@nahisaho/satori 0.18.0 → 0.20.0

package/src/.github/skills/scientific-rcsb-pdb-search/SKILL.md

@@ -0,0 +1,280 @@
+---
+name: scientific-rcsb-pdb-search
+description: |
+  RCSB PDB 構造検索スキル。RCSB PDB Search API および
+  Data API によるタンパク質立体構造検索・メタデータ取得・
+  リガンド情報・解像度フィルタリング。ToolUniverse 連携:
+  rcsb_pdb, rcsb_search。
+tu_tools:
+  - key: rcsb_pdb
+    name: RCSB PDB Data
+    description: PDB エントリデータ取得・構造メタデータ
+  - key: rcsb_search
+    name: RCSB PDB Search
+    description: PDB 構造検索・テキスト/配列/構造類似検索
+---
+
+# Scientific RCSB PDB Search
+
+RCSB PDB Search API および Data API を活用したタンパク質立体構造
+検索・メタデータ取得・リガンド情報パイプラインを提供する。
+
+## When to Use
+
+- PDB のタンパク質立体構造をテキスト検索するとき
+- 解像度・実験手法でフィルタリングするとき
+- リガンド結合構造を検索するとき
+- 構造のメタデータ (著者・引用・解像度) を取得するとき
+- 配列類似性で構造を検索するとき
+- PDB エントリからリガンド・結合サイト情報を取得するとき
+
+---
+
+## Quick Start
+
+## 1. テキスト検索・構造メタデータ
+
+```python
+import requests
+import pandas as pd
+
+RCSB_SEARCH = "https://search.rcsb.org/rcsbsearch/v2/query"
+RCSB_DATA = "https://data.rcsb.org/rest/v1/core"
+
+
+def rcsb_text_search(query, method=None,
+                        resolution_max=None, limit=50):
+    """
+    RCSB PDB — テキスト検索。
+
+    Parameters:
+        query: str — 検索クエリ (例: "BRCA1", "kinase")
+        method: str — 実験手法フィルタ
+            (例: "X-RAY DIFFRACTION", "ELECTRON MICROSCOPY")
+        resolution_max: float — 最大解像度 (Å)
+        limit: int — 最大結果数
+    """
+    search_query = {
+        "query": {
+            "type": "group",
+            "logical_operator": "and",
+            "nodes": [
+                {
+                    "type": "terminal",
+                    "service": "full_text",
+                    "parameters": {"value": query},
+                }
+            ],
+        },
+        "return_type": "entry",
+        "request_options": {
+            "paginate": {"start": 0, "rows": limit},
+            "sort": [{"sort_by": "score", "direction": "desc"}],
+        },
+    }
+
+    if method:
+        search_query["query"]["nodes"].append({
+            "type": "terminal",
+            "service": "text",
+            "parameters": {
+                "attribute": "exptl.method",
+                "operator": "exact_match",
+                "value": method,
+            },
+        })
+
+    if resolution_max:
+        search_query["query"]["nodes"].append({
+            "type": "terminal",
+            "service": "text",
+            "parameters": {
+                "attribute": "rcsb_entry_info."
