@precisa-saude/fhir 0.32.0 → 0.34.0

package/README.md

@@ -82,15 +82,15 @@ import { validateFHIRObservation } from '@precisa-saude/fhir/validators';
 
 ## Módulos
 
-| Sub-path            | Descrição                                                              |
-| ------------------- | ---------------------------------------------------------------------- |
-| `/biomarkers`       | Definições com códigos LOINC, nomes pt/en, sub-categorias              |
-| `/category-groups`  | Agrupamento de 10 categorias clínicas top-level sobre 20 subcategorias |
-| `/reference-ranges` | Faixas de referência por sexo/idade/gestação (SBPC/ML, SBC, SBD, OMS)  |
-| `/converter`        | Converte dados laboratoriais para FHIR R4 Bundle                       |
-| `/importer`         | Importa FHIR Bundle de volta para estruturas internas                  |
-| `/units`            | Mapeamento de unidades, conversão para UCUM                            |
-| `/validators`       | Validação de recursos FHIR (DiagnosticReport, Observation, Bundle)     |
+| Sub-path            | Descrição                                                                 |
+| ------------------- | ------------------------------------------------------------------------- |
+| `/biomarkers`       | Definições com códigos LOINC, nomes pt/en, sub-categorias                 |
+| `/category-groups`  | Agrupamento de 10 categorias clínicas top-level sobre 20 subcategorias    |
+| `/reference-ranges` | Faixas de referência por sexo/idade/gestação (SBPC/ML, SBC, SBD, OMS)     |
+| `/converter`        | Converte dados laboratoriais para FHIR R4 Bundle                          |
+| `/importer`         | Importa FHIR Bundle de volta para estruturas internas                     |
+| `/units`            | Mapeamento de unidades, conversão para UCUM (`resolveUcum`, `isUcumCode`) |
+| `/validators`       | Validação de recursos FHIR (DiagnosticReport, Observation, Bundle)        |
 
 ## Escopo das faixas de referência
 
@@ -107,6 +107,8 @@ const range = getReferenceRange('TSH', {
 // → { max: 2.5, min: 0.1, ... } (alvo ATA 2017 para 1º trimestre)
 ```
 
+Cada faixa diz que tipo de afirmação ela é (`kind`: intervalo de referência do ensaio, limiar de decisão de diretriz ou distribuição populacional) e, por limite, se ele é corte clínico ou só desenho (`minKind`/`maxKind`). Para sinalizar um valor contra a faixa do catálogo, use `flagAgainstCatalogRange`, que ignora os limites de desenho; o `direction` diz para que lado o marcador melhora e não decide flag. Detalhes em [docs/biomarcadores.md](../../docs/biomarcadores.md#tipo-da-faixa).
+
 O metadado opcional `fastingRequired` em `BiomarkerReferenceRange` indica se a amostra exige jejum estrito (ex.: `Glucose`, `Insulin`, `HOMA_IR`) ou se o jejum é preferido mas não obrigatório (ex.: `Triglycerides`, que aceita dosagem não-jejum por SBC 2017/2025).
 
 ## Aviso médico

package/dist/biomarkers.cjs

@@ -30,7 +30,7 @@
 
 
 
-var _chunkMKH4Q735cjs = require('./chunk-MKH4Q735.cjs');
+var _chunkT75NZM56cjs = require('./chunk-T75NZM56.cjs');
 
 
 
@@ -63,5 +63,5 @@ var _chunkMKH4Q735cjs = require('./chunk-MKH4Q735.cjs');
 
 
 
-exports.BIOMARKER_DEFINITIONS = _chunkMKH4Q735cjs.BIOMARKER_DEFINITIONS; exports.CAC_INDICATOR_CODES = _chunkMKH4Q735cjs.CAC_INDICATOR_CODES; exports.DEXA_CATEGORIES = _chunkMKH4Q735cjs.DEXA_CATEGORIES; exports.DEXA_INDICATOR_CODES = _chunkMKH4Q735cjs.DEXA_INDICATOR_CODES; exports.codeToLoinc = _chunkMKH4Q735cjs.codeToLoinc; exports.filterVisibleBiomarkers = _chunkMKH4Q735cjs.filterVisibleBiomarkers; exports.findCodeByName = _chunkMKH4Q735cjs.findCodeByName; exports.generateCacFullReference = _chunkMKH4Q735cjs.generateCacFullReference; exports.generateDexaFullReference = _chunkMKH4Q735cjs.generateDexaFullReference; exports.generateFilteredLLMReference = _chunkMKH4Q735cjs.generateFilteredLLMReference; exports.generateLLMReference = _chunkMKH4Q735cjs.generateLLMReference; exports.getAllCodes = _chunkMKH4Q735cjs.getAllCodes; exports.getAllDefinitions = _chunkMKH4Q735cjs.getAllDefinitions; exports.getAllLoincCodes = _chunkMKH4Q735cjs.getAllLoincCodes; exports.getAllSearchPatterns = _chunkMKH4Q735cjs.getAllSearchPatterns; exports.getBiomarkersByCategory = _chunkMKH4Q735cjs.getBiomarkersByCategory; exports.getBiomarkersForCategories = _chunkMKH4Q735cjs.getBiomarkersForCategories; exports.getDefinitionByCode = _chunkMKH4Q735cjs.getDefinitionByCode; exports.getDefinitionByLoinc = _chunkMKH4Q735cjs.getDefinitionByLoinc; exports.getDefinitionsBySex = _chunkMKH4Q735cjs.getDefinitionsBySex; exports.getSexForCode = _chunkMKH4Q735cjs.getSexForCode; exports.getVisibleDefinitions = _chunkMKH4Q735cjs.getVisibleDefinitions; exports.isBiomarkerVisible = _chunkMKH4Q735cjs.isBiomarkerVisible; exports.isCacDocument = _chunkMKH4Q735cjs.isCacDocument; exports.isDexaDocument = _chunkMKH4Q735cjs.isDexaDocument; exports.isValidCode = _chunkMKH4Q735cjs.isValidCode; exports.isValidLoinc = _chunkMKH4Q735cjs.isValidLoinc; exports.loincToCode = _chunkMKH4Q735cjs.loincToCode; exports.normalizeCode = _chunkMKH4Q735cjs.normalizeCode; exports.toBiomarkerTests = _chunkMKH4Q735cjs.toBiomarkerTests; exports.validateLoincNameMatch = _chunkMKH4Q735cjs.validateLoincNameMatch;
