@delta-infra/cli 1.0.96 → 1.0.98

package/skills/delta-science/references/pymatgen.md

@@ -1,68 +1,68 @@
-# pymatgen 详细规则
-
-所有调用直接使用 `delta-cli science invoke`。无机化学式、组成和式量优先使用 pymatgen，不用 PubChem
-或本地元素表替代。结构 operation 必须发送完整结构文本，不能发送本地文件路径；
-支持 `cif`、`poscar`、`json`、`cssr`、`xsf`，不接收 LAMMPS data/dump。
-
-## Health
-
-operation：`health`，无 body。
-
-## Composition Parse
-
-operation：`composition-parse`。
-
-```json
-{"formula": "LiFePO4", "format": "formula"}
-```
-
-Key response fields in `data`: `valid`, `formula`, `reduced_formula`,
-`alphabetic_formula`, `anonymous_formula`, `chemical_system`,
-`number_of_atoms`, `weight`, `element_amounts`, `atomic_fractions`,
-`weight_fractions`, `error`.
-
-## Structure Parse / Summary
-
-operation：`structure-parse` 或 `structure-summary`。
-
-```json
-{"input": "<CIF text>", "format": "cif", "primitive": false}
-```
-
-Input formats: `cif`, `poscar`, `json`, `cssr`, `xsf`.
-
-Summary fields include `formula`, `reduced_formula`, `chemical_system`,
-`nsites`, `nelements`, `density`, `volume`, `lattice`, `element_amounts`, and
-`species`.
-
-## Structure Convert
-
-operation：`structure-convert`。
-
-```json
-{
-  "input": "<CIF text>",
-  "input_format": "cif",
-  "output_format": "poscar",
-  "primitive": false
-}
-```
-
-Output formats: `cif`, `poscar`, `json`, `cssr`, `xsf`.
-
-## Symmetry
-
-operation：`structure-symmetry`。
-
-```json
-{
-  "input": "<CIF text>",
-  "format": "cif",
-  "primitive": false,
-  "symprec": 0.01,
-  "angle_tolerance": 5.0
-}
-```
-
-Returns `space_group_symbol`, `space_group_number`, `crystal_system`,
-`point_group_symbol`, `hall`, and `nsites`.
+# pymatgen 详细规则
+
+所有调用直接使用 `delta-cli science invoke`。无机化学式、组成和式量优先使用 pymatgen，不用 PubChem
+或本地元素表替代。结构 operation 必须发送完整结构文本，不能发送本地文件路径；
+支持 `cif`、`poscar`、`json`、`cssr`、`xsf`，不接收 LAMMPS data/dump。
+
+## Health
+
+operation：`health`，无 body。
+
+## Composition Parse
+
+operation：`composition-parse`。
+
+```json
+{"formula": "LiFePO4", "format": "formula"}
+```
+
+Key response fields in `data`: `valid`, `formula`, `reduced_formula`,
+`alphabetic_formula`, `anonymous_formula`, `chemical_system`,
+`number_of_atoms`, `weight`, `element_amounts`, `atomic_fractions`,
+`weight_fractions`, `error`.
+
+## Structure Parse / Summary
+
+operation：`structure-parse` 或 `structure-summary`。
+
+```json
+{"input": "<CIF text>", "format": "cif", "primitive": false}
+```
+
+Input formats: `cif`, `poscar`, `json`, `cssr`, `xsf`.
+
+Summary fields include `formula`, `reduced_formula`, `chemical_system`,
+`nsites`, `nelements`, `density`, `volume`, `lattice`, `element_amounts`, and
+`species`.
+
+## Structure Convert
+
+operation：`structure-convert`。
+
+```json
+{
+  "input": "<CIF text>",
+  "input_format": "cif",
+  "output_format": "poscar",
+  "primitive": false
+}
+```
+
+Output formats: `cif`, `poscar`, `json`, `cssr`, `xsf`.
+
+## Symmetry
+
+operation：`structure-symmetry`。
+
+```json
+{
+  "input": "<CIF text>",
+  "format": "cif",
+  "primitive": false,
+  "symprec": 0.01,
+  "angle_tolerance": 5.0
+}
+```
+
+Returns `space_group_symbol`, `space_group_number`, `crystal_system`,
+`point_group_symbol`, `hall`, and `nsites`.

