@delta-infra/cli 1.0.79 → 1.0.80

package/skills/delta-science/references/cli-contract.md

@@ -2,18 +2,18 @@
 
 ## 只能通过内置 wrapper 调用
 
-实时 Science 调用的第一个且唯一执行工具必须是 `python_repl`。禁止 Bash、
-`list_dir`、`read_file`、`which`、`where`、`ls` 或任何路径探测；禁止让通用
-subagent 执行 Science 步骤，也禁止运行字面命令 `CLI`、`cli`、`delta-cli`。
-`SKILLS_ROOT` 只能通过 Python 的 `os.environ["SKILLS_ROOT"]` 读取，
-`@SKILLS_ROOT` 不是可供文件工具访问的路径。
+实时 Science 调用只能由宿主可用的 shell 或 Python 执行内置 wrapper。先定位当前
+`SKILL.md` 所在目录，再执行该目录下 `scripts/invoke.py` 的绝对路径；不得直接执行
+`delta-cli`，也不得改用直接 HTTP。Claude Code 可使用 `CLAUDE_SKILL_DIR` 定位当前
+Skill；Codex 应以当前已加载 Skill 的目录为工作目录，或在已安装的 Skills 目录中查找
+精确的 `delta-science/scripts/invoke.py`。不得依赖宿主私有环境变量。
 
-使用 Python 执行 wrapper。在 Memento 中从 `SKILLS_ROOT` 获取路径：
+使用 Python 执行 wrapper。下面的 `wrapper` 必须是上述方法定位到的绝对路径：
 
 ```python
-import json, os, subprocess, sys
+import json, subprocess, sys
 
-wrapper = os.path.join(os.environ["SKILLS_ROOT"], "delta-science", "scripts", "invoke.py")
+wrapper = "/absolute/path/to/delta-science/scripts/invoke.py"
 payload = {"input": "CCO", "format": "smiles"}
 completed = subprocess.run(
     [sys.executable, wrapper, "--tool", "rdkit", "--endpoint", "parse",
@@ -56,28 +56,27 @@ CLI 从 `~/.delta-infra/config.json` 读取 `science_base_url`。显式 `--scien
   "transport": "delta-cli",
   "tool": "rdkit",
   "endpoint": "parse",
-  "resolved_tool": "rdkit",
-  "resolved_endpoint": "chem_rdkit_parse",
-  "catalog_profile": "legacy",
   "elapsed_seconds": 1.23,
   "envelope_depth": 2,
   "native": {}
 }
 ```
 
-Skill 代码始终传规范 tool/operation。默认旧 `/science_tool` 服务会自动把
-`pymatgen/health` 映射为 `pymatgen/chem_pymatgen_health`，并把 `synbo`、`antbo`
-分别映射为旧 catalog 的 `synbo-service`、`antbo-service`；不要在 Skill 示例中硬编码
-这些旧名称。新版 Science Server 保持规范名称。测试时可用
-`--catalog-profile canonical|legacy` 或 `runtime.local.json` 的 `catalog_profile`
-显式覆盖自动判断。
+`tools.name` 和 `tool_endpoints.name` 是唯一权威名称。Skill 代码始终把 reference 中的
+tool/operation 原样传给 CLI，CLI 再原样提交给 Science Server；任何一层都不执行旧
+名称映射、前缀裁剪、profile 判断或失败后的改名重试。若 reference 与数据库名称不一致，
+本次调用按 `not_found` 失败结束，应修正数据库配置或 reference，而不是在客户端添加映射。
 
-wrapper 校验 CLI 的 `{ok,data}` 信封，只解包已知的 Infra 转发结果 `{status_code,headers,data}` 和业务服务信封 `{code,message,data}`。它不会在任意嵌套字段中搜索看似合理的结果。`ok=false` 会包含稳定的 `stage` 和错误文本。
+wrapper 校验 CLI 的 `{ok,data}` 信封，只解包已知的 Infra 转发结果
+`{status_code,headers,data}` 和业务服务信封 `{code,message,data}`。它不会在任意嵌套
+字段中搜索看似合理的结果。`ok=false` 会包含稳定的 `stage`、`error_type`、
+`cli_exit_code` 和错误文本。宿主 shell/Python 的进程成功状态不能覆盖这些字段。
 
