@zerowall/dsh-plugin-skills 0.1.0-preview.4 → 0.1.0-preview.6

package/resources/skills/zerowall-omicverse/references/merged/zerowall-omicverse-agent/workflow.md

@@ -1,58 +1,58 @@
-# 可选 OmicVerse Agent 与当前模型调用
-
-仅当用户明确选择 Agent 时调用。相关 OmicVerse 任务主动加载 zerowall-rmcp、zerowall-omicverse 和匹配的专项 Skill，并默认使用远程服务；本专项用于用户已选择的 Agent 模式。当前 provider/model/endpoint/api/key 由 Host 注入，密钥不能出现在提示词或任务文件；协议不支持时明确失败，不静默换模型。
-
-使用同一物理 `rmcp` 连接、同一工作流 omicverse；连接状态未知时先调用 `mcp_connect`，再发现实时 `research_workflow` schema 并调用：
-
-```json
-{
-  "action": "describe",
-  "workflow_id": "omicverse",
-  "operation": "omicverse.run.agent"
-}
-```
-
-按返回的 schema 填充 run 的 parameters.operation 和 parameters.arguments，parameters.request_id 同一提交重试固定。status 使用返回的本地 run_id；只有 succeeded 且检查必要 Manifest 后报告完成。远程输入使用项目相对路径或已完成的 data:OmicVerse/ 引用，上传/下载使用 Host r_files。
-
-专项之外的入口、真实数据示例、完整目录和会话恢复约定见 zerowall-omicverse。加载该 Skill 后，用它返回的 resourceBase 读取 references/operations.md 和 references/scenarios.md，不能把本 Skill 的 resourceBase 当成主 Skill 目录。
-
-## 当前模型的最小真实请求
-
-下面示例不需要分析数据。Host 从当前设置和凭据库注入完整模型路由，调用参数中不填写密钥。任务完成后必须下载 model-check.txt 并验证内容为 OMICVERSE_AGENT_OK；只有文字回复、没有文件时验收失败。MODEL_ROUTE_REQUIRED 或协议错误时检查当前模型设置，不能自行切换模型。正式分析时补充 input_path、具体目标和输出要求，并核验生成代码与产物。
-
-```json
-{
-  "action": "run",
-  "workflow_id": "omicverse",
-  "parameters": {
-    "operation": "omicverse.run.agent",
-    "arguments": {
-      "project_id": "rmcp-demo",
-      "request_id": "agent-example-1",
-      "prompt": "Run Python to write a text file named model-check.txt containing the exact text OMICVERSE_AGENT_OK. Do not access other files or download data. Report the filename.",
-      "confirm": true
-    },
-    "request_id": "agent-example-1"
-  }
-}
-```
-
-首次运行使用新的 request_id，同一提交重试保持参数及 request_id 不变。保留提交返回的本地 run_id 和远程 remote_id，查询本地任务：
-
-```json
-{
-  "action": "status",
-  "run_id": "<提交返回的本地 run_id>"
-}
-```
-
-queued/running 表示尚未完成；failed/timed_out 时保留原任务并读取错误及日志。succeeded 后检查 artifacts 中的 model-check.txt，使用 Manifest 的完整项目相对路径取回文件，不拼接本地 run_id：
-
-```json
-{
-  "action": "download_workspace",
-  "project_id": "rmcp-demo",
-  "remote_path": "<Manifest 中的完整项目相对路径>",
-  "local_path": "results/model-check.txt"
-}
-```
+# 可选 OmicVerse Agent 与当前模型调用
+
+仅当用户明确选择 Agent 时调用。相关 OmicVerse 任务主动加载 zerowall-omicverse 和匹配的专项 Skill，并默认使用远程服务；本专项用于用户已选择的 Agent 模式。当前 provider/model/endpoint/api/key 由 Host 注入，密钥不能出现在提示词或任务文件；协议不支持时明确失败，不静默换模型。
+
+使用同一物理 `zerowallrmcp` 连接、同一工作流 omicverse；连接状态未知时先调用 `mcp_connect`，再发现实时 `research_workflow` schema 并调用：
+
+```json
+{
+  "action": "describe",
+  "workflow_id": "omicverse",
+  "operation": "omicverse.run.agent"