package/skills/delta-science/references/qe.md

@@ -0,0 +1,123 @@
+# Quantum ESPRESSO DFT 详细规则
+
+QE 用于通过 Chemistry Gateway 执行可追踪的异步 Quantum ESPRESSO 工作流。agent 只接触
+Gateway/Science Server contract，不运行本地 `pw.x`，不调用内部 QE 容器，也不提交 shell
+命令、scheduler 脚本、`pseudo_dir`、`outdir` 或主机路径。
+
+本 reference 对应 CLI 的真实工具为 `qe`。实际 `tools.name` 与 `tool_endpoints.name`
+必须逐字取自当前 CLI catalog。下列路径是 QE 服务契约，不是可直接访问的 URL，也不是
+可以自动改写的 endpoint 别名。
+
+## 能力分组
+
+| 服务路径 | 作用 | 类型 |
+| --- | --- | --- |
+| `/chem/qe/health`、`/healthz`、`/readyz` | 运行时、scheduler、存储和 PP 就绪 | 只读 |
+| `/chem/qe/v1/qe/workflow-types` | workflow catalog 和支持状态 | 只读 |
+| `/chem/qe/v1/pp-sets`、`/pp-locks/{digest}` | 已发布 PP profile/lock | 只读 |
+| `/chem/qe/v1/pp-sets:resolve` | 按 campaign 元素全集解析 PP 候选 | 只读/校验 |
+| `/chem/qe/v1/artifacts` | 上传、查询和下载结构/fixed-coordinate artifact | 文件/二进制 |
+| `/chem/qe/v1/qe/jobs` | 提交异步计算并查询 job | 远端变更 |
+| `/chem/qe/v1/qe/jobs/{job_id}/events`、`steps`、`logs`、`artifacts` | 读取作业过程和结果 | 只读 |
+| `/chem/qe/v1/qe/jobs/{job_id}:cancel`、`:retry`、`:review` | 取消、重试和科学审核 | 远端变更 |
+
+选择新 operation 时，先使用：
+
+```text
+delta-cli science list
+delta-cli science endpoints list <exact tool name>
+```
+
+再用目录返回的精确名称调用；如果 catalog 没有 schema，不猜测 operation、路径参数、
+请求头或 body。
+
+## 当前 CLI 的文件和请求头边界
+
+结构 artifact 上传需要 `application/octet-stream` 和 query metadata，QE job 提交要求
+稳定的 `Idempotency-Key`。当前通用 `delta-cli science invoke` 只有 JSON body/query 参数，
+没有原始二进制上传、multipart 或自定义请求头 flag。因此：
+
+- 只有在 Science Server 已提供明确等价 adapter 时，才可以通过 CLI 解析 PP、提交 job
+  或上传 artifact；
+- 不要把结构文本、文件路径、base64、`Idempotency-Key` 或 QE service credential 当成
+  普通业务字段发送；
+- 若目录没有 adapter，报告“当前 CLI 未暴露该 operation；未发送远端请求”，不要调用
+  公开/私有 Gateway URL 或 `qe-cloud-compute:18020`。
+
+## 新作业的正确顺序
+
+1. 读取 health；需要部署诊断时再读取 readiness，并从 workflow catalog 选择当前
+   `supported` 的 task。
+2. 计算完整 `campaign_elements` 集合，使用 `pp-sets:resolve` 得到 profile；生产作业
+   必须使用服务返回的 `pp_set_id` 与不可变 `lock_id`，不能只凭 profile 名称推断 lock。
+3. 让服务校验结构 artifact，job 只引用返回的 `sha256:<digest>` artifact ID。
+4. 用稳定幂等语义提交 `qe/jobs`；接收 `202` 只代表 accepted/queued，不代表 QE 已收敛。
+5. 轮询 job、events、steps、logs 和 artifacts；独立读取 `execution`、`solver`、
+   `scientific` 三个状态。
+6. 下载结果时校验每个 artifact 的 SHA-256，并分别报告 selected backend、资源 telemetry、
+   solver 状态、scientific review 状态和 warnings。
+
+PP 解析的最小业务数据形状如下；其中值必须来自当前服务/目录，不能填入虚构的生产 lock：
+
+```json
+{
+  "campaign_id": "si-bulk-scf-v1",
+  "campaign_elements": ["Si", "O"],
+  "workflows": ["qe.pw.scf"],
+  "explicit_mode": null
+}
+```
+
+作业的核心结构如下，`workflow_inputs` 必须遵循当前 task schema：
+
+```json
+{
+  "task": "qe.pw.scf",
+  "schema_version": "1.1",
+  "campaign_id": "si-bulk-scf-v1",
+  "campaign_elements": ["Si"],
+  "structure": {"format": "artifact", "artifact_id": "sha256:<64-hex>"},
+  "physics": {
+    "parameter_set": "<approved-parameter-set>",
+    "pp_policy": {
+      "mode": "sssp_single",
+      "pp_set_id": "<approved-pp-set>",
+      "lock_id": "sha256:<64-hex>"
+    },
+    "kpoints": [4, 4, 4]
+  },
+  "resources": {
+    "profile": "standard",
+    "nodes": 1,
+    "mpi_ranks_per_node": 1,
+    "omp_threads_per_rank": 1,
+    "walltime_seconds": 3600,
+    "gpu_policy": "cpu"
+  },
+  "client_request_id": "si-scf-v1",
+  "workflow_inputs": {}
+}
+```
+
+## CPU/GPU 与状态解释
+
+CPU 是默认策略，尤其适用于小/中型交互任务、PP/结构/审计/归档任务和成本敏感场景。
+只有用户明确要求或项目已有 GPU 预算，并且 live catalog 返回
+`gpu_support_status: "verified"` 时，才使用 `gpu`；强制 GPU 不得静默回退 CPU。只有
+结果明确返回 `selected_backend: "gpu"` 才能声称实际使用 GPU；`auto` 不是 GPU 使用证明。
+
+三个状态通道不可合并：
+
+- `execution`：prepared/submitted/queued/running/scheduler completion/cancelled/failed；
+- `solver`：not started/running/converged/not converged/failed/unknown；
+- `scientific`：unreviewed、scientifically accepted、accepted with limitations、needs
+  recalculation、not assessable、failed 或 archived。
+
+scheduler 完成不等于 solver 收敛，solver 收敛也不等于 scientific acceptance。按稳定
+错误码而不是 message 分支，重点包括 `PP_SET_INCOMPLETE`、`PP_POLICY_INCOMPATIBLE`、
+`PP_CAPABILITY_UNKNOWN`、`ARTIFACT_MISSING`、`SOLVER_NOT_CONVERGED`、
+`SCIENTIFIC_GATE_FAILED`、`RESTART_INCOMPATIBLE`、`IDEMPOTENCY_CONFLICT`、
+`EXECUTION_BACKEND_NOT_READY`、`GPU_UNSUPPORTED` 和 `GPU_UNAVAILABLE`。
+
+提交、取消、重试或审核属于远端变更，必须有用户明确授权；结果未知时禁止重试。不要把
+GPU smoke test、scheduler 日志或可解析的 QE 输出描述成科学结论或客户级性能保证。

package/skills/delta-science/references/rdkit.md

@@ -1,138 +1,138 @@
-# RDKit 详细规则
-
-只能通过 `delta-cli science invoke` 调用。以下业务响应位于 CLI 顶层 `data`；只按本文件
-说明读取字段，不得递归搜索。这里只记录 operation schema，不授权直接 HTTP。
-
-一个请求只执行完成目标所需的最少调用。同时校验、规范化并计算基础描述符时使用一次
-`batch-parse-describe`，payload 使用 `molecules:[{id,smiles}]`，不得拆成 parse 和
-descriptors。多个分子的全对相似度使用一次 `similarity-matrix`；排名字段固定为
-`a`、`b`、`similarity`，不是 `i`、`j`、`score`。
-
-只报告业务响应实际存在的描述符。渲染 PNG 时只解码文档指定字段，并验证字节以
-`89 50 4e 47 0d 0a 1a 0a` 开头；不得把 JSON envelope 保存成图片。
-
-## Health
-
-operation：`health`，无 body。
-
-## Parse
-
-operation：`parse`。
-
-```json
-{"input": "CCO", "format": "smiles", "sanitize": true}
-```
-
-Formats: `smiles`, `inchi`, `molblock`.
