@delta-infra/cli 1.0.75 → 1.0.77

package/skills/pymatgen/references/endpoints.md

@@ -1,68 +1,68 @@
-# pymatgen Endpoint Reference
-
-All paths are relative to `http://111.2.199.31:52317/api/v1`.
-
-## Health
-
-`GET /chem/pymatgen/health`
-
-## Composition Parse
-
-`POST /chem/pymatgen/composition/parse`
-
-```json
-{"formula": "LiFePO4", "format": "formula"}
-```
-
-Key response fields in `data`: `valid`, `formula`, `reduced_formula`,
-`alphabetic_formula`, `anonymous_formula`, `chemical_system`,
-`number_of_atoms`, `weight`, `element_amounts`, `atomic_fractions`,
-`weight_fractions`, `error`.
-
-## Structure Parse / Summary
-
-`POST /chem/pymatgen/structure/parse`
-
-`POST /chem/pymatgen/structure/summary`
-
-```json
-{"input": "<CIF text>", "format": "cif", "primitive": false}
-```
-
-Input formats: `cif`, `poscar`, `json`, `cssr`, `xsf`.
-
-Summary fields include `formula`, `reduced_formula`, `chemical_system`,
-`nsites`, `nelements`, `density`, `volume`, `lattice`, `element_amounts`, and
-`species`.
-
-## Structure Convert
-
-`POST /chem/pymatgen/structure/convert`
-
-```json
-{
-  "input": "<CIF text>",
-  "input_format": "cif",
-  "output_format": "poscar",
-  "primitive": false
-}
-```
-
-Output formats: `cif`, `poscar`, `json`, `cssr`, `xsf`.
-
-## Symmetry
-
-`POST /chem/pymatgen/structure/symmetry`
-
-```json
-{
-  "input": "<CIF text>",
-  "format": "cif",
-  "primitive": false,
-  "symprec": 0.01,
-  "angle_tolerance": 5.0
-}
-```
-
+# pymatgen Endpoint Reference
+
+All paths are relative to `http://111.2.199.31:52317/api/v1`.
+
+## Health
+
+`GET /chem/pymatgen/health`
+
+## Composition Parse
+
+`POST /chem/pymatgen/composition/parse`
+
+```json
+{"formula": "LiFePO4", "format": "formula"}
+```
+
+Key response fields in `data`: `valid`, `formula`, `reduced_formula`,
+`alphabetic_formula`, `anonymous_formula`, `chemical_system`,
+`number_of_atoms`, `weight`, `element_amounts`, `atomic_fractions`,
+`weight_fractions`, `error`.
+
+## Structure Parse / Summary
+
+`POST /chem/pymatgen/structure/parse`
+
+`POST /chem/pymatgen/structure/summary`
+
+```json
+{"input": "<CIF text>", "format": "cif", "primitive": false}
+```
+
+Input formats: `cif`, `poscar`, `json`, `cssr`, `xsf`.
+
+Summary fields include `formula`, `reduced_formula`, `chemical_system`,
+`nsites`, `nelements`, `density`, `volume`, `lattice`, `element_amounts`, and
+`species`.
+
+## Structure Convert
+
+`POST /chem/pymatgen/structure/convert`
+
+```json
+{
+  "input": "<CIF text>",
+  "input_format": "cif",
+  "output_format": "poscar",
+  "primitive": false
+}
+```
+
+Output formats: `cif`, `poscar`, `json`, `cssr`, `xsf`.
+
+## Symmetry
+
+`POST /chem/pymatgen/structure/symmetry`
+
+```json
+{
+  "input": "<CIF text>",
+  "format": "cif",
+  "primitive": false,
+  "symprec": 0.01,
+  "angle_tolerance": 5.0
+}
+```
+
 Returns `space_group_symbol`, `space_group_number`, `crystal_system`,
 `point_group_symbol`, `hall`, and `nsites`.

