unipept 2.1.1 → 2.2.2
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- checksums.yaml +4 -4
- data/.github/dependabot.yml +9 -0
- data/.github/workflows/ci.yml +6 -27
- data/.rakeTasks +7 -0
- data/.rubocop.yml +2 -0
- data/.ruby-version +1 -1
- data/CITATION.cff +30 -0
- data/Gemfile +2 -2
- data/Gemfile.lock +60 -41
- data/README.md +2 -2
- data/Rakefile +4 -4
- data/VERSION +1 -1
- data/lib/batch_iterator.rb +16 -0
- data/lib/commands/prot2pept.rb +1 -2
- data/lib/commands/unipept/api_runner.rb +10 -12
- data/lib/commands/unipept/config.rb +1 -1
- data/lib/commands/unipept/pept2taxa.rb +1 -5
- data/lib/commands/unipept/taxa2tree.rb +74 -0
- data/lib/commands/unipept.rb +25 -1
- data/lib/commands/uniprot.rb +4 -5
- data/lib/configuration.rb +6 -7
- data/lib/formatters.rb +108 -36
- data/lib/server_message.rb +2 -4
- data/test/commands/unipept/test_api_runner.rb +8 -7
- data/test/commands/unipept/test_config.rb +1 -1
- data/test/commands/unipept/test_pept2ec.rb +11 -11
- data/test/commands/unipept/test_pept2funct.rb +15 -15
- data/test/commands/unipept/test_pept2go.rb +10 -10
- data/test/commands/unipept/test_pept2interpro.rb +26 -26
- data/test/commands/unipept/test_pept2lca.rb +2 -2
- data/test/commands/unipept/test_pept2prot.rb +2 -2
- data/test/commands/unipept/test_pept2taxa.rb +2 -4
- data/test/commands/unipept/test_peptinfo.rb +16 -16
- data/test/commands/unipept/test_taxa2lca.rb +2 -2
- data/test/commands/unipept/test_taxa2tree.rb +68 -0
- data/test/commands/unipept/test_taxonomy.rb +2 -2
- data/test/helper.rb +10 -0
- data/test/support/api_stub.rb +60 -0
- data/test/support/resources/pept2ec.json +55 -0
- data/test/support/resources/pept2funct.json +73 -0
- data/test/support/resources/pept2go.json +43 -0
- data/test/support/resources/pept2interpro.json +43 -0
- data/test/support/resources/pept2lca.json +14 -0
- data/test/support/resources/pept2prot.json +422 -0
- data/test/support/resources/pept2taxa.json +194 -0
- data/test/support/resources/peptinfo.json +70 -0
- data/test/support/resources/taxa2tree.json +194 -0
- data/test/support/resources/taxonomy.json +22 -0
- data/test/test_configuration.rb +1 -1
- data/test/test_formatters.rb +5 -5
- data/test/test_output_writer.rb +1 -1
- data/test/test_server_message.rb +2 -2
- data/test.taxa +4 -0
- data/unipept.gemspec +32 -21
- metadata +26 -9
|
@@ -50,8 +50,8 @@ module Unipept
|
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50
50
|
end
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51
51
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lines = out.each_line
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52
52
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assert_equal('', err)
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53
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-
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54
|
-
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|
53
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+
assert_equal('peptide,total_protein_count,ec_number,ec_protein_count,go_term,go_protein_count,ipr_code,ipr_protein_count', lines.next.rstrip)