+exports.BIOMARKER_DEFINITIONS = _chunkT75NZM56cjs.BIOMARKER_DEFINITIONS; exports.CAC_INDICATOR_CODES = _chunkT75NZM56cjs.CAC_INDICATOR_CODES; exports.DEXA_CATEGORIES = _chunkT75NZM56cjs.DEXA_CATEGORIES; exports.DEXA_INDICATOR_CODES = _chunkT75NZM56cjs.DEXA_INDICATOR_CODES; exports.codeToLoinc = _chunkT75NZM56cjs.codeToLoinc; exports.filterVisibleBiomarkers = _chunkT75NZM56cjs.filterVisibleBiomarkers; exports.findCodeByName = _chunkT75NZM56cjs.findCodeByName; exports.generateCacFullReference = _chunkT75NZM56cjs.generateCacFullReference; exports.generateDexaFullReference = _chunkT75NZM56cjs.generateDexaFullReference; exports.generateFilteredLLMReference = _chunkT75NZM56cjs.generateFilteredLLMReference; exports.generateLLMReference = _chunkT75NZM56cjs.generateLLMReference; exports.getAllCodes = _chunkT75NZM56cjs.getAllCodes; exports.getAllDefinitions = _chunkT75NZM56cjs.getAllDefinitions; exports.getAllLoincCodes = _chunkT75NZM56cjs.getAllLoincCodes; exports.getAllSearchPatterns = _chunkT75NZM56cjs.getAllSearchPatterns; exports.getBiomarkersByCategory = _chunkT75NZM56cjs.getBiomarkersByCategory; exports.getBiomarkersForCategories = _chunkT75NZM56cjs.getBiomarkersForCategories; exports.getDefinitionByCode = _chunkT75NZM56cjs.getDefinitionByCode; exports.getDefinitionByLoinc = _chunkT75NZM56cjs.getDefinitionByLoinc; exports.getDefinitionsBySex = _chunkT75NZM56cjs.getDefinitionsBySex; exports.getSexForCode = _chunkT75NZM56cjs.getSexForCode; exports.getVisibleDefinitions = _chunkT75NZM56cjs.getVisibleDefinitions; exports.isBiomarkerVisible = _chunkT75NZM56cjs.isBiomarkerVisible; exports.isCacDocument = _chunkT75NZM56cjs.isCacDocument; exports.isDexaDocument = _chunkT75NZM56cjs.isDexaDocument; exports.isValidCode = _chunkT75NZM56cjs.isValidCode; exports.isValidLoinc = _chunkT75NZM56cjs.isValidLoinc; exports.loincToCode = _chunkT75NZM56cjs.loincToCode; exports.normalizeCode = _chunkT75NZM56cjs.normalizeCode; exports.toBiomarkerTests = _chunkT75NZM56cjs.toBiomarkerTests; exports.validateLoincNameMatch = _chunkT75NZM56cjs.validateLoincNameMatch;
 //# sourceMappingURL=biomarkers.cjs.map

package/dist/biomarkers.js

@@ -30,7 +30,7 @@ import {
   normalizeCode,
   toBiomarkerTests,
   validateLoincNameMatch
-} from "./chunk-WDDW2WCY.js";
+} from "./chunk-4FKZG5GZ.js";
 export {
   BIOMARKER_DEFINITIONS,
   CAC_INDICATOR_CODES,

package/dist/{chunk-44QMNDOI.cjs → chunk-376KM7IL.cjs}

@@ -1,6 +1,6 @@
 "use strict";Object.defineProperty(exports, "__esModule", {value: true}); function _nullishCoalesce(lhs, rhsFn) { if (lhs != null) { return lhs; } else { return rhsFn(); } } function _optionalChain(ops) { let lastAccessLHS = undefined; let value = ops[0]; let i = 1; while (i < ops.length) { const op = ops[i]; const fn = ops[i + 1]; i += 2; if ((op === 'optionalAccess' || op === 'optionalCall') && value == null) { return undefined; } if (op === 'access' || op === 'optionalAccess') { lastAccessLHS = value; value = fn(value); } else if (op === 'call' || op === 'optionalCall') { value = fn((...args) => value.call(lastAccessLHS, ...args)); lastAccessLHS = undefined; } } return value; }
 
-var _chunk3ILBFLVQcjs = require('./chunk-3ILBFLVQ.cjs');
+var _chunkOAFAERDYcjs = require('./chunk-OAFAERDY.cjs');
 
 
 
@@ -11,7 +11,7 @@ var _chunkOR67NJDZcjs = require('./chunk-OR67NJDZ.cjs');
 
 
 
-var _chunkMKH4Q735cjs = require('./chunk-MKH4Q735.cjs');
+var _chunkT75NZM56cjs = require('./chunk-T75NZM56.cjs');
 
 // src/importer.ts
 var MAX_OBSERVATIONS = 5e3;
@@ -33,11 +33,11 @@ function resolveBiomarkerCode(observation) {
   } else {
     reason = "No code found in observation coding";
   }
-  const fromLoinc = loincCode ? _chunkMKH4Q735cjs.loincToCode.call(void 0, loincCode) : void 0;
+  const fromLoinc = loincCode ? _chunkT75NZM56cjs.loincToCode.call(void 0, loincCode) : void 0;
   if (fromLoinc) return { internalCode: fromLoinc, loincCode, reason };
-  if (declaredCode && _chunkMKH4Q735cjs.isValidCode.call(void 0, declaredCode)) {
-    const canonical = _chunkMKH4Q735cjs.normalizeCode.call(void 0, declaredCode);
-    return { internalCode: canonical, loincCode: _chunkMKH4Q735cjs.codeToLoinc.call(void 0, canonical), reason };
+  if (declaredCode && _chunkT75NZM56cjs.isValidCode.call(void 0, declaredCode)) {
+    const canonical = _chunkT75NZM56cjs.normalizeCode.call(void 0, declaredCode);
+    return { internalCode: canonical, loincCode: _chunkT75NZM56cjs.codeToLoinc.call(void 0, canonical), reason };