package/skills/rdkit/SKILL.md

@@ -1,107 +1,112 @@
----
-name: rdkit
-description: 当用户需要通过已部署的 Delta Science 服务校验或规范化 SMILES/InChI、计算 RDKit 描述符、指纹、相似度、渲染或子结构筛选时使用。所有实时请求只能由 python_repl 直接执行 delta-science Skill 的 invoke.py；禁止 Bash、目录探测、直接 HTTP、本地 RDKit 和 native.data 路径。
----
-
-# RDKit 服务
-
-## 不可违反的执行规则
-
-1. 第一个且唯一允许用于实时 Science 调用的工具是 `python_repl`。
-   `python_repl` 的工具参数对象只能包含 `code`；禁止 `deps`、`dependencies`、
-   `packages` 或其他参数。
-2. 在 `python_repl` 中直接执行同级 Skill 的
-   `$SKILLS_ROOT/delta-science/scripts/invoke.py`。`SKILLS_ROOT` 只能通过
-   `os.environ["SKILLS_ROOT"]` 读取，不能把 `@SKILLS_ROOT` 当成目录。
-3. 禁止使用 Bash、`list_dir`、`read_file`、`which`、`where`、`ls`，禁止检查
-   wrapper 或寻找 CLI，禁止执行字面命令 `CLI`、`cli`、`delta-cli`。
-4. 禁止 `curl`、`requests`、`httpx`、浏览器和本地 RDKit 回退。
-5. wrapper 成功后，业务结果就在 `result["native"]` 顶层；绝不读取
-   `result["native"]["data"]`。
-6. 一个请求只执行完成任务所需的最少调用。失败后不得自行探测路径、改走 HTTP
-   或改用本地计算。
-
-## 唯一调用模板
-
-```python
-import json, os, subprocess, sys
-wrapper = os.path.join(os.environ["SKILLS_ROOT"], "delta-science", "scripts", "invoke.py")
-payload = {
-    "molecules": [{"id": "aspirin", "smiles": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O"}],
-    "descriptor_set": "basic",
-    "sanitize": True,
-}
-p = subprocess.run(
-    [sys.executable, wrapper, "--tool", "rdkit", "--endpoint", "batch-parse-describe",
-     "--data-json", json.dumps(payload)],
-    capture_output=True, text=True, shell=False,
-)
-if p.returncode != 0:
-    raise RuntimeError(p.stderr or p.stdout)
-r = json.loads(p.stdout)
-if r.get("ok") is not True or r.get("transport") != "delta-cli":
-    raise RuntimeError(r)
-n = r["native"]
-item = n["results"][0]
-answer = {
-    "endpoint": r["endpoint"],
-    "valid": item["valid"],
-    "canonical_smiles": item.get("canonical_smiles"),
-    "descriptors": item.get("descriptors"),
-    "warnings": item.get("warnings", []),
-}
-print(json.dumps(answer, ensure_ascii=False))
-```
-
-只替换 payload 和逻辑 endpoint。不要先调用 health，也不要增加第二次 parse 或
-descriptors 调用。只要进程退出码、`ok`、`transport` 和解析均成功，本次调用就已
-完成；不得因为界面未显示 Python 表达式值而重复调用，不得通过打印 stdout、stderr
-或完整 native 调试。
-
-成功打印有界 JSON 后，立即调用 `step_finish(status="done", summary=<该 JSON>)`
-恰好一次，不设置 `output_ref`，随后不得输出自由文本或调用工具。失败时调用
-`step_finish(status="failed", summary=<原始错误的短摘要>)`，禁止重试、调试打印或
-路径探测。
-
-## 端点选择
-
-- 同时要求解析和基础描述符：只调用一次 `batch-parse-describe`，payload 必须使用
-  `molecules`，每项使用 `id` 和 `smiles`；`descriptor_set` 为 `basic`，
-  `sanitize` 为 `true`。
-- 只解析或规范化一个输入：`parse`，payload 为
-  `{"input":"...","format":"smiles"}` 或相应 InChI 格式。
-- 只计算描述符：`descriptors`；批量只计算描述符：`batch-descriptors`。
-- 两个分子的相似度：`similarity`；多个分子的全对相似度：
-  `similarity-matrix`。
