@bohuyeshan/openagent-labforge-core 3.13.0 → 3.13.2

package/README.zh-cn.md

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-# OpenAgent Labforge
-
-OpenAgent Labforge 是一个面向 OpenCode 的插件分支，当前聚焦三件事：
-
-- 更强的工程化编排能力
-- 更明确、可检查的子会话委派
-- 以生物信息学为核心的专用工作流
-
-它衍生自 `code-yeongyu/oh-my-openagent`，并保留上游的许可与来源边界。
-详见 [LICENSE.md](LICENSE.md)、[NOTICE](NOTICE)、
-[THIRD_PARTY_NOTICES.md](THIRD_PARTY_NOTICES.md) 与
-[docs/licensing.md](docs/licensing.md)。
-
-## 这个分支现在是什么
-
-这份 README 只描述当前实际行为，不再保留旧路线图式的叙述。
-
-当前插件的核心定位是：
-
-- 以 `task(subagent_type=...)` 为规范委派路径
-- 面向新版 OpenCode 的稳定 plugin / agent / MCP 注入
-- 将搜索、文档、代码、论文检索明确拆层
-- 建设第一方生信 agent 与 skills 体系
-- 继续坚持本地优先安装与开发
-
-## 当前核心能力
-
-### 工程编排层
-
-- `sisyphus`：主调度器
-- `wase`：全自动调度器
-- `hephaestus`：深度编码执行者
-- `prometheus`：规划器
-- `atlas`：执行协调器
-- `metis`：规划前分析
-- `momus`：计划审查
-
-这些核心 agent 正在统一接入更强的工程能力：
-
-- 更严格的范围控制
-- 更强的验证要求
-- 更清晰的规划和审查标准
-- 更可执行的委派契约
-
-当前工程能力接入分层：
-
-- 强执行 + 强编排：`sisyphus`、`wase`
-- 强执行：`hephaestus`
-- 强编排：`atlas`
-- 强规划：`prometheus`、`metis`
-- 强审查：`momus`
-
-这样分层是刻意的，后面如果 OpenCode 官方补上同类能力，我们更容易按块去重。
-
-### 专长 agent
-
-- `explore`：本地代码发现
-- `librarian`：单一库 / SDK / 框架研究
-- `github-scout`：仓库侦察与选型
-- `tech-scout`：生态、benchmark、发布分析
-- `article-writer`：公众技术写作
-- `scientific-writer`：科研 / 同行向技术写作
-- `multimodal-looker`：PDF / 图片 / 图表理解
-
-### 生物信息学体系
-
-当前已经形成明确的生信层级：
-
-- 主入口：
-  `bio-orchestrator` 负责综合协调
-  `bio-pipeline-operator` 负责执行型任务
-- 内部专家：
-  `bio-methodologist` 负责计算设计、QC、统计规划
-  `wet-lab-designer` 负责用户执行的湿实验验证设计
-  `paper-evidence-synthesizer` 负责跨论文证据矩阵与置信度分层
-
-这套体系不只是“泛泛做分析”，还包括：
-
-- 文献检索
-- 公共数据集发现
-- 计算分析
-- 为用户设计湿实验验证方案
-- 证据整合
-- 专业报告输出
-
-## 内置 Skills 方向
-
-当前内置 skill 已经覆盖通用工程和生信两条线。
-
-通用方向：
-
-- `playwright`
-- `frontend-ui-ux`
-- `git-master`
-- `docx-workbench`
-- `pdf-toolkit`
-- `xlsx-analyst`
-
-生信方向：
-
-- `bio-tools`
-- `bio-methods`
-- `wet-lab-design`
-- `bio-pipeline`
-- `paper-evidence`
-- `differential-expression`
-- `scrna-preprocessing`
-- `cell-annotation`
-- `pubmed-search`
-- `geo-query`
-- `sequence-analysis`
-- `structural-biology`
-- `bio-visualization`
-- `vector-design`
-
-这些生信 skill 都不是泛泛提示词，而是面向执行的技能说明，写明了：
-
-- 推荐工具
-- 常见命令或代码路径
-- 预期产物
-- 适用边界
-
-现在生信 agent 也带了明确的数据交互与环境安全能力：
-
-- 缺关键数据时会主动向用户索要“决定性输入”，而不是泛泛说“请提供数据”
-- 会区分必需输入和可选补充材料
-- Python 环境优先 `uv`
-- 混合原生工具栈优先 `conda`
-- 在 Windows 下会明确指出哪些场景实际上需要 WSL / Linux
-
-## 当前 MCP 集合
-
-内置 MCP 已经主动收口。
-
-保留并可见的内置 MCP：
-
-- `websearch`
-- `context7`
-- `grep_app`
-- `browser_puppeteer`
-- `chrome-devtools-mcp`
-- `deepwiki_mcp`（默认关闭）
-- `open_websearch_mcp`
-- `paper_search_mcp`
-- `semantic_scholar_fastmcp`
-
-已移除出内置可见集合：
-
-- `arxiv_mcp`
-- `fetch_browser`
-
-原因很简单：
-
-- 避免重复能力
-- 缩小 MCP 表面面积
-- `deepwiki_mcp` 改为用户按需开启，而不是默认打开
-
-## OpenCode 兼容迁移
-
-近期迁移重点是跟上新版 OpenCode 的行为。
