biotite 0.39.0__cp312-cp312-win_amd64.whl → 0.41.0__cp312-cp312-win_amd64.whl

biotite/structure/io/pdbx/legacy.py

@@ -0,0 +1,267 @@
+# This source code is part of the Biotite package and is distributed
+# under the 3-Clause BSD License. Please see 'LICENSE.rst' for further
+# information.
+
+__name__ = "biotite.structure.io.pdbx"
+__author__ = "Patrick Kunzmann"
+__all__ = ["PDBxFile"]
+
+import copy
+from collections.abc import MutableMapping
+import warnings
+from .cif import CIFFile, CIFBlock, CIFCategory, CIFColumn
+from ....file import File, InvalidFileError
+
+
+class PDBxFile(File, MutableMapping):
+    """
+    This class represents the legacy interface to CIF files.
+
+    The categories of the file can be accessed using the
+    :meth:`get_category()`/:meth:`set_category()` methods.
+    The content of each category is represented by a dictionary.
+    The dictionary contains the entry
+    (e.g. *label_entity_id* in *atom_site*) as key.
+    The corresponding values are either strings in *non-looped*
+    categories, or 1-D numpy arrays of string objects in case of
+    *looped* categories.
+
+    A category can be changed or added using :meth:`set_category()`:
+    If a string-valued dictionary is provided, a *non-looped* category
+    will be created; if an array-valued dictionary is given, a
+    *looped* category will be created. In case of arrays, it is
+    important that all arrays have the same size.
+
+    Alternatively, The content of this file can also be read/write
+    accessed using dictionary-like indexing:
+    You can either provide a data block and a category or only a
+    category, in which case the first data block is taken.
+
+    DEPRECATED: Use :class:`CIFFile` instead.
+
+    Notes
+    -----
+    This class is also able to detect and parse multiline entries in the
+    file. However, when writing a category no multiline values are used.
+    This could lead to long lines.
+
+    This class uses a lazy category dictionary creation: When reading
+    the file only the line positions of all categories are checked. The
+    time consuming task of dictionary creation is done when
+    :meth:`get_category()` is called.
+
+    Examples
+    --------
+    Read the file and get author names:
+
+    >>> import os.path
+    >>> file = PDBxFile.read(os.path.join(path_to_structures, "1l2y.cif"))
+    >>> author_dict = file.get_category("citation_author", block="1L2Y")
+    >>> print(author_dict["name"])
+    ['Neidigh, J.W.' 'Fesinmeyer, R.M.' 'Andersen, N.H.']
+
+    Dictionary style indexing, no specification of data block:
+
+    >>> print(file["citation_author"]["name"])
+    ['Neidigh, J.W.' 'Fesinmeyer, R.M.' 'Andersen, N.H.']
+
+    Get the structure from the file:
+
+    >>> arr = get_structure(file)
+    >>> print(type(arr).__name__)
+    AtomArrayStack
+    >>> arr = get_structure(file, model=1)
+    >>> print(type(arr).__name__)
+    AtomArray
+
+    Modify atom array and write it back into the file:
+
+    >>> arr_mod = rotate(arr, [1,2,3])
+    >>> set_structure(file, arr_mod)
+    >>> file.write(os.path.join(path_to_directory, "1l2y_mod.cif"))
+    """
+
+    def __init__(self):
+        warnings.warn(
+            "'PDBxFile' is deprecated, use 'CIFFile' instead",
+            DeprecationWarning
+        )
+        super().__init__()
+        self._cif_file = CIFFile()
+
+    @property
+    def cif_file(self):
+        return self._cif_file
+
+    @property
+    def lines(self):
+        return self._cif_file.lines
+
+    @classmethod
+    def read(cls, file):
+        """
+        Read a PDBx/mmCIF file.
+
+        Parameters
+        ----------
+        file : file-like object or str
+            The file to be read.
+            Alternatively a file path can be supplied.
+
+        Returns
+        -------
+        file_object : PDBxFile
+            The parsed file.
