@zerowall/dsh-plugin-skills 0.1.0-preview.4 → 0.1.0-preview.6

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-drug-target-validation.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Quantitative drug-target validation pipeline. Scores druggability, selectivity, safety profile, ADMET feasibility, and structural tractability with a composite Target Validation Score (0-100) and GO/NO-GO recommendation. Use for go/no-go decisions on a target before commit-to-medchem, target prioritization across a list, and target-deselection rationale.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-ecology-biodiversity.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Ecology, biodiversity, and conservation biology research — species identification (GBIF, NCBI Taxonomy), invasive species impact, ecosystem dynamics, conservation status (IUCN), niche ecology. Use for biodiversity questions, species comparison, invasion biology, conservation prioritization, and ecology-related literature search.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-electron-microscopy.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Search and analyze electron microscopy data — cryo-EM density maps (EMDB), fitted atomic models (PDB), raw micrograph datasets (EMPIAR), and cryo-electron tomography volumes (CryoET Data Portal). Use for finding 3D structural data on a protein/complex, comparing experimental EM resolution to AlphaFold confidence, and accessing raw EM data for re-processing.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-enzyme-design.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 De novo enzyme design by catalytic-motif scaffolding — build a transition-state motif, generate scaffolds with AlphaProtein Novo, fold every mechanistic state, and triage with mechanism-inspired filters (catalytic geometry, multi-state H-bonds, multi-resequence backbone scoring). Use for designing enzymes for a named reaction, scoring or filtering existing designs, or deciding which designs to order.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-enzyme-kinetics.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Enzyme kinetics — Michaelis-Menten Km, Vmax, kcat (turnover), and kcat/Km (catalytic efficiency / specificity constant) from substrate-velocity data, plus inhibition-mechanism analysis (competitive / uncompetitive / non-competitive, Ki). Fits the MM equation by nonlinear regression (and reports Lineweaver-Burk for reference). Use when you have substrate concentrations and initial reaction velocities and need kinetic parameters or to classify an inhibitor. NOT for BRENDA database lookups of published constants (use the BRENDA tools).
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-epidemiological-analysis.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 End-to-end observational epidemiology analysis — from research question (PECO Population/Exposure/Comparator/Outcome) to publication-ready statistical report. Covers cohort/case-control/cross-sectional design, regression with confounders, propensity scoring, sensitivity analysis. Writes Python code for every step. Use for epidemiology study analysis, NHANES/UK-Biobank-style analyses.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-epigenomics-chromatin.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Histone-modification ChIP-seq, ATAC-seq accessibility, chromatin state, and TF binding analysis from ENCODE, Roadmap Epigenomics, ChIP-Atlas. Use for chromatin-state-by-tissue queries, TF-binding-by-region, regulatory landscape mapping, and ENCODE-cCRE annotations. For DNA methylation use tooluniverse-epigenomics; for RNA-seq use tooluniverse-rnaseq-deseq2.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-epigenomics.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Genomics and epigenomics analysis: DNA methylation (CpG, 5mC, 5hmC, bisulfite, RRBS), m6A RNA modification (MeRIP-seq), ChIP-seq peaks, ATAC-seq accessibility, histone modifications, chromatin state, multi-omics integration. Combines pandas/scipy/pysam computation with ToolUniverse annotation tools. Use for genome-wide epigenomic statistics, methylation analysis, and chromatin-genome integration.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-expression-data-retrieval.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Retrieve gene expression and omics datasets from ArrayExpress and BioStudies with gene disambiguation and quality assessment. Use for finding RNA-seq/microarray datasets by organism/tissue/condition, comparing across studies (case-control, time-series, dose-response), and assessing dataset suitability before downloading. Always uses English search terms.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-fastq-qc.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 FASTQ quality control and adapter/quality-trimming decisions with local NGS tools — run FastQC on raw reads, summarize a project with MultiQC, interpret per-base sequence quality, per-base N content, adapter content, overrepresented sequences, sequence duplication and GC content, and decide whether (and how) to trim with fastp / Cutadapt before downstream analysis. seqkit for read counts/stats/subsampling. Use when someone asks "run QC on my FASTQs", "are my reads good quality?", "do I need to trim adapters?", "interpret this FastQC report", "what does this WARN/FAIL mean", "why are overrepresented sequences flagged", "should I quality-trim before alignment", "make a MultiQC summary", or "clean up these reads with fastp". NOT for differential expression / DEG analysis (use tooluniverse-rnaseq-deseq2), NOT for read alignment, coverage, or variant calling (use tooluniverse-variant-analysis / tooluniverse-sequence-analysis). Honest: shells out to real local binaries; if a tool is missing it emits an install plan and stops rather than inventing QC numbers, and it never auto-trims or overwrites raw FASTQs.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-functional-genomics-screens.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Interpret hits from CRISPR-KO/CRISPRi/shRNA screens by integrating DepMap essentiality, gnomAD constraint scores, pathway context (Reactome, STRING), druggability (DGIdb), and clinical evidence (CIViC, COSMIC). Use for screen-hit prioritization, essentiality ranking, and turning a list of screen hits into a prioritized target shortlist.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-gene-disease-association.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Gene-disease association analysis across DisGeNET, OpenTargets, Monarch, OMIM, GenCC, Orphanet, Gene2Phenotype (G2P). Cross-references multiple sources for evidence-graded association reports with concordance scoring (5/5 sources agree → strong, 1/5 → weak). Use for 'which diseases is gene X associated with' or 'which genes cause disease Y' queries with quantitative confidence, including clinical-panel-based curation (developmental disorders, cancer, cardiac, skeletal, eye, skin panels).
