@delta-infra/cli 1.0.78 → 1.0.80

package/README.md

@@ -251,10 +251,9 @@ delta-cli sandbox kill <sandbox_id>
 | `delta-cli science invoke --tool <tool_name> --endpoint <endpoint_name> [--data '{"key":"value"}'] [--params '{"key":"value"}']` | 调用工具端点 |
 | `delta-cli science endpoints list <tool_name>` | 列出指定工具的所有端点 |
 
-CLI 和内置 Science Skills 统一使用简洁 operation，例如 `health`、`composition-parse`、
-`similarity-matrix` 和 `optimize`。连接默认 `/science_tool` 旧服务时，CLI 会自动映射成
-`chem_pymatgen_health` 等旧 catalog 名称；连接新版 Science Server 时则自动适配其规范
-operation。`science endpoints list` 优先展示简洁名称，并在 `catalog_name` 中保留服务端原名。
+`tools.name` 和 `tool_endpoints.name` 是 Science 工具调用的唯一权威名称。
+`science list` 与 `science endpoints list` 原样展示服务端数据库中的启用项，
+`science invoke` 原样传递 `--tool` 和 `--endpoint`，不执行别名映射或旧名称兼容。
 
 ## 输出格式
 
@@ -288,37 +287,28 @@ delta-cli 内置 AI Agent 操作手册（Skills），帮助 Claude Code 等 AI
 # 安装仓库中的全部 Skills
 npx skills add delta-infra/delta-infra-cli -y -g
 
-# 也可以只安装某个具名服务 Skill，例如 PubChem
-npx skills add delta-infra/delta-infra-cli -s pubchem
+# 只安装统一 Science Skill
+npx skills add delta-infra/delta-infra-cli -s delta-science
 ```
 
 Skill 文件位于 `skills/` 目录：
 - `delta-shared/` — 全局通用规则（认证、配置、错误处理）
 - `delta-sandbox/` — Sandbox 操作指南（生命周期、命令路由）
-- `delta-science/` — 具名 Science Skill 共用的编排参考与 Delta CLI wrapper
-- `pubchem/`、`rdkit/`、`pymatgen/` — 化合物与材料基础计算
-- `gsasii/`、`lammps/` — 衍射和分子动力学
-- `delta-bo/`、`ldm-bo/`、`synbo-service/` — 科学优化流程
-- `antbo-service/`、`antbo-ldm-guard/` — AntBO 作业与未暴露 LDM 请求保护
+- `delta-science/` — 唯一 Science 入口，包含统一 Delta CLI wrapper、跨工具工作流和
+  PubChem、RDKit、pymatgen、GSAS-II、LAMMPS、Delta-BO、LDM-BO、SynBO、AntBO
+  的按需 reference
 
-一键安装、升级和卸载会同步上述完整集合。Memento 等宿主在规划阶段直接选择具名
-服务 Skill；`delta-science` 只提供共享调用契约和跨步骤数据交接规则，不直接承接
-普通用户步骤。Science Skill 仅暴露 `read_file`、`python_repl` 和 `step_finish` 等
-完成任务所需的最小工具集合。
+Memento 等宿主只需要选择 `delta-science`。Skill 根据自然语言科研目标选择 tool 和
+operation，并且只加载当前工具对应的 reference，避免大量独立 Skill 给规划器增加
+负担。升级时会自动移除旧版独立 Science Skill。
 
 ### 添加 Science tool 或 operation
 
-`skills/science-tools.json` 是规范 tool、operation、legacy endpoint、Skill 清单和 npm
-打包目录的唯一配置源。修改后运行：
-
-```bash
-node scripts/generate-science-catalog.js
-node scripts/generate-science-catalog.js --check
-```
-
-生成器会同步 Go catalog、Python wrapper 映射、`skills/manifest.json`、npm `files`
-清单及 catalog 参考文档。给现有服务增加 operation 时不需要创建新 Skill；只有新增
-具有独立用户意图和参数契约的服务时，才新增一个服务级 Skill 目录。
+工具目录由 Science Server 数据库维护。新增工具时配置 `tools` 记录及对应的
+`tool_endpoints` 记录；停用时设置 `status=false`。CLI 无需同步任何静态表或重新增加
+命令。若需要让 AI 根据自然语言自动选择新工具并安全组装请求，再更新
+`skills/delta-science/references/<tool>.md` 和路由文档；数据库中的 name 与 reference
+必须完全一致。
 
 ## 开发
 
@@ -404,7 +394,7 @@ make release
 ```bash
 export GH_TOKEN=<your-github-pat>
 export NPM_TOKEN=<your-npm-token>
-./release.sh v1.0.78
+./release.sh v1.0.80
