biotite 0.38.0__cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl → 0.40.0__cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl

biotite/structure/molecules.py

@@ -30,7 +30,7 @@ def get_molecule_indices(array):
     array : AtomArray or AtomArrayStack or BondList
         The input structure with an associated :class:`BondList`.
         Alternatively, the :class:`BondList` can be directly supplied.
-    
+
     Returns
     -------
     indices : list of ndarray, dtype=int
@@ -38,7 +38,7 @@ def get_molecule_indices(array):
         atoms of a single molecule.
         Consequently, the length of this list is equal to the number of
         molecules in the input `array`.
-    
+
     See also
     --------
     get_molecule_masks
@@ -63,54 +63,54 @@ def get_molecule_indices(array):
     >>> print(len(indices))
     2
     >>> print(atp[indices[0]])
-    HET         0  ATP PG     P         1.200   -0.226   -6.850
-    HET         0  ATP O1G    O         1.740    1.140   -6.672
-    HET         0  ATP O2G    O         2.123   -1.036   -7.891
-    HET         0  ATP O3G    O        -0.302   -0.139   -7.421
-    HET         0  ATP PB     P         0.255   -0.130   -4.446
-    HET         0  ATP O1B    O         0.810    1.234   -4.304
-    HET         0  ATP O2B    O        -1.231   -0.044   -5.057
-    HET         0  ATP O3B    O         1.192   -0.990   -5.433
-    HET         0  ATP PA     P        -0.745    0.068   -2.071
-    HET         0  ATP O1A    O        -2.097    0.143   -2.669
-    HET         0  ATP O2A    O        -0.125    1.549   -1.957
-    HET         0  ATP O3A    O         0.203   -0.840   -3.002
-    HET         0  ATP HOG2   H         2.100   -0.546   -8.725
-    HET         0  ATP HOG3   H        -0.616   -1.048   -7.522
-    HET         0  ATP HOB2   H        -1.554   -0.952   -5.132
-    HET         0  ATP HOA2   H         0.752    1.455   -1.563
+    HET         0  ATP PG     P         1.200   -0.230   -6.850
+    HET         0  ATP O1G    O         1.740    1.140   -6.670
+    HET         0  ATP O2G    O         2.120   -1.040   -7.890
+    HET         0  ATP O3G    O        -0.300   -0.140   -7.420
+    HET         0  ATP PB     P         0.260   -0.130   -4.450
+    HET         0  ATP O1B    O         0.810    1.230   -4.300
+    HET         0  ATP O2B    O        -1.230   -0.040   -5.060
+    HET         0  ATP O3B    O         1.190   -0.990   -5.430
+    HET         0  ATP PA     P        -0.740    0.070   -2.070
+    HET         0  ATP O1A    O        -2.100    0.140   -2.670
+    HET         0  ATP O2A    O        -0.120    1.550   -1.960
+    HET         0  ATP O3A    O         0.200   -0.840   -3.000
+    HET         0  ATP HOG2   H         2.100   -0.550   -8.730
+    HET         0  ATP HOG3   H        -0.620   -1.050   -7.520
+    HET         0  ATP HOB2   H        -1.550   -0.950   -5.130
+    HET         0  ATP HOA2   H         0.750    1.460   -1.560
     >>> print(atp[indices[1]])
-    HET         0  ATP O5'    O        -0.844   -0.587   -0.604
-    HET         0  ATP C5'    C        -1.694    0.260    0.170
-    HET         0  ATP C4'    C        -1.831   -0.309    1.584
-    HET         0  ATP O4'    O        -0.542   -0.355    2.234
-    HET         0  ATP C3'    C        -2.683    0.630    2.465
-    HET         0  ATP O3'    O        -4.033    0.165    2.534
-    HET         0  ATP C2'    C        -2.011    0.555    3.856
-    HET         0  ATP O2'    O        -2.926    0.043    4.827
-    HET         0  ATP C1'    C        -0.830   -0.418    3.647
-    HET         0  ATP N9     N         0.332    0.015    4.425
-    HET         0  ATP C8     C         1.302    0.879    4.012
-    HET         0  ATP N7     N         2.184    1.042    4.955
-    HET         0  ATP C5     C         1.833    0.300    6.033
