@zerowall/dsh-plugin-skills 0.1.0-preview.5 → 0.1.0

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-neuroscience.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Neuroscience research workflows: neuroanatomy, neural circuits, neurotransmitter biology, neurological/psychiatric disease genetics, neural-protein function. Uses Allen Brain Atlas, WormBase (C. elegans connectome), UniProt for neural proteins, PubMed for primary literature. Use for brain-region biology, neural development, neurodegeneration mechanisms (Alzheimer's, Parkinson's, ALS), and synaptic-protein characterization.
 
-这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 RMCP 模块。
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-neurosynth-meta-analysis.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Meta-analytic decoding of human fMRI coordinates using the Neurosynth coordinate database (14,371 studies, ~3,228 cognitive/neuroscience terms) — given an MNI brain coordinate, statistically identify which cognitive terms are over-represented in studies reporting activation there ("reverse inference"); given a term, find the studies and coordinates most associated with it ("forward" lookup). Use when someone asks "what does this brain coordinate/region do", "decode this fMRI activation peak", "what terms are associated with [MNI coordinate]", "find studies about [cognitive term] and their activation coordinates", or "reverse-infer cognitive function from a brain location". This is real local analysis on a downloaded, cached coordinate database — not a live API — following ToolUniverse's honesty-contract pattern (real computed statistics, no fabricated term associations).
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-nfcore-pipelines.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Run real end-to-end bioinformatics pipelines (nf-core rnaseq, sarek, atacseq) via Nextflow + Docker/Singularity, for raw FASTQ/BAM data — either local files or public GEO/SRA datasets. Use when someone asks to "run RNA-seq alignment", "quantify gene expression from FASTQs", "call germline or somatic variants from my WGS/WES data", "run an nf-core pipeline", "analyze ATAC-seq chromatin accessibility data", "reanalyze a GEO/SRA dataset (GSE/GSM/SRR accession)", "generate a samplesheet for nf-core", or "set up Nextflow to process my sequencing data". Orchestrates the full pipeline (alignment/quantification, or variant calling, or peak calling) rather than a single step. Honest: shells out to real Nextflow/Docker; checks the environment first and stops with install instructions rather than fabricating pipeline output; always runs the pipeline's small test profile before real data.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-nih-funding-landscape.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Analyze NIH grant portfolios and funding history using the OpenNIH FY1985-present corpus, then connect grants to investigators, institutions, publications, clinical trials, patents, targets, or drugs with ToolUniverse. Use for NIH grant discovery, topic or Institute/Center trends, PI and institution profiles, activity-code or mechanism analysis, funding growth and concentration, grant-writing landscape research, SBIR/STTR landscapes, research-policy analysis, expert discovery, funding-to-output translational impact studies, or public-facing NIH explainers for patients, advocates, local and national journalists, trainees, applicants, institutions, entrepreneurs, and taxpayers.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-noncoding-rna.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Non-coding RNA analysis — miRNAs (miRBase, miRDB targets), lncRNAs (LNCipedia, RNAcentral), circRNAs, snoRNAs, and other ncRNA classes. Distinct mechanisms per class — miRNAs repress mRNA; lncRNAs scaffold/decoy/enhance. Use for ncRNA function prediction, miRNA-target prediction, lncRNA functional annotation, and ncRNA-disease association queries.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-nutrition-food-composition.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Look up nutrient composition, ingredients, allergens, additives, and processing-level classification for foods and branded products via USDA FoodData Central (authoritative US nutrient values, generic + branded foods) and Open Food Facts (crowdsourced global product database — barcode lookup, allergens, additives, Nutri-Score, NOVA processing classification). Use when someone asks 'how much [nutrient] is in [food]', 'what are the ingredients/allergens in [branded product]', 'look up this barcode', 'find products containing/free of [additive/allergen]', or needs dietary/nutrient data for a clinical or research calculation.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-organic-chemistry.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Organic chemistry reasoning guide for reaction product prediction, mechanism analysis (electrophilic/nucleophilic substitution, addition, elimination, pericyclic, radical), and spectroscopy interpretation (1H/13C NMR, IR, MS). Reasons from first principles (electron flow, kinetic vs thermodynamic) rather than pattern-matching named reactions. Use for organic synthesis problems and mechanism explanations.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-pathway-disease-genetics.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Connect GWAS variants to biological pathways and druggable targets. Maps GWAS hits to causal genes (via fine-mapping/eQTL), then to pathways (Reactome, KEGG, WikiPathways), then to existing drugs hitting those pathways. Use for pathway-level disease mechanisms, druggable-pathway prioritization from GWAS, SNP-to-pathway-to-target tracing, and tissue-specific eQTL evidence for drug target hypotheses.