 ```
 
 脚本执行步骤：

package/checksums.txt

@@ -1,5 +1,5 @@
-2c3ed809d7d30b5ede7e3528390a9dc3690f915ca23bfdd050886a1bf61cdeff  delta-cli-darwin-amd64.tar.gz
-19ba8dcd62b6f472f704da8d5f9d2ee1396abaa54748803027b9cc3e2d3b5312  delta-cli-darwin-arm64.tar.gz
-b49048666e65566e2612347d73f304129b99f75183374e00b5d93b8d1bab70a0  delta-cli-linux-amd64.tar.gz
-77a2d6449dbd54b8bebce28909e8d9e77fed027a44c2889f3e470a3f2e7d95dc  delta-cli-linux-arm64.tar.gz
-a35ec9ddf367b32042b20f25efe66d62c4916811976986e1ccf32f6f6c89e042  delta-cli-windows-amd64.zip
+ad082d849a2c898743b4d99475d3f62050da4a05bdfd6520655c4c28cb82be67  delta-cli-darwin-amd64.tar.gz
+865ccbd0de1f9be7469e42d787782fc2f974252df28eb5b84bac52b9ba2bec0b  delta-cli-darwin-arm64.tar.gz
+a39e316c3c1e2a288d653dac86e21bd31c39a4ebcdd7153314a2681e288885db  delta-cli-linux-amd64.tar.gz
+12a88ad3d66a6a10e1ca7ecb2e505d5641cad9b30b6a5ce08d7c1a6ec6876d0d  delta-cli-linux-arm64.tar.gz
+25d765b44c267e5bb89707b64afb330a37a8a5db3489af28a17b843bec51ada4  delta-cli-windows-amd64.zip

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "@delta-infra/cli",
-  "version": "1.0.78",
+  "version": "1.0.80",
   "description": "Delta Infra CLI for sandbox compute and science tools.",
   "bin": {
     "delta-cli": "scripts/run.js"
@@ -14,20 +14,9 @@
     "scripts/install-wizard.js",
     "scripts/run.js",
     "skills/manifest.json",
-    "skills/science-tools.json",
     "skills/delta-sandbox/",
     "skills/delta-shared/",
-    "skills/delta-science/",
-    "skills/pubchem/",
-    "skills/rdkit/",
-    "skills/pymatgen/",
-    "skills/gsasii/",
-    "skills/lammps/",
-    "skills/delta-bo/",
-    "skills/ldm-bo/",
-    "skills/synbo-service/",
-    "skills/antbo-service/",
-    "skills/antbo-ldm-guard/"
+    "skills/delta-science/"
   ],
   "os": [
     "darwin",

package/scripts/install-wizard.js

@@ -42,7 +42,9 @@ const PLATFORM_LABELS = {
   },
 };
 
-const { skills: SKILL_NAMES } = require("../skills/manifest.json");
+const skillManifest = require("../skills/manifest.json");
+const SKILL_NAMES = skillManifest.skills;
+const RETIRED_SKILL_NAMES = skillManifest.retired_skills || [];
 const LANG = "zh";
 
 function platformSkillDir(platform) {
@@ -346,6 +348,9 @@ function installSkillsFromLocalPackage(platforms) {
   for (const platform of platforms) {
     const targetDir = platformSkillDir(platform);
     fs.mkdirSync(targetDir, { recursive: true });
+    for (const skill of RETIRED_SKILL_NAMES) {
+      try { fs.rmSync(path.join(targetDir, skill), { recursive: true, force: true }); } catch {}
+    }
     for (const skill of SKILL_NAMES) {
       const src = path.join(pkgSkillsDir, skill);
       if (!fs.existsSync(src)) continue;
@@ -505,7 +510,7 @@ async function stepUninstallSkills(msg) {
   let removedLocally = false;