-    HET         0  ATP C6     C         2.391    0.077    7.303
-    HET         0  ATP N6     N         3.564    0.706    7.681
-    HET         0  ATP N1     N         1.763   -0.747    8.135
-    HET         0  ATP C2     C         0.644   -1.352    7.783
-    HET         0  ATP N3     N         0.088   -1.178    6.602
-    HET         0  ATP C4     C         0.644   -0.371    5.704
-    HET         0  ATP H5'1   H        -2.678    0.312   -0.296
-    HET         0  ATP H5'2   H        -1.263    1.259    0.221
-    HET         0  ATP H4'    H        -2.275   -1.304    1.550
-    HET         0  ATP H3'    H        -2.651    1.649    2.078
-    HET         0  ATP HO3'   H        -4.515    0.788    3.094
-    HET         0  ATP H2'    H        -1.646    1.537    4.157
-    HET         0  ATP HO2'   H        -3.667    0.662    4.867
-    HET         0  ATP H1'    H        -1.119   -1.430    3.931
-    HET         0  ATP H8     H         1.334    1.357    3.044
-    HET         0  ATP HN61   H         3.938    0.548    8.562
-    HET         0  ATP HN62   H         4.015    1.303    7.064
-    HET         0  ATP H2     H         0.166   -2.014    8.490
+    HET         0  ATP O5'    O        -0.840   -0.590   -0.600
+    HET         0  ATP C5'    C        -1.690    0.260    0.170
+    HET         0  ATP C4'    C        -1.830   -0.310    1.580
+    HET         0  ATP O4'    O        -0.540   -0.360    2.230
+    HET         0  ATP C3'    C        -2.680    0.630    2.460
+    HET         0  ATP O3'    O        -4.030    0.160    2.530
+    HET         0  ATP C2'    C        -2.010    0.560    3.860
+    HET         0  ATP O2'    O        -2.930    0.040    4.830
+    HET         0  ATP C1'    C        -0.830   -0.420    3.650
+    HET         0  ATP N9     N         0.330    0.020    4.430
+    HET         0  ATP C8     C         1.300    0.880    4.010
+    HET         0  ATP N7     N         2.180    1.040    4.960
+    HET         0  ATP C5     C         1.830    0.300    6.030
+    HET         0  ATP C6     C         2.390    0.080    7.300
+    HET         0  ATP N6     N         3.560    0.710    7.680
+    HET         0  ATP N1     N         1.760   -0.750    8.140
+    HET         0  ATP C2     C         0.640   -1.350    7.780
+    HET         0  ATP N3     N         0.090   -1.180    6.600
+    HET         0  ATP C4     C         0.640   -0.370    5.700
+    HET         0  ATP H5'1   H        -2.680    0.310   -0.300
+    HET         0  ATP H5'2   H        -1.260    1.260    0.220
+    HET         0  ATP H4'    H        -2.280   -1.300    1.550
+    HET         0  ATP H3'    H        -2.650    1.650    2.080
+    HET         0  ATP HO3'   H        -4.520    0.790    3.090
+    HET         0  ATP H2'    H        -1.650    1.540    4.160
+    HET         0  ATP HO2'   H        -3.670    0.660    4.870
+    HET         0  ATP H1'    H        -1.120   -1.430    3.930
+    HET         0  ATP H8     H         1.330    1.360    3.040
+    HET         0  ATP HN61   H         3.940    0.550    8.560
+    HET         0  ATP HN62   H         4.020    1.300    7.060
+    HET         0  ATP H2     H         0.170   -2.010    8.490
     """
     if isinstance(array, BondList):
         bonds = array
@@ -123,7 +123,7 @@ def get_molecule_indices(array):
             f"Expected a 'BondList', 'AtomArray' or 'AtomArrayStack', "
             f"not '{type(array).__name__}'"
         )
-    
+
     molecule_indices = []
     visited_mask = np.zeros(bonds.get_atom_count(), dtype=bool)
     while not visited_mask.all():
@@ -148,15 +148,15 @@ def get_molecule_masks(array):
     array : AtomArray, shape=(n,) or AtomArrayStack, shape=(m,n) or BondList
         The input structure with an associated :class:`BondList`.
