viral_seq 1.5.0 → 1.6.3

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@@ -4,7 +4,7 @@ module ViralSeq
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  AMINO_ACID_LIST = ["A", "C", "D", "E", "F", "G", "H", "I", "K", "L", "M", "N", "P", "Q", "R", "S", "T", "V", "W", "Y", "*"]
5
5
 
6
6
  # R script to check if the required libraries are installed, if not, install the missing libraries
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-
7
+
8
8
  R_SCRIPT_CHECK_PACKAGES = 'dir.create(path = Sys.getenv("R_LIBS_USER"), showWarnings = FALSE, recursive = TRUE);' +
9
9
  'packages <- c("ggplot2", "phangorn", "ape", "scales", "ggforce", "cowplot", "magrittr", "gridExtra");' +
10
10
  'install.packages(setdiff(packages, rownames(installed.packages())), lib = Sys.getenv("R_LIBS_USER"), repos = "https://cran.rstudio.com/")'
@@ -44,5 +44,7 @@ module ViralSeq
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  }
45
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  dev.off()'
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+ DETECT_SEN = {0=>1.0, 1=>1.0, 2=>1.0, 3=>0.7076, 4=>0.6024, 5=>0.5218, 6=>0.4593, 7=>0.4096, 8=>0.3694, 9=>0.3363, 10=>0.3085, 11=>0.2849, 12=>0.2646, 13=>0.2471, 14=>0.2316, 15=>0.218, 16=>0.2059, 17=>0.1951, 18=>0.1853, 19=>0.1765, 20=>0.1684, 21=>0.1611, 22=>0.1544, 23=>0.1482, 24=>0.1425, 25=>0.1372, 26=>0.1323, 27=>0.1277, 28=>0.1234, 29=>0.1194, 30=>0.1157, 31=>0.1122, 32=>0.1089, 33=>0.1058, 34=>0.1028, 35=>0.1, 36=>0.0974, 37=>0.0949, 38=>0.0925, 39=>0.0903, 40=>0.0881, 41=>0.086, 42=>0.0841, 43=>0.0822, 44=>0.0804, 45=>0.0787, 46=>0.0771, 47=>0.0755, 48=>0.074, 49=>0.0725, 50=>0.0711, 51=>0.0698, 52=>0.0685, 53=>0.0672, 54=>0.066, 55=>0.0649, 56=>0.0638, 57=>0.0627, 58=>0.0616, 59=>0.0606, 60=>0.0596, 61=>0.0587, 62=>0.0578, 63=>0.0569, 64=>0.056, 65=>0.0552, 66=>0.0544, 67=>0.0536, 68=>0.0528, 69=>0.0521, 70=>0.0513, 71=>0.0506, 72=>0.0499, 73=>0.0493, 74=>0.0486, 75=>0.048, 76=>0.0474, 77=>0.0468, 78=>0.0462, 79=>0.0456, 80=>0.0451, 81=>0.0445, 82=>0.044, 83=>0.0435, 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9710=>0.0004, 9711=>0.0004, 9712=>0.0004, 9713=>0.0004, 9714=>0.0004, 9715=>0.0004, 9716=>0.0004, 9717=>0.0004, 9718=>0.0004, 9719=>0.0004, 9720=>0.0004, 9721=>0.0004, 9722=>0.0004, 9723=>0.0004, 9724=>0.0004, 9725=>0.0004, 9726=>0.0004, 9727=>0.0004, 9728=>0.0004, 9729=>0.0004, 9730=>0.0004, 9731=>0.0004, 9732=>0.0004, 9733=>0.0004, 9734=>0.0004, 9735=>0.0004, 9736=>0.0004, 9737=>0.0004, 9738=>0.0004, 9739=>0.0004, 9740=>0.0004, 9741=>0.0004, 9742=>0.0004, 9743=>0.0004, 9744=>0.0004, 9745=>0.0004, 9746=>0.0004, 9747=>0.0004, 9748=>0.0004, 9749=>0.0004, 9750=>0.0004, 9751=>0.0004, 9752=>0.0004, 9753=>0.0004, 9754=>0.0004, 9755=>0.0004, 9756=>0.0004, 9757=>0.0004, 9758=>0.0004, 9759=>0.0004, 9760=>0.0004, 9761=>0.0004, 9762=>0.0004, 9763=>0.0004, 9764=>0.0004, 9765=>0.0004, 9766=>0.0004, 9767=>0.0004, 9768=>0.0004, 9769=>0.0004, 9770=>0.0004, 9771=>0.0004, 9772=>0.0004, 9773=>0.0004, 9774=>0.0004, 9775=>0.0004, 9776=>0.0004, 9777=>0.0004, 9778=>0.0004, 9779=>0.0004, 9780=>0.0004, 