genoverse 3.2.0

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  1. package/.eslintrc.js +197 -0
  2. package/.github/workflows/test.yml +24 -0
  3. package/LICENSE.TXT +24 -0
  4. package/README.md +11 -0
  5. package/css/controlPanel.css +200 -0
  6. package/css/fileDrop.css +22 -0
  7. package/css/font-awesome.css +3 -0
  8. package/css/fullscreen.css +19 -0
  9. package/css/genoverse.css +466 -0
  10. package/css/karyotype.css +85 -0
  11. package/css/resizer.css +36 -0
  12. package/css/tooltips.css +26 -0
  13. package/css/trackControls.css +111 -0
  14. package/expanded.html +120 -0
  15. package/fontawesome/css/fontawesome.min.css +5 -0
  16. package/fontawesome/css/regular.min.css +5 -0
  17. package/fontawesome/css/solid.min.css +5 -0
  18. package/fontawesome/webfonts/fa-brands-400.ttf +0 -0
  19. package/fontawesome/webfonts/fa-brands-400.woff +0 -0
  20. package/fontawesome/webfonts/fa-brands-400.woff2 +0 -0
  21. package/fontawesome/webfonts/fa-regular-400.ttf +0 -0
  22. package/fontawesome/webfonts/fa-regular-400.woff +0 -0
  23. package/fontawesome/webfonts/fa-regular-400.woff2 +0 -0
  24. package/fontawesome/webfonts/fa-solid-900.ttf +0 -0
  25. package/fontawesome/webfonts/fa-solid-900.woff +0 -0
  26. package/fontawesome/webfonts/fa-solid-900.woff2 +0 -0
  27. package/help.pdf +0 -0
  28. package/i/sort_handle.png +0 -0
  29. package/index.html +68 -0
  30. package/index.js +83 -0
  31. package/jest.config.js +4 -0
  32. package/js/Genoverse.js +1681 -0
  33. package/js/Track/Controller/Sequence.js +17 -0
  34. package/js/Track/Controller/Stranded.js +73 -0
  35. package/js/Track/Controller.js +620 -0
  36. package/js/Track/Model/File/BAM.js +44 -0
  37. package/js/Track/Model/File/BED.js +116 -0
  38. package/js/Track/Model/File/GFF.js +40 -0
  39. package/js/Track/Model/File/VCF.js +101 -0
  40. package/js/Track/Model/File/WIG.js +67 -0
  41. package/js/Track/Model/File.js +36 -0
  42. package/js/Track/Model/Gene/Ensembl.js +22 -0
  43. package/js/Track/Model/Gene.js +5 -0
  44. package/js/Track/Model/Sequence/Ensembl.js +4 -0
  45. package/js/Track/Model/Sequence/Fasta.js +60 -0
  46. package/js/Track/Model/Sequence.js +50 -0
  47. package/js/Track/Model/SequenceVariation.js +41 -0
  48. package/js/Track/Model/Stranded.js +28 -0
  49. package/js/Track/Model/Transcript/Ensembl.js +67 -0
  50. package/js/Track/Model/Transcript.js +5 -0
  51. package/js/Track/Model.js +303 -0
  52. package/js/Track/View/Gene/Ensembl.js +46 -0
  53. package/js/Track/View/Gene.js +6 -0
  54. package/js/Track/View/Sequence/Variation.js +115 -0
  55. package/js/Track/View/Sequence.js +63 -0
  56. package/js/Track/View/Transcript/Ensembl.js +12 -0
  57. package/js/Track/View/Transcript.js +28 -0
  58. package/js/Track/View.js +566 -0
  59. package/js/Track/library/Chromosome.js +145 -0
  60. package/js/Track/library/File/BAM.js +30 -0
  61. package/js/Track/library/File/BED.js +24 -0
  62. package/js/Track/library/File/BIGBED.js +47 -0
  63. package/js/Track/library/File/BIGWIG.js +52 -0
  64. package/js/Track/library/File/GFF.js +9 -0
  65. package/js/Track/library/File/VCF.js +71 -0
  66. package/js/Track/library/File/WIG.js +5 -0
  67. package/js/Track/library/File.js +10 -0
  68. package/js/Track/library/Gene.js +37 -0
  69. package/js/Track/library/Graph/Bar.js +235 -0
  70. package/js/Track/library/Graph/Line.js +296 -0
  71. package/js/Track/library/Graph.js +355 -0
  72. package/js/Track/library/HighlightRegion.js +292 -0
  73. package/js/Track/library/Legend.js +224 -0
  74. package/js/Track/library/Scalebar.js +227 -0
  75. package/js/Track/library/Scaleline.js +91 -0
  76. package/js/Track/library/Static.js +78 -0
  77. package/js/Track/library/dbSNP.js +142 -0
  78. package/js/Track.js +632 -0
  79. package/js/genomes/grch37.js +990 -0
  80. package/js/genomes/grch38.js +990 -0
  81. package/js/genoverse.min.js +2 -0
  82. package/js/genoverse.min.js.map +1 -0
  83. package/js/lib/BWReader.js +578 -0
  84. package/js/lib/Base.js +145 -0
  85. package/js/lib/VCFReader.js +286 -0
  86. package/js/lib/dalliance/js/bam.js +494 -0
  87. package/js/lib/dalliance/js/bin.js +185 -0
  88. package/js/lib/dalliance/js/das.js +749 -0
  89. package/js/lib/dalliance/js/utils.js +370 -0
  90. package/js/lib/dalliance-lib.js +3594 -0
  91. package/js/lib/dalliance-lib.min.js +68 -0
  92. package/js/lib/jDataView.js +2 -0
  93. package/js/lib/jParser.js +192 -0
  94. package/js/lib/jquery-ui.js +8 -0
  95. package/js/lib/jquery.js +2 -0
  96. package/js/lib/jquery.mousehold.js +53 -0
  97. package/js/lib/jquery.mousewheel.js +84 -0
  98. package/js/lib/jquery.tipsy.js +258 -0
  99. package/js/lib/rtree.js +1 -0
  100. package/js/plugins/controlPanel.js +395 -0
  101. package/js/plugins/fileDrop.js +62 -0
