@delta-infra/cli 1.0.75 → 1.0.77

package/skills/pubchem/SKILL.md

@@ -1,88 +1,93 @@
----
-name: pubchem
-description: 当用户给出化学品、分子、药物名称并询问 CID、同义词、分子式、分子量、SMILES、InChI、IUPAC 名、XLogP、TPSA 或供受体数量时使用；也用于在 RDKit 前批量把名称解析为 SMILES。所有实时请求只走 Delta CLI wrapper，并以当前 WORKSPACE_ROOT 下的有界 JSON 作为权威交接产物。
----
-
-# PubChem 服务
-
-## 强制执行规则
-
-1. 第一个且唯一实时执行工具是 `python_repl`，直接执行
-   `$SKILLS_ROOT/delta-science/scripts/invoke.py`。
-   调用 `python_repl` 时工具参数对象只能包含 `code`；禁止传入 `deps`、
-   `dependencies`、`packages` 或其他参数。
-2. `SKILLS_ROOT` 只通过 `os.environ["SKILLS_ROOT"]` 读取；禁止 Bash、
-   `list_dir/read_file/which/where/ls`、wrapper 检查和路径探测。
-3. 禁止执行字面命令 `CLI/cli/delta-cli`，禁止 curl、requests、httpx、浏览器、
-   PUG-REST 和本地替代。
-4. wrapper 已解包所有 envelope，业务结果直接位于 `r["native"]`；禁止
-   `native.data` 和递归找值。
-5. 不先调用 health/schema，不为“验证”重复同一请求。
-
-## 单化合物默认模板
-
-```python
-import json, os, subprocess, sys
-from pathlib import Path
-wrapper=os.path.join(os.environ["SKILLS_ROOT"],"delta-science","scripts","invoke.py")
-payload={"identifier":"aspirin","namespace":"name"}
-p=subprocess.run([sys.executable,wrapper,"--tool","pubchem","--endpoint","compound-summary",
-                  "--data-json",json.dumps(payload)],capture_output=True,text=True,
-                 encoding="utf-8",errors="replace",shell=False,timeout=150)
-if p.returncode != 0: raise RuntimeError(p.stderr or p.stdout)
-r=json.loads(p.stdout)
-if r.get("ok") is not True or r.get("transport")!="delta-cli": raise RuntimeError(r)
-n=r["native"]; x=n["properties"]
-out={"transport":r["transport"],"endpoint":r["endpoint"],"valid":n["valid"],
-     "cid":n.get("cid") or x.get("CID"),"canonical_smiles":x.get("CanonicalSMILES"),
-     "molecular_formula":x.get("MolecularFormula"),
-     "molecular_weight":x.get("MolecularWeight")}
-output_path=Path(os.environ["WORKSPACE_ROOT"])/"pubchem_result.json"
-output_path.write_text(json.dumps(out,ensure_ascii=False,indent=2),encoding="utf-8")
-print(json.dumps({"output_ref":str(output_path),"result":out},ensure_ascii=False))
-```
-
-`out` 只保留用户要求的字段。逐字复制返回值：不得改写等价 SMILES、给公式加排版、
-给数值加单位、添加 URL/链接/用途/机制或未请求属性。
-
-## operation 选择
-
-- 一个名称的基础信息：一次 `compound-summary`。
-- 两个及以上名称：一次 `compound-batch-summary`，body 只用
-  `{"identifiers":[...],"namespace":"name"}`。
-- 只解析 CID、只查属性或同义词：分别使用 `compound-resolve-cids`、
-  `compound-properties`、`compound-synonyms`。
-- 每个 operation 的准确情景、payload 和投影见
-  `references/operations.md`；复杂字段再看 `references/endpoints.md`。
-
-批量结果从 `native.results[*]` 读取，原标签是 `input`，化合物字段在嵌套
-`properties`。SMILES 回退顺序固定为：