+        """
+        pdbx_file = PDBxFile()
+        pdbx_file._cif_file = CIFFile.read(file)
+        return pdbx_file
+
+    def write(self, file):
+        self._cif_file.write(file)
+
+
+    def get_block_names(self):
+        """
+        Get the names of all data blocks in the file.
+
+        Returns
+        -------
+        blocks : list
+            List of data block names.
+        """
+        return sorted(self._cif_file.keys())
+
+    def get_category(self, category, block=None, expect_looped=False):
+        """
+        Get the dictionary for a given category.
+
+        Parameters
+        ----------
+        category : string
+            The name of the category. The leading underscore is omitted.
+        block : string, optional
+            The name of the data block. Default is the first
+            (and most times only) data block of the file.
+        expect_looped : bool, optional
+            If set to true, the returned dictionary will always contain
+            arrays (only if the category exists):
+            If the category is *non-looped*, each array will contain
+            only one element.
+
+        Returns
+        -------
+        category_dict : dict of (str or ndarray, dtype=str) or None
+            A entry keyed dictionary. The corresponding values are
+            strings or array of strings for *non-looped* and
+            *looped* categories, respectively.
+            Returns None, if the data block does not contain the given
+            category.
+        """
+        if block is None:
+            try:
+                block = self.get_block_names()[0]
+            except IndexError:
+                raise InvalidFileError("File is empty")
+
+        if category not in self._cif_file[block]:
+            return None
+
+        category_dict = {}
+        for column_name, column in self._cif_file[block][category].items():
+            if not expect_looped and len(column) == 1:
+                category_dict[column_name] = column.as_item()
+            else:
+                category_dict[column_name] = column.as_array()
+        return category_dict
+
+    def set_category(self, category, category_dict, block=None):
+        """
+        Set the content of a category.
+
+        If the category is already existing, all lines corresponding
+        to the category are replaced. Otherwise a new category is
+        created and the lines are appended at the end of the data block.
+
+        Parameters
+        ----------
+        category : string
+            The name of the category. The leading underscore is omitted.
+        category_dict : dict
+            The category content. The dictionary must have strings
+            (subcategories) as keys and strings or :class:`ndarray`
+            objects as values.
+        block : string, optional
+            The name of the data block. Default is the first
+            (and most times only) data block of the file. If the
+            block is not contained in the file yet, a new block is
+            appended at the end of the file.
+        """
+        if block is None:
+            try:
+                block = self.get_block_names()[0]
+            except IndexError:
+                raise InvalidFileError(
+                    "File is empty, give an explicit data block"
+                )
+
+        if block not in self._cif_file:
+            self._cif_file = CIFBlock()
+        self._cif_file[block][category] = CIFCategory({
+            column_name: CIFColumn(array)
+            for column_name, array in category_dict.items()
+        })
+
+    def __copy_fill__(self, clone):
+        super().__copy_fill__(clone)
+        clone._cif_file = copy.deepcopy(self._cif_file)
+
+    def __setitem__(self, index, item):
+        block, category_name = self._full_index(index)
+        self.set_category(category_name, item, block=block)
+
+    def __getitem__(self, index):
+        block, category_name = self._full_index(index)
+        return self.get_category(category_name, block=block)
+
+    def __delitem__(self, index):
+        block, category_name = self._full_index(index)
+        del self._cif_file[block][category_name]
+
+    def __contains__(self, index):
+        block, category_name = self._full_index(index)
+        return (block, category_name) in self._categories
+
+    def __iter__(self):
+        try:
+            block = self.get_block_names()[0]
+        except IndexError:
+            raise InvalidFileError(
+                "File is empty, give an explicit data block"
+            )
+
+        return iter(self._cif_file[block])
+
+    def __len__(self):
+        try:
+            block = self.get_block_names()[0]
+        except IndexError:
+            raise InvalidFileError(
+                "File is empty, give an explicit data block"
+            )
+
+        return len(self._cif_file[block])
+
+    def _full_index(self, index):
+        """
+        Converts a an integer or tuple index into a block and a category
+        name.