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-peptide-target-deorphanization.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Find the real protein target(s) of a peptide from its sequence — peptide target deorphanization / off-target identification, for ANY target class (GPCR, ion channel, protease, cytokine/growth-factor receptor, enzyme, integrin), not only GPCRs. Use when a peptide has a phenotype but does not bind its hypothesized target, when a peptide binds a target in one species or assay but not another, or to screen candidate targets for an orphan peptide. A target-class router steers a multi-route keyless pipeline (PROSITE/ELM motif, BLAST homology, HGNC/InterPro/GPCRdb/GtoPdb target-family enumeration, OpenTargets phenotype anchor, EnsemblCompara/Alliance cross-species reconciliation) plus optional NVIDIA-NIM co-folding (Boltz2, AlphaFold2-Multimer, OpenFold3) for structural confirmation.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-pharmacogenomics.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Pharmacogenomics (PGx) research — drug-gene interactions (CPIC, PharmGKB), CPIC dosing guidelines, variant-drug-response associations, ethnic-allele-frequency considerations, and metabolizer-status scoring. Use for PGx-informed dosing recommendations, CYP/HLA pharmacogenomic allele interpretation, and clinically-actionable PGx report generation.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-pharmacokinetics.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Pharmacokinetic (PK) analysis of concentration-time data — non-compartmental analysis (NCA) for Cmax, Tmax, AUC (0-t and 0-∞), terminal half-life, clearance (CL), volume of distribution (Vd), MRT, and absolute bioavailability (F). Also one-compartment fitting. Use when you have plasma/serum drug concentrations over time after a dose and need PK parameters, or to compute bioavailability from IV + oral AUCs. NOT for ADMET property prediction from structure (use tooluniverse-admet-prediction).
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-pharmacovigilance.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Drug safety and adverse event analysis — FAERS spontaneous-report mining, FDA black-box warnings, signal detection (PRR, ROR, IC), risk factors by demographic/comorbidity, label change tracking, and SIDER curated label-derived side-effect frequencies. Use for post-market safety surveillance, AE signal investigation, drug-AE association strength scoring, "what side effects does drug X have" questions, and pharmacovigilance reports.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-phewas.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Cross-ancestry / cross-biobank phenome-wide association (PheWAS) and replication. Given ONE variant (rsID) or ONE gene, look up every phenotype it associates with across European/UK (UKB-TOPMed), Finnish (FinnGen), Japanese (BioBank Japan), and Taiwanese (TPMI) biobanks, plus exome-wide gene-burden PheWAS (Genebass), then judge whether an association replicates across ancestries or is population-specific. Use whenever the user asks "what else is this variant/gene associated with", "does this association replicate in other ancestries / biobanks", "is this effect East-Asian-specific", "pleiotropy of rsXXX", "phenome scan", or wants to compare effect sizes/allele frequencies of a variant across populations. NOT for the forward direction (trait → which SNPs: use the gwas-* skills), NOT for fine-mapping a locus (use tooluniverse-gwas-finemapping), and NOT for single-SNP mechanism tracing in one population (use tooluniverse-gwas-snp-interpretation).
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-phylogenetics.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Phylogenetic analysis — de novo multiple sequence alignment (Clustal Omega/MUSCLE/MAFFT via EBI_msa_align) and neighbour-joining/UPGMA tree building (EBI_build_phylogenetic_tree) from your own sequences, plus tree analysis, treeness, saturation (PhyKIT), parsimony-informative sites, alignment gap analysis, DVMC, long-branch detection, BUSCO orthologs. Uses PhyKIT, Biopython, DendroPy. Use to align a set of sequences, build a tree from sequences or an alignment, or for phylogenetic tree QC, multi-gene phylogenomics, evolutionary-rate analysis, and comparative-genomics studies.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-plant-genomics.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Plant genomics and biology research — PlantReactome pathways, Ensembl Plants gene structure, POWO species taxonomy, UniProt annotation, KEGG plant pathways. Handles polyploidy (wheat hexaploidy etc.) and homeologous gene copies. Use for crop-gene annotation, plant secondary metabolism queries, and plant-disease/stress-response biology.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-polygenic-risk-score.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Build and interpret polygenic risk scores (PRS) for complex diseases using GWAS summary statistics. Covers PRS construction (clumping/thresholding, PRS-CS), validation in independent cohorts, ancestry-aware adjustment, and clinical interpretation (population-relative risk, not absolute prediction). Use for PRS-based risk stratification.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-population-genetics-1000genomes.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Population genetics using the 1000 Genomes Project (IGSR) — superpopulation/population search, sample metadata, variant frequencies across AFR/AMR/EAS/EUR/SAS, ancestry-specific analyses. Use for ancestry comparison, population-aware allele frequency lookups, and 1000-Genomes-cohort-specific analyses (distinct from gnomAD which has different sample composition).
