@delta-infra/cli 1.0.79 → 1.0.80

package/skills/delta-science/references/services.md

@@ -1,112 +0,0 @@
-# 服务与参数参考
-
-只读取当前所选服务对应的部分。下文中的 endpoint 是 Delta CLI catalog 名称，不是 URL 路径。
-
-## PubChem
-
-Tool：`pubchem`。
-
-- 普通名称查询：`compound-summary`，data 为 `{"identifier":"caffeine","namespace":"name"}`。
-- 批量查询：`compound-batch-summary`。模糊的多分子比较必须严格使用 `{"identifiers":["aspirin","caffeine"],"namespace":"name"}`。
-- 批量查询不要添加 `properties` 或 `synonym_limit`，尤其不能把 `CID` 放进 `properties`。
-- 其他 operation：`compound-resolve-cids`、`compound-properties`、`compound-synonyms`。
-
-单个 `compound-summary` 的业务字段直接位于 wrapper 的 `native` 顶层：读取
-`native.valid`、`native.cid`、`native.properties` 和 `native.synonyms`；不存在
-`native.data` 这一层。
-
-模糊问题优先使用 summary。按 `CanonicalSMILES`、`ConnectivitySMILES`、`SMILES`、`IsomericSMILES` 的顺序提取 SMILES。PubChem 返回的 `MolecularWeight`、`XLogP` 和 `TPSA` 必须保留为 PubChem 数据。
-
-批量 native 输出为 `{"results":[...]}`。每条记录用 `input` 保存原始标签，化合物字段位于嵌套的 `properties`；记录不是平铺结构，集合键也不是 `compounds`。
-
-## RDKit
-
-Tool：`rdkit`。
-
-- `parse`：`{"input":"CCO","format":"smiles"}`
-- `descriptors`：`{"smiles":"CCO","descriptor_set":"basic","sanitize":true}`
-- `batch-parse-describe`：`{"molecules":[{"id":"ethanol","smiles":"CCO"}],"descriptor_set":"basic","sanitize":true}`
-- `render`：`{"smiles":"CCO","image_format":"png","width":500,"height":400}`
-- `similarity`：使用 `query_smiles` 和 `target_smiles`
-- `similarity-matrix`：使用 `molecules:[{id,smiles}]`
-- `substructure`：使用 `query_smarts` 和 `target_smiles`
-
-`batch-parse-describe` 使用 `molecules`，不能用 `inputs`；分子字段使用 `smiles`，不能用 `input`。fingerprint 选项是对象，不是布尔值。PubChem `XLogP` 与 RDKit `MolLogP` 使用不同模型。
-
-`similarity-matrix` 的 `ranked_pairs` 每项是
-`{"a": <输入 id>, "b": <输入 id>, "similarity": <数值>}`。不要读取
-`i`、`j` 或 `score`。
-
-## pymatgen
-
-Tool：`pymatgen`。
-
-- 化学式：`composition-parse`，data 为 `{"formula":"LiFePO4","format":"formula"}`
-- 结构 operation：`structure-parse`、`structure-summary`、`structure-convert`、`structure-symmetry`
-
-结构调用必须发送完整结构文本，不能发送本地文件路径。支持 CIF、POSCAR、JSON、CSSR 和 XSF。不要把 LAMMPS data/dump 文件交给 pymatgen。
-
-对无机化学式/式量，只报告当前 native 的 `formula`、`reduced_formula`、
-`chemical_system`、`weight` 与元素组成。PubChem 未收录时保留 `not_found`，
-不要编造 CID 或用本地计算补值。
-
-## GSAS-II
-
-Tool：`gsasii`；operation 为 `powder-simulate` 和 `powder-refine`。
-
-模拟需要完整 `cif` 文本。字段必须使用 `phase_name`、`include_profile`、`include_reflections`、`t_min`、`t_max` 和 `t_step`。
-
-精修需要真实的 `powder_data`、`instrument_parameters` 和 `phases:[{name,cif}]`。依赖模拟结果时，只能从成功调用的 native `profile[*].x` 和 `profile[*].y_calc` 构造粉末数据。
-
-## LAMMPS
-
-Tool：`lammps`。
-
-- 只读有界示例：`lj-melt-example`，无参数
-- 执行：`run`，参数必须是示例返回的精确 native `request`，或用户明确授权的 `input_script`/files
-
-绝不能把 CLI 外层信封传给 `run`，只能传 `native["request"]`。LAMMPS 不会自动推断力场。交互式运行必须保持有界。
-
-最小示例最终数值从当前 native `last_thermo` 读取；逐字保留 `Step`、`Temp`
-和 `TotEng`，不要除以原子数、换算单位或推测收敛性。
-
-## Delta-BO
-
-Tool：`delta-bo`。
-
-- 命令目录：`commands`，无参数
-- 无状态建议：`generate`，例如 `{"params":[{"name":"x","type":"numeric","low":0,"high":1}],"num_suggestions":2,"algorithm":"random-search","seed":42}`
-
-观测少于五条时，除非用户明确要求 BO，否则优先使用 `random-search`。有状态 native session 命令属于变更操作，不能盲目重试。
-
-## LDM-BO
-
-Tool：`ldm-bo`；operation 为 `recommend` 和 `trajectory`。
-
-有界测试使用 `bo-tanimoto`。`recommend` 接受 `method`、`pool`、`history:[{smiles,scores}]` 和 `batch_size`。`trajectory` 必须保留 native 连字符字段：`seed-smiles`、`num-evaluations` 和 `batch-size`。
-
-## SynBO
-
-Tool：`synbo`；operation 为 `initialize` 和 `optimize`。
-
-二者都使用 `condition_dict`、`opt_metrics` 和 `batch_size`。`optimize` 还要求数值型 `previous_results`，且每条记录必须包含全部条件和指标。有界 CPU 测试使用 `accuracy:"tiny"` 和 `device:"cpu"`，并串行执行。
-
-有真实 `previous_results` 的优化请求使用一次 `optimize`；每行必须包含全部条件列和
-数值指标。失败、超时或空 recommendations 时如实报告，禁止本地替代优化。
-
-## AntBO
-
-Tool：`antbo`。
-
-当前 CLI catalog 暴露 `health`、`run-default-job`、`run`、`log`、`jobs` 和
-`stop`；准确参数见 `operation-contracts.md`。没有 `ldm/suggest`、
-`ldm/initialize`、`ldm/evaluate`。遇到 AntBO/CDRH3 的这些 LDM 请求时不要调用工具、
-不要改用小分子 LDM-BO、不要探测目录或直连 HTTP；明确回复“当前 Delta CLI catalog
-未暴露该 operation；未发送远端请求”。
-
-启动作业只能根据同一次 native 的 `started`、`pid` 和 `log_name`/`log_path`
-报告；任一字段缺失时标记为未验证，不要重复提交或编造作业信息。
-
-`health`、`log`、`jobs` 是只读调用。`run-default-job`、`run`、`stop` 会改变远端状态；
-`run-default-job` 的 `log_name`、`append`、`timeout_seconds` 使用 `--params-json`。
-没有用户明确授权时不得启动或停止；未知结果不得重试。