 解包成功后，业务结果直接位于 `result["native"]` 顶层。禁止读取
 `result["native"]["data"]`，也禁止递归搜索字段。
 
-即使存在部分数据，`ok=false` 仍必须视为失败。禁止静默切换到其他调用链。
+即使存在部分数据，`ok=false` 仍必须视为失败。禁止静默切换到其他调用链，也不得在
+最终统计中写“无错误”。业务成功后立即结束，不得为比较模型而追加请求。
 
 ## 二进制产物
 

package/skills/delta-science/references/delta-bo.md

@@ -0,0 +1,90 @@
+# Delta-BO 详细规则
+
+所有在线调用只走统一 wrapper，tool 固定为 `delta-bo`。当前 CLI catalog 只暴露
+`commands` 和 `generate`；禁止根据旧 HTTP 文档猜测或直连 stateful command API。
+
+## commands
+
+情景：用户要求查看当前部署支持的 Delta-BO 命令。
+
+```python
+result = invoke("delta-bo", "commands")
+native = result["native"]
+```
+
+无 body。只报告当前 native 命令列表，不从历史文档补全。
+
+## generate
+
+情景：针对数值、整数或分类实验变量生成随机搜索或贝叶斯优化建议。
+
+无真实历史，或历史少于 5 条且用户没有明确要求 BO 时，使用有界随机搜索：
+
+```json
+{
+  "params": [
+    {"name": "x", "type": "numeric", "low": 0.0, "high": 1.0}
+  ],
+  "num_suggestions": 3,
+  "algorithm": "random-search",
+  "seed": 42
+}
+```
+
+有真实历史且用户明确要求 BO 时，可以使用：
+
+```json
+{
+  "params": [
+    {"name": "temperature", "type": "numeric", "low": 20.0, "high": 120.0},
+    {"name": "catalyst", "type": "categorical", "choices": ["A", "B", "C"]}
+  ],
+  "objectives": [{"name": "yield", "minimize": false}],
+  "num_suggestions": 2,
+  "algorithm": "bo",
+  "model": {"name": "gp", "min_samples": 2, "train_steps": 50},
+  "acq_target": {"name": "ucb", "beta": 2.0},
+  "solver": {"name": "ga", "pop_size": 40, "n_gen": 10},
+  "histories": {
+    "decisions": [
+      {"temperature": 40.0, "catalyst": "A"},
+      {"temperature": 80.0, "catalyst": "B"}
+    ],
+    "observations": [
+      {"yield": 0.42},
+      {"yield": 0.61}
+    ]
+  },
+  "seed": 7
+}
+```
+
+参数类型仅支持 `numeric`、`integer`、`categorical`。优先使用 object-form history，
+避免数组列顺序歧义。不得编造 observation、目标值或所谓最优点。
+
+可选去重与约束：
+
+```json
+{
+  "diversity": {
+    "deduplicate": true,
+    "min_numeric_distance": {"temperature": 5.0},
+    "prefer_unique_categories": true
+  },
+  "constraints": [
+    {"type": "unique_batch"},
+    {"type": "avoid_seen_decisions"}
+  ]
+}
+```
+
+只报告 native 的 `suggestions`、`suggestion_metadata`、`warnings`、
+`generated_candidate_count` 和 `diversity` 中实际存在的字段。空 suggestions 或失败
+不得用本地 GP、UCB 或随机数替代。
+
+## 已知但未暴露的旧能力
+
+旧服务曾包含 session、space、objective、policy、suggest、observe、loop、status、
+best 等有状态命令，但它们不是当前 Delta CLI operation。本 Skill 只保留这条能力
+边界，不保留 URL 或 curl 示例，也不执行这些操作。需要扩展时，先由 Science Server
+暴露 operation 和请求 schema，再更新本 reference。

package/skills/{gsasii/references/endpoints.md → delta-science/references/gsasii.md}