   for (const platform of Object.keys(PLATFORM_PATHS)) {
     const dir = platformSkillDir(platform);
-    for (const skill of SKILL_NAMES) {
+    for (const skill of [...SKILL_NAMES, ...RETIRED_SKILL_NAMES]) {
       try {
         fs.rmSync(path.join(dir, skill), { recursive: true, force: true });
         removedLocally = true;
@@ -519,13 +524,17 @@ async function stepUninstallSkills(msg) {
   }
 
   try {
-    await runSilentAsync("npx", ["-y", "skills", "remove", ...SKILL_NAMES, "-g"], {
+    await runSilentAsync(
+      "npx",
+      ["-y", "skills", "remove", ...SKILL_NAMES, ...RETIRED_SKILL_NAMES, "-g"],
+      {
       timeout: 60000,
-    });
+      },
+    );
     s.stop("AI skills removed");
   } catch {
     s.stop("Warning: skill removal failed. You can retry:");
-    p.log.info(`  npx skills remove ${SKILL_NAMES.join(" ")} -g`);
+    p.log.info(`  npx skills remove ${[...SKILL_NAMES, ...RETIRED_SKILL_NAMES].join(" ")} -g`);
   }
 }
 

package/scripts/install.js

@@ -362,6 +362,7 @@ function install() {
         }
       }
       fs.chmodSync(dest, 0o755);
+      ensureExecutable(path.join(__dirname, "run.js"));
       console.error("Installed to " + dest);
     } finally {
       fs.rmSync(tmpDir, { recursive: true, force: true });
@@ -369,6 +370,12 @@ function install() {
   });
 }
 
+function ensureExecutable(filePath) {
+  try {
+    if (fs.existsSync(filePath)) fs.chmodSync(filePath, 0o755);
+  } catch {}
+}
+
 // ── Entry ──────────────────────────────────────────────────────────────────
 
 if (require.main === module) {

package/skills/delta-science/SKILL.md

@@ -1,135 +1,139 @@
 ---
 name: delta-science
-description: "Delta Science 的内部共享运行时与跨服务编排参考。不要把普通用户步骤直接路由到本 Skill；规划器必须按科学目标选择 pubchem、rdkit、pymatgen、gsasii、lammps、delta-bo、ldm-bo、synbo-service、antbo-service 或 antbo-ldm-guard，并把跨服务任务拆成具名 Skill 步骤。"
-metadata:
-  allowed-tools:
-    - read_file
-    - python_repl
-    - step_finish
+description: "公司在线 Science 能力的统一入口，所有调用都经 Delta CLI。凡是查询具体化合物/CID/SMILES/分子性质、计算分子描述符或相似度、解析晶体/CIF/空间群、模拟或精修 XRD、执行 LAMMPS、根据实验数据做贝叶斯优化、反应条件优化，以及任何 LDM/大发现模型、KRAS G12D 小分子生成优化、固定候选池/PDF2Dock 轨迹或抗体 CDRH3 优化任务，都必须使用本 Skill；不得调用旧 large-discovery-model Skill、旧 gateway 脚本、网页搜索或本地科学库绕过 Delta CLI。普通查询、比较或校验默认直接返回文本，不要主动增加 JSON/CSV、报告、图片或图表步骤；只有用户明确要求保存、导出、绘图或生成文件时才创建产物。"
 ---
 
 # Delta Science
 
-把普通的人类科学任务转换为一个或多个经过验证的 Delta CLI 调用。用户只需描述科学目标；本 Skill 负责选择工具和 operation、构造参数、执行、校验并简洁报告结果。
+把自然语言科研任务转换为最少数量、可验证的 Delta CLI Science 调用。只暴露本
+Skill；工具选择、operation、参数、跨工具交接和结果校验都在本 Skill 内完成。
 
 ## 强制调用链
 
-- 每个在线 Science 操作都必须由所选的具名 service Skill 直接执行本 Skill 的
-  `scripts/invoke.py`，最终通过 Delta CLI。禁止把 Science 步骤派发给
-  `task[general-purpose]`、通用 subagent 或自由文本子任务。
-- 第一个且唯一的实时执行工具是 `python_repl`。禁止 Bash、`list_dir`、
-  `read_file`、`which`、`where`、`ls` 和路径探测；禁止执行字面命令