         Alternatively, the :class:`BondList` can be directly supplied.
-    
+
     Returns
     -------
-    masks : ndarray, shape=(k,n), dtype=bool, 
+    masks : ndarray, shape=(k,n), dtype=bool,
         Each element in the array is a boolean mask referring to the
         atoms of a single molecule.
         Consequently, the length of this list is equal to the number of
         molecules in the input `array`.
-    
+
     See also
     --------
     get_molecule_indices
@@ -181,54 +181,54 @@ def get_molecule_masks(array):
     >>> print(len(masks))
     2
     >>> print(atp[masks[0]])
-    HET         0  ATP PG     P         1.200   -0.226   -6.850
-    HET         0  ATP O1G    O         1.740    1.140   -6.672
-    HET         0  ATP O2G    O         2.123   -1.036   -7.891
-    HET         0  ATP O3G    O        -0.302   -0.139   -7.421
-    HET         0  ATP PB     P         0.255   -0.130   -4.446
-    HET         0  ATP O1B    O         0.810    1.234   -4.304
-    HET         0  ATP O2B    O        -1.231   -0.044   -5.057
-    HET         0  ATP O3B    O         1.192   -0.990   -5.433
-    HET         0  ATP PA     P        -0.745    0.068   -2.071
-    HET         0  ATP O1A    O        -2.097    0.143   -2.669
-    HET         0  ATP O2A    O        -0.125    1.549   -1.957
-    HET         0  ATP O3A    O         0.203   -0.840   -3.002
-    HET         0  ATP HOG2   H         2.100   -0.546   -8.725
-    HET         0  ATP HOG3   H        -0.616   -1.048   -7.522
-    HET         0  ATP HOB2   H        -1.554   -0.952   -5.132
-    HET         0  ATP HOA2   H         0.752    1.455   -1.563
+    HET         0  ATP PG     P         1.200   -0.230   -6.850
+    HET         0  ATP O1G    O         1.740    1.140   -6.670
+    HET         0  ATP O2G    O         2.120   -1.040   -7.890
+    HET         0  ATP O3G    O        -0.300   -0.140   -7.420
+    HET         0  ATP PB     P         0.260   -0.130   -4.450
+    HET         0  ATP O1B    O         0.810    1.230   -4.300
+    HET         0  ATP O2B    O        -1.230   -0.040   -5.060
+    HET         0  ATP O3B    O         1.190   -0.990   -5.430
+    HET         0  ATP PA     P        -0.740    0.070   -2.070
+    HET         0  ATP O1A    O        -2.100    0.140   -2.670
+    HET         0  ATP O2A    O        -0.120    1.550   -1.960
+    HET         0  ATP O3A    O         0.200   -0.840   -3.000
+    HET         0  ATP HOG2   H         2.100   -0.550   -8.730
+    HET         0  ATP HOG3   H        -0.620   -1.050   -7.520
+    HET         0  ATP HOB2   H        -1.550   -0.950   -5.130
+    HET         0  ATP HOA2   H         0.750    1.460   -1.560
     >>> print(atp[masks[1]])
-    HET         0  ATP O5'    O        -0.844   -0.587   -0.604
-    HET         0  ATP C5'    C        -1.694    0.260    0.170
-    HET         0  ATP C4'    C        -1.831   -0.309    1.584
-    HET         0  ATP O4'    O        -0.542   -0.355    2.234
-    HET         0  ATP C3'    C        -2.683    0.630    2.465
-    HET         0  ATP O3'    O        -4.033    0.165    2.534
-    HET         0  ATP C2'    C        -2.011    0.555    3.856
-    HET         0  ATP O2'    O        -2.926    0.043    4.827
-    HET         0  ATP C1'    C        -0.830   -0.418    3.647
-    HET         0  ATP N9     N         0.332    0.015    4.425
-    HET         0  ATP C8     C         1.302    0.879    4.012
-    HET         0  ATP N7     N         2.184    1.042    4.955
-    HET         0  ATP C5     C         1.833    0.300    6.033
-    HET         0  ATP C6     C         2.391    0.077    7.303
-    HET         0  ATP N6     N         3.564    0.706    7.681
