@delta-infra/cli 1.0.78 → 1.0.80

package/skills/rdkit/references/operations.md

@@ -1,64 +0,0 @@
-# RDKit operation 契约
-
-所有示例都在 `SKILL.md` 的 wrapper 模板中设置 `endpoint` 和 `payload`。业务结果直接
-位于 `r["native"]`。只做用户请求所需的一次调用，成功后调用 `step_finish`。
-
-## health
-
-- 情景：明确检查 RDKit 服务状态。
-- 代码：`endpoint="health"; payload=None`，调用时省略 `--data-json`。
-- 投影：status、可用性、metadata、limits、warnings 中存在的字段。
-
-## parse
-
-- 情景：只校验并规范化一个 SMILES/InChI。
-- 代码：`endpoint="parse"; payload={"input":"CCO","format":"smiles"}`
-- 投影：valid、canonical_smiles、formula、inchi_key、warnings/error。
-
-## descriptors
-
-- 情景：只计算一个已知 SMILES 的描述符。
-- 代码：`endpoint="descriptors"; payload={"smiles":"CCO","descriptor_set":"basic","sanitize":True}`
-- 投影：valid 与 descriptors 中实际返回的键。
-
-## batch-descriptors
-
-- 情景：对多个已知且无需再次解析的 SMILES 计算同一组描述符。
-- 代码：`endpoint="batch-descriptors"; payload={"smiles":["CCO","c1ccccc1"],"descriptor_set":"basic","sanitize":True}`
-- 投影：results 中每项的输入 SMILES、valid、descriptors、warnings/error。
-
-## batch-parse-describe
-
-- 情景：同时校验、规范化并计算一个或多个分子的描述符。
-- 代码：`endpoint="batch-parse-describe"; payload={"molecules":[{"id":"aspirin","smiles":"CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O"}],"descriptor_set":"basic","sanitize":True}`
-- 投影：results 中 id、valid、canonical_smiles、descriptors、warnings/error。
-
-## render
-
-- 情景：用户明确要求分子结构图。
-- 代码：`endpoint="render"; payload={"smiles":"CCO","image_format":"png","width":500,"height":400}`
-- 投影：只解码文档指定的 base64 字段；验证 PNG magic bytes 后再保存。
-
-## fingerprint
-
-- 情景：明确要求一个分子的 Morgan 指纹。
-- 代码：`endpoint="fingerprint"; payload={"smiles":"CCO","radius":2,"n_bits":2048}`
-- 投影：valid、fingerprint_metadata、on_bits、warnings/error。
-
-## similarity
-
-- 情景：比较两个已知 SMILES。
-- 代码：`endpoint="similarity"; payload={"query_smiles":"CCO","target_smiles":"CCN","radius":2,"n_bits":2048}`
-- 投影：native 实际返回的 similarity、metric、fingerprint metadata。
-
-## similarity-matrix
-
-- 情景：比较三个及以上分子的所有两两相似度。
-- 代码：`endpoint="similarity-matrix"; payload={"molecules":[{"id":"a","smiles":"CCO"},{"id":"b","smiles":"CCN"}],"fingerprint":{"type":"morgan","radius":2,"n_bits":2048},"sanitize":True}`
-- 投影：matrix 与 `ranked_pairs[{a,b,similarity}]`；禁止 i/j/score。
-
-## substructure
-
-- 情景：用 SMARTS 在一个或多个目标 SMILES 中筛选子结构。
-- 代码：`endpoint="substructure"; payload={"query_smarts":"C(=O)O","target_smiles":["CC(=O)O","CCO"],"sanitize":True}`
-- 投影：query、每个目标的 valid/match/matches 与 warnings/error。