+}
+```
+
+按返回的 schema 填充 run 的 parameters.operation 和 parameters.arguments，parameters.request_id 同一提交重试固定。status 使用返回的本地 run_id；只有 succeeded 且检查必要 Manifest 后报告完成。远程输入使用项目相对路径或已完成的 data:OmicVerse/ 引用，上传/下载使用 Host r_files。
+
+专项之外的入口、真实数据示例、完整目录和会话恢复约定见 zerowall-omicverse。加载该 Skill 后，用它返回的 resourceBase 读取 references/operations.md 和 references/scenarios.md，不能把本 Skill 的 resourceBase 当成主 Skill 目录。
+
+## 当前模型的最小真实请求
+
+下面示例不需要分析数据。Host 从当前设置和凭据库注入完整模型路由，调用参数中不填写密钥。任务完成后必须下载 model-check.txt 并验证内容为 OMICVERSE_AGENT_OK；只有文字回复、没有文件时验收失败。MODEL_ROUTE_REQUIRED 或协议错误时检查当前模型设置，不能自行切换模型。正式分析时补充 input_path、具体目标和输出要求，并核验生成代码与产物。
+
+```json
+{
+  "action": "run",
+  "workflow_id": "omicverse",
+  "parameters": {
+    "operation": "omicverse.run.agent",
+    "arguments": {
+      "project_id": "zerowallrmcp-demo",
+      "request_id": "agent-example-1",
+      "prompt": "Run Python to write a text file named model-check.txt containing the exact text OMICVERSE_AGENT_OK. Do not access other files or download data. Report the filename.",
+      "confirm": true
+    },
+    "request_id": "agent-example-1"
+  }
+}
+```
+
+首次运行使用新的 request_id，同一提交重试保持参数及 request_id 不变。保留提交返回的本地 run_id 和远程 remote_id，查询本地任务：
+
+```json
+{
+  "action": "status",
+  "run_id": "<提交返回的本地 run_id>"
+}
+```
+
+queued/running 表示尚未完成；failed/timed_out 时保留原任务并读取错误及日志。succeeded 后检查 artifacts 中的 model-check.txt，使用 Manifest 的完整项目相对路径取回文件，不拼接本地 run_id：
+
+```json
+{
+  "action": "download_workspace",
+  "project_id": "zerowallrmcp-demo",
+  "remote_path": "<Manifest 中的完整项目相对路径>",
+  "local_path": "results/model-check.txt"
+}
+```

package/resources/skills/zerowall-omicverse/references/merged/zerowall-omicverse-bulk/workflow.md

@@ -1,62 +1,62 @@
-# bulk RNA-seq 差异表达与富集
-
-counts CSV 行为样本列为基因，metadata CSV 索引与样本严格一致。每组至少两个生物学重复；factor/test/reference 明确。
-
-Bulk RNA-seq 请求时主动加载 zerowall-rmcp、zerowall-omicverse 和本专项 Skill。使用同一物理 `rmcp` 连接、同一工作流 omicverse；连接状态未知时先调用 `mcp_connect`，再从实时 schema 发现 `research_workflow` 并调用：
-
-```json
-{
-  "action": "describe",
-  "workflow_id": "omicverse",
-  "operation": "omicverse.run.bulk"
-}
-```
-
-按返回的 schema 填充 run 的 parameters.operation 和 parameters.arguments，parameters.request_id 同一提交重试固定。status 使用返回的本地 run_id；只有 succeeded 且检查必要 Manifest 后报告完成。远程输入使用项目相对路径或已完成的 data:OmicVerse/ 引用，上传/下载使用 Host r_files。
-
-专项之外的入口、真实数据示例、完整目录和会话恢复约定见 zerowall-omicverse。加载该 Skill 后，用它返回的 resourceBase 读取 references/operations.md 和 references/scenarios.md，不能把本 Skill 的 resourceBase 当成主 Skill 目录。
-
-## 差异表达提交与结果取回
-