9781=>0.0004, 9782=>0.0004, 9783=>0.0004, 9784=>0.0004, 9785=>0.0004, 9786=>0.0004, 9787=>0.0004, 9788=>0.0004, 9789=>0.0004, 9790=>0.0004, 9791=>0.0004, 9792=>0.0004, 9793=>0.0004, 9794=>0.0004, 9795=>0.0004, 9796=>0.0004, 9797=>0.0004, 9798=>0.0004, 9799=>0.0004, 9800=>0.0004, 9801=>0.0004, 9802=>0.0004, 9803=>0.0004, 9804=>0.0004, 9805=>0.0004, 9806=>0.0004, 9807=>0.0004, 9808=>0.0004, 9809=>0.0004, 9810=>0.0004, 9811=>0.0004, 9812=>0.0004, 9813=>0.0004, 9814=>0.0004, 9815=>0.0004, 9816=>0.0004, 9817=>0.0004, 9818=>0.0004, 9819=>0.0004, 9820=>0.0004, 9821=>0.0004, 9822=>0.0004, 9823=>0.0004, 9824=>0.0004, 9825=>0.0004, 9826=>0.0004, 9827=>0.0004, 9828=>0.0004, 9829=>0.0004, 9830=>0.0004, 9831=>0.0004, 9832=>0.0004, 9833=>0.0004, 9834=>0.0004, 9835=>0.0004, 9836=>0.0004, 9837=>0.0004, 9838=>0.0004, 9839=>0.0004, 9840=>0.0004, 9841=>0.0004, 9842=>0.0004, 9843=>0.0004, 9844=>0.0004, 9845=>0.0004, 9846=>0.0004, 9847=>0.0004, 9848=>0.0004, 9849=>0.0004, 9850=>0.0004, 9851=>0.0004, 9852=>0.0004, 9853=>0.0004, 9854=>0.0004, 9855=>0.0004, 9856=>0.0004, 9857=>0.0004, 9858=>0.0004, 9859=>0.0004, 9860=>0.0004, 9861=>0.0004, 9862=>0.0004, 9863=>0.0004, 9864=>0.0004, 9865=>0.0004, 9866=>0.0004, 9867=>0.0004, 9868=>0.0004, 9869=>0.0004, 9870=>0.0004, 9871=>0.0004, 9872=>0.0004, 9873=>0.0004, 9874=>0.0004, 9875=>0.0004, 9876=>0.0004, 9877=>0.0004, 9878=>0.0004, 9879=>0.0004, 9880=>0.0004, 9881=>0.0004, 9882=>0.0004, 9883=>0.0004, 9884=>0.0004, 9885=>0.0004, 9886=>0.0004, 9887=>0.0004, 9888=>0.0004, 9889=>0.0004, 9890=>0.0004, 9891=>0.0004, 9892=>0.0004, 9893=>0.0004, 9894=>0.0004, 9895=>0.0004, 9896=>0.0004, 9897=>0.0004, 9898=>0.0004, 9899=>0.0004, 9900=>0.0004, 9901=>0.0004, 9902=>0.0004, 9903=>0.0004, 9904=>0.0004, 9905=>0.0004, 9906=>0.0004, 9907=>0.0004, 9908=>0.0004, 9909=>0.0004, 9910=>0.0004, 9911=>0.0004, 9912=>0.0004, 9913=>0.0004, 9914=>0.0004, 9915=>0.0004, 9916=>0.0004, 9917=>0.0004, 9918=>0.0004, 9919=>0.0004, 9920=>0.0004, 9921=>0.0004, 9922=>0.0004, 9923=>0.0004, 9924=>0.0004, 9925=>0.0004, 9926=>0.0004, 9927=>0.0004, 9928=>0.0004, 9929=>0.0004, 9930=>0.0004, 9931=>0.0004, 9932=>0.0004, 9933=>0.0004, 9934=>0.0004, 9935=>0.0004, 9936=>0.0004, 9937=>0.0004, 9938=>0.0004, 9939=>0.0004, 9940=>0.0004, 9941=>0.0004, 9942=>0.0004, 9943=>0.0004, 9944=>0.0004, 9945=>0.0004, 9946=>0.0004, 9947=>0.0004, 9948=>0.0004, 9949=>0.0004, 9950=>0.0004, 9951=>0.0004, 9952=>0.0004, 9953=>0.0004, 9954=>0.0004, 9955=>0.0004, 9956=>0.0004, 9957=>0.0004, 9958=>0.0004, 9959=>0.0004, 9960=>0.0004, 9961=>0.0004, 9962=>0.0004, 9963=>0.0004, 9964=>0.0004, 9965=>0.0004, 9966=>0.0004, 9967=>0.0004, 9968=>0.0004, 9969=>0.0004, 9970=>0.0004, 9971=>0.0004, 9972=>0.0004, 9973=>0.0004, 9974=>0.0004, 9975=>0.0004, 9976=>0.0004, 9977=>0.0004, 9978=>0.0004, 9979=>0.0004, 9980=>0.0004, 9981=>0.0004, 9982=>0.0004, 9983=>0.0004, 9984=>0.0004, 9985=>0.0004, 9986=>0.0004, 9987=>0.0004, 9988=>0.0004, 9989=>0.0004, 9990=>0.0004, 9991=>0.0004, 9992=>0.0004, 9993=>0.0004, 9994=>0.0004, 9995=>0.0004, 9996=>0.0004, 9997=>0.0004, 9998=>0.0004, 9999=>0.0004, 10000=>0.0004}
48
+
47
49
 