-    HET         0  ATP N1     N         1.763   -0.747    8.135
-    HET         0  ATP C2     C         0.644   -1.352    7.783
-    HET         0  ATP N3     N         0.088   -1.178    6.602
-    HET         0  ATP C4     C         0.644   -0.371    5.704
-    HET         0  ATP H5'1   H        -2.678    0.312   -0.296
-    HET         0  ATP H5'2   H        -1.263    1.259    0.221
-    HET         0  ATP H4'    H        -2.275   -1.304    1.550
-    HET         0  ATP H3'    H        -2.651    1.649    2.078
-    HET         0  ATP HO3'   H        -4.515    0.788    3.094
-    HET         0  ATP H2'    H        -1.646    1.537    4.157
-    HET         0  ATP HO2'   H        -3.667    0.662    4.867
-    HET         0  ATP H1'    H        -1.119   -1.430    3.931
-    HET         0  ATP H8     H         1.334    1.357    3.044
-    HET         0  ATP HN61   H         3.938    0.548    8.562
-    HET         0  ATP HN62   H         4.015    1.303    7.064
-    HET         0  ATP H2     H         0.166   -2.014    8.490
+    HET         0  ATP O5'    O        -0.840   -0.590   -0.600
+    HET         0  ATP C5'    C        -1.690    0.260    0.170
+    HET         0  ATP C4'    C        -1.830   -0.310    1.580
+    HET         0  ATP O4'    O        -0.540   -0.360    2.230
+    HET         0  ATP C3'    C        -2.680    0.630    2.460
+    HET         0  ATP O3'    O        -4.030    0.160    2.530
+    HET         0  ATP C2'    C        -2.010    0.560    3.860
+    HET         0  ATP O2'    O        -2.930    0.040    4.830
+    HET         0  ATP C1'    C        -0.830   -0.420    3.650
+    HET         0  ATP N9     N         0.330    0.020    4.430
+    HET         0  ATP C8     C         1.300    0.880    4.010
+    HET         0  ATP N7     N         2.180    1.040    4.960
+    HET         0  ATP C5     C         1.830    0.300    6.030
+    HET         0  ATP C6     C         2.390    0.080    7.300
+    HET         0  ATP N6     N         3.560    0.710    7.680
+    HET         0  ATP N1     N         1.760   -0.750    8.140
+    HET         0  ATP C2     C         0.640   -1.350    7.780
+    HET         0  ATP N3     N         0.090   -1.180    6.600
+    HET         0  ATP C4     C         0.640   -0.370    5.700
+    HET         0  ATP H5'1   H        -2.680    0.310   -0.300
+    HET         0  ATP H5'2   H        -1.260    1.260    0.220
+    HET         0  ATP H4'    H        -2.280   -1.300    1.550
+    HET         0  ATP H3'    H        -2.650    1.650    2.080
+    HET         0  ATP HO3'   H        -4.520    0.790    3.090
+    HET         0  ATP H2'    H        -1.650    1.540    4.160
+    HET         0  ATP HO2'   H        -3.670    0.660    4.870
+    HET         0  ATP H1'    H        -1.120   -1.430    3.930
+    HET         0  ATP H8     H         1.330    1.360    3.040
+    HET         0  ATP HN61   H         3.940    0.550    8.560
+    HET         0  ATP HN62   H         4.020    1.300    7.060
+    HET         0  ATP H2     H         0.170   -2.010    8.490
     """
     if isinstance(array, BondList):
         bonds = array
@@ -241,7 +241,7 @@ def get_molecule_masks(array):
             f"Expected a 'BondList', 'AtomArray' or 'AtomArrayStack', "
             f"not '{type(array).__name__}'"
         )
-    
+
     molecule_indices = get_molecule_indices(bonds)
     molecule_masks = np.zeros(
         (len(molecule_indices), bonds.get_atom_count()),
@@ -265,12 +265,12 @@ def molecule_iter(array):
     ----------
     array : AtomArray or AtomArrayStack
         The input structure with an associated :class:`BondList`.
