@nahisaho/satori 0.9.0 → 0.11.0

package/README.md

@@ -7,7 +7,7 @@
 
 ## Overview
 
-このディレクトリには、Exp-01〜13 で蓄積した科学データ解析技法を Agent Skills として体系化した **56 個**のスキルを格納しています。Copilot がプロンプトの文脈に応じて適切なスキルを自動ロードし、各実験で確立した解析パターンを再利用します。22 のスキルは [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で 1,200 以上の外部科学データベースツールとも連携可能です。
+このディレクトリには、Exp-01〜13 で蓄積した科学データ解析技法を Agent Skills として体系化した **76 個**のスキルを格納しています。Copilot がプロンプトの文脈に応じて適切なスキルを自動ロードし、各実験で確立した解析パターンを再利用します。42 のスキルは [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で 1,200 以上の外部科学データベースツールとも連携可能です。
 
 ### パイプラインフロー
 
@@ -54,6 +54,25 @@ quantum-computing → bayesian-statistics → graph-neural-networks
                   (XAI 説明可能性)  (DL パイプライン)
 ```
 
+**次世代オミクス・疫学パイプライン（T-Z）**
+
+```
+single-cell-genomics → spatial-transcriptomics     ← [T シングルセル・空間]
+  (scRNA-seq QC)       (Visium/MERFISH)
+        ↓                     ↓
+immunoinformatics → infectious-disease             ← [U 免疫・感染症]
+  (エピトープ予測)    (AMR・系統解析)
+        ↓                     ↓
+microbiome-metagenomics → environmental-ecology    ← [V マイクロバイオーム・環境]
+  (16S/メタゲノム)         (SDM・生物多様性)
+        ↓                     ↓
+systems-biology           population-genetics       ← [W+Y モデル・集団]
+  (SBML/FBA/GRN)           (Fst/ADMIXTURE)
+        ↓                     ↓
+epidemiology-public-health → text-mining-nlp       ← [X+Z 疫学・NLP]
+  (RR/OR/空間クラスタ)       (NER/KG/BERTopic)
+```
+
 | フェーズ | 生成ファイル | 参照先 |
 |---|---|---|
 | 仮説立案 | `docs/hypothesis.{md,json}`, `docs/workflow_design.{md,json}` | → scaffold, writing |
@@ -86,10 +105,30 @@ quantum-computing → bayesian-statistics → graph-neural-networks
 | 説明可能 AI | `results/xai_report.json`, `figures/shap_summary.png` | → clinical-decision |
 | 深層学習 | `results/dl_training_log.json`, `models/model.onnx` | → GNN, medical-imaging |
 | 医用イメージング | `results/imaging_report.{md,json}`, `results/radiomics_features.json` | → precision-oncology |
+| scRNA-seq 解析 | `results/sc_markers.json`, `figures/umap_clusters.png`, `results/rna_velocity.json` | → spatial, systems-biology |
+| 空間トランスクリプトミクス | `results/spatial_domains.json`, `figures/spatial_svg_map.png` | → single-cell, systems-biology |
+| 免疫情報学 | `results/epitope_candidates.json`, `results/tcr_diversity.json` | → infectious-disease, drug-target |
+| 感染症ゲノミクス | `results/amr_report.json`, `results/mlst_profile.json`, `results/sir_simulation.json` | → epidemiology, microbiome |
+| マイクロバイオーム | `results/asv_table.json`, `results/diversity_metrics.json`, `results/da_results.json` | → environmental-ecology |
+| 環境生態学 | `results/sdm_predictions.json`, `results/biodiversity_indices.json` | → microbiome, text-mining |