   }
   return { loincCode, reason };
 }
@@ -74,7 +74,7 @@ function mapFHIRObservationToInternal(observation, index) {
       skipped: { index, loincCode, reason, resourceType: "Observation" }
     };
   }
-  const definition = _chunkMKH4Q735cjs.getDefinitionByCode.call(void 0, internalCode);
+  const definition = _chunkT75NZM56cjs.getDefinitionByCode.call(void 0, internalCode);
   let value;
   let unit = "";
   let isQualitative = false;
@@ -107,26 +107,33 @@ function mapFHIRObservationToInternal(observation, index) {
   }
   let referenceMin;
   let referenceMax;
+  let referenceKind;
   if (_optionalChain([observation, 'access', _18 => _18.referenceRange, 'optionalAccess', _19 => _19[0]])) {
     referenceMin = _optionalChain([observation, 'access', _20 => _20.referenceRange, 'access', _21 => _21[0], 'access', _22 => _22.low, 'optionalAccess', _23 => _23.value]);
     referenceMax = _optionalChain([observation, 'access', _24 => _24.referenceRange, 'access', _25 => _25[0], 'access', _26 => _26.high, 'optionalAccess', _27 => _27.value]);
+    const meaning = _optionalChain([observation, 'access', _28 => _28.referenceRange, 'access', _29 => _29[0], 'access', _30 => _30.type, 'optionalAccess', _31 => _31.coding, 'optionalAccess', _32 => _32.find, 'call', _33 => _33(
+      (c) => c.system === "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/referencerange-meaning"
+    ), 'optionalAccess', _34 => _34.code]);
+    if (meaning === "normal") referenceKind = "reference-interval";
+    else if (meaning === "recommended") referenceKind = "decision-threshold";
   }
   const imported = {
     biomarkerCode: internalCode,
-    biomarkerName: _optionalChain([definition, 'optionalAccess', _28 => _28.names, 'access', _29 => _29.pt, 'access', _30 => _30[0]]) || _optionalChain([definition, 'optionalAccess', _31 => _31.names, 'access', _32 => _32.en, 'access', _33 => _33[0]]) || observation.code.text || internalCode,
+    biomarkerName: _optionalChain([definition, 'optionalAccess', _35 => _35.names, 'access', _36 => _36.pt, 'access', _37 => _37[0]]) || _optionalChain([definition, 'optionalAccess', _38 => _38.names, 'access', _39 => _39.en, 'access', _40 => _40[0]]) || observation.code.text || internalCode,
     collectionDate,
     flag: extractFlag(observation),
     isQualitative,
     loincCode,
+    ...referenceKind && { referenceKind },
     referenceMax,
     referenceMin,
-    unit: unit || _optionalChain([definition, 'optionalAccess', _34 => _34.unit]) || "",
+    unit: unit || _optionalChain([definition, 'optionalAccess', _41 => _41.unit]) || "",
     value
   };
   return { observation: imported };
 }
 function processImportBundle(data) {
-  const validationErrors = _chunk3ILBFLVQcjs.validateFHIRImportBundle.call(void 0, data);
+  const validationErrors = _chunkOAFAERDYcjs.validateFHIRImportBundle.call(void 0, data);
   if (validationErrors.length > 0) {
     return {
       errors: validationErrors,
@@ -162,4 +169,4 @@ function processImportBundle(data) {
 
 
 exports.MAX_OBSERVATIONS = MAX_OBSERVATIONS; exports.MAX_FILE_SIZE = MAX_FILE_SIZE; exports.extractObservationsFromBundle = extractObservationsFromBundle; exports.mapFHIRObservationToInternal = mapFHIRObservationToInternal; exports.processImportBundle = processImportBundle;
-//# sourceMappingURL=chunk-44QMNDOI.cjs.map
+//# sourceMappingURL=chunk-376KM7IL.cjs.map

package/dist/chunk-376KM7IL.cjs.map

@@ -0,0 +1 @@
+{"version":3,"sources":["/home/runner/work/fhir-brasil/fhir-brasil/packages/core/dist/chunk-376KM7IL.cjs","../src/importer.ts"],"names":[],"mappings":"AAAA;AACE;AACF,wDAA6B;AAC7B;AACE;AACA;AACF,wDAA6B;AAC7B;AACE;AACA;AACA;AACA;AACA;AACF,wDAA6B;AAC7B;AACA;ACkDA,IAAM,iBAAA,EAAmB,GAAA;AACzB,IAAM,cAAA,EAAgB,GAAA,EAAK,KAAA,EAAO,IAAA;AAclC,SAAS,oBAAA,CAAqB,WAAA,EAI5B;AACA,EAAA,MAAM,OAAA,mCAAS,WAAA,mBAAY,IAAA,6BAAM,QAAA,UAAU,CAAC,GAAA;AAC5C,EAAA,MAAM,UAAA,kBAAY,MAAA,qBAAO,IAAA,mBAAK,CAAC,CAAA,EAAA,GAAM,CAAA,CAAE,OAAA,IAAW,8BAAY,CAAA,6BAAG,MAAA;AACjE,EAAA,MAAM,aAAA,kBAAe,MAAA,qBAAO,IAAA,mBAAK,CAAC,CAAA,EAAA,GAAM,CAAA,CAAE,OAAA,IAAW,uCAAqB,CAAA,6BAAG,MAAA;AAE7E,EAAA,MAAM,UAAA,EAAY;AAAA,IAChB,GAAI,UAAA,EAAY,CAAC,CAAA,MAAA,EAAS,SAAS,CAAA,CAAA;AACf,IAAA;AACtB,EAAA;AAOI,EAAA;AACsB,EAAA;AACE,IAAA;AACE,EAAA;AACO,IAAA;AAC1B,IAAA;AACJ,EAAA;AACI,IAAA;AACX,EAAA;AAE8B,EAAA;AACN,EAAA;AAEQ,EAAA;AAOE,IAAA;AAIE,IAAA;AACpC,EAAA;AAE2B,EAAA;AAC7B;AAKmE;AACxC,EAAA;AACU,EAAA;AACA,EAAA;AAC5B,EAAA;AACT;AAK8C;AAIH,EAAA;AACR,EAAA;AAEA,EAAA;AACH,IAAA;AACP,IAAA;AACc,MAAA;AACjC,MAAA;AACF,IAAA;AAEmB,IAAA;AAEjB,MAAA;AACF,IAAA;AAE2B,IAAA;AACQ,MAAA;AACjC,MAAA;AACF,IAAA;AAEmD,IAAA;AACrD,EAAA;AAE+B,EAAA;AACjC;AAME;AAGiC,EAAA;AAEd,EAAA;AACV,IAAA;AACwB,MAAA;AAC/B,IAAA;AACF,EAAA;AAEmB,EAAA;AAGf,EAAA;AACO,EAAA;AACS,EAAA;AAEW,EAAA;AACK,IAAA;AACD,IAAA;AACC,EAAA;AACd,IAAA;AACJ,IAAA;AACX,EAAA;AACE,IAAA;AACI,MAAA;AACP,QAAA;AACA,QAAA;AACQ,QAAA;AACM,QAAA;AAChB,MAAA;AACF,IAAA;AACF,EAAA;AAGmC,EAAA;AACd,EAAA;AACZ,IAAA;AACI,MAAA;AACP,QAAA;AACA,QAAA;AACQ,QAAA;AACM,QAAA;AAChB,MAAA;AACF,IAAA;AACF,EAAA;AAGI,EAAA;AACA,EAAA;AACA,EAAA;AACiC,EAAA;AACR,IAAA;AACA,IAAA;AACC,IAAA;AACN,MAAA;AACnB,IAAA;AACuB,IAAA;AACU,IAAA;AACtC,EAAA;AAEsC,EAAA;AACrB,IAAA;AAEK,IAAA;AACpB,IAAA;AAC6B,IAAA;AAC7B,IAAA;AACA,IAAA;AACuB,IAAA;AACvB,IAAA;AACA,IAAA;AACkC,IAAA;AAClC,IAAA;AACF,EAAA;AAE+B,EAAA;AACjC;AAKqE;AAE1C,EAAA;AACQ,EAAA;AACxB,IAAA;AACG,MAAA;AACG,MAAA;AACD,MAAA;AACM,MAAA;AAClB,IAAA;AACF,EAAA;AAEe,EAAA;AAGmB,EAAA;AAGO,EAAA;AACK,EAAA;AAEb,EAAA;AAChB,IAAA;AAEc,IAAA;AACK,MAAA;AAC3B,IAAA;AACyB,MAAA;AAChC,IAAA;AACF,EAAA;AAEO,EAAA;AACI,IAAA;AACT,IAAA;AACS,IAAA;AACoB,IAAA;AAC/B,EAAA;AACF;ADrIuC;AACA;AACA;AACA;AACA;AACA;AACA;AACA","file":"/home/runner/work/fhir-brasil/fhir-brasil/packages/core/dist/chunk-376KM7IL.cjs","sourcesContent":[null,"/**\n * FHIR Importer\n *\n * Parses FHIR R4 Bundles and extracts Observation resources with known LOINC codes,\n * mapping them to internal biomarker codes for storage as lab results.\n */\n\nimport {\n  codeToLoinc,\n  getDefinitionByCode,\n  isValidCode,\n  loincToCode,\n  normalizeCode,\n} from './biomarkers';\nimport { BIOMARKER_CODE_SYSTEM, LOINC_SYSTEM } from './code-systems';\nimport type { FHIRBundle, FHIRObservation } from './fhir-types';\nimport { validateFHIRImportBundle } from './validators';\n\nexport interface ImportedObservation {\n  biomarkerCode: string;\n  biomarkerName: string;\n  collectionDate: string;\n  flag: 'H' | 'L' | '';\n  isQualitative: boolean;\n  /** Ausente nos biomarcadores sem LOINC publicado, como composição corporal. */\n  loincCode?: string;\n  /** Lido do `referenceRange.type`, quando o Bundle o traz. */\n  referenceKind?: 'decision-threshold' | 'reference-interval';\n  referenceMax?: number;\n  referenceMin?: number;\n  unit: string;\n  value: number | string;\n}\n\nexport interface SkippedEntry {\n  index: number;\n  loincCode?: string;\n  reason: string;\n  resourceType?: string;\n}\n\nexport interface ImportError {\n  details: string;\n  field: string;\n}\n\nexport interface FHIRImportResult {\n  errors: ImportError[];\n  imported: ImportedObservation[];\n  skipped: SkippedEntry[];\n  totalProcessed: number;\n}\n\n/**\n * Limites de importação.\n *\n * Uma Observation exportada ocupa cerca de 1,25KB em JSON compacto e 2,75KB\n * quando o arquivo vem indentado, medido sobre um histórico real de 998\n * Observations em 61 laudos. Nesse tamanho, 5000 Observations dão 6,0MB\n * compactos ou 13,1MB indentados, e por isso o teto de arquivo é 15MB: cobre\n * as duas formas com folga.\n *\n * Na densidade desse mesmo histórico (16 Observations por laudo), 5000\n * equivalem a cerca de 300 laudos.\n */\nconst MAX_OBSERVATIONS = 5000;\nconst MAX_FILE_SIZE = 15 * 1024 * 1024; // 15MB\n\n/**\n * Resolve o código interno do biomarcador a partir do `code.coding`.\n *\n * LOINC primeiro, que é o vocabulário que arquivos de terceiros usam. Quando\n * não resolve, cai para o coding de códigos internos, presente nos arquivos\n * exportados pela própria plataforma.\n *\n * O fallback cobre dois casos: biomarcadores sem LOINC publicado (composição\n * corporal, densidade óssea, escore de cálcio) e arquivos antigos, exportados\n * quando esses biomarcadores saíam com o placeholder `99999-9`, que não\n * resolve para nada.\n */\nfunction resolveBiomarkerCode(observation: FHIRObservation): {\n  internalCode?: string;\n  loincCode?: string;\n  reason: string;\n} {\n  const coding = observation.code?.coding ?? [];\n  const loincCode = coding.find((c) => c.system === LOINC_SYSTEM)?.code;\n  const declaredCode = coding.find((c) => c.system === BIOMARKER_CODE_SYSTEM)?.code;\n\n  const seenCodes = [\n    ...(loincCode ? [`LOINC ${loincCode}`] : []),\n    ...(declaredCode ? [`biomarker code ${declaredCode}`] : []),\n  ];\n\n  // Três motivos distintos de descarte, que antes se confundiam num só. Sem\n  // essa separação, um arquivo em SNOMED relatava \"nenhum código encontrado\",\n  // sugerindo `coding` vazio quando na verdade o código existia e estava num\n  // system que não tratamos. Para importação de terceiros, é a diferença entre\n  // um diagnóstico acionável e um enigma.\n  let reason: string;\n  if (seenCodes.length > 0) {\n    reason = `Unknown code: ${seenCodes.join(', ')}`;\n  } else if (coding.length > 0) {\n    const systems = [...new Set(coding.map((c) => c.system ?? '(sem system)'))];\n    reason = `No code in a supported system (found: ${systems.join(', ')})`;\n  } else {\n    reason = 'No code found in observation coding';\n  }\n\n  const fromLoinc = loincCode ? loincToCode(loincCode) : undefined;\n  if (fromLoinc) return { internalCode: fromLoinc, loincCode, reason };\n\n  if (declaredCode && isValidCode(declaredCode)) {\n    // `isValidCode` aceita alias, mas alias não serve como código armazenado:\n    // 49 definições têm um, e tanto `codeToLoinc` quanto as faixas de\n    // referência são indexadas só pelo canônico. Sem normalizar, `VLDL_Cholesterol`\n    // entraria no lugar de `VLDL` e perderia o LOINC 13458-5 que ele tem.