|
|
54
|
+
assert_equal('AALTER,7,3.1.3.3 6.3.2.13,2 2,GO:0000287 GO:0005737,5 5,IPR013221,2', lines.next.rstrip)
|
|
55
55
|
assert_raises(StopIteration) { lines.next }
|
|
56
56
|
end
|
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57
57
|
|
|
@@ -61,10 +61,10 @@ module Unipept
|
|
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61
61
|
end
|
|
62
62
|
lines = out.each_line
|
|
63
63
|
assert_equal('', err)
|
|
64
|
-
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|
65
|
-
|
|
66
|
-
assert(lines.next.start_with?('>test,AALER,41797,2.3.1.9 6.1.1.16 2.7.7.38 1.3.5.1 2.7.7.7 2.1.2.10 6.3.4.2 3.1.-.- 2.3.1.16 6.3.5.3 3.6.4.12 2.7.13.3 2.2.1.1 2.1.1.191 2.6.1.- 2.7.7.- 6.1.1.7 5.3.1.5 4.2.1.2 1.18.1.- 4.2.1.19 3.5.4.26 1.1.1.193 5.2.1.8 6.1.1.9 3.6.1.- 2.1.1.- 2.4.2.18 4.1.1.48 1.11.1.7 3.4.24.- 3.1.1.4 2.6.1.11 2.5.1.72 2.6.1.76 5.99.1.3 3.1.3.16 3.6.3.- 3.1.21.3 5.4.99.27 2.3.1.180 2.8.1.7 2.1.1.297 1.1.1.3 5.4.3.8 3.6.3.14 4.3.1.19 3.1.11.6 1.1.1.23 2.7.7.85 1.2.1.88 2.1.1.174 4.2.99.18 2.1.3.15 2.3.1.179 2.7.7.6 1.5.5.2 2.2.1.9 3.1.4.- 6.1.1.6 1.20.4.1 3.6.4.- 3.5.1.5 3.1.1.5 6.1.1.20 2.4.1.21 3.4.11.1 1.1.1.94 2.7.8.7 4.99.1.1 1.6.5.11 3.4.11.10 3.6.-.- 5.4.99.2 3.1.1.61 4.2.1.20 6.5.1.1 6.1.1.- 4.2.2.n1 2.7.7.59 2.7.7.89 3.2.2.27 1.2.1.27 4.2.1.126 5.1.3.11 2.7.7.42 6.1.1.17 2.9.1.1 1.14.99.29 3.6.3.17 2.1.1.198 2.5.1.75 3.5.4.2 1.2.1.- 4.1.3.27 3.1.4.16 1.4.3.16 2.6.1.9 3.4.-.- 6.5.1.2 1.-.-.- 1.14.13.- 2.6.1.16 6.3.4.19 2.4.99.16 6.2.1.5 6.1.1.18 1.5.1.20 1.2.4.1 4.1.1.20 3.1.11.5 6.1.1.1 2.7.9.1 3.1.1.31 2.3.1.234 3.4.21.- 2.2.1.6 4.2.1.46 4.1.99.22 2.1.2.9 6.3.5.1 1.3.1.9 6.1.1.5 4.2.1.1 3.6.4.13 4.1.1.31 4.1.1.47 2.7.4.1 3.1.3.12 4.2.1.24 2.7.11.1 2.6.1.62 3.1.26.- 3.1.26.4 2.5.1.61 6.3.2.13 5.3.1.24 2.3.1.- 3.4.19.12 2.7.1.25 2.3.1.157 1.8.99.2 3.4.21.53 5.3.1.9 3.7.1.3 6.3.2.2 2.5.1.17 3.4.11.2 1.3.99.- 2.7.7.23 3.5.1.4 4.3.1.3 2.7.1.71 2.3.3.9 6.3.5.5 3.6.5.- 3.1.13.1 6.3.2.4 6.3.2.1 2.1.1.197 1.3.99.1 2.7.1.130 2.7.1.100 2.7.3.9 4.1.3.40 6.1.1.19 1.7.-.- 2.3.1.30 2.7.1.23 4.1.1.86 3.6.3.41 2.3.2.31 1.11.1.15 4.2.3.4 6.1.1.3 4.2.1.113 2.4.2.21 3.1.26.3 1.8.4.11 2.4.1.- 1.4.1.13 3.1.4.52 2.7.4.16 4.2.1.17 2.7.7.4 1.4.99.6 1.4.3.5 6.1.1.2 2.4.2.17 3.4.25.1 6.3.2.- 3.1.3.- 6.2.1.3 2.7.1.180 2.7.1.167 4.6.1.1 4.3.2.1 2.7.7.56 2.7.7.70 5.1.1.8 3.1.1.- 2.3.1.20 4.1.1.32 2.4.1.25 5.4.99.15 4.2.1.33 2.7.6.5 2.1.1.182 2.7.1.- 2.7.1.2 5.99.1.2 3.2.1.23 1.1.1.100 2.1.3.- 1.5.8.4 1.4.7.1 2.1.1.228 2.3.1.94 2.3.1.41 2.3.1.39 2.7.1.15 2.7.1.30 2.7.1.24 2.3.1.181 2.4.1.182 2.4.-.- 1.3.98.3 3.6.3.28 2.7.7.3 6.3.5.9 2.5.1.- 2.6.1.37 5.3.3.2 3.1.26.8 4.2.2.- 3.2.1.21 1.1.1.25 1.1.1.157 1.17.1.8 2.10.1.1 3.2.2.4 3.2.2.- 2.7.7.18 6.3.5.11 5.3.1.23 3.5.1.2 3.5.1.- 6.3.1.1 4.3.1.7 2.3.1.47 3.6.1.7 1.2.4.4 4.1.1.36 3.4.16.4 1.13.12.4 2.4.1.129 3.2.1.- 2.6.1.1 6.2.1.30 2.1.1.72 2.1.1.33 3.2.2.23 3.5.1.94 2.4.1.227 6.3.5.7 1.3.1.- 1.2.1.38 1.2.1.12 4.2.1.109 6.3.4.18 2.4.2.4 2.4.2.- 2.1.1.107 6.3.2.5 3.1.3.6 3.5.4.16 4.2.1.- 1.1.1.133 1.1.1.37 6.3.2.10 6.3.2.17 1.2.1.2 1.5.8.3 4.3.3.7 3.6.3.4 1.1.1.267 5.4.99.- 2.7.7.77 4.1.-.