package/skills/delta-science/scripts/generated_catalog.py

@@ -1,69 +0,0 @@
-"""Generated Science catalog aliases. Do not edit by hand."""
-
-LEGACY_TOOL_ALIASES = {
-    "synbo": "synbo-service",
-    "antbo": "antbo-service",
-}
-
-LEGACY_ENDPOINTS = {
-    "pubchem": {
-        "health": "chem_pubchem_health",
-        "compound-resolve-cids": "chem_pubchem_compound_resolve-cids",
-        "compound-properties": "chem_pubchem_compound_properties",
-        "compound-synonyms": "chem_pubchem_compound_synonyms",
-        "compound-summary": "chem_pubchem_compound_summary",
-        "compound-batch-summary": "chem_pubchem_compound_batch-summary",
-    },
-    "rdkit": {
-        "health": "chem_rdkit_health",
-        "parse": "chem_rdkit_parse",
-        "descriptors": "chem_rdkit_descriptors",
-        "batch-descriptors": "chem_rdkit_batch-descriptors",
-        "batch-parse-describe": "chem_rdkit_batch-parse-describe",
-        "render": "chem_rdkit_render",
-        "fingerprint": "chem_rdkit_fingerprint",
-        "similarity": "chem_rdkit_similarity",
-        "similarity-matrix": "chem_rdkit_similarity-matrix",
-        "substructure": "chem_rdkit_substructure",
-    },
-    "pymatgen": {
-        "health": "chem_pymatgen_health",
-        "composition-parse": "chem_pymatgen_composition_parse",
-        "structure-parse": "chem_pymatgen_structure_parse",
-        "structure-summary": "chem_pymatgen_structure_summary",
-        "structure-convert": "chem_pymatgen_structure_convert",
-        "structure-symmetry": "chem_pymatgen_structure_symmetry",
-    },
-    "gsasii": {
-        "health": "chem_gsasii_health",
-        "powder-simulate": "chem_gsasii_powder_simulate",
-        "powder-refine": "chem_gsasii_powder_refine",
-    },
-    "lammps": {
-        "health": "chem_lammps_health",
-        "lj-melt-example": "chem_lammps_examples_lj-melt",
-        "run": "chem_lammps_run",
-    },
-    "delta-bo": {
-        "commands": "chem_delta-bo_commands",
-        "generate": "chem_delta-bo_generate",
-    },
-    "ldm-bo": {
-        "health": "chem_ldm-bo_health",
-        "recommend": "chem_ldm-bo_recommend",
-        "trajectory": "chem_ldm-bo_trajectory",
-    },
-    "synbo": {
-        "health": "chem_synbo_health",
-        "initialize": "chem_synbo_initialize",
-        "optimize": "chem_synbo_optimize",
-    },
-    "antbo": {
-        "health": "biology_antbo_health",
-        "run-default-job": "biology_antbo_run_default_job",
-        "run": "biology_antbo_run",
-        "log": "biology_antbo_log",
-        "jobs": "biology_antbo_jobs",
-        "stop": "biology_antbo_stop",
-    },
-}