-先使用 Host r_files.upload_workspace 将本地 inputs/counts.csv 和 inputs/metadata.csv 上传到项目 rmcp-demo 的同名路径。CSV 首列为样本索引；counts 每行一个样本、每列一个基因，值为非负整数。metadata 的样本及顺序完全一致，condition 包含 treated/control，每组至少两个生物学重复。输出表含 log2FoldChange、pvalue、padj；正值表示 treated 相对 control 升高。此入口执行差异表达，富集需另选经过目录确认的方法。样本顺序错误时修正两个输入后使用新 request_id。
-
-```json
-{
-  "action": "run",
-  "workflow_id": "omicverse",
-  "parameters": {
-    "operation": "omicverse.run.bulk",
-    "arguments": {
-      "project_id": "rmcp-demo",
-      "request_id": "bulk-example-1",
-      "input_path": "inputs/counts.csv",
-      "metadata_path": "inputs/metadata.csv",
-      "factor": "condition",
-      "test": "treated",
-      "reference": "control",
-      "confirm": true
-    },
-    "request_id": "bulk-example-1"
-  }
-}
-```
-
-首次运行使用新的 request_id，同一提交重试保持参数及 request_id 不变。保留提交返回的本地 run_id 和远程 remote_id，查询本地任务：
-
-```json
-{
-  "action": "status",
-  "run_id": "<提交返回的本地 run_id>"
-}
-```
-
-queued/running 表示尚未完成；failed/timed_out 时保留原任务并读取错误及日志。succeeded 后检查 artifacts 中的 differential-expression.csv，使用 Manifest 的完整项目相对路径取回文件，不拼接本地 run_id：
-
-```json
-{
-  "action": "download_workspace",
-  "project_id": "rmcp-demo",
-  "remote_path": "<Manifest 中的完整项目相对路径>",
-  "local_path": "results/differential-expression.csv"
-}
-```
+# bulk RNA-seq 差异表达与富集
+
+counts CSV 行为样本列为基因，metadata CSV 索引与样本严格一致。每组至少两个生物学重复；factor/test/reference 明确。
+
+Bulk RNA-seq 请求时主动加载 zerowall-omicverse 和本专项 Skill。使用同一物理 `zerowallrmcp` 连接、同一工作流 omicverse；连接状态未知时先调用 `mcp_connect`，再从实时 schema 发现 `research_workflow` 并调用：
+
+```json
+{
+  "action": "describe",
+  "workflow_id": "omicverse",
+  "operation": "omicverse.run.bulk"
+}
+```
+
+按返回的 schema 填充 run 的 parameters.operation 和 parameters.arguments，parameters.request_id 同一提交重试固定。status 使用返回的本地 run_id；只有 succeeded 且检查必要 Manifest 后报告完成。远程输入使用项目相对路径或已完成的 data:OmicVerse/ 引用，上传/下载使用 Host r_files。
+
+专项之外的入口、真实数据示例、完整目录和会话恢复约定见 zerowall-omicverse。加载该 Skill 后，用它返回的 resourceBase 读取 references/operations.md 和 references/scenarios.md，不能把本 Skill 的 resourceBase 当成主 Skill 目录。
+
+## 差异表达提交与结果取回
+
+先使用 Host r_files.upload_workspace 将本地 inputs/counts.csv 和 inputs/metadata.csv 上传到项目 zerowallrmcp-demo 的同名路径。CSV 首列为样本索引；counts 每行一个样本、每列一个基因，值为非负整数。metadata 的样本及顺序完全一致，condition 包含 treated/control，每组至少两个生物学重复。输出表含 log2FoldChange、pvalue、padj；正值表示 treated 相对 control 升高。此入口执行差异表达，富集需另选经过目录确认的方法。样本顺序错误时修正两个输入后使用新 request_id。
+
+```json
+{
+  "action": "run",
+  "workflow_id": "omicverse",
+  "parameters": {
+    "operation": "omicverse.run.bulk",
+    "arguments": {
+      "project_id": "zerowallrmcp-demo",
+      "request_id": "bulk-example-1",
+      "input_path": "inputs/counts.csv",
+      "metadata_path": "inputs/metadata.csv",
