@zerowall/dsh-plugin-skills 0.1.0-preview.5 → 0.1.0

package/resources/skills/zerowall-rbioagent/SKILL.md

@@ -1,15 +1,15 @@
----
-name: zerowall-rbioagent
-description: 远程 Biomni 精确生物工具、数据湖、Python 与可选 Agent。
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-
-## ZeroWall runtime
-
-Use only the tools exposed by the active DSH session. Load skills with the `skill` tool. Local Python dependencies are managed through `python_environment`; the executable and dependency paths come from the Host runtime service. Resource scripts read `ZEROWALL_PYTHON_EXECUTABLE`, `ZEROWALL_PYTHON_SITE_PACKAGES` and `ZEROWALL_PYTHON_ENV_ROOT` when they need explicit runtime paths. Never reconstruct an installation path or alter system Python. Remote workflows use the live `research_workflow` and `r_files` schemas; missing remote capabilities remain unavailable. Loading instructions does not execute code, install dependencies, enable external models or activate upstream CLI hooks.
-
+---
+name: zerowall-rbioagent
+description: 远程 Biomni 精确生物工具、数据湖、Python 与可选 Agent。
+---
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+## ZeroWall runtime
+
+Use only the tools exposed by the active DSH session. Load skills with the `skill` tool. Local Python dependencies are managed through `python_environment`; the executable and dependency paths come from the Host runtime service. Resource scripts read `ZEROWALL_PYTHON_EXECUTABLE`, `ZEROWALL_PYTHON_SITE_PACKAGES` and `ZEROWALL_PYTHON_ENV_ROOT` when they need explicit runtime paths. Never reconstruct an installation path or alter system Python. Remote workflows use the live `research_workflow` and `r_files` schemas; missing remote capabilities remain unavailable. Loading instructions does not execute code, install dependencies, enable external models or activate upstream CLI hooks.
+
 # 远程 Biomni 精确生物工具、数据湖、Python 与可选 Agent。
 
-生物数据库、基因/蛋白查询或远程生信能力请求时主动加载 zerowall-rmcp 与本 Skill，并通过唯一物理连接 `rmcp` 检索精确工具；开放式复杂任务仅在任务适合且用户意图允许时用 Agent。AnnData 专项方法选择 OmicVerse；本地文件的轻量查看可本地完成，但 R 计算默认远程。
+生物数据库、基因/蛋白查询或远程生信能力请求时主动加载本 Skill，并通过唯一物理连接 `zerowallrmcp` 检索精确工具；开放式复杂任务仅在任务适合且用户意图允许时用 Agent。AnnData 专项方法选择 OmicVerse；本地文件的轻量查看可本地完成，但 R 计算默认远程。
 
 ## 功能地图
 
@@ -52,7 +52,7 @@ Use only the tools exposed by the active DSH session. Load skills with the `skil
   "parameters": {
     "operation": "biomni.run.python",
     "arguments": {
-      "project_id": "rmcp-demo",
+      "project_id": "zerowallrmcp-demo",
       "code": "from pathlib import Path\nPath(\"hello.txt\").write_text(\"Biomni remote runtime\")",
       "confirm": true
     },
@@ -85,4 +85,4 @@ Skill 加载结果的 `resourceBase` 是资源根目录；以它解析下列相
 - [场景与失败恢复](references/scenarios.md)：提交后如何跟踪、取回产物及处理模块特有错误。
 - [数据约定](references/data-formats.md)：输入/输出、ID 和路径边界。
 
