@platforma-open/milaboratories.sequence-properties.model 1.1.1

package/dist/index.d.ts.map

@@ -0,0 +1 @@
+{"version":3,"file":"index.d.ts","names":[],"sources":["../src/index.ts"],"mappings":";;;;;;;cAmCa,SAAA,EAAS,uBAAA,CAAA,iBAAA,yBAAA,WAAA,CAiEb,SAAA,EAjEa,SAAA,0BAAA,uBAAA;gBAAA,uBAAA,CAAA,kBAAA;IAAA;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;aAAA,uBAAA,CAAA,sBAAA;AAAA,KAmEV,YAAA,GAAe,gBAAA,QAAwB,SAAA"}

package/dist/index.js

@@ -0,0 +1,50 @@
+import { blockDataModel } from "./dataModel.js";
+import { Annotation, ArrayColumnProvider, BlockModelV3, createPlDataTableV3 } from "@platforma-sdk/model";
+//#region src/index.ts
+const inputAnchorSpecs = [
+	{
+		axes: [{ name: "pl7.app/sampleId" }, { name: "pl7.app/variantKey" }],
+		annotations: { "pl7.app/isAnchor": "true" }
+	},
+	{
+		axes: [{ name: "pl7.app/sampleId" }, { name: "pl7.app/vdj/cloneId" }],
+		annotations: { "pl7.app/isAnchor": "true" }
+	},
+	{
+		axes: [{ name: "pl7.app/sampleId" }, { name: "pl7.app/vdj/clonotypeKey" }],
+		annotations: { "pl7.app/isAnchor": "true" }
+	},
+	{
+		axes: [{ name: "pl7.app/sampleId" }, { name: "pl7.app/vdj/scClonotypeKey" }],
+		annotations: { "pl7.app/isAnchor": "true" }
+	}
+];
+const platforma = BlockModelV3.create(blockDataModel).args((data) => {
+	if (data.inputAnchor === void 0) throw new Error("Select an input dataset");
+	return { inputAnchor: data.inputAnchor };
+}).output("inputOptions", (ctx) => ctx.resultPool.getOptions(inputAnchorSpecs, { refsWithEnrichments: true })).output("inputSpec", (ctx) => ctx.data.inputAnchor ? ctx.resultPool.getPColumnSpecByRef(ctx.data.inputAnchor) : void 0).output("info", (ctx) => ctx.outputs?.resolve("info")?.getDataAsJson()).output("isRunning", (ctx) => ctx.outputs?.getIsReadyOrError() === false).output("processingLog", (ctx) => ctx.outputs?.resolve("processingLog")?.getLogHandle()).outputWithStatus("propertiesTable", (ctx) => {
+	if (ctx.data.inputAnchor === void 0) return void 0;
+	const ownCols = ctx.outputs?.resolve("propertiesPf")?.getPColumns();
+	if (ownCols === void 0) return void 0;
+	const sources = [new ArrayColumnProvider(ctx.resultPool.selectColumns((spec) => !spec.annotations?.[Annotation.Trace]?.includes("milaboratories.sequence-properties"))), new ArrayColumnProvider(ownCols)];
+	return createPlDataTableV3(ctx, {
+		tableState: ctx.data.tableState,
+		columns: {
+			sources,
+			anchors: { main: ctx.data.inputAnchor },
+			selector: { mode: "enrichment" }
+		},
+		displayOptions: { visibility: [{
+			match: (spec) => !spec.annotations?.[Annotation.Trace]?.includes("milaboratories.sequence-properties") && spec.annotations?.["pl7.app/isLinkerColumn"] !== "true",
+			visibility: "optional"
+		}] }
+	});
+}).title(() => "Sequence Properties").subtitle((ctx) => ctx.data.defaultBlockLabel ?? "").sections(() => [{
+	type: "link",
+	href: "/",
+	label: "Main"
+}]).done();
+//#endregion
+export { blockDataModel, platforma };
+
+//# sourceMappingURL=index.js.map