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-gene-enrichment.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Gene-set enrichment analysis — GO (Biological Process, Molecular Function, Cellular Component), KEGG, Reactome pathway enrichment via clusterProfiler, gseapy, ORA, GSEA, plus g:Profiler for enrichment/ID conversion/ortholog mapping/SNP-to-gene annotation. Use for interpreting DEG lists, screen hit lists, or any gene-list-to-pathways query. Includes simplify-cutoff handling and union-vs-total denominator conventions for percent-DE questions.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-gene-liability.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Evaluate the human safety liability of knocking down, knocking out, degrading, or pharmacologically inhibiting a gene. Use for gene safety scoring, on-target toxicity assessment, essentiality and genetic-constraint review, critical-organ expression analysis, or deciding whether a target needs partial, transient, or tissue-specific modulation.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-gene-regulatory-networks.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Gene regulatory network analysis — TF-target inference (JASPAR motifs, ChIP-seq), motif scanning, eQTL integration, perturbation evidence (knockout/overexpression). Use for 'which TF regulates gene X', 'which genes does TF Y target', regulatory pathway reconstruction. Distinguishes direct (binding) vs indirect (co-expression) regulatory evidence.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-glycobiology.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Glycobiology and glycomics research using GlyGen — glycan structure lookup by GlyTouCan accession, glycan search by mass/monosaccharide-count/type, glycoprotein glycosylation profiles by UniProt accession, glycosylation-site-level detail (position, flanking sequence, attached glycan, co-located SNVs). Use when someone asks about "what glycans are attached to protein X", "N-linked vs O-linked glycosylation sites", "glycan mass/composition search", "GlyTouCan accession lookup", "glycosylation site at position N", or "which proteins have reported glycosylation in human/mouse". NOT for protein sequence/structure retrieval alone (use tooluniverse-sequence-retrieval or tooluniverse-protein-structure-retrieval), NOT for general small-molecule chemistry (use tooluniverse-chemical-compound-retrieval), NOT for post-translational modifications other than glycosylation (use tooluniverse-protein-modification-analysis).
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-gpcr-structural-pharmacology.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 GPCR receptor pharmacology — agonist/antagonist/inverse-agonist/biased-agonist classification, GPCRdb structural data, receptor-ligand binding analysis, antibody-target interface (SAbDab). Use for GPCR drug discovery, biased-agonism analysis, receptor subtype selectivity questions, and orthosteric vs allosteric pocket characterization.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-gwas-drug-discovery.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Transform GWAS signals into drug targets and repurposing opportunities. Connects GWAS-significant loci to causal genes via fine-mapping/eQTL, then to druggable proteins via DGIdb/OpenTargets, then to existing drugs via ChEMBL. Use for GWAS-to-target hypothesis generation, druggable-fraction analysis of disease loci, and human-genetics-validated drug-repurposing prioritization.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-gwas-finemapping.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Statistical fine-mapping of GWAS loci using credible sets (SuSiE, FINEMAP) and locus-to-gene scoring (Open Targets L2G). Identifies likely causal variants and target genes — distinct from positional 'nearest gene' which is often wrong. Use for prioritizing causal variants at GWAS hits, comparing fine-mapping methods, and converting lead SNPs to target genes.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-gwas-snp-interpretation.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Interpret a single GWAS SNP across multiple databases — GWAS Catalog hits, LD/haplotype context, eQTL evidence, regulatory annotation, ClinVar pathogenicity, gnomAD frequency. Use for 'what does this SNP do', SNP-to-mechanism tracing, and resolving lead-SNP-vs-causal-variant ambiguity. Always considers LD structure before claiming a SNP is mechanistically responsible.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-gwas-study-explorer.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Compare GWAS studies, perform meta-analyses across cohorts, and assess signal replication. Uses GWAS Catalog metadata, study-level statistics, and cross-cohort comparison. Use for evaluating GWAS reproducibility for a trait, meta-analysis sample size and effect-size aggregation, and detecting study heterogeneity (population, design, ancestry).