-- 渲染：`render`；指纹：`fingerprint`；SMARTS 筛选：`substructure`。
-
-非默认 operation 先读 `references/operations.md` 中对应小节；完整字段和允许值再见
-`references/endpoints.md`。不要根据其他服务相似端点猜 schema。
-
-## 多分子相似度
-
-名称必须先由 PubChem Skill 得到 SMILES，再执行一次 `similarity-matrix`：
-
-```python
-payload = {
-    "molecules": [{"id": name, "smiles": smiles} for name, smiles in resolved],
-    "fingerprint": {"type": "morgan", "radius": 2, "n_bits": 2048},
-    "sanitize": True,
-}
-```
-
-结果从 `n["matrix"]` 和 `n["ranked_pairs"]` 读取。每个排名项固定为
-`{"a": 名称, "b": 名称, "similarity": 数值}`；禁止读取 `i`、`j`、
-`score`，禁止自行重算或添加阈值解释。
-
-## 结果与失败边界
-
-- 只报告本次 `native` 返回的字段、数值和警告，不用记忆补值。
-- 描述符只能逐项复制 `item["descriptors"]` 中实际存在的键和值；不得补充
-  `NumAromaticRings`、形式电荷、官能团、手性、结构原因、单位或解释，除非这些字段
-  确实由本次 native 返回且用户明确要求。
-- `valid: false` 是化学输入校验失败，原样报告 `error`/`warnings`。
-- wrapper、CLI 或后端失败时，报告实际阶段和错误；不要继续探测或回退。
-- 渲染结果只有在解码后的字节以 PNG magic bytes 开头时才能保存为 `.png`；禁止
-  把 JSON envelope 保存成图片。
-- PubChem 的 `XLogP` 与 RDKit 的 `MolLogP` 不是同一来源，不得互相替代。
+---
+name: rdkit
+description: 当用户需要通过已部署的 Delta Science 服务校验或规范化 SMILES/InChI、计算 RDKit 描述符、指纹、相似度、渲染或子结构筛选时使用。所有实时请求只能由 python_repl 直接执行 delta-science Skill 的 invoke.py；禁止 Bash、目录探测、直接 HTTP、本地 RDKit 和 native.data 路径。
+metadata:
+  allowed-tools:
+    - read_file
+    - python_repl
+    - step_finish
+---
+
+# RDKit 服务
+
+## 不可违反的执行规则
+
+1. 第一个且唯一允许用于实时 Science 调用的工具是 `python_repl`。
+   `python_repl` 的工具参数对象只能包含 `code`；禁止 `deps`、`dependencies`、
+   `packages` 或其他参数。
+2. 在 `python_repl` 中直接执行同级 Skill 的
+   `$SKILLS_ROOT/delta-science/scripts/invoke.py`。`SKILLS_ROOT` 只能通过
+   `os.environ["SKILLS_ROOT"]` 读取，不能把 `@SKILLS_ROOT` 当成目录。
+3. 禁止使用 Bash、`list_dir`、`read_file`、`which`、`where`、`ls`，禁止检查
+   wrapper 或寻找 CLI，禁止执行字面命令 `CLI`、`cli`、`delta-cli`。
+4. 禁止 `curl`、`requests`、`httpx`、浏览器和本地 RDKit 回退。
+5. wrapper 成功后，业务结果就在 `result["native"]` 顶层；绝不读取
+   `result["native"]["data"]`。
+6. 一个请求只执行完成任务所需的最少调用。失败后不得自行探测路径、改走 HTTP
+   或改用本地计算。
+
+## 唯一调用模板
+
+```python
+import json, os, subprocess, sys
+wrapper = os.path.join(os.environ["SKILLS_ROOT"], "delta-science", "scripts", "invoke.py")
+payload = {
+    "molecules": [{"id": "aspirin", "smiles": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O"}],
+    "descriptor_set": "basic",
+    "sanitize": True,
+}
+p = subprocess.run(
+    [sys.executable, wrapper, "--tool", "rdkit", "--endpoint", "batch-parse-describe",
+     "--data-json", json.dumps(payload)],
+    capture_output=True, text=True, shell=False,
+)
+if p.returncode != 0:
+    raise RuntimeError(p.stderr or p.stdout)
+r = json.loads(p.stdout)
+if r.get("ok") is not True or r.get("transport") != "delta-cli":
+    raise RuntimeError(r)
+n = r["native"]
+item = n["results"][0]
+answer = {