\n    // Importar um Bundle é fronteira de dados, que é onde `normalizeCode` deve\n    // ser aplicado.\n    const canonical = normalizeCode(declaredCode);\n\n    // `codeToLoinc` devolve undefined para quem não tem LOINC, que é o caso\n    // esperado aqui. O campo fica de fora em vez de receber um valor inventado.\n    return { internalCode: canonical, loincCode: codeToLoinc(canonical), reason };\n  }\n\n  return { loincCode, reason };\n}\n\n/**\n * Extract interpretation flag from Observation\n */\nfunction extractFlag(observation: FHIRObservation): 'H' | 'L' | '' {\n  const code = observation.interpretation?.[0]?.coding?.[0]?.code;\n  if (code === 'H' || code === 'HH') return 'H';\n  if (code === 'L' || code === 'LL') return 'L';\n  return '';\n}\n\n/**\n * Extract Observation resources from a FHIR Bundle\n */\nexport function extractObservationsFromBundle(bundle: FHIRBundle): {\n  observations: FHIRObservation[];\n  skipped: SkippedEntry[];\n} {\n  const observations: FHIRObservation[] = [];\n  const skipped: SkippedEntry[] = [];\n\n  for (let i = 0; i < bundle.entry.length; i++) {\n    const entry = bundle.entry[i]!;\n    if (!entry.resource) {\n      skipped.push({ index: i, reason: 'Entry has no resource' });\n      continue;\n    }\n\n    if (entry.resource.resourceType !== 'Observation') {\n      // Non-observation resources are silently skipped (Patient, DiagnosticReport, etc.)\n      continue;\n    }\n\n    if (observations.length >= MAX_OBSERVATIONS) {\n      skipped.push({ index: i, reason: `Maximum of ${MAX_OBSERVATIONS} observations exceeded` });\n      continue;\n    }\n\n    observations.push(entry.resource as FHIRObservation);\n  }\n\n  return { observations, skipped };\n}\n\n/**\n * Map a FHIR Observation to internal format using LOINC→biomarker code lookup\n */\nexport function mapFHIRObservationToInternal(\n  observation: FHIRObservation,\n  index: number,\n): { observation: ImportedObservation } | { skipped: SkippedEntry } {\n  const { internalCode, loincCode, reason } = resolveBiomarkerCode(observation);\n\n  if (!internalCode) {\n    return {\n      skipped: { index, loincCode, reason, resourceType: 'Observation' },\n    };\n  }\n\n  const definition = getDefinitionByCode(internalCode);\n\n  // Extract value\n  let value: number | string;\n  let unit = '';\n  let isQualitative = false;\n\n  if (observation.valueQuantity?.value !== undefined) {\n    value = observation.valueQuantity.value;\n    unit = observation.valueQuantity.unit || observation.valueQuantity.code || '';\n  } else if (observation.valueString) {\n    value = observation.valueString;\n    isQualitative = true;\n  } else {\n    return {\n      skipped: {\n        index,\n        loincCode,\n        reason: 'Observation has no value (valueQuantity or valueString)',\n        resourceType: 'Observation',\n      },\n    };\n  }\n\n  // Extract collection date (effectiveDateTime or effectivePeriod.start)\n  const collectionDate = observation.effectiveDateTime || observation.effectivePeriod?.start || '';\n  if (!collectionDate) {\n    return {\n      skipped: {\n        index,\n        loincCode,\n        reason: 'Observation has no effectiveDateTime or effectivePeriod.start',\n        resourceType: 'Observation',\n      },\n    };\n  }\n\n  // Extract reference ranges\n  let referenceMin: number | undefined;\n  let referenceMax: number | undefined;\n  let referenceKind: ImportedObservation['referenceKind'];\n  if (observation.referenceRange?.[0]) {\n    referenceMin = observation.referenceRange[0].low?.value;\n    referenceMax = observation.referenceRange[0].high?.value;\n    const meaning = observation.referenceRange[0].type?.coding?.find(\n      (c) => c.system === 'http://terminology.hl7.org/CodeSystem/referencerange-meaning',\n    )?.code;\n    if (meaning === 'normal') referenceKind = 'reference-interval';\n    else if (meaning === 'recommended') referenceKind = 'decision-threshold';\n  }\n\n  const imported: ImportedObservation = {\n    biomarkerCode: internalCode,\n    biomarkerName:\n      definition?.names.pt[0] || definition?.names.en[0] || observation.code.text || internalCode,\n    collectionDate,\n    flag: extractFlag(observation),\n    isQualitative,\n    loincCode,\n    ...