-科学资源发现、文献、基因蛋白、药物化学及临床数据库的精确查询可转交 `zerowall-tooluniverse`，`workflow_id=tooluniverse`。既有专项分析继续使用本模块；先发现、describe 实时 schema，再提交并跟踪任务与 Manifest。
+科学资源发现、文献、基因蛋白、药物化学及临床数据库的精确查询可转交 `zerowall-tooluniverse`，`workflow_id=tooluniverse`。既有专项分析继续使用本模块；先发现、describe 实时 schema，再提交并跟踪任务与 Manifest。

package/resources/skills/zerowall-rbioagent/references/examples.json

@@ -28,7 +28,7 @@
         "parameters": {
           "operation": "biomni.run.python",
           "arguments": {
-            "project_id": "rmcp-demo",
+            "project_id": "zerowallrmcp-demo",
             "code": "from pathlib import Path\nPath(\"hello.txt\").write_text(\"Biomni remote runtime\")",
             "confirm": true
           },

package/resources/skills/zerowall-rbioagent/references/scenarios.md

@@ -11,6 +11,6 @@ provider/model/endpoint/API 类型和凭据由 Host 提供，模型不得填写
 3. 查询本地 run_id，等待终态；失败读取返回的远程类型及该类型日志接口，禁止把 download_job_id 交给普通 R jobs。
 4. 将 Manifest 中 project_id/path 传给 Host r_files download_workspace；本地路径在当前工作区内。核对大小和 SHA-256。
 
-动态工具完整示例：search `find_n_glycosylation_motifs`，describe 返回的 `biomni.tool.glycoengineering.find_n_glycosylation_motifs`，run 的业务参数为 `{"project_id":"rmcp-demo","tool_arguments":{"sequence":"NATNPSNVT"},"confirm":true}`。用独立 request_id 提交，再检查本地 run_id 的终态及 result；这是短测试序列的计算演示。
+动态工具完整示例：search `find_n_glycosylation_motifs`，describe 返回的 `biomni.tool.glycoengineering.find_n_glycosylation_motifs`，run 的业务参数为 `{"project_id":"zerowallrmcp-demo","tool_arguments":{"sequence":"NATNPSNVT"},"confirm":true}`。用独立 request_id 提交，再检查本地 run_id 的终态及 result；这是短测试序列的计算演示。
 
 `missing_dependencies` 时先看工具的依赖条目，不重复提交；数据库请求返回空集时区分网络失败与真实无匹配。Agent 的鉴权错误先检查当前模型连接，不能在提示词补密钥或换模型。Python 写文件到任务输出目录，模型仅返回文本而无产物时不声称已生成报告。

package/resources/skills/zerowall-rplotfigure/SKILL.md

@@ -17,7 +17,7 @@ Use only the tools exposed by the active DSH session. Load skills with the `skil
 
 ## 入口与准备
 
-直接调用 `research_workflow`，并以当前 schema 为准。下列 JSON 是该工具的参数；不要把工作流 ID 当工具名。只有一条物理连接 `rmcp`，工作流按需连接。
+直接调用 `research_workflow`，并以当前 schema 为准。下列 JSON 是该工具的参数；不要把工作流 ID 当工具名。只有一条物理连接 `zerowallrmcp`，工作流按需连接。
 
 查询 schema：`action=describe`，精确 ID 放顶层 `operation`。业务调用：`action=query/run`，精确 ID 放 `parameters.operation`，业务参数放 `parameters.arguments`。只读 query 不创建 Run、不需要 request_id；run 必须有唯一 request_id，同一提交重试复用，参数变化换新 ID。`offline=true` 的 describe 仅浏览本地快照，不能证明在线能力可用。
 
@@ -54,7 +54,7 @@ Use only the tools exposed by the active DSH session. Load skills with the `skil
   "parameters": {
     "operation": "figureya.create.plan",
     "arguments": {
-      "project_id": "rmcp-demo",
+      "project_id": "zerowallrmcp-demo",
       "action": "plan",
       "mode": "custom_r",
       "code": "png(\"plot.png\"); plot(1:3, c(2,4,7)); dev.off()",
@@ -87,7 +87,7 @@ plan_id 表示已保存计划，不表示绘图完成；figureya.generate.report
   "parameters": {
     "operation": "figureya.run.plan",
     "arguments": {
-      "project_id": "rmcp-demo",
+      "project_id": "zerowallrmcp-demo",
       "plan_id": "<创建结果中的 plan_id>",
       "confirm": true
     },

package/resources/skills/zerowall-rplotfigure/references/examples.json

@@ -30,7 +30,7 @@
         "parameters": {
           "operation": "figureya.create.plan",
           "arguments": {
-            "project_id": "rmcp-demo",
+            "project_id": "zerowallrmcp-demo",
             "action": "plan",
             "mode": "custom_r",
             "code": "png(\"plot.png\"); plot(1:3, c(2,4,7)); dev.off()",