+      "factor": "condition",
+      "test": "treated",
+      "reference": "control",
+      "confirm": true
+    },
+    "request_id": "bulk-example-1"
+  }
+}
+```
+
+首次运行使用新的 request_id，同一提交重试保持参数及 request_id 不变。保留提交返回的本地 run_id 和远程 remote_id，查询本地任务：
+
+```json
+{
+  "action": "status",
+  "run_id": "<提交返回的本地 run_id>"
+}
+```
+
+queued/running 表示尚未完成；failed/timed_out 时保留原任务并读取错误及日志。succeeded 后检查 artifacts 中的 differential-expression.csv，使用 Manifest 的完整项目相对路径取回文件，不拼接本地 run_id：
+
+```json
+{
+  "action": "download_workspace",
+  "project_id": "zerowallrmcp-demo",
+  "remote_path": "<Manifest 中的完整项目相对路径>",
+  "local_path": "results/differential-expression.csv"
+}
+```

package/resources/skills/zerowall-omicverse/references/merged/zerowall-omicverse-multiomics/workflow.md

@@ -1,58 +1,58 @@
-# 多组学整合、轨迹和高级 API
-
-先搜索实时覆盖矩阵，确认方法的输入模态、样本配对和依赖。未验证 API 只作候选；缺 GPU/模型时报告不可用，不能承诺自动支持。
-
-多组学请求时主动加载 zerowall-rmcp、zerowall-omicverse 和本专项 Skill。使用同一物理 `rmcp` 连接、同一工作流 omicverse；连接状态未知时先调用 `mcp_connect`，再从实时 schema 发现 `research_workflow` 并调用：
-
-```json
-{
-  "action": "describe",
-  "workflow_id": "omicverse",
-  "operation": "omicverse.run.python"
-}
-```
-
-按返回的 schema 填充 run 的 parameters.operation 和 parameters.arguments，parameters.request_id 同一提交重试固定。status 使用返回的本地 run_id；只有 succeeded 且检查必要 Manifest 后报告完成。远程输入使用项目相对路径或已完成的 data:OmicVerse/ 引用，上传/下载使用 Host r_files。
-
-专项之外的入口、真实数据示例、完整目录和会话恢复约定见 zerowall-omicverse。加载该 Skill 后，用它返回的 resourceBase 读取 references/operations.md 和 references/scenarios.md，不能把本 Skill 的 resourceBase 当成主 Skill 目录。
-
-## 先检查配对输入，再选择整合方法
-
-将真实配对 RNA 和 ATAC H5AD 上传至 inputs/rna.h5ad、inputs/atac.h5ad。下面只完成配对输入检查，不能当成多组学整合结果。对非配对设计不使用此断言，应先明确独立样本关系和适用算法。search 查询所需算法，describe 核对 runtime 状态、依赖和精确参数后再另行提交 Python/native 任务。当前没有宣称已实算验证多组学整合算法；缺 GPU、模型或依赖时报告目录中的原因。
-
-```json
-{
-  "action": "run",
-  "workflow_id": "omicverse",
-  "parameters": {
-    "operation": "omicverse.run.python",
-    "arguments": {
-      "project_id": "rmcp-demo",
-      "request_id": "multiomics-example-1",
-      "code": "import json\nfrom pathlib import Path\nimport scanpy as sc\nrna = sc.read_h5ad(Path(PROJECT_DIR) / 'inputs/rna.h5ad')\natac = sc.read_h5ad(Path(PROJECT_DIR) / 'inputs/atac.h5ad')\nassert rna.obs_names.is_unique and atac.obs_names.is_unique, 'DUPLICATE_CELL_IDS'\nassert rna.obs_names.equals(atac.obs_names), 'PAIRED_CELL_ORDER_MISMATCH'\nPath('input-audit.json').write_text(json.dumps({'paired_cells': rna.n_obs, 'rna_features': rna.n_vars, 'atac_features': atac.n_vars, 'integration_completed': False}))",
-      "confirm": true
-    },
-    "request_id": "multiomics-example-1"