-
-Key response fields in `data`: `valid`, `canonical_smiles`, `formula`,
-`molecular_weight`, `exact_molecular_weight`, `inchi_key`, `atom_count`,
-`heavy_atom_count`, `bond_count`, `warnings`, `error`.
-
-## Descriptors
-
-operation：`descriptors`。
-
-```json
-{"smiles": "CCO", "descriptor_set": "basic", "sanitize": true}
-```
-
-`descriptor_set` currently supports `basic`. Descriptor keys include `Formula`,
-`MolWt`, `ExactMolWt`, `HeavyAtomMolWt`, `TPSA`, `MolLogP`, `NumHDonors`,
-`NumHAcceptors`, `NumRotatableBonds`, `RingCount`, `FractionCSP3`,
-`HeavyAtomCount`, `AtomCount`, and `BondCount`.
-
-## Batch Descriptors
-
-operation：`batch-descriptors`。
-
-```json
-{"smiles": ["CCO", "c1ccccc1"], "descriptor_set": "basic", "sanitize": true}
-```
-
-Limits: 1-500 SMILES.
-
-## Batch Parse Describe
-
-operation：`batch-parse-describe`。
-
-```json
-{
-  "molecules": [
-    {"id": "aspirin", "smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O"},
-    {"id": "caffeine", "smiles": "Cn1cnc2c1c(=O)n(C)c(=O)n2C"}
-  ],
-  "descriptor_set": "basic",
-  "fingerprint": {"type": "morgan", "radius": 2, "n_bits": 2048},
-  "sanitize": true
-}
-```
-
-Limits: 1-500 molecules. Returns per-item `valid`, `canonical_smiles`, parse
-fields, `descriptors`, optional `fingerprint_metadata`, `on_bits`, `bit_count`,
-`warnings`, and `error`.
-
-## Render
-
-operation：`render`。
-
-```json
-{"smiles": "CCO", "image_format": "svg", "width": 450, "height": 320}
-```
-
-Image formats: `svg`, `png`. SVG returns text; PNG returns base64.
-Width/height range: 150-2000.
-
-## Fingerprint
-
-operation：`fingerprint`。
-
-```json
-{"smiles": "CCO", "radius": 2, "n_bits": 2048}
-```
-
-Morgan fingerprint parameters: `radius` 1-6, `n_bits` 128-8192.
-
-## Similarity
-
-operation：`similarity`。
-
-```json
-{"query_smiles": "CCO", "target_smiles": "CCCO", "radius": 2, "n_bits": 2048}
-```
-
-Returns Tanimoto similarity.
-
-## Similarity Matrix
-
-operation：`similarity-matrix`。
-
-```json
-{
-  "molecules": [
-    {"id": "aspirin", "smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O"},
-    {"id": "ibuprofen", "smiles": "CC(C)Cc1ccc(cc1)[C@@H](C)C(=O)O"}
-  ],
-  "fingerprint": {"type": "morgan", "radius": 2, "n_bits": 2048},
-  "sanitize": true
-}
-```
-
-Returns `matrix` in input order and `ranked_pairs` sorted by descending
-Tanimoto similarity. Each ranked record is named, not index-based:
-
-```json
-{"a":"aspirin","b":"ibuprofen","similarity":0.195122}
-```
-
-Do not expect `i`, `j`, or `score` fields.
-
-## Substructure
-
-operation：`substructure`。
-
-```json
-{"query_smarts": "c1ccccc1", "target_smiles": ["c1ccccc1", "CCO"]}
-```
-
-Limits: SMARTS max length 5000; target list size 1-500.