-    
+
     Yields
     ------
     molecule : AtomArray or AtomArrayStack
         A single molecule of the input `array`.
-    
+
     See also
     --------
     get_molecule_indices
@@ -289,61 +289,61 @@ def molecule_iter(array):
     ...     print(molecule)
     ...     print()
     New molecule
-    HET         0  ATP PG     P         1.200   -0.226   -6.850
-    HET         0  ATP O1G    O         1.740    1.140   -6.672
-    HET         0  ATP O2G    O         2.123   -1.036   -7.891
-    HET         0  ATP O3G    O        -0.302   -0.139   -7.421
-    HET         0  ATP PB     P         0.255   -0.130   -4.446
-    HET         0  ATP O1B    O         0.810    1.234   -4.304
-    HET         0  ATP O2B    O        -1.231   -0.044   -5.057
-    HET         0  ATP O3B    O         1.192   -0.990   -5.433
-    HET         0  ATP PA     P        -0.745    0.068   -2.071
-    HET         0  ATP O1A    O        -2.097    0.143   -2.669
-    HET         0  ATP O2A    O        -0.125    1.549   -1.957
-    HET         0  ATP O3A    O         0.203   -0.840   -3.002
-    HET         0  ATP HOG2   H         2.100   -0.546   -8.725
-    HET         0  ATP HOG3   H        -0.616   -1.048   -7.522
-    HET         0  ATP HOB2   H        -1.554   -0.952   -5.132
-    HET         0  ATP HOA2   H         0.752    1.455   -1.563
+    HET         0  ATP PG     P         1.200   -0.230   -6.850
+    HET         0  ATP O1G    O         1.740    1.140   -6.670
+    HET         0  ATP O2G    O         2.120   -1.040   -7.890
+    HET         0  ATP O3G    O        -0.300   -0.140   -7.420
+    HET         0  ATP PB     P         0.260   -0.130   -4.450
+    HET         0  ATP O1B    O         0.810    1.230   -4.300
+    HET         0  ATP O2B    O        -1.230   -0.040   -5.060
+    HET         0  ATP O3B    O         1.190   -0.990   -5.430
+    HET         0  ATP PA     P        -0.740    0.070   -2.070
+    HET         0  ATP O1A    O        -2.100    0.140   -2.670
+    HET         0  ATP O2A    O        -0.120    1.550   -1.960
+    HET         0  ATP O3A    O         0.200   -0.840   -3.000
+    HET         0  ATP HOG2   H         2.100   -0.550   -8.730
+    HET         0  ATP HOG3   H        -0.620   -1.050   -7.520
+    HET         0  ATP HOB2   H        -1.550   -0.950   -5.130
+    HET         0  ATP HOA2   H         0.750    1.460   -1.560
     <BLANKLINE>
     New molecule
-    HET         0  ATP O5'    O        -0.844   -0.587   -0.604
-    HET         0  ATP C5'    C        -1.694    0.260    0.170
-    HET         0  ATP C4'    C        -1.831   -0.309    1.584
-    HET         0  ATP O4'    O        -0.542   -0.355    2.234
-    HET         0  ATP C3'    C        -2.683    0.630    2.465
-    HET         0  ATP O3'    O        -4.033    0.165    2.534
-    HET         0  ATP C2'    C        -2.011    0.555    3.856
-    HET         0  ATP O2'    O        -2.926    0.043    4.827
-    HET         0  ATP C1'    C        -0.830   -0.418    3.647
-    HET         0  ATP N9     N         0.332    0.015    4.425
-    HET         0  ATP C8     C         1.302    0.879    4.012
-    HET         0  ATP N7     N         2.184    1.042    4.955
-    HET         0  ATP C5     C         1.833    0.300    6.033
-    HET         0  ATP C6     C         2.391    0.077    7.303
-    HET         0  ATP N6     N         3.564    0.706    7.681
-    HET         0  ATP N1     N         1.763   -0.747    8.135