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/SKILL.md

@@ -1,6 +1,6 @@
 ---
 name: zerowall-tooluniverse
-description: 通过远程 RMCP 发现与精确调用科学资源工具，查询文献、基因蛋白、药物化学、疾病临床及数据计算资源，跟踪任务并下载可核验产物。
+description: 通过远程 zerowallrmcp 发现与精确调用科学资源工具，查询文献、基因蛋白、药物化学、疾病临床及数据计算资源，跟踪任务并下载可核验产物。
 ---
 
 ## ZeroWall runtime
@@ -9,7 +9,7 @@ Use only the tools exposed by the active DSH session. Load skills with the `skil
 
 # ToolUniverse 科学资源
 
-使用 Host `research_workflow`，固定 `workflow_id=tooluniverse`，物理连接为 `rmcp`。连接未知时先发现并调用 `mcp_connect`。ToolUniverse 负责科学资源发现和精确查询；已建立的 Biomni 专项流程、数据湖与 Agent 继续使用 `biomni`；AnnData、单细胞、空间与多组学分析使用 `omicverse`；R 统计分析使用相应 R 模块。
+使用 Host `research_workflow`，固定 `workflow_id=tooluniverse`，物理连接为 `zerowallrmcp`。连接未知时先发现并调用 `mcp_connect`。ToolUniverse 负责科学资源发现和精确查询；已建立的 Biomni 专项流程、数据湖与 Agent 继续使用 `biomni`；AnnData、单细胞、空间与多组学分析使用 `omicverse`；R 统计分析使用相应 R 模块。
 
 按任务读取一个领域参考：[文献](references/literature.md)、[基因与蛋白](references/genes-proteins.md)、[药物与化学](references/drugs-chemistry.md)、[疾病与临床](references/disease-clinical.md)、[数据与计算](references/data-computing.md)。静态操作及生命周期来自 [服务端注册](references/operations.md)，不能把离线目录当成在线验证结果。
 
@@ -33,4 +33,4 @@ Use only the tools exposed by the active DSH session. Load skills with the `skil
 
 检查实时 schema 后使用 `research_workflow` 提交：`{"action":"run","workflow_id":"tooluniverse","parameters":{"operation":"tooluniverse.run.tool","arguments":{"tool_name":"UniProt_get_entry_by_accession","tool_arguments":{"accession":"P05067","compact":true},"confirm":true},"request_id":"uniprot-p05067-1"}}`。若在线 schema 明确要求现有远程 `project_id`，先从用户或服务端获取该 ID；不要创建或注册项目。
 
-领域参考改写自固定上游科学工作流，并统一转为远程 RMCP 调用；不在科研流程安装软件、发布工具或配置共享电脑。来源及许可证见 [UPSTREAM.json](UPSTREAM.json) 和 [LICENSE](LICENSE)。
+领域参考改写自固定上游科学工作流，并统一转为远程 zerowallrmcp 调用；不在科研流程安装软件、发布工具或配置共享电脑。来源及许可证见 [UPSTREAM.json](UPSTREAM.json) 和 [LICENSE](LICENSE)。

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/UPSTREAM.json

@@ -1,7 +1,7 @@
-{
-  "repository": "https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse",
-  "sdkVersion": "1.5.7",
-  "skillsCommit": "169d065deeb3e289b3ff36d665529a123bdad791",
-  "license": "Apache-2.0",
-  "adaptation": "Domain research navigation rewritten for remote RMCP discovery, exact schemas, persistent jobs, trusted credentials and project artifacts. Installation, publishing and shared computer administration excluded."
-}
+{
+  "repository": "https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse",
+  "sdkVersion": "1.5.7",
+  "skillsCommit": "169d065deeb3e289b3ff36d665529a123bdad791",
+  "license": "Apache-2.0",
+  "adaptation": "Domain research navigation rewritten for remote zerowallrmcp discovery, exact schemas, persistent jobs, trusted credentials and project artifacts. Installation, publishing and shared computer administration excluded."
+}

