react-msaview 5.0.7 → 5.0.13

package/src/neighborJoining.ts

@@ -1,637 +1,47 @@
 // Neighbor Joining tree construction using BLOSUM62 distances
 // Based on Saitou & Nei (1987) "The neighbor-joining method"
 
-const BLOSUM62: Record<string, Record<string, number>> = {
-  A: {
-    A: 4,
-    R: -1,
-    N: -2,
-    D: -2,
-    C: 0,
-    Q: -1,
-    E: -1,
-    G: 0,
-    H: -2,
-    I: -1,
-    L: -1,
-    K: -1,
-    M: -1,
-    F: -2,
-    P: -1,
-    S: 1,
-    T: 0,
-    W: -3,
-    Y: -2,
-    V: 0,
-    B: -2,
-    Z: -1,
-    X: 0,
-    '*': -4,
-  },
-  R: {
-    A: -1,
-    R: 5,
-    N: 0,
-    D: -2,
-    C: -3,
-    Q: 1,
-    E: 0,
-    G: -2,
-    H: 0,
-    I: -3,
-    L: -2,
-    K: 2,
-    M: -1,
-    F: -3,
-    P: -2,
-    S: -1,
-    T: -1,
-    W: -3,
-    Y: -2,
-    V: -3,
-    B: -1,
-    Z: 0,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  N: {
-    A: -2,
-    R: 0,
-    N: 6,
-    D: 1,
-    C: -3,
-    Q: 0,
-    E: 0,
-    G: 0,
-    H: 1,
-    I: -3,
-    L: -3,
-    K: 0,
-    M: -2,
-    F: -3,
-    P: -2,
-    S: 1,
-    T: 0,
-    W: -4,
-    Y: -2,
-    V: -3,
-    B: 3,
-    Z: 0,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  D: {
-    A: -2,
-    R: -2,
-    N: 1,
-    D: 6,
-    C: -3,
-    Q: 0,
-    E: 2,
-    G: -1,
-    H: -1,
-    I: -3,
-    L: -4,
-    K: -1,
-    M: -3,
-    F: -3,
-    P: -1,
-    S: 0,
-    T: -1,
-    W: -4,
-    Y: -3,
-    V: -3,
-    B: 4,
-    Z: 1,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  C: {
-    A: 0,
-    R: -3,
-    N: -3,
-    D: -3,
-    C: 9,
-    Q: -3,
-    E: -4,
-    G: -3,
-    H: -3,
-    I: -1,
-    L: -1,
-    K: -3,
-    M: -1,
-    F: -2,
-    P: -3,
-    S: -1,
-    T: -1,
-    W: -2,
-    Y: -2,
-    V: -1,
-    B: -3,
-    Z: -3,
-    X: -2,
-    '*': -4,
-  },
-  Q: {
-    A: -1,
-    R: 1,
-    N: 0,
-    D: 0,
-    C: -3,
-    Q: 5,
-    E: 2,
-    G: -2,
-    H: 0,
-    I: -3,
-    L: -2,
-    K: 1,
-    M: 0,
-    F: -3,
-    P: -1,
-    S: 0,
-    T: -1,
-    W: -2,
-    Y: -1,
-    V: -2,
-    B: 0,
-    Z: 3,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  E: {
-    A: -1,
-    R: 0,
-    N: 0,
-    D: 2,
-    C: -4,
-    Q: 2,
-    E: 5,
-    G: -2,
-    H: 0,
-    I: -3,
-    L: -3,
-    K: 1,
-    M: -2,
-    F: -3,
-    P: -1,
-    S: 0,
-    T: -1,
-    W: -3,
-    Y: -2,
-    V: -2,
-    B: 1,
-    Z: 4,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  G: {
-    A: 0,
-    R: -2,
-    N: 0,
-    D: -1,
-    C: -3,
-    Q: -2,
-    E: -2,
-    G: 6,
-    H: -2,
-    I: -4,
-    L: -4,
-    K: -2,
-    M: -3,
-    F: -3,
-    P: -2,
-    S: 0,
-    T: -2,
-    W: -2,
-    Y: -3,
-    V: -3,
-    B: -1,