  102. package/js/plugins/focusRegion.js +12 -0
  103. package/js/plugins/fullscreen.js +77 -0
  104. package/js/plugins/karyotype.js +210 -0
  105. package/js/plugins/resizer.js +45 -0
  106. package/js/plugins/tooltips.js +94 -0
  107. package/js/plugins/trackControls.js +143 -0
  108. package/package.json +43 -0
  109. package/test/View/__snapshots__/render-bar-graph.test.js.snap +111 -0
  110. package/test/View/__snapshots__/render-blocks.test.js.snap +105 -0
  111. package/test/View/__snapshots__/render-chromosome.test.js.snap +5 -0
  112. package/test/View/__snapshots__/render-highlights.test.js.snap +73 -0
  113. package/test/View/__snapshots__/render-insert-variants.test.js.snap +9 -0
  114. package/test/View/__snapshots__/render-labels.test.js.snap +241 -0
  115. package/test/View/__snapshots__/render-legends.test.js.snap +13 -0
  116. package/test/View/__snapshots__/render-line-graph.test.js.snap +349 -0
  117. package/test/View/__snapshots__/render-scalebar.test.js.snap +49 -0
  118. package/test/View/__snapshots__/render-scaleline.test.js.snap +31 -0
  119. package/test/View/__snapshots__/render-sequence.test.js.snap +23 -0
  120. package/test/View/__snapshots__/render-stranded.test.js.snap +5 -0
  121. package/test/View/__snapshots__/render-transcripts.test.js.snap +193 -0
  122. package/test/View/render-bar-graph.test.js +87 -0
  123. package/test/View/render-blocks.test.js +171 -0
  124. package/test/View/render-chromosome.test.js +40 -0
  125. package/test/View/render-highlights.test.js +67 -0
  126. package/test/View/render-insert-variants.test.js +11 -0
  127. package/test/View/render-labels.test.js +266 -0
  128. package/test/View/render-legends.test.js +31 -0
  129. package/test/View/render-line-graph.test.js +169 -0
  130. package/test/View/render-scalebar.test.js +36 -0
  131. package/test/View/render-scaleline.test.js +28 -0
  132. package/test/View/render-sequence.test.js +49 -0
  133. package/test/View/render-stranded.test.js +10 -0
  134. package/test/View/render-transcripts.test.js +165 -0
  135. package/test/create-and-destroy.test.js +63 -0
  136. package/test/track-ordering.test.js +514 -0
  137. package/test/track_config/__snapshots__/config-settings.test.js.snap +23 -0
  138. package/test/track_config/config-settings.test.js +321 -0
  139. package/test/track_config/zoom-level-settings.test.js +98 -0
  140. package/test/utils.js +80 -0
  141. package/utils/createGenome.js +52 -0
  142. package/utils/devServer.js +36 -0
  143. package/utils/expandedTemplate.html +46 -0
  144. package/utils/git-hooks/post-commit +9 -0
  145. package/utils/git-hooks/pre-commit +7 -0
  146. package/utils/git-hooks/setup +6 -0
  147. package/utils/makeExpanded.js +19 -0
  148. package/webpack.config.js +39 -0
package/js/genomes/grch38.js ADDED
@@ -0,0 +1,990 @@
1
+ Genoverse.Genomes.grch38 = {
2
+ '1': {
3
+ 'size' : 248956422,
4
+ 'bands' : [
5
+ { 'id': 'p11.1', 'start': 121700001, 'end': 123400000, 'type': 'acen' },
6
+ { 'id': 'p11.2', 'start': 120400001, 'end': 121700000, 'type': 'gneg' },
7
+ { 'id': 'p12', 'start': 117200001, 'end': 120400000, 'type': 'gpos50' },
8
+ { 'id': 'p13.1', 'start': 115500001, 'end': 117200000, 'type': 'gneg' },
9
+ { 'id': 'p13.2', 'start': 111200001, 'end': 115500000, 'type': 'gpos50' },
10
+ { 'id': 'p13.3', 'start': 106700001, 'end': 111200000, 'type': 'gneg' },
11
+ { 'id': 'p21.1', 'start': 101800001, 'end': 106700000, 'type': 'gpos100' },
12
+ { 'id': 'p21.2', 'start': 99300001, 'end': 101800000, 'type': 'gneg' },
13
+ { 'id': 'p21.3', 'start': 94300001, 'end': 99300000, 'type': 'gpos75' },
14
+ { 'id': 'p22.1', 'start': 91500001, 'end': 94300000, 'type': 'gneg' },
15
+ { 'id': 'p22.2', 'start': 87900001, 'end': 91500000, 'type': 'gpos75' },
16
+ { 'id': 'p22.3', 'start': 84400001, 'end': 87900000, 'type': 'gneg' },
17
+ { 'id': 'p31.1', 'start': 69300001, 'end': 84400000, 'type': 'gpos100' },
18
+ { 'id': 'p31.2', 'start': 68500001, 'end': 69300000, 'type': 'gneg' },
19
+ { 'id': 'p31.3', 'start': 60800001, 'end': 68500000, 'type': 'gpos50' },
20
+ { 'id': 'p32.1', 'start': 58500001, 'end': 60800000, 'type': 'gneg' },
21
+ { 'id': 'p32.2', 'start': 55600001, 'end': 58500000, 'type': 'gpos50' },
22
+ { 'id': 'p32.3', 'start': 50200001, 'end': 55600000, 'type': 'gneg' },
23
+ { 'id': 'p33', 'start': 46300001, 'end': 50200000, 'type': 'gpos75' },
24
+ { 'id': 'p34.1', 'start': 43700001, 'end': 46300000, 'type': 'gneg' },
25
+ { 'id': 'p34.2', 'start': 39600001, 'end': 43700000, 'type': 'gpos25' },
26
+ { 'id': 'p34.3', 'start': 34300001, 'end': 39600000, 'type': 'gneg' },
27
+ { 'id': 'p35.1', 'start': 32300001, 'end': 34300000, 'type': 'gpos25' },
28
+ { 'id': 'p35.2', 'start': 29900001, 'end': 32300000, 'type': 'gneg' },
29