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-population-genetics.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Population genetics analysis — allele frequencies (gnomAD, 1000 Genomes), Hardy-Weinberg equilibrium testing, Fst between populations, GWAS associations, evolutionary constraint scores. Use for cross-population variant comparison, ancestry-aware allele frequency lookups, and population-level evolutionary analysis.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-precision-medicine-stratification.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Patient stratification for precision medicine — integrate genomic, clinical, and therapeutic data to split patients into responder/non-responder groups, risk tiers, or treatment-decision groups. Use for stratification-by-biomarker, treatment-selection logic, and personalized therapeutic strategy reports per patient subgroup.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-precision-oncology.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Cancer treatment recommendations from molecular profile (mutations + cancer type + biomarkers) — FDA-approved + investigational therapies, resistance mechanisms, matching clinical trials, prognosis. Uses CIViC, ClinVar, OpenTargets, ClinicalTrials.gov. Use for tumor-board treatment recommendations, evidence-tiered actionability assessment, and FDA-precedent-driven therapy selection.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-primer-design.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 PCR / qPCR primer and oligo design — design forward/reverse primers for a target region (SantaLucia nearest-neighbor thermodynamics), compute melting temperature (Tm) and annealing temperature (Ta), check GC content, and screen an oligo for hairpins and primer-dimers. Use when you need primers for a sequence, want to QC an existing primer pair, or need the Tm of an oligo. Covers the primer-design rules (Tm matching, GC clamp, 3'-end, length) and the tools' constraint quirks.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-product-safety-surveillance.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 - Post-market safety surveillance and recall/adverse-event RETRIEVAL across the full spectrum of FDA-regulated products that are NOT covered by the drug-AE signal skills: medical devices, food / dietary supplements / cosmetics, veterinary drugs, and drug supply (shortages). Orchestrates openFDA endpoints (MAUDE device adverse events + device recalls + 510(k), CAERS food/supplement/ cosmetic adverse events, veterinary adverse events, drug shortages, and cross-product enforcement/recall reports). USE WHEN the user asks: "are there adverse events for [device / pacemaker / infusion pump / insulin pump]", "device recalls for [firm/product]", "supplement / vitamin / cosmetic adverse reactions", "is [drug] in shortage", "what injectables are on shortage", "veterinary / animal adverse events for [drug] in [dog/cat/horse]", "food recall for listeria", "MAUDE report for [device]", "CAERS reactions for [brand]". DO NOT USE for drug adverse-event SIGNAL detection or disproportionality (PRR / ROR / IC) or drug-AE association scoring — that is `tooluniverse-pharmacovigilance` / `tooluniverse-adverse-event-detection`. This skill is multi-product surveillance and retrieval, not drug-AE statistical signal mining.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-protein-design-campaign.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Run and review iterative protein binder design campaigns with multiple model families, structural and glycan checks, conditional pH hypotheses, resource-aware computation, and competition submission preparation. Use for ongoing candidate optimization or interpreting conflicting design evidence; not for simple structure retrieval or measured assay analysis.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-protein-interactions.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Protein-protein interaction (PPI) network analysis — STRING (predicted + experimental), BioGRID (curated), SASBDB (small-angle scattering), Complex Portal (curated complex membership and stoichiometry, includes CORUM data). Distinguishes physical interactions (binding) from functional associations (co-expression, co-regulation). Use for interactome queries, complex partner identification, curated complex composition lookup, and pathway-level interaction analysis.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-protein-lof-mechanism.