(referenceKind && { referenceKind }),\n    referenceMax,\n    referenceMin,\n    unit: unit || definition?.unit || '',\n    value,\n  };\n\n  return { observation: imported };\n}\n\n/**\n * Process a complete FHIR Bundle for import\n */\nexport function processImportBundle(data: unknown): FHIRImportResult {\n  // Structural validation\n  const validationErrors = validateFHIRImportBundle(data);\n  if (validationErrors.length > 0) {\n    return {\n      errors: validationErrors,\n      imported: [],\n      skipped: [],\n      totalProcessed: 0,\n    };\n  }\n\n  const bundle = data as FHIRBundle;\n\n  // Extract observations\n  const { observations, skipped } = extractObservationsFromBundle(bundle);\n\n  // Map each observation to internal format\n  const imported: ImportedObservation[] = [];\n  const allSkipped: SkippedEntry[] = [...skipped];\n\n  for (let i = 0; i < observations.length; i++) {\n    const result = mapFHIRObservationToInternal(observations[i]!, i);\n\n    if ('observation' in result) {\n      imported.push(result.observation);\n    } else {\n      allSkipped.push(result.skipped);\n    }\n  }\n\n  return {\n    errors: [],\n    imported,\n    skipped: allSkipped,\n    totalProcessed: observations.length,\n  };\n}\n\nexport { MAX_FILE_SIZE, MAX_OBSERVATIONS };\n"]}

package/dist/{chunk-WDDW2WCY.js → chunk-4FKZG5GZ.js}

@@ -56,6 +56,10 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "coracao",
     code: "LDL_Medium",
+    // 96735-6 é "in Serum" só, enquanto as vizinhas LDL_Small (43727-7),
+    // LDL_ParticleNumber (54434-6) e HDL_Large (43729-3) são Ser/Plas. É o
+    // único código para a subfração média, e o perfil por RMN roda em soro.
+    // Material registrado de propósito.
     loinc: "96735-6",
     names: {
       en: ["LDL Medium", "Medium LDL Particles"],
@@ -1023,14 +1027,16 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   },
   {
     // LOINC 99620-7 = "Omega 3 fatty acids (w3) [Moles/volume] in RBC.lysate".
-    // Alinha à matriz das entradas irmãs Omega3_EPA (75097-6) e Omega3_DHA
-    // (75095-0), ambas em hemácias. Anteriormente 35178-3 (mesmo analito em
-    // Ser/Plas), incompatível com o uso clínico do Índice Ômega-3 (Harris &
-    // von Schacky 2004), que é definido em membranas de hemácias.
-    // Ressalva: LOINC declara moles/volume; o biomarcador armazena %.
-    // Não há LOINC vigente para "Omega 3 total em % em RBC" — o `Omega3_Index`
-    // (88998-0) cobre apenas EPA+DHA. Mantemos `unit: '%'` por consistência
-    // com EPA/DHA (75095-0/75097-6 são [Entitic substance], também não-%).
+    // Anteriormente 35178-3 (mesmo analito em Ser/Plas), incompatível com o
+    // uso clínico do Índice Ômega-3 (Harris & von Schacky 2004), que é
+    // definido em membranas de hemácias.
+    //
+    // Compromisso declarado, e não erro: o LOINC 2.82 não tem código de fração
+    // ("ômega-3 total / ácidos graxos totais") para o total, só para os ácidos
+    // individuais e para EPA+DPA+DHA (90911-9). O componente confere; a
+    // propriedade é moles/volume enquanto o laudo imprime %. O teste de eixos
+    // (`loinc-axes.test.ts`) lista esta entrada como exceção com este motivo.
+    // Mesmo compromisso em `Omega6_Total` (99621-5).
     category: "nutrientes",
     code: "Omega3_Total",
     loinc: "99620-7",
@@ -1044,7 +1050,18 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
     category: "nutrientes",
     code: "Omega3_DHA",
     codeAliases: ["DHA"],
-    loinc: "75095-0",
+    // Ácidos graxos individuais: fração do total (% dos ácidos graxos C14-C22),
+    // que é o que o perfil de ácidos graxos e o Índice Ômega-3 imprimem. Os
+    // códigos vêm do painel 90918-4 ("Fatty acid omega-3 and omega-6 panel -
+    // Blood"), o mesmo de onde já saem as razões AA/EPA (90909-3) e ω6/ω3
+    // (90910-1). Até out/2026 apontavam para os códigos [Entitic substance]
+    // em hemácias (75095-0, 75097-6, 75110-7, 75117-2), que são quantidade por
+    // célula, e para 48371-9, que é moles/volume em soro: componente certo,
+    // propriedade errada nos cinco, desde mar/2026. Ficam como alias porque o
+    // analito é o mesmo. Material: o painel em soro/plasma (88884-2, C14-C24)
+    // existe, e é a troca a fazer se um laboratório imprimir o perfil em soro.
+    loinc: "90914-3",
+    loincAliases: ["75095-0"],
     names: {
       en: ["Omega-3 DHA", "DHA", "Docosahexaenoic Acid"],
       pt: ["\xD4mega-3: DHA", "DHA", "\xC1cido Docosahexaenoico"]
@@ -1055,7 +1072,9 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
     category: "nutrientes",
     code: "Omega3_DPA",
     codeAliases: ["DPA"],
-    loinc: "48371-9",
+    // Fração em sangue, painel 90918-4. Ver `Omega3_DHA`.
+    loinc: "90913-5",
+    loincAliases: ["48371-9"],
     names: {
       en: ["Omega-3 DPA", "DPA", "Docosapentaenoic Acid"],
       pt: ["\xD4mega-3: DPA", "DPA", "\xC1cido Docosapentaenoico"]
@@ -1066,7 +1085,9 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
     category: "nutrientes",
     code: "Omega3_EPA",
     codeAliases: ["EPA"],
-    loinc: "75097-6",
+    // Fração em sangue, painel 90918-4. Ver `Omega3_DHA`.