-  `CLI science invoke`、`CLI`、`cli` 或 `delta-cli`。
-- `python_repl` 的工具参数对象只能包含 `code`；禁止传入 `deps`、
-  `dependencies`、`packages` 或任何其他参数。
-- `SKILLS_ROOT` 只在 Python 中通过 `os.environ["SKILLS_ROOT"]` 读取，不能把
-  `@SKILLS_ROOT` 当作文件路径。
-- 禁止使用 `httpx`、`requests`、`curl`、PowerShell Web 命令或浏览器直接访问公司网关、PubChem 或业务服务。
-- CLI 调用失败时，禁止改用本地 RDKit、pymatgen 或直接 HTTP；如实报告 CLI 或服务端错误。
-- 每次调用都使用 `scripts/invoke.py`。它负责解析 CLI 路径、安全传递 JSON、校验响应信封并记录调用链证据。
-- 不要预先检查 wrapper 源码。在 Memento 中，必须在一个 `python_repl` 中用 `subprocess.run(..., shell=False)` 和 argv 列表执行。
-- 用户请求中不需要出现 CLI 语法、operation、URL 或 JSON 字段；根据本 Skill 和 references 自动推断。
-
-固定执行形式如下：
+- 所有在线 Science 操作必须走
+  `宿主 shell/Python -> delta-science/scripts/invoke.py -> delta-cli science invoke -> Science Server`。
+- 用宿主可用的 shell 或 Python 定位当前 Skill 的 `SKILL.md` 所在目录，再以该目录下的
+  `scripts/invoke.py` 的绝对路径执行 wrapper。Claude Code 可使用
+  `CLAUDE_SKILL_DIR`；Codex 应以当前已加载 Skill 的目录为工作目录，或在已安装的 Skills
+  目录中查找精确的 `delta-science/scripts/invoke.py`。不得依赖宿主私有环境变量。
+- 禁止直接执行 `delta-cli`、`curl`、`requests`、`httpx`、浏览器和 PowerShell Web 命令；
+  禁止直接访问公司网关或业务服务 URL。
+- 禁止使用本地 RDKit、pymatgen、LAMMPS、BO、回归或 sandbox 冒充 Science 结果。
+- 执行前读取对应 reference，并从中逐字选择 operation 和请求字段；禁止凭记忆创造字段或
+  枚举值。不得读取或修改 wrapper 源码、runtime 或配置文件。
+- `tools.name` 和 `tool_endpoints.name` 是唯一权威调用名称。传给 wrapper 的 tool 和
+  endpoint 必须与当前数据库目录完全一致；CLI 和 wrapper 都不做别名映射、前缀裁剪、
+  profile 判断或 `not_found` 后改名重试。reference 与目录不一致时终止并报告配置问题。
+- 业务结果直接位于 `result["native"]`。禁止读取 `native.data` 或递归搜索结果。
+- 只有子进程退出码为 0、`result["ok"] is True` 且
+  `result["transport"] == "delta-cli"` 时，才能报告业务成功。
+
+固定 Python 模板（将 `wrapper` 替换为已定位的绝对路径）：
 
 ```python
-import json, os, subprocess, sys
-wrapper = os.path.join(os.environ["SKILLS_ROOT"], "delta-science", "scripts", "invoke.py")
-payload = {"identifier": "aspirin", "namespace": "name"}
-p = subprocess.run(
-    [sys.executable, wrapper, "--tool", "pubchem", "--endpoint", "compound-summary",
-     "--data-json", json.dumps(payload)],
-    capture_output=True, text=True,
-)
-result = json.loads(p.stdout)
+import json, subprocess, sys
+
+wrapper = "/absolute/path/to/delta-science/scripts/invoke.py"
+
+def invoke(tool, endpoint, data=None, params=None, timeout=150):
+    argv = [sys.executable, wrapper, "--tool", tool, "--endpoint", endpoint]
+    if data is not None:
+        argv += ["--data-json", json.dumps(data, ensure_ascii=False)]
+    if params is not None:
+        argv += ["--params-json", json.dumps(params, ensure_ascii=False)]
+    p = subprocess.run(
+        argv, capture_output=True, text=True, encoding="utf-8",
+        errors="replace", shell=False, timeout=timeout
+    )
+    if p.returncode != 0:
+        raise RuntimeError(p.stderr or p.stdout)
+    result = json.loads(p.stdout)