+ { 'id': 'p35.3', 'start': 27600001, 'end': 29900000, 'type': 'gpos25' },
30
+ { 'id': 'p36.11', 'start': 23600001, 'end': 27600000, 'type': 'gneg' },
31
+ { 'id': 'p36.12', 'start': 20100001, 'end': 23600000, 'type': 'gpos25' },
32
+ { 'id': 'p36.13', 'start': 15900001, 'end': 20100000, 'type': 'gneg' },
33
+ { 'id': 'p36.21', 'start': 12500001, 'end': 15900000, 'type': 'gpos50' },
34
+ { 'id': 'p36.22', 'start': 9100001, 'end': 12500000, 'type': 'gneg' },
35
+ { 'id': 'p36.23', 'start': 7100001, 'end': 9100000, 'type': 'gpos25' },
36
+ { 'id': 'p36.31', 'start': 5300001, 'end': 7100000, 'type': 'gneg' },
37
+ { 'id': 'p36.32', 'start': 2300001, 'end': 5300000, 'type': 'gpos25' },
38
+ { 'id': 'p36.33', 'start': 1, 'end': 2300000, 'type': 'gneg' },
39
+ { 'id': 'q11', 'start': 123400001, 'end': 125100000, 'type': 'acen' },
40
+ { 'id': 'q12', 'start': 125100001, 'end': 143200000, 'type': 'gvar' },
41
+ { 'id': 'q21.1', 'start': 143200001, 'end': 147500000, 'type': 'gneg' },
42
+ { 'id': 'q21.2', 'start': 147500001, 'end': 150600000, 'type': 'gpos50' },
43
+ { 'id': 'q21.3', 'start': 150600001, 'end': 155100000, 'type': 'gneg' },
44
+ { 'id': 'q22', 'start': 155100001, 'end': 156600000, 'type': 'gpos50' },
45
+ { 'id': 'q23.1', 'start': 156600001, 'end': 159100000, 'type': 'gneg' },
46
+ { 'id': 'q23.2', 'start': 159100001, 'end': 160500000, 'type': 'gpos50' },
47
+ { 'id': 'q23.3', 'start': 160500001, 'end': 165500000, 'type': 'gneg' },
48
+ { 'id': 'q24.1', 'start': 165500001, 'end': 167200000, 'type': 'gpos50' },
49
+ { 'id': 'q24.2', 'start': 167200001, 'end': 170900000, 'type': 'gneg' },
50
+ { 'id': 'q24.3', 'start': 170900001, 'end': 173000000, 'type': 'gpos75' },
51
+ { 'id': 'q25.1', 'start': 173000001, 'end': 176100000, 'type': 'gneg' },
52
+ { 'id': 'q25.2', 'start': 176100001, 'end': 180300000, 'type': 'gpos50' },
53
+ { 'id': 'q25.3', 'start': 180300001, 'end': 185800000, 'type': 'gneg' },
54
+ { 'id': 'q31.1', 'start': 185800001, 'end': 190800000, 'type': 'gpos100' },
55
+ { 'id': 'q31.2', 'start': 190800001, 'end': 193800000, 'type': 'gneg' },
56
+ { 'id': 'q31.3', 'start': 193800001, 'end': 198700000, 'type': 'gpos100' },
57
+ { 'id': 'q32.1', 'start': 198700001, 'end': 207100000, 'type': 'gneg' },
58
+ { 'id': 'q32.2', 'start': 207100001, 'end': 211300000, 'type': 'gpos25' },
59
+ { 'id': 'q32.3', 'start': 211300001, 'end': 214400000, 'type': 'gneg' },
60
+ { 'id': 'q41', 'start': 214400001, 'end': 223900000, 'type': 'gpos100' },
61
+ { 'id': 'q42.11', 'start': 223900001, 'end': 224400000, 'type': 'gneg' },
62
+ { 'id': 'q42.12', 'start': 224400001, 'end': 226800000, 'type': 'gpos25' },
63
+ { 'id': 'q42.13', 'start': 226800001, 'end': 230500000, 'type': 'gneg' },
64
+ { 'id': 'q42.2', 'start': 230500001, 'end': 234600000, 'type': 'gpos50' },
65
+ { 'id': 'q42.3', 'start': 234600001, 'end': 236400000, 'type': 'gneg' },
66
+ { 'id': 'q43', 'start': 236400001, 'end': 243500000, 'type': 'gpos75' },
67
+ { 'id': 'q44', 'start': 243500001, 'end': 248956422, 'type': 'gneg' }
68
+ ]
69
+ },
70
+ '2': {
71
+ 'size' : 242193529,
72
+ 'bands' : [
73
+ { 'id': 'p11.1', 'start': 91800001, 'end': 93900000, 'type': 'acen' },
74
+ { 'id': 'p11.2', 'start': 83100001, 'end': 91800000, 'type': 'gneg' },
75
+ { 'id': 'p12', 'start': 74800001, 'end': 83100000, 'type': 'gpos100' },
76
+ { 'id': 'p13.1', 'start': 73300001, 'end': 74800000, 'type': 'gneg' },
77
+ { 'id': 'p13.2', 'start': 71300001, 'end': 73300000, 'type': 'gpos50' },
78
+ { 'id': 'p13.3', 'start': 68400001, 'end': 71300000, 'type': 'gneg' },
79
+ { 'id': 'p14', 'start': 63900001, 'end': 68400000, 'type': 'gpos50' },
80
+ { 'id': 'p15', 'start': 61000001, 'end': 63900000, 'type': 'gneg' },
81
+ { 'id': 'p16.1', 'start': 54700001, 'end': 61000000, 'type': 'gpos100' },
82
+ { 'id': 'p16.2', 'start': 52600001, 'end': 54700000, 'type': 'gneg' },
83
+ { 'id': 'p16.3', 'start': 47500001, 'end': 52600000, 'type': 'gpos100' },
84
+ { 'id': 'p21', 'start': 41500001, 'end': 47500000, 'type': 'gneg' },
85
+ { 'id': 'p22.1', 'start': 38300001, 'end': 41500000, 'type': 'gpos50' },
86
+ { 'id': 'p22.2', 'start': 36300001, 'end': 38300000, 'type': 'gneg' },
87
+ { 'id': 'p22.3', 'start': 31800001, 'end': 36300000, 'type': 'gpos75' },
88
+ { 'id': 'p23.1', 'start': 29800001, 'end': 31800000, 'type': 'gneg' },
89
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90
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91
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92
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93
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100
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136
+ },
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202
+ ]
203
+ },
204
+ '4': {
205
+ 'size' : 190214555,