+    "endpoint": r["endpoint"],
+    "valid": item["valid"],
+    "canonical_smiles": item.get("canonical_smiles"),
+    "descriptors": item.get("descriptors"),
+    "warnings": item.get("warnings", []),
+}
+print(json.dumps(answer, ensure_ascii=False))
+```
+
+只替换 payload 和逻辑 endpoint。不要先调用 health，也不要增加第二次 parse 或
+descriptors 调用。只要进程退出码、`ok`、`transport` 和解析均成功，本次调用就已
+完成；不得因为界面未显示 Python 表达式值而重复调用，不得通过打印 stdout、stderr
+或完整 native 调试。
+
+成功打印有界 JSON 后，立即调用 `step_finish(status="done", summary=<该 JSON>)`
+恰好一次，不设置 `output_ref`，随后不得输出自由文本或调用工具。失败时调用
+`step_finish(status="failed", summary=<原始错误的短摘要>)`，禁止重试、调试打印或
+路径探测。
+
+## 端点选择
+
+- 同时要求解析和基础描述符：只调用一次 `batch-parse-describe`，payload 必须使用
+  `molecules`，每项使用 `id` 和 `smiles`；`descriptor_set` 为 `basic`，
+  `sanitize` 为 `true`。
+- 只解析或规范化一个输入：`parse`，payload 为
+  `{"input":"...","format":"smiles"}` 或相应 InChI 格式。
+- 只计算描述符：`descriptors`；批量只计算描述符：`batch-descriptors`。
+- 两个分子的相似度：`similarity`；多个分子的全对相似度：
+  `similarity-matrix`。
+- 渲染：`render`；指纹：`fingerprint`；SMARTS 筛选：`substructure`。
+
+非默认 operation 先读 `references/operations.md` 中对应小节；完整字段和允许值再见
+`references/endpoints.md`。不要根据其他服务相似端点猜 schema。
+
+## 多分子相似度
+
+名称必须先由 PubChem Skill 得到 SMILES，再执行一次 `similarity-matrix`：
+
+```python
+payload = {
+    "molecules": [{"id": name, "smiles": smiles} for name, smiles in resolved],
+    "fingerprint": {"type": "morgan", "radius": 2, "n_bits": 2048},
+    "sanitize": True,
+}
+```
+
+结果从 `n["matrix"]` 和 `n["ranked_pairs"]` 读取。每个排名项固定为
+`{"a": 名称, "b": 名称, "similarity": 数值}`；禁止读取 `i`、`j`、
+`score`，禁止自行重算或添加阈值解释。
+
+## 结果与失败边界
+
+- 只报告本次 `native` 返回的字段、数值和警告，不用记忆补值。
+- 描述符只能逐项复制 `item["descriptors"]` 中实际存在的键和值；不得补充
+  `NumAromaticRings`、形式电荷、官能团、手性、结构原因、单位或解释，除非这些字段
+  确实由本次 native 返回且用户明确要求。
+- `valid: false` 是化学输入校验失败，原样报告 `error`/`warnings`。
+- wrapper、CLI 或后端失败时，报告实际阶段和错误；不要继续探测或回退。
+- 渲染结果只有在解码后的字节以 PNG magic bytes 开头时才能保存为 `.png`；禁止
+  把 JSON envelope 保存成图片。
+- PubChem 的 `XLogP` 与 RDKit 的 `MolLogP` 不是同一来源，不得互相替代。

package/skills/rdkit/agents/openai.yaml

@@ -1,4 +1,4 @@
-interface:
-  display_name: "RDKit ?????"
-  short_description: "?? Delta CLI ?????????????????"
-  default_prompt: "?? $rdkit ???????????????????"
+interface:
+  display_name: "RDKit 化学信息学"
+  short_description: "通过 Delta CLI 解析分子并计算描述符、相似度和子结构"
+  default_prompt: "使用 $rdkit 校验这些分子并完成所需的结构计算。"

package/skills/rdkit/references/endpoints.md

@@ -1,133 +1,133 @@
-# RDKit Endpoint Reference
-
-在 Memento 中只能通过 `delta-science/scripts/invoke.py` 调用。wrapper 已解包服务
-信封，因此以下业务响应在 wrapper 结果中位于 `result["native"]` 顶层；禁止读取
-`result["native"]["data"]`。本文件中的 URL 只说明 schema，不授权直接 HTTP。
-
-All paths are relative to `http://111.2.199.31:52317/api/v1`.