package/skills/gsasii/SKILL.md

@@ -1,42 +0,0 @@
----
-name: gsasii
-description: 当用户要求使用真实 CIF 模拟粉末 XRD/中子衍射，或使用真实粉末数据、仪器参数与相模型执行 GSAS-II Rietveld 精修时使用。所有实时请求只走 Delta CLI wrapper；禁止伪造 CIF、粉末数据或仪器文件。
-metadata:
-  allowed-tools:
-    - read_file
-    - python_repl
-    - step_finish
----
-
-# GSAS-II 服务
-
-## 强制规则
-
-- 第一个且唯一实时执行工具是 `python_repl`，通过
-  `$SKILLS_ROOT/delta-science/scripts/invoke.py`，tool=`gsasii`。
-- `python_repl` 工具参数只能包含 `code`，禁止 `deps/dependencies/packages`。
-- 禁止 Bash、目录/路径探测、字面 CLI 命令、直接 HTTP 和本地 GSAS-II。
-- 业务结果直接位于 `r["native"]`，禁止 `native.data`。
-- 输入不是 CIF 时先由 pymatgen 成功转换；精修必须有真实 powder data、真实
-  instrument parameters 和真实 phase CIF，任何失败都不得用合成数据补齐。
-
-## operation 选择
-
-- `health`：明确检查服务状态，无 body。
-- `powder-simulate`：最小有界请求包含 `cif`、`phase_name`、`radiation:"CuKa"`、
-  `t_min/t_max/t_step`、profile/reflection 开关和上限；`t_step` 与 `n_points` 二选一。
-- `powder-refine`：包含 `powder_data`、`powder_format`、
-  `instrument_parameters`、`phases:[{name,cif}]`、`refinement_mode:"rietveld"`、
-  `refinement_steps`、`max_cycles` 和有界输出上限。
-
-完整最小 payload 与字段见同级 `references/endpoints.md`。`pawley`/`lebail` 在当前
-服务未实现时原样报告，不改成 rietveld。长 profile/reflections/project 不在最终答复
-展开，只报告点数、范围、残差、警告和用户要求的有界字段。
-
-## 调用与完成
-
-在一个 `python_repl` 中用 `subprocess.run(..., shell=False)` 调 wrapper，使用
-`--data-json`（health 省略），校验退出码、`ok=true`、`transport="delta-cli"`，
-显式打印从 native 投影的有界 JSON。成功后立即
-`step_finish(status="done", summary=<同一 JSON>)`；失败则 `status="failed"`。
-只调用一次，不调试打印，不自动重试。

package/skills/gsasii/agents/openai.yaml

@@ -1,4 +0,0 @@
-interface:
-  display_name: "GSAS-II 衍射分析"
-  short_description: "通过 Delta CLI 进行粉末衍射模拟或 Rietveld 精修"
-  default_prompt: "使用 $gsasii 完成这项粉末衍射模拟或精修任务。"