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-acmg-variant-classification.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Systematic ACMG/AMP germline variant classification with all 28 criteria (PVS1, PS1-4, PM1-6, PP1-5, BA1, BS1-4, BP1-7) for clinical significance. Produces 5-tier verdict (Pathogenic / Likely Pathogenic / VUS / Likely Benign / Benign) with cited evidence per criterion. Use for variant interpretation, VUS resolution, and pathogenicity assessment. Combines ClinVar, gnomAD, computational predictors, and gene-mechanism context.
 
-这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 RMCP 模块。
+这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 zerowallrmcp 模块。
 
 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-admet-prediction.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Comprehensive ADMET (Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion, Toxicity) profiling for drug candidates. Integrates ADMET-AI predictions, SwissADME drug-likeness, PubChemTox experimental toxicity, ChEMBL clinical data, Lipinski rule-of-five, and CYP interaction data. Use for drug-likeness assessment, BBB penetration, bioavailability, hepatotoxicity prediction, ADME/PK profiling, or screening compound libraries before lab testing.
 
-这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 RMCP 模块。
+这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 zerowallrmcp 模块。
 
 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-adverse-event-detection.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Detect and analyze adverse drug event signals using FDA FAERS reports, drug labels, and disproportionality statistics (PRR, ROR, IC). Generates quantitative safety signal scores (0-100) with evidence grading. Use for post-market surveillance, pharmacovigilance, drug safety assessment, regulatory submissions, and detecting rare AE signals not visible in clinical trials.
 
-这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 RMCP 模块。
+这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 zerowallrmcp 模块。
 
 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-adverse-outcome-pathway.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Map environmental and industrial chemicals to adverse outcome pathways (AOPs) — molecular initiating event to organ-level toxicity. Uses AOPWiki, GHS classification, IARC carcinogen status, and LD50 data. Use for environmental/industrial chemical risk assessment, regulatory-grade hazard characterization, and AOP stressor mapping. Distinct from drug-safety analysis (use tooluniverse-pharmacovigilance for drugs).
 
-这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 RMCP 模块。
+这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 zerowallrmcp 模块。
 
 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-aging-senescence.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Aging biology, cellular senescence, and longevity research. Covers senescence markers (p16/CDKN2A, SASP, SA-beta-gal), aging hallmarks, senolytic drug discovery (dasatinib+quercetin, fisetin, navitoclax), epigenetic clocks, telomere biology, and longevity GWAS. Use for senescence-pathway analysis, age-related disease genetics, senolytic-target discovery, and centenarian-genetics queries. Distinguishes correlative vs causal evidence (knockout, intervention).
 
-这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 RMCP 模块。
+这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 zerowallrmcp 模块。
 
 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-antibody-engineering.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Therapeutic antibody engineering and optimization, lead-to-clinical-candidate. Covers sequence humanization (germline alignment, framework retention), affinity maturation, developability (aggregation, stability, PTMs), structure modeling (AlphaFold/PDB CDR analysis), immunogenicity prediction, and manufacturing feasibility. Use for biologic-drug optimization, mAb design review, biosimilar engineering, and clinical-precedent comparison.
 
-这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 RMCP 模块。
+这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 zerowallrmcp 模块。
 
 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-binder-discovery.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Discover novel small-molecule binders for protein targets using structure-based and ligand-based screening. Covers druggability assessment, known-ligand mining (ChEMBL, BindingDB), similarity expansion, ADMET filtering, and synthesis feasibility. Use for hit identification, virtual screening, target-to-compounds workflows, and lead-finding before commit-to-medchem.
 