-
-## Health
-
-`GET /chem/rdkit/health`
-
-## Parse
-
-`POST /chem/rdkit/parse`
-
-```json
-{"input": "CCO", "format": "smiles", "sanitize": true}
-```
-
-Formats: `smiles`, `inchi`, `molblock`.
-
-Key response fields in `data`: `valid`, `canonical_smiles`, `formula`,
-`molecular_weight`, `exact_molecular_weight`, `inchi_key`, `atom_count`,
-`heavy_atom_count`, `bond_count`, `warnings`, `error`.
-
-## Descriptors
-
-`POST /chem/rdkit/descriptors`
-
-```json
-{"smiles": "CCO", "descriptor_set": "basic", "sanitize": true}
-```
-
-`descriptor_set` currently supports `basic`. Descriptor keys include `Formula`,
-`MolWt`, `ExactMolWt`, `HeavyAtomMolWt`, `TPSA`, `MolLogP`, `NumHDonors`,
-`NumHAcceptors`, `NumRotatableBonds`, `RingCount`, `FractionCSP3`,
-`HeavyAtomCount`, `AtomCount`, and `BondCount`.
-
-## Batch Descriptors
-
-`POST /chem/rdkit/batch-descriptors`
-
-```json
-{"smiles": ["CCO", "c1ccccc1"], "descriptor_set": "basic", "sanitize": true}
-```
-
-Limits: 1-500 SMILES.
-
-## Batch Parse Describe
-
-`POST /chem/rdkit/batch-parse-describe`
-
-```json
-{
-  "molecules": [
-    {"id": "aspirin", "smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O"},
-    {"id": "caffeine", "smiles": "Cn1cnc2c1c(=O)n(C)c(=O)n2C"}
-  ],
-  "descriptor_set": "basic",
-  "fingerprint": {"type": "morgan", "radius": 2, "n_bits": 2048},
-  "sanitize": true
-}
-```
-
-Limits: 1-500 molecules. Returns per-item `valid`, `canonical_smiles`, parse
-fields, `descriptors`, optional `fingerprint_metadata`, `on_bits`, `bit_count`,
-`warnings`, and `error`.
-
-## Render
-
-`POST /chem/rdkit/render`
-
-```json
-{"smiles": "CCO", "image_format": "svg", "width": 450, "height": 320}
-```
-
-Image formats: `svg`, `png`. SVG returns text; PNG returns base64.
-Width/height range: 150-2000.
-
-## Fingerprint
-
-`POST /chem/rdkit/fingerprint`
-
-```json
-{"smiles": "CCO", "radius": 2, "n_bits": 2048}
-```
-
-Morgan fingerprint parameters: `radius` 1-6, `n_bits` 128-8192.
-
-## Similarity
-
-`POST /chem/rdkit/similarity`
-
-```json
-{"query_smiles": "CCO", "target_smiles": "CCCO", "radius": 2, "n_bits": 2048}
-```
-
-Returns Tanimoto similarity.
-
-## Similarity Matrix
-
-`POST /chem/rdkit/similarity-matrix`
-
-```json
-{
-  "molecules": [
-    {"id": "aspirin", "smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O"},
-    {"id": "ibuprofen", "smiles": "CC(C)Cc1ccc(cc1)[C@@H](C)C(=O)O"}
-  ],
-  "fingerprint": {"type": "morgan", "radius": 2, "n_bits": 2048},
-  "sanitize": true
-}
-```
-
-Returns `matrix` in input order and `ranked_pairs` sorted by descending
-Tanimoto similarity. Each ranked record is named, not index-based:
-
-```json
-{"a":"aspirin","b":"ibuprofen","similarity":0.195122}
-```
-
-Do not expect `i`, `j`, or `score` fields.
-
-## Substructure
-
-`POST /chem/rdkit/substructure`
-
-```json
-{"query_smarts": "c1ccccc1", "target_smiles": ["c1ccccc1", "CCO"]}
-```
-
-Limits: SMARTS max length 5000; target list size 1-500.