48
50
  end
@@ -28,6 +28,8 @@ module ViralSeq
28
28
  # align a sequence with reference sequence Strings
29
29
  # @param ref_seq [String] reference sequence
30
30
  # @param test_seq [String] test sequence
31
+ # @param algorithm [Symbol], algorithm for MUSCLE5 only. Choose from :PPP or :Super5.
32
+ # @param path_to_muscle [String], path to MUSCLE excutable. if not provided (as default), it will use RubyGem::MuscleBio
31
33
  # @param path_to_muscle [String], path to MUSCLE excutable. if not provided (as default), it will use RubyGem::MuscleBio
32
34
  # @return [Array] a pair of [:ref_seq_aligned, :test_seq_aligned] or nil
33
35
  # if the cannot find MUSCLE excutable
@@ -37,7 +39,7 @@ module ViralSeq
37
39
  # aligned_seqs = ViralSeq::Muscle.align(seq1,seq2)
38
40
  # => ["AAGGCGTAGGAC-", "-AAGCTTAGGACG"]
39
41
 
40
- def self.align(ref_seq = "", test_seq = "", path_to_muscle = false)
42
+ def self.align(ref_seq = "", test_seq = "", algorithm = :PPP, path_to_muscle = false)
41
43
  temp_dir = Dir.home
42
44
  temp_name = "_" + SecureRandom.alphanumeric
43
45
  temp_file = File.join(temp_dir, temp_name)
@@ -56,7 +58,11 @@ module ViralSeq
56
58
  end
57
59
  print `#{path_to_muscle} -in #{temp_file} -out #{temp_aln} -quiet`
58
60
  else
59
- MuscleBio.run("muscle -in #{temp_file} -out #{temp_aln} -quiet")
61
+ if MuscleBio::VERSION.to_f < 0.5
62
+ MuscleBio.run("muscle -in #{temp_file} -out #{temp_aln} -quiet")
63
+ else
64
+ MuscleBio.exec(temp_file, temp_aln, algorithm)
65
+ end
60
66
  end
61
67
  aln_seq_hash = ViralSeq::SeqHash.fa(temp_aln).dna_hash
62
68
  File.unlink(temp_file)
@@ -223,7 +223,7 @@ module ViralSeq
223
223
 
224
224
  # check the size range of the DNA sequences of the SeqHash object
225
225
  # @return [Hash] Hash of {max: MAX_SIZE, min: MIN_SIZE}
226
-
226
+
227
227
  def check_nt_size
228
228
  dna_hash = self.dna_hash
229
229
  size_array = []
@@ -711,10 +711,11 @@ module ViralSeq
711
711
 