+    loinc: "90912-7",
+    loincAliases: ["75097-6"],
     names: {
       en: ["Omega-3 EPA", "EPA", "Eicosapentaenoic Acid"],
       pt: ["\xD4mega-3: EPA", "EPA", "\xC1cido Eicosapentaenoico"]
@@ -1076,7 +1097,12 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "nutrientes",
     code: "EPADPADHA",
-    loinc: "90908-5",
+    // 90911-9 é a fração EPA+DPA+DHA / ácidos graxos C14-C22 em sangue, o
+    // valor em %. Até out/2026 apontava para 90908-5, que é a *interpretação*
+    // desse mesmo valor (ordinal: risco alto, moderado, baixo), e não o
+    // número. Sem alias: código ordinal carregando valor numérico é o erro
+    // que se quer parar de aceitar.
+    loinc: "90911-9",
     names: {
       en: ["Omega-3 EPA+DPA+DHA", "EPA+DPA+DHA"],
       pt: ["\xD4mega-3: EPA+DPA+DHA"]
@@ -1097,7 +1123,12 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "nutrientes",
     code: "Omega6_Total",
-    loinc: "35177-5",
+    // 99621-5 é "Omega 6 fatty acids (w6) [Moles/volume] in RBC.lysate", o
+    // par exato do 99620-7 de `Omega3_Total`, com o mesmo compromisso de
+    // propriedade documentado lá. Até out/2026 apontava para 35177-5, que é
+    // ácidos graxos poli-insaturados totais em soro: ômega-3 e ômega-6
+    // somados, outro componente. Sem alias.
+    loinc: "99621-5",
     names: {
       en: ["Omega-6 Total", "Total Omega-6"],
       pt: ["\xD4mega-6 Total"]
@@ -1108,7 +1139,9 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
     category: "nutrientes",
     code: "Omega6_AA",
     codeAliases: ["Arachidonic_Acid"],
-    loinc: "75110-7",
+    // Fração em sangue, painel 90918-4. Ver `Omega3_DHA`.
+    loinc: "90916-8",
+    loincAliases: ["75110-7"],
     names: {
       en: ["Omega-6 Arachidonic Acid", "Arachidonic Acid", "AA"],
       pt: ["\xD4mega-6: \xC1cido Araquid\xF4nico", "\xC1cido Araquid\xF4nico", "AA"]
@@ -1119,7 +1152,9 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
     category: "nutrientes",
     code: "Omega6_LA",
     codeAliases: ["Linoleic_Acid"],
-    loinc: "75117-2",
+    // Fração em sangue, painel 90918-4. Ver `Omega3_DHA`.
+    loinc: "90917-6",
+    loincAliases: ["75117-2"],
     names: {
       en: ["Omega-6 Linoleic Acid", "Linoleic Acid", "LA"],
       pt: ["\xD4mega-6: \xC1cido Linoleico", "\xC1cido Linoleico", "LA"]
@@ -1200,7 +1235,11 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "nutrientes",
     code: "Zinc",
-    loinc: "8245-3",
+    // 5763-8 é "Zinc [Mass/volume] in Serum or Plasma", o zinco sérico da
+    // rotina brasileira (o nome em inglês já dizia "Serum Zinc"). Até out/2026
+    // apontava para 8245-3, o mesmo analito em sangue total, que tem faixa de
+    // referência própria. Sem alias: sangue total é outro material.
+    loinc: "5763-8",
     names: {
       en: ["Zinc", "Serum Zinc"],
       pt: ["Zinco"]
@@ -1301,6 +1340,9 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "figado",
     code: "Globulin",
+    // 2336-6 é "Globulin [Mass/volume] in Serum", soro só: o LOINC 2.82 não
+    // tem a versão Ser/Plas da globulina total (as frações alfa, beta e gama
+    // têm). Material registrado de propósito.
     loinc: "2336-6",
     names: {
       en: ["Globulin", "Serum Globulin"],
@@ -1580,6 +1622,13 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "rins",
     code: "BUN_Creatinine_Ratio",
+    // 3097-3 é "Urea nitrogen/Creatinine [Mass Ratio]", a razão BUN/creatinina,
+    // e a faixa de referência (10-20, Tietz) é a dessa convenção. O laudo
+    // brasileiro imprime "Relação Ureia/Creatinina", cuja faixa é outra (cerca
+    // de 21-43) e cujo código é 56997-0 ("Urea/Creatinine [Mass Ratio] in
+    // Serum or Plasma"). Trocar só o código deixaria a faixa errada do outro
+    // lado; a separação em duas grandezas, como em `Glucose_Fasting`, é
+    // decisão à parte, registrada em `reference-ranges.ts`.
     loinc: "3097-3",
     names: {
       en: ["BUN/Creatinine Ratio", "Urea/Creatinine Ratio"],
@@ -1747,7 +1796,12 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
     category: "urina",
     code: "Bacteria_Urine",
     codeAliases: ["UrineBacteria"],
-    loinc: "630-4",
+    // 5769-5 é "Bacteria [#/area] in Urine sediment by Microscopy high power
+    // field", a contagem do sedimento que a unidade /HPF declara. Até out/2026
+    // apontava para 630-4, "Bacteria identified in Urine by Culture": outro
+    // exame, nominal, que identifica a espécie em cultura. Sem alias:
+    // urocultura não é sedimento.
+    loinc: "5769-5",
     names: {
       en: ["Urine Bacteria", "Bacteria Urine", "Bacteria, Urine", "Bacteria"],
       pt: ["Bact\xE9rias na Urina", "Bact\xE9rias"]
@@ -1866,7 +1920,14 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "urina",
     code: "RBC_Urine",
-    loinc: "5808-1",
+    // 13945-1 é "Erythrocytes [#/area] in Urine sediment by Microscopy high
+    // power field", o /HPF que o laudo imprime e que `Leukocytes_Urine` já usa
+    // em 5821-4. Até out/2026 apontava para 5808-1, o mesmo exame em #/volume
+    // (por mL): analito e material certos, propriedade errada. Fica como alias
+    // porque o analito é o mesmo, e laudo de analisador automático que conte
+    // por mL continua resolvendo em RBC_Urine.