-这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 RMCP 模块。
+这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 zerowallrmcp 模块。
 
 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-bioinformatics-resource-discovery.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Discover which bioinformatics software tool, biomedical REST API, R/Bioconductor package, CRAN package, or training material exists for a task, before writing analysis code or building a pipeline. Covers ELIXIR bio.tools (30,000+ software tools/databases by keyword, EDAM topic, or EDAM operation), SmartAPI (biomedical API registry, incl. NCATS Translator components), ELIXIR TeSS (bioinformatics training materials/events), Bioconductor (R packages for computational biology), and CRAN (general R packages). Use when someone asks 'is there an existing tool/package for X', 'what software does [analysis]', 'find an API for Y', or 'is there a tutorial on Z'.
 
-这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 RMCP 模块。
+这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 zerowallrmcp 模块。
 
 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-biomedical-fact-lookup.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Answer biomedical FACTUAL / recall / multiple-choice questions by querying ToolUniverse database tools instead of answering from memory. Triggers on any 'which gene/drug/variant/disease/pathway/miRNA/TF...' lookup, any question phrased 'according to <database>' (DisGeNet, OMIM, MSigDB, miRDB, GTRD, MGI, Ensembl, ClinVar, ChEMBL, OpenTargets, Reactome, GtoPdb, UniProt...), and multiple-choice biology/medicine knowledge questions where one option must be verified against an authoritative source. NOT for analyzing user-supplied data files (CSV/VCF/h5ad → use the data-analysis router) and NOT for open-ended literature synthesis. Use whenever a single correct answer exists in a public biomedical database and could be looked up rather than guessed.
 
-这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 RMCP 模块。
+这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 zerowallrmcp 模块。
 
 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-cancer-classification.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Translate free-text tumor descriptions to OncoTree codes and resolve cancer subtypes/tissue hierarchy. Cross-references UMLS/NCI vocabularies. Use for standardizing cancer-type nomenclature in EHR free-text, building cohorts in OncoKB or GDC, mapping tumor-board notes to ontology codes, and ensuring consistent terminology across cancer-genomics pipelines.
 
-这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 RMCP 模块。
+这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 zerowallrmcp 模块。
 
 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-cancer-genomics-tcga.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 TCGA/GDC cancer genomics analysis — cohort construction, clinical metadata retrieval, somatic mutation frequencies, survival analysis, and multi-omics integration. Use for TCGA-BRCA-style cohort studies, mutation prevalence by cancer type, survival-by-mutation analysis, and pan-cancer driver discovery. Always cancer-type-specific (don't use pan-cancer counts without cohort context).
 
-这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 RMCP 模块。
+这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 zerowallrmcp 模块。
 
 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-cancer-variant-interpretation.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Clinical interpretation of somatic cancer mutations for precision oncology. Transforms a gene + variant + cancer-type input into an actionable report: clinical evidence tier (CIViC, OncoKB), therapeutic options (FDA-approved + investigational), resistance mechanisms, prognosis, and matching clinical trials. Use for tumor-board variant calls, somatic-mutation actionability assessment, and treatment selection. Always cancer-type-specific.
 
-这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 RMCP 模块。
+这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 zerowallrmcp 模块。
 
 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-cell-line-profiling.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Cancer cell-line selection and profiling for experimental model choice. Cross-references DepMap, Cellosaurus, COSMIC, PharmacoDB to deliver identity verification, mutation/CNV profile, gene dependencies, drug sensitivities, and druggable targets. Use to answer 'which cell line should I use for studying gene X?' or 'is this cell line a good model for cancer Y?'. Outputs ranked recommendations with rationale, growth characteristics, and known pitfalls.
 
-这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 RMCP 模块。
+这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 zerowallrmcp 模块。
 
 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-chemical-compound-retrieval.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Retrieve chemical compound data from PubChem and ChEMBL with disambiguation, cross-referencing, and stereochemistry handling. Use for resolving compound names to SMILES/InChI/CID/ChEMBL IDs (including OPSIN deterministic IUPAC-name-to-structure parsing), fetching molecular properties, distinguishing isomers/stereo forms, and cross-validating identity across databases. Always use English compound names; flags ambiguous queries (e.g., Vitamin D has multiple forms).
 