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209
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210
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242
+ { 'id': 'q31.22', 'start': 145900001, 'end': 147500000, 'type': 'gneg' },
243
+ { 'id': 'q31.23', 'start': 147500001, 'end': 150200000, 'type': 'gpos25' },
244
+ { 'id': 'q31.3', 'start': 150200001, 'end': 154600000, 'type': 'gneg' },
245
+ { 'id': 'q32.1', 'start': 154600001, 'end': 160800000, 'type': 'gpos100' },
246
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248
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249
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252
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254
+ ]
255
+ },
256
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+ 'size' : 181538259,
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259
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300
+ { 'id': 'q34', 'start': 160500001, 'end': 169000000, 'type': 'gpos100' },
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+ ]
305
+ },
306
+ '6': {
307
+ 'size' : 170805979,
308
+ 'bands' : [
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342
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345
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352
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357
+ ]
358
+ },
359
+ '7': {
360
+ 'size' : 159345973,
361
+ 'bands' : [
362
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366
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+ { 'id': 'p13', 'start': 43300001, 'end': 45400000, 'type': 'gneg' },
368
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369
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370
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371
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372
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375
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389
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394
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395
+ { 'id': 'q31.32', 'start': 121400001, 'end': 124100000, 'type': 'gneg' },
396
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397
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398
+ { 'id': 'q32.2', 'start': 129600001, 'end': 130800000, 'type': 'gpos25' },
399
+ { 'id': 'q32.3', 'start': 130800001, 'end': 132900000, 'type': 'gneg' },
400
+ { 'id': 'q33', 'start': 132900001, 'end': 138500000, 'type': 'gpos50' },
401
+ { 'id': 'q34', 'start': 138500001, 'end': 143400000, 'type': 'gneg' },
402
+ { 'id': 'q35', 'start': 143400001, 'end': 148200000, 'type': 'gpos75' },
403
+ { 'id': 'q36.1', 'start': 148200001, 'end': 152800000, 'type': 'gneg' },
404
+ { 'id': 'q36.2', 'start': 152800001, 'end': 155200000, 'type': 'gpos25' },
405
+ { 'id': 'q36.3', 'start': 155200001, 'end': 159345973, 'type': 'gneg' }
406
+ ]
407
+ },
408
+ '8': {
409
+ 'size' : 145138636,
410
+ 'bands' : [
411
+ { 'id': 'p11.1', 'start': 43200001, 'end': 45200000, 'type': 'acen' },
412
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413
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414
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416
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420
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424
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425
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451
+ ]
452
+ },
453
+ '9': {
454
+ 'size' : 138394717,
455
+ 'bands' : [
456
+ { 'id': 'p11.1', 'start': 42200001, 'end': 43000000, 'type': 'acen' },
457
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484
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493
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495
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496
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497
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498
+ { 'id': 'q34.3', 'start': 134500001, 'end': 138394717, 'type': 'gneg' }
499
+ ]
500
+ },
501
+ '10': {
502
+ 'size' : 133797422,
503
+ 'bands' : [
504
+ { 'id': 'p11.1', 'start': 38000001, 'end': 39800000, 'type': 'acen' },
505
+ { 'id': 'p11.21', 'start': 34200001, 'end': 38000000, 'type': 'gneg' },
506
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507
+ { 'id': 'p11.23', 'start': 29300001, 'end': 31100000, 'type': 'gneg' },
508
+ { 'id': 'p12.1', 'start': 24300001, 'end': 29300000, 'type': 'gpos50' },
509
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510
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511
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512
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513
+ { 'id': 'p13', 'start': 12200001, 'end': 17300000, 'type': 'gneg' },
514