-    HET         0  ATP C2     C         0.644   -1.352    7.783
-    HET         0  ATP N3     N         0.088   -1.178    6.602
-    HET         0  ATP C4     C         0.644   -0.371    5.704
-    HET         0  ATP H5'1   H        -2.678    0.312   -0.296
-    HET         0  ATP H5'2   H        -1.263    1.259    0.221
-    HET         0  ATP H4'    H        -2.275   -1.304    1.550
-    HET         0  ATP H3'    H        -2.651    1.649    2.078
-    HET         0  ATP HO3'   H        -4.515    0.788    3.094
-    HET         0  ATP H2'    H        -1.646    1.537    4.157
-    HET         0  ATP HO2'   H        -3.667    0.662    4.867
-    HET         0  ATP H1'    H        -1.119   -1.430    3.931
-    HET         0  ATP H8     H         1.334    1.357    3.044
-    HET         0  ATP HN61   H         3.938    0.548    8.562
-    HET         0  ATP HN62   H         4.015    1.303    7.064
-    HET         0  ATP H2     H         0.166   -2.014    8.490
+    HET         0  ATP O5'    O        -0.840   -0.590   -0.600
+    HET         0  ATP C5'    C        -1.690    0.260    0.170
+    HET         0  ATP C4'    C        -1.830   -0.310    1.580
+    HET         0  ATP O4'    O        -0.540   -0.360    2.230
+    HET         0  ATP C3'    C        -2.680    0.630    2.460
+    HET         0  ATP O3'    O        -4.030    0.160    2.530
+    HET         0  ATP C2'    C        -2.010    0.560    3.860
+    HET         0  ATP O2'    O        -2.930    0.040    4.830
+    HET         0  ATP C1'    C        -0.830   -0.420    3.650
+    HET         0  ATP N9     N         0.330    0.020    4.430
+    HET         0  ATP C8     C         1.300    0.880    4.010
+    HET         0  ATP N7     N         2.180    1.040    4.960
+    HET         0  ATP C5     C         1.830    0.300    6.030
+    HET         0  ATP C6     C         2.390    0.080    7.300
+    HET         0  ATP N6     N         3.560    0.710    7.680
+    HET         0  ATP N1     N         1.760   -0.750    8.140
+    HET         0  ATP C2     C         0.640   -1.350    7.780
+    HET         0  ATP N3     N         0.090   -1.180    6.600
+    HET         0  ATP C4     C         0.640   -0.370    5.700
+    HET         0  ATP H5'1   H        -2.680    0.310   -0.300
+    HET         0  ATP H5'2   H        -1.260    1.260    0.220
+    HET         0  ATP H4'    H        -2.280   -1.300    1.550
+    HET         0  ATP H3'    H        -2.650    1.650    2.080
+    HET         0  ATP HO3'   H        -4.520    0.790    3.090
+    HET         0  ATP H2'    H        -1.650    1.540    4.160
+    HET         0  ATP HO2'   H        -3.670    0.660    4.870
+    HET         0  ATP H1'    H        -1.120   -1.430    3.930
+    HET         0  ATP H8     H         1.330    1.360    3.040
+    HET         0  ATP HN61   H         3.940    0.550    8.560
+    HET         0  ATP HN62   H         4.020    1.300    7.060
+    HET         0  ATP H2     H         0.170   -2.010    8.490
     <BLANKLINE>
     """
     if array.bonds is None:
         raise ValueError("An associated BondList is required")
     bonds = array.bonds
-    
+
     visited_mask = np.zeros(bonds.get_atom_count(), dtype=bool)
     while not visited_mask.all():
         # Take the first atom that has not been considered yet as root

biotite/structure/residues.py

@@ -23,10 +23,10 @@ def get_residue_starts(array, add_exclusive_stop=False):
     """
     Get indices for an atom array, each indicating the beginning of
     a residue.