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-gwas-trait-to-gene.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Discover causal genes for diseases/traits from GWAS data using Open Targets L2G (locus-to-gene) scoring — integrates eQTL, chromatin interaction, and distance evidence. Use for trait-to-gene mapping, drug-target hypothesis generation from GWAS, and replacing the 'nearest gene' heuristic with multi-evidence L2G scores.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-hla-immunogenomics.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 HLA gene-family analysis and MHC-peptide binding for transplant compatibility, vaccine epitope coverage, and cancer immunotherapy. Uses IMGT (HLA polymorphism), IEDB (epitope-MHC binding), UniProt (annotation), DGIdb (druggability). Use for HLA typing/imputation review, vaccine HLA coverage, and immunotherapy prediction biomarkers (HLA-LOH, neoantigen presentation).
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-image-analysis.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Microscopy and quantitative imaging analysis — colony morphometry, fluorescence intensity quantification, cell-count statistics, dose-response curves, and ANOVA/Dunnett on image-derived measurements. Uses pandas/numpy/scipy/scikit-image. Use for analyzing tabular outputs from CellProfiler/ImageJ, image-derived measurement statistics, and image-based assay quantification.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-immune-repertoire-analysis.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 TCR/BCR repertoire analysis — V(D)J segment usage, CDR3 sequence diversity, clonality scoring, antigen specificity matching to IEDB, public-clone identification. Use for adaptive immune response characterization, post-treatment immune monitoring, antigen-specific clone tracking, and clonal-expansion analysis in immunotherapy or vaccination studies.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-immunology.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Immunology research workflows: antibody-antigen interactions, T/B cell repertoire, MHC/HLA binding prediction, autoimmune disease genetics, vaccine epitope mapping. Uses IEDB, IMGT, SAbDab, UniProt. Use for adaptive immunity questions, immune response analysis, antibody/TCR/BCR characterization, immunogenicity prediction, and immune-pathway-to-disease mapping.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-immunotherapy-response-prediction.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Predict patient response to immune checkpoint inhibitors (ICIs) by integrating tumor mutational burden (TMB), microsatellite instability (MSI), PD-L1 expression, HLA status, and immune-related gene expression. Outputs ICI Response Score with drug-specific recommendations and resistance-risk assessment. Use for melanoma/NSCLC/RCC immunotherapy decision support.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-infectious-disease.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Rapid pathogen characterization and drug repurposing for outbreaks. Combines pathogen genomics (NCBI, BVBRC), host immune response (IEDB), drug-target databases (ChEMBL, DGIdb), and literature surveillance (PubMed/EuropePMC). Use for emerging-pathogen profiling, antiviral candidate identification, and outbreak intelligence reporting.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-inorganic-physical-chemistry.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Inorganic chemistry, physical chemistry, and materials science — crystal structures, coordination chemistry, lattice parameters, thermodynamic properties, electronic structure. Use for unit cell volume calculations, coordination geometry, materials property estimation, and inorganic-mechanism reasoning. Complementary to tooluniverse-organic-chemistry.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-kegg-disease-drug.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 KEGG-based disease-drug-variant network research. Connects diseases to causal genes, drugs to molecular targets, and variants to pathways using KEGG's editorially curated databases (KEGG Disease, Drug, Network, Variant, Pathway). Use for drug repurposing via shared pathways, mechanistic disease-gene-drug networks, and pathway-based target discovery. Distinguishes direct (binding) vs indirect (pathway co-membership) drug-target relationships.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-lab-data-standardization.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Convert lab instrument output files (CSV, TSV, Excel, PDF — plate readers, spectrophotometers like NanoDrop, qPCR instruments, cell counters, chromatography systems) into a standardized Allotrope-Simple-Model-inspired JSON document plus a flattened 2D CSV, for LIMS/ELN upload or downstream analysis. Use when someone asks to "convert this instrument file", "standardize this lab data", "prepare this for LIMS upload", "what format is this plate reader/NanoDrop/qPCR output in", "turn this CSV into ASM/Allotrope format", or "separate the raw and calculated values in this instrument export". NOT for general data wrangling of arbitrary tabular data unrelated to lab instruments (use tooluniverse-data-wrangling), NOT for genomics/proteomics-specific file formats like FASTQ/VCF/mzML (use tooluniverse-fastq-qc, tooluniverse-variant-analysis, or tooluniverse-proteomics-analysis). Honest: never fabricates a measurement value; if a vendor's native parser (allotropy) is unavailable it says so and falls back to a generic tabular parser that clearly flags itself as non-certified.