- 2.3.1.1 2.1.1.298 1.5.1.2 3.5.2.3 1.1.1.- 2.3.1.29 3.1.1.29 2.3.1.35 2.7.1.35 2.7.1.26 1.14.14.18 1.8.1.9 5.4.99.12 2.4.1.173 2.4.1.57 1.4.1.2 2.7.4.9 3.1.3.48 5.1.3.2 3.5.1.28 3.6.3.25 2.1.1.37 4.2.1.10 3.1.11.1 3.5.1.98 2.7.7.2 4.1.2.- 2.7.11.5 2.7.-.- 1.2.1.70 4.2.1.70 6.1.1.4 2.7.6.3 2.4.2.19 1.4.4.2 1.6.99.5 5.99.1.4 3.6.1.31 2.4.99.17 3.1.3.3 3.1.3.5 3.2.1.52 2.5.1.48 3.5.4.25 6.6.1.2 1.3.3.4 1.1.1.49 1.1.1.40 3.4.21.92 2.8.1.13 3.6.3.8 3.6.3.3 2.7.3.- 2.7.7.48 2.7.7.72 2.7.7.60 2.7.7.65 1.3.5.4 6.1.1.22 6.1.1.15 6.1.1.10 2.7.2.4 5.1.1.1 4.1.99.3 1.7.99.4 2.3.1.31 3.-.-.- 2.7.1.33 2.7.1.36 3.1.6.1 2.7.1.40 2.7.1.45 2.3.1.225 1.14.-.- 4.1.1.37 4.1.1.23 4.1.1.49 1.1.2.3 2.7.7.87 1.7.1.13 1.8.1.4 5.4.99.16 1.17.99.6 2.4.1.54 5.4.2.7 5.4.99.25 5.4.99.61 2.7.4.23 1.4.1.1 2.7.4.25 5.1.1.11 6.2.1.13 1.1.99.14 1.13.11.27 3.5.1.10 3.6.3.54 3.5.1.46 5.3.1.1 4.2.1.32 1.3.8.7 2.1.1.14 1.3.8.4 4.4.1.1 3.7.1.- 4.1.99.17 3.5.1.87 3.5.1.88 2.8.1.8 2.1.2.3 2.1.2.2 1.14.11.- 6.3.5.- 2.4.1.301 1.4.3.- 1.2.7.8 5.4.4.2 1.14.13.7 1.17.7.3 4.2.1.75 1.2.1.10 4.2.1.138 4.2.1.136 2.6.1.83 2.6.1.85 6.3.4.13 3.1.2.6 2.4.2.10 1.1.-.- 2.4.2.30 2.1.1.166 1.6.99.3 3.1.26.5 2.1.1.131 6.3.2.8 6.3.2.9 5.1.99.6 3.2.1.141 2.1.1.192 2.7.13.- 2.5.1.10 3.6.1.11 2.5.1.18 2.5.1.15 3.4.11.- 4.6.1.12 2.5.1.78 2.5.1.47 3.5.4.10 3.5.4.19 3.2.1.28 3.5.4.9 4.2.1.8 1.1.1.22 1.1.1.27 1.1.1.47 6.3.2.12 6.3.3.2 6.3.3.3 1.1.1.60 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67
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-
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64
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+
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+
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66
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+
assert_equal('>test,AALER,208,6.1.1.16 2.7.7.38,44 13,GO:0005737 GO:0005524,106 75,IPR014729 IPR009080,48 45', lines.next.rstrip)
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|
67
|
+
assert_equal('>tost,AALTER,7,3.1.3.3 6.3.2.13,2 2,GO:0000287 GO:0005737,5 5,IPR013221,2', lines.next.rstrip)
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68
68
|
assert_raises(StopIteration) { lines.next }
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69
69
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end
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70
70
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@@ -74,10 +74,10 @@ module Unipept
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74
74
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end
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75
75
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lines = out.each_line
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76
76
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assert_equal('', err)
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77
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-
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78
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-
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79