@@ -1,20 +1,21 @@
-# GSAS-II Endpoint Reference
+# GSAS-II 详细规则
 
-All paths are relative to `http://111.2.199.31:52317/api/v1`.
+所有调用只走统一 wrapper。模拟必须使用真实 CIF；精修必须使用真实 powder data、
+instrument parameters 和 phase CIF，任何失败不得用合成数据补齐。输入不是 CIF 时，
+先使用当前任务中成功的 pymatgen `structure-convert` 结果。
 
 ## Health
 
-`GET /chem/gsasii/health`
+operation：`health`，无 body。
 
 Key response fields in `data`: `status`, `service`, `gsasii_available`,
 `metadata`, and `limits`.
 
-Use this before long simulations/refinements. A healthy service should report
-`data.status == "ok"` and `data.gsasii_available == true`.
+只有用户明确要求健康检查时才调用；不要在模拟或精修前自动增加 health。
 
 ## Powder Simulation
 
-`POST /chem/gsasii/powder/simulate`
+operation：`powder-simulate`。
 
 ```json
 {
@@ -48,7 +49,7 @@ text for pymatgen handoff when GSAS-II supports export for the phase.
 Notes:
 
 - `cif` should be valid CIF text. If the input is POSCAR/JSON/CSSR/XSF, use
-  `/chem/pymatgen/structure/convert` first with `output_format: "cif"`.
+  pymatgen `structure-convert` first with `output_format: "cif"`.
 - `instrument_parameters` should be GSAS-II instrument parameter text such as
   `INST_XRY.PRM` when instrument-specific simulation is needed.
 - For quick simulation only, `instrument_parameters` may be omitted. The service
@@ -62,7 +63,7 @@ Notes:
 
 ## Powder Refinement
 
-`POST /chem/gsasii/powder/refine`
+operation：`powder-refine`。
 
 ```json
 {
@@ -108,23 +109,8 @@ Notes:
 - Refinement may return `valid: false` with partial phase/profile information
   if GSAS-II constructed the project but a refinement step failed.
 
-## Recommended Integration Scripts
+## 跨工具交接
 
-From this skill's `scripts/` directory:
-
-```bash
-python3 scripts/smoke_gsasii.py
-```
-
-Runs health, PbSO4 powder simulation, and project-return smoke tests.
-
-```bash
-python3 scripts/workflow_pymatgen_gsasii.py
-```
-
-Runs the cross-service workflow:
-
-```text
-pymatgen summary/symmetry -> pymatgen CIF conversion -> GSAS-II simulation
--> profile comparison -> GSAS-II refinement -> pymatgen final check
-```
+结构转换、衍射模拟和精修必须在本 Skill 内通过 wrapper 逐步完成：
+`pymatgen structure-convert -> gsasii powder-simulate/powder-refine`。下游只使用上一步
+成功 native 中的结构文本或 profile；不得执行本地脚本或直连服务。

package/skills/{lammps/references/endpoints.md → delta-science/references/lammps.md}

@@ -1,27 +1,27 @@
-# LAMMPS Endpoint Reference
+# LAMMPS 详细规则
 
-All paths are relative to `http://111.2.199.31:52317/api/v1`.
+所有调用只走统一 wrapper。LAMMPS 不从化学式、CIF 或 POSCAR 自动推断 data、原子
+类型、势函数与边界条件。成功执行不表示物理收敛或生产可用。
 
 ## Health
 
-`GET /chem/lammps/health`
+operation：`health`，无 body。
 
 Key response fields in `data`: `status`, `service`, `lammps_available`,
 `metadata`, and `limits`.
 