+| システム生物学 | `results/sbml_timecourse.json`, `results/fba_fluxes.json`, `results/grn_edges.json` | → multi-omics, network-analysis |
+| 疫学・公衆衛生 | `results/epi_risk_measures.json`, `results/spatial_clusters.json`, `results/dag_analysis.json` | → survival-clinical, causal-inference |
+| 集団遺伝学 | `results/pop_structure.json`, `results/fst_matrix.json`, `results/selection_scan.json` | → disease-research, variant-interpretation |
+| テキストマイニング | `results/ner_entities.json`, `results/knowledge_graph.json`, `results/topic_model.json` | → deep-research, meta-analysis |
+| 神経電気生理学 | `results/spike_sorting.json`, `results/eeg_erp.json`, `results/connectivity.json` | → biosignal, deep-learning |
+| プロテオミクス | `results/protein_quant.csv`, `results/ptm_sites.json`, `results/molecular_network.json` | → multi-omics, network-analysis |
+| トランスクリプトミクス | `results/deseq2_results.csv`, `results/gsea/`, `figures/volcano_rnaseq.png` | → bioinformatics, multi-omics |
+| 計算材料科学 | `results/structure.cif`, `figures/phase_diagram.png`, `figures/band_structure.png` | → quantum-computing |
+| 臨床試験解析 | `results/clinical_trials.csv`, `results/competitive_landscape.json` | → survival-clinical, meta-analysis |
+| ラボデータ管理 | `results/benchling_sequences.json`, `results/dnanexus_workflow_output.json` | → bioinformatics, lab-automation |
+| 科学図式 | `figures/consort_flow.svg`, `figures/nn_architecture.svg`, `figures/pathway.md` | → presentation, writing |
+| 規制科学 | `results/fda_orange_book.json`, `results/510k_clearances.csv`, `results/patent_search.csv` | → pharmacovigilance, clinical-trials |
+| 薬理ゲノミクス | `results/pgx_report.json`, `results/cpic_recommendations.json` | → variant-interpretation, clinical-decision |
+| エピゲノミクス | `results/peak_calls.bed`, `results/dmr_results.csv`, `results/chromatin_states.bed` | → single-cell, multi-omics |
 
 ### ToolUniverse MCP ツール連携
 
-22 のスキル（HIGH 13 + MEDIUM 9）は、[ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP サーバー経由で 1,200 以上の外部科学ツールを利用可能です。各 SKILL.md 内の `### 利用可能ツール` セクションに対応ツールが記載されています。
+42 のスキル（HIGH 13 + MEDIUM 9 + 新規 20）は、[ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP サーバー経由で 1,200 以上の外部科学ツールを利用可能です。各 SKILL.md 内の `### 利用可能ツール` セクションに対応ツールが記載されています。
 
 ```
 SATORI Skill (方法論・判断)        ToolUniverse SMCP (データ取得・計算)
@@ -100,11 +139,11 @@ SATORI Skill (方法論・判断)        ToolUniverse SMCP (データ取得・
 │ drug-target-profiling│───MCP──│ UniProt, ChEMBL, DGIdb       │
 │ variant-interpretation│──MCP──│ ClinVar, gnomAD, ClinGen     │
 │ admet-pharmacokinetics│──MCP──│ ADMET-AI, PubChem, ChEMBL    │
-│ ... (22 skills total) │       │ ... (1,200+ tools)           │
+│ ... (42 skills total) │       │ ... (1,200+ tools)           │
 └──────────────────────┘        └─────────────────────────────┘
 ```
 