-    Z: -2,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  H: {
-    A: -2,
-    R: 0,
-    N: 1,
-    D: -1,
-    C: -3,
-    Q: 0,
-    E: 0,
-    G: -2,
-    H: 8,
-    I: -3,
-    L: -3,
-    K: -1,
-    M: -2,
-    F: -1,
-    P: -2,
-    S: -1,
-    T: -2,
-    W: -2,
-    Y: 2,
-    V: -3,
-    B: 0,
-    Z: 0,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  I: {
-    A: -1,
-    R: -3,
-    N: -3,
-    D: -3,
-    C: -1,
-    Q: -3,
-    E: -3,
-    G: -4,
-    H: -3,
-    I: 4,
-    L: 2,
-    K: -3,
-    M: 1,
-    F: 0,
-    P: -3,
-    S: -2,
-    T: -1,
-    W: -3,
-    Y: -1,
-    V: 3,
-    B: -3,
-    Z: -3,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  L: {
-    A: -1,
-    R: -2,
-    N: -3,
-    D: -4,
-    C: -1,
-    Q: -2,
-    E: -3,
-    G: -4,
-    H: -3,
-    I: 2,
-    L: 4,
-    K: -2,
-    M: 2,
-    F: 0,
-    P: -3,
-    S: -2,
-    T: -1,
-    W: -2,
-    Y: -1,
-    V: 1,
-    B: -4,
-    Z: -3,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  K: {
-    A: -1,
-    R: 2,
-    N: 0,
-    D: -1,
-    C: -3,
-    Q: 1,
-    E: 1,
-    G: -2,
-    H: -1,
-    I: -3,
-    L: -2,
-    K: 5,
-    M: -1,
-    F: -3,
-    P: -1,
-    S: 0,
-    T: -1,
-    W: -3,
-    Y: -2,
-    V: -2,
-    B: 0,
-    Z: 1,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  M: {
-    A: -1,
-    R: -1,
-    N: -2,
-    D: -3,
-    C: -1,
-    Q: 0,
-    E: -2,
-    G: -3,
-    H: -2,
-    I: 1,
-    L: 2,
-    K: -1,
-    M: 5,
-    F: 0,
-    P: -2,
-    S: -1,
-    T: -1,
-    W: -1,
-    Y: -1,
-    V: 1,
-    B: -3,
-    Z: -1,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  F: {
-    A: -2,
-    R: -3,
-    N: -3,
-    D: -3,
-    C: -2,
-    Q: -3,
-    E: -3,
-    G: -3,
-    H: -1,
-    I: 0,
-    L: 0,
-    K: -3,
-    M: 0,
-    F: 6,
-    P: -4,
-    S: -2,
-    T: -2,
-    W: 1,
-    Y: 3,
-    V: -1,
-    B: -3,
-    Z: -3,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  P: {
-    A: -1,
-    R: -2,
-    N: -2,
-    D: -1,
-    C: -3,
-    Q: -1,
-    E: -1,
-    G: -2,
-    H: -2,
-    I: -3,
-    L: -3,
-    K: -1,
-    M: -2,
-    F: -4,
-    P: 7,
-    S: -1,
-    T: -1,
-    W: -4,
-    Y: -3,
-    V: -2,
-    B: -2,
-    Z: -1,
-    X: -2,
-    '*': -4,
-  },
-  S: {
-    A: 1,
-    R: -1,
-    N: 1,
-    D: 0,
-    C: -1,
-    Q: 0,
-    E: 0,
-    G: 0,
-    H: -1,
-    I: -2,
-    L: -2,
-    K: 0,
-    M: -1,
-    F: -2,
-    P: -1,
-    S: 4,
-    T: 1,
-    W: -3,
-    Y: -2,
-    V: -2,
-    B: 0,
-    Z: 0,
-    X: 0,
-    '*': -4,
-  },
-  T: {
-    A: 0,
-    R: -1,
-    N: 0,
-    D: -1,
-    C: -1,
-    Q: -1,
-    E: -1,
-    G: -2,
-    H: -2,
-    I: -1,
-    L: -1,
-    K: -1,
-    M: -1,