package/skills/lammps/SKILL.md

@@ -1,39 +0,0 @@
----
-name: lammps
-description: 当用户要求检查 LAMMPS 服务、运行部署自带的有界 LJ melt 示例，或使用明确的 LAMMPS input/data/force-field 配置执行分子动力学、最小化并读取 thermo/log/dump/data 输出时使用。所有实时调用只走 Delta CLI；成功执行不代表物理收敛或生产可用。
-metadata:
-  allowed-tools:
-    - read_file
-    - python_repl
-    - step_finish
----
-
-# LAMMPS 服务
-
-## 强制规则
-
-- 第一个且唯一实时执行工具是 `python_repl`，通过
-  `$SKILLS_ROOT/delta-science/scripts/invoke.py`，tool=`lammps`。
-- `python_repl` 工具参数只能包含 `code`，禁止 `deps/dependencies/packages`。
-- 禁止 Bash、路径探测、字面 CLI 命令、直接 HTTP、本地 LAMMPS 和本地回归替代。
-- 业务结果是 `r["native"]`，禁止 `native.data` 或把外层 envelope 交给 `run`。
-- LAMMPS 不从化学式、CIF 或 POSCAR 自动推断 data、原子类型、势函数与边界条件。
-
-## operation 选择
-
-- `health`：明确健康检查，无 body。
-- `lj-melt-example`：返回部署自带的精确 `native["request"]`，本身不执行模拟。
-- `run`：只接受前一步已验证的 `native["request"]`，或用户明确提供的
-  `input_script`、相对路径 `files`、timeout 与有界输出设置。
-
-用户说“用最小示例测试 LAMMPS”时，在同一个 `python_repl` 中严格执行两次依赖调用：
-先 `lj-melt-example`，再把其 `request` 原样作为 `run` 的 `--data-json`。不增加 health、
-日志探测或本地可执行文件检查。普通明确 run 只调用一次。
-
-最终只逐字复制当前 native 的 `last_thermo`、final step/temperature/total energy、
-warnings 和用户要求的输出文件摘要。禁止能量除以原子数、换算单位、替换步数或推断
-收敛性/稳定性。详细 run schema 见 `references/endpoints.md`。
-
-显式打印有界 JSON 后立即调用
-`step_finish(status="done", summary=<同一 JSON>)` 恰好一次；失败或 timeout 调用
-`step_finish(status="failed", summary=<原始错误短摘要>)`，禁止重试和后续工具。

package/skills/lammps/agents/openai.yaml

@@ -1,4 +0,0 @@
-interface:
-  display_name: "LAMMPS 分子动力学"
-  short_description: "通过 Delta CLI 运行有界分子动力学和能量最小化"
-  default_prompt: "使用 $lammps 运行这项分子动力学任务并报告关键结果。"

package/skills/ldm-bo/SKILL.md

@@ -1,35 +0,0 @@
----
-name: ldm-bo
-description: 当用户要求对小分子 SMILES 使用 LDM-BO/PDF2Dock、Vina+NN、ReaSyn，生成下一条小分子候选或运行分子 BO trajectory 时使用。不得用于抗体、CDRH3、AntBO 或 /biology/antbo 场景；这些场景必须路由 antbo-service。
-metadata:
-  allowed-tools:
-    - read_file
-    - python_repl
-    - step_finish
----
-
-# 小分子 LDM-BO 服务
-
-## 强制规则
-
-- 只用 `python_repl` 执行 `$SKILLS_ROOT/delta-science/scripts/invoke.py`，
-  tool=`ldm-bo`；禁止 Bash、路径探测、字面 CLI、直接 HTTP 和本地 PDF2Dock。
-- `python_repl` 工具参数只能包含 `code`，禁止 `deps/dependencies/packages`。
-- 业务结果直接位于 `r["native"]`，禁止 `native.data`。
-- provider、模型路径、Vina/ReaSyn/GPU/LLM 配置由服务端注入，不放入请求 JSON。
-- 抗体/CDRH3 即使出现 “LDM” 也禁止调用本 Skill。
-
-## operation 选择
-
-- `health`：检查 PDF2Dock/Vina/ReaSyn/NN/LLM 等部署依赖，无 body。
-- `recommend`：`method`、小分子 `pool`、真实
-  `history:[{smiles,scores}]`、`batch_size`。
-- `trajectory`：保留连字符键 `seed-smiles`、`num-evaluations`、`batch-size`，以及
-  method、seed、objective；有界 smoke 使用 `bo-tanimoto` 和很小 evaluation 数。
-
-详细最小 payload 和 native 响应见 `references/endpoints.md`。缺 Vina、ReaSyn、模型或
-LLM 配置时原样报告后端错误，不切换方法或本地生成候选。
-
-通过 wrapper 调用一次并显式打印有界 native 投影；成功后立即
-`step_finish(status="done", summary=<同一 JSON>)`，失败则
-`step_finish(status="failed", summary=<原始错误短摘要>)`。禁止重试和后续工具。

package/skills/ldm-bo/agents/openai.yaml

@@ -1,4 +0,0 @@
-interface:
-  display_name: "LDM-BO 小分子优化"
-  short_description: "通过 Delta CLI 生成小分子候选或执行分子优化轨迹"
-  default_prompt: "使用 $ldm-bo 为这个小分子任务推荐下一条候选。"