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-
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|
|
80
|
-
|
|
77
|
+
assert_equal('fasta_header,peptide,go_term', lines.next.rstrip)
|
|
78
|
+
assert_equal('>test,AALTER,GO:0000287 GO:0005737', lines.next.rstrip)
|
|
79
|
+
assert_equal('>test,AALER,GO:0005737 GO:0005524', lines.next.rstrip)
|
|
80
|
+
assert_equal('>tost,AALTER,GO:0000287 GO:0005737', lines.next.rstrip)
|
|
81
81
|
assert_raises(StopIteration) { lines.next }
|
|
82
82
|
end
|
|
83
83
|
|
|
@@ -87,7 +87,7 @@ module Unipept
|
|
|
87
87
|
end
|
|
88
88
|
lines = out.each_line
|
|
89
89
|
assert_equal('', err)
|
|
90
|
-
output = lines.to_a.join
|
|
90
|
+
output = lines.to_a.join.chomp
|
|
91
91
|
assert(output.start_with?('['))
|
|
92
92
|
assert(output.end_with?(']'))
|
|
93
93
|
assert(!output.include?('}{'))
|
|
@@ -100,7 +100,7 @@ module Unipept
|
|
|
100
100
|
end
|
|
101
101
|
lines = out.each_line
|
|
102
102
|
assert_equal('', err)
|
|
103
|
-
output = lines.to_a.join
|
|
103
|
+
output = lines.to_a.join.chomp
|
|
104
104
|
assert(output.start_with?('<results>'))
|
|
105
105
|
assert(output.end_with?('</results>'))
|
|
106
106
|
assert(output.include?('<fasta_header>'))
|
|
@@ -122,7 +122,7 @@ module Unipept
|
|
|
122
122
|
lines = out.each_line
|
|
123
123
|
assert_equal('', err)
|
|
124
124
|
assert(lines.next.start_with?('peptide,total_protein_count,ec_number,ec_protein_count,go_term,go_protein_count'))
|
|
125
|
-
|
|
125
|
+
assert_equal('AALTER,7,3.1.3.3 6.3.2.13,2 2,GO:0000287 GO:0005737,5 5,IPR013221,2', lines.next.rstrip)
|
|
126
126
|
assert_raises(StopIteration) { lines.next }
|
|
127
127
|
end
|
|
128
128
|
|
|
@@ -132,8 +132,8 @@ module Unipept
|
|
|
132
132
|
end
|
|
133
133
|
lines = out.each_line
|
|
134
134
|
assert_equal('', err)
|
|
135
|
-
assert(
|
|
136
|
-
|
|
135
|
+
assert('peptide,total_protein_count', lines.next.rstrip)
|
|
136
|
+
assert_equal('AAEVALVGTEK,0', lines.next.rstrip)
|
|
137
137
|
assert_raises(StopIteration) { lines.next }
|
|
138
138
|
end
|
|
139
139
|
end
|
|
@@ -51,7 +51,7 @@ module Unipept
|
|
|
51
51
|
lines = out.each_line
|
|
52
52
|
assert_equal('', err)
|
|
53
53
|
assert(lines.next.start_with?('peptide,total_protein_count,go_term,go_protein_count'))
|
|
54
|
-
assert(lines.next.start_with?('AALTER,
|
|
54
|
+
assert(lines.next.start_with?('AALTER,7,GO:0000287 GO:0005737 GO:0042803,5 5 1'))
|
|
55
55
|
assert_raises(StopIteration) { lines.next }
|
|
56
56
|
end
|
|
57
57
|
|
|
@@ -62,9 +62,9 @@ module Unipept
|
|
|
62
62
|
lines = out.each_line
|
|
63
63
|
assert_equal('', err)
|
|
64
64
|
assert(lines.next.start_with?('fasta_header,peptide,total_protein_count,go_term,go_protein_count'))
|
|
65
|
-
assert(lines.next.start_with?('>test,AALTER,
|
|
66
|
-
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|
67
|
-
assert(lines.next.start_with?('>tost,AALTER,
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65
|
+
assert(lines.next.start_with?('>test,AALTER,7,GO:0000287 GO:0005737 GO:0042803,5 5 1'))
|
|
66
|
+
assert(lines.next.start_with?('>test,AALER,208,GO:0005737 GO:0005524 GO:0008270,106 75 48'))