+        """
+        if isinstance(index, tuple):
+            return index[0], index[1]
+        elif isinstance(index, str):
+            return self.get_block_names()[0], index
+        else:
+            raise TypeError(
+                f"'{type(index).__name__}' is an invalid index type"
+            )

biotite/structure/molecules.py

@@ -30,7 +30,7 @@ def get_molecule_indices(array):
     array : AtomArray or AtomArrayStack or BondList
         The input structure with an associated :class:`BondList`.
         Alternatively, the :class:`BondList` can be directly supplied.
-    
+
     Returns
     -------
     indices : list of ndarray, dtype=int
@@ -38,7 +38,7 @@ def get_molecule_indices(array):
         atoms of a single molecule.
         Consequently, the length of this list is equal to the number of
         molecules in the input `array`.
-    
+
     See also
     --------
     get_molecule_masks
@@ -63,54 +63,54 @@ def get_molecule_indices(array):
     >>> print(len(indices))
     2
     >>> print(atp[indices[0]])
-    HET         0  ATP PG     P         1.200   -0.226   -6.850
-    HET         0  ATP O1G    O         1.740    1.140   -6.672
-    HET         0  ATP O2G    O         2.123   -1.036   -7.891
-    HET         0  ATP O3G    O        -0.302   -0.139   -7.421
-    HET         0  ATP PB     P         0.255   -0.130   -4.446
-    HET         0  ATP O1B    O         0.810    1.234   -4.304
-    HET         0  ATP O2B    O        -1.231   -0.044   -5.057
-    HET         0  ATP O3B    O         1.192   -0.990   -5.433
-    HET         0  ATP PA     P        -0.745    0.068   -2.071
-    HET         0  ATP O1A    O        -2.097    0.143   -2.669
-    HET         0  ATP O2A    O        -0.125    1.549   -1.957
-    HET         0  ATP O3A    O         0.203   -0.840   -3.002
-    HET         0  ATP HOG2   H         2.100   -0.546   -8.725
-    HET         0  ATP HOG3   H        -0.616   -1.048   -7.522
-    HET         0  ATP HOB2   H        -1.554   -0.952   -5.132
-    HET         0  ATP HOA2   H         0.752    1.455   -1.563
+    HET         0  ATP PG     P         1.200   -0.230   -6.850
+    HET         0  ATP O1G    O         1.740    1.140   -6.670
+    HET         0  ATP O2G    O         2.120   -1.040   -7.890
+    HET         0  ATP O3G    O        -0.300   -0.140   -7.420
+    HET         0  ATP PB     P         0.260   -0.130   -4.450
+    HET         0  ATP O1B    O         0.810    1.230   -4.300
+    HET         0  ATP O2B    O        -1.230   -0.040   -5.060
+    HET         0  ATP O3B    O         1.190   -0.990   -5.430
+    HET         0  ATP PA     P        -0.740    0.070   -2.070
+    HET         0  ATP O1A    O        -2.100    0.140   -2.670
+    HET         0  ATP O2A    O        -0.120    1.550   -1.960
+    HET         0  ATP O3A    O         0.200   -0.840   -3.000
+    HET         0  ATP HOG2   H         2.100   -0.550   -8.730
+    HET         0  ATP HOG3   H        -0.620   -1.050   -7.520
+    HET         0  ATP HOB2   H        -1.550   -0.950   -5.130
+    HET         0  ATP HOA2   H         0.750    1.460   -1.560
     >>> print(atp[indices[1]])
-    HET         0  ATP O5'    O        -0.844   -0.587   -0.604
-    HET         0  ATP C5'    C        -1.694    0.260    0.170
-    HET         0  ATP C4'    C        -1.831   -0.309    1.584
-    HET         0  ATP O4'    O        -0.542   -0.355    2.234
-    HET         0  ATP C3'    C        -2.683    0.630    2.465
-    HET         0  ATP O3'    O        -4.033    0.165    2.534
-    HET         0  ATP C2'    C        -2.011    0.555    3.856
-    HET         0  ATP O2'    O        -2.926    0.043    4.827
-    HET         0  ATP C1'    C        -0.830   -0.418    3.647
-    HET         0  ATP N9     N         0.332    0.015    4.425
-    HET         0  ATP C8     C         1.302    0.879    4.012