+    if result.get("ok") is not True or result.get("transport") != "delta-cli":
+        raise RuntimeError(result)
+    return result
 ```
 
-每次调用只替换 tool、endpoint 和 payload。只有 references 明确说明是查询参数时才使用 `--params-json`，否则使用 `--data-json`。必须满足 `result["ok"] is True` 且 `result["transport"] == "delta-cli"`，之后业务结果直接使用 `result["native"]`；wrapper 已完成信封解包，禁止再读取 `result["native"]["data"]`。
-
-传给 wrapper 的 tool 和 endpoint 始终使用 references 中的规范名称，例如
-`pymatgen/health`、`pymatgen/composition-parse`、`synbo/optimize`。不得自行改写为
-`chem_pymatgen_health` 等旧数据库名称；wrapper 会根据 `science_base_url` 自动选择
-canonical 或 legacy catalog，并在结果中返回 `resolved_tool`、`resolved_endpoint` 和
-`catalog_profile` 作为调用证据。
-
-根据已加载的内容选择服务。执行任何 operation 前，读取
-[references/operation-contracts.md](references/operation-contracts.md) 中该 tool 的
-对应行；这里只读取已知资源，不进行目录探测。每行给出人类情景、最小代码和 native
-投影。更复杂字段才读取其他 reference。
-
-一次成功调用并显式打印有界 JSON 后，立即调用
-`step_finish(status="done", summary=<以“【最终答案，必须逐字转发】”开头的有界纯文本>)`
-恰好一次；纯文本中的值必须来自同一 JSON，不得加单位、链接、解释或改写字符串。
-Skill final_response 与外层 Memento 必须逐字复制该 summary，不能重新排版或补充。
-失败时调用
-`step_finish(status="failed", summary=<原始错误短摘要>)`。`step_finish` 后禁止输出
-自由文本或调用任何工具。具名 service Skill 成功返回后，外层代理必须直接使用其
-summary 完成当前计划步骤；如果存在 `output_ref`，最多对该精确路径做一次原子
-`read_file`。禁止 `python_repl`、`list_dir`、寻找 CLI 或重复 Science。
-
-## 执行流程
-
-1. 在内部重述科学目标；不要向用户追问本 Skill 已经定义的实现细节。
-2. 选择能完成任务的最窄服务，并严格保持用户请求范围。推断 operation 或参数不代表可以增加用户没有要求的图片、文件、健康检查、描述符探测、分析或交付物。
-3. 如果 Memento 仅为跨步骤传递已验证数据而要求文件，可以在完成在线调用的同一个 `python_repl` 中写一个有界的内部 JSON。不得为生成或检查交接文件而重复业务调用，也不要把内部交接文件描述成用户要求的产物。
-   交接文件必须位于当前 `WORKSPACE_ROOT`（即 `@ROOT`）内；忽略任何其他
-   workspace、runner 文件或历史结果文件，绝不能用它们补全当前会话。
-4. 已知标识符直接使用。普通分子名称先由 PubChem 解析，再把返回的 SMILES 交给 RDKit。
-5. 构造最小合法参数。对于模糊探索任务使用有界默认值，并在最终答案中说明会显著影响科学结论的假设。
-6. 通过 wrapper 调用，并保留 `transport` 与 native 结果。只有进程退出码和所有响应信封均成功时，才算调用成功。
-7. 单个已命名化合物的基础查询只调用一次 PubChem `compound-summary`；成功后直接完成，不得重放。
-8. 多个已命名化合物的性质与结构相似度比较，默认只做两个 Science 调用：
-   - PubChem `compound-batch-summary`
-   - RDKit `similarity-matrix`
-
-   不得额外调用 health、parse、descriptors、fingerprint、substructure 或 render，除非用户明确需要这些不同输出。
-
-   PubChem 默认请求体必须严格为：
-
-   ```json
-   {"identifiers":["aspirin","caffeine"],"namespace":"name"}
-   ```
-
-   不要添加 `properties`、`synonym_limit` 或 `CID`。默认响应已经包含基础字段，不支持的属性会导致响应校验失败。记录位于 `native["results"]`；用每条记录的 `input` 保留原始标签，并从嵌套的 `properties` 读取属性。
-
-   两个服务应在各自规定的单个 `python_repl` 中完成。不得打印原始 stdout、stderr、完整信封或完整 native 对象。RDKit 请求使用：
-
-   ```json
-   {
-     "molecules": [{"id":"aspirin","smiles":"..."}],
-     "fingerprint": {"type":"morgan","radius":2,"n_bits":2048},
-     "sanitize": true
-   }
-   ```
-
-   `similarity-matrix` 的 `native["ranked_pairs"]` 每项固定为
-   `{"a": <输入 id>, "b": <输入 id>, "similarity": <数值>}`，不是矩阵下标。
-   禁止读取 `i`、`j` 或 `score`。找某个目标分子的最近邻时，只筛选 `a` 或