-Use this before long simulations. A healthy service should report
-`data.status == "ok"` and `data.lammps_available == true`.
+只有用户明确要求健康检查时才调用；不要在模拟前自动增加 health。
 
 ## Built-In Lennard-Jones Example
 
-`GET /chem/lammps/examples/lj-melt`
+operation：`lj-melt-example`。
 
-Returns a complete `request` payload for `/chem/lammps/run`, plus workflow notes
+Returns a complete `request` payload for the `run` operation, plus workflow notes
 showing where pymatgen and GSAS-II fit around LAMMPS.
 
 ## Run
 
-`POST /chem/lammps/run`
+operation：`run`。
 
 ```json
 {
@@ -59,3 +59,8 @@ Notes:
 - The gateway is synchronous; keep interactive runs short.
 - Force-field choice is caller responsibility. The service executes explicit
   LAMMPS input and does not infer potentials from formulas or structures.
+
+最终只复制当前 native 的 `last_thermo`、final step/temperature/total energy、
+warnings 和用户要求的输出文件摘要。禁止把总能量除以原子数、替换步数、换算单位或
+推测收敛性、稳定性。最小示例必须先调用 `lj-melt-example`，再把其
+`native["request"]` 原样交给 `run`；不得传 wrapper 外层 envelope。

package/skills/{ldm-bo/references/endpoints.md → delta-science/references/ldm-bo.md}

@@ -1,13 +1,12 @@
-# LDM-BO API Endpoint Reference
+# LDM-BO 详细规则
 
-All paths are relative to `http://111.2.199.31:52317/api/v1`.
-
-This reference is for using the exposed HTTP API. It is not a local PDF2Dock
-runner.
+所有调用只走统一 wrapper，不是本地 PDF2Dock runner。仅用于小分子 SMILES；
+抗体、CDRH3 或 AntBO 场景必须使用 AntBO 能力边界。
+provider、模型路径、Vina/ReaSyn/GPU/LLM 配置由服务端注入，不放入请求 JSON。
 
 ## Health
 
-`GET /chem/ldm-bo/health`
+operation：`health`，无 body。
 
 The response reports whether the adapter can see the mounted PDF2Dock
 interpreter, `bo_api.py`, Vina binary, ReaSyn repo/interpreter/checkpoints, NN
@@ -16,7 +15,7 @@ settings degrade health because LDM methods need them.
 
 ## One-Step Recommend
 
-`POST /chem/ldm-bo/recommend`
+operation：`recommend`。
 
 Wraps `bo_api.recommend_next_smiles`.
 
@@ -46,9 +45,14 @@ Typical native response inside gateway `data`:
 
 LDM methods may include an `llm` diagnostics object.
 
+`acquisition_values` 只能按 native 原值报告。除非当前 native 明确给出字段定义，否则
+不得把它描述为预测 Vina、预测 objective、不确定性、置信度、expected improvement，
+也不得自行判断“越大/越小越好”。服务未返回推荐理由时，明确写“服务未返回推荐
+理由”，不得根据分子骨架、杂原子或模型机制补写解释。
+
 ## Full Trajectory
 
-`POST /chem/ldm-bo/trajectory`
+operation：`trajectory`。
 
 Wraps `bo_api.run_search_trajectory`.
 
@@ -88,7 +92,6 @@ returns a standard error envelope:
   "message": "AutoDock Vina executable not found...",
   "data": {
     "endpoint": "/v1/trajectory",
-    "service_url": "http://ldm-bo-service:8895",
     "ldm_bo_response": {
       "error": "...",
       "error_type": "ValueError",

package/skills/delta-science/references/ldm.md

@@ -0,0 +1,72 @@
+# LDM 科研工作流
+
+这里的 **LDM / 大发现模型** 是用户可见的科研工作流名称，不是可以直接访问网关的
+tool。在线计算必须先按任务语义选择 `ldm-bo`、`strbo` 或 `antbo`，再通过统一 wrapper
+调用 Delta CLI；禁止运行旧 `large-discovery-model` Skill、`run_ldm_loop.py`、gateway
+backend、`stream_widget` 中的联网命令或任何 HTTP 客户端。
+
+## 路由
+
+| 用户目标 | 实际 tool | 需要同时读取 |
+| --- | --- | --- |