-    HET         0  ATP N7     N         2.184    1.042    4.955
-    HET         0  ATP C5     C         1.833    0.300    6.033
-    HET         0  ATP C6     C         2.391    0.077    7.303
-    HET         0  ATP N6     N         3.564    0.706    7.681
-    HET         0  ATP N1     N         1.763   -0.747    8.135
-    HET         0  ATP C2     C         0.644   -1.352    7.783
-    HET         0  ATP N3     N         0.088   -1.178    6.602
-    HET         0  ATP C4     C         0.644   -0.371    5.704
-    HET         0  ATP H5'1   H        -2.678    0.312   -0.296
-    HET         0  ATP H5'2   H        -1.263    1.259    0.221
-    HET         0  ATP H4'    H        -2.275   -1.304    1.550
-    HET         0  ATP H3'    H        -2.651    1.649    2.078
-    HET         0  ATP HO3'   H        -4.515    0.788    3.094
-    HET         0  ATP H2'    H        -1.646    1.537    4.157
-    HET         0  ATP HO2'   H        -3.667    0.662    4.867
-    HET         0  ATP H1'    H        -1.119   -1.430    3.931
-    HET         0  ATP H8     H         1.334    1.357    3.044
-    HET         0  ATP HN61   H         3.938    0.548    8.562
-    HET         0  ATP HN62   H         4.015    1.303    7.064
-    HET         0  ATP H2     H         0.166   -2.014    8.490
+    HET         0  ATP O5'    O        -0.840   -0.590   -0.600
+    HET         0  ATP C5'    C        -1.690    0.260    0.170
+    HET         0  ATP C4'    C        -1.830   -0.310    1.580
+    HET         0  ATP O4'    O        -0.540   -0.360    2.230
+    HET         0  ATP C3'    C        -2.680    0.630    2.460
+    HET         0  ATP O3'    O        -4.030    0.160    2.530
+    HET         0  ATP C2'    C        -2.010    0.560    3.860
+    HET         0  ATP O2'    O        -2.930    0.040    4.830
+    HET         0  ATP C1'    C        -0.830   -0.420    3.650
+    HET         0  ATP N9     N         0.330    0.020    4.430
+    HET         0  ATP C8     C         1.300    0.880    4.010
+    HET         0  ATP N7     N         2.180    1.040    4.960
+    HET         0  ATP C5     C         1.830    0.300    6.030
+    HET         0  ATP C6     C         2.390    0.080    7.300
+    HET         0  ATP N6     N         3.560    0.710    7.680
+    HET         0  ATP N1     N         1.760   -0.750    8.140
+    HET         0  ATP C2     C         0.640   -1.350    7.780
+    HET         0  ATP N3     N         0.090   -1.180    6.600
+    HET         0  ATP C4     C         0.640   -0.370    5.700
+    HET         0  ATP H5'1   H        -2.680    0.310   -0.300
+    HET         0  ATP H5'2   H        -1.260    1.260    0.220
+    HET         0  ATP H4'    H        -2.280   -1.300    1.550
+    HET         0  ATP H3'    H        -2.650    1.650    2.080
+    HET         0  ATP HO3'   H        -4.520    0.790    3.090
+    HET         0  ATP H2'    H        -1.650    1.540    4.160
+    HET         0  ATP HO2'   H        -3.670    0.660    4.870
+    HET         0  ATP H1'    H        -1.120   -1.430    3.930
+    HET         0  ATP H8     H         1.330    1.360    3.040
+    HET         0  ATP HN61   H         3.940    0.550    8.560
+    HET         0  ATP HN62   H         4.020    1.300    7.060
+    HET         0  ATP H2     H         0.170   -2.010    8.490
     """
     if isinstance(array, BondList):
         bonds = array
@@ -123,7 +123,7 @@ def get_molecule_indices(array):
             f"Expected a 'BondList', 'AtomArray' or 'AtomArrayStack', "
             f"not '{type(array).__name__}'"
         )
-    
+
     molecule_indices = []
     visited_mask = np.zeros(bonds.get_atom_count(), dtype=bool)
     while not visited_mask.all():
@@ -148,15 +148,15 @@ def get_molecule_masks(array):
     array : AtomArray, shape=(n,) or AtomArrayStack, shape=(m,n) or BondList
         The input structure with an associated :class:`BondList`.