-   `b` 等于该目标的记录，取最大 `similarity` 并返回另一侧 id。
-
-9. 下游调用只能使用上一步已验证的 native 输出。禁止伪造 CIF、SMILES、粉末衍射数据、历史实验或优化观测。
-   对无机材料化学式、组成或式量，首选 pymatgen `composition-parse`；不要把
-   PubChem 的 `not_found`/404 改写为 CID、名称或式量，也不要用本地元素周期表补算。
-10. 跨服务比较时保留数据来源。例如 PubChem `XLogP` 与 RDKit `MolLogP` 使用不同模型，不得相互覆盖。
-11. 大型或二进制产物只能从文档明确的 native 字段解码。PNG 必须验证文件头为 PNG magic bytes，不能把以 `{` 开头的 JSON 保存成图片。
-12. 先报告科学结果，再列出使用的服务与 CLI 调用链证据。失败和被阻塞的后续步骤必须明确说明。
-13. 当前调用的 `native` 响应是 Skill 和 Memento 最终答案的完整证据边界。禁止补充当前结果未返回的记忆知识、机制推测、临床结论、单位、引用或链接。若规划要求了服务不支持的字段，写明“当前 Science 工具未返回该字段”，然后停止补充。
-
-14. 反应优化必须由 SynBO 或 Delta-BO 的当前 CLI `recommendations` 支持。若
-    `optimize` 返回数组维度错误、超时、空 recommendations 或失败，写入有界错误
-    交接并报告“未产生推荐”；禁止改用本地 GP、UCB、响应面、随机采样或人工排序。
-15. AntBO 启动属于远端变更。只有当前 native 同时返回 `started=true`、`pid` 与
-    `log_name` 或 `log_path` 时，才能声称作业已启动；将这些字段写入
-    `@ROOT/antbo_submission.json` 后由主代理读取。字段缺失时不得编造或重复提交。
-16. LAMMPS 最终答复只读取本次 `@ROOT/lammps_result.json`。逐字保留
-    `final_step`、`final_temperature`、`final_total_energy` 和 `last_thermo`；
-    禁止将总能量除以原子数、替换步数、换算单位或推测物理收敛性。
-17. 如果请求的 operation 不在当前 CLI catalog 中，不调用工具、不探测路径、不直连
-    HTTP，直接说明该 operation 尚未暴露且“未发送远端请求”。AntBO 当前支持
-    `health/run-default-job/run/log/jobs/stop`；`ldm/suggest` 不可由 Skill 补齐，
-    也不得改用小分子 LDM-BO。
-
-每次 Skill 回答结尾都保留以下中文交接信息：
+只调用完成目标所需的 operation。跨工具任务在同一个 Skill 执行中按依赖顺序调用，
+下游只能使用上一步已验证的 `native`。已知工具不要额外调用 health、schema、
+catalog、render、descriptors 或文件操作，除非用户确实要求对应结果。
+
+## 选择工具
+
+| 科研目标 | tool | 详细规则 |
+| --- | --- | --- |
+| 化合物身份、CID、同义词、公共属性、名称转 SMILES | `pubchem` | [pubchem.md](references/pubchem.md) |
+| SMILES/InChI、描述符、指纹、相似度、渲染、子结构 | `rdkit` | [rdkit.md](references/rdkit.md) |
+| 无机化学式、CIF/POSCAR、晶体结构、空间群 | `pymatgen` | [pymatgen.md](references/pymatgen.md) |
+| 粉末衍射模拟、Rietveld 精修 | `gsasii` | [gsasii.md](references/gsasii.md) |
+| 分子动力学、最小化、thermo 与输出文件 | `lammps` | [lammps.md](references/lammps.md) |
+| 通用数值/整数/分类实验变量优化 | `delta-bo` | [delta-bo.md](references/delta-bo.md) |
+| 固定候选池 next-SMILES、PDF2Dock、分子 BO 轨迹 | `ldm-bo` | [ldm-bo.md](references/ldm-bo.md) |
+| KRAS G12D 小分子生成、vina/activity 多目标迭代 | `strbo` | [strbo.md](references/strbo.md) |
+| 反应条件初始化、基于真实得率推荐下一批实验 | `synbo` | [synbo.md](references/synbo.md) |
+| 抗体 CDRH3 生成/评估及 AntBO 作业管理 | `antbo` | [antbo.md](references/antbo.md) |
+
+用户使用 “LDM”“大发现模型”“小分子药 LDM” 或 “抗体 LDM” 表述完整科研流程时，
+先读取 [ldm.md](references/ldm.md)，再只读取其中选定后端对应的一个 reference。
+`ldm.md` 是编排规则，不是 tool，不得把 `ldm` 当作 `--tool` 参数。
+
+工具明确时直接读取所选 tool 的 reference，其中已经包含 operation、参数和最小场景；
+不要读取其他工具文档。只有任务在两个或多个工具之间存在歧义时，才先读
+[routing-index.md](references/routing-index.md)。跨工具任务再读
+[workflows.md](references/workflows.md)。
+
+本表是经过验证的科研路由，不是服务端工具清单。若用户明确点名本表之外的新工具，
+允许通过宿主 shell/Python 运行同目录的 `scripts/catalog.py --tools`，再使用目录返回
+的精确 tool name 运行一次 `catalog.py --endpoints <tool>`；两次读取都必须满足
