@nahisaho/satori 0.25.5 → 0.27.0

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "@nahisaho/satori",
-  "version": "0.25.5",
+  "version": "0.27.0",
   "description": "SATORI — Agent Skills for Science. GitHub Copilot Agent Skills collection for scientific data analysis.",
   "main": "index.js",
   "bin": {
@@ -11,7 +11,17 @@
     "src/.github/"
   ],
   "scripts": {
-    "test": "node bin/satori.js init --dry-run"
+    "test": "vitest run",
+    "test:watch": "vitest",
+    "test:unit": "vitest run tests/unit/",
+    "test:validation": "vitest run tests/validation/",
+    "test:coverage": "vitest run --coverage",
+    "validate:skills": "vitest run tests/validation/skill-format.test.js",
+    "validate:tu": "vitest run tests/validation/tu-coverage.test.js",
+    "lint": "biome check bin/ tests/ vitest.config.js",
+    "lint:fix": "biome check --write bin/ tests/ vitest.config.js",
+    "format": "biome format --write bin/ tests/ vitest.config.js",
+    "prepare": "husky"
   },
   "keywords": [
     "copilot",
@@ -25,5 +35,25 @@
   "repository": {
     "type": "git",
     "url": "git+https://github.com/nahisaho/satori.git"
+  },
+  "engines": {
+    "node": ">=18"
+  },
+  "devDependencies": {
+    "@biomejs/biome": "^2.3.15",
+    "husky": "^9.1.7",
+    "lint-staged": "^16.2.7",
+    "vitest": "^4.0.18"
+  },
+  "lint-staged": {
+    "bin/**/*.js": [
+      "biome check --write"
+    ],
+    "tests/**/*.js": [
+      "biome check --write"
+    ],
+    "vitest.config.js": [
+      "biome check --write"
+    ]
   }
 }

package/src/.github/skills/scientific-academic-writing/SKILL.md

@@ -5,6 +5,10 @@ description: |
   Elsevier 系のジャーナル形式に対応した論文構成・セクション設計・文章パターンを提供。
   「論文を書いて」「Abstract を作成して」「Methods セクションを書いて」で発火。
   assets/ に主要ジャーナル形式の Markdown テンプレートを同梱。
+tu_tools:
+  - key: crossref
+    name: Crossref
+    description: 論文メタデータ検索・引用情報取得
 ---
 
 # Scientific Academic Writing
@@ -464,6 +468,12 @@ needed and take full responsibility for the content of the publication.
 [SI 内でのみ引用した文献]
 ```
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `crossref` | Crossref | 論文メタデータ検索・引用情報取得 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-active-learning/SKILL.md

@@ -5,6 +5,10 @@ description: |
   Query-by-Committee・期待モデル変化・プール型/ストリーム型・
   バッチアクティブラーニング・停止基準判定・
   モデル改善パイプライン。
+tu_tools:
+  - key: openml
+    name: OpenML
+    description: 能動学習データセット・評価指標
 ---
 
 # Scientific Active Learning
@@ -287,3 +291,9 @@ eda-correlation → active-learning → ml-classification
 | `al_history.csv` | AL ラウンド履歴 | → 停止判定 |
 | `selected_samples.csv` | 選択サンプル | → ラベル付け |
 | `strategy_comparison.csv` | 戦略比較 | → advanced-visualization |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `openml` | OpenML | 能動学習データセット・評価指標 |

package/src/.github/skills/scientific-adaptive-experiments/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   適応的実験計画スキル。多腕バンディット (Thompson Sampling/UCB)・
   ベイズ適応設計・逐次検定 (SPRT)・
   Response-Adaptive Randomization・早期停止規則。
+tu_tools:
+  - key: biotools
+    name: bio.tools
+    description: 適応的実験設計ツール検索
 ---
 