-这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 RMCP 模块。
+这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 zerowallrmcp 模块。
 
 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-chemical-safety.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Chemical safety and toxicology assessment integrating ADMET-AI predictions, CTD toxicogenomics, PubChemTox experimental data, GHS/IARC hazard classification, and exposure-context analysis. Use for chemical hazard identification, occupational/consumer-product toxicity, dose-response evaluation, and acute (LD50) vs chronic toxicity assessment. Distinguishes drug toxicity from environmental chemical toxicity.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-chemical-sourcing.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Find commercial sources for chemical compounds — PubChem/ChEMBL identity resolution then vendor catalog search across ZINC, Enamine, eMolecules, Mcule. Compares pricing, availability, and identifies purchasable analogs when an exact compound is not in stock. Use for chemical procurement, virtual library curation, and 'where can I buy X' questions for synthesis planning.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-clinical-data-integration.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 End-to-end drug safety review integrating FDA labels, FAERS adverse event reports, PRR/ROR disproportionality, pharmacogenomic biomarkers, clinical trial data, and published literature. Use for regulatory drug safety reviews, comprehensive pharmacovigilance reports, label-vs-real-world AE comparison, and clinical decision support for drug safety.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-clinical-guidelines.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Search and retrieve clinical practice guidelines from 12+ authoritative sources — NICE, WHO, NCCN, AHA, ADA, SIGN, USPSTF, IDSA, NIH consensus, ESMO/ESC/EASL European societies, and US specialty associations. Use for evidence-graded treatment recommendations, dosing protocols, screening guidance, and authoritative-source-prioritized clinical guidance (NICE/WHO ranked above society guidelines).
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-clinical-risk-scoring.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Compute and interpret validated bedside clinical risk scores and pretest probabilities for an INDIVIDUAL patient — pick the right score for the scenario, gather inputs, run the deterministic calculator tool, and read the result against an interpretation table. Covers CHA2DS2-VASc (AF stroke risk), HAS-BLED (bleeding on anticoagulation), CURB-65 (pneumonia severity / admit decision), qSOFA (sepsis screen), Child-Pugh + MELD-Na (cirrhosis severity / transplant priority), Wells DVT and Wells PE (VTE pretest probability), ASCVD (10-year cardiovascular risk / statin decision), and eGFR CKD-EPI (kidney function / drug dosing). Use when asked things like "stroke risk for this AF patient", "should this patient be anticoagulated", "pneumonia severity — admit or not?", "sepsis screen this patient", "DVT/PE pretest probability", "10-year cardiovascular risk", "cirrhosis severity / MELD score", or "eGFR / kidney function". Pairs CHA2DS2-VASc with HAS-BLED to weigh anticoagulation. NOT for polygenic/genetic risk (use tooluniverse-polygenic-risk-score), NOT for population-level epidemiology/incidence (use tooluniverse-epidemiological-analysis), and NOT for diagnostic test sensitivity/specificity/likelihood-ratio math (use tooluniverse-diagnostic-test-evaluation).
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-clinical-terminology-lookup.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Fast autocomplete/normalization lookups against the NLM Clinical Table Search Service — resolve a partial or informal drug name to its RxTerms display name and RxCUI, autocomplete a health condition or problem-list entry to its formal name and ICD-10-CM/ICD-9-CM codes, normalize a disease mention to a UMLS CUI, look up an HCPCS Level II billing/DME code, autocomplete a pharmacogenomic star allele (e.g. CYP2D6, CYP2C19) to its nucleotide/protein change, or find a US healthcare provider/organization by name via the NPPES NPI registry. Also covers standardized coding-system lookups: search or look up ICD-10-CM diagnosis codes directly by name or code, resolve a drug name to its full RxNorm identity (RXCUI, related brand/generic products, NDC package-level status/properties), browse NCI Thesaurus cancer-concept hierarchy and its cross-vocabulary maps to MedDRA/SNOMED/GDC, and search/resolve LOINC lab-test and clinical-form codes. Also resolves UniProt's own disease and functional-keyword controlled vocabularies (DI-/KW- IDs) for protein-annotation contexts. Use when someone gives a free-text or informal clinical term ("high blood pressure", "metfor...", "Cleveland Clinic") and needs the standardized name/code before a downstream lookup, or explicitly asks to "autocomplete", "look up the RxCUI for", "find the ICD-10 code for", "look up this star allele", "find the NPI for", "what does ICD-10 code X mean", "look up the NDC for this drug package", "find the NCIt code for this cancer concept", "what does this cancer concept map to in MedDRA", or "find the LOINC code for this lab test".