-    F: -2,
-    P: -1,
-    S: 1,
-    T: 5,
-    W: -2,
-    Y: -2,
-    V: 0,
-    B: -1,
-    Z: -1,
-    X: 0,
-    '*': -4,
-  },
-  W: {
-    A: -3,
-    R: -3,
-    N: -4,
-    D: -4,
-    C: -2,
-    Q: -2,
-    E: -3,
-    G: -2,
-    H: -2,
-    I: -3,
-    L: -2,
-    K: -3,
-    M: -1,
-    F: 1,
-    P: -4,
-    S: -3,
-    T: -2,
-    W: 11,
-    Y: 2,
-    V: -3,
-    B: -4,
-    Z: -3,
-    X: -2,
-    '*': -4,
-  },
-  Y: {
-    A: -2,
-    R: -2,
-    N: -2,
-    D: -3,
-    C: -2,
-    Q: -1,
-    E: -2,
-    G: -3,
-    H: 2,
-    I: -1,
-    L: -1,
-    K: -2,
-    M: -1,
-    F: 3,
-    P: -3,
-    S: -2,
-    T: -2,
-    W: 2,
-    Y: 7,
-    V: -1,
-    B: -3,
-    Z: -2,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  V: {
-    A: 0,
-    R: -3,
-    N: -3,
-    D: -3,
-    C: -1,
-    Q: -2,
-    E: -2,
-    G: -3,
-    H: -3,
-    I: 3,
-    L: 1,
-    K: -2,
-    M: 1,
-    F: -1,
-    P: -2,
-    S: -2,
-    T: 0,
-    W: -3,
-    Y: -1,
-    V: 4,
-    B: -3,
-    Z: -2,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  B: {
-    A: -2,
-    R: -1,
-    N: 3,
-    D: 4,
-    C: -3,
-    Q: 0,
-    E: 1,
-    G: -1,
-    H: 0,
-    I: -3,
-    L: -4,
-    K: 0,
-    M: -3,
-    F: -3,
-    P: -2,
-    S: 0,
-    T: -1,
-    W: -4,
-    Y: -3,
-    V: -3,
-    B: 4,
-    Z: 1,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  Z: {
-    A: -1,
-    R: 0,
-    N: 0,
-    D: 1,
-    C: -3,
-    Q: 3,
-    E: 4,
-    G: -2,
-    H: 0,
-    I: -3,
-    L: -3,
-    K: 1,
-    M: -1,
-    F: -3,
-    P: -1,
-    S: 0,
-    T: -1,
-    W: -3,
-    Y: -2,
-    V: -2,
-    B: 1,
-    Z: 4,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  X: {
-    A: 0,
-    R: -1,
-    N: -1,
-    D: -1,
-    C: -2,
-    Q: -1,
-    E: -1,
-    G: -1,
-    H: -1,
-    I: -1,
-    L: -1,
-    K: -1,
-    M: -1,
-    F: -1,
-    P: -2,
-    S: 0,
-    T: 0,
-    W: -2,
-    Y: -1,
-    V: -1,
-    B: -1,
-    Z: -1,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  '*': {
-    A: -4,
-    R: -4,
-    N: -4,
-    D: -4,
-    C: -4,
-    Q: -4,
-    E: -4,
-    G: -4,
-    H: -4,
-    I: -4,
-    L: -4,
-    K: -4,
-    M: -4,
-    F: -4,
-    P: -4,
-    S: -4,
-    T: -4,
-    W: -4,
-    Y: -4,
-    V: -4,
-    B: -4,
-    Z: -4,
-    X: -4,
-    '*': 1,
-  },
+// prettier-ignore
+const BLOSUM62_KEYS = 'ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*'
+// prettier-ignore
+const BLOSUM62_DATA = [
+  [ 4,-1,-2,-2, 0,-1,-1, 0,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 1, 0,-3,-2, 0,-2,-1, 0,-4],
+  [-1, 5, 0,-2,-3, 1, 0,-2, 0,-3,-2, 2,-1,-3,-2,-1,-1,-3,-2,-3,-1, 0,-1,-4],
+  [-2, 0, 6, 1,-3, 0, 0, 0, 1,-3,-3, 0,-2,-3,-2, 1, 0,-4,-2,-3, 3, 0,-1,-4],