         Alternatively, the :class:`BondList` can be directly supplied.
-    
+
     Returns
     -------
-    masks : ndarray, shape=(k,n), dtype=bool, 
+    masks : ndarray, shape=(k,n), dtype=bool,
         Each element in the array is a boolean mask referring to the
         atoms of a single molecule.
         Consequently, the length of this list is equal to the number of
         molecules in the input `array`.
-    
+
     See also
     --------
     get_molecule_indices
@@ -181,54 +181,54 @@ def get_molecule_masks(array):
     >>> print(len(masks))
     2
     >>> print(atp[masks[0]])
-    HET         0  ATP PG     P         1.200   -0.226   -6.850
-    HET         0  ATP O1G    O         1.740    1.140   -6.672
-    HET         0  ATP O2G    O         2.123   -1.036   -7.891
-    HET         0  ATP O3G    O        -0.302   -0.139   -7.421
-    HET         0  ATP PB     P         0.255   -0.130   -4.446
-    HET         0  ATP O1B    O         0.810    1.234   -4.304
-    HET         0  ATP O2B    O        -1.231   -0.044   -5.057
-    HET         0  ATP O3B    O         1.192   -0.990   -5.433
-    HET         0  ATP PA     P        -0.745    0.068   -2.071
-    HET         0  ATP O1A    O        -2.097    0.143   -2.669
-    HET         0  ATP O2A    O        -0.125    1.549   -1.957
-    HET         0  ATP O3A    O         0.203   -0.840   -3.002
-    HET         0  ATP HOG2   H         2.100   -0.546   -8.725
-    HET         0  ATP HOG3   H        -0.616   -1.048   -7.522
-    HET         0  ATP HOB2   H        -1.554   -0.952   -5.132
-    HET         0  ATP HOA2   H         0.752    1.455   -1.563
+    HET         0  ATP PG     P         1.200   -0.230   -6.850
+    HET         0  ATP O1G    O         1.740    1.140   -6.670
+    HET         0  ATP O2G    O         2.120   -1.040   -7.890
+    HET         0  ATP O3G    O        -0.300   -0.140   -7.420
+    HET         0  ATP PB     P         0.260   -0.130   -4.450
+    HET         0  ATP O1B    O         0.810    1.230   -4.300
+    HET         0  ATP O2B    O        -1.230   -0.040   -5.060
+    HET         0  ATP O3B    O         1.190   -0.990   -5.430
+    HET         0  ATP PA     P        -0.740    0.070   -2.070
+    HET         0  ATP O1A    O        -2.100    0.140   -2.670
+    HET         0  ATP O2A    O        -0.120    1.550   -1.960
+    HET         0  ATP O3A    O         0.200   -0.840   -3.000
+    HET         0  ATP HOG2   H         2.100   -0.550   -8.730
+    HET         0  ATP HOG3   H        -0.620   -1.050   -7.520
+    HET         0  ATP HOB2   H        -1.550   -0.950   -5.130
+    HET         0  ATP HOA2   H         0.750    1.460   -1.560
     >>> print(atp[masks[1]])
-    HET         0  ATP O5'    O        -0.844   -0.587   -0.604
-    HET         0  ATP C5'    C        -1.694    0.260    0.170
-    HET         0  ATP C4'    C        -1.831   -0.309    1.584
-    HET         0  ATP O4'    O        -0.542   -0.355    2.234
-    HET         0  ATP C3'    C        -2.683    0.630    2.465
-    HET         0  ATP O3'    O        -4.033    0.165    2.534
-    HET         0  ATP C2'    C        -2.011    0.555    3.856
-    HET         0  ATP O2'    O        -2.926    0.043    4.827
-    HET         0  ATP C1'    C        -0.830   -0.418    3.647
-    HET         0  ATP N9     N         0.332    0.015    4.425
-    HET         0  ATP C8     C         1.302    0.879    4.012
-    HET         0  ATP N7     N         2.184    1.042    4.955
-    HET         0  ATP C5     C         1.833    0.300    6.033
-    HET         0  ATP C6     C         2.391    0.077    7.303
-    HET         0  ATP N6     N         3.564    0.706    7.681
