@delta-infra/cli 1.0.96 → 1.0.98

package/skills/delta-science/references/cli-contract.md

@@ -1,53 +0,0 @@
-# Delta CLI 执行约定
-
-## 使用 CLI
-
-所有实时 Science 调用最终都使用已安装的 Delta CLI；CLI 是服务调用边界。标准命令为：
-
-```text
-delta-cli science invoke --tool TOOL --endpoint ENDPOINT --data JSON
-```
-
-`TOOL` 与 `ENDPOINT` 必须逐字使用当前 reference 或实时目录中的
-`tools.name`、`tool_endpoints.name`；不得增加别名映射、裁剪前缀或在 `not_found` 后改名重试。
-仅当 operation 文档明确要求查询参数时使用 `--params JSON`。不要同时传递 `--data` 和
-`--params`，也不要改用 `curl`、`httpx`、`requests`、`Invoke-RestMethod` 或业务服务 URL。
-
-CLI 使用其标准认证和由 `base_url` 派生出的 Science 服务地址（`{base_url}/science_tool`）。
-Skill 不得通过环境变量、命令参数或临时配置改写服务路由，也不读取、修改或伪造凭据。
-
-## 成功与结果
-
-CLI 成功时输出单个 JSON 信封：
-
-```json
-{
-  "ok": true,
-  "data": {}
-}
-```
-
-只有 CLI 退出码为 0 且顶层 `ok` 为 `true` 时，才能报告调用成功。顶层 `data` 保存服务响应。
-按 operation reference 规定的响应结构读取字段：若文档明确说明网关或业务信封的 `data`，
-可读取该已知层级；不得递归搜索字段，也不得将业务返回的 `valid:false`、空结果或警告误报为
-CLI 传输失败。
-
-退出码非 0 或顶层 `ok:false` 时，本次调用失败；转发 CLI 的原始错误短摘要，不得切换到
-其他调用链、修改参数或重试可能已执行的远程变更。
-
-## 实时目录
-
-当用户点名 reference 以外的新工具，或 reference 缺失、过期或与 CLI 返回不一致时，依次执行：
-
-```text
-delta-cli science list
-delta-cli science endpoints list TOOL
-```
-
-两次调用都必须满足成功条件。目录只用于获取精确名称；若其未提供足以安全构造请求的 schema，
-说明该限制而不要猜测请求体。
-
-## 二进制产物
-
-operation 返回 base64 数据时，只解码 operation 文档指定的 `data` 字段。PNG 文件必须以
-`89 50 4e 47 0d 0a 1a 0a` 开头。以 `7b`（`{`）开头的是 JSON，不能描述成图片。