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Propose the mechanism by which a missense variant causes loss-of-function (LoF), synthesizing evidence from 5 independent layers: AlphaMissense pathogenicity, AlphaFold structural context, ESMC sequence likelihood, SAE feature disruption, and DynaMut2 stability ΔΔG. Distinguishes 'structural stability LoF' (mis-folding) from 'direct functional disruption' (catalytic / binding / PTM site damage). Use for coding missense variants where you need a mechanistic causal model, not just a pathogenicity score.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-protein-modification-analysis.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Post-translational modification (PTM) analysis — phosphorylation, ubiquitination, acetylation, glycosylation, methylation. Uses iPTMnet (sites + enzymes), ProtVar (functional consequences), UniProt (baseline), STRING, ELM (linear motifs), MassIVE/ProteomeXchange (experimental), and the EBI Proteins API (mutagenesis, MS-proteomics/HPP peptide evidence, antigenic regions, genomic coordinates, protein-level variant lookup by accession/dbSNP/HGVS) as a cross-validation source. Use for PTM site annotation, kinase-substrate identification, and PTM-disease associations.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-protein-sae-variant-interpretation.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Interpret a missense variant via ESMC-6B Sparse Autoencoder (SAE) feature activations. For a given protein + variant, computes which interpretable SAE features (catalytic, ligand-binding, PTM, structural motif, domain, etc.) are lost or gained at the mutation site. Use when standard pathogenicity scores (AlphaMissense, ClinVar) say a variant is damaging but you need a MECHANISTIC explanation — e.g. 'why is this variant LoF?' Complements (does not replace) variant-interpretation and variant-to-mechanism skills, which focus on ACMG classification or regulatory mechanism.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-protein-structural-annotation-pdb.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Given a PDB structure, produce a per-residue annotation table: which residues sit at a binding interface (vs a partner chain), which line a ligand pocket, which are buried (core) vs solvent-exposed (surface), and optionally secondary structure. This is the structural track drawn under a DMS heatmap and the structural prior SAE feature drops are read against. Use when you need to anchor a variant-interpretation or DMS analysis to the protein's actual physical context.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-protein-structure-prediction.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Protein 3D structure prediction from sequence — ESMFold de novo prediction, AlphaFold database retrieval, experimental structures from RCSB, ProtVar variant impact assessment, ProtParam sequence properties. Use for structure prediction when no experimental structure exists, fold-confidence scoring, and structure-guided variant interpretation.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-protein-structure-retrieval.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Protein structure retrieval from RCSB PDB, PDBe, AlphaFold, SWISS-MODEL, 3D-Beacons (cross-provider structure aggregator), and PDB-REDO (re-refined X-ray structures), with disambiguation, quality assessment (resolution, R-factor, pLDDT, coverage), and metadata. Distinguishes high-quality experimental (X-ray under 2 Angstrom) vs predicted vs homology-model vs medium-quality structures. Use for fetching protein structures, structure-quality comparison, batch model-availability checks across a gene list, checking every structure provider at once, and selecting structures for drug design or modeling.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-protein-therapeutic-design.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 AI-guided de novo protein design — RFdiffusion backbone generation, ProteinMPNN sequence design, structure validation (pLDDT, pTM, MPNN scores). Use for designing therapeutic protein binders, novel scaffolds, enzyme variants, and miniprotein/protein-interface design before experimental validation.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-proteomics-analysis.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Mass-spec proteomics analysis — protein identification, quantification (LFQ, TMT, iTRAQ), differential expression (tumor vs normal, treatment vs control), PTM identification, and pathway enrichment on protein lists. Use when you have proteomics MS output, asking about protein abundance differences, or doing systems-level proteomic interpretation.