-    HET         0  ATP N1     N         1.763   -0.747    8.135
-    HET         0  ATP C2     C         0.644   -1.352    7.783
-    HET         0  ATP N3     N         0.088   -1.178    6.602
-    HET         0  ATP C4     C         0.644   -0.371    5.704
-    HET         0  ATP H5'1   H        -2.678    0.312   -0.296
-    HET         0  ATP H5'2   H        -1.263    1.259    0.221
-    HET         0  ATP H4'    H        -2.275   -1.304    1.550
-    HET         0  ATP H3'    H        -2.651    1.649    2.078
-    HET         0  ATP HO3'   H        -4.515    0.788    3.094
-    HET         0  ATP H2'    H        -1.646    1.537    4.157
-    HET         0  ATP HO2'   H        -3.667    0.662    4.867
-    HET         0  ATP H1'    H        -1.119   -1.430    3.931
-    HET         0  ATP H8     H         1.334    1.357    3.044
-    HET         0  ATP HN61   H         3.938    0.548    8.562
-    HET         0  ATP HN62   H         4.015    1.303    7.064
-    HET         0  ATP H2     H         0.166   -2.014    8.490
+    HET         0  ATP O5'    O        -0.840   -0.590   -0.600
+    HET         0  ATP C5'    C        -1.690    0.260    0.170
+    HET         0  ATP C4'    C        -1.830   -0.310    1.580
+    HET         0  ATP O4'    O        -0.540   -0.360    2.230
+    HET         0  ATP C3'    C        -2.680    0.630    2.460
+    HET         0  ATP O3'    O        -4.030    0.160    2.530
+    HET         0  ATP C2'    C        -2.010    0.560    3.860
+    HET         0  ATP O2'    O        -2.930    0.040    4.830
+    HET         0  ATP C1'    C        -0.830   -0.420    3.650
+    HET         0  ATP N9     N         0.330    0.020    4.430
+    HET         0  ATP C8     C         1.300    0.880    4.010
+    HET         0  ATP N7     N         2.180    1.040    4.960
+    HET         0  ATP C5     C         1.830    0.300    6.030
+    HET         0  ATP C6     C         2.390    0.080    7.300
+    HET         0  ATP N6     N         3.560    0.710    7.680
+    HET         0  ATP N1     N         1.760   -0.750    8.140
+    HET         0  ATP C2     C         0.640   -1.350    7.780
+    HET         0  ATP N3     N         0.090   -1.180    6.600
+    HET         0  ATP C4     C         0.640   -0.370    5.700
+    HET         0  ATP H5'1   H        -2.680    0.310   -0.300
+    HET         0  ATP H5'2   H        -1.260    1.260    0.220
+    HET         0  ATP H4'    H        -2.280   -1.300    1.550
+    HET         0  ATP H3'    H        -2.650    1.650    2.080
+    HET         0  ATP HO3'   H        -4.520    0.790    3.090
+    HET         0  ATP H2'    H        -1.650    1.540    4.160
+    HET         0  ATP HO2'   H        -3.670    0.660    4.870
+    HET         0  ATP H1'    H        -1.120   -1.430    3.930
+    HET         0  ATP H8     H         1.330    1.360    3.040
+    HET         0  ATP HN61   H         3.940    0.550    8.560
+    HET         0  ATP HN62   H         4.020    1.300    7.060
+    HET         0  ATP H2     H         0.170   -2.010    8.490
     """
     if isinstance(array, BondList):
         bonds = array
@@ -241,7 +241,7 @@ def get_molecule_masks(array):
             f"Expected a 'BondList', 'AtomArray' or 'AtomArrayStack', "
             f"not '{type(array).__name__}'"
         )
-    
+
     molecule_indices = get_molecule_indices(bonds)
     molecule_masks = np.zeros(
         (len(molecule_indices), bonds.get_atom_count()),
@@ -265,12 +265,12 @@ def molecule_iter(array):
     ----------
     array : AtomArray or AtomArrayStack
         The input structure with an associated :class:`BondList`.