-  }
-}
-```
-
-首次运行使用新的 request_id，同一提交重试保持参数及 request_id 不变。保留提交返回的本地 run_id 和远程 remote_id，查询本地任务：
-
-```json
-{
-  "action": "status",
-  "run_id": "<提交返回的本地 run_id>"
-}
-```
-
-queued/running 表示尚未完成；failed/timed_out 时保留原任务并读取错误及日志。succeeded 后检查 artifacts 中的 input-audit.json，使用 Manifest 的完整项目相对路径取回文件，不拼接本地 run_id：
-
-```json
-{
-  "action": "download_workspace",
-  "project_id": "rmcp-demo",
-  "remote_path": "<Manifest 中的完整项目相对路径>",
-  "local_path": "results/input-audit.json"
-}
-```
+# 多组学整合、轨迹和高级 API
+
+先搜索实时覆盖矩阵，确认方法的输入模态、样本配对和依赖。未验证 API 只作候选；缺 GPU/模型时报告不可用，不能承诺自动支持。
+
+多组学请求时主动加载 zerowall-omicverse 和本专项 Skill。使用同一物理 `zerowallrmcp` 连接、同一工作流 omicverse；连接状态未知时先调用 `mcp_connect`，再从实时 schema 发现 `research_workflow` 并调用：
+
+```json
+{
+  "action": "describe",
+  "workflow_id": "omicverse",
+  "operation": "omicverse.run.python"
+}
+```
+
+按返回的 schema 填充 run 的 parameters.operation 和 parameters.arguments，parameters.request_id 同一提交重试固定。status 使用返回的本地 run_id；只有 succeeded 且检查必要 Manifest 后报告完成。远程输入使用项目相对路径或已完成的 data:OmicVerse/ 引用，上传/下载使用 Host r_files。
+
+专项之外的入口、真实数据示例、完整目录和会话恢复约定见 zerowall-omicverse。加载该 Skill 后，用它返回的 resourceBase 读取 references/operations.md 和 references/scenarios.md，不能把本 Skill 的 resourceBase 当成主 Skill 目录。
+
+## 先检查配对输入，再选择整合方法
+
+将真实配对 RNA 和 ATAC H5AD 上传至 inputs/rna.h5ad、inputs/atac.h5ad。下面只完成配对输入检查，不能当成多组学整合结果。对非配对设计不使用此断言，应先明确独立样本关系和适用算法。search 查询所需算法，describe 核对 runtime 状态、依赖和精确参数后再另行提交 Python/native 任务。当前没有宣称已实算验证多组学整合算法；缺 GPU、模型或依赖时报告目录中的原因。
+
+```json
+{
+  "action": "run",
+  "workflow_id": "omicverse",
+  "parameters": {
+    "operation": "omicverse.run.python",
+    "arguments": {
+      "project_id": "zerowallrmcp-demo",
+      "request_id": "multiomics-example-1",
+      "code": "import json\nfrom pathlib import Path\nimport scanpy as sc\nrna = sc.read_h5ad(Path(PROJECT_DIR) / 'inputs/rna.h5ad')\natac = sc.read_h5ad(Path(PROJECT_DIR) / 'inputs/atac.h5ad')\nassert rna.obs_names.is_unique and atac.obs_names.is_unique, 'DUPLICATE_CELL_IDS'\nassert rna.obs_names.equals(atac.obs_names), 'PAIRED_CELL_ORDER_MISMATCH'\nPath('input-audit.json').write_text(json.dumps({'paired_cells': rna.n_obs, 'rna_features': rna.n_vars, 'atac_features': atac.n_vars, 'integration_completed': False}))",
+      "confirm": true
+    },
+    "request_id": "multiomics-example-1"
+  }
+}
+```
+
+首次运行使用新的 request_id，同一提交重试保持参数及 request_id 不变。保留提交返回的本地 run_id 和远程 remote_id，查询本地任务：
+
+```json
+{
+  "action": "status",
+  "run_id": "<提交返回的本地 run_id>"
+}
+```
+
+queued/running 表示尚未完成；failed/timed_out 时保留原任务并读取错误及日志。succeeded 后检查 artifacts 中的 input-audit.json，使用 Manifest 的完整项目相对路径取回文件，不拼接本地 run_id：