-    
+
     A new residue starts, either when the chain ID, residue ID,
     insertion code or residue name changes from one to the next atom.
-    
+
     Parameters
     ----------
     array : AtomArray or AtomArrayStack
@@ -35,12 +35,12 @@ def get_residue_starts(array, add_exclusive_stop=False):
         If true, the exclusive stop of the input atom array, i.e.
         ``array.array_length()``, is added to the returned array of
         start indices as last element.
-        
+
     Returns
     -------
     starts : ndarray, dtype=int
         The start indices of residues in `array`.
-    
+
     Notes
     -----
     This method is internally used by all other residue-related
@@ -64,17 +64,17 @@ def get_residue_starts(array, add_exclusive_stop=False):
 
     # If any of these annotation arrays change, a new residue starts
     residue_change_mask = (
-        chain_id_changes | 
+        chain_id_changes |
         res_id_changes |
-        ins_code_changes | 
+        ins_code_changes |
         res_name_changes
     )
-    
+
     # Convert mask to indices
     # Add 1, to shift the indices from the end of a residue
     # to the start of a new residue
     residue_starts = np.where(residue_change_mask)[0] +1
-    
+
     # The first residue is not included yet -> Insert '[0]'
     if add_exclusive_stop:
         return np.concatenate(([0], residue_starts, [array.array_length()]))
@@ -86,7 +86,7 @@ def apply_residue_wise(array, data, function, axis=None):
     """
     Apply a function to intervals of data, where each interval
     corresponds to one residue.
-    
+
     The function takes an atom array (stack) and an data array
     (`ndarray`) of the same length. The function iterates through the
     residue IDs of the atom array (stack) and identifies intervals of
@@ -94,8 +94,8 @@ def apply_residue_wise(array, data, function, axis=None):
     partitioned into the same intervals, and each interval (also an
     :class:`ndarray`) is put as parameter into `function`. Each return value is
     stored as element in the resulting :class:`ndarray`, therefore each element
-    corresponds to one residue. 
-    
+    corresponds to one residue.
+
     Parameters
     ----------
     array : AtomArray or AtomArrayStack
@@ -109,19 +109,19 @@ def apply_residue_wise(array, data, function, axis=None):
         must return a value with the same shape and data type.
     axis : int, optional
         This value is given to the `axis` parameter of `function`.
-        
+
     Returns
     -------
     processed_data : ndarray
         Residue-wise evaluation of `data` by `function`. The size of the
         first dimension of this array is equal to the amount of
         residues.
-        
+
     Examples
     --------
     Calculate residue-wise SASA from atom-wise SASA of a 20 residue
     peptide.
-    
+
     >>> sasa_per_atom = sasa(atom_array)
     >>> print(len(sasa_per_atom))
     304
@@ -134,7 +134,7 @@ def apply_residue_wise(array, data, function, axis=None):
       47.811 172.035]
 
     Calculate the centroids of each residue for the same peptide.
-        
+
     >>> print(len(atom_array))
     304
     >>> centroids = apply_residue_wise(atom_array, atom_array.coord,
@@ -173,11 +173,11 @@ def spread_residue_wise(array, input_data):
 
     Each value in the residue-wise input is assigned to all atoms of
     this residue:
-    
+
     ``output_data[i] = input_data[j]``,
     *i* is incremented from atom to atom,
     *j* is incremented every residue change.