-スキルは **19 の中区分**に分類されています。
+スキルは **26 の中区分**に分類されています。
 
 | 中区分 | スキル数 | 概要 |
 |---|:---:|---|
@@ -112,21 +151,28 @@ SATORI Skill (方法論・判断)        ToolUniverse SMCP (データ取得・
 | B. 統計・探索的解析 | 3 | EDA・仮説検定・次元削減 |
 | C. 機械学習・モデリング | 3 | 回帰・分類・特徴量重要度 |
 | D. 実験計画・プロセス最適化 | 2 | DOE・応答曲面法・ベイズ最適化 |
-| E. 信号・スペクトル・時系列 | 3 | スペクトル解析・生体信号・時系列分解 |
-| F. 生命科学・オミクス | 5 | バイオインフォ・メタボロ・ゲノム配列・マルチオミクス・ネットワーク |
-| G. 化学・材料・イメージング | 3 | ケモインフォ・材料特性評価・画像解析 |
-| H. 臨床・疫学・メタ科学 | 3 | 生存解析・因果推論・メタアナリシス |
+| E. 信号・スペクトル・時系列 | 4 | スペクトル解析・生体信号・時系列分解・神経電気生理学 |
+| F. 生命科学・オミクス | 7 | バイオインフォ・メタボロ・ゲノム配列・マルチオミクス・ネットワーク・プロテオミクス・トランスクリプトミクス |
+| G. 化学・材料・イメージング | 4 | ケモインフォ・材料特性評価・画像形態解析・計算材料科学 |
+| H. 臨床・疫学・メタ科学 | 4 | 生存解析・因果推論・メタアナリシス・臨床試験解析 |
 | I. Deep Research | 1 | 科学文献深層リサーチ・エビデンス階層評価・ソース追跡・交差検証 |
 | J. 創薬・ファーマコロジー | 3 | 標的プロファイリング・ADMET/PK・ドラッグリポジショニング |
 | K. 構造生物学・タンパク質工学 | 2 | PDB/AlphaFold 構造解析・de novo タンパク質設計 |
 | L. 精密医療・臨床意思決定 | 2 | 変異解釈 (ACMG/AMP)・エビデンスベース臨床意思決定 |
-| M. 実験室自動化 | 1 | 液体ハンドリング・プロトコル管理・ELN/LIMS 連携 |
-| N. 科学プレゼンテーション | 1 | 科学スライド・ポスター・ワークフロー図 |
-| O. 研究計画・グラント | 2 | 助成金申請書・研究方法論・倫理審査 |
-| P. ファーマコビジランス | 1 | FAERS 不均衡分析・MedDRA 階層・安全性シグナル検出 |
+| M. 実験室自動化・データ管理 | 2 | 液体ハンドリング・プロトコル管理・ELN/LIMS 連携・ラボデータ管理 |
+| N. 科学プレゼンテーション・図式 | 2 | 科学スライド・ポスター・ワークフロー図・科学図式 |
+| O. 研究計画・グラント・規制 | 3 | 助成金申請書・研究方法論・倫理審査・規制科学 |
+| P. ファーマコビジランス・薬理ゲノミクス | 2 | FAERS 不均衡分析・MedDRA 階層・安全性シグナル検出・PGx 代謝型 |
 | Q. 腫瘍学・疾患研究 | 2 | 精密腫瘍学 (CIViC/OncoKB)・疾患-遺伝子関連 (GWAS/Orphanet) |
 | R. 量子・先端計算 | 5 | 量子計算・GNN・ベイズ統計・説明可能 AI・深層学習 |
 | S. 医用イメージング | 1 | DICOM/NIfTI・WSI 病理画像・Radiomics・MONAI |
+| T. シングルセル・空間・エピゲノミクス | 3 | scRNA-seq・Visium・MERFISH・CELLxGENE・RNA velocity・エピゲノミクス |
+| U. 免疫・感染症 | 2 | 免疫情報学・MHC 結合予測・病原体ゲノミクス・AMR・IEDB |
+| V. マイクロバイオーム・環境 | 2 | 16S/メタゲノム・α/β 多様性・SDM・OBIS・GBIF |
+| W. システム生物学 | 1 | SBML シミュレーション・FBA・GRN 推定・BioModels |
+| X. 疫学・公衆衛生 | 1 | リスク指標 (RR/OR)・年齢標準化・空間疫学・WHO・CDC |
+| Y. 集団遺伝学 | 1 | HWE・PCA/ADMIXTURE・Fst・選択スキャン・gnomAD・GWAS |
+| Z. 科学テキストマイニング | 1 | NER・関係抽出・知識グラフ・BERTopic・PubTator |
 
 ---
 
@@ -181,17 +227,18 @@ SATORI Skill (方法論・判断)        ToolUniverse SMCP (データ取得・
 | 20 | [scientific-doe](scientific-doe/SKILL.md) | 田口直交表・CCD/Box-Behnken・ANOVA 因子効果・ベイズ最適化 | 汎用 |
 | 21 | [scientific-process-optimization](scientific-process-optimization/SKILL.md) | 応答曲面法 (ML-RSM)・パレート最適化・プロセスウィンドウ | 12, 13 |
 
-### E. 信号・スペクトル・時系列（3 種）
+### E. 信号・スペクトル・時系列（4 種）
 
-波形・周波数領域の解析を担うスキル群。
+波形・周波数領域・神経電気生理学の解析を担うスキル群。
 
 | # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
 |---|---|---|---|
 | 22 | [scientific-spectral-signal](scientific-spectral-signal/SKILL.md) | スペクトル前処理・フィルタリング・ピーク検出 | 11 |
 | 23 | [scientific-biosignal-processing](scientific-biosignal-processing/SKILL.md) | ECG R波/HRV・EEG バンドパワー/ERP・EMG バースト・Poincaré | 08 |