package/dist/index.js.map

@@ -0,0 +1 @@
+{"version":3,"file":"index.js","names":[],"sources":["../src/index.ts"],"sourcesContent":["import type { ColumnSource, InferOutputsType } from \"@platforma-sdk/model\";\nimport {\n  Annotation,\n  ArrayColumnProvider,\n  BlockModelV3,\n  createPlDataTableV3,\n} from \"@platforma-sdk/model\";\nimport { blockDataModel } from \"./dataModel\";\nimport type { BlockArgs, WorkflowInfo } from \"./types\";\n\nexport type { BlockArgs, BlockData, WorkflowInfo, WorkflowMode, WorkflowReceptor } from \"./types\";\nexport { blockDataModel } from \"./dataModel\";\n\nconst inputAnchorSpecs = [\n  // Peptide mode — universal naming\n  {\n    axes: [{ name: \"pl7.app/sampleId\" }, { name: \"pl7.app/variantKey\" }],\n    annotations: { \"pl7.app/isAnchor\": \"true\" },\n  },\n  // Antibody/TCR — legacy MiXCR bulk (cloneId per spec; clonotypeKey per current MiXCR output)\n  {\n    axes: [{ name: \"pl7.app/sampleId\" }, { name: \"pl7.app/vdj/cloneId\" }],\n    annotations: { \"pl7.app/isAnchor\": \"true\" },\n  },\n  {\n    axes: [{ name: \"pl7.app/sampleId\" }, { name: \"pl7.app/vdj/clonotypeKey\" }],\n    annotations: { \"pl7.app/isAnchor\": \"true\" },\n  },\n  // Antibody/TCR — legacy MiXCR single-cell\n  {\n    axes: [{ name: \"pl7.app/sampleId\" }, { name: \"pl7.app/vdj/scClonotypeKey\" }],\n    annotations: { \"pl7.app/isAnchor\": \"true\" },\n  },\n];\n\nexport const platforma = BlockModelV3.create(blockDataModel)\n  .args<BlockArgs>((data) => {\n    if (data.inputAnchor === undefined) {\n      throw new Error(\"Select an input dataset\");\n    }\n    return {\n      inputAnchor: data.inputAnchor,\n    };\n  })\n  .output(\"inputOptions\", (ctx) =>\n    ctx.resultPool.getOptions(inputAnchorSpecs, { refsWithEnrichments: true }),\n  )\n  .output(\"inputSpec\", (ctx) =>\n    ctx.data.inputAnchor ? ctx.resultPool.getPColumnSpecByRef(ctx.data.inputAnchor) : undefined,\n  )\n  .output(\"info\", (ctx) => ctx.outputs?.resolve(\"info\")?.getDataAsJson<WorkflowInfo>())\n  .output(\"isRunning\", (ctx) => ctx.outputs?.getIsReadyOrError() === false)\n  .output(\"processingLog\", (ctx) => ctx.outputs?.resolve(\"processingLog\")?.getLogHandle())\n  .outputWithStatus(\"propertiesTable\", (ctx) => {\n    if (ctx.data.inputAnchor === undefined) return undefined;\n    const ownCols = ctx.outputs?.resolve(\"propertiesPf\")?.getPColumns();\n    if (ownCols === undefined) return undefined;\n\n    // Build sources explicitly: upstream cols from the result pool minus\n    // anything traced back to this block, plus this block's own cols from\n    // `propertiesPf`. The workflow also publishes `exports.properties` —\n    // a blockId-stamped score-only variant for downstream consumers like\n    // Lead Selection — into the result pool. Filtering by trace excludes\n    // it here so score cols don't duplicate the propertiesPf variant.\n    const upstreamCols = ctx.resultPool.selectColumns(\n      (spec) =>\n        !spec.annotations?.