package/skills/pubchem/SKILL.md

@@ -1,93 +0,0 @@
----
-name: pubchem
-description: 当用户给出化学品、分子、药物名称并询问 CID、同义词、分子式、分子量、SMILES、InChI、IUPAC 名、XLogP、TPSA 或供受体数量时使用；也用于在 RDKit 前批量把名称解析为 SMILES。所有实时请求只走 Delta CLI wrapper，并以当前 WORKSPACE_ROOT 下的有界 JSON 作为权威交接产物。
-metadata:
-  allowed-tools:
-    - read_file
-    - python_repl
-    - step_finish
----
-
-# PubChem 服务
-
-## 强制执行规则
-
-1. 第一个且唯一实时执行工具是 `python_repl`，直接执行
-   `$SKILLS_ROOT/delta-science/scripts/invoke.py`。
-   调用 `python_repl` 时工具参数对象只能包含 `code`；禁止传入 `deps`、
-   `dependencies`、`packages` 或其他参数。
-2. `SKILLS_ROOT` 只通过 `os.environ["SKILLS_ROOT"]` 读取；禁止 Bash、
-   `list_dir/read_file/which/where/ls`、wrapper 检查和路径探测。
-3. 禁止执行字面命令 `CLI/cli/delta-cli`，禁止 curl、requests、httpx、浏览器、
-   PUG-REST 和本地替代。
-4. wrapper 已解包所有 envelope，业务结果直接位于 `r["native"]`；禁止
-   `native.data` 和递归找值。
-5. 不先调用 health/schema，不为“验证”重复同一请求。
-
-## 单化合物默认模板
-
-```python
-import json, os, subprocess, sys
-from pathlib import Path
-wrapper=os.path.join(os.environ["SKILLS_ROOT"],"delta-science","scripts","invoke.py")
-payload={"identifier":"aspirin","namespace":"name"}
-p=subprocess.run([sys.executable,wrapper,"--tool","pubchem","--endpoint","compound-summary",
-                  "--data-json",json.dumps(payload)],capture_output=True,text=True,
-                 encoding="utf-8",errors="replace",shell=False,timeout=150)
-if p.returncode != 0: raise RuntimeError(p.stderr or p.stdout)
-r=json.loads(p.stdout)
-if r.get("ok") is not True or r.get("transport")!="delta-cli": raise RuntimeError(r)
-n=r["native"]; x=n["properties"]
-out={"transport":r["transport"],"endpoint":r["endpoint"],"valid":n["valid"],
-     "cid":n.get("cid") or x.get("CID"),"canonical_smiles":x.get("CanonicalSMILES"),
-     "molecular_formula":x.get("MolecularFormula"),
-     "molecular_weight":x.get("MolecularWeight")}
-output_path=Path(os.environ["WORKSPACE_ROOT"])/"pubchem_result.json"
-output_path.write_text(json.dumps(out,ensure_ascii=False,indent=2),encoding="utf-8")
-print(json.dumps({"output_ref":str(output_path),"result":out},ensure_ascii=False))
-```
-
-`out` 只保留用户要求的字段。逐字复制返回值：不得改写等价 SMILES、给公式加排版、
-给数值加单位、添加 URL/链接/用途/机制或未请求属性。
-
-## operation 选择
-
-- 一个名称的基础信息：一次 `compound-summary`。
-- 两个及以上名称：一次 `compound-batch-summary`，body 只用
-  `{"identifiers":[...],"namespace":"name"}`。
-- 只解析 CID、只查属性或同义词：分别使用 `compound-resolve-cids`、
-  `compound-properties`、`compound-synonyms`。
-- 每个 operation 的准确情景、payload 和投影见
-  `references/operations.md`；复杂字段再看 `references/endpoints.md`。
-
-批量结果从 `native.results[*]` 读取，原标签是 `input`，化合物字段在嵌套
-`properties`。SMILES 回退顺序固定为：
-
-```text
-CanonicalSMILES || ConnectivitySMILES || SMILES || IsomericSMILES
-```
-
-无机材料化学式、组成和式量路由 pymatgen；PubChem not_found 原样保留，不编造 CID
-或本地补算。PubChem `XLogP` 与 RDKit `MolLogP` 不得互换。
-
-成功写入有界 JSON 后，用其中的原始字符串和数值构造无 Markdown、无单位的最终文本，
-并立即调用 `step_finish` 恰好一次。例如：
-
-```text
-【最终答案，必须逐字转发】
-CID: 2244
-规范 SMILES: CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O
-分子式: C9H8O4
-分子量: 180.16
-```
-
-`status="done"`，`summary` 第一行必须逐字为 `【最终答案，必须逐字转发】`，其余行
-逐字使用当前 out；`output_ref` 必须是刚写入的绝对 `pubchem_result.json` 路径。
-不得使用示例固定值。缺少首行或 output_ref 时不得结束步骤。
-Skill 自身的 final_response 和外层 Memento 都必须逐字复制 summary，包括大小写和标点，
-不得改成 Markdown/LaTeX、另一种等价 SMILES、添加单位、链接或说明。失败时调用
-`step_finish(status="failed", summary=<原始错误短摘要>)`。调用后禁止自由文本和工具。
-
-具名 Skill 返回后，外层若需要核验只能对 `output_ref` 使用一次原子 `read_file`；禁止
-`python_repl`、`list_dir`、路径探测或再次调用 PubChem/Science。该文件只是当前会话的
-内部证据交接，不是用户要求的额外交付物。