+# RDKit 详细规则
+
+只能通过 `delta-cli science invoke` 调用。以下业务响应位于 CLI 顶层 `data`；只按本文件
+说明读取字段，不得递归搜索。这里只记录 operation schema，不授权直接 HTTP。
+
+一个请求只执行完成目标所需的最少调用。同时校验、规范化并计算基础描述符时使用一次
+`batch-parse-describe`，payload 使用 `molecules:[{id,smiles}]`，不得拆成 parse 和
+descriptors。多个分子的全对相似度使用一次 `similarity-matrix`；排名字段固定为
+`a`、`b`、`similarity`，不是 `i`、`j`、`score`。
+
+只报告业务响应实际存在的描述符。渲染 PNG 时只解码文档指定字段，并验证字节以
+`89 50 4e 47 0d 0a 1a 0a` 开头；不得把 JSON envelope 保存成图片。
+
+## Health
+
+operation：`health`，无 body。
+
+## Parse
+
+operation：`parse`。
+
+```json
+{"input": "CCO", "format": "smiles", "sanitize": true}
+```
+
+Formats: `smiles`, `inchi`, `molblock`.
+
+Key response fields in `data`: `valid`, `canonical_smiles`, `formula`,
+`molecular_weight`, `exact_molecular_weight`, `inchi_key`, `atom_count`,
+`heavy_atom_count`, `bond_count`, `warnings`, `error`.
+
+## Descriptors
+
+operation：`descriptors`。
+
+```json
+{"smiles": "CCO", "descriptor_set": "basic", "sanitize": true}
+```
+
+`descriptor_set` currently supports `basic`. Descriptor keys include `Formula`,
+`MolWt`, `ExactMolWt`, `HeavyAtomMolWt`, `TPSA`, `MolLogP`, `NumHDonors`,
+`NumHAcceptors`, `NumRotatableBonds`, `RingCount`, `FractionCSP3`,
+`HeavyAtomCount`, `AtomCount`, and `BondCount`.
+
+## Batch Descriptors
+
+operation：`batch-descriptors`。
+
+```json
+{"smiles": ["CCO", "c1ccccc1"], "descriptor_set": "basic", "sanitize": true}
+```
+
+Limits: 1-500 SMILES.
+
+## Batch Parse Describe
+
+operation：`batch-parse-describe`。
+
+```json
+{
+  "molecules": [
+    {"id": "aspirin", "smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O"},
+    {"id": "caffeine", "smiles": "Cn1cnc2c1c(=O)n(C)c(=O)n2C"}
+  ],
+  "descriptor_set": "basic",
+  "fingerprint": {"type": "morgan", "radius": 2, "n_bits": 2048},
+  "sanitize": true
+}
+```
+
+Limits: 1-500 molecules. Returns per-item `valid`, `canonical_smiles`, parse
+fields, `descriptors`, optional `fingerprint_metadata`, `on_bits`, `bit_count`,
+`warnings`, and `error`.
+
+## Render
+
+operation：`render`。
+
+```json
+{"smiles": "CCO", "image_format": "svg", "width": 450, "height": 320}
+```
+
+Image formats: `svg`, `png`. SVG returns text; PNG returns base64.
+Width/height range: 150-2000.
+
+## Fingerprint
+
+operation：`fingerprint`。
+
+```json
+{"smiles": "CCO", "radius": 2, "n_bits": 2048}
+```
+
+Morgan fingerprint parameters: `radius` 1-6, `n_bits` 128-8192.
+
+## Similarity
+
+operation：`similarity`。
+
+```json
+{"query_smiles": "CCO", "target_smiles": "CCCO", "radius": 2, "n_bits": 2048}
+```
+
+Returns Tanimoto similarity.
+
+## Similarity Matrix
+
+operation：`similarity-matrix`。
+
+```json
+{
+  "molecules": [
+    {"id": "aspirin", "smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O"},
+    {"id": "ibuprofen", "smiles": "CC(C)Cc1ccc(cc1)[C@@H](C)C(=O)O"}
+  ],
+  "fingerprint": {"type": "morgan", "radius": 2, "n_bits": 2048},
+  "sanitize": true
+}
+```
+
+Returns `matrix` in input order and `ranked_pairs` sorted by descending
+Tanimoto similarity. Each ranked record is named, not index-based:
+
+```json
+{"a":"aspirin","b":"ibuprofen","similarity":0.195122}
+```
+
+Do not expect `i`, `j`, or `score` fields.
+
+## Substructure
+
+operation：`substructure`。
+
+```json
+{"query_smarts": "c1ccccc1", "target_smiles": ["c1ccccc1", "CCO"]}
+```
+
+Limits: SMARTS max length 5000; target list size 1-500.