-
-```text
-CanonicalSMILES || ConnectivitySMILES || SMILES || IsomericSMILES
-```
-
-无机材料化学式、组成和式量路由 pymatgen；PubChem not_found 原样保留，不编造 CID
-或本地补算。PubChem `XLogP` 与 RDKit `MolLogP` 不得互换。
-
-成功写入有界 JSON 后，用其中的原始字符串和数值构造无 Markdown、无单位的最终文本，
-并立即调用 `step_finish` 恰好一次。例如：
-
-```text
-【最终答案，必须逐字转发】
-CID: 2244
-规范 SMILES: CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O
-分子式: C9H8O4
-分子量: 180.16
-```
-
-`status="done"`，`summary` 第一行必须逐字为 `【最终答案，必须逐字转发】`，其余行
-逐字使用当前 out；`output_ref` 必须是刚写入的绝对 `pubchem_result.json` 路径。
-不得使用示例固定值。缺少首行或 output_ref 时不得结束步骤。
-Skill 自身的 final_response 和外层 Memento 都必须逐字复制 summary，包括大小写和标点，
-不得改成 Markdown/LaTeX、另一种等价 SMILES、添加单位、链接或说明。失败时调用
-`step_finish(status="failed", summary=<原始错误短摘要>)`。调用后禁止自由文本和工具。
-
-具名 Skill 返回后，外层若需要核验只能对 `output_ref` 使用一次原子 `read_file`；禁止
-`python_repl`、`list_dir`、路径探测或再次调用 PubChem/Science。该文件只是当前会话的
-内部证据交接，不是用户要求的额外交付物。
+---
+name: pubchem
+description: 当用户给出化学品、分子、药物名称并询问 CID、同义词、分子式、分子量、SMILES、InChI、IUPAC 名、XLogP、TPSA 或供受体数量时使用；也用于在 RDKit 前批量把名称解析为 SMILES。所有实时请求只走 Delta CLI wrapper，并以当前 WORKSPACE_ROOT 下的有界 JSON 作为权威交接产物。
+metadata:
+  allowed-tools:
+    - read_file
+    - python_repl
+    - step_finish
+---
+
+# PubChem 服务
+
+## 强制执行规则
+
+1. 第一个且唯一实时执行工具是 `python_repl`，直接执行
+   `$SKILLS_ROOT/delta-science/scripts/invoke.py`。
+   调用 `python_repl` 时工具参数对象只能包含 `code`；禁止传入 `deps`、
+   `dependencies`、`packages` 或其他参数。
+2. `SKILLS_ROOT` 只通过 `os.environ["SKILLS_ROOT"]` 读取；禁止 Bash、
+   `list_dir/read_file/which/where/ls`、wrapper 检查和路径探测。
+3. 禁止执行字面命令 `CLI/cli/delta-cli`，禁止 curl、requests、httpx、浏览器、
+   PUG-REST 和本地替代。
+4. wrapper 已解包所有 envelope，业务结果直接位于 `r["native"]`；禁止
+   `native.data` 和递归找值。
+5. 不先调用 health/schema，不为“验证”重复同一请求。
+
+## 单化合物默认模板
+
+```python
+import json, os, subprocess, sys
+from pathlib import Path
+wrapper=os.path.join(os.environ["SKILLS_ROOT"],"delta-science","scripts","invoke.py")
+payload={"identifier":"aspirin","namespace":"name"}
+p=subprocess.run([sys.executable,wrapper,"--tool","pubchem","--endpoint","compound-summary",
+                  "--data-json",json.dumps(payload)],capture_output=True,text=True,
+                 encoding="utf-8",errors="replace",shell=False,timeout=150)
+if p.returncode != 0: raise RuntimeError(p.stderr or p.stdout)
+r=json.loads(p.stdout)
+if r.get("ok") is not True or r.get("transport")!="delta-cli": raise RuntimeError(r)
+n=r["native"]; x=n["properties"]
+out={"transport":r["transport"],"endpoint":r["endpoint"],"valid":n["valid"],