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516
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517
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519
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520
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521
+ { 'id': 'q11.23', 'start': 48600001, 'end': 51100000, 'type': 'gneg' },
522
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545
+ { 'id': 'q26.3', 'start': 128800001, 'end': 133797422, 'type': 'gneg' }
546
+ ]
547
+ },
548
+ '11': {
549
+ 'size' : 135086622,
550
+ 'bands' : [
551
+ { 'id': 'p11.11', 'start': 51000001, 'end': 53400000, 'type': 'acen' },
552
+ { 'id': 'p11.12', 'start': 48800001, 'end': 51000000, 'type': 'gpos75' },
553
+ { 'id': 'p11.2', 'start': 43400001, 'end': 48800000, 'type': 'gneg' },
554
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555
+ { 'id': 'p13', 'start': 31000001, 'end': 36400000, 'type': 'gneg' },
556
+ { 'id': 'p14.1', 'start': 27200001, 'end': 31000000, 'type': 'gpos75' },
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+ { 'id': 'p15.1', 'start': 16900001, 'end': 22000000, 'type': 'gneg' },
560
+ { 'id': 'p15.2', 'start': 13800001, 'end': 16900000, 'type': 'gpos50' },
561
+ { 'id': 'p15.3', 'start': 11700001, 'end': 13800000, 'type': 'gneg' },
562
+ { 'id': 'p15.4', 'start': 2800001, 'end': 11700000, 'type': 'gpos50' },
563
+ { 'id': 'p15.5', 'start': 1, 'end': 2800000, 'type': 'gneg' },
564
+ { 'id': 'q11', 'start': 53400001, 'end': 55800000, 'type': 'acen' },
565
+ { 'id': 'q12.1', 'start': 55800001, 'end': 60100000, 'type': 'gpos75' },
566
+ { 'id': 'q12.2', 'start': 60100001, 'end': 61900000, 'type': 'gneg' },
567
+ { 'id': 'q12.3', 'start': 61900001, 'end': 63600000, 'type': 'gpos25' },
568
+ { 'id': 'q13.1', 'start': 63600001, 'end': 66100000, 'type': 'gneg' },
569
+ { 'id': 'q13.2', 'start': 66100001, 'end': 68700000, 'type': 'gpos25' },
570
+ { 'id': 'q13.3', 'start': 68700001, 'end': 70500000, 'type': 'gneg' },
571
+ { 'id': 'q13.4', 'start': 70500001, 'end': 75500000, 'type': 'gpos50' },
572
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573
+ { 'id': 'q14.1', 'start': 77400001, 'end': 85900000, 'type': 'gpos100' },
574
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575
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576
+ { 'id': 'q21', 'start': 93000001, 'end': 97400000, 'type': 'gneg' },
577
+ { 'id': 'q22.1', 'start': 97400001, 'end': 102300000, 'type': 'gpos100' },
578
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579
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580
+ { 'id': 'q23.1', 'start': 110600001, 'end': 112700000, 'type': 'gneg' },
581
+ { 'id': 'q23.2', 'start': 112700001, 'end': 114600000, 'type': 'gpos50' },
582
+ { 'id': 'q23.3', 'start': 114600001, 'end': 121300000, 'type': 'gneg' },
583
+ { 'id': 'q24.1', 'start': 121300001, 'end': 124000000, 'type': 'gpos50' },
584
+ { 'id': 'q24.2', 'start': 124000001, 'end': 127900000, 'type': 'gneg' },
585
+ { 'id': 'q24.3', 'start': 127900001, 'end': 130900000, 'type': 'gpos50' },
586
+ { 'id': 'q25', 'start': 130900001, 'end': 135086622, 'type': 'gneg' }
587
+ ]
588
+ },
589
+ '12': {
590
+ 'size' : 133275309,
591
+ 'bands' : [
592
+ { 'id': 'p11.1', 'start': 33200001, 'end': 35500000, 'type': 'acen' },
593
+ { 'id': 'p11.21', 'start': 30500001, 'end': 33200000, 'type': 'gneg' },
594
+ { 'id': 'p11.22', 'start': 27600001, 'end': 30500000, 'type': 'gpos50' },
595
+ { 'id': 'p11.23', 'start': 26300001, 'end': 27600000, 'type': 'gneg' },
596
+ { 'id': 'p12.1', 'start': 21100001, 'end': 26300000, 'type': 'gpos100' },
597
+ { 'id': 'p12.2', 'start': 19800001, 'end': 21100000, 'type': 'gneg' },
598
+ { 'id': 'p12.3', 'start': 14600001, 'end': 19800000, 'type': 'gpos100' },
599
+ { 'id': 'p13.1', 'start': 12600001, 'end': 14600000, 'type': 'gneg' },
600
+ { 'id': 'p13.2', 'start': 10000001, 'end': 12600000, 'type': 'gpos75' },
601
+ { 'id': 'p13.31', 'start': 5300001, 'end': 10000000, 'type': 'gneg' },
602
+ { 'id': 'p13.32', 'start': 3200001, 'end': 5300000, 'type': 'gpos25' },
603
+ { 'id': 'p13.33', 'start': 1, 'end': 3200000, 'type': 'gneg' },
604
+ { 'id': 'q11', 'start': 35500001, 'end': 37800000, 'type': 'acen' },
605
+ { 'id': 'q12', 'start': 37800001, 'end': 46000000, 'type': 'gpos100' },
606
+ { 'id': 'q13.11', 'start': 46000001, 'end': 48700000, 'type': 'gneg' },
607
+ { 'id': 'q13.12', 'start': 48700001, 'end': 51100000, 'type': 'gpos25' },
608
+ { 'id': 'q13.13', 'start': 51100001, 'end': 54500000, 'type': 'gneg' },
609
+ { 'id': 'q13.2', 'start': 54500001, 'end': 56200000, 'type': 'gpos25' },
610
+ { 'id': 'q13.3', 'start': 56200001, 'end': 57700000, 'type': 'gneg' },
611
+ { 'id': 'q14.1', 'start': 57700001, 'end': 62700000, 'type': 'gpos75' },
612
