@researai/deepscientist 1.5.6 → 1.5.8

package/docs/en/99_ACKNOWLEDGEMENTS.md

@@ -11,6 +11,7 @@ We especially thank the following projects for their ideas, research direction,
 - AlphaEvolve
 - OpenEvolve
 - EvoScientist
+- Orchestra-Research
 - Orchestra-Research/AI-Research-SKILLs
 
 These projects have been important references for thinking about automated research, open-ended exploration, evolutionary search, experiment organization, and long-horizon research agents.

package/docs/zh/07_MEMORY_AND_MCP.md

@@ -192,7 +192,44 @@ updated_at: 2026-03-11T18:00:00+00:00
 不要用 memory 代替实验 artifact。
 不要用 artifact 代替可复用知识卡。
 
-## 4. Bash exec 的基本用法
+## 4. Artifact 指标契约规则
+
+baseline 与主实验的正式指标提交，应以 `artifact` 为唯一权威入口。
+
+### `artifact.confirm_baseline(...)`
+
+对于已确认的 baseline：
+
+- canonical metric contract 应保存在 `<baseline_root>/json/metric_contract.json`
+- canonical `metrics_summary` 应是顶层扁平字典，key 直接使用论文面对比时的 metric id
+- 如果原始评测输出是嵌套结构，应在 `metric_contract.metrics` 中为每个必需 canonical metric 提供显式 `origin_path`，而不是直接提交嵌套 blob
+- 每个 canonical baseline metric 都应说明数值来源，至少包含：
+  - `description`
+  - `derivation` 或 `origin_path`
+  - `source_ref`
+- `primary_metric` 只是 headline metric，不能借此删掉其他论文面对比所需指标
+
+### `artifact.record_main_experiment(...)`
+
+对于基于已确认 baseline 的主实验：
+
+- 默认以已确认 baseline 的 metric-contract JSON 作为 canonical comparison contract
+- 主实验提交时必须覆盖 baseline 的全部必需 metric id
+- 可以多报额外指标，但不能缺少 baseline 的必需指标
+- canonical baseline metrics 应继续使用原有评测代码和指标定义
+- 如果确实需要额外评测器，应把它作为 supplementary evidence 记录，而不是替换 canonical comparator
+
+### 校验失败与临时记录
+
+- 当 MCP 工具开启严格校验时，失败会返回结构化错误字段，例如：
+  - `missing_metric_ids`
+  - `baseline_metric_ids`
+  - `baseline_metric_details`
+  - `evaluation_protocol_mismatch`
+- `Result/metric.md` 只可作为工作过程中的临时草稿/记忆文件，不是必需文件，也不是权威来源
+- 如果存在 `Result/metric.md`，请在调用 artifact 提交前用它核对最终 baseline 或主实验提交内容，避免遗漏或写错
+
+## 5. Bash exec 的基本用法
 
 用于可监控命令：
 
@@ -209,7 +246,7 @@ bash_exec.bash_exec(mode="read", id="<bash_id>")
 
 只有在确实需要停止时才使用 `kill`。
 
-## 5. Prompt 级纪律（建议）
+## 6. Prompt 级纪律（建议）
 
 通常推荐遵循：
 
@@ -220,7 +257,7 @@ bash_exec.bash_exec(mode="read", id="<bash_id>")
 5. 长任务 shell 用 `bash_exec`
 6. 有真正的可复用发现才 `memory.write(...)`
 
-## 6. UI 期望
+## 7. UI 期望
 
 在 `/projects/{id}` 的 Studio trace 中：
 

package/docs/zh/99_ACKNOWLEDGEMENTS.md

@@ -11,6 +11,7 @@ DeepScientist 的构思、架构设计与实现过程中，受到了许多优秀
 - AlphaEvolve
 - OpenEvolve
 - EvoScientist
+- Orchestra-Research
 - Orchestra-Research/AI-Research-SKILLs
 
 这些项目在自动化科研、开放式探索、进化式搜索、实验组织与智能研究代理等方向上的探索，为 DeepScientist 的设计提供了重要参照。

package/install.sh

@@ -421,6 +421,40 @@ write_global_wrapper() {
   cat >"$target_path" <<EOF
 #!/usr/bin/env bash
 set -euo pipefail
+WRAPPER_PATH="\${BASH_SOURCE[0]}"
+WRAPPER_DIR="\$(cd "\$(dirname "\$WRAPPER_PATH")" && pwd)"
+PREFERRED_COMMAND="$command_name"
+LOOKUP_PATH=""
+OLD_IFS="\$IFS"
+IFS=:
+for ENTRY in \$PATH; do
+  if [ -z "\$ENTRY" ]; then
+    continue
+  fi
+  ENTRY_REAL="\$ENTRY"
+  if ENTRY_CANONICAL="\$(cd "\$ENTRY" 2>/dev/null && pwd)"; then
+    ENTRY_REAL="\$ENTRY_CANONICAL"
+  fi
+  if [ "\$ENTRY_REAL" = "\$WRAPPER_DIR" ]; then
+    continue
+  fi
+  if [ -z "\$LOOKUP_PATH" ]; then
+    LOOKUP_PATH="\$ENTRY"
+  else
+    LOOKUP_PATH="\$LOOKUP_PATH:\$ENTRY"
+  fi
+done
+IFS="\$OLD_IFS"
+if [ -n "\$LOOKUP_PATH" ]; then
+  if RESOLVED_LAUNCHER="\$(PATH="\$LOOKUP_PATH" command -v "\$PREFERRED_COMMAND" 2>/dev/null)"; then
+    if [ -n "\$RESOLVED_LAUNCHER" ] && [ "\$RESOLVED_LAUNCHER" != "\$WRAPPER_PATH" ]; then
+      if [ -z "\${DEEPSCIENTIST_HOME:-}" ]; then
+        export DEEPSCIENTIST_HOME="$BASE_DIR"
+      fi
+      exec "\$RESOLVED_LAUNCHER" "\$@"
+    fi
+  fi
+fi
 if [ -z "\${DEEPSCIENTIST_HOME:-}" ]; then
   export DEEPSCIENTIST_HOME="$BASE_DIR"
 fi

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "@researai/deepscientist",
-  "version": "1.5.6",
+  "version": "1.5.8",
   "description": "Local-first research operating system with a Python runtime and npm launcher",
   "license": "MIT",
   "files": [

package/pyproject.toml

@@ -4,7 +4,7 @@ build-backend = "setuptools.build_meta"
 
 [project]
 name = "deepscientist"
-version = "1.5.6"
+version = "1.5.8"
 description = "DeepScientist Core skeleton"
 readme = "README.md"
 requires-python = ">=3.11"

package/src/deepscientist/__init__.py

@@ -5,4 +5,4 @@ __all__ = ["__version__"]
 try:
     __version__ = _package_version("deepscientist")
 except PackageNotFoundError:  # pragma: no cover - source checkout fallback
-    __version__ = "1.5.6"
+    __version__ = "1.5.8"

package/src/deepscientist/acp/envelope.py

@@ -85,6 +85,7 @@ def build_session_descriptor(
         "mcp_servers": [
             {"name": "memory", "transport": "stdio", "scope": "quest-local"},
             {"name": "artifact", "transport": "stdio", "scope": "quest-local"},
+            {"name": "bash_exec", "transport": "stdio", "scope": "quest-local"},
         ],
         "slash_commands": build_slash_commands(quest_id),
         "meta": {