-    
+
     Yields
     ------
     molecule : AtomArray or AtomArrayStack
         A single molecule of the input `array`.
-    
+
     See also
     --------
     get_molecule_indices
@@ -289,61 +289,61 @@ def molecule_iter(array):
     ...     print(molecule)
     ...     print()
     New molecule
-    HET         0  ATP PG     P         1.200   -0.226   -6.850
-    HET         0  ATP O1G    O         1.740    1.140   -6.672
-    HET         0  ATP O2G    O         2.123   -1.036   -7.891
-    HET         0  ATP O3G    O        -0.302   -0.139   -7.421
-    HET         0  ATP PB     P         0.255   -0.130   -4.446
-    HET         0  ATP O1B    O         0.810    1.234   -4.304
-    HET         0  ATP O2B    O        -1.231   -0.044   -5.057
-    HET         0  ATP O3B    O         1.192   -0.990   -5.433
-    HET         0  ATP PA     P        -0.745    0.068   -2.071
-    HET         0  ATP O1A    O        -2.097    0.143   -2.669
-    HET         0  ATP O2A    O        -0.125    1.549   -1.957
-    HET         0  ATP O3A    O         0.203   -0.840   -3.002
-    HET         0  ATP HOG2   H         2.100   -0.546   -8.725
-    HET         0  ATP HOG3   H        -0.616   -1.048   -7.522
-    HET         0  ATP HOB2   H        -1.554   -0.952   -5.132
-    HET         0  ATP HOA2   H         0.752    1.455   -1.563
+    HET         0  ATP PG     P         1.200   -0.230   -6.850
+    HET         0  ATP O1G    O         1.740    1.140   -6.670
+    HET         0  ATP O2G    O         2.120   -1.040   -7.890
+    HET         0  ATP O3G    O        -0.300   -0.140   -7.420
+    HET         0  ATP PB     P         0.260   -0.130   -4.450
+    HET         0  ATP O1B    O         0.810    1.230   -4.300
+    HET         0  ATP O2B    O        -1.230   -0.040   -5.060
+    HET         0  ATP O3B    O         1.190   -0.990   -5.430
+    HET         0  ATP PA     P        -0.740    0.070   -2.070
+    HET         0  ATP O1A    O        -2.100    0.140   -2.670
+    HET         0  ATP O2A    O        -0.120    1.550   -1.960
+    HET         0  ATP O3A    O         0.200   -0.840   -3.000
+    HET         0  ATP HOG2   H         2.100   -0.550   -8.730
+    HET         0  ATP HOG3   H        -0.620   -1.050   -7.520
+    HET         0  ATP HOB2   H        -1.550   -0.950   -5.130
+    HET         0  ATP HOA2   H         0.750    1.460   -1.560
     <BLANKLINE>
     New molecule
-    HET         0  ATP O5'    O        -0.844   -0.587   -0.604
-    HET         0  ATP C5'    C        -1.694    0.260    0.170
-    HET         0  ATP C4'    C        -1.831   -0.309    1.584
-    HET         0  ATP O4'    O        -0.542   -0.355    2.234
-    HET         0  ATP C3'    C        -2.683    0.630    2.465
-    HET         0  ATP O3'    O        -4.033    0.165    2.534
-    HET         0  ATP C2'    C        -2.011    0.555    3.856
-    HET         0  ATP O2'    O        -2.926    0.043    4.827
-    HET         0  ATP C1'    C        -0.830   -0.418    3.647
-    HET         0  ATP N9     N         0.332    0.015    4.425
-    HET         0  ATP C8     C         1.302    0.879    4.012
-    HET         0  ATP N7     N         2.184    1.042    4.955
-    HET         0  ATP C5     C         1.833    0.300    6.033
-    HET         0  ATP C6     C         2.391    0.077    7.303
-    HET         0  ATP N6     N         3.564    0.706    7.681