+ { 'id': 'q14.2', 'start': 62700001, 'end': 64700000, 'type': 'gneg' },
613
+ { 'id': 'q14.3', 'start': 64700001, 'end': 67300000, 'type': 'gpos50' },
614
+ { 'id': 'q15', 'start': 67300001, 'end': 71100000, 'type': 'gneg' },
615
+ { 'id': 'q21.1', 'start': 71100001, 'end': 75300000, 'type': 'gpos75' },
616
+ { 'id': 'q21.2', 'start': 75300001, 'end': 79900000, 'type': 'gneg' },
617
+ { 'id': 'q21.31', 'start': 79900001, 'end': 86300000, 'type': 'gpos100' },
618
+ { 'id': 'q21.32', 'start': 86300001, 'end': 88600000, 'type': 'gneg' },
619
+ { 'id': 'q21.33', 'start': 88600001, 'end': 92200000, 'type': 'gpos100' },
620
+ { 'id': 'q22', 'start': 92200001, 'end': 95800000, 'type': 'gneg' },
621
+ { 'id': 'q23.1', 'start': 95800001, 'end': 101200000, 'type': 'gpos75' },
622
+ { 'id': 'q23.2', 'start': 101200001, 'end': 103500000, 'type': 'gneg' },
623
+ { 'id': 'q23.3', 'start': 103500001, 'end': 108600000, 'type': 'gpos50' },
624
+ { 'id': 'q24.11', 'start': 108600001, 'end': 111300000, 'type': 'gneg' },
625
+ { 'id': 'q24.12', 'start': 111300001, 'end': 111900000, 'type': 'gpos25' },
626
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627
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628
+ { 'id': 'q24.22', 'start': 116400001, 'end': 117700000, 'type': 'gneg' },
629
+ { 'id': 'q24.23', 'start': 117700001, 'end': 120300000, 'type': 'gpos50' },
630
+ { 'id': 'q24.31', 'start': 120300001, 'end': 125400000, 'type': 'gneg' },
631
+ { 'id': 'q24.32', 'start': 125400001, 'end': 128700000, 'type': 'gpos50' },
632
+ { 'id': 'q24.33', 'start': 128700001, 'end': 133275309, 'type': 'gneg' }
633
+ ]
634
+ },
635
+ '13': {
636
+ 'size' : 114364328,
637
+ 'bands' : [
638
+ { 'id': 'p11.1', 'start': 16500001, 'end': 17700000, 'type': 'acen' },
639
+ { 'id': 'p11.2', 'start': 10100001, 'end': 16500000, 'type': 'gvar' },
640
+ { 'id': 'p12', 'start': 4600001, 'end': 10100000, 'type': 'stalk' },
641
+ { 'id': 'p13', 'start': 1, 'end': 4600000, 'type': 'gvar' },
642
+ { 'id': 'q11', 'start': 17700001, 'end': 18900000, 'type': 'acen' },
643
+ { 'id': 'q12.11', 'start': 18900001, 'end': 22600000, 'type': 'gneg' },
644
+ { 'id': 'q12.12', 'start': 22600001, 'end': 24900000, 'type': 'gpos25' },
645
+ { 'id': 'q12.13', 'start': 24900001, 'end': 27200000, 'type': 'gneg' },
646
+ { 'id': 'q12.2', 'start': 27200001, 'end': 28300000, 'type': 'gpos25' },
647
+ { 'id': 'q12.3', 'start': 28300001, 'end': 31600000, 'type': 'gneg' },
648
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649
+ { 'id': 'q13.2', 'start': 33400001, 'end': 34900000, 'type': 'gneg' },
650
+ { 'id': 'q13.3', 'start': 34900001, 'end': 39500000, 'type': 'gpos75' },
651
+ { 'id': 'q14.11', 'start': 39500001, 'end': 44600000, 'type': 'gneg' },
652
+ { 'id': 'q14.12', 'start': 44600001, 'end': 45200000, 'type': 'gpos25' },
653
+ { 'id': 'q14.13', 'start': 45200001, 'end': 46700000, 'type': 'gneg' },
654
+ { 'id': 'q14.2', 'start': 46700001, 'end': 50300000, 'type': 'gpos50' },
655
+ { 'id': 'q14.3', 'start': 50300001, 'end': 54700000, 'type': 'gneg' },
656
+ { 'id': 'q21.1', 'start': 54700001, 'end': 59000000, 'type': 'gpos100' },
657
+ { 'id': 'q21.2', 'start': 59000001, 'end': 61800000, 'type': 'gneg' },
658
+ { 'id': 'q21.31', 'start': 61800001, 'end': 65200000, 'type': 'gpos75' },
659
+ { 'id': 'q21.32', 'start': 65200001, 'end': 68100000, 'type': 'gneg' },
660
+ { 'id': 'q21.33', 'start': 68100001, 'end': 72800000, 'type': 'gpos100' },
661
+ { 'id': 'q22.1', 'start': 72800001, 'end': 74900000, 'type': 'gneg' },
662
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663
+ { 'id': 'q22.3', 'start': 76700001, 'end': 78500000, 'type': 'gneg' },
664
+ { 'id': 'q31.1', 'start': 78500001, 'end': 87100000, 'type': 'gpos100' },
665
+ { 'id': 'q31.2', 'start': 87100001, 'end': 89400000, 'type': 'gneg' },
666
+ { 'id': 'q31.3', 'start': 89400001, 'end': 94400000, 'type': 'gpos100' },
667
+ { 'id': 'q32.1', 'start': 94400001, 'end': 97500000, 'type': 'gneg' },
668
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669
+ { 'id': 'q32.3', 'start': 98700001, 'end': 101100000, 'type': 'gneg' },
670
+ { 'id': 'q33.1', 'start': 101100001, 'end': 104200000, 'type': 'gpos100' },
671
+ { 'id': 'q33.2', 'start': 104200001, 'end': 106400000, 'type': 'gneg' },
672
+ { 'id': 'q33.3', 'start': 106400001, 'end': 109600000, 'type': 'gpos100' },
673
+ { 'id': 'q34', 'start': 109600001, 'end': 114364328, 'type': 'gneg' }
674
+ ]
675
+ },
676
+ '14': {
677
+ 'size' : 107043718,
678
+ 'bands' : [
679
+ { 'id': 'p11.1', 'start': 16100001, 'end': 17200000, 'type': 'acen' },
680
+ { 'id': 'p11.2', 'start': 8000001, 'end': 16100000, 'type': 'gvar' },
681
+ { 'id': 'p12', 'start': 3600001, 'end': 8000000, 'type': 'stalk' },
682
+ { 'id': 'p13', 'start': 1, 'end': 3600000, 'type': 'gvar' },
683