+     "cid":n.get("cid") or x.get("CID"),"canonical_smiles":x.get("CanonicalSMILES"),
+     "molecular_formula":x.get("MolecularFormula"),
+     "molecular_weight":x.get("MolecularWeight")}
+output_path=Path(os.environ["WORKSPACE_ROOT"])/"pubchem_result.json"
+output_path.write_text(json.dumps(out,ensure_ascii=False,indent=2),encoding="utf-8")
+print(json.dumps({"output_ref":str(output_path),"result":out},ensure_ascii=False))
+```
+
+`out` 只保留用户要求的字段。逐字复制返回值：不得改写等价 SMILES、给公式加排版、
+给数值加单位、添加 URL/链接/用途/机制或未请求属性。
+
+## operation 选择
+
+- 一个名称的基础信息：一次 `compound-summary`。
+- 两个及以上名称：一次 `compound-batch-summary`，body 只用
+  `{"identifiers":[...],"namespace":"name"}`。
+- 只解析 CID、只查属性或同义词：分别使用 `compound-resolve-cids`、
+  `compound-properties`、`compound-synonyms`。
+- 每个 operation 的准确情景、payload 和投影见
+  `references/operations.md`；复杂字段再看 `references/endpoints.md`。
+
+批量结果从 `native.results[*]` 读取，原标签是 `input`，化合物字段在嵌套
+`properties`。SMILES 回退顺序固定为：
+
+```text
+CanonicalSMILES || ConnectivitySMILES || SMILES || IsomericSMILES
+```
+
+无机材料化学式、组成和式量路由 pymatgen；PubChem not_found 原样保留，不编造 CID
+或本地补算。PubChem `XLogP` 与 RDKit `MolLogP` 不得互换。
+
+成功写入有界 JSON 后，用其中的原始字符串和数值构造无 Markdown、无单位的最终文本，
+并立即调用 `step_finish` 恰好一次。例如：
+
+```text
+【最终答案，必须逐字转发】
+CID: 2244
+规范 SMILES: CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O
+分子式: C9H8O4
+分子量: 180.16
+```
+
+`status="done"`，`summary` 第一行必须逐字为 `【最终答案，必须逐字转发】`，其余行
+逐字使用当前 out；`output_ref` 必须是刚写入的绝对 `pubchem_result.json` 路径。
+不得使用示例固定值。缺少首行或 output_ref 时不得结束步骤。
+Skill 自身的 final_response 和外层 Memento 都必须逐字复制 summary，包括大小写和标点，
+不得改成 Markdown/LaTeX、另一种等价 SMILES、添加单位、链接或说明。失败时调用
+`step_finish(status="failed", summary=<原始错误短摘要>)`。调用后禁止自由文本和工具。
+
+具名 Skill 返回后，外层若需要核验只能对 `output_ref` 使用一次原子 `read_file`；禁止
+`python_repl`、`list_dir`、路径探测或再次调用 PubChem/Science。该文件只是当前会话的
+内部证据交接，不是用户要求的额外交付物。

package/skills/pubchem/agents/openai.yaml

@@ -1,4 +1,4 @@
-interface:
-  display_name: "PubChem ?????"
-  short_description: "?? Delta CLI ????????????????"
-  default_prompt: "?? $pubchem ????????????????"
+interface:
+  display_name: "PubChem 化合物查询"
+  short_description: "通过 Delta CLI 查询化合物身份、结构与公共性质"
+  default_prompt: "使用 $pubchem 查询这个化合物的基础身份和分子性质。"

package/skills/pubchem/references/endpoints.md

@@ -1,122 +1,122 @@
-# PubChem Endpoint Reference
-
-在 Memento 中只能通过 `delta-science/scripts/invoke.py` 调用。wrapper 已解包服务
-信封，因此以下文档所说的业务 `data` 在 wrapper 结果中就是 `result["native"]`
-顶层；禁止再读取 `result["native"]["data"]`。本文件中的 URL 只用于说明 endpoint
-schema，不授权直接 HTTP。
-
-All paths are relative to `http://111.2.199.31:52317/api/v1`.