-    HET         0  ATP N1     N         1.763   -0.747    8.135
-    HET         0  ATP C2     C         0.644   -1.352    7.783
-    HET         0  ATP N3     N         0.088   -1.178    6.602
-    HET         0  ATP C4     C         0.644   -0.371    5.704
-    HET         0  ATP H5'1   H        -2.678    0.312   -0.296
-    HET         0  ATP H5'2   H        -1.263    1.259    0.221
-    HET         0  ATP H4'    H        -2.275   -1.304    1.550
-    HET         0  ATP H3'    H        -2.651    1.649    2.078
-    HET         0  ATP HO3'   H        -4.515    0.788    3.094
-    HET         0  ATP H2'    H        -1.646    1.537    4.157
-    HET         0  ATP HO2'   H        -3.667    0.662    4.867
-    HET         0  ATP H1'    H        -1.119   -1.430    3.931
-    HET         0  ATP H8     H         1.334    1.357    3.044
-    HET         0  ATP HN61   H         3.938    0.548    8.562
-    HET         0  ATP HN62   H         4.015    1.303    7.064
-    HET         0  ATP H2     H         0.166   -2.014    8.490
+    HET         0  ATP O5'    O        -0.840   -0.590   -0.600
+    HET         0  ATP C5'    C        -1.690    0.260    0.170
+    HET         0  ATP C4'    C        -1.830   -0.310    1.580
+    HET         0  ATP O4'    O        -0.540   -0.360    2.230
+    HET         0  ATP C3'    C        -2.680    0.630    2.460
+    HET         0  ATP O3'    O        -4.030    0.160    2.530
+    HET         0  ATP C2'    C        -2.010    0.560    3.860
+    HET         0  ATP O2'    O        -2.930    0.040    4.830
+    HET         0  ATP C1'    C        -0.830   -0.420    3.650
+    HET         0  ATP N9     N         0.330    0.020    4.430
+    HET         0  ATP C8     C         1.300    0.880    4.010
+    HET         0  ATP N7     N         2.180    1.040    4.960
+    HET         0  ATP C5     C         1.830    0.300    6.030
+    HET         0  ATP C6     C         2.390    0.080    7.300
+    HET         0  ATP N6     N         3.560    0.710    7.680
+    HET         0  ATP N1     N         1.760   -0.750    8.140
+    HET         0  ATP C2     C         0.640   -1.350    7.780
+    HET         0  ATP N3     N         0.090   -1.180    6.600
+    HET         0  ATP C4     C         0.640   -0.370    5.700
+    HET         0  ATP H5'1   H        -2.680    0.310   -0.300
+    HET         0  ATP H5'2   H        -1.260    1.260    0.220
+    HET         0  ATP H4'    H        -2.280   -1.300    1.550
+    HET         0  ATP H3'    H        -2.650    1.650    2.080
+    HET         0  ATP HO3'   H        -4.520    0.790    3.090
+    HET         0  ATP H2'    H        -1.650    1.540    4.160
+    HET         0  ATP HO2'   H        -3.670    0.660    4.870
+    HET         0  ATP H1'    H        -1.120   -1.430    3.930
+    HET         0  ATP H8     H         1.330    1.360    3.040
+    HET         0  ATP HN61   H         3.940    0.550    8.560
+    HET         0  ATP HN62   H         4.020    1.300    7.060
+    HET         0  ATP H2     H         0.170   -2.010    8.490
     <BLANKLINE>
     """
     if array.bonds is None:
         raise ValueError("An associated BondList is required")
     bonds = array.bonds
-    
+
     visited_mask = np.zeros(bonds.get_atom_count(), dtype=bool)
     while not visited_mask.all():
         # Take the first atom that has not been considered yet as root