+# RDKit Endpoint Reference
+
+在 Memento 中只能通过 `delta-science/scripts/invoke.py` 调用。wrapper 已解包服务
+信封，因此以下业务响应在 wrapper 结果中位于 `result["native"]` 顶层；禁止读取
+`result["native"]["data"]`。本文件中的 URL 只说明 schema，不授权直接 HTTP。
+
+All paths are relative to `http://111.2.199.31:52317/api/v1`.
+
+## Health
+
+`GET /chem/rdkit/health`
+
+## Parse
+
+`POST /chem/rdkit/parse`
+
+```json
+{"input": "CCO", "format": "smiles", "sanitize": true}
+```
+
+Formats: `smiles`, `inchi`, `molblock`.
+
+Key response fields in `data`: `valid`, `canonical_smiles`, `formula`,
+`molecular_weight`, `exact_molecular_weight`, `inchi_key`, `atom_count`,
+`heavy_atom_count`, `bond_count`, `warnings`, `error`.
+
+## Descriptors
+
+`POST /chem/rdkit/descriptors`
+
+```json
+{"smiles": "CCO", "descriptor_set": "basic", "sanitize": true}
+```
+
+`descriptor_set` currently supports `basic`. Descriptor keys include `Formula`,
+`MolWt`, `ExactMolWt`, `HeavyAtomMolWt`, `TPSA`, `MolLogP`, `NumHDonors`,
+`NumHAcceptors`, `NumRotatableBonds`, `RingCount`, `FractionCSP3`,
+`HeavyAtomCount`, `AtomCount`, and `BondCount`.
+
+## Batch Descriptors
+
+`POST /chem/rdkit/batch-descriptors`
+
+```json
+{"smiles": ["CCO", "c1ccccc1"], "descriptor_set": "basic", "sanitize": true}
+```
+
+Limits: 1-500 SMILES.
+
+## Batch Parse Describe
+
+`POST /chem/rdkit/batch-parse-describe`
+
+```json
+{
+  "molecules": [
+    {"id": "aspirin", "smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O"},
+    {"id": "caffeine", "smiles": "Cn1cnc2c1c(=O)n(C)c(=O)n2C"}
+  ],
+  "descriptor_set": "basic",
+  "fingerprint": {"type": "morgan", "radius": 2, "n_bits": 2048},
+  "sanitize": true
+}
+```
+
+Limits: 1-500 molecules. Returns per-item `valid`, `canonical_smiles`, parse
+fields, `descriptors`, optional `fingerprint_metadata`, `on_bits`, `bit_count`,
+`warnings`, and `error`.
+
+## Render
+
+`POST /chem/rdkit/render`
+
+```json
+{"smiles": "CCO", "image_format": "svg", "width": 450, "height": 320}
+```
+
+Image formats: `svg`, `png`. SVG returns text; PNG returns base64.
+Width/height range: 150-2000.
+
+## Fingerprint
+
+`POST /chem/rdkit/fingerprint`
+
+```json
+{"smiles": "CCO", "radius": 2, "n_bits": 2048}
+```
+
+Morgan fingerprint parameters: `radius` 1-6, `n_bits` 128-8192.
+
+## Similarity
+
+`POST /chem/rdkit/similarity`
+
+```json
+{"query_smiles": "CCO", "target_smiles": "CCCO", "radius": 2, "n_bits": 2048}
+```
+
+Returns Tanimoto similarity.
+
+## Similarity Matrix
+
+`POST /chem/rdkit/similarity-matrix`
+
+```json
+{
+  "molecules": [
+    {"id": "aspirin", "smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O"},
+    {"id": "ibuprofen", "smiles": "CC(C)Cc1ccc(cc1)[C@@H](C)C(=O)O"}
+  ],
+  "fingerprint": {"type": "morgan", "radius": 2, "n_bits": 2048},
+  "sanitize": true
+}
+```
+
+Returns `matrix` in input order and `ranked_pairs` sorted by descending
+Tanimoto similarity. Each ranked record is named, not index-based:
+
+```json
+{"a":"aspirin","b":"ibuprofen","similarity":0.195122}
+```
+
+Do not expect `i`, `j`, or `score` fields.
+
+## Substructure
+
+`POST /chem/rdkit/substructure`
+
+```json
+{"query_smarts": "c1ccccc1", "target_smiles": ["c1ccccc1", "CCO"]}
+```
+
+Limits: SMARTS max length 5000; target list size 1-500.