-
-Namespaces: `cid`, `name`, `smiles`, `inchi`, `inchikey`, `formula`.
-
-## Health
-
-`GET /chem/pubchem/health`
-
-## Resolve CIDs
-
-`POST /chem/pubchem/compound/resolve-cids`
-
-```json
-{"identifier": "aspirin", "namespace": "name", "max_records": 20}
-```
-
-`max_records`: 1-100.
-
-## Properties
-
-`POST /chem/pubchem/compound/properties`
-
-```json
-{
-  "identifier": "2244",
-  "namespace": "cid",
-  "properties": ["MolecularFormula", "MolecularWeight", "CanonicalSMILES", "IUPACName"]
-}
-```
-
-Allowed properties include `MolecularFormula`, `MolecularWeight`,
-`CanonicalSMILES`, `IsomericSMILES`, `SMILES`, `ConnectivitySMILES`,
-`IUPACName`, `InChI`, `InChIKey`, `XLogP`, `TPSA`, `HBondDonorCount`,
-`HBondAcceptorCount`, `RotatableBondCount`, `ExactMass`, `MonoisotopicMass`,
-`Charge`, `HeavyAtomCount`, `Complexity`, `CovalentUnitCount`,
-`DefinedAtomStereoCount`, `UndefinedAtomStereoCount`, `DefinedBondStereoCount`,
-`UndefinedBondStereoCount`, and `IsotopeAtomCount`.
-
-## Synonyms
-
-`POST /chem/pubchem/compound/synonyms`
-
-```json
-{"identifier": "2244", "namespace": "cid", "max_synonyms": 50}
-```
-
-`max_synonyms`: 1-500.
-
-## Summary
-
-`POST /chem/pubchem/compound/summary`
-
-```json
-{
-  "identifier": "aspirin",
-  "namespace": "name",
-  "properties": ["MolecularFormula", "MolecularWeight", "CanonicalSMILES", "IUPACName"],
-  "synonym_limit": 20
-}
-```
-
-`synonym_limit`: 0-100. Use this endpoint for general compound lookup because
-it resolves CID, selected properties, and synonyms in one call.
-
-Response fields include `valid`, `cid`, `properties`, `properties_raw`,
-`aliases`, `synonyms`, and `metadata`. Numeric properties are coerced to JSON
-numbers when possible. Requested SMILES aliases are filled when PubChem returns
-an equivalent key such as `ConnectivitySMILES`.
-
-## Batch Summary
-
-`POST /chem/pubchem/compound/batch-summary`
-
-```json
-{
-  "identifiers": ["aspirin", "ibuprofen", "caffeine"],
-  "namespace": "name",
-  "properties": ["MolecularFormula", "MolecularWeight", "CanonicalSMILES", "XLogP", "TPSA"],
-  "synonym_limit": 5
-}
-```
-
-Limits: 1-100 identifiers. The response preserves input order and includes
-per-item errors:
-
-```json
-{
-  "valid": false,
-  "namespace": "name",
-  "properties_requested": ["CanonicalSMILES"],
-  "results": [
-    {
-      "input": "aspirin",
-      "valid": true,
-      "cid": 2244,
-      "properties": {
-        "CanonicalSMILES": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O",
-        "ConnectivitySMILES": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O",
-        "_aliases": {"CanonicalSMILES": "ConnectivitySMILES"},
-        "properties_raw": {}
-      },
-      "properties_raw": {},
-      "aliases": {"CanonicalSMILES": "ConnectivitySMILES"},
-      "synonyms": []
-    },
-    {
-      "input": "bad-name",
-      "valid": false,
-      "error": "not found"
-    }
-  ],
-  "count": 2,
-  "failed_count": 1
-}
-```
+# PubChem Endpoint Reference
+
+在 Memento 中只能通过 `delta-science/scripts/invoke.py` 调用。wrapper 已解包服务
+信封，因此以下文档所说的业务 `data` 在 wrapper 结果中就是 `result["native"]`
+顶层；禁止再读取 `result["native"]["data"]`。本文件中的 URL 只用于说明 endpoint
+schema，不授权直接 HTTP。
+
+All paths are relative to `http://111.2.199.31:52317/api/v1`.