package/skills/science-tools.json

@@ -1,127 +0,0 @@
-{
-  "schema_version": 1,
-  "base_skills": [
-    "delta-sandbox",
-    "delta-shared",
-    "delta-science"
-  ],
-  "tools": [
-    {
-      "name": "pubchem",
-      "skill": "pubchem",
-      "legacy_tool": "pubchem",
-      "category": "molecule-information",
-      "operations": {
-        "health": "chem_pubchem_health",
-        "compound-resolve-cids": "chem_pubchem_compound_resolve-cids",
-        "compound-properties": "chem_pubchem_compound_properties",
-        "compound-synonyms": "chem_pubchem_compound_synonyms",
-        "compound-summary": "chem_pubchem_compound_summary",
-        "compound-batch-summary": "chem_pubchem_compound_batch-summary"
-      }
-    },
-    {
-      "name": "rdkit",
-      "skill": "rdkit",
-      "legacy_tool": "rdkit",
-      "category": "cheminformatics",
-      "operations": {
-        "health": "chem_rdkit_health",
-        "parse": "chem_rdkit_parse",
-        "descriptors": "chem_rdkit_descriptors",
-        "batch-descriptors": "chem_rdkit_batch-descriptors",
-        "batch-parse-describe": "chem_rdkit_batch-parse-describe",
-        "render": "chem_rdkit_render",
-        "fingerprint": "chem_rdkit_fingerprint",
-        "similarity": "chem_rdkit_similarity",
-        "similarity-matrix": "chem_rdkit_similarity-matrix",
-        "substructure": "chem_rdkit_substructure"
-      }
-    },
-    {
-      "name": "pymatgen",
-      "skill": "pymatgen",
-      "legacy_tool": "pymatgen",
-      "category": "materials-informatics",
-      "operations": {
-        "health": "chem_pymatgen_health",
-        "composition-parse": "chem_pymatgen_composition_parse",
-        "structure-parse": "chem_pymatgen_structure_parse",
-        "structure-summary": "chem_pymatgen_structure_summary",
-        "structure-convert": "chem_pymatgen_structure_convert",
-        "structure-symmetry": "chem_pymatgen_structure_symmetry"
-      }
-    },
-    {
-      "name": "gsasii",
-      "skill": "gsasii",
-      "legacy_tool": "gsasii",
-      "category": "diffraction",
-      "operations": {
-        "health": "chem_gsasii_health",
-        "powder-simulate": "chem_gsasii_powder_simulate",
-        "powder-refine": "chem_gsasii_powder_refine"
-      }
-    },
-    {
-      "name": "lammps",
-      "skill": "lammps",
-      "legacy_tool": "lammps",
-      "category": "molecular-dynamics",
-      "operations": {
-        "health": "chem_lammps_health",
-        "lj-melt-example": "chem_lammps_examples_lj-melt",
-        "run": "chem_lammps_run"
-      }
-    },
-    {
-      "name": "delta-bo",
-      "skill": "delta-bo",
-      "legacy_tool": "delta-bo",
-      "category": "optimization",
-      "operations": {
-        "commands": "chem_delta-bo_commands",
-        "generate": "chem_delta-bo_generate"
-      }
-    },
-    {
-      "name": "ldm-bo",
-      "skill": "ldm-bo",
-      "legacy_tool": "ldm-bo",
-      "category": "molecule-optimization",
-      "operations": {
-        "health": "chem_ldm-bo_health",
-        "recommend": "chem_ldm-bo_recommend",
-        "trajectory": "chem_ldm-bo_trajectory"
-      }
-    },
-    {
-      "name": "synbo",
-      "skill": "synbo-service",
-      "legacy_tool": "synbo-service",
-      "category": "reaction-optimization",
-      "operations": {
-        "health": "chem_synbo_health",
-        "initialize": "chem_synbo_initialize",
-        "optimize": "chem_synbo_optimize"
-      }
-    },
-    {
-      "name": "antbo",
-      "skill": "antbo-service",
-      "legacy_tool": "antbo-service",
-      "category": "antibody-optimization",
-      "operations": {
-        "health": "biology_antbo_health",
-        "run-default-job": "biology_antbo_run_default_job",
-        "run": "biology_antbo_run",
-        "log": "biology_antbo_log",
-        "jobs": "biology_antbo_jobs",
-        "stop": "biology_antbo_stop"
-      }
-    }
-  ],
-  "extra_skills": [
-    "antbo-ldm-guard"
-  ]
-}

package/skills/synbo-service/SKILL.md

@@ -1,36 +0,0 @@
----
-name: synbo-service
-description: 当用户需要对分类反应条件空间做初始采样，或基于真实历史反应结果使用 SynBO 推荐下一批催化剂、溶剂、碱等条件时使用。支持 health、initialize、optimize；所有调用只走 Delta CLI，重型 optimize 串行执行且超时不自动重试。
-metadata:
-  allowed-tools:
-    - read_file
-    - python_repl
-    - step_finish
----
-
-# SynBO 服务
-
-## 强制规则
-
-- 只用 `python_repl` 执行 `$SKILLS_ROOT/delta-science/scripts/invoke.py`，
-  tool=`synbo`；禁止 Bash、路径探测、字面 CLI、直接 HTTP 和本地 SynBO/GP。
-- `python_repl` 工具参数只能包含 `code`，禁止 `deps/dependencies/packages`。
-- 业务结果直接位于 `r["native"]`，禁止 `native.data`。
-- `health` 无 body；`initialize` 和 `optimize` 使用 `--data-json`。
-- 重型调用串行执行；timeout/断连结果未知，不自动重试。
-
-## operation 选择
-
-- `initialize`：没有 measured previous results 时使用。提供 `condition_dict`、
-  `opt_metrics`、方向/range/weight 设置、batch_size、sampling_method 和 seed。
-- `optimize`：只有存在真实历史时使用。每一行必须包含全部 condition 列和全部数值
-  metric 列；有界 CPU 测试用 `accuracy:"tiny"`、`device:"cpu"`。
-- descriptors 如提供，键必须与 condition_dict 完全一致，index 列存在且其余为数值。
-
-完整成功 payload 见 `references/endpoints.md`。若 optimize 返回数组维度错误、timeout、
-空 recommendations 或后端失败，报告“未产生推荐”，不得用本地 GP、UCB、响应面、
-随机采样或人工排序替代。
-
-通过 wrapper 调用一次，显式打印 recommendations/metadata/warnings 或有界错误；成功
-后立即 `step_finish(status="done", summary=<同一 JSON>)`，失败则
-`step_finish(status="failed", summary=<原始错误短摘要>)`。禁止后续工具。

package/skills/synbo-service/agents/openai.yaml

@@ -1,4 +0,0 @@
-interface:
-  display_name: "SynBO 反应条件优化"
-  short_description: "通过 Delta CLI 初始化或优化分类反应条件空间"
-  default_prompt: "使用 $synbo-service 根据历史结果推荐下一批反应条件。"