+`transport="delta-cli"`。不得用空 body、错误参数、health、help、源码、wrapper 或
+直接 HTTP 探测。实时 endpoint 元数据若没有足够的请求字段契约，应说明“目录已发现，
+但服务端未提供可安全构造请求的 schema”，不得猜 body、模糊匹配或转换名称。新增工具
+因此无需修改 CLI；只有需要自然语言自动选路或自动组装参数时，才补充对应 reference。
+
+## 路由边界
+
+- 普通分子名称先用 PubChem；只有需要结构计算时才把成功返回的 SMILES 交给 RDKit。
+- 无机化学式、组成和式量优先 pymatgen，不用 PubChem 或本地元素表补算。
+- 通用实验变量使用 Delta-BO；已有固定 SMILES 候选池或 PDF2Dock 轨迹使用 LDM-BO；
+  围绕服务端固定 KRAS G12D 生成并迭代小分子使用 STRBO；偶联反应、反应条件和历史
+  得率使用 SynBO；抗体/CDRH3 使用 AntBO，不得混用。
+- 在线 LDM、STRBO、AntBO 和 LDM-BO 任务不得转交旧 `large-discovery-model` Skill，
+  不得运行其 gateway 脚本或内置服务地址。离线演示不属于公司 Science 结果；只有用户
+  明确要求“不调用公司资源”时才能说明该边界，但本 Skill 仍不得运行旧 Skill。
+- GSAS-II 精修必须有真实粉末数据、仪器参数和 phase CIF。LAMMPS 必须有明确的
+  input/data/force-field；禁止编造实验数据、CIF、力场、历史观测或优化结果。
+
+## 安全、重试与产物
+
+- `run-default-job`、`run`、`stop` 等远程变更必须由用户明确授权。结果未知、超时或
+  断连时不得重试，因为远端操作可能已经发生。
+- 参数校验、502、504、timeout、空 recommendations 和后端失败均按本次失败结束。
+  SynBO 每个用户任务最多一次业务调用；不得换模型、换 acquisition 或改用本地算法。
+- wrapper 第一次返回失败后立即向用户返回原始错误的短摘要（包含 `stage` 和
+  `error_type`）。不得读取 wrapper/runtime/config、不得运行 `delta-cli config/auth/help`、
+  不得修改环境变量、
+  不得伪造 UID、令牌或 API Key，也不得改 operation、参数或调用链重试。
+- `X-User-Uid`、登录、quota 或 permission 错误属于终止性认证错误；只转发原始错误和
+  登录提示。Skill 绝不自行登录、检查凭据、猜测用户标识或尝试绕过 quota。
+- 重型调用串行执行。客户端超时不代表远端计算已取消。
+- 用户未要求文件时不创建 CSV、图片或报告。内部交接文件只能写入当前
+  `WORKSPACE_ROOT`，不得读取其他会话 workspace 或历史结果补全当前任务。
+- 外层规划器自动附加的路径、JSON、图表或报告不等同于用户明确要求。若任务本质只是
+  查询、比较或校验，直接返回最小文本结果；不得为了满足附加产物而重复 Science 调用。
+- 二进制产物只解码文档明确的字段；PNG 必须验证 magic bytes。
+
+## 输出
+
+将当前 `native` 投影为用户要求的最小结果；逐字保留字符串、数值、警告和来源。
+不得补充 native 未返回的单位、机制、引用、链接、预测值或记忆知识。预测结果不得
+描述为实测结果。
+成功取得最后一个所需 native 后，直接将其投影为最终答复。禁止为了排序、排版、生成
+表格或摘要再次执行 wrapper，也禁止把 native 手工复制成新的 Python/JSON 字面量；简单
+筛选、比较和文本组织直接在最终答复中完成。
+
+成功时只返回由当前 native 生成的有界纯文本；失败时只返回包含 `stage`、`error_type` 的
+原始错误短摘要。完成后不得重新计算、改写或用手工建议替代成功/失败的 Science 结果。
+
+每次成功结果保留：
 
 ```text
 证据边界：仅限当前 Delta CLI native 结果
@@ -137,35 +141,10 @@ summary 完成当前计划步骤；如果存在 `output_ref`，最多对该精
 禁止补充未返回内容：是
 ```
 
-## 服务选择
-
-| 用户需求 | 服务 |
-| --- | --- |
-| 化合物身份、CID、名称、同义词和公共属性 | PubChem |
-| SMILES 校验、描述符、渲染、相似度和 SMARTS | RDKit |
-| 化学式、组成、CIF/POSCAR、晶体结构和对称性 | pymatgen |
-| 粉末衍射模拟或精修 | GSAS-II |
-| 有界分子动力学或能量最小化 | LAMMPS |
-| 通用实验参数优化 | Delta-BO |
-| 分子 next-SMILES 推荐或 BO 轨迹 | LDM-BO |
-| 分类反应条件初始化或优化 | SynBO |
-| 抗体优化作业 | AntBO |
-
-## 安全与重试
-
-- AntBO 启动/停止、Delta-BO 有状态命令和结果不明确的长任务属于远端变更。没有用户明确授权时不得执行或重试。
-- health、查询、解析、描述符和 dry-run 属于只读操作。
-- 参数校验错误不要重试；只读请求遇到临时网络错误最多重试一次；超时的变更操作绝不自动重试。
-- 重型服务串行运行。客户端超时不代表远端计算已取消。
-- 已经取得所需信息后，不要探测未记录的枚举值或替代参数。参数实验属于独立回归任务，不属于普通用户请求。
-- SynBO `optimize` 当前存在已知的后端数组维度问题，常规回归中跳过；只有用户明确要求时才测试。
-
 ## 完成标准
 
-只有同时满足以下条件，任务才算完成：
-
-- 每个声称的科学数值都来自当前运行；
-- 每个在线操作都有 `transport="delta-cli"` 的 wrapper 证据；
-- 依赖调用使用了真实的上游 native 输出；