+
+```json
+{
+  "action": "download_workspace",
+  "project_id": "zerowallrmcp-demo",
+  "remote_path": "<Manifest 中的完整项目相对路径>",
+  "local_path": "results/input-audit.json"
+}
+```

package/resources/skills/zerowall-omicverse/references/merged/zerowall-omicverse-singlecell/workflow.md

@@ -1,60 +1,60 @@
-# 单细胞 QC、归一化、降维、聚类、marker 和注释
-
-输入必须说明 counts/layers/raw，记录细胞与基因顺序、物种、线粒体比例和批次。不得将 log-normalized X 冒充 counts。
-
-单细胞请求时主动加载 zerowall-rmcp、zerowall-omicverse 和本专项 Skill。使用同一物理 `rmcp` 连接、同一工作流 omicverse；连接状态未知时先调用 `mcp_connect`，再从实时 schema 发现 `research_workflow` 并调用：
-
-```json
-{
-  "action": "describe",
-  "workflow_id": "omicverse",
-  "operation": "omicverse.run.singlecell"
-}
-```
-
-按返回的 schema 填充 run 的 parameters.operation 和 parameters.arguments，parameters.request_id 同一提交重试固定。status 使用返回的本地 run_id；只有 succeeded 且检查必要 Manifest 后报告完成。远程输入使用项目相对路径或已完成的 data:OmicVerse/ 引用，上传/下载使用 Host r_files。
-
-专项之外的入口、真实数据示例、完整目录和会话恢复约定见 zerowall-omicverse。加载该 Skill 后，用它返回的 resourceBase 读取 references/operations.md 和 references/scenarios.md，不能把本 Skill 的 resourceBase 当成主 Skill 目录。
-
-## 真实 PBMC3k CPU 全流程
-
-先 query omicverse.status 并确认缓存可用。此固定流程要求 X 是原始 counts；已归一化 X 应先通过 Python 选择正确 counts 层并导出新输入。输出还包括 cell-qc.csv、markers.csv、umap.png；读取 QC 表后解释过滤规模，不把自动聚类当成已确认细胞类型。
-
-```json
-{
-  "action": "run",
-  "workflow_id": "omicverse",
-  "parameters": {
-    "operation": "omicverse.run.singlecell",
-    "arguments": {
-      "project_id": "rmcp-demo",
-      "request_id": "singlecell-example-1",
-      "input_path": "data:OmicVerse/pbmc3k_raw.h5ad",
-      "min_genes": 200,
-      "max_percent_mt": 20,
-      "confirm": true
-    },
-    "request_id": "singlecell-example-1"
-  }
-}
-```
-
-首次运行使用新的 request_id，同一提交重试保持参数及 request_id 不变。保留提交返回的本地 run_id 和远程 remote_id，查询本地任务：
-
-```json
-{
-  "action": "status",
-  "run_id": "<提交返回的本地 run_id>"
-}
-```
-
-queued/running 表示尚未完成；failed/timed_out 时保留原任务并读取错误及日志。succeeded 后检查 artifacts 中的 analysis.h5ad，使用 Manifest 的完整项目相对路径取回文件，不拼接本地 run_id：
-
-```json
-{
-  "action": "download_workspace",
-  "project_id": "rmcp-demo",
-  "remote_path": "<Manifest 中的完整项目相对路径>",
-  "local_path": "results/analysis.h5ad"
-}
-```
+# 单细胞 QC、归一化、降维、聚类、marker 和注释
+
+输入必须说明 counts/layers/raw，记录细胞与基因顺序、物种、线粒体比例和批次。不得将 log-normalized X 冒充 counts。
+
+单细胞请求时主动加载 zerowall-omicverse 和本专项 Skill。使用同一物理 `zerowallrmcp` 连接、同一工作流 omicverse；连接状态未知时先调用 `mcp_connect`，再从实时 schema 发现 `research_workflow` 并调用：
+
+```json
+{
+  "action": "describe",
+  "workflow_id": "omicverse",
+  "operation": "omicverse.run.singlecell"
+}
+```
+