+| 在给定 SMILES 候选池中推荐下一批，或运行 PDF2Dock/Vina+NN 轨迹 | `ldm-bo` | `references/ldm-bo.md` |
+| 围绕服务端固定 KRAS G12D 生成、评估并迭代小分子 | `strbo` | `references/strbo.md` |
+| 为指定抗原生成、评估并迭代 11-aa CDRH3 | `antbo` | `references/antbo.md` |
+
+不得因为用户只说“LDM”“药物发现”就自动选择后端。根据实体、已有数据和目标判断；
+仍无法区分时，结束并说明需要用户确认“小分子候选池、KRAS G12D 生成优化或抗体
+CDRH3”中的哪一种。
+
+## 最小执行范围
+
+- 用户只要求检查参数时，只调用相应 `*-validate` operation。
+- 用户只要求评估已有候选时，只调用 evaluate，不生成新候选。
+- 用户只要求推荐下一批且已经给出历史记录时，只调用 suggest/recommend。
+- 用户明确要求“完整迭代优化”时，才运行初始化、评估、建议、再评估的闭环。
+- 用户未给轮数时，STRBO/AntBO 最多执行一个建议轮次；不得沿用旧 Skill 的 6/8 轮
+  隐式默认值。LDM-BO `trajectory` 的评估次数必须来自用户，缺失时先要求确认。
+
+生成、评估、建议和 trajectory 都会消耗远端资源。一次自然语言中的“帮我优化”视为
+执行授权，但不得擅自扩大候选数、轮数或切换后端。
+
+## STRBO 完整闭环
+
+1. 调用 `molecules-init` 或 `molecules-init-job`，取得初始 SMILES。
+2. 调用 `molecules-evaluate` 或对应异步 operation，取得 `[vina, activity]`。
+3. 使用当前成功 native 中的 SMILES 和 scores 构造 `history_xs/history_ys`。
+4. 调用一次 `molecules-suggest-job`，按 STRBO reference 轮询至成功。
+5. 只评估新建议，并把结果与当前任务内历史合并后返回。
+
+提交 operation 不得重试。任一步失败、超时或返回数量不一致，立即结束；不得用旧
+gateway、离线 mock、本地 RDKit/Vina 或模型猜测补全。
+
+## AntBO 完整闭环
+
+1. 用户必须提供抗原；未提供时不得替用户选择。
+2. 必要时调用一次 `ldm-health`，确认抗原与 CDRH3 长度约束。
+3. 调用 `ldm-init` 取得初始 CDRH3，再调用 `evaluate` 取得结合能。
+4. 使用当前成功 native 构造一维 `history_ys`，调用一次 `ldm-suggest`。
+5. 只评估新建议，并返回当前任务内的候选与结合能。
+
+不得把 AntBO 的一维 score 改成 STRBO 的二维 score，也不得把 CDRH3 交给小分子
+LDM-BO。
+
+## 固定候选池与轨迹
+
+- 已有候选池和历史分数，要求下一批：使用 `ldm-bo/recommend`。
+- 用户明确要求完整 PDF2Dock/Vina+NN 搜索并给出评估次数：使用
+  `ldm-bo/trajectory`。
+- 不得把 `ldm-bo` 的 provider、模型路径、密钥、GPU 或 Vina 配置放进请求；这些由
+  Science Server 管理。
+
+## 结果与展示
+
+只报告当前 Delta CLI native 中真实存在的候选、目标值、warnings、job_id、状态和
+服务端 provenance。不得自行添加相似度阈值、机制解释、湿实验结论或“最优”断言；
+只有在方向明确且比较集合完整时，才能按实际目标值指出当前集合中的最好候选。
+推荐结果中的 acquisition value 不是预测目标值、置信度或推荐理由；除非 native
+明确给出语义和方向，否则只作为原始采集函数值报告。
+
+LDM 的仪表盘是展示层，不是计算入口。用户明确要求图表时，先完成一次 CLI 计算，
+再让外层使用同一份已验证结果绘图；禁止为了仪表盘再次提交远端任务。普通请求直接
+返回简洁文本。

package/skills/{pubchem/references/endpoints.md → delta-science/references/pubchem.md}

@@ -1,21 +1,26 @@
-# PubChem Endpoint Reference
+# PubChem 详细规则
 
-在 Memento 中只能通过 `delta-science/scripts/invoke.py` 调用。wrapper 已解包服务
+只能通过当前 Skill 目录下的 `scripts/invoke.py` 调用。wrapper 已解包服务
 信封，因此以下文档所说的业务 `data` 在 wrapper 结果中就是 `result["native"]`
 顶层；禁止再读取 `result["native"]["data"]`。本文件中的 URL 只用于说明 endpoint
-schema，不授权直接 HTTP。
+schema，不授权直接 HTTP。普通名称基础查询只调用一次 `compound-summary`；多个名称
+只调用一次 `compound-batch-summary`，默认 body 仅包含 `identifiers` 和
+`namespace:"name"`，不得先调用 health/schema。
 
-All paths are relative to `http://111.2.199.31:52317/api/v1`.
+结果直接从 `native` 投影。批量记录位于 `native.results[*]`，原始标签在 `input`，
+属性在嵌套 `properties`。SMILES 回退顺序固定为
+`CanonicalSMILES -> ConnectivitySMILES -> SMILES -> IsomericSMILES`。
+PubChem `XLogP` 与 RDKit `MolLogP` 不得互换；not_found 不得用本地计算补值。
 
 Namespaces: `cid`, `name`, `smiles`, `inchi`, `inchikey`, `formula`.
 
 ## Health
 
-`GET /chem/pubchem/health`
+operation：`health`，无 body。
 
 ## Resolve CIDs
 
-`POST /chem/pubchem/compound/resolve-cids`
+operation：`compound-resolve-cids`。
 