package/skills/pubchem/agents/openai.yaml

@@ -1,4 +0,0 @@
-interface:
-  display_name: "PubChem 化合物查询"
-  short_description: "通过 Delta CLI 查询化合物身份、结构与公共性质"
-  default_prompt: "使用 $pubchem 查询这个化合物的基础身份和分子性质。"

package/skills/pubchem/references/operations.md

@@ -1,41 +0,0 @@
-# PubChem operation 契约
-
-先使用 `SKILL.md` 的唯一 wrapper 模板。下面每行都是对应 operation 的最小设置；
-wrapper 成功后的业务结果均为 `r["native"]`，不是 `native.data`。执行一次后调用
-`step_finish`，不得重复调用。
-
-## health
-
-- 情景：用户明确询问 PubChem 服务是否可用。
-- 代码：`endpoint="health"; data=None; params=None`
-- 投影：只保留 `status`、可用性、metadata、limits、warnings 中实际存在的字段。
-
-## compound-resolve-cids
-
-- 情景：把名称、SMILES、InChI 等标识符解析为 CID 列表。
-- 代码：`endpoint="compound-resolve-cids"; data={"identifier":"aspirin","namespace":"name","max_records":20}; params=None`
-- 投影：输入标签、有效性、CID 列表和错误。
-
-## compound-properties
-
-- 情景：已有标识符，只要求指定 PubChem 属性。
-- 代码：`endpoint="compound-properties"; data={"identifier":"aspirin","namespace":"name","properties":["MolecularFormula","MolecularWeight"]}; params=None`
-- 投影：只复制本次返回的 CID、请求属性、aliases、valid/error。
-
-## compound-synonyms
-
-- 情景：查询一个化合物的同义词。
-- 代码：`endpoint="compound-synonyms"; data={"identifier":"aspirin","namespace":"name","max_synonyms":5}; params=None`
-- 投影：CID、有效性和最多用户要求数量的 synonyms。
-
-## compound-summary
-
-- 情景：一个已命名分子的 CID、SMILES、分子式、分子量等基础属性。
-- 代码：`endpoint="compound-summary"; data={"identifier":"aspirin","namespace":"name"}; params=None`
-- 投影：`native.valid`、`native.cid` 与 `native.properties` 中用户要求的键。
-
-## compound-batch-summary
-
-- 情景：一次解析两个或更多名称，供后续比较或 RDKit 使用。
-- 代码：`endpoint="compound-batch-summary"; data={"identifiers":["aspirin","caffeine"],"namespace":"name"}; params=None`
-- 投影：`native.results[*]` 的 `input`、valid/error 及嵌套 `properties`；不得加 `properties` 或 `synonym_limit` 请求字段。