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-proteomics-data-retrieval.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Find and retrieve proteomics datasets from MassIVE, ProteomeXchange, PRIDE Archive, and the NCI Proteomics Data Commons (PDC). Search by species, keyword, accession, or protein; retrieve detailed metadata (instruments, publications, species, PTMs studied), real file-download URLs (PRIDE), or quantitative abundance matrices with clinical linkage (PDC/CPTAC). Use for locating public proteomics datasets to reanalyze, comparing instrument/protocol coverage across studies, pre-download dataset evaluation, and finding every dataset that identified a specific protein.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-rare-disease-diagnosis.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Rare disease differential diagnosis from patient phenotype — HPO term matching to candidate diseases (Orphanet, OMIM), gene panel prioritization, ACMG variant interpretation, and structure-based variant analysis. Use for diagnostic odyssey assistance, phenotype-to-disease ranking, and genetic-counseling differential generation.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-rare-disease-genomics.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Rare disease genomics — disease identification (Orphanet), causative gene discovery, gene-disease validity (GenCC), variant interpretation (ClinVar), and translational research (ClinicalTrials.gov, drug repurposing for orphans). Use for rare-disease-gene curation, novel-gene-discovery analysis, and rare-disease drug-development support.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-regulatory-genomics.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Transcription factor binding, cis-regulatory elements (cCREs), chromatin accessibility, and regulatory annotation using JASPAR (motifs), UniBind, ENCODE (cCREs, ChIP-seq), RegulomeDB (regulatory variant scoring), UCSC, and the Ensembl Regulatory Build (motif instances, evolutionarily constrained elements, TF binding matrices) — plus sequence-based deep-learning prediction of regulatory activity and non-coding variant effects (AlphaGenome, Enformer, Borzoi, ChromBPNet, Evo 2). Use for regulatory element annotation, TF-binding-site prediction, regulatory-region functional impact assessment, and predicting how a non-coding variant or a raw DNA sequence affects expression/chromatin/accessibility. Use this whenever a user asks what regulates a gene, whether a SNP hits a regulatory element, or to predict a non-coding variant's functional effect from sequence.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-regulatory-variant-analysis.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Non-coding/regulatory variant interpretation — GWAS association lookup, eQTL evidence (GTEx), chromatin state (ENCODE), regulatory variant scoring (RegulomeDB, CADD), TF-binding disruption, and sequence-based deep-learning prediction (AlphaGenome/AlphaGenome Atlas) for when annotation databases are silent. Use for non-coding GWAS hit interpretation, eQTL-based gene assignment, and regulatory mechanism reasoning. Distinct from coding-variant tools.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-residue-functional-mechanism-interpretation.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Given a set of residues in a protein, explain WHY they are functionally critical by combining structural context (binding interface, ligand pocket, core, secondary structure), UniProt features (active sites, binding sites, PTM sites, disulfides), optional SAE feature evidence, and optional DMS data. Accepts residues from any source: DMS hotspots (top-K by max effect), ClinVar recurrent variants, literature-reported hot regions, evolutionarily conserved positions, or user-curated lists. Returns a per-cluster mechanism call: catalytic / ligand-binding / interface / structural-core / PTM / regulatory / unknown.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-rnaseq-deseq2.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 RNA-seq differential expression analysis with DESeq2, edgeR, and limma-voom — DEG lists, fold changes, dispersion estimation, design formulas including covariates, multi-condition contrasts, and Venn-set operations across groups. Routes across DESeq2 (default), edgeR (QL-F / exact test for small replicate counts), and limma-voom (large n / complex designs). Use when you have a count matrix + metadata, want to find DEGs, or need dispersion/PCA/clustering analysis. Includes RULE ZERO precedence (read executed.ipynb if present).