 ```json
 {"identifier": "aspirin", "namespace": "name", "max_records": 20}
@@ -25,7 +30,7 @@ Namespaces: `cid`, `name`, `smiles`, `inchi`, `inchikey`, `formula`.
 
 ## Properties
 
-`POST /chem/pubchem/compound/properties`
+operation：`compound-properties`。
 
 ```json
 {
@@ -45,7 +50,7 @@ Allowed properties include `MolecularFormula`, `MolecularWeight`,
 
 ## Synonyms
 
-`POST /chem/pubchem/compound/synonyms`
+operation：`compound-synonyms`。
 
 ```json
 {"identifier": "2244", "namespace": "cid", "max_synonyms": 50}
@@ -55,7 +60,7 @@ Allowed properties include `MolecularFormula`, `MolecularWeight`,
 
 ## Summary
 
-`POST /chem/pubchem/compound/summary`
+operation：`compound-summary`。
 
 ```json
 {
@@ -76,7 +81,7 @@ an equivalent key such as `ConnectivitySMILES`.
 
 ## Batch Summary
 
-`POST /chem/pubchem/compound/batch-summary`
+operation：`compound-batch-summary`。
 
 ```json
 {

package/skills/{pymatgen/references/endpoints.md → delta-science/references/pymatgen.md}

@@ -1,14 +1,16 @@
-# pymatgen Endpoint Reference
+# pymatgen 详细规则
 
-All paths are relative to `http://111.2.199.31:52317/api/v1`.
+所有调用只走统一 wrapper。无机化学式、组成和式量优先使用 pymatgen，不用 PubChem
+或本地元素表替代。结构 operation 必须发送完整结构文本，不能发送本地文件路径；
+支持 `cif`、`poscar`、`json`、`cssr`、`xsf`，不接收 LAMMPS data/dump。
 