 # Scientific Adaptive Experiments
@@ -285,3 +289,9 @@ def bayesian_adaptive_dose_finding(dose_levels, n_patients=30,
 | `bandit_summary.csv` | バンディット結果 | → 最適アーム |
 | `sprt_history.csv` | SPRT 検定履歴 | → 判定結果 |
 | `dose_finding.csv` | 用量探索結果 | → MTD 推定 |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | 適応的実験設計ツール検索 |

package/src/.github/skills/scientific-advanced-imaging/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   高度バイオイメージング解析スキル。CellProfiler によるモフォロジカル
   プロファイリング・Cell Painting 解析、Cellpose による深層学習
   セルセグメンテーション、napari によるインタラクティブ 3D 可視化。
+tu_tools:
+  - key: biotools
+    name: bio.tools
+    description: 高度イメージングツール検索
 ---
 
 # Scientific Advanced Imaging
@@ -380,3 +384,9 @@ fluorescence-microscopy ──┘               drug-target-profiling
 | `results/features.csv` | 形態学的特徴量マトリクス | → cheminformatics |
 | `results/cell_painting.csv` | Cell Painting プロファイル | → drug-target-profiling |
 | `results/model/` | 微調整 Cellpose モデル | — |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | 高度イメージングツール検索 |

package/src/.github/skills/scientific-advanced-visualization/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   科学データ高度可視化スキル。Plotly インタラクティブ 3D ・
   Altair 宣言的可視化・Seaborn 統計プロット・
   アニメーション・Parallel Coordinates・出版品質図。
+tu_tools:
+  - key: biotools
+    name: bio.tools
+    description: 高度可視化ツール検索
 ---
 
 # Scientific Advanced Visualization
@@ -308,3 +312,9 @@ eda-correlation → advanced-visualization → presentation-design
 | `publication_fig.pdf` | 出版品質図 | → presentation |
 | `parallel_coordinates.html` | 多変量可視化 | → reporting |
 | `animation.html` | アニメーション | → presentation |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | 高度可視化ツール検索 |

package/src/.github/skills/scientific-anomaly-detection/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   異常検知・外れ値検出スキル。Isolation Forest・LOF・
   One-Class SVM・Autoencoder 異常検知・統計的工程管理 (SPC)・
   多変量異常検知・異常スコアリング・閾値最適化。
+tu_tools:
+  - key: openml
+    name: OpenML
+    description: 異常検知ベンチマーク・データセット
 ---
 
 # Scientific Anomaly Detection
@@ -294,3 +298,9 @@ eda-correlation → anomaly-detection → ml-classification
 | `anomaly_ensemble.csv` | アンサンブル異常検知結果 | → EDA |
 | `autoencoder_anomaly.json` | AE 異常スコア | → reporting |
 | `spc_control_chart.png` | SPC 管理図 | → process-optimization |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `openml` | OpenML | 異常検知ベンチマーク・データセット |

package/src/.github/skills/scientific-automl/SKILL.md

@@ -5,6 +5,10 @@ description: |
   FLAML 高速 AutoML・Auto-sklearn モデル選択・
   NAS (Neural Architecture Search)・
   特徴量エンジニアリング自動化・モデル比較パイプライン。
+tu_tools:
+  - key: openml
+    name: OpenML
+    description: AutoML ベンチマーク・タスク参照
 ---
 
 # Scientific AutoML
@@ -262,3 +266,9 @@ eda-correlation → automl → ensemble-methods
 | `optuna_trials.csv` | 試行履歴 | → 可視化 |
 | `param_importance.png` | パラメータ重要度 | → レポート |
 | `model_comparison.csv` | モデル比較 | → ensemble-methods |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `openml` | OpenML | AutoML ベンチマーク・タスク参照 |

package/src/.github/skills/scientific-bayesian-statistics/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   ベイズ統計スキル。PyMC・Stan・ArviZ を活用し、ベイズ回帰・階層モデル・
