
+ -52.000 34.000 -6.000
102
+ -44.000 16.000 26.000
103
+ -44.000 8.000 34.000
104
+ -52.000 14.000 -4.000
105
+ -36.000 -50.000 -20.000
106
+ 0.000 18.000 46.000
107
+ 32.000 -62.000 -24.000
108
+ -4.000 14.000 52.000
109
+ 36.000 28.000 -8.000
110
+ 54.000 -26.000 4.000
111
+ 50.000 22.000 24.000
112
+ -10.000 2.000 16.000
113
+ -6.000 -12.000 10.000
114
+ 10.000 8.000 12.000
115
+
116
+ // brauer2007
117
+ // Subjects=12
118
+ -46.156 17.321 -25.064
119
+ -49.239 11.985 -11.198
120
+ -61.855 -9.013 7.435
121
+ -45.974 -3.857 -9.907
122
+ -45.803 -15.261 7.775
123
+ -55.264 -43.355 16.931
124
+ -42.403 -39.592 23.159
125
+ -49.153 9.584 -0.961
126
+ -42.740 16.223 1.754
127
+ -33.197 15.510 -8.333
128
+ -36.267 13.604 8.590
129
+ -58.359 -52.120 27.738
130
+ -3.997 25.882 40.646
131
+ -20.216 0.754 6.138
132
+ -32.864 9.077 32.350
133
+ 56.564 9.446 -12.201
134
+ 63.061 0.482 -4.832
135
+ 50.213 0.148 -8.003
136
+ 53.528 -15.180 -0.064
137
+ 37.597 -20.849 10.631
138
+ 63.242 -27.297 7.532
139
+ 12.078 6.688 38.726
140
+ 5.778 -71.283 21.918
141
+ 11.672 -63.438 -42.374
142
+
143
+ // gaillard2001
144
+ // Subjects=9
145
+ -21.092 -91.732 -6.169
146
+ -49.928 13.718 38.848
147
+ -56.520 -34.329 -3.885
148
+ -53.552 29.135 -9.241
149
+
150
+ // gaillard2003
151
+ // Subjects=16
152
+ -0.685 20.414 52.219
153
+ -45.699 14.373 33.169
154
+ -58.868 15.099 -11.349
155
+ -12.033 59.621 -17.851
156
+ 37.290 24.306 -10.995
157
+ -17.769 -106.974 2.877
158
+ -11.703 3.720 2.446
159
+ 20.701 -102.342 4.277
160
+ -0.832 -22.852 15.701
161
+ 11.814 1.746 2.341
162
+ -53.767 -72.958 60.659
163
+ -2.868 41.892 54.903
164
+ -56.769 38.889 -6.677
165
+
166
+ // horowitzkraus2015
167
+ // Subjects=23
168
+ 34.000 -70.000 36.000
169
+ 2.000 -62.000 40.000
170
+ 6.000 52.000 42.000
171
+ 44.000 -54.000 30.000
172
+ 52.000 -52.000 2.000
173
+ 30.000 -48.000 46.000
174
+ 20.000 -50.000 -4.000
175
+ 2.000 32.000 38.000
176
+ 44.000 -64.000 6.000
177
+ 48.000 28.000 14.000
178
+ 22.000 -32.000 -10.000
179
+ 38.000 4.000 32.000
180
+ 34.000 -50.000 -10.000
181
+ 46.000 -50.000 -8.000
182
+ 44.000 16.000 24.000
183
+ 32.000 -66.000 -6.000
184
+ -24.000 -68.000 44.000
185
+ 0.000 28.000 50.000
186
+ -38.000 14.000 42.000
187
+ -38.000 2.000 34.000
188
+ -30.000 -52.000 46.000
189
+ -40.000 -56.000 32.000
190
+ -42.000 16.000 22.000
191
+ -22.000 -34.000 -8.000
192
+ -32.000 18.000 0.000
193
+ -40.000 22.000 4.000
194
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+
197
+ // krishnan2015
198
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199
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200
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201
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202
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203
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204
+
205
+ // krishnan2021
206
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229
+
230
+ // meyler2008
231
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232
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245
+
246
+ // mooreparks2010
247
+ // Subjects=23
248
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249
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263
+
264
+ // siok2004
265
+ // Subjects=8
266
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+
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285
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288
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289
+ // Subjects=20
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291
+
292
+ // szaflarski2006
293
+ // Subjects=29
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+
305
+ // vannest2012
306
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+
312
+ // wu2016
313
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314
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325
+ 39.000 -19.000 54.000
nimare/resources/semantic_relatedness_children.txt ADDED
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1
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2
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3
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7
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+
14
+ // booth2003
15
+ // Subjects=15
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+
21
+ // booth2007
22
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23
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38
+
39
+ // cao2008
40
+ // Subjects=13
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50
+
51
+ // chou2006a
52
+ // Subjects=35
53
+ -53.102 9.641 41.457
54
+ 36.243 25.614 -7.747
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59
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61
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69
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70
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71
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73
+
74
+ // chou2006b
75
+ // Subjects=26
76
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77
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79
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81
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90
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91
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92
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93
+ 33.450 29.878 47.687
94
+
95
+ // chou2009
96
+ // Subjects=33
97
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+
118
+ // chou2019
119
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121
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125
+
126
+ // fan2020
127
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131
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132
+
133
+ // lee2011aud
134
+ // Subjects=23
135
+ -48.000 30.000 -3.000
136
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137
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139
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157
+ // lee2011vis
158
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+
176
+ // lee2016
177
+ // Subjects=30
178
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179
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+
185
+ // mathur2020
186
+ // Subjects=19
187
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