 | 24 | [scientific-time-series](scientific-time-series/SKILL.md) | STL 分解・SARIMA 予測・変化点検出・FFT 周期解析・Granger 因果 | 汎用 |
+| 67 | [scientific-neuroscience-electrophysiology](scientific-neuroscience-electrophysiology/SKILL.md) | SpikeInterface/Kilosort4 スパイクソート・MNE EEG/ERP・NeuroKit2 HRV/EDA・脳機能結合 | 汎用 |
 
-### F. 生命科学・オミクス（5 種）
+### F. 生命科学・オミクス（7 種）
 
 バイオ・オミクス・ネットワーク解析を担うスキル群。
 
@@ -202,26 +249,30 @@ SATORI Skill (方法論・判断)        ToolUniverse SMCP (データ取得・
 | 27 | [scientific-sequence-analysis](scientific-sequence-analysis/SKILL.md) | RSCU/CAI コドン解析・アラインメント・系統樹・ORF/CpG 島 | 09 |
 | 28 | [scientific-multi-omics](scientific-multi-omics/SKILL.md) | CCA 正準相関・SNF ネットワーク融合・パスウェイ統合・マルチオミクスクラスタ | 汎用 |
 | 29 | [scientific-network-analysis](scientific-network-analysis/SKILL.md) | ネットワーク構築・中心性・コミュニティ・PSP パス図 | 04, 07, 13 |
+| 68 | [scientific-proteomics-mass-spectrometry](scientific-proteomics-mass-spectrometry/SKILL.md) | pyOpenMS LC-MS/MS・ペプチド ID・タンパク質定量・PTM・GNPS 分子ネットワーク | 汎用 |
+| 69 | [scientific-gene-expression-transcriptomics](scientific-gene-expression-transcriptomics/SKILL.md) | GEO データ取得・PyDESeq2 差次発現・GTEx 組織発現/eQTL・GSEA | 汎用 |
 
-### G. 化学・材料・イメージング（3 種）
+### G. 化学・材料・イメージング（4 種）
 
-化学構造・材料特性評価・画像形態解析を担うスキル群。
+化学構造・材料特性評価・画像形態解析・計算材料科学を担うスキル群。
 
 | # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
 |---|---|---|---|
 | 30 | [scientific-cheminformatics](scientific-cheminformatics/SKILL.md) | RDKit 分子記述子・Tanimoto・構造アラート・Lipinski | 02, 05 |
 | 31 | [scientific-materials-characterization](scientific-materials-characterization/SKILL.md) | Thornton-Anders SZM・XRD Scherrer・Tauc プロット | 11, 12, 13 |
 | 32 | [scientific-image-analysis](scientific-image-analysis/SKILL.md) | Otsu/Watershed セグメンテーション・粒径分布・GLCM テクスチャ・蛍光合成 | 汎用 |
+| 70 | [scientific-computational-materials](scientific-computational-materials/SKILL.md) | pymatgen 結晶構造・Materials Project・相図・バンド構造/DOS・VASP/QE I/O | 汎用 |
 
-### H. 臨床・疫学・メタ科学（3 種）
+### H. 臨床・疫学・メタ科学（4 種）
 
-臨床試験・因果推論・メタアナリシスを担うスキル群。
+臨床試験・因果推論・メタアナリシス・臨床試験解析を担うスキル群。
 
 | # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
 |---|---|---|---|
 | 33 | [scientific-survival-clinical](scientific-survival-clinical/SKILL.md) | Kaplan-Meier・Cox PH・検出力分析・安全性解析 | 03, 06 |
 | 34 | [scientific-causal-inference](scientific-causal-inference/SKILL.md) | PSM 傾向スコア・IPW・DID・RDD・DAG 共変量選択・Rosenbaum 感度分析 | 汎用 |
 | 35 | [scientific-meta-analysis](scientific-meta-analysis/SKILL.md) | 固定/ランダム効果モデル・Forest/Funnel プロット・Egger 検定・サブグループ | 汎用 |
+| 71 | [scientific-clinical-trials-analytics](scientific-clinical-trials-analytics/SKILL.md) | ClinicalTrials.gov API v2 検索・競合ランドスケープ・AE/アウトカム抽出 | 汎用 |
 