   MCMC サンプリング・ベイズ最適化・事後予測チェック・モデル比較を支援。
   「ベイズ回帰して」「MCMC で推定して」「事後分布を求めて」で発火。
+tu_tools:
+  - key: biotools
+    name: bio.tools
+    description: ベイズ統計ツールレジストリ検索
 ---
 
 # Scientific Bayesian Statistics
@@ -354,6 +358,12 @@ model {
 - [ ] モデル比較 (LOO-CV / WAIC)
 - [ ] 結果レポート・プロット生成
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | ベイズ統計ツールレジストリ検索 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-biobank-cohort/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   バイオバンク・大規模コホートデータ解析スキル。UK Biobank /
   BBJ / All of Us 等の大規模コホートデータに対するフェノタイプ
   辞書検索・GWAS サマリー統計処理・PheWAS パイプライン。
+tu_tools:
+  - key: clinvar
+    name: ClinVar
+    description: バリアント臨床的意義データ検索
 ---
 
 # Scientific Biobank Cohort
@@ -266,3 +270,9 @@ epidemiology-public-health → biobank-cohort → population-genetics
 | `results/gwas_significant.csv` | Genome-wide significant SNP | → population-genetics |
 | `results/manhattan_data.csv` | Manhattan プロットデータ | → GWAS 可視化 |
 | `results/phenotype_dict.csv` | フェノタイプ辞書 | → PheWAS |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `clinvar` | ClinVar | バリアント臨床的意義データ検索 |

package/src/.github/skills/scientific-biosignal-processing/SKILL.md

@@ -5,6 +5,10 @@ description: |
   EEG（マルチチャネル・バンドパワーδ/θ/α/β/γ・スペクトログラム・ERP）、
   EMG（バースト検出・包絡線）、呼吸信号（RSA）の解析パイプライン。
   Scientific Skills Exp-08 で確立したパターン。
+tu_tools:
+  - key: biotools
+    name: bio.tools
+    description: 生体信号処理ツール検索
 ---
 
 # Scientific Biosignal Processing
@@ -352,6 +356,12 @@ def detect_muscle_bursts(envelope, fs, threshold_factor=2.0,
     return bursts
 ```
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | 生体信号処理ツール検索 |
+
 ## References
 
 - **Exp-08**: ECG R波検出・HRV・Poincaré、EEG バンドパワー・スペクトログラム・ERP、EMG バースト

package/src/.github/skills/scientific-causal-inference/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   因果推論スキル。傾向スコアマッチング（PSM）、逆確率重み付け（IPW / IPTW）、
   操作変数法（2SLS）、差分の差分法（DID）、回帰不連続デザイン（RDD）、
   DAG ベースの共変量選択（backdoor criterion）、感度分析テンプレートを提供。
+tu_tools:
+  - key: open_alex
+    name: OpenAlex
+    description: 因果推論関連文献検索
 ---
 
 # Scientific Causal Inference
@@ -325,6 +329,12 @@ def rosenbaum_sensitivity(matched_outcomes_treated, matched_outcomes_control,
     return pd.DataFrame(results)
 ```
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `open_alex` | OpenAlex | 因果推論関連文献検索 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-causal-ml/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   因果機械学習スキル。DoWhy 因果モデル・EconML CATE 推定・
   Double/Debiased ML・Causal Forest・メタラーナー (S/T/X)・
   異質的処置効果 (HTE)・因果特徴量選択。
+tu_tools:
+  - key: openml
+    name: OpenML
+    description: 因果推論 ML データセット参照
 ---
 
 # Scientific Causal ML
@@ -238,3 +242,9 @@ causal-inference → causal-ml → feature-importance
 | `dowhy_causal_model.json` | DoWhy 因果モデル | → reporting |
 | `cate_estimates.csv` | CATE 推定値 | → precision-medicine |
 | `causal_feature_importance.csv` | 因果特徴量重要度 | → explainable-ai |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `openml` | OpenML | 因果推論 ML データセット参照 |