+按返回的 schema 填充 run 的 parameters.operation 和 parameters.arguments，parameters.request_id 同一提交重试固定。status 使用返回的本地 run_id；只有 succeeded 且检查必要 Manifest 后报告完成。远程输入使用项目相对路径或已完成的 data:OmicVerse/ 引用，上传/下载使用 Host r_files。
+
+专项之外的入口、真实数据示例、完整目录和会话恢复约定见 zerowall-omicverse。加载该 Skill 后，用它返回的 resourceBase 读取 references/operations.md 和 references/scenarios.md，不能把本 Skill 的 resourceBase 当成主 Skill 目录。
+
+## 真实 PBMC3k CPU 全流程
+
+先 query omicverse.status 并确认缓存可用。此固定流程要求 X 是原始 counts；已归一化 X 应先通过 Python 选择正确 counts 层并导出新输入。输出还包括 cell-qc.csv、markers.csv、umap.png；读取 QC 表后解释过滤规模，不把自动聚类当成已确认细胞类型。
+
+```json
+{
+  "action": "run",
+  "workflow_id": "omicverse",
+  "parameters": {
+    "operation": "omicverse.run.singlecell",
+    "arguments": {
+      "project_id": "zerowallrmcp-demo",
+      "request_id": "singlecell-example-1",
+      "input_path": "data:OmicVerse/pbmc3k_raw.h5ad",
+      "min_genes": 200,
+      "max_percent_mt": 20,
+      "confirm": true
+    },
+    "request_id": "singlecell-example-1"
+  }
+}
+```
+
+首次运行使用新的 request_id，同一提交重试保持参数及 request_id 不变。保留提交返回的本地 run_id 和远程 remote_id，查询本地任务：
+
+```json
+{
+  "action": "status",
+  "run_id": "<提交返回的本地 run_id>"
+}
+```
+
+queued/running 表示尚未完成；failed/timed_out 时保留原任务并读取错误及日志。succeeded 后检查 artifacts 中的 analysis.h5ad，使用 Manifest 的完整项目相对路径取回文件，不拼接本地 run_id：
+
+```json
+{
+  "action": "download_workspace",
+  "project_id": "zerowallrmcp-demo",
+  "remote_path": "<Manifest 中的完整项目相对路径>",
+  "local_path": "results/analysis.h5ad"
+}
+```

package/resources/skills/zerowall-omicverse/references/merged/zerowall-omicverse-spatial/workflow.md

@@ -1,58 +1,58 @@
-# 空间转录组邻接、Moran I 与可视化
-
-H5AD 必须含 obsm[spatial]，说明坐标单位、切片和分辨率。空间相关不等同于因果作用。
-
-空间转录组请求时主动加载 zerowall-rmcp、zerowall-omicverse 和本专项 Skill。使用同一物理 `rmcp` 连接、同一工作流 omicverse；连接状态未知时先调用 `mcp_connect`，再从实时 schema 发现 `research_workflow` 并调用：
-
-```json
-{
-  "action": "describe",
-  "workflow_id": "omicverse",
-  "operation": "omicverse.run.spatial"
-}
-```
-
-按返回的 schema 填充 run 的 parameters.operation 和 parameters.arguments，parameters.request_id 同一提交重试固定。status 使用返回的本地 run_id；只有 succeeded 且检查必要 Manifest 后报告完成。远程输入使用项目相对路径或已完成的 data:OmicVerse/ 引用，上传/下载使用 Host r_files。
-
-专项之外的入口、真实数据示例、完整目录和会话恢复约定见 zerowall-omicverse。加载该 Skill 后，用它返回的 resourceBase 读取 references/operations.md 和 references/scenarios.md，不能把本 Skill 的 resourceBase 当成主 Skill 目录。
-
-## 真实 seqFISH 空间相关分析
-
-缓存 seqFISH 已含空间坐标。此适配执行 Squidpy generic 邻接与 Moran I（100 次置换，seed=123），输出 spatial-moran.csv 和 spatial.h5ad。MISSING_SPATIAL 表示缺 obsm[spatial]，应核对原始坐标与细胞对应关系后重新提交，不能随机生成坐标代替。可视化通过单独 Python/native 工具读取完成后的 H5AD。
-
-```json
-{
-  "action": "run",
-  "workflow_id": "omicverse",