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-lab-protocols.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Find and inspect published, peer-reviewed or community lab protocols from protocols.io — search by technique/keyword, pull a protocol's full description and materials list, or get its ordered step-by-step instructions. Use when someone asks to "find a protocol for X", "how do others do [technique]", "get the steps for protocol [ID/DOI]", or "check the materials list for this method" before designing or running a wet-lab experiment. NOT for designing a novel cloning/assembly strategy from scratch (use tooluniverse-molecular-cloning), NOT for primer design (use tooluniverse-primer-design). Honest: protocols.io requires an OAuth Bearer token (PROTOCOLS_IO_API_KEY) for every call, including public reads — without it these tools are blocked, not degraded.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-lipidomics.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Lipid analysis and lipid-disease associations using LIPID MAPS classification, HMDB metabolite data, KEGG/Reactome lipid pathways (sphingolipid, eicosanoid, steroid, fatty acid), and PubChem chemical info. Use for lipid identification, lipid metabolism pathway mapping, and lipid-associated disease analysis (cardiovascular, diabetes, NAFLD).
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-literature-deep-research.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Deep literature review — PubMed, EuropePMC, bioRxiv preprints, citation networks, evidence synthesis. Disambiguates queries, runs collision-aware searches, grades evidence T1-T4, and produces structured reports. Use for systematic literature review, meta-analysis evidence collection, and detailed answer-with-citations workflows.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-medical-imaging-radiology.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Discover and characterize cancer radiology imaging cohorts from The Cancer Imaging Archive (TCIA) — list public collections (e.g. LIDC-IDRI, TCGA-GBM, TCGA-LUAD, TCGA-BRCA), enumerate patients/subjects and studies within a collection, browse DICOM series by modality (CT, MR, PT, CR, DX, US, NM) or body part (CHEST, BRAIN, ABDOMEN, ...), pull series-level DICOM metadata and scanner manufacturer, estimate download size before pulling data, and enumerate individual DICOM instance (slice) UIDs within a series. Use when someone asks to "find a CT/MRI/PET imaging cohort for [cancer type]", "how many patients/studies/series are in [TCIA collection]", "what imaging modalities/body parts/scanners does [collection] have", "look up DICOM series metadata for [SeriesInstanceUID]", "estimate the size of this TCIA series before downloading", or "build a radiology imaging research cohort". NOT for microscopy/cell imaging quantification (use tooluniverse-image-analysis), NOT for actual DICOM pixel data analysis, segmentation, or diagnosis (TCIA tools here return metadata only — no pixel access), NOT for tumor genomic/omics data (use tooluniverse-cancer-genomics-tcga).
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-mendelian-randomization.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Mendelian randomization (MR) causal inference — does an exposure, risk factor, or biomarker CAUSALLY affect a disease/outcome, using genetic variants as instrumental variables (IEU OpenGWAS / EpiGraphDB MR-EvE). Use this whenever the user asks if X causes Y, whether an observational association is actually causal or just correlation, if a biomarker/trait is a causal risk factor, wants to triangulate epidemiology against genetic evidence, or mentions Mendelian randomization, instrumental-variable analysis, two-sample MR, or genetic causal evidence — even if they never say "MR" (e.g. "is LDL cholesterol actually causal for heart disease?", "does BMI cause type 2 diabetes or just correlate?", "is CRP a causal driver of stroke?"). Covers trait-label resolution, MR effect direction/magnitude, instrument quality (MOE score), method agreement (IVW vs MR-Egger vs weighted median), bidirectional MR for reverse causation, and distinguishing causation from genetic correlation. Not for plain GWAS association lookups (use the GWAS skills) or fitting your own instruments from raw summary statistics.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-meta-analysis.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Meta-analysis / evidence synthesis — pool effect sizes across studies (odds ratios, risk ratios, hazard ratios, mean differences, correlations, GWAS betas) with fixed- or random-effects models, quantify heterogeneity (Q, I², τ²), and build a forest plot. Use when you have results from MULTIPLE studies and need a single pooled estimate, or to synthesize evidence from a systematic review / multiple GWAS / replicated experiments. Handles the error-prone effect-size + standard-error preparation (converting OR/HR/CI, two-group means±SD, proportions, and correlations into the (effect, SE) the pooling step needs).