package/src/.github/skills/scientific-clinical-nlp/SKILL.md

@@ -6,6 +6,10 @@ description: |
   ICD-10/SNOMED-CT エンティティリンキング、
   匿名化 (De-identification) パイプライン。
   TU 外スキル (直接 Python ライブラリ)。
+tu_tools:
+  - key: umls
+    name: UMLS
+    description: 医学用語統一システム検索
 ---
 
 # Scientific Clinical NLP
@@ -248,3 +252,9 @@ text-mining-nlp → clinical-nlp → clinical-reporting
 | `results/clinical_ner.csv` | 臨床エンティティ+否定 | → phenotype-hpo |
 | `results/clinical_sections.csv` | セクション分類 | → clinical-reporting |
 | `results/entity_linking.csv` | UMLS/SNOMED リンキング | → disease-research |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `umls` | UMLS | 医学用語統一システム検索 |

package/src/.github/skills/scientific-clinical-pharmacology/SKILL.md

@@ -6,6 +6,10 @@ description: |
   Emax/Sigmoid PD モデリング・薬物間相互作用予測・
   臨床薬理パイプライン。
   TU 外スキル (Python + nlmixr2/mrgsolve ラッパー)。
+tu_tools:
+  - key: drugbank
+    name: DrugBank
+    description: 薬物動態・相互作用データ検索
 ---
 
 # Scientific Clinical Pharmacology
@@ -359,3 +363,9 @@ admet-pharmacokinetics → clinical-pharmacology → pharmacogenomics
 | `pk_simulation.csv` | PK シミュレーション | → dose-response |
 | `popk_estimates.json` | PopPK パラメータ | → pharmacogenomics |
 | `tdm_recommendation.json` | TDM 推奨用量 | → clinical-decision |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `drugbank` | DrugBank | 薬物動態・相互作用データ検索 |

package/src/.github/skills/scientific-clinical-standards/SKILL.md

@@ -4,6 +4,7 @@ description: |
   臨床標準用語・コードマッピングスキル。LOINC 臨床検査コード・
   ICD-10/ICD-11 疾病分類・FHIR R4 リソースマッピング・
   SNOMED CT 用語変換・臨床用語相互運用パイプライン。
+  ToolUniverse 連携: loinc。
 tu_tools:
   - key: loinc
     name: LOINC
@@ -11,6 +12,10 @@ tu_tools:
   - key: icd
     name: ICD
     description: WHO 国際疾病分類 ICD-10/ICD-11
+tu_tools:
+  - key: loinc
+    name: LOINC
+    description: 臨床検査コード標準検索
 ---
 
 # Scientific Clinical Standards
@@ -442,3 +447,9 @@ clinical-reporting → clinical-standards → clinical-decision-support
 | `loinc_mappings.csv` | LOINC コードマッピング | → clinical-decision |
 | `icd_mappings.csv` | ICD コードマッピング | → epidemiology |
 | `fhir_bundle.json` | FHIR R4 バンドル | → EHR 統合 |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `loinc` | LOINC | 臨床検査コード標準検索 |

package/src/.github/skills/scientific-crispr-design/SKILL.md

@@ -6,6 +6,10 @@ description: |
   CRISPRscan/Rule Set 2 活性予測・検証プライマー設計・
   sgRNA スクリーニングライブラリ構築パイプライン。
   TU 外スキル (Python ライブラリ + ローカル解析)。
+tu_tools:
+  - key: ensembl
+    name: Ensembl
+    description: gRNA 設計用ゲノム配列参照
 ---
 
 # Scientific CRISPR Design
@@ -367,3 +371,9 @@ genome-sequence-tools → crispr-design → perturbation-analysis
 | `grna_candidates.csv` | gRNA 候補リスト | → ランキング |
 | `off_target_report.csv` | オフターゲット評価 | → 安全性確認 |
 | `sgrna_library.csv` | sgRNA ライブラリ | → perturbation-analysis |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `ensembl` | Ensembl | gRNA 設計用ゲノム配列参照 |

package/src/.github/skills/scientific-critical-review/SKILL.md

@@ -1,4 +1,3 @@
-```skill
 ---
 name: scientific-critical-review
 description: |
@@ -6,6 +5,10 @@ description: |
   データ解釈の妥当性、先行研究との整合性、統計的主張の正確性を多角的に検証し、