 ### I. Deep Research（1 種）
 
@@ -259,38 +310,42 @@ SATORI Skill (方法論・判断)        ToolUniverse SMCP (データ取得・
 | 42 | [scientific-variant-interpretation](scientific-variant-interpretation/SKILL.md) | ACMG/AMP 28 基準・薬理ゲノミクス (CPIC)・OncoKB 体細胞変異レベル | 汎用 |
 | 43 | [scientific-clinical-decision-support](scientific-clinical-decision-support/SKILL.md) | GRADE エビデンス枠組・精密腫瘍学ワークフロー・臨床試験マッチング | 汎用 |
 
-### M. 実験室自動化（1 種）
+### M. 実験室自動化・データ管理（2 種）
 
-ラボ実験の自動化とプロトコル管理を担うスキル。
+ラボ実験の自動化とデータ管理を担うスキル群。
 
 | # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
 |---|---|---|---|
 | 44 | [scientific-lab-automation](scientific-lab-automation/SKILL.md) | PyLabRobot/Opentrons プロトコル・SOP テンプレート・ELN/LIMS 連携・QC 検証 | 汎用 |
+| 72 | [scientific-lab-data-management](scientific-lab-data-management/SKILL.md) | Benchling ELN/DNA 設計・DNAnexus PaaS・OMERO バイオイメージング・Protocols.io | 汎用 |
 
-### N. 科学プレゼンテーション（1 種）
+### N. 科学プレゼンテーション・図式（2 種）
 
-学会発表用スライド・ポスター・ワークフロー図のデザインを担うスキル。
+学会発表用スライド・ポスター・科学図式のデザインを担うスキル群。
 
 | # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
 |---|---|---|---|
 | 45 | [scientific-presentation-design](scientific-presentation-design/SKILL.md) | 15 スライド構成テンプレート・tikzposter・matplotlib ワークフロー図・アクセシビリティ | 汎用 |
+| 73 | [scientific-scientific-schematics](scientific-scientific-schematics/SKILL.md) | CONSORT フロー図・NN アーキテクチャ図・パスウェイ図・TikZ/SVG | 汎用 |
 
-### O. 研究計画・グラント（2 種）
+### O. 研究計画・グラント・規制（3 種）
 
-助成金申請書と研究方法論の設計を担うスキル群。
+助成金申請書と研究方法論・規制科学の設計を担うスキル群。
 
 | # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
 |---|---|---|---|
 | 46 | [scientific-grant-writing](scientific-grant-writing/SKILL.md) | NIH Specific Aims テンプレート・JSPS 科研費・予算計画・Budget Justification | 汎用 |
 | 47 | [scientific-research-methodology](scientific-research-methodology/SKILL.md) | SCAMPER/TRIZ ブレインストーミング・研究デザインマトリクス・FINER 基準・IRB 倫理チェック | 汎用 |
+| 74 | [scientific-regulatory-science](scientific-regulatory-science/SKILL.md) | FDA Orange Book/医療機器 510(k)/ISO 13485 QMS/CAPA/USPTO 特許検索 | 汎用 |
 
-### P. ファーマコビジランス（1 種）
+### P. ファーマコビジランス・薬理ゲノミクス（2 種）
 
-市販後医薬品安全性監視のためのシグナル検出・定量評価を担うスキル。
+市販後医薬品安全性監視と薬理ゲノミクスのためのシグナル検出・定量評価を担うスキル群。
 
 | # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
 |---|---|---|---|
 | 48 | [scientific-pharmacovigilance](scientific-pharmacovigilance/SKILL.md) | FAERS 不均衡分析 (PRR/ROR/IC/EBGM)・MedDRA 階層・時系列トレンド・Naranjo 因果評価 | 汎用 |
+| 75 | [scientific-pharmacogenomics](scientific-pharmacogenomics/SKILL.md) | PharmGKB/CPIC ガイドライン・Star アレル・代謝型・FDA PGx バイオマーカー | 汎用 |
 
 ### Q. 腫瘍学・疾患研究（2 種）
 
@@ -321,6 +376,66 @@ DICOM・WSI 等の医用画像の解析・セグメンテーションを担う
 |---|---|---|---|
 | 56 | [scientific-medical-imaging](scientific-medical-imaging/SKILL.md) | DICOM/NIfTI 処理・MONAI U-Net/SwinUNETR・WSI パッチ抽出・Radiomics・3D 可視化 | 汎用 |
 