-  "parameters": {
-    "operation": "omicverse.run.spatial",
-    "arguments": {
-      "project_id": "rmcp-demo",
-      "request_id": "spatial-example-1",
-      "input_path": "data:OmicVerse/seqfish.h5ad",
-      "confirm": true
-    },
-    "request_id": "spatial-example-1"
-  }
-}
-```
-
-首次运行使用新的 request_id，同一提交重试保持参数及 request_id 不变。保留提交返回的本地 run_id 和远程 remote_id，查询本地任务：
-
-```json
-{
-  "action": "status",
-  "run_id": "<提交返回的本地 run_id>"
-}
-```
-
-queued/running 表示尚未完成；failed/timed_out 时保留原任务并读取错误及日志。succeeded 后检查 artifacts 中的 spatial-moran.csv，使用 Manifest 的完整项目相对路径取回文件，不拼接本地 run_id：
-
-```json
-{
-  "action": "download_workspace",
-  "project_id": "rmcp-demo",
-  "remote_path": "<Manifest 中的完整项目相对路径>",
-  "local_path": "results/spatial-moran.csv"
-}
-```
+# 空间转录组邻接、Moran I 与可视化
+
+H5AD 必须含 obsm[spatial]，说明坐标单位、切片和分辨率。空间相关不等同于因果作用。
+
+空间转录组请求时主动加载 zerowall-omicverse 和本专项 Skill。使用同一物理 `zerowallrmcp` 连接、同一工作流 omicverse；连接状态未知时先调用 `mcp_connect`，再从实时 schema 发现 `research_workflow` 并调用：
+
+```json
+{
+  "action": "describe",
+  "workflow_id": "omicverse",
+  "operation": "omicverse.run.spatial"
+}
+```
+
+按返回的 schema 填充 run 的 parameters.operation 和 parameters.arguments，parameters.request_id 同一提交重试固定。status 使用返回的本地 run_id；只有 succeeded 且检查必要 Manifest 后报告完成。远程输入使用项目相对路径或已完成的 data:OmicVerse/ 引用，上传/下载使用 Host r_files。
+
+专项之外的入口、真实数据示例、完整目录和会话恢复约定见 zerowall-omicverse。加载该 Skill 后，用它返回的 resourceBase 读取 references/operations.md 和 references/scenarios.md，不能把本 Skill 的 resourceBase 当成主 Skill 目录。
+
+## 真实 seqFISH 空间相关分析
+
+缓存 seqFISH 已含空间坐标。此适配执行 Squidpy generic 邻接与 Moran I（100 次置换，seed=123），输出 spatial-moran.csv 和 spatial.h5ad。MISSING_SPATIAL 表示缺 obsm[spatial]，应核对原始坐标与细胞对应关系后重新提交，不能随机生成坐标代替。可视化通过单独 Python/native 工具读取完成后的 H5AD。
+
+```json
+{
+  "action": "run",
+  "workflow_id": "omicverse",
+  "parameters": {
+    "operation": "omicverse.run.spatial",
+    "arguments": {
+      "project_id": "zerowallrmcp-demo",
+      "request_id": "spatial-example-1",
+      "input_path": "data:OmicVerse/seqfish.h5ad",
+      "confirm": true
+    },
+    "request_id": "spatial-example-1"
+  }
+}
+```
+
+首次运行使用新的 request_id，同一提交重试保持参数及 request_id 不变。保留提交返回的本地 run_id 和远程 remote_id，查询本地任务：
+
+```json
+{
+  "action": "status",
+  "run_id": "<提交返回的本地 run_id>"
+}
+```
+
+queued/running 表示尚未完成；failed/timed_out 时保留原任务并读取错误及日志。succeeded 后检查 artifacts 中的 spatial-moran.csv，使用 Manifest 的完整项目相对路径取回文件，不拼接本地 run_id：
+
+```json
+{
+  "action": "download_workspace",
+  "project_id": "zerowallrmcp-demo",
+  "remote_path": "<Manifest 中的完整项目相对路径>",
+  "local_path": "results/spatial-moran.csv"
+}
+```