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-clinical-trial-design.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Strategic clinical trial design feasibility assessment. Analyzes 6 dimensions (endpoint, population, comparator, effect size, duration, regulatory pathway) using precedent trials and FDA guidance. Produces enrollment projections, endpoint recommendations, and approval-pathway analysis. Use for trial-protocol design, power/sample-size estimation, comparator selection, and FDA submission strategy. Driven by precedent-based reasoning rather than first-principles math.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-clinical-trial-matching.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 AI-driven patient-to-trial matching for precision oncology and rare-disease care. Transforms a patient's molecular profile (mutations, biomarkers, expression) and clinical state into ranked clinical-trial recommendations with evidence tiers. Searches ClinicalTrials.gov, the EU CTIS register (European/EEA trials), AND the ISRCTN registry (UK/international) plus cross-references CIViC, OpenTargets, ChEMBL, and FDA labels. Use for matching patients to trials by genotype, biomarker-driven trial selection, trial-eligibility scoring, and finding trials across the US, Europe, and the UK.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-clinical-trial-protocol.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Generate a full clinical trial protocol document (ICH E6(R2)/FDA-style) for a drug or medical device, including background, objectives/endpoints, study design, population/eligibility, intervention details, assessment schedule, statistical analysis plan with sample-size justification, safety monitoring, and regulatory/ethical sections. Use when users say "generate a clinical trial protocol", "draft a protocol for [drug/device]", "write up the study design as a protocol document", "create an FDA submission protocol", "help me write section X of a trial protocol", or "calculate the sample size for this trial". Produces a stakeholder-ready Markdown deliverable, not a feasibility score.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-comparative-genomics.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Cross-species gene comparison and ortholog analysis. Integrates Ensembl Compara orthologs, NCBI Gene, UniProt, OLS, Monarch, and OpenTargets to identify orthologs, paralogs, sequence conservation, functional conservation across species, and lineage-specific gene gains/losses. Use for phylogenetic gene tracing, model-organism mapping, and evolutionary-genomics queries.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-computational-biophysics.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Solve quantitative problems in biophysics — pharmacokinetics (PK volume of distribution, clearance, half-life), epidemiology (R0, attack rate), toxicology (LD50, NOAEL), population genetics (Hardy-Weinberg, Fst), enzyme kinetics (Michaelis-Menten), thermodynamics. Use for first-principles quantitative biology calculations, dose calculations, exposure assessment, and biophysical-property estimation.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-crispr-screen-analysis.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Analyze CRISPR-Cas9 genetic screens — MAGeCK gene-level scores, sgRNA count QC, replicate correlation, hit prioritization, and pathway GSEA on screen output. Use for genome-wide essentiality screens, synthetic-lethality discovery, dropout vs positive-selection screen analysis, target identification, and resistance-screen interpretation. Includes screen-QC and statistical thresholds.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-data-integration-analysis.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Integrate computed statistical results (DEGs, GWAS hits, associations) with biological context from ToolUniverse databases (UniProt, GO, Reactome, ClinVar, OpenTargets). Use for adding gene function/pathway/disease annotations to a result list, building biological narrative around statistical findings, and going beyond p-values to mechanism.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-data-wrangling.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Universal data access patterns for downloading and parsing scientific data when ToolUniverse tools don't cover the source, only return metadata, or you need bulk records. Use for VCF/h5ad/BAM/SDF/GCT parsing, multi-step API workflows (search to filter to download to parse), thousands of records at once, or sources with no dedicated tool. Write Python code via Bash for every step.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-dataset-discovery.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Find and evaluate research datasets for any scientific question. Maps research questions to required study designs (longitudinal vs cross-sectional, observational vs experimental, single-cohort vs multi-cohort). Use when the user asks 'find data about X', 'where can I get data on Y', or needs a specific cohort/survey/repository. Covers GEO, ArrayExpress, dbGaP, NHANES, UK Biobank, ClinicalTrials.gov, GWAS Catalog, and 30+ scientific repositories.