+### T. シングルセル・空間・エピゲノミクス（3 種）
+
+scRNA-seq・空間トランスクリプトミクス・エピゲノミクスの解析パイプラインを担うスキル群。
+
+| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
+|---|---|---|---|
+| 57 | [scientific-single-cell-genomics](scientific-single-cell-genomics/SKILL.md) | scRNA-seq QC・Scanpy Leiden クラスタリング・DEG・RNA velocity・CellChat 細胞間通信 | 汎用 |
+| 58 | [scientific-spatial-transcriptomics](scientific-spatial-transcriptomics/SKILL.md) | Visium/MERFISH 前処理・Squidpy SVG 検出・空間ドメイン・cell2location デコンボリューション | 汎用 |
+| 76 | [scientific-epigenomics-chromatin](scientific-epigenomics-chromatin/SKILL.md) | ChIP-seq MACS2/3・ATAC-seq・WGBS DMR・ChromHMM・Hi-C TAD・モチーフ濃縮 | 汎用 |
+
+### U. 免疫・感染症（2 種）
+
+免疫情報学・病原体ゲノミクスの解析パイプラインを担うスキル群。
+
+| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
+|---|---|---|---|
+| 59 | [scientific-immunoinformatics](scientific-immunoinformatics/SKILL.md) | MHC-I/II 結合予測・B 細胞エピトープ・TCR/BCR レパトア多様性・抗体 CDR 解析・ワクチン候補ランキング | 汎用 |
+| 60 | [scientific-infectious-disease](scientific-infectious-disease/SKILL.md) | 病原体 WGS QC・AMR 遺伝子検出・MLST 型別・系統解析 (IQ-TREE)・SIR/SEIR 数理モデル | 汎用 |
+
+### V. マイクロバイオーム・環境（2 種）
+
+マイクロバイオーム解析と環境・生態系モデリングを担うスキル群。
+
+| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
+|---|---|---|---|
+| 61 | [scientific-microbiome-metagenomics](scientific-microbiome-metagenomics/SKILL.md) | DADA2 ASV パイプライン・MetaPhlAn/Kraken2・α/β 多様性・ANCOM-BC 差次的存在量・HUMAnN 機能プロファイリング | 汎用 |
+| 62 | [scientific-environmental-ecology](scientific-environmental-ecology/SKILL.md) | SDM (MaxEnt/RF/GBM)・生物多様性指数・群集序列化 (NMDS/CCA)・保全優先順位ランキング | 汎用 |
+
+### W. システム生物学（1 種）
+
+SBML 動的シミュレーション・代謝フラックス・遺伝子制御ネットワーク推定を担うスキル。
+
+| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
+|---|---|---|---|
+| 63 | [scientific-systems-biology](scientific-systems-biology/SKILL.md) | SBML/RoadRunner シミュレーション・FBA/pFBA (cobrapy)・GRN 推定 (GENIE3)・Sobol 感度解析 | 汎用 |
+
+### X. 疫学・公衆衛生（1 種）
+
+疫学的リスク指標算出・標準化・空間疫学・DAG 交絡分析を担うスキル。
+
+| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
+|---|---|---|---|
+| 64 | [scientific-epidemiology-public-health](scientific-epidemiology-public-health/SKILL.md) | RR/OR/RD/NNT/AF リスク指標・直接/間接年齢標準化・LISA/Getis-Ord 空間クラスタリング・DAG バックドア基準 | 汎用 |
+
+### Y. 集団遺伝学（1 種）
+
+集団構造推定・分化指標・自然選択検出を担うスキル。
+
+| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
+|---|---|---|---|
+| 65 | [scientific-population-genetics](scientific-population-genetics/SKILL.md) | PLINK2 QC・HWE 検定・PCA/ADMIXTURE・Weir-Cockerham Fst・iHS/Tajima's D 選択スキャン | 汎用 |
+
+### Z. 科学テキストマイニング（1 種）
+
+科学文献からの情報抽出・知識グラフ構築・トピックモデリングを担うスキル。
+
+| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
+|---|---|---|---|
+| 66 | [scientific-text-mining-nlp](scientific-text-mining-nlp/SKILL.md) | BioBERT/SciSpaCy NER・関係抽出・知識グラフ構築 (Louvain)・BERTopic トピックモデリング・引用ネットワーク分析 | 汎用 |