+  [-2,-2, 1, 6,-3, 0, 2,-1,-1,-3,-4,-1,-3,-3,-1, 0,-1,-4,-3,-3, 4, 1,-1,-4],
+  [ 0,-3,-3,-3, 9,-3,-4,-3,-3,-1,-1,-3,-1,-2,-3,-1,-1,-2,-2,-1,-3,-3,-2,-4],
+  [-1, 1, 0, 0,-3, 5, 2,-2, 0,-3,-2, 1, 0,-3,-1, 0,-1,-2,-1,-2, 0, 3,-1,-4],
+  [-1, 0, 0, 2,-4, 2, 5,-2, 0,-3,-3, 1,-2,-3,-1, 0,-1,-3,-2,-2, 1, 4,-1,-4],
+  [ 0,-2, 0,-1,-3,-2,-2, 6,-2,-4,-4,-2,-3,-3,-2, 0,-2,-2,-3,-3,-1,-2,-1,-4],
+  [-2, 0, 1,-1,-3, 0, 0,-2, 8,-3,-3,-1,-2,-1,-2,-1,-2,-2, 2,-3, 0, 0,-1,-4],
+  [-1,-3,-3,-3,-1,-3,-3,-4,-3, 4, 2,-3, 1, 0,-3,-2,-1,-3,-1, 3,-3,-3,-1,-4],
+  [-1,-2,-3,-4,-1,-2,-3,-4,-3, 2, 4,-2, 2, 0,-3,-2,-1,-2,-1, 1,-4,-3,-1,-4],
+  [-1, 2, 0,-1,-3, 1, 1,-2,-1,-3,-2, 5,-1,-3,-1, 0,-1,-3,-2,-2, 0, 1,-1,-4],
+  [-1,-1,-2,-3,-1, 0,-2,-3,-2, 1, 2,-1, 5, 0,-2,-1,-1,-1,-1, 1,-3,-1,-1,-4],
+  [-2,-3,-3,-3,-2,-3,-3,-3,-1, 0, 0,-3, 0, 6,-4,-2,-2, 1, 3,-1,-3,-3,-1,-4],
+  [-1,-2,-2,-1,-3,-1,-1,-2,-2,-3,-3,-1,-2,-4, 7,-1,-1,-4,-3,-2,-2,-1,-2,-4],
+  [ 1,-1, 1, 0,-1, 0, 0, 0,-1,-2,-2, 0,-1,-2,-1, 4, 1,-3,-2,-2, 0, 0, 0,-4],
+  [ 0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 1, 5,-2,-2, 0,-1,-1, 0,-4],
+  [-3,-3,-4,-4,-2,-2,-3,-2,-2,-3,-2,-3,-1, 1,-4,-3,-2,11, 2,-3,-4,-3,-2,-4],
+  [-2,-2,-2,-3,-2,-1,-2,-3, 2,-1,-1,-2,-1, 3,-3,-2,-2, 2, 7,-1,-3,-2,-1,-4],
+  [ 0,-3,-3,-3,-1,-2,-2,-3,-3, 3, 1,-2, 1,-1,-2,-2, 0,-3,-1, 4,-3,-2,-1,-4],
+  [-2,-1, 3, 4,-3, 0, 1,-1, 0,-3,-4, 0,-3,-3,-2, 0,-1,-4,-3,-3, 4, 1,-1,-4],
+  [-1, 0, 0, 1,-3, 3, 4,-2, 0,-3,-3, 1,-1,-3,-1, 0,-1,-3,-2,-2, 1, 4,-1,-4],
+  [ 0,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2, 0, 0,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-4],
+  [-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4, 1],
+]
+
+const BLOSUM62 = new Map<string, Map<string, number>>()
+for (let i = 0; i < BLOSUM62_KEYS.length; i++) {
+  const row = new Map<string, number>()
+  for (let j = 0; j < BLOSUM62_KEYS.length; j++) {
+    row.set(BLOSUM62_KEYS[j]!, BLOSUM62_DATA[i]![j]!)
+  }
+  BLOSUM62.set(BLOSUM62_KEYS[i]!, row)
 }
 
 function getBlosum62Score(a: string, b: string) {
-  const upper_a = a.toUpperCase()
-  const upper_b = b.toUpperCase()
-  return BLOSUM62[upper_a]?.[upper_b] ?? -4
+  return BLOSUM62.get(a.toUpperCase())?.get(b.toUpperCase()) ?? -4
 }
 
 function computePairwiseDistance(seq1: string, seq2: string) {

package/src/parseAsn1.test.ts

@@ -4,7 +4,10 @@ import { expect, test } from 'vitest'
 
 import { parseAsn1 } from './parseAsn1.ts'
 
-const r = readFileSync(new URL('../test/data/tree.asn', import.meta.url), 'utf8')
+const r = readFileSync(
+  new URL('../test/data/tree.asn', import.meta.url),
+  'utf8',
+)
 
 test('real data file', () => {
   expect(parseAsn1(r)).toMatchSnapshot()