 ## Health
 
-`GET /chem/pymatgen/health`
+operation：`health`，无 body。
 
 ## Composition Parse
 
-`POST /chem/pymatgen/composition/parse`
+operation：`composition-parse`。
 
 ```json
 {"formula": "LiFePO4", "format": "formula"}
@@ -21,9 +23,7 @@ Key response fields in `data`: `valid`, `formula`, `reduced_formula`,
 
 ## Structure Parse / Summary
 
-`POST /chem/pymatgen/structure/parse`
-
-`POST /chem/pymatgen/structure/summary`
+operation：`structure-parse` 或 `structure-summary`。
 
 ```json
 {"input": "<CIF text>", "format": "cif", "primitive": false}
@@ -37,7 +37,7 @@ Summary fields include `formula`, `reduced_formula`, `chemical_system`,
 
 ## Structure Convert
 
-`POST /chem/pymatgen/structure/convert`
+operation：`structure-convert`。
 
 ```json
 {
@@ -52,7 +52,7 @@ Output formats: `cif`, `poscar`, `json`, `cssr`, `xsf`.
 
 ## Symmetry
 
-`POST /chem/pymatgen/structure/symmetry`
+operation：`structure-symmetry`。
 
 ```json
 {

package/skills/{rdkit/references/endpoints.md → delta-science/references/rdkit.md}

@@ -1,18 +1,24 @@
-# RDKit Endpoint Reference
+# RDKit 详细规则
 
-在 Memento 中只能通过 `delta-science/scripts/invoke.py` 调用。wrapper 已解包服务
+只能通过当前 Skill 目录下的 `scripts/invoke.py` 调用。wrapper 已解包服务
 信封，因此以下业务响应在 wrapper 结果中位于 `result["native"]` 顶层；禁止读取
-`result["native"]["data"]`。本文件中的 URL 只说明 schema，不授权直接 HTTP。
+`result["native"]["data"]`。这里只记录 operation schema，不授权直接 HTTP。
 
-All paths are relative to `http://111.2.199.31:52317/api/v1`.
+一个请求只执行完成目标所需的最少调用。同时校验、规范化并计算基础描述符时使用一次
+`batch-parse-describe`，payload 使用 `molecules:[{id,smiles}]`，不得拆成 parse 和
+descriptors。多个分子的全对相似度使用一次 `similarity-matrix`；排名字段固定为
+`a`、`b`、`similarity`，不是 `i`、`j`、`score`。
+
+只报告 native 实际存在的描述符。渲染 PNG 时只解码文档指定字段，并验证字节以
+`89 50 4e 47 0d 0a 1a 0a` 开头；不得把 JSON envelope 保存成图片。
 
 ## Health
 
-`GET /chem/rdkit/health`
+operation：`health`，无 body。
 
 ## Parse
 
-`POST /chem/rdkit/parse`
+operation：`parse`。
 
 ```json
 {"input": "CCO", "format": "smiles", "sanitize": true}
@@ -26,7 +32,7 @@ Key response fields in `data`: `valid`, `canonical_smiles`, `formula`,
 
 ## Descriptors
 
-`POST /chem/rdkit/descriptors`
+operation：`descriptors`。
 
 ```json
 {"smiles": "CCO", "descriptor_set": "basic", "sanitize": true}
@@ -39,7 +45,7 @@ Key response fields in `data`: `valid`, `canonical_smiles`, `formula`,
 
 ## Batch Descriptors
 
-`POST /chem/rdkit/batch-descriptors`
+operation：`batch-descriptors`。
 
 ```json
 {"smiles": ["CCO", "c1ccccc1"], "descriptor_set": "basic", "sanitize": true}
@@ -49,7 +55,7 @@ Limits: 1-500 SMILES.
 
 ## Batch Parse Describe
 
-`POST /chem/rdkit/batch-parse-describe`
+operation：`batch-parse-describe`。
 