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-scientific-peer-review.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Review scientific manuscripts, abstracts, methods, statistical analyses, results, discussions, protocols, and experimental designs using calibrated rubrics and prioritized revision advice. Use for journal-style peer review, study-design scoring, methodology or statistics critique, novelty and literature-context assessment, interpretation checks, scientific writing review, reproducibility review, ethics screening, protocol optimization, or a combined manuscript review. This is the host-agent replacement for the corresponding ToolUniverse AgenticTool reviewers and does not require a ToolUniverse backend LLM API.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-scientific-problem-selection.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Conversational framework for choosing what scientific problem to work on, pitching a new project idea, troubleshooting a stuck project, or making a strategic research decision. Use when users say "I have an idea for a project", "I'm stuck on my research", "what should I work on", "help me evaluate this project's risk", "is this idea worth pursuing", "help me decide between two research directions", "I need strategic advice about my research", or ask to pitch/refine/de-risk a hypothesis before running any experiments or analyses. Grounds the conversation in real literature-precedent and funding-landscape lookups rather than pure opinion.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-scvi-tools.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Deep learning for single-cell omics using scvi-tools — probabilistic (VAE-based) batch correction and integration with scVI, semi-supervised integration and label transfer with scANVI, CITE-seq RNA+protein joint modeling with totalVI, scATAC-seq analysis with PeakVI, multiome RNA+ATAC joint modeling with MultiVI, spatial transcriptomics cell-type deconvolution with DestVI, and RNA velocity with veloVI. Use when scVI, scANVI, totalVI, PeakVI, MultiVI, DestVI, or veloVI are mentioned by name, or when a request needs deep-learning-based batch correction, reference mapping / scArches-style query-to-reference mapping, denoising single-cell counts, joint modeling of two modalities (RNA+protein, RNA+ATAC, single-cell+spatial), or a variational-autoencoder latent space for single-cell data — as opposed to classic scanpy/Harmony-based integration.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-self-review.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Review existing work against the user's actual goal and surface evidence-backed strengths, gaps, risks, and next fixes. Use when asked to eval, evaluate, review, assess, or check current/this/my/our work; decide whether a task is complete; build a definition-of-done checklist or rubric; or perform grading, LLM-as-judge, Qworld, or RET evaluation. Treat plain eval/review requests as qualitative: resolve "current work" from the conversation, artifacts, files, or diff, and never assign numeric scores unless the user explicitly requests scores, grades, points, ratings, weighted criteria, Qworld, or RET. Do not use for implementing automated eval suites, tests, graders, or benchmarks.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-sequence-analysis.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Biological sequence analysis — gene/protein sequence retrieval (NCBI, Ensembl, UniProt), nucleotide/protein search, ortholog discovery, and FASTQ QC + alignment workflows (Trimmomatic, BWA, samtools, coverage depth). Use for sequence retrieval, sequence comparison, FASTQ QC analysis, and read alignment pre-processing.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-sequence-retrieval.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Retrieve DNA/RNA/protein sequences from NCBI and ENA with disambiguation. Quality hierarchy: RefSeq (NM_/NP_) > RefSeq predicted (XM_/XP_) > GenBank submissions. Use for fetching specific sequences by accession, gene-symbol-to-sequence lookup, transcript-isoform retrieval, and curated-vs-raw-submission preference.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-single-cell.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Single-cell RNA-seq analysis with scanpy/anndata — h5ad data loading, scRNA-seq quality control and QC gating (n_genes_by_counts, total_counts, mitochondrial percent / pct_counts_mt, pct_counts_ribo, doublet detection with Scrublet/scDblFinder, ambient RNA / SoupX awareness, empty-droplet filtering, MAD-based thresholds), normalization, dimensionality reduction (PCA, UMAP, t-SNE), clustering (Leiden, Louvain), marker gene identification, cell-type annotation, pseudotime/trajectory analysis. Use for any scRNA-seq workflow, including deciding which cells to filter, flag, or investigate before downstream analysis.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-small-molecule-discovery.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Small molecule identification, characterization, and procurement — PubChem, ChEMBL, BindingDB, ADMET-AI, SwissADME, eMolecules, Enamine. Covers compound name to structure to activity to ADMET properties to commercial sourcing. Use for chemical biology, lead identification, probe selection, and the full small-molecule discovery pipeline.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-spatial-omics-analysis.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Spatial multi-omics interpretation pipeline. Transforms spatially variable genes (SVGs), domain annotations, and tissue context into biological insights via domain-by-domain characterization, cell-type composition, spatial gene expression patterns, RNA+protein+metabolite integration. Use for Visium, MERFISH, seqFISH, Slide-seq, spatial proteomics, and spatial multi-omics interpretation. Goes beyond statistics to disease mechanisms and therapeutic opportunities.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-spatial-transcriptomics.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Spatial transcriptomics analysis — Visium, MERFISH, seqFISH, Slide-seq. Maps gene expression to tissue architecture, identifies spatially variable genes (SVGs), tissue-domain segmentation, and cell-cell interaction inference. Use for spatial gene-expression questions, tissue architecture analysis, and SVG identification.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-statistical-modeling.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Statistical modeling — linear/logistic/ordinal/Poisson regression, ANOVA, Kruskal-Wallis, chi-square, Mann-Whitney, Cox survival, spline fits (R `ns()`), odds ratios, Cohen's d, F-statistic, p-value computation. Specializes in clinical-trial AE analysis (SDTM DM/AE), severity ordinal regression, and per-feature stat workflows.
 
-这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 RMCP 模块。
+这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 zerowallrmcp 模块。
 
 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：