-
-已对齐或强化的部分包括：
-
-- canonical + legacy 插件配置发现
-- builtin agent 保护与运行时注册
-- command 发现链：
-  - `.opencode/command`
-  - `.opencode/commands`
-  - 向上发现直到 worktree 根
-  - slash 风格嵌套命令名
-- `.agents/skills` 注入链
-- MCP 合并顺序与用户覆盖行为
-- todo continuation / compaction / stagnation 保护链
-
-上游迁移审计清单见：
-
-- [docs/release/upstream-oh-my-openagent-3.11-plus-audit.md](docs/release/upstream-oh-my-openagent-3.11-plus-audit.md)
-
-## 当前安装现实
-
-这个项目仍以本地优先为主。
-
-推荐流程：
-
-```bash
-bun run build:skills-catalog
-bun run build
-bun pm pack
-```
-
-然后参考：
-
-- [docs/guide/installation.md](docs/guide/installation.md)
-
-## 本地参考仓
-
-迁移和设计所需的参考仓统一放在 `Future/` 下。
-
-当前包括：
-
-- 上游 `oh-my-openagent`
-- `BioClaw`
-- `Geneclaw`
-- `codex-main`
-
-这些只是本地参考目录，不属于最终分发物。
-
-## 当前优先级
-
-当前工作顺序是：
-
-1. 收完上游 OpenCode 兼容特性迁移
-2. 强化核心 agent 的工程能力
-3. 继续优化生物信息学 agent 与 skills
-
-## 文档入口
-
-- [docs/guide/installation.md](docs/guide/installation.md)
-- [docs/guide/orchestration.md](docs/guide/orchestration.md)
-- [docs/guide/bio-skills.md](docs/guide/bio-skills.md)
-- [docs/guide/bio-paper-autonomous-flow-v1.md](docs/guide/bio-paper-autonomous-flow-v1.md)
-- [docs/reference/configuration.md](docs/reference/configuration.md)
-- [docs/reference/features.md](docs/reference/features.md)
-
-## 其他语言
-
-- [English](README.md)
-- [简体中文](README.zh-cn.md)
-- [日本語](README.ja.md)
-- [한국어](README.ko.md)
-- [Русский](README.ru.md)
+# OpenAgent Labforge
+
+OpenAgent Labforge 是一个面向 OpenCode 的插件分支，当前聚焦三件事：
+
+- 更强的工程化编排能力
+- 更明确、可检查的子会话委派
+- 以生物信息学为核心的专用工作流
+
+它衍生自 `code-yeongyu/oh-my-openagent`，并保留上游的许可与来源边界。
+详见 [LICENSE.md](LICENSE.md)、[NOTICE](NOTICE)、
+[THIRD_PARTY_NOTICES.md](THIRD_PARTY_NOTICES.md) 与
+[docs/licensing.md](docs/licensing.md)。
+
+## 这个分支现在是什么
+
+这份 README 只描述当前实际行为，不再保留旧路线图式的叙述。
+
+当前插件的核心定位是：
+
+- 以 `task(subagent_type=...)` 为规范委派路径
+- 面向新版 OpenCode 的稳定 plugin / agent / MCP 注入
+- 将搜索、文档、代码、论文检索明确拆层
+- 建设第一方生信 agent 与 skills 体系
+- 继续坚持本地优先安装与开发
+
+## 当前核心能力
+
+### 工程编排层
+
+- `sisyphus`：主调度器
+- `wase`：全自动调度器
+- `hephaestus`：深度编码执行者
+- `prometheus`：规划器
+- `atlas`：执行协调器
+- `metis`：规划前分析
+- `momus`：计划审查
+
+这些核心 agent 正在统一接入更强的工程能力：
+
+- 更严格的范围控制
+- 更强的验证要求
+- 更清晰的规划和审查标准
+- 更可执行的委派契约
+
+当前工程能力接入分层：
+
+- 强执行 + 强编排：`sisyphus`、`wase`
+- 强执行：`hephaestus`
+- 强编排：`atlas`
+- 强规划：`prometheus`、`metis`
+- 强审查：`momus`
+
+这样分层是刻意的，后面如果 OpenCode 官方补上同类能力，我们更容易按块去重。
+
+### 专长 agent
+
+- `explore`：本地代码发现
+- `librarian`：单一库 / SDK / 框架研究
+- `github-scout`：仓库侦察与选型
+- `tech-scout`：生态、benchmark、发布分析
+- `article-writer`：公众技术写作
+- `scientific-writer`：科研 / 同行向技术写作
+- `multimodal-looker`：PDF / 图片 / 图表理解
+
+### 生物信息学体系
+
+当前已经形成明确的生信层级：
+
+- 主入口：
+  `bio-orchestrator` 负责综合协调
+  `bio-pipeline-operator` 负责执行型任务
+- 内部专家：
+  `bio-methodologist` 负责计算设计、QC、统计规划
+  `wet-lab-designer` 负责用户执行的湿实验验证设计