package/skills/delta-science/references/ldm.md

@@ -1,73 +0,0 @@
-# LDM 科研工作流
-
-这里的 **LDM / 大发现模型** 是用户可见的科研工作流名称，不是可以直接访问网关的
-tool。在线计算必须先按任务语义选择 `ldm-bo`、`strbo` 或 `antbo`，再通过
-`delta-cli science invoke`
-调用 Delta CLI；禁止运行旧 `large-discovery-model` Skill、`run_ldm_loop.py`、gateway
-backend、`stream_widget` 中的联网命令或任何 HTTP 客户端。
-
-## 路由
-
-| 用户目标 | 实际 tool | 需要同时读取 |
-| --- | --- | --- |
-| 在给定 SMILES 候选池中推荐下一批，或运行 PDF2Dock/Vina+NN 轨迹 | `ldm-bo` | `references/ldm-bo.md` |
-| 围绕服务端固定 KRAS G12D 生成、评估并迭代小分子 | `strbo` | `references/strbo.md` |
-| 为指定抗原生成、评估并迭代 11-aa CDRH3 | `antbo` | `references/antbo.md` |
-
-不得因为用户只说“LDM”“药物发现”就自动选择后端。根据实体、已有数据和目标判断；
-仍无法区分时，结束并说明需要用户确认“小分子候选池、KRAS G12D 生成优化或抗体
-CDRH3”中的哪一种。
-
-## 最小执行范围
-
-- 用户只要求检查参数时，只调用相应 `*-validate` operation。
-- 用户只要求评估已有候选时，只调用 evaluate，不生成新候选。
-- 用户只要求推荐下一批且已经给出历史记录时，只调用 suggest/recommend。
-- 用户明确要求“完整迭代优化”时，才运行初始化、评估、建议、再评估的闭环。
-- 用户未给轮数时，STRBO/AntBO 最多执行一个建议轮次；不得沿用旧 Skill 的 6/8 轮
-  隐式默认值。LDM-BO `trajectory` 的评估次数必须来自用户，缺失时先要求确认。
-
-生成、评估、建议和 trajectory 都会消耗远端资源。一次自然语言中的“帮我优化”视为
-执行授权，但不得擅自扩大候选数、轮数或切换后端。
-
-## STRBO 完整闭环
-
-1. 调用 `molecules-init` 或 `molecules-init-job`，取得初始 SMILES。
-2. 调用 `molecules-evaluate` 或对应异步 operation，取得 `[vina, activity]`。
-3. 使用当前成功业务响应中的 SMILES 和 scores 构造 `history_xs/history_ys`。
-4. 调用一次 `molecules-suggest-job`，按 STRBO reference 轮询至成功。
-5. 只评估新建议，并把结果与当前任务内历史合并后返回。
-
-提交 operation 不得重试。任一步失败、超时或返回数量不一致，立即结束；不得用旧
-gateway、离线 mock、本地 RDKit/Vina 或模型猜测补全。
-
-## AntBO 完整闭环
-
-1. 用户必须提供抗原；未提供时不得替用户选择。
-2. 必要时调用一次 `ldm-health`，确认抗原与 CDRH3 长度约束。
-3. 调用 `ldm-init` 取得初始 CDRH3，再调用 `evaluate` 取得结合能。
-4. 使用当前成功业务响应构造一维 `history_ys`，调用一次 `ldm-suggest`。
-5. 只评估新建议，并返回当前任务内的候选与结合能。
-
-不得把 AntBO 的一维 score 改成 STRBO 的二维 score，也不得把 CDRH3 交给小分子
-LDM-BO。
-
-## 固定候选池与轨迹
-
-- 已有候选池和历史分数，要求下一批：使用 `ldm-bo/recommend`。
-- 用户明确要求完整 PDF2Dock/Vina+NN 搜索并给出评估次数：使用
-  `ldm-bo/trajectory`。
-- 不得把 `ldm-bo` 的 provider、模型路径、密钥、GPU 或 Vina 配置放进请求；这些由
-  Science Server 管理。
-
-## 结果与展示
-
-只报告当前 Delta CLI 业务响应中真实存在的候选、目标值、warnings、job_id、状态和
-服务端 provenance。不得自行添加相似度阈值、机制解释、湿实验结论或“最优”断言；
-只有在方向明确且比较集合完整时，才能按实际目标值指出当前集合中的最好候选。
-推荐结果中的 acquisition value 不是预测目标值、置信度或推荐理由；除非业务响应
-明确给出语义和方向，否则只作为原始采集函数值报告。
-
-LDM 的仪表盘是展示层，不是计算入口。用户明确要求图表时，先完成一次 CLI 计算，
-再让外层使用同一份已验证结果绘图；禁止为了仪表盘再次提交远端任务。普通请求直接
-返回简洁文本。

package/skills/delta-science/references/routing-index.md

@@ -1,36 +0,0 @@
-# Delta Science 路由索引
-
-本文件只描述稳定的科研意图边界，不复制 Science Server 的工具和 endpoint 清单。
-实际可用工具以 `delta-cli science list` 和 `delta-cli science endpoints list` 返回的
-实时目录为准。
-
-## 路由优先级
-
-- 普通化合物名称、CID 和公共属性使用 PubChem；已有 SMILES/InChI 且需要结构计算时
-  使用 RDKit。
-- 无机化学式、组成、CIF、POSCAR 和空间群使用 pymatgen；粉末衍射模拟或 Rietveld
-  精修使用 GSAS-II。
-- 明确的 LAMMPS input、data 和力场任务使用 LAMMPS；不得从化学式或 CIF 猜测势函数。
-- 通用数值、整数或分类实验变量优化使用 Delta-BO。
-- 固定 SMILES 候选池或 PDF2Dock 轨迹使用 LDM-BO；固定 KRAS G12D 生成式优化使用
-  STRBO；反应条件与真实历史得率使用 SynBO；抗体 CDRH3 使用 AntBO。
-- “LDM/大发现模型”是跨上述三类能力的工作流意图，先读取 `ldm.md` 决定唯一后端，
-  不是服务端 tool，也不得路由到旧 `large-discovery-model` Skill。
-
-## 已验证 reference
-
-- [pubchem.md](pubchem.md)
-- [rdkit.md](rdkit.md)
-- [pymatgen.md](pymatgen.md)
-- [gsasii.md](gsasii.md)
-- [lammps.md](lammps.md)
-- [delta-bo.md](delta-bo.md)
-- [ldm-bo.md](ldm-bo.md)
-- [ldm.md](ldm.md)
-- [strbo.md](strbo.md)
-- [synbo.md](synbo.md)
-- [antbo.md](antbo.md)
-
-以上 reference 是已验证参数契约，不是服务端完整目录。用户明确点名新工具时，按
-`SKILL.md` 的实时 catalog 流程发现工具和 endpoint；若目录未返回请求 schema，不猜测
-请求体。