+ { 'id': 'q11.1', 'start': 17200001, 'end': 18200000, 'type': 'acen' },
684
+ { 'id': 'q11.2', 'start': 18200001, 'end': 24100000, 'type': 'gneg' },
685
+ { 'id': 'q12', 'start': 24100001, 'end': 32900000, 'type': 'gpos100' },
686
+ { 'id': 'q13.1', 'start': 32900001, 'end': 34800000, 'type': 'gneg' },
687
+ { 'id': 'q13.2', 'start': 34800001, 'end': 36100000, 'type': 'gpos50' },
688
+ { 'id': 'q13.3', 'start': 36100001, 'end': 37400000, 'type': 'gneg' },
689
+ { 'id': 'q21.1', 'start': 37400001, 'end': 43000000, 'type': 'gpos100' },
690
+ { 'id': 'q21.2', 'start': 43000001, 'end': 46700000, 'type': 'gneg' },
691
+ { 'id': 'q21.3', 'start': 46700001, 'end': 50400000, 'type': 'gpos100' },
692
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696
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701
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702
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704
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705
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706
+ { 'id': 'q32.13', 'start': 94200001, 'end': 95800000, 'type': 'gneg' },
707
+ { 'id': 'q32.2', 'start': 95800001, 'end': 100900000, 'type': 'gpos50' },
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710
+ { 'id': 'q32.33', 'start': 103500001, 'end': 107043718, 'type': 'gneg' }
711
+ ]
712
+ },
713
+ '15': {
714
+ 'size' : 101991189,
715
+ 'bands' : [
716
+ { 'id': 'p11.1', 'start': 17500001, 'end': 19000000, 'type': 'acen' },
717
+ { 'id': 'p11.2', 'start': 9700001, 'end': 17500000, 'type': 'gvar' },
718
+ { 'id': 'p12', 'start': 4200001, 'end': 9700000, 'type': 'stalk' },
719
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720
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721
+ { 'id': 'q11.2', 'start': 20500001, 'end': 25500000, 'type': 'gneg' },
722
+ { 'id': 'q12', 'start': 25500001, 'end': 27800000, 'type': 'gpos50' },
723
+ { 'id': 'q13.1', 'start': 27800001, 'end': 30000000, 'type': 'gneg' },
724
+ { 'id': 'q13.2', 'start': 30000001, 'end': 30900000, 'type': 'gpos50' },
725
+ { 'id': 'q13.3', 'start': 30900001, 'end': 33400000, 'type': 'gneg' },
726
+ { 'id': 'q14', 'start': 33400001, 'end': 39800000, 'type': 'gpos75' },
727
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728
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730
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731
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742
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746
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747
+ { 'id': 'q26.3', 'start': 98000001, 'end': 101991189, 'type': 'gneg' }
748
+ ]
749
+ },
750
+ '16': {
751
+ 'size' : 90338345,
752
+ 'bands' : [
753
+ { 'id': 'p11.1', 'start': 35300001, 'end': 36800000, 'type': 'acen' },
754
+ { 'id': 'p11.2', 'start': 28500001, 'end': 35300000, 'type': 'gneg' },
755
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756
+ { 'id': 'p12.2', 'start': 21200001, 'end': 24200000, 'type': 'gneg' },
757
+ { 'id': 'p12.3', 'start': 16700001, 'end': 21200000, 'type': 'gpos50' },
758
+ { 'id': 'p13.11', 'start': 14700001, 'end': 16700000, 'type': 'gneg' },
759
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760
+ { 'id': 'p13.13', 'start': 10400001, 'end': 12500000, 'type': 'gneg' },
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+ { 'id': 'p13.2', 'start': 7800001, 'end': 10400000, 'type': 'gpos50' },
762
+ { 'id': 'p13.3', 'start': 1, 'end': 7800000, 'type': 'gneg' },
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764
+ { 'id': 'q11.2', 'start': 38400001, 'end': 47000000, 'type': 'gvar' },
765
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766
+ { 'id': 'q12.2', 'start': 52600001, 'end': 56000000, 'type': 'gpos50' },
767
+ { 'id': 'q13', 'start': 56000001, 'end': 57300000, 'type': 'gneg' },
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+ { 'id': 'q24.1', 'start': 84100001, 'end': 87000000, 'type': 'gneg' },
776
+ { 'id': 'q24.2', 'start': 87000001, 'end': 88700000, 'type': 'gpos25' },
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+ { 'id': 'q24.3', 'start': 88700001, 'end': 90338345, 'type': 'gneg' }
778
+ ]
779
+ },
780
+ '17': {
781
+ 'size' : 83257441,
782
+ 'bands' : [
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794
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800
+ { 'id': 'q23.3', 'start': 63100001, 'end': 64600000, 'type': 'gneg' },
801
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802
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803
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804
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805
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806
+ { 'id': 'q25.3', 'start': 77200001, 'end': 83257441, 'type': 'gneg' }
807
+ ]
808
+ },
809