[Annotation.Trace]?.includes(\"milaboratories.sequence-properties\"),\n    );\n    const sources: ColumnSource[] = [\n      new ArrayColumnProvider(upstreamCols),\n      new ArrayColumnProvider(ownCols),\n    ];\n\n    return createPlDataTableV3(ctx, {\n      tableState: ctx.data.tableState,\n      columns: {\n        sources,\n        anchors: { main: ctx.data.inputAnchor },\n        selector: { mode: \"enrichment\" },\n      },\n      // UX policy (not in spec): default-show only this block's columns;\n      // demote upstream cols to optional to keep the table uncluttered.\n      // This block's cols fall through unmatched and keep the visibility\n      // stamped at workflow-time (`pl7.app/table/visibility`).\n      displayOptions: {\n        visibility: [\n          {\n            match: (spec) =>\n              !spec.annotations?.[Annotation.Trace]?.includes(\n                \"milaboratories.sequence-properties\",\n              ) && spec.annotations?.[\"pl7.app/isLinkerColumn\"] !== \"true\",\n            visibility: \"optional\",\n          },\n        ],\n      },\n    });\n  })\n  .title(() => \"Sequence Properties\")\n  .subtitle((ctx) => ctx.data.defaultBlockLabel ?? \"\")\n  .sections(() => [{ type: \"link\" as const, href: \"/\" as const, label: \"Main\" }])\n  .done();\n\nexport type BlockOutputs = InferOutputsType<typeof platforma>;\n"],"mappings":";;;AAaA,MAAM,mBAAmB;CAEvB;EACE,MAAM,CAAC,EAAE,MAAM,oBAAoB,EAAE,EAAE,MAAM,sBAAsB,CAAC;EACpE,aAAa,EAAE,oBAAoB,QAAQ;EAC5C;CAED;EACE,MAAM,CAAC,EAAE,MAAM,oBAAoB,EAAE,EAAE,MAAM,uBAAuB,CAAC;EACrE,aAAa,EAAE,oBAAoB,QAAQ;EAC5C;CACD;EACE,MAAM,CAAC,EAAE,MAAM,oBAAoB,EAAE,EAAE,MAAM,4BAA4B,CAAC;EAC1E,aAAa,EAAE,oBAAoB,QAAQ;EAC5C;CAED;EACE,MAAM,CAAC,EAAE,MAAM,oBAAoB,EAAE,EAAE,MAAM,8BAA8B,CAAC;EAC5E,aAAa,EAAE,oBAAoB,QAAQ;EAC5C;CACF;AAED,MAAa,YAAY,aAAa,OAAO,eAAe,CACzD,MAAiB,SAAS;AACzB,KAAI,KAAK,gBAAgB,KAAA,EACvB,OAAM,IAAI,MAAM,0BAA0B;AAE5C,QAAO,EACL,aAAa,KAAK,aACnB;EACD,CACD,OAAO,iBAAiB,QACvB,IAAI,WAAW,WAAW,kBAAkB,EAAE,qBAAqB,MAAM,CAAC,CAC3E,CACA,OAAO,cAAc,QACpB,IAAI,KAAK,cAAc,IAAI,WAAW,oBAAoB,IAAI,KAAK,YAAY,GAAG,KAAA,EACnF,CACA,OAAO,SAAS,QAAQ,IAAI,SAAS,QAAQ,OAAO,EAAE,eAA6B,CAAC,CACpF,OAAO,cAAc,QAAQ,IAAI,SAAS,mBAAmB,KAAK,MAAM,CACxE,OAAO,kBAAkB,QAAQ,IAAI,SAAS,QAAQ,gBAAgB,EAAE,cAAc,CAAC,CACvF,iBAAiB,oBAAoB,QAAQ;AAC5C,KAAI,IAAI,KAAK,gBAAgB,KAAA,EAAW,QAAO,KAAA;CAC/C,MAAM,UAAU,IAAI,SAAS,QAAQ,eAAe,EAAE,aAAa;AACnE,KAAI,YAAY,KAAA,EAAW,QAAO,KAAA;CAYlC,MAAM,UAA0B,CAC9B,IAAI,oBALe,IAAI,WAAW,eACjC,SACC,CAAC,KAAK,cAAc,WAAW,QAAQ,SAAS,qCAAqC,CACxF,CAEsC,EACrC,IAAI,oBAAoB,QAAQ,CACjC;AAED,QAAO,oBAAoB,KAAK;EAC9B,YAAY,IAAI,KAAK;EACrB,SAAS;GACP;GACA,SAAS,EAAE,MAAM,IAAI,KAAK,aAAa;GACvC,UAAU,EAAE,MAAM,cAAc;GACjC;EAKD,gBAAgB,EACd,YAAY,CACV;GACE,QAAQ,SACN,CAAC,KAAK,cAAc,WAAW,QAAQ,SACrC,qCACD,IAAI,KAAK,cAAc,8BAA8B;GACxD,YAAY;GACb,CACF,EACF;EACF,CAAC;EACF,CACD,YAAY,sBAAsB,CAClC,UAAU,QAAQ,IAAI,KAAK,qBAAqB,GAAG,CACnD,eAAe,CAAC;CAAE,MAAM;CAAiB,MAAM;CAAc,OAAO;CAAQ,CAAC,CAAC,CAC9E,MAAM"}