+
+Namespaces: `cid`, `name`, `smiles`, `inchi`, `inchikey`, `formula`.
+
+## Health
+
+`GET /chem/pubchem/health`
+
+## Resolve CIDs
+
+`POST /chem/pubchem/compound/resolve-cids`
+
+```json
+{"identifier": "aspirin", "namespace": "name", "max_records": 20}
+```
+
+`max_records`: 1-100.
+
+## Properties
+
+`POST /chem/pubchem/compound/properties`
+
+```json
+{
+  "identifier": "2244",
+  "namespace": "cid",
+  "properties": ["MolecularFormula", "MolecularWeight", "CanonicalSMILES", "IUPACName"]
+}
+```
+
+Allowed properties include `MolecularFormula`, `MolecularWeight`,
+`CanonicalSMILES`, `IsomericSMILES`, `SMILES`, `ConnectivitySMILES`,
+`IUPACName`, `InChI`, `InChIKey`, `XLogP`, `TPSA`, `HBondDonorCount`,
+`HBondAcceptorCount`, `RotatableBondCount`, `ExactMass`, `MonoisotopicMass`,
+`Charge`, `HeavyAtomCount`, `Complexity`, `CovalentUnitCount`,
+`DefinedAtomStereoCount`, `UndefinedAtomStereoCount`, `DefinedBondStereoCount`,
+`UndefinedBondStereoCount`, and `IsotopeAtomCount`.
+
+## Synonyms
+
+`POST /chem/pubchem/compound/synonyms`
+
+```json
+{"identifier": "2244", "namespace": "cid", "max_synonyms": 50}
+```
+
+`max_synonyms`: 1-500.
+
+## Summary
+
+`POST /chem/pubchem/compound/summary`
+
+```json
+{
+  "identifier": "aspirin",
+  "namespace": "name",
+  "properties": ["MolecularFormula", "MolecularWeight", "CanonicalSMILES", "IUPACName"],
+  "synonym_limit": 20
+}
+```
+
+`synonym_limit`: 0-100. Use this endpoint for general compound lookup because
+it resolves CID, selected properties, and synonyms in one call.
+
+Response fields include `valid`, `cid`, `properties`, `properties_raw`,
+`aliases`, `synonyms`, and `metadata`. Numeric properties are coerced to JSON
+numbers when possible. Requested SMILES aliases are filled when PubChem returns
+an equivalent key such as `ConnectivitySMILES`.