-    
+
     Parameters
     ----------
     array : AtomArray or AtomArrayStack
@@ -185,18 +185,18 @@ def spread_residue_wise(array, input_data):
     input_data : ndarray
         The data to be spread. The length of axis=0 must be equal to
         the amount of different residue IDs in `array`.
-        
+
     Returns
     -------
     output_data : ndarray
         Residue-wise spread `input_data`. Length is the same as
         `array_length()` of `array`.
-        
+
     Examples
     --------
     Spread secondary structure annotation to every atom of a 20 residue
     peptide (with 304 atoms).
-    
+
         >>> sse = annotate_sse(atom_array, "A")
         >>> print(len(sse))
         20
@@ -242,19 +242,19 @@ def get_residue_masks(array, indices):
         These indices indicate the atoms to get the corresponding
         residues for.
         Negative indices are not allowed.
-    
+
     Returns
     -------
     residues_masks : ndarray, dtype=bool, shape=(k,n)
         Multiple boolean masks, one for each given index in `indices`.
         Each array masks the atoms that belong to the same residue as
         the atom at the given index.
-    
+
     See also
     --------
     get_residue_starts_for
     get_residue_positions
-    
+
     Examples
     --------
 
@@ -321,18 +321,18 @@ def get_residue_starts_for(array, indices):
         These indices point to the atoms to get the corresponding
         residue starts for.
         Negative indices are not allowed.
-    
+
     Returns
     -------
     start_indices : ndarray, dtype=int, shape=(k,)
         The indices that point to the residue starts for the input
         `indices`.
-    
+
     See also
     --------
     get_residue_masks
     get_residue_positions
-    
+
     Examples
     --------
 
@@ -369,12 +369,12 @@ def get_residue_positions(array, indices):
         These indices point to the atoms to get the corresponding
         residue positions for.
         Negative indices are not allowed.
-    
+
     Returns
     -------
     start_indices : ndarray, dtype=int, shape=(k,)
         The indices that point to the position of the residues.
-    
+
     See also
     --------
     get_residue_masks
@@ -402,26 +402,26 @@ def get_residue_positions(array, indices):
 def get_residues(array):
     """
     Get the residue IDs and names of an atom array (stack).
-    
+
     The residues are listed in the same order they occur in the array
     (stack).
-    
+
     Parameters
     ----------
     array : AtomArray or AtomArrayStack
         The atom array (stack) to determine the residues from.
-        
+
     Returns
     -------
     ids : ndarray, dtype=int
         List of residue IDs.
-    names : ndarray, dtype="U3"
+    names : ndarray, dtype="U5"
         List of residue names.
-        
+
     Examples
     --------
     Get the residue names of a 20 residue peptide.
-    
+
     >>> print(atom_array.res_name)
     ['ASN' 'ASN' 'ASN' 'ASN' 'ASN' 'ASN' 'ASN' 'ASN' 'ASN' 'ASN' 'ASN' 'ASN'
      'ASN' 'ASN' 'ASN' 'ASN' 'LEU' 'LEU' 'LEU' 'LEU' 'LEU' 'LEU' 'LEU' 'LEU'
@@ -461,16 +461,16 @@ def get_residues(array):
 def get_residue_count(array):
     """
     Get the amount of residues in an atom array (stack).
-    
+
     The count is determined from the `res_id` and `chain_id` annotation.
     Each time the residue ID or chain ID changes,
     the count is incremented. Special rules apply to hetero residues.
-    
+
     Parameters
     ----------
     array : AtomArray or AtomArrayStack
         The atom array (stack) to determine the residues from.
-        
+
     Returns
     -------
     count : int
@@ -482,17 +482,17 @@ def get_residue_count(array):
 def residue_iter(array):
     """
     Iterate over all residues in an atom array (stack).
-    
+
     Parameters
     ----------
     array : AtomArray or AtomArrayStack
         The atom array (stack) to iterate over.
-        
+
     Yields
     ------
     residue : AtomArray or AtomArrayStack
         A single residue of the input `array`.
-    
+
     Examples
     --------