+                             "resolution_combined",
+                "operator": "less_or_equal",
+                "value": resolution_max,
+            },
+        })
+
+    resp = requests.post(RCSB_SEARCH, json=search_query,
+                         timeout=30)
+    resp.raise_for_status()
+    data = resp.json()
+
+    pdb_ids = [r["identifier"]
+               for r in data.get("result_set", [])]
+    total = data.get("total_count", 0)
+    print(f"RCSB PDB search: {len(pdb_ids)}/{total} "
+          f"(query='{query}')")
+    return pdb_ids
+
+
+def rcsb_get_entry(pdb_id):
+    """
+    RCSB PDB — エントリメタデータ取得。
+
+    Parameters:
+        pdb_id: str — PDB ID (例: "1BRS", "7S4O")
+    """
+    url = f"{RCSB_DATA}/entry/{pdb_id}"
+    resp = requests.get(url, timeout=30)
+    resp.raise_for_status()
+    data = resp.json()
+
+    info = data.get("rcsb_entry_info", {})
+    citation = (data.get("rcsb_primary_citation") or {})
+
+    result = {
+        "pdb_id": pdb_id,
+        "title": data.get("struct", {}).get("title", ""),
+        "method": info.get("experimental_method", ""),
+        "resolution": info.get("resolution_combined", [None])[0],
+        "deposition_date": info.get("deposition_date", ""),
+        "polymer_count": info.get(
+            "deposited_polymer_entity_count", 0),
+        "nonpolymer_count": info.get(
+            "deposited_nonpolymer_entity_count", 0),
+        "citation_title": citation.get("title", ""),
+        "citation_doi": citation.get(
+            "pdbx_database_id_doi", ""),
+    }
+    return result
+```
+
+## 2. 構造バッチ取得・比較
+
+```python
+def rcsb_batch_metadata(pdb_ids):
+    """
+    RCSB PDB — バッチメタデータ取得。
+
+    Parameters:
+        pdb_ids: list[str] — PDB ID リスト
+    """
+    results = []
+    for pid in pdb_ids:
+        try:
+            meta = rcsb_get_entry(pid)
+            results.append(meta)
+        except Exception as e:
+            print(f"  Warning: {pid} — {e}")
+            continue
+
+    df = pd.DataFrame(results)
+    if not df.empty:
+        df = df.sort_values("resolution")
+    print(f"RCSB batch: {len(df)} entries")
+    return df
+```
+
+## 3. リガンド・結合サイト情報
+
+```python
+def rcsb_get_ligands(pdb_id):
+    """
+    RCSB PDB — リガンド情報取得。
+
+    Parameters:
+        pdb_id: str — PDB ID
+    """
+    url = (f"https://data.rcsb.org/rest/v1/core/"
+           f"nonpolymer_entity/{pdb_id}")
+    # まずエントリのnonpolymerエンティティを取得
+    entry = rcsb_get_entry(pdb_id)
+    n_ligands = entry.get("nonpolymer_count", 0)
+
+    ligands = []
+    for i in range(1, n_ligands + 1):
+        try:
+            lig_url = (f"https://data.rcsb.org/rest/v1/core/"
+                       f"nonpolymer_entity/{pdb_id}/{i}")
+            r = requests.get(lig_url, timeout=15)
+            if r.status_code == 200:
+                ld = r.json()
+                comp_id = ld.get(
+                    "pdbx_entity_nonpoly", {}).get(
+                    "comp_id", "")
+                ligands.append({
+                    "pdb_id": pdb_id,
+                    "entity_id": i,
+                    "comp_id": comp_id,
+                    "name": ld.get(
+                        "rcsb_nonpolymer_entity", {}).get(
+                        "pdbx_description", ""),
+                    "formula": ld.get(
+                        "rcsb_nonpolymer_entity", {}).get(
+                        "formula_weight", ""),
+                })
+        except Exception:
+            continue
+
+    df = pd.DataFrame(ligands)
+    print(f"RCSB ligands: {pdb_id} → {len(df)} ligands")
+    return df
+```
+
+## 4. RCSB PDB 統合パイプライン
+
+```python
+def rcsb_pipeline(query, resolution_max=3.0,
+                     output_dir="results"):
+    """
+    RCSB PDB 統合パイプライン。
+
+    Parameters:
+        query: str — 検索クエリ
+        resolution_max: float — 最大解像度
+        output_dir: str — 出力ディレクトリ
+    """
+    from pathlib import Path
+    output_dir = Path(output_dir)
+    output_dir.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