+ '18': {
810
+ 'size' : 80373285,
811
+ 'bands' : [
812
+ { 'id': 'p11.1', 'start': 15400001, 'end': 18500000, 'type': 'acen' },
813
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814
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815
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816
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817
+ { 'id': 'p11.32', 'start': 1, 'end': 2900000, 'type': 'gneg' },
818
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819
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820
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821
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822
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823
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824
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825
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826
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827
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828
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829
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830
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831
+ { 'id': 'q23', 'start': 75400001, 'end': 80373285, 'type': 'gneg' }
832
+ ]
833
+ },
834
+ '19': {
835
+ 'size' : 58617616,
836
+ 'bands' : [
837
+ { 'id': 'p11', 'start': 24200001, 'end': 26200000, 'type': 'acen' },
838
+ { 'id': 'p12', 'start': 19900001, 'end': 24200000, 'type': 'gvar' },
839
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840
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841
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842
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843
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844
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845
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846
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847
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848
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849
+ { 'id': 'q13.2', 'start': 38200001, 'end': 42900000, 'type': 'gpos25' },
850
+ { 'id': 'q13.31', 'start': 42900001, 'end': 44700000, 'type': 'gneg' },
851
+ { 'id': 'q13.32', 'start': 44700001, 'end': 47500000, 'type': 'gpos25' },
852
+ { 'id': 'q13.33', 'start': 47500001, 'end': 50900000, 'type': 'gneg' },
853
+ { 'id': 'q13.41', 'start': 50900001, 'end': 53100000, 'type': 'gpos25' },
854
+ { 'id': 'q13.42', 'start': 53100001, 'end': 55800000, 'type': 'gneg' },
855
+ { 'id': 'q13.43', 'start': 55800001, 'end': 58617616, 'type': 'gpos25' }
856
+ ]
857
+ },
858
+ '20': {
859
+ 'size' : 64444167,
860
+ 'bands' : [
861
+ { 'id': 'p11.1', 'start': 25700001, 'end': 28100000, 'type': 'acen' },
862
+ { 'id': 'p11.21', 'start': 22300001, 'end': 25700000, 'type': 'gneg' },
863
+ { 'id': 'p11.22', 'start': 21300001, 'end': 22300000, 'type': 'gpos25' },
864
+ { 'id': 'p11.23', 'start': 17900001, 'end': 21300000, 'type': 'gneg' },
865
+ { 'id': 'p12.1', 'start': 12000001, 'end': 17900000, 'type': 'gpos75' },
866
+ { 'id': 'p12.2', 'start': 9200001, 'end': 12000000, 'type': 'gneg' },
867
+ { 'id': 'p12.3', 'start': 5100001, 'end': 9200000, 'type': 'gpos75' },
868
+ { 'id': 'p13', 'start': 1, 'end': 5100000, 'type': 'gneg' },
869
+ { 'id': 'q11.1', 'start': 28100001, 'end': 30400000, 'type': 'acen' },
870
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871
+ { 'id': 'q11.22', 'start': 33500001, 'end': 35800000, 'type': 'gpos25' },
872
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873
+ { 'id': 'q12', 'start': 39000001, 'end': 43100000, 'type': 'gpos75' },
874
+ { 'id': 'q13.11', 'start': 43100001, 'end': 43500000, 'type': 'gneg' },
875
+ { 'id': 'q13.12', 'start': 43500001, 'end': 47800000, 'type': 'gpos25' },
876
+ { 'id': 'q13.13', 'start': 47800001, 'end': 51200000, 'type': 'gneg' },
877
+ { 'id': 'q13.2', 'start': 51200001, 'end': 56400000, 'type': 'gpos75' },
878
+ { 'id': 'q13.31', 'start': 56400001, 'end': 57800000, 'type': 'gneg' },
879
+ { 'id': 'q13.32', 'start': 57800001, 'end': 59700000, 'type': 'gpos50' },
880
+ { 'id': 'q13.33', 'start': 59700001, 'end': 64444167, 'type': 'gneg' }
881
+ ]
882
+ },
883
+ '21': {
884
+ 'size' : 46709983,
885
+ 'bands' : [
886
+ { 'id': 'p11.1', 'start': 10900001, 'end': 12000000, 'type': 'acen' },
887
+ { 'id': 'p11.2', 'start': 7000001, 'end': 10900000, 'type': 'gvar' },
888
+ { 'id': 'p12', 'start': 3100001, 'end': 7000000, 'type': 'stalk' },
889
+ { 'id': 'p13', 'start': 1, 'end': 3100000, 'type': 'gvar' },
890
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891
+ { 'id': 'q11.2', 'start': 13000001, 'end': 15000000, 'type': 'gneg' },
892
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893
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