package/skills/pymatgen/SKILL.md

@@ -1,54 +0,0 @@
----
-name: pymatgen
-description: 当用户需要解析材料化学式与组成、计算式量、解析或总结 CIF/POSCAR/JSON/CSSR/XSF 晶体结构、转换结构格式或分析空间群和对称性时使用。所有实时请求只走 Delta CLI wrapper；无机化学式优先使用本 Skill，不用 PubChem 或本地元素表替代。
-metadata:
-  allowed-tools:
-    - read_file
-    - python_repl
-    - step_finish
----
-
-# pymatgen 服务
-
-## 强制规则
-
-- 第一个且唯一实时执行工具是 `python_repl`；直接执行
-  `$SKILLS_ROOT/delta-science/scripts/invoke.py`，tool 固定为 `pymatgen`。
-- `python_repl` 工具参数只能包含 `code`，禁止 `deps/dependencies/packages`。
-- `SKILLS_ROOT` 只通过 `os.environ` 读取。禁止 Bash、目录/路径探测、字面 CLI
-  命令、直接 HTTP 和本地 pymatgen。
-- wrapper 成功后的业务结果是 `r["native"]` 顶层，禁止 `native.data`。
-- 结构接口必须发送完整结构文本，不能发送本地文件路径；只支持
-  `cif/poscar/json/cssr/xsf`，不接收 LAMMPS data/dump。
-
-## wrapper 模板
-
-```python
-import json, os, subprocess, sys
-wrapper=os.path.join(os.environ["SKILLS_ROOT"],"delta-science","scripts","invoke.py")
-p=subprocess.run([sys.executable,wrapper,"--tool","pymatgen","--endpoint",endpoint,
-                  "--data-json",json.dumps(payload)],capture_output=True,text=True,shell=False)
-if p.returncode != 0: raise RuntimeError(p.stderr or p.stdout)
-r=json.loads(p.stdout)
-if r.get("ok") is not True or r.get("transport")!="delta-cli": raise RuntimeError(r)
-n=r["native"]
-print(json.dumps(out,ensure_ascii=False))
-```
-
-`out` 必须从 `n` 投影，不得用记忆补值。
-
-## operation 选择
-
-- `health`：明确健康检查；省略 `--data-json`。
-- `composition-parse`：`{"formula":"LiFePO4","format":"formula"}`。
-- `structure-parse`：`{"input":结构文本,"format":"cif","primitive":false}`。
-- `structure-summary`：同上，用于 formula、density、volume、lattice、species。
-- `structure-convert`：`{"input":结构文本,"input_format":"cif","output_format":"poscar","primitive":false}`。
-- `structure-symmetry`：`{"input":结构文本,"format":"cif","primitive":false,"symprec":0.01,"angle_tolerance":5.0}`。
-
-详细 native 字段见 `references/endpoints.md`。一个请求只调用所需 operation；无机式量
-只报告当前 native 的 `weight`，PubChem not_found 不得改写或本地补算。
-
-成功打印有界 JSON 后立即调用 `step_finish(status="done", summary=<同一 JSON>)`
-恰好一次；失败时调用 `step_finish(status="failed", summary=<原始错误短摘要>)`。
-调用后不得输出自由文本或使用其他工具。

package/skills/pymatgen/agents/openai.yaml

@@ -1,4 +0,0 @@
-interface:
-  display_name: "pymatgen 材料分析"
-  short_description: "通过 Delta CLI 解析材料组成、晶体结构和空间群"
-  default_prompt: "使用 $pymatgen 分析这个材料的组成或晶体结构。"