   具体的な修正案を生成する。「論文をレビューして」「考察を深めて」「草稿を改善して」で発火。
   scientific-academic-writing で草稿を作成した後のセルフレビューに使用。
+tu_tools:
+  - key: crossref
+    name: Crossref
+    description: 論文検証・引用メタデータ参照
 ---
 
 # Scientific Critical Review & Revision
@@ -739,6 +742,12 @@ def run_review_pipeline(manuscript_path):
 **修正理由:** [理由の説明]
 ```
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `crossref` | Crossref | 論文検証・引用メタデータ参照 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-data-preprocessing/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   科学データの前処理パイプラインスキル。欠損値補完（KNNImputer/SimpleImputer）、
   エンコーディング（LabelEncoder/OneHot/ダミー変数）、スケーリング（Standard/MinMax/Robust/Pareto）、
   対数変換、外れ値処理のテンプレートを提供。全 Exp-01〜13 に横断的に適用される基盤スキル。
+tu_tools:
+  - key: biotools
+    name: bio.tools
+    description: データ前処理ツールレジストリ検索
 ---
 
 # Scientific Data Preprocessing
@@ -424,6 +428,12 @@ def preprocessing_pipeline(df, target_col=None, config=None):
     return df, {"encoders": encoders, "scaler": scaler}
 ```
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | データ前処理ツールレジストリ検索 |
+
 ## References
 
 - **Exp-01**: `sc.pp.normalize_total()`, `sc.pp.log1p()` — scRNA-seq 固有の正規化

package/src/.github/skills/scientific-data-profiling/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   データプロファイリング・品質スキル。ydata-profiling 自動 EDA ・
   Great Expectations データバリデーション・データ品質スコア・
   型推論・相関検出・外れ値フラグ・データカタログ生成。
+tu_tools:
+  - key: biotools
+    name: bio.tools
+    description: データプロファイリングツール検索
 ---
 
 # Scientific Data Profiling
@@ -245,3 +249,9 @@ def _auto_generate_expectations(df):
 | `profile_report.html` | ydata-profiling レポート | → EDA |
 | `quality_score.json` | データ品質スコア | → 品質管理 |
 | `validation_results.csv` | バリデーション結果 | → データ修正 |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | データプロファイリングツール検索 |

package/src/.github/skills/scientific-data-simulation/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   物理・化学・生物学に基づく合成データ生成のスキル。実験データが不足する場合に、
   ドメイン知識を反映したシミュレーションデータを生成する際に使用。
   Scientific Skills Exp-06, 07, 08, 09, 12, 13 で確立したパターン。
+tu_tools:
+  - key: biotools
+    name: bio.tools
+    description: シミュレーションツールレジストリ検索
 ---
 
 # Scientific Data Simulation & Generation
@@ -226,6 +230,12 @@ def generate_ecg_beat(t, hr=72):
 - [ ] 変数間の相関構造が既知の物理法則と一致するか
 - [ ] 群間差が効果量として検出可能な水準か
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | シミュレーションツールレジストリ検索 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-data-submission/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   科学データ登録・アーカイブスキル。GenBank/SRA 配列登録・
   ENA 配列アーカイブ・GEO 発現データ登録・BioProject/BioSample
   メタデータ管理・FAIR 原則準拠データ共有。
+tu_tools:
+  - key: ena
+    name: ENA
+    description: データ登録・アクセッション管理
 ---
 
 # Scientific Data Submission
@@ -355,3 +359,9 @@ lab-data-management ───┘           academic-writing
 | `submission/sra_metadata.tsv` | SRA メタデータ | → ebi-databases |
 | `geo_submission/submission.soft` | GEO SOFT テンプレート | → gene-expression |
 | `submission/fair_report.json` | FAIR チェックリスト結果 | → academic-writing |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `ena` | ENA | データ登録・アクセッション管理 |

