unipept 2.1.1 → 2.2.2

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  21. data/lib/configuration.rb +6 -7
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  26. data/test/commands/unipept/test_pept2ec.rb +11 -11
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  29. data/test/commands/unipept/test_pept2interpro.rb +26 -26
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  32. data/test/commands/unipept/test_pept2taxa.rb +2 -4
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50
50
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52
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55
55
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56
56
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57
57
 
@@ -61,10 +61,10 @@ module Unipept
61
61
  end
62
62
  lines = out.each_line
63
63
  assert_equal('', err)
64
- assert(lines.next.start_with?('fasta_header,peptide,total_protein_count,ec_number,ec_protein_count,go_term,go_protein_count'))
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69
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70
 
@@ -74,10 +74,10 @@ module Unipept
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125
+ assert_equal('AALTER,7,3.1.3.3 6.3.2.13,2 2,GO:0000287 GO:0005737,5 5,IPR013221,2', lines.next.rstrip)
126
126
  assert_raises(StopIteration) { lines.next }
127
127
  end
128
128
 
@@ -132,8 +132,8 @@ module Unipept
132
132
  end
133
133
  lines = out.each_line
134
134
  assert_equal('', err)
135
- assert(lines.next.start_with?('peptide,total_protein_count'))
136
- assert(lines.next.start_with?('AAEVALVGTEK,0'))
135
+ assert('peptide,total_protein_count', lines.next.rstrip)
136
+ assert_equal('AAEVALVGTEK,0', lines.next.rstrip)
137
137
  assert_raises(StopIteration) { lines.next }
138
138
  end
139
139
  end
@@ -51,7 +51,7 @@ module Unipept
51
51
  lines = out.each_line
52
52
  assert_equal('', err)
53
53
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54
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56
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63
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