package/skills/rdkit/SKILL.md

@@ -1,112 +0,0 @@
----
-name: rdkit
-description: 当用户需要通过已部署的 Delta Science 服务校验或规范化 SMILES/InChI、计算 RDKit 描述符、指纹、相似度、渲染或子结构筛选时使用。所有实时请求只能由 python_repl 直接执行 delta-science Skill 的 invoke.py；禁止 Bash、目录探测、直接 HTTP、本地 RDKit 和 native.data 路径。
-metadata:
-  allowed-tools:
-    - read_file
-    - python_repl
-    - step_finish
----
-
-# RDKit 服务
-
-## 不可违反的执行规则
-
-1. 第一个且唯一允许用于实时 Science 调用的工具是 `python_repl`。
-   `python_repl` 的工具参数对象只能包含 `code`；禁止 `deps`、`dependencies`、
-   `packages` 或其他参数。
-2. 在 `python_repl` 中直接执行同级 Skill 的
-   `$SKILLS_ROOT/delta-science/scripts/invoke.py`。`SKILLS_ROOT` 只能通过
-   `os.environ["SKILLS_ROOT"]` 读取，不能把 `@SKILLS_ROOT` 当成目录。
-3. 禁止使用 Bash、`list_dir`、`read_file`、`which`、`where`、`ls`，禁止检查
-   wrapper 或寻找 CLI，禁止执行字面命令 `CLI`、`cli`、`delta-cli`。
-4. 禁止 `curl`、`requests`、`httpx`、浏览器和本地 RDKit 回退。
-5. wrapper 成功后，业务结果就在 `result["native"]` 顶层；绝不读取
-   `result["native"]["data"]`。
-6. 一个请求只执行完成任务所需的最少调用。失败后不得自行探测路径、改走 HTTP
-   或改用本地计算。
-
-## 唯一调用模板
-
-```python
-import json, os, subprocess, sys
-wrapper = os.path.join(os.environ["SKILLS_ROOT"], "delta-science", "scripts", "invoke.py")
-payload = {
-    "molecules": [{"id": "aspirin", "smiles": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O"}],
-    "descriptor_set": "basic",
-    "sanitize": True,
-}
-p = subprocess.run(
-    [sys.executable, wrapper, "--tool", "rdkit", "--endpoint", "batch-parse-describe",
-     "--data-json", json.dumps(payload)],
-    capture_output=True, text=True, shell=False,
-)
-if p.returncode != 0:
-    raise RuntimeError(p.stderr or p.stdout)
-r = json.loads(p.stdout)
-if r.get("ok") is not True or r.get("transport") != "delta-cli":
-    raise RuntimeError(r)
-n = r["native"]
-item = n["results"][0]
-answer = {
-    "endpoint": r["endpoint"],
-    "valid": item["valid"],
-    "canonical_smiles": item.get("canonical_smiles"),
-    "descriptors": item.get("descriptors"),
-    "warnings": item.get("warnings", []),
-}
-print(json.dumps(answer, ensure_ascii=False))
-```
-
-只替换 payload 和逻辑 endpoint。不要先调用 health，也不要增加第二次 parse 或
-descriptors 调用。只要进程退出码、`ok`、`transport` 和解析均成功，本次调用就已
-完成；不得因为界面未显示 Python 表达式值而重复调用，不得通过打印 stdout、stderr
-或完整 native 调试。
-
-成功打印有界 JSON 后，立即调用 `step_finish(status="done", summary=<该 JSON>)`
-恰好一次，不设置 `output_ref`，随后不得输出自由文本或调用工具。失败时调用
-`step_finish(status="failed", summary=<原始错误的短摘要>)`，禁止重试、调试打印或
-路径探测。
-
-## 端点选择
-
-- 同时要求解析和基础描述符：只调用一次 `batch-parse-describe`，payload 必须使用
-  `molecules`，每项使用 `id` 和 `smiles`；`descriptor_set` 为 `basic`，
-  `sanitize` 为 `true`。
-- 只解析或规范化一个输入：`parse`，payload 为
-  `{"input":"...","format":"smiles"}` 或相应 InChI 格式。
-- 只计算描述符：`descriptors`；批量只计算描述符：`batch-descriptors`。
-- 两个分子的相似度：`similarity`；多个分子的全对相似度：
-  `similarity-matrix`。
-- 渲染：`render`；指纹：`fingerprint`；SMARTS 筛选：`substructure`。
-
-非默认 operation 先读 `references/operations.md` 中对应小节；完整字段和允许值再见
-`references/endpoints.md`。不要根据其他服务相似端点猜 schema。
-
-## 多分子相似度
-
-名称必须先由 PubChem Skill 得到 SMILES，再执行一次 `similarity-matrix`：
-
-```python
-payload = {
-    "molecules": [{"id": name, "smiles": smiles} for name, smiles in resolved],
-    "fingerprint": {"type": "morgan", "radius": 2, "n_bits": 2048},
-    "sanitize": True,
-}
-```
-
-结果从 `n["matrix"]` 和 `n["ranked_pairs"]` 读取。每个排名项固定为
-`{"a": 名称, "b": 名称, "similarity": 数值}`；禁止读取 `i`、`j`、
-`score`，禁止自行重算或添加阈值解释。
-
-## 结果与失败边界
-
-- 只报告本次 `native` 返回的字段、数值和警告，不用记忆补值。
-- 描述符只能逐项复制 `item["descriptors"]` 中实际存在的键和值；不得补充
-  `NumAromaticRings`、形式电荷、官能团、手性、结构原因、单位或解释，除非这些字段
-  确实由本次 native 返回且用户明确要求。
-- `valid: false` 是化学输入校验失败，原样报告 `error`/`warnings`。
-- wrapper、CLI 或后端失败时，报告实际阶段和错误；不要继续探测或回退。
-- 渲染结果只有在解码后的字节以 PNG magic bytes 开头时才能保存为 `.png`；禁止
-  把 JSON envelope 保存成图片。
-- PubChem 的 `XLogP` 与 RDKit 的 `MolLogP` 不是同一来源，不得互相替代。

package/skills/rdkit/agents/openai.yaml

@@ -1,4 +0,0 @@
-interface:
-  display_name: "RDKit 化学信息学"
-  short_description: "通过 Delta CLI 解析分子并计算描述符、相似度和子结构"
-  default_prompt: "使用 $rdkit 校验这些分子并完成所需的结构计算。"