+
+## Batch Summary
+
+`POST /chem/pubchem/compound/batch-summary`
+
+```json
+{
+  "identifiers": ["aspirin", "ibuprofen", "caffeine"],
+  "namespace": "name",
+  "properties": ["MolecularFormula", "MolecularWeight", "CanonicalSMILES", "XLogP", "TPSA"],
+  "synonym_limit": 5
+}
+```
+
+Limits: 1-100 identifiers. The response preserves input order and includes
+per-item errors:
+
+```json
+{
+  "valid": false,
+  "namespace": "name",
+  "properties_requested": ["CanonicalSMILES"],
+  "results": [
+    {
+      "input": "aspirin",
+      "valid": true,
+      "cid": 2244,
+      "properties": {
+        "CanonicalSMILES": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O",
+        "ConnectivitySMILES": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O",
+        "_aliases": {"CanonicalSMILES": "ConnectivitySMILES"},
+        "properties_raw": {}
+      },
+      "properties_raw": {},
+      "aliases": {"CanonicalSMILES": "ConnectivitySMILES"},
+      "synonyms": []
+    },
+    {
+      "input": "bad-name",
+      "valid": false,
+      "error": "not found"
+    }
+  ],
+  "count": 2,
+  "failed_count": 1
+}
+```

package/skills/pubchem/references/operations.md

@@ -1,41 +1,41 @@
-# PubChem operation 契约
-
-先使用 `SKILL.md` 的唯一 wrapper 模板。下面每行都是对应 operation 的最小设置；
-wrapper 成功后的业务结果均为 `r["native"]`，不是 `native.data`。执行一次后调用
-`step_finish`，不得重复调用。
-
-## health
-
-- 情景：用户明确询问 PubChem 服务是否可用。
-- 代码：`endpoint="health"; data=None; params=None`
-- 投影：只保留 `status`、可用性、metadata、limits、warnings 中实际存在的字段。
-
-## compound-resolve-cids
-
-- 情景：把名称、SMILES、InChI 等标识符解析为 CID 列表。
-- 代码：`endpoint="compound-resolve-cids"; data={"identifier":"aspirin","namespace":"name","max_records":20}; params=None`
-- 投影：输入标签、有效性、CID 列表和错误。
-
-## compound-properties
-
-- 情景：已有标识符，只要求指定 PubChem 属性。
-- 代码：`endpoint="compound-properties"; data={"identifier":"aspirin","namespace":"name","properties":["MolecularFormula","MolecularWeight"]}; params=None`
-- 投影：只复制本次返回的 CID、请求属性、aliases、valid/error。
-
-## compound-synonyms
-
-- 情景：查询一个化合物的同义词。
-- 代码：`endpoint="compound-synonyms"; data={"identifier":"aspirin","namespace":"name","max_synonyms":5}; params=None`
-- 投影：CID、有效性和最多用户要求数量的 synonyms。
-
-## compound-summary
-
-- 情景：一个已命名分子的 CID、SMILES、分子式、分子量等基础属性。
-- 代码：`endpoint="compound-summary"; data={"identifier":"aspirin","namespace":"name"}; params=None`
-- 投影：`native.valid`、`native.cid` 与 `native.properties` 中用户要求的键。
-
-## compound-batch-summary
-
-- 情景：一次解析两个或更多名称，供后续比较或 RDKit 使用。
-- 代码：`endpoint="compound-batch-summary"; data={"identifiers":["aspirin","caffeine"],"namespace":"name"}; params=None`
-- 投影：`native.results[*]` 的 `input`、valid/error 及嵌套 `properties`；不得加 `properties` 或 `synonym_limit` 请求字段。
+# PubChem operation 契约
+
+先使用 `SKILL.md` 的唯一 wrapper 模板。下面每行都是对应 operation 的最小设置；
+wrapper 成功后的业务结果均为 `r["native"]`，不是 `native.data`。执行一次后调用
+`step_finish`，不得重复调用。
+