+
 ---
 
 ## インストール
@@ -398,24 +513,29 @@ Skills は `.github/skills/` に配置されているため、Copilot が自動
 │── [E] 信号・スペクトル・時系列
 │   ├── scientific-spectral-signal/
 │   ├── scientific-biosignal-processing/
-│   └── scientific-time-series/
+│   ├── scientific-time-series/
+│   └── scientific-neuroscience-electrophysiology/
 │
 │── [F] 生命科学・オミクス
 │   ├── scientific-bioinformatics/
 │   ├── scientific-metabolomics/
 │   ├── scientific-sequence-analysis/
 │   ├── scientific-multi-omics/
-│   └── scientific-network-analysis/
+│   ├── scientific-network-analysis/
+│   ├── scientific-proteomics-mass-spectrometry/
+│   └── scientific-gene-expression-transcriptomics/
 │
 │── [G] 化学・材料・イメージング
 │   ├── scientific-cheminformatics/
 │   ├── scientific-materials-characterization/
-│   └── scientific-image-analysis/
+│   ├── scientific-image-analysis/
+│   └── scientific-computational-materials/
 │
 ├── [H] 臨床・疫学・メタ科学
 │   ├── scientific-survival-clinical/
 │   ├── scientific-causal-inference/
-│   └── scientific-meta-analysis/
+│   ├── scientific-meta-analysis/
+│   └── scientific-clinical-trials-analytics/
 │
 ├── [I] Deep Research
 │   └── scientific-deep-research/
@@ -433,18 +553,22 @@ Skills は `.github/skills/` に配置されているため、Copilot が自動
 │   ├── scientific-variant-interpretation/
 │   └── scientific-clinical-decision-support/
 │
-├── [M] 実験室自動化
-│   └── scientific-lab-automation/
+├── [M] 実験室自動化・データ管理
+│   ├── scientific-lab-automation/
+│   └── scientific-lab-data-management/
 │
-├── [N] 科学プレゼンテーション
-│   └── scientific-presentation-design/
+├── [N] 科学プレゼンテーション・図式
+│   ├── scientific-presentation-design/
+│   └── scientific-scientific-schematics/
 │
-└── [O] 研究計画・グラント
+└── [O] 研究計画・グラント・規制
     ├── scientific-grant-writing/
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+    ├── scientific-research-methodology/
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+│   ├── scientific-pharmacovigilance/
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 ├── [Q] 腫瘍学・疾患研究
 │   ├── scientific-precision-oncology/
@@ -459,6 +583,31 @@ Skills は `.github/skills/` に配置されているため、Copilot が自動
 │
 └── [S] 医用イメージング
     └── scientific-medical-imaging/
+│
+│── [T] シングルセル・空間・エピゲノミクス
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+    └── scientific-text-mining-nlp/
 ```
 
 > 注: 実際のファイルシステム上ではすべてのスキルディレクトリは `.github/skills/` 直下にフラットに配置されています。上記の中区分グルーピングは論理的な分類です。

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "@nahisaho/satori",
-  "version": "0.9.0",
+  "version": "0.11.0",
   "description": "SATORI — Agent Skills for Science. GitHub Copilot Agent Skills collection for scientific data analysis.",
   "main": "index.js",
   "bin": {