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-diagnostic-test-evaluation.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Diagnostic test / biomarker accuracy — sensitivity, specificity, PPV, NPV, likelihood ratios, accuracy from a 2x2 table; ROC curve, AUC, and the optimal cutoff (Youden) for a continuous biomarker; and post-test probability via Bayes. Use when you have test results vs a gold standard (binary 2x2, or a continuous score + true labels) and need to judge how good the test is, pick a threshold, or compute the probability of disease given a result. Emphasizes the prevalence-dependence of PPV/NPV.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-disease-research.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Generate comprehensive disease research reports covering genetics (causal genes, GWAS, OMIM), pathways (Reactome, KEGG), drugs (existing therapies, repurposing candidates), clinical trials, epidemiology (prevalence, incidence), and phenotypes (HPO). Use for full disease overviews, comprehensive disease characterization, and orphan/rare-disease profiling.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-dose-response.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Dose-response / concentration-response curve fitting — IC50, EC50, Hill slope, Emax/Emin efficacy, and relative potency from paired concentration vs response data (enzyme/cell assays, drug screening, agonist/antagonist pharmacology). Fits the 4-parameter logistic (Hill sigmoidal) model. Use when you have concentrations + responses and need a potency value, to compare two compounds' potency, or to judge curve quality. NOT for image-derived dose-response (use tooluniverse-image-analysis) and NOT for survival/regression (use tooluniverse-statistical-modeling).
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-drug-drug-interaction.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Assess drug-drug interactions — CYP metabolic interactions (substrate/inhibitor/inducer), transporter (P-gp, BCRP, OATP) effects, pharmacodynamic synergy/antagonism, clinical significance scoring, and management recommendations. Use for polypharmacy review, prescribing decision support, and safety analysis when adding or switching drugs.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-drug-mechanism-research.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Trace drug mechanism of action — primary target → downstream signaling → pathway perturbation → tissue/organ effect → clinical outcome. Uses DrugBank, ChEMBL, KEGG, Reactome, STRING. Use for understanding how a drug works, identifying off-target effects, mechanism-based combination therapy design, and writing mechanism sections of reports.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-drug-regulatory.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Drug regulatory and approval research — FDA substance registry, ATC/EPC classification, EMA decisions, generic-drug status, FDA Orange Book exclusivity, NDA/BLA pathways. Use for jurisdiction-aware approval status (FDA vs EMA), generic vs brand availability, exclusivity expiry tracking, and regulatory pathway selection. Always specifies the market when reporting status.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-drug-repurposing.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Identify drug repurposing candidates via target-based, compound-based, and disease-based strategies. Combines drug-target-disease network reasoning with mechanism rationale, clinical-trial precedent, and patent/regulatory feasibility. Use for hypothesis-generating repurposing for orphan diseases, finding existing drugs for new indications, and prioritizing candidates by evidence and feasibility.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-drug-research.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Comprehensive drug profiling — mechanism, primary/secondary targets, drug interactions, clinical-trial status, adverse events (FAERS), pharmacogenomics, and approval history. Use for full drug investigation reports, 'tell me about drug X' queries, and assembling drug profiles for clinicians, researchers, or regulatory work.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-drug-synergy.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Drug-combination synergy analysis — quantify whether two drugs together are synergistic, additive, or antagonistic using the standard reference models (Bliss independence, HSA / highest single agent, Loewe additivity, ZIP, and the Chou-Talalay Combination Index). Use when you have measured single-drug and combination effects (inhibition/viability) and need a synergy score. Explains which model to use, what data each one needs, and how to read the score. NOT for looking up pre-computed synergy in a database (use the SYNERGxDB tool / cell-line-profiling skill).
 
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