+## health
+
+- 情景：用户明确询问 PubChem 服务是否可用。
+- 代码：`endpoint="health"; data=None; params=None`
+- 投影：只保留 `status`、可用性、metadata、limits、warnings 中实际存在的字段。
+
+## compound-resolve-cids
+
+- 情景：把名称、SMILES、InChI 等标识符解析为 CID 列表。
+- 代码：`endpoint="compound-resolve-cids"; data={"identifier":"aspirin","namespace":"name","max_records":20}; params=None`
+- 投影：输入标签、有效性、CID 列表和错误。
+
+## compound-properties
+
+- 情景：已有标识符，只要求指定 PubChem 属性。
+- 代码：`endpoint="compound-properties"; data={"identifier":"aspirin","namespace":"name","properties":["MolecularFormula","MolecularWeight"]}; params=None`
+- 投影：只复制本次返回的 CID、请求属性、aliases、valid/error。
+
+## compound-synonyms
+
+- 情景：查询一个化合物的同义词。
+- 代码：`endpoint="compound-synonyms"; data={"identifier":"aspirin","namespace":"name","max_synonyms":5}; params=None`
+- 投影：CID、有效性和最多用户要求数量的 synonyms。
+
+## compound-summary
+
+- 情景：一个已命名分子的 CID、SMILES、分子式、分子量等基础属性。
+- 代码：`endpoint="compound-summary"; data={"identifier":"aspirin","namespace":"name"}; params=None`
+- 投影：`native.valid`、`native.cid` 与 `native.properties` 中用户要求的键。
+
+## compound-batch-summary
+
+- 情景：一次解析两个或更多名称，供后续比较或 RDKit 使用。
+- 代码：`endpoint="compound-batch-summary"; data={"identifiers":["aspirin","caffeine"],"namespace":"name"}; params=None`
+- 投影：`native.results[*]` 的 `input`、valid/error 及嵌套 `properties`；不得加 `properties` 或 `synonym_limit` 请求字段。

package/skills/pymatgen/SKILL.md

@@ -1,49 +1,54 @@
----
-name: pymatgen
-description: 当用户需要解析材料化学式与组成、计算式量、解析或总结 CIF/POSCAR/JSON/CSSR/XSF 晶体结构、转换结构格式或分析空间群和对称性时使用。所有实时请求只走 Delta CLI wrapper；无机化学式优先使用本 Skill，不用 PubChem 或本地元素表替代。
----
-
-# pymatgen 服务
-
-## 强制规则
-
-- 第一个且唯一实时执行工具是 `python_repl`；直接执行
-  `$SKILLS_ROOT/delta-science/scripts/invoke.py`，tool 固定为 `pymatgen`。
-- `python_repl` 工具参数只能包含 `code`，禁止 `deps/dependencies/packages`。
-- `SKILLS_ROOT` 只通过 `os.environ` 读取。禁止 Bash、目录/路径探测、字面 CLI
-  命令、直接 HTTP 和本地 pymatgen。
-- wrapper 成功后的业务结果是 `r["native"]` 顶层，禁止 `native.data`。
-- 结构接口必须发送完整结构文本，不能发送本地文件路径；只支持
-  `cif/poscar/json/cssr/xsf`，不接收 LAMMPS data/dump。
-
-## wrapper 模板
-
-```python
-import json, os, subprocess, sys
-wrapper=os.path.join(os.environ["SKILLS_ROOT"],"delta-science","scripts","invoke.py")
-p=subprocess.run([sys.executable,wrapper,"--tool","pymatgen","--endpoint",endpoint,
-                  "--data-json",json.dumps(payload)],capture_output=True,text=True,shell=False)
-if p.returncode != 0: raise RuntimeError(p.stderr or p.stdout)
-r=json.loads(p.stdout)
-if r.get("ok") is not True or r.get("transport")!="delta-cli": raise RuntimeError(r)
-n=r["native"]
-print(json.dumps(out,ensure_ascii=False))
-```
-
-`out` 必须从 `n` 投影，不得用记忆补值。
-
-## operation 选择
-
-- `health`：明确健康检查；省略 `--data-json`。
-- `composition-parse`：`{"formula":"LiFePO4","format":"formula"}`。
-- `structure-parse`：`{"input":结构文本,"format":"cif","primitive":false}`。
-- `structure-summary`：同上，用于 formula、density、volume、lattice、species。