+    loinc: "13945-1",
+    loincAliases: ["5808-1"],
     names: {
       en: ["Urine RBC", "Red Blood Cells in Urine", "RBC Urine", "RBC, Urine"],
       pt: ["Hem\xE1cias na Urina"]
@@ -1961,6 +2022,10 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "autoimunidade",
     code: "Gliadin_Deamidated_IgA",
+    // 63453-5 e 63459-2 (IgG) afirmam método, "by Immunoassay", e material,
+    // "Serum". É o que os kits de DGP usam. A propriedade é unidades
+    // arbitrárias por volume, e o laudo imprime U/mL; até out/2026 a unidade
+    // declarada era "U", sem o volume.
     loinc: "63453-5",
     names: {
       en: [
@@ -1974,7 +2039,7 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
       ],
       pt: ["Anticorpos Anti-Gliadina Deamidada IgA", "DGP IgA"]
     },
-    unit: "U"
+    unit: "U/mL"
   },
   {
     category: "autoimunidade",
@@ -1992,7 +2057,7 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
       ],
       pt: ["Anticorpos Anti-Gliadina Deamidada IgG", "DGP IgG"]
     },
-    unit: "U"
+    unit: "U/mL"
   },
   {
     category: "autoimunidade",
@@ -2383,6 +2448,10 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "composicao-corporal",
     code: "TotalBodyWater",
+    // 101683-1 é "Body water mass", em kg; o aparelho de bioimpedância imprime
+    // litros. É o único código de água corporal total no LOINC 2.82 (o outro,
+    // 101684-9, é o percentual), e para água 1 L pesa 1 kg, então o número não
+    // muda. O teste de eixos lista a entrada como exceção com este motivo.
     loinc: "101683-1",
     names: {
       en: ["Total Body Water", "Body Water", "TBW", "Total Water"],
@@ -2448,6 +2517,10 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "composicao-corporal",
     code: "PhaseAngle",
+    // 107160-4 é "Phase angle Xc/R [Ratio] Bioelectrical impedance analysis",
+    // único código de ângulo de fase. O aparelho imprime graus (arctan Xc/R)
+    // e o LOINC declara razão com unidade-exemplo %. Fica em graus, que é o
+    // que o laudo traz, e o teste de eixos lista a entrada como exceção.
     loinc: "107160-4",
     names: {
       en: ["Phase Angle", "Whole Body Phase Angle", "PhA", "AnglePhase"],
@@ -2538,9 +2611,9 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "composicao-corporal",
     code: "WaistCircumference",
-    // 8280-0 é a medida em si. 56086-2, que parecia o óbvio pela busca, é
-    // "Adult Waist Circumference Protocol", um protocolo PhenX e não um
-    // resultado.
+    // 8280-0 é a medida em si, e afirma sítio e método: "at umbilicus by Tape
+    // measure". 56086-2, que parecia o óbvio pela busca, é "Adult Waist
+    // Circumference Protocol", um protocolo PhenX e não um resultado.
     loinc: "8280-0",
     names: {
       en: ["Waist Circumference", "Abdominal Circumference", "Waist"],
@@ -2950,6 +3023,10 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "coracao",
     code: "TroponinI",
+    // 49563-0 afirma método: limite de detecção ≤ 0,01 ng/mL, o ensaio de alta
+    // sensibilidade. Um resultado de troponina I convencional pede o código
+    // sem método, 10839-9. Assimétrico com `TroponinT`, que fica no 6598-7 sem
+    // método de propósito: a hs-cTnT em ng/L é a convenção dos laudos.
     loinc: "49563-0",
     names: {
       en: ["Troponin I", "cTnI", "Cardiac Troponin I", "hs-TnI", "High-Sensitivity Troponin I"],
@@ -2960,6 +3037,9 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "coracao",
     code: "TroponinT",
+    // 6598-7 não afirma método. A unidade ng/L é a convenção do ensaio de alta
+    // sensibilidade (hs-cTnT), e o ensaio convencional em ng/mL converte por
+    // fator exato (ver `units.ts`). Ver `TroponinI` para a assimetria.
     loinc: "6598-7",
     names: {
       en: ["Troponin T", "cTnT", "Cardiac Troponin T", "hs-TnT", "High-Sensitivity Troponin T"],
@@ -2996,6 +3076,11 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "figado",
     code: "LDH",
+    // 14804-9 afirma método: reação lactato → piruvato (L→P). O código sem
+    // método, 2532-0, está DISCOURAGED, então um método tem que ser escolhido,
+    // e L→P é o do procedimento de referência IFCC que os laboratórios
+    // brasileiros usam, ainda que o laudo raramente imprima a direção. Se um
+    // laudo declarar P→L, o código é outro (14805-6).
     loinc: "14804-9",
     // 2532-0 é o código genérico anterior, que o LOINC marca como DISCOURAGED.
     // Fica como alias para que laudo antigo e dado já armazenado continuem
@@ -3126,7 +3211,13 @@ var BIOMARKER_DEFINITIONS = [
   {
     category: "pancreas",
     code: "BetaHydroxybutyrate",
-    loinc: "53060-0",
+    // 6873-4 é "Beta hydroxybutyrate [Moles/volume] in Serum or Plasma", o
+    // que o laudo dosa em mmol/L. Até out/2026 apontava para 53060-0, que é
+    // butirilcarnitina (C4) em líquido amniótico: analito e material errados
+    // desde abr/2026, e nenhum check pegou porque o código existe e está
+    // ACTIVE. Sem alias para o código antigo: ele nunca significou BHB, e
+    // aceitá-lo na importação faria um laudo de carnitina virar cetona.
+    loinc: "6873-4",
     names: {
       en: ["Beta-Hydroxybutyrate", "\u03B2-Hydroxybutyrate", "BHB", "Ketone Bodies"],
       pt: ["Beta-Hidroxibutirato", "\u03B2-Hidroxibutirato", "BHB", "Corpos Cet\xF4nicos"]
@@ -3465,4 +3556,4 @@ export {
   getBiomarkersByCategory,
   getBiomarkersForCategories
 };
-//# sourceMappingURL=chunk-WDDW2WCY.js.map
+//# sourceMappingURL=chunk-4FKZG5GZ.js.map