package/skills/delta-science/references/workflows.md

@@ -1,61 +0,0 @@
-# 跨服务工作流
-
-整个流程由单一 `delta-science` Skill 编排。线上调用最终执行
-`delta-cli science invoke`，禁止直接 HTTP。可使用 subagent 协助整理输入、核对 reference
-或展示结果，但主流程负责工具选择和所有线上调用。CLI 成功后每一步只消费对应 reference
-定义的 `data` 响应字段。已知 reference 中没有目标 operation 时，不猜测相近 endpoint；reference
-缺失、过期或与 CLI 返回不一致时，按 `SKILL.md` 的只读实时 catalog 流程确认。
-
-## 单个已命名分子
-
-1. 用 PubChem `compound-summary` 解析名称并取得身份字段。
-2. 按文档规定的回退顺序提取 SMILES。
-3. 只有用户要求 RDKit 描述符或明确的结构校验时，才调用 RDKit `batch-parse-describe`。
-4. 只有用户明确要求图片时，才调用 RDKit `render`，并解码、验证图片字节。
-5. 比较分子式、分子量、InChIKey 和供体/受体数量时，要明确区分 LogP、TPSA 等依赖模型的数值。
-
-## 多分子比较
-
-1. 用 PubChem 批量解析全部名称，请求体只包含 `identifiers` 和 `namespace:"name"`。省略 `properties`。
-2. 从业务响应的 `results[*]` 读取记录，并从每条记录的嵌套 `properties` 读取字段。
-3. 未解析成功的记录要排除，并明确说明原因。
-4. 使用 RDKit `similarity-matrix` 校验和排序两两相似度。它的 `sanitize` 已经校验输入，不要额外调用 parse。
-5. 用 PubChem 记录的原始 `input` 作为 molecule id，并按文档顺序从嵌套属性中提取 SMILES。
-6. 保持输入顺序，报告每个分数时明确对应的分子对。
-7. 除非用户明确要求，不要渲染、保存用户文件、检查健康状态或探测额外描述符。
-8. `ranked_pairs` 使用命名字段 `a`、`b`、`similarity`。找指定目标的最近邻时，
-   在包含该目标的记录中取最大 `similarity`，另一侧字段就是最近邻；不要使用
-   `i`、`j`、`score` 或猜测矩阵下标。
-
-## 材料工作流
-
-1. 使用 pymatgen 校验化学式/结构并转换 CIF；无机式量只能取当前业务响应 `weight`。
-2. GSAS-II 只能接收真实 CIF 文本后再做衍射计算。
-3. LAMMPS 只能在已有明确的力场、data 和脚本设置后运行；部署检查可以使用内置有界示例。
-4. 从 LAMMPS 返回 pymatgen 或 GSAS-II 前，需要从弛豫结果重新构造 CIF/POSCAR。不要直接传递 LAMMPS data/dump 文件。
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-## 优化工作流
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-- 通用数值或分类实验变量：Delta-BO
-- 固定 SMILES 候选池或 PDF2Dock/Vina+NN 轨迹：LDM-BO
-- 固定 KRAS G12D 的生成式小分子闭环：STRBO
-- 指定抗原的 11-aa CDRH3 闭环：AntBO
-- 偶联反应、反应条件和带真实历史得率的下一批实验推荐：SynBO
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-用户以 “LDM/大发现模型” 描述任务时，必须先按 `SKILL.md` 读取 `ldm.md`，再读取唯一
-选定后端的 reference。LDM 是工作流意图，不是 tool；禁止旧
-`large-discovery-model`、`run_ldm_loop.py`、gateway backend 和直接 HTTP。
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-禁止为了让优化器运行而编造观测数据。用户没有提供测量结果时，只能使用初始化或随机建议模式，并明确说明它是待实验验证的建议，不是已经验证的最优条件。
-SynBO/Delta-BO 没有返回 recommendations 时，不得用本地回归、GP、UCB 或人工排序替代。
-
-SynBO 只接受离散条件列表。用户给连续范围时，在一次调用前完成以下处理：
-
-1. 条件网格包含用户上下界、全部历史观测值和少量合理中间点。
-2. 同一条件列在 `condition_dict` 与 `previous_results` 中统一为字符串。
-3. 得率等 objective metric 保持数值。
-4. 小数据 CPU 默认 `tiny + RF + UCB`，并在最终答案中报告实际离散网格。
-5. CLI 返回失败或业务响应为空 recommendations 时结束；不得连续尝试多种 payload 或模型。
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-用户未要求文件时只返回 recommendations 文本，不创建输入 CSV。必须交接时，仅把本次
-成功业务响应写入当前 `WORKSPACE_ROOT/synbo_result.json`。