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-metabolomics-analysis.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Analyze metabolomics data end-to-end — metabolite identification, quantification (TIC normalization, batch correction), differential analysis, and pathway interpretation. Use for processing mass-spec metabolomics output, normalization choice, untargeted metabolomics workflows, and integrating with other omics layers.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-metabolomics-pathway.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Metabolomics pathway analysis — metabolite identification (HMDB, KEGG, ChEBI), pathway mapping (Reactome, KEGG, MetaCyc), disease associations, enzyme/gene linkage. Use for metabolite-to-pathway-to-disease connections, BridgeDb-based ID conversion, and integrating metabolomics with gene-level pathway analyses.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-metabolomics.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Metabolomics research — metabolite identification, study analysis, and database searches across HMDB, MetaboLights, Metabolomics Workbench, KEGG. Use for annotating mass-spec features to known metabolites, finding metabolomics studies of a disease, and structured metabolomics research reports with metabolite-pathway mapping.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-metagenomics-analysis.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Microbiome and metagenomics analysis using MGnify, GTDB taxonomy, ENA sequencing data, and EuropePMC literature. Covers taxonomic classification, genome quality assessment, biome-clinical phenotype linkage, and pathway interpretation. Use for amplicon/shotgun metagenomics study analysis.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-microbial-genome-characterization.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Genome-ASSEMBLY discovery, QC, and replicon mapping for any organism (bacteria, archaea, fungi, and beyond) using NCBI Datasets. Resolves an organism name or taxid to assemblies, picks the reference/representative or best-quality assembly, pulls assembly QC metrics (total length, contig/scaffold N50, contig count, GC%, assembly level, RefSeq category), enumerates chromosomes and plasmids via per-replicon sequence reports, and compares candidate assemblies on quality. Use for "what genomes are available for [organism]", "assembly stats / N50 / GC content for [GCF_/GCA_ accession]", "how many plasmids does [strain] have", "compare assemblies for [species]", "find the reference genome for [taxon]", "is this assembly Complete Genome or just contigs". NOT for gene-level orthology/synteny (use tooluniverse-comparative-genomics), plant gene structure (use tooluniverse-plant-genomics), de novo assembly from raw reads (no tool exists), or taxonomy-only name/lineage lookups.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-microbiome-research.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Microbiome research using MGnify, GTDB, ENA, OLS (ENVO biomes), EuropePMC, BacDive (strain phenotypes), MediaDive (growth media recipes), and GMrepo (gut microbiome disease-association counts). Covers study discovery, taxonomic profiling, host-microbe interaction analysis, biome-by-condition queries, strain culturing requirements, and phenotype/disease prevalence lookups. Use for microbiome study selection, organism-environment associations, clinical-microbiome literature review, and "how do I grow this organism" / "how prevalent is this species in condition X" questions. Distinct from analytical workflow (use tooluniverse-metagenomics-analysis for that).