+  `paper-evidence-synthesizer` 负责跨论文证据矩阵与置信度分层
+
+这套体系不只是“泛泛做分析”，还包括：
+
+- 文献检索
+- 公共数据集发现
+- 计算分析
+- 为用户设计湿实验验证方案
+- 证据整合
+- 专业报告输出
+
+## 内置 Skills 方向
+
+当前内置 skill 已经覆盖通用工程和生信两条线。
+
+通用方向：
+
+- `playwright`
+- `frontend-ui-ux`
+- `git-master`
+- `docx-workbench`
+- `pdf-toolkit`
+- `xlsx-analyst`
+
+生信方向：
+
+- `bio-tools`
+- `bio-methods`
+- `wet-lab-design`
+- `bio-pipeline`
+- `paper-evidence`
+- `differential-expression`
+- `scrna-preprocessing`
+- `cell-annotation`
+- `pubmed-search`
+- `geo-query`
+- `sequence-analysis`
+- `structural-biology`
+- `bio-visualization`
+- `vector-design`
+
+这些生信 skill 都不是泛泛提示词，而是面向执行的技能说明，写明了：
+
+- 推荐工具
+- 常见命令或代码路径
+- 预期产物
+- 适用边界
+
+现在生信 agent 也带了明确的数据交互与环境安全能力：
+
+- 缺关键数据时会主动向用户索要“决定性输入”，而不是泛泛说“请提供数据”
+- 会区分必需输入和可选补充材料
+- Python 环境优先 `uv`
+- 混合原生工具栈优先 `conda`
+- 在 Windows 下会明确指出哪些场景实际上需要 WSL / Linux
+
+## 当前 MCP 集合
+
+内置 MCP 已经主动收口。
+
+保留并可见的内置 MCP：
+
+- `websearch`
+- `context7`
+- `grep_app`
+- `browser_puppeteer`
+- `chrome-devtools-mcp`
+- `deepwiki_mcp`（默认关闭）
+- `open_websearch_mcp`
+- `paper_search_mcp`
+- `semantic_scholar_fastmcp`
+
+已移除出内置可见集合：
+
+- `arxiv_mcp`
+- `fetch_browser`
+
+原因很简单：
+
+- 避免重复能力
+- 缩小 MCP 表面面积
+- `deepwiki_mcp` 改为用户按需开启，而不是默认打开
+
+## OpenCode 兼容迁移
+
+近期迁移重点是跟上新版 OpenCode 的行为。
+
+已对齐或强化的部分包括：
+
+- canonical + legacy 插件配置发现
+- builtin agent 保护与运行时注册
+- command 发现链：
+  - `.opencode/command`
+  - `.opencode/commands`
+  - 向上发现直到 worktree 根
+  - slash 风格嵌套命令名
+- `.agents/skills` 注入链
+- MCP 合并顺序与用户覆盖行为
+- todo continuation / compaction / stagnation 保护链
+
+上游迁移审计清单见：
+
+- [docs/release/upstream-oh-my-openagent-3.11-plus-audit.md](docs/release/upstream-oh-my-openagent-3.11-plus-audit.md)
+
+## 当前安装现实
+
+这个项目仍以本地优先为主，但 `Windows x64` 现在已经有可用的
+npm 发布路径。
+
+当前安装现实：
+
+- `Windows x64`：可以走已发布 npm 包
+- 其他平台：仍以本地构建 + 本地安装为准
+
+推荐流程：
+
+```bash
+bun run build:skills-catalog
+bun run build
+bun pm pack
+```
+
+然后参考：
+
+- [docs/guide/installation.md](docs/guide/installation.md)
+
+## 本地参考仓
+
+迁移和设计所需的参考仓统一放在 `Future/` 下。
+
+当前包括：
+
+- 上游 `oh-my-openagent`
+- `BioClaw`
+- `Geneclaw`
+- `codex-main`
+
+这些只是本地参考目录，不属于最终分发物。
+
+## 当前优先级
+
+当前工作顺序是：
+
+1. 收完上游 OpenCode 兼容特性迁移
+2. 强化核心 agent 的工程能力
+3. 继续优化生物信息学 agent 与 skills
+
+## 文档入口
+
+- [docs/guide/installation.md](docs/guide/installation.md)
+- [docs/guide/orchestration.md](docs/guide/orchestration.md)
+- [docs/guide/bio-skills.md](docs/guide/bio-skills.md)
+- [docs/guide/bio-paper-autonomous-flow-v1.md](docs/guide/bio-paper-autonomous-flow-v1.md)
+- [docs/reference/configuration.md](docs/reference/configuration.md)
+- [docs/reference/features.md](docs/reference/features.md)
+
+## 其他语言
+
+- [English](README.md)
+- [简体中文](README.zh-cn.md)
+- [日本語](README.ja.md)
+- [한국어](README.ko.md)
+- [Русский](README.ru.md)