package/src/.github/skills/scientific-deep-chemistry/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   深層学習分子特性予測スキル。DeepChem による GCN/MPNN/AttentiveFP
   分子特性予測・MoleculeNet ベンチマーク・ChemBERTa/GROVER
   事前学習モデル・分子フィンガープリントフィーチャライザ。
+tu_tools:
+  - key: chembl
+    name: ChEMBL
+    description: 化学的活性・化合物データ検索
 ---
 
 # Scientific Deep Chemistry
@@ -348,3 +352,9 @@ molecular-docking ───────┘         admet-pharmacokinetics
 | `results/benchmark.json` | モデルベンチマーク結果 | — |
 | `results/embeddings.npy` | ChemBERTa 埋込み | → cheminformatics |
 | `results/model/` | 訓練済みモデル | → admet-pharmacokinetics |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `chembl` | ChEMBL | 化学的活性・化合物データ検索 |

package/src/.github/skills/scientific-deep-learning/SKILL.md

@@ -5,6 +5,10 @@ description: |
   NN アーキテクチャ設計・転移学習・分散トレーニング・ハイパーパラメータ最適化・
   モデルデプロイを支援。
   「ニューラルネットで学習して」「Transformer を Fine-tune して」「深層学習モデルを構築して」で発火。
+tu_tools:
+  - key: papers_with_code
+    name: Papers with Code
+    description: 深層学習モデル・ベンチマーク検索
 ---
 
 # Scientific Deep Learning
@@ -351,6 +355,12 @@ def export_model(model, sample_input, export_dir="models"):
 - [ ] モデルエクスポート (ONNX)
 - [ ] モデルカード作成
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `papers_with_code` | Papers with Code | 深層学習モデル・ベンチマーク検索 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-doe/SKILL.md

@@ -5,6 +5,10 @@ description: |
   Box-Behnken 設計、D-最適計画、応答曲面法（RSM）、交互作用解析、
   ベイズ最適化（Gaussian Process）、効果プロット（主効果/交互作用/pareto）の
   テンプレートを提供。
+tu_tools:
+  - key: biotools
+    name: bio.tools
+    description: 実験計画法ツールレジストリ検索
 ---
 
 # Scientific Design of Experiments (DOE)
@@ -339,6 +343,12 @@ def interaction_plot(design_df, response_col, factor1, factor2, figsize=(8, 6)):
     plt.close()
 ```
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | 実験計画法ツールレジストリ検索 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-eda-correlation/SKILL.md

@@ -3,6 +3,10 @@ name: scientific-eda-correlation
 description: |
   探索的データ解析（EDA）と相関分析のスキル。データの分布可視化、相関ヒートマップ、
   散布図行列の作成を行う際に使用。Scientific Skills Exp-02, 12, 13 で確立したパターン。
+tu_tools:
+  - key: biotools
+    name: bio.tools
+    description: 統計解析ツール検索
 ---
 
 # Scientific EDA & Correlation Analysis
@@ -123,6 +127,12 @@ def psp_block_correlation(df, process_cols, structure_cols, property_cols):
     return ps_corr, sp_corr, pp_corr
 ```
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | 統計解析ツール検索 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-ensemble-methods/SKILL.md

@@ -5,6 +5,10 @@ description: |
   Boosting (XGBoost/LightGBM/CatBoost) 勾配ブースティング・
   Bagging/Random Subspace・Voting 分類器/回帰器・
   アンサンブル多様性評価・モデル統合パイプライン。
+tu_tools:
+  - key: openml
+    name: OpenML
+    description: アンサンブル手法ベンチマーク参照
 ---
 
 # Scientific Ensemble Methods
@@ -261,3 +265,9 @@ automl → ensemble-methods → uncertainty-quantification
 | `stacking_meta.pkl` | Stacking メタモデル | → 予測 |
 | `boosting_comparison.csv` | ブースティング比較 | → レポート |
 | `ensemble_diversity.json` | 多様性指標 | → モデル改善 |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `openml` | OpenML | アンサンブル手法ベンチマーク参照 |