712
712
 
713
713
  # align the @dna_hash sequences, return a new ViralSeq::SeqHash object with aligned @dna_hash using MUSCLE
714
+ # @param algorithm [Symbol], algorithm for MUSCLE5 only. Choose from :PPP or :Super5.
714
715
  # @param path_to_muscle [String], path to MUSCLE excutable. if not provided (as default), it will use RubyGem::MuscleBio
715
716
  # @return [SeqHash] new SeqHash object of the aligned @dna_hash, the title has "_aligned"
716
717
 
717
- def align(path_to_muscle = false)
718
+ def align(algorithm = :PPP, path_to_muscle = false)
718
719
  seq_hash = self.dna_hash
719
720
  if self.file.size > 0
720
721
  temp_dir = File.dirname(self.file)
@@ -732,7 +733,11 @@ module ViralSeq
732
733
  end
733
734
  print `#{path_to_muscle} -in #{temp_file} -out #{temp_aln} -quiet`
734
735
  else
735
- MuscleBio.run("muscle -in #{temp_file} -out #{temp_aln} -quiet")
736
+ if MuscleBio::VERSION.to_f < 0.5
737
+ MuscleBio.run("muscle -in #{temp_file} -out #{temp_aln} -quiet")
738
+ else
739
+ MuscleBio.exec(temp_file, temp_aln, algorithm)
740
+ end
736
741
  end
737
742
  out_seq_hash = ViralSeq::SeqHash.fa(temp_aln)
738
743
  out_seq_hash.title = self.title + "_aligned"
@@ -180,7 +180,7 @@ module ViralSeq
180
180
  l1 = 0
181
181
  l2 = 0
182
182
 
183
- aln_seq = ViralSeq::Muscle.align(ori_ref, seq, path_to_muscle)
183
+ aln_seq = ViralSeq::Muscle.align(ori_ref, seq, :PPP, path_to_muscle)
184
184
  aln_test = aln_seq[1]
185
185
  aln_test =~ /^(\-*)(\w.*\w)(\-*)$/
186
186
  gap_begin = $1.size
@@ -214,7 +214,7 @@ module ViralSeq
214
214
  l2 = l2 + (post_aln - b2)
215
215
  end
216
216
 
217
- aln_seq = ViralSeq::Muscle.align(ref, seq, path_to_muscle)
217
+ aln_seq = ViralSeq::Muscle.align(ref, seq, :PPP, path_to_muscle)
218
218
  aln_test = aln_seq[1]
219
219
  aln_test =~ /^(\-*)(\w.*\w)(\-*)$/
220
220
  gap_begin = $1.size
@@ -240,22 +240,22 @@ module ViralSeq
240
240
  repeat = 0
241
241
 
242
242
  if g1 == g2 and (s1 + g1 + s2) == ref.size
243
- if s1 > s2 and g2 > 2*s2
243
+ if s1 > s2 and g2 >= s2
244
244
  ref = ref[0..(-g2-1)]
245
245
  repeat = 1
246
246
  l2 = l2 + g2
247
- elsif s1 < s2 and g1 > 2*s1
247
+ elsif s1 < s2 and g1 >= s1
248
248
  ref = ref[g1..-1]
249
249
  repeat = 1
250
250
  l1 = l1 + g1
251
251
  end
252
252
  else
253
- if g1 > 2*s1
253
+ if g1 >= s1
254
254
  ref = ref[g1..-1]
255
255
  repeat = 1
256
256
  l1 = l1 + g1
257
257
  end
258
- if g2 > 2*s2
258
+ if g2 >= s2
259
259
  ref = ref[0..(-g2 - 1)]
260
260
  repeat = 1
261
261
  l2 = l2 + g2
@@ -263,7 +263,7 @@ module ViralSeq
263
263
  end
264
264
 
265
265
  while repeat == 1
266
- aln_seq = ViralSeq::Muscle.align(ref, seq, path_to_muscle)
266
+ aln_seq = ViralSeq::Muscle.align(ref, seq, :PPP, path_to_muscle)
267
267
  aln_test = aln_seq[1]
268
268
  aln_test =~ /^(\-*)(\w.*\w)(\-*)$/
269
269
  gap_begin = $1.size
@@ -280,12 +280,12 @@ module ViralSeq
280
280
  l1 = l1 + gap_begin
281
281
  l2 = l2 + gap_end
282
282
  repeat = 0
283
- if g1 > 2*s1
283
+ if g1 >= s1
284
284
  ref = ref[g1..-1]
285
285
  repeat = 1
286
286
  l1 = l1 + g1
287
287
  end
288
- if g2 > 2*s2
288
+ if g2 >= s2
289
289
  ref = ref[0..(-g2 - 1)]
290
290
  repeat = 1
291
291
  l2 = l2 + g2
@@ -293,8 +293,7 @@ module ViralSeq
293
293
  end
294
294
  ref = ori_ref[l1..(ori_ref_l - l2 - 1)]
295
295
 