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-ml-inference-utility.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Generic ML/NLP/vision inference against any HuggingFace-hosted model (serverless hf-inference provider) — text classification/sentiment, dense text embeddings for semantic similarity, masked-token prediction (including protein language models), summarization, zero-shot classification against caller-supplied labels, named entity recognition, extractive question answering, translation, image classification, and object detection. Use when someone asks to "classify this text with a HuggingFace model", "embed this text for similarity search", "run NER on this passage", "summarize this with model X", "zero-shot classify this against these labels", "predict the masked token", "classify/detect objects in this image", or names a specific HuggingFace model_id to run inference with. NOT a domain-analysis skill itself — this is a generic cross-domain utility other skills should reach for as a supporting step, the same way tooluniverse-clinical-terminology-lookup is a supporting lookup step rather than a research domain. NOT for training/fine-tuning models (inference only, against already-hosted models). Honest: as of this writing, HuggingFace's serverless inference API requires a valid HF_TOKEN for every one of these 10 tools, on every model tested — live-verified, not assumed from the "optional" wording in the tools' own descriptions. Also covers finding a model_id first via HuggingFace Hub search (HuggingFace_search_models/get_model/search_datasets — a separate, token-free catalog API) and running inference on Replicate-hosted models (Replicate_run_prediction/get_prediction) as an alternative platform when a model isn't served by HuggingFace's hf-inference provider.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-model-organism-genetics.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Cross-species genetic analysis using model organism databases (MGI mouse, IMPC systematic knockout phenotyping, ZFIN zebrafish, FlyBase fruit fly, WormBase worm, SGD budding yeast plus protein-domain/PTM/literature detail, PomBase fission yeast, RGD rat, GeneNetwork systems-genetics/eQTL panels, HumanMine/MouseMine cross-species data-warehouse search, GBIF taxonomy) plus VEuPathDB for eukaryotic pathogens (Plasmodium, Toxoplasma, fungi, vectors). Maps human genes to orthologs, retrieves phenotype/expression/functional data, assesses gene function conservation, and identifies the best animal model for studying a human gene or disease.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-molecular-cloning.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Molecular cloning, in both directions. DESIGN — Gibson Assembly (overlap design for seamless multi-fragment joining) and Golden Gate Assembly (Type IIS / BsaI / BbsI / Esp3I / BsmBI / SapI design with unique 4-bp fusion overhangs). ANALYSIS — work out what an existing reaction produces: given input plasmid sequences and an enzyme, digest them, join the fragments by their overhangs, and identify features of the product (expressed ORF, gRNA spacer and its target gene). Use when you need to plan how to join DNA fragments into a construct, design assembly overlaps/overhangs, decide between cloning methods, or determine the product of a stated Gibson/Golden Gate reaction. Covers the domestication (internal-site removal), overhang-uniqueness, and overlap-Tm rules. For PCR primers to generate the fragments, see tooluniverse-primer-design.
 
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 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：
 

package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-multi-omics-integration.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Multi-omics integration — orchestrate per-layer analysis (transcriptomics, proteomics, epigenomics, genomics, metabolomics) then perform cross-omics correlation, multi-omics clustering, and pathway-level integration. Use for integrative systems-biology analysis, multi-modal disease characterization, and cross-omics biomarker discovery.
 
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@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Comprehensive disease characterization across genomics, transcriptomics, proteomics, and pathways for systems-level understanding. Identifies therapeutic opportunities and biomarker candidates by integrating multi-layer molecular data. Use for full-omics disease deep-dive reports, mechanism mapping, and biomarker-and-target identification from multi-omics data.
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-natural-product-dereplication.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Dereplicate a putative natural product and assign its chemical taxonomy. Use to answer "is [compound] a known natural product", "what microbe/organism produces [compound]", "what chemical class is [compound]", "dereplicate this metabolite (by formula/exact mass/InChIKey/SMILES)", or "classify this molecule into ChemOnt". Searches NPAtlas for known microbial natural products (producing organism + literature reference), assigns the ChemOnt kingdom→superclass→class→subclass hierarchy via ClassyFire, resolves systematic IUPAC names to structure via OPSIN, and cross-references identity in PubChem. NOT for general drug/compound identity or ADMET (use tooluniverse-chemical-compound-retrieval / tooluniverse-small-molecule-discovery) and NOT for metabolomics pathway/enrichment analysis (use tooluniverse-metabolomics skills).
 
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package/resources/skills/zerowall-tooluniverse/references/upstream/tooluniverse-network-pharmacology.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 Compound-target-disease network construction and analysis for drug repurposing, polypharmacology discovery, and multi-target drug design. Uses STRING, BioGRID, ChEMBL, DGIdb, OMIM, OpenTargets. Use for off-target effect prediction, network-based drug repurposing, and identifying molecules with desired multi-target profile.
 
-这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 RMCP 模块。
+这是上游科学工作流的远程导航摘要。先用 research_workflow 的 tooluniverse 模块 search，再 describe 精确能力；SDK、安装及管理命令不在此处执行。目录中的候选工具需逐个核对 schema、availability 和 verification。专项分析仍使用对应 zerowallrmcp 模块。
 
 上游研究阶段（仅作为任务拆解线索，实际方法条件需另行核对）：