+
+    # 1) テキスト検索
+    pdb_ids = rcsb_text_search(
+        query, resolution_max=resolution_max)
+
+    # 2) バッチメタデータ
+    metadata = rcsb_batch_metadata(pdb_ids[:20])
+    metadata.to_csv(output_dir / "pdb_entries.csv",
+                    index=False)
+
+    # 3) トップ構造のリガンド
+    if not metadata.empty:
+        top = metadata.iloc[0]["pdb_id"]
+        ligands = rcsb_get_ligands(top)
+        ligands.to_csv(output_dir / "ligands.csv",
+                       index=False)
+
+    print(f"RCSB pipeline: {output_dir}")
+    return {"entries": metadata}
+```
+
+---
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|---------|
+| `rcsb_pdb` | RCSB PDB Data | エントリデータ・構造メタデータ |
+| `rcsb_search` | RCSB PDB Search | テキスト/配列/構造類似検索 |
+
+## パイプライン統合
+
+```
+protein-structure-analysis → rcsb-pdb-search → molecular-docking
+  (PDB/AlphaFold 構造)     (RCSB Search API)   (Vina/DiffDock)
+          │                       │                    ↓
+  uniprot-proteome ──────────────┘           drug-target-profiling
+  (UniProt配列)             │               (標的プロファイリング)
+                            ↓
+                  alphafold-structures
+                  (AlphaFold DB)
+```
+
+## パイプライン出力
+
+| ファイル | 説明 | 次スキル |
+|---------|------|---------|
+| `results/pdb_entries.csv` | 構造メタデータ | → protein-structure-analysis |
+| `results/ligands.csv` | リガンド情報 | → molecular-docking |

package/src/.github/skills/scientific-reactome-pathways/SKILL.md

@@ -0,0 +1,242 @@
+---
+name: scientific-reactome-pathways
+description: |
+  Reactome パスウェイスキル。Reactome Content Service
+  REST API によるパスウェイ検索・階層取得・UniProt マッピング・
+  パスウェイ図データ取得。ToolUniverse 連携: reactome。
+tu_tools:
+  - key: reactome
+    name: Reactome
+    description: パスウェイデータベース REST API
+---
+
+# Scientific Reactome Pathways
+
+Reactome Content Service REST API を活用したパスウェイ検索・
+階層構造取得・UniProt アクセッション→パスウェイマッピング・
+パスウェイ図データ取得パイプラインを提供する。
+
+## When to Use
+
+- 生物学パスウェイを名前やキーワードで検索するとき
+- パスウェイ階層ツリーを取得するとき
+- UniProt アクセッションからパスウェイをマッピングするとき
+- パスウェイの参加者 (タンパク質/化合物) を列挙するとき
+- パスウェイ図のレイアウトデータを取得するとき
+
+---
+
+## Quick Start
+
+## 1. パスウェイ検索・詳細取得
+
+```python
+import requests
+import pandas as pd
+
+REACTOME = "https://reactome.org/ContentService"
+
+
+def reactome_search(query, species="Homo sapiens",
+                       limit=25):
+    """
+    Reactome — パスウェイ検索。
+
+    Parameters:
+        query: str — 検索クエリ (例: "apoptosis", "MAPK")
+        species: str — 種名 (例: "Homo sapiens")
+        limit: int — 最大結果数
+    """
+    url = f"{REACTOME}/search/query"
+    params = {
+        "query": query,
+        "species": species,
+        "types": "Pathway",
+        "cluster": "true",
+    }
+    resp = requests.get(url, params=params, timeout=30)
+    resp.raise_for_status()
+    data = resp.json()
+
+    rows = []
+    for group in data.get("results", []):
+        for entry in group.get("entries", [])[:limit]:
+            rows.append({
+                "stId": entry.get("stId", ""),
+                "name": entry.get("name", ""),
+                "species": entry.get("species", ""),
+                "exact_type": entry.get(
+                    "exactType", ""),
+                "compartments": "; ".join(
+                    entry.get("compartmentNames", [])),
+            })
+
+    df = pd.DataFrame(rows[:limit])
+    print(f"Reactome search: '{query}' → {len(df)} "
+          f"pathways")
+    return df
+
+
+def reactome_pathway_detail(pathway_id):
+    """
+    Reactome — パスウェイ詳細取得。
+
+    Parameters:
+        pathway_id: str — Reactome Stable ID
+            (例: "R-HSA-109581")
+    """
+    url = f"{REACTOME}/data/pathway/{pathway_id}"
+    resp = requests.get(url, timeout=30)
+    resp.raise_for_status()
+    data = resp.json()
+
+    result = {
+        "stId": data.get("stId", ""),
+        "name": data.get("displayName", ""),
+        "species": data.get("speciesName", ""),
+        "is_inferred": data.get("isInferred", False),