-- `structure-convert`：`{"input":结构文本,"input_format":"cif","output_format":"poscar","primitive":false}`。
-- `structure-symmetry`：`{"input":结构文本,"format":"cif","primitive":false,"symprec":0.01,"angle_tolerance":5.0}`。
-
-详细 native 字段见 `references/endpoints.md`。一个请求只调用所需 operation；无机式量
-只报告当前 native 的 `weight`，PubChem not_found 不得改写或本地补算。
-
-成功打印有界 JSON 后立即调用 `step_finish(status="done", summary=<同一 JSON>)`
-恰好一次；失败时调用 `step_finish(status="failed", summary=<原始错误短摘要>)`。
-调用后不得输出自由文本或使用其他工具。
+---
+name: pymatgen
+description: 当用户需要解析材料化学式与组成、计算式量、解析或总结 CIF/POSCAR/JSON/CSSR/XSF 晶体结构、转换结构格式或分析空间群和对称性时使用。所有实时请求只走 Delta CLI wrapper；无机化学式优先使用本 Skill，不用 PubChem 或本地元素表替代。
+metadata:
+  allowed-tools:
+    - read_file
+    - python_repl
+    - step_finish
+---
+
+# pymatgen 服务
+
+## 强制规则
+
+- 第一个且唯一实时执行工具是 `python_repl`；直接执行
+  `$SKILLS_ROOT/delta-science/scripts/invoke.py`，tool 固定为 `pymatgen`。
+- `python_repl` 工具参数只能包含 `code`，禁止 `deps/dependencies/packages`。
+- `SKILLS_ROOT` 只通过 `os.environ` 读取。禁止 Bash、目录/路径探测、字面 CLI
+  命令、直接 HTTP 和本地 pymatgen。
+- wrapper 成功后的业务结果是 `r["native"]` 顶层，禁止 `native.data`。
+- 结构接口必须发送完整结构文本，不能发送本地文件路径；只支持
+  `cif/poscar/json/cssr/xsf`，不接收 LAMMPS data/dump。
+
+## wrapper 模板
+
+```python
+import json, os, subprocess, sys
+wrapper=os.path.join(os.environ["SKILLS_ROOT"],"delta-science","scripts","invoke.py")
+p=subprocess.run([sys.executable,wrapper,"--tool","pymatgen","--endpoint",endpoint,
+                  "--data-json",json.dumps(payload)],capture_output=True,text=True,shell=False)
+if p.returncode != 0: raise RuntimeError(p.stderr or p.stdout)
+r=json.loads(p.stdout)
+if r.get("ok") is not True or r.get("transport")!="delta-cli": raise RuntimeError(r)
+n=r["native"]
+print(json.dumps(out,ensure_ascii=False))
+```
+
+`out` 必须从 `n` 投影，不得用记忆补值。
+
+## operation 选择
+
+- `health`：明确健康检查；省略 `--data-json`。
+- `composition-parse`：`{"formula":"LiFePO4","format":"formula"}`。
+- `structure-parse`：`{"input":结构文本,"format":"cif","primitive":false}`。
+- `structure-summary`：同上，用于 formula、density、volume、lattice、species。
+- `structure-convert`：`{"input":结构文本,"input_format":"cif","output_format":"poscar","primitive":false}`。
+- `structure-symmetry`：`{"input":结构文本,"format":"cif","primitive":false,"symprec":0.01,"angle_tolerance":5.0}`。
+
+详细 native 字段见 `references/endpoints.md`。一个请求只调用所需 operation；无机式量
+只报告当前 native 的 `weight`，PubChem not_found 不得改写或本地补算。
+
+成功打印有界 JSON 后立即调用 `step_finish(status="done", summary=<同一 JSON>)`
+恰好一次；失败时调用 `step_finish(status="failed", summary=<原始错误短摘要>)`。
+调用后不得输出自由文本或使用其他工具。

package/skills/pymatgen/agents/openai.yaml

@@ -1,4 +1,4 @@
-interface:
-  display_name: "pymatgen ????"
-  short_description: "?? Delta CLI ???????????????"
-  default_prompt: "?? $pymatgen ??????????????"
+interface:
+  display_name: "pymatgen 材料分析"
+  short_description: "通过 Delta CLI 解析材料组成、晶体结构和空间群"
+  default_prompt: "使用 $pymatgen 分析这个材料的组成或晶体结构。"