 ```json
 {
@@ -69,7 +75,7 @@ fields, `descriptors`, optional `fingerprint_metadata`, `on_bits`, `bit_count`,
 
 ## Render
 
-`POST /chem/rdkit/render`
+operation：`render`。
 
 ```json
 {"smiles": "CCO", "image_format": "svg", "width": 450, "height": 320}
@@ -80,7 +86,7 @@ Width/height range: 150-2000.
 
 ## Fingerprint
 
-`POST /chem/rdkit/fingerprint`
+operation：`fingerprint`。
 
 ```json
 {"smiles": "CCO", "radius": 2, "n_bits": 2048}
@@ -90,7 +96,7 @@ Morgan fingerprint parameters: `radius` 1-6, `n_bits` 128-8192.
 
 ## Similarity
 
-`POST /chem/rdkit/similarity`
+operation：`similarity`。
 
 ```json
 {"query_smiles": "CCO", "target_smiles": "CCCO", "radius": 2, "n_bits": 2048}
@@ -100,7 +106,7 @@ Returns Tanimoto similarity.
 
 ## Similarity Matrix
 
-`POST /chem/rdkit/similarity-matrix`
+operation：`similarity-matrix`。
 
 ```json
 {
@@ -124,7 +130,7 @@ Do not expect `i`, `j`, or `score` fields.
 
 ## Substructure
 
-`POST /chem/rdkit/substructure`
+operation：`substructure`。
 
 ```json
 {"query_smarts": "c1ccccc1", "target_smiles": ["c1ccccc1", "CCO"]}

package/skills/delta-science/references/routing-index.md

@@ -0,0 +1,36 @@
+# Delta Science 路由索引
+
+本文件只描述稳定的科研意图边界，不复制 Science Server 的工具和 endpoint 清单。
+实际可用工具以 `delta-cli science list` 和 `delta-cli science endpoints list` 返回的
+实时目录为准。
+
+## 路由优先级
+
+- 普通化合物名称、CID 和公共属性使用 PubChem；已有 SMILES/InChI 且需要结构计算时
+  使用 RDKit。
+- 无机化学式、组成、CIF、POSCAR 和空间群使用 pymatgen；粉末衍射模拟或 Rietveld
+  精修使用 GSAS-II。
+- 明确的 LAMMPS input、data 和力场任务使用 LAMMPS；不得从化学式或 CIF 猜测势函数。
+- 通用数值、整数或分类实验变量优化使用 Delta-BO。
+- 固定 SMILES 候选池或 PDF2Dock 轨迹使用 LDM-BO；固定 KRAS G12D 生成式优化使用
+  STRBO；反应条件与真实历史得率使用 SynBO；抗体 CDRH3 使用 AntBO。
+- “LDM/大发现模型”是跨上述三类能力的工作流意图，先读取 `ldm.md` 决定唯一后端，
+  不是服务端 tool，也不得路由到旧 `large-discovery-model` Skill。
+
+## 已验证 reference
+
+- [pubchem.md](pubchem.md)
+- [rdkit.md](rdkit.md)
+- [pymatgen.md](pymatgen.md)
+- [gsasii.md](gsasii.md)
+- [lammps.md](lammps.md)
+- [delta-bo.md](delta-bo.md)
+- [ldm-bo.md](ldm-bo.md)
+- [ldm.md](ldm.md)
+- [strbo.md](strbo.md)
+- [synbo.md](synbo.md)
+- [antbo.md](antbo.md)
+
+以上 reference 是已验证参数契约，不是服务端完整目录。用户明确点名新工具时，按
+`SKILL.md` 的实时 catalog 流程发现工具和 endpoint；若目录未返回请求 schema，不猜测
+请求体。