296
-
297
- aln_seq = ViralSeq::Muscle.align(ref, seq, path_to_muscle)
296
+ aln_seq = ViralSeq::Muscle.align(ref, seq, :PPP, path_to_muscle)
298
297
  aln_test = aln_seq[1]
299
298
  ref = aln_seq[0]
300
299
 
@@ -303,12 +302,12 @@ module ViralSeq
303
302
  if ref =~ /^(\-+)/
304
303
  l1 = l1 - $1.size
305
304
  elsif ref =~ /(\-+)$/
306
- l2 = l2 + $1.size
305
+ l2 = l2 - $1.size
307
306
  end
308
307
 
309
308
  if (ori_ref_l - l2 - 1) >= l1
310
309
  ref = ori_ref[l1..(ori_ref_l - l2 - 1)]
311
- aln_seq = ViralSeq::Muscle.align(ref, seq, path_to_muscle)
310
+ aln_seq = ViralSeq::Muscle.align(ref, seq, :PPP, path_to_muscle)
312
311
  aln_test = aln_seq[1]
313
312
  ref = aln_seq[0]
314
313
 
@@ -6,6 +6,10 @@ module ViralSeq
6
6
  class << self
7
7
 
8
8
  # methods to calculate TCS consensus cut-off based on the maximum numbers of PIDs and platform error rate.
9
+ # @see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26041299 reference at Zhou et al. JVI 2016.
10
+ # @param m [Integer] PID abundance
11
+ # @param error_rate [Float] estimated platform error rate.
12
+ # @return [Integer] an abundance cut-off (Integer) for offspring Primer IDs.
9
13
 
10
14
  def calculate_cut_off(m, error_rate = 0.02)
11
15
  n = 0
@@ -289,8 +293,12 @@ module ViralSeq
289
293
  # => 0.0362
290
294
 
291
295
  def detection_limit(tcs_number)
292
- dl = `Rscript -e "library(dplyr); ifelse(#{tcs_number} > 2, (binom.test(0,#{tcs_number})['conf.int'] %>% unlist %>% unname)[2] %>% round(4) %>% cat, 0)" 2>/dev/null`
293
- dl.to_f
296
+ if ViralSeq::DETECT_SEN[tcs_number]
297
+ return ViralSeq::DETECT_SEN[tcs_number]
298
+ else
299
+ dl = `Rscript -e "library(dplyr); ifelse(#{tcs_number} > 2, (binom.test(0,#{tcs_number})['conf.int'] %>% unlist %>% unname)[2] %>% round(4) %>% cat, 0)" 2>/dev/null`
300
+ dl.to_f
301
+ end
294
302
  end
295
303
 
296
304
  private
@@ -16,7 +16,7 @@ module ViralSeq
16
16
  :ref_genome=>"HXB2",
17
17
  :ref_start=>2648,
18
18
  :ref_end=>3257,
19
- :indel=>false,
19
+ :indel=>true,
20
20
  :trim=>false},
21
21
  {:region=>"PR",
22
22
  :cdna=>
@@ -41,7 +41,7 @@ module ViralSeq
41
41
  :forward=>"GCCTCCCTCGCGCCATCAGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNNAAAAGGAGAAGCCATGCATG",
42
42
  :majority=>0,
43
43
  :end_join=>true,
44
- :end_join_option=>3,
44
+ :end_join_option=>2,
45
45
  :overlap=>171,
46
46
  :TCS_QC=>true,
47
47
  :ref_genome=>"HXB2",
@@ -2,6 +2,6 @@
2
2
  # version info and histroy
3
3
 
4
4
  module ViralSeq
5
- VERSION = "1.5.0"
6
- TCS_VERSION = "2.4.0"
5
+ VERSION = "1.6.3"
6
+ TCS_VERSION = "2.5.0"
7
7
  end