-- 失败被归类为 CLI/配置、Science Server、公司后端、参数校验或超时；
-- 没有使用直接 HTTP 或本地科学库替代。
+- 每个在线操作都有 `transport="delta-cli"` 证据；
+- 每个科学数值来自当前调用的 native；
+- 下游输入来自当前任务中已验证的上游结果；
+- 失败准确归类为配置、CLI、参数、Science Server、业务服务或超时；
+- 没有直接 HTTP、本地科学库、跨会话文件或人工结果替代。

package/skills/delta-science/agents/openai.yaml

@@ -1,4 +1,4 @@
 interface:
-  display_name: "Delta Science 公共运行时"
-  short_description: "为具名 Science Skill 提供共享 CLI 调用和交接契约"
-  default_prompt: "使用 $delta-science 规划跨服务 Science 流程并拆分为具名 Skill 步骤。"
+  display_name: "Delta Science"
+  short_description: "通过 Delta CLI 统一调用并编排全部 Science 工具"
+  default_prompt: "使用 $delta-science 分析科研目标，选择合适工具并通过 Delta CLI 完成任务。"

package/skills/{antbo-service/references/operations.md → delta-science/references/antbo.md}

@@ -1,8 +1,11 @@
-# AntBO operation 契约
+# AntBO 详细规则
 
 在 `SKILL.md` 的 wrapper 模板中设置 `endpoint`、`data`、`params`。业务结果直接位于
 `r["native"]`。标为“变更”的 operation 只有用户明确授权时才能执行，且不得重试。
 
+抗体/CDRH3 场景即使出现 “LDM” 也不得改用小分子 LDM-BO 或 STRBO。当前 catalog
+同时暴露 CDRH3 生成/建议/评估接口和传统 AntBO 作业管理接口。
+
 ## health（只读）
 
 - 情景：检查远程 AntBO 环境是否可用。
@@ -15,6 +18,9 @@
 - 代码：`endpoint="run-default-job"; data=None; params={"log_name":"antbo_<唯一时间戳>.log","append":False,"timeout_seconds":86400}`
 - 投影：started、pid、log_name/log_path、timeout_seconds；未知结果禁止重试。
 
+只有同一次 native 同时包含 `started=true`、非空 `pid` 以及 `log_name` 或
+`log_path` 时，才能声称作业已启动；字段缺失时标记为未验证，不得重复提交。
+
 ## run（重型变更）
 
 - 情景：用户明确给出受限 AntBO 脚本、配置、抗原文件并要求同步执行。
@@ -39,7 +45,56 @@
 - 代码：`endpoint="stop"; data=None; params={"pid":12345}`
 - 投影：stopped、pid、message；不得盲目重试或在多任务时无参数调用。
 
-## 当前不支持：AntBO LDM
+## CDRH3 生成与优化
+
+服务端支持的抗原由 health 的 `supported_antigens` 决定；不得猜测或把任意蛋白文件
+路径当成 antigen。部署通常支持 `1ADQ_A`、`1FBI_X`、`1H0D_C`、`1NSN_S`、
+`1OB1_C`，但执行前以当前服务响应和用户选择为准。
+
+### ldm-health（只读）
+
+- 代码：`endpoint="ldm-health"; data=None; params=None`
+- 投影：supported_antigens、cdrh3_length、objective、Absolut/模型真实性字段。
+
+### ldm-init / ldm-init-validate
+
+```json
+{
+  "task": "为指定抗原生成初始 CDRH3 候选",
+  "num_initial": 3,
+  "antigen": "1ADQ_A",
+  "seed": 42
+}
+```
+
+只校验参数时使用 `ldm-init-validate`；正式生成使用 `ldm-init`。成功候选必须是服务
+返回的 CDRH3 序列，不得由模型自行编造。
+
+### ldm-suggest / ldm-suggest-validate
+
+```json
+{
+  "task": "继续降低抗原结合能",
+  "history_xs": ["ARVGYSLYAMD", "AKYGGYDYAMD"],
+  "history_ys": [-18.2, -17.4],
+  "num_suggestions": 2,
+  "antigen": "1ADQ_A",
+  "seed": 42
+}
+```
+
+AntBO 是单目标，`history_ys` 必须是一维有限数值数组，并与 `history_xs` 等长。
+每条 CDRH3 必须是 11 个标准氨基酸字符；以 `ldm-health` 当前返回的
+`cdrh3_length` 为最终约束。
+
+### evaluate / evaluate-validate
+
+```json
+{
+  "designs": ["ARVGYSLYAMD", "AKYGGYDYAMD"],
+  "antigen": "1ADQ_A"
+}
+```
 
-`ldm/suggest`、`ldm/initialize`、`ldm/evaluate` 不在 CLI catalog。不得调用工具或
-切换到分子 `ldm-bo`，以 Skill 规定的固定能力边界答复结束步骤。
+成功 score 数量必须与 designs 一致；结合能越低越好。生成、建议和评估均为远端重型
+调用，结果未知或超时时不得重试，也不得用本地随机分数补全。