+        "has_diagram": data.get("hasDiagram", False),
+        "n_sub_events": len(
+            data.get("hasEvent", [])),
+        "n_compartments": len(
+            data.get("compartment", [])),
+        "release_date": data.get("releaseDate", ""),
+    }
+    return result
+```
+
+## 2. UniProt→パスウェイ マッピング
+
+```python
+def reactome_uniprot_pathways(uniprot_id,
+                                  species="Homo sapiens"):
+    """
+    Reactome — UniProt → パスウェイマッピング。
+
+    Parameters:
+        uniprot_id: str — UniProt アクセッション
+            (例: "P38398" = BRCA1)
+        species: str — 種名
+    """
+    url = f"{REACTOME}/data/pathways/low/entity/{uniprot_id}"
+    params = {"species": species}
+    resp = requests.get(url, params=params, timeout=30)
+    resp.raise_for_status()
+    data = resp.json()
+
+    rows = []
+    for pw in data:
+        rows.append({
+            "pathway_id": pw.get("stId", ""),
+            "pathway_name": pw.get("displayName", ""),
+            "species": pw.get("speciesName", ""),
+            "has_diagram": pw.get("hasDiagram", False),
+        })
+
+    df = pd.DataFrame(rows)
+    print(f"Reactome UniProt→pathway: {uniprot_id} "
+          f"→ {len(df)} pathways")
+    return df
+```
+
+## 3. パスウェイ参加者取得
+
+```python
+def reactome_participants(pathway_id):
+    """
+    Reactome — パスウェイ参加者一覧。
+
+    Parameters:
+        pathway_id: str — Reactome Stable ID
+    """
+    url = (f"{REACTOME}/data/participants/"
+           f"{pathway_id}")
+    resp = requests.get(url, timeout=30)
+    resp.raise_for_status()
+    data = resp.json()
+
+    rows = []
+    for item in data:
+        pe_name = item.get("displayName", "")
+        for ref in item.get("refEntities", []):
+            rows.append({
+                "pathway_id": pathway_id,
+                "participant": pe_name,
+                "db_name": ref.get("databaseName", ""),
+                "identifier": ref.get("identifier", ""),
+                "name": ref.get("displayName", ""),
+            })
+
+    df = pd.DataFrame(rows)
+    print(f"Reactome participants: {pathway_id} "
+          f"→ {len(df)} entities")
+    return df
+```
+
+## 4. Reactome 統合パイプライン
+
+```python
+def reactome_pipeline(query_or_uniprot,
+                         output_dir="results"):
+    """
+    Reactome 統合パイプライン。
+
+    Parameters:
+        query_or_uniprot: str — 検索クエリ or UniProt ID
+        output_dir: str — 出力ディレクトリ
+    """
+    from pathlib import Path
+    output_dir = Path(output_dir)
+    output_dir.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
+
+    is_uniprot = (len(query_or_uniprot) == 6
+                  and query_or_uniprot[0].isalpha())
+
+    if is_uniprot:
+        # UniProt → パスウェイ
+        pathways = reactome_uniprot_pathways(
+            query_or_uniprot)
+    else:
+        # テキスト検索
+        pathways = reactome_search(query_or_uniprot)
+
+    pathways.to_csv(output_dir / "reactome_pathways.csv",
+                    index=False)
+
+    # トップパスウェイの参加者
+    if not pathways.empty:
+        top_id = (pathways.iloc[0].get("pathway_id")
+                  or pathways.iloc[0].get("stId"))
+        parts = reactome_participants(top_id)
+        parts.to_csv(
+            output_dir / "reactome_participants.csv",
+            index=False)
+
+    print(f"Reactome pipeline: {output_dir}")
+    return {"pathways": pathways}
+```
+
+---
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|---------|
+| `reactome` | Reactome | パスウェイデータベース REST API |
+
+## パイプライン統合
+
+```
+pathway-enrichment → reactome-pathways → systems-biology
+  (GO/パスウェイ)     (Reactome API)     (ネットワーク解析)
+        │                   │                 ↓
+uniprot-proteome ──────────┘       metabolomics-databases
+  (UniProt ID)                     (MetaCyc 代謝)
+```
+
+## パイプライン出力
+
+| ファイル | 説明 | 次スキル |
+|---------|------|---------|
+| `results/reactome_pathways.csv` | パスウェイ一覧 | → pathway-enrichment |
+| `results/reactome_participants.csv` | 参加者 | → protein-interaction-network |