|
|
67
|
+
assert(lines.next.start_with?('>tost,AALTER,7,GO:0000287 GO:0005737 GO:0042803,5 5 1'))
|
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68
68
|
assert_raises(StopIteration) { lines.next }
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69
69
|
end
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70
70
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@@ -75,9 +75,9 @@ module Unipept
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75
75
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lines = out.each_line
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76
76
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assert_equal('', err)
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77
77
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assert(lines.next.start_with?('fasta_header,peptide,go_term'))
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78
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-
assert(lines.next.start_with?('>test,AALTER,GO:
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|
79
|
-
assert(lines.next.start_with?('>test,AALER,GO:0005524 GO:0016021 GO:0003677 GO:0005737 GO:0008152 GO:0006351 GO:0005622 GO:0046872 GO:0016491 GO:0016740 GO:0006355 GO:0008270 GO:0016747 GO:0003824 GO:0003700 GO:0030170 GO:0016787 GO:0003985 GO:0035091 GO:0005886 GO:0000155 GO:0006281 GO:0008483 GO:0016887 GO:0003676 GO:0006886 GO:0009058 GO:0004817 GO:0006423 GO:0005525 GO:0030904 GO:0004003 GO:0000287 GO:0000160 GO:0004527 GO:0043565 GO:0003723 GO:0031177 GO:0005829 GO:0005975 GO:0003924 GO:0016301 GO:0006541 GO:0008168 GO:0055085 GO:0009103 GO:0016020 GO:0008690 GO:0042147 GO:0051539 GO:0016831 GO:0051301 GO:0033468 GO:0019752 GO:0006897 GO:0000166 GO:0050660 GO:0006310 GO:0007049 GO:0009055 GO:0016987 GO:0020037 GO:0031683 GO:0016874 GO:0005506 GO:0006313 GO:0005215 GO:0006260 GO:0004491 GO:0008658 GO:0004803 GO:0016788 GO:0004672 GO:0004519 GO:0008237 GO:0006352 GO:0005634 GO:0008233 GO:0004386 GO:0003887 GO:0004177 GO:0006633 GO:0015074 GO:0022857 GO:0016829 GO:0006412 GO:0008177 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|
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80
|
-
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|
|
78
|
+
assert(lines.next.start_with?('>test,AALTER,GO:0000287 GO:0005737 GO:0042803'))
|
|
79
|
+
assert(lines.next.start_with?('>test,AALER,GO:0005737 GO:0005524 GO:0008270'))
|
|
80
|
+
assert(lines.next.start_with?('>tost,AALTER,GO:0000287 GO:0005737 GO:0042803'))
|
|
81
81
|
assert_raises(StopIteration) { lines.next }
|
|
82
82
|
end
|
|
83
83
|
|
|
@@ -87,7 +87,7 @@ module Unipept
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|
|
87
87
|
end
|
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88
88
|
lines = out.each_line
|
|
89
89
|
assert_equal('', err)
|
|
90
|
-
output = lines.to_a.join
|
|
90
|
+
output = lines.to_a.join.chomp
|
|
91
91
|
assert(output.start_with?('['))
|
|
92
92
|
assert(output.end_with?(']'))
|
|
93
93
|
assert(!output.include?('}{'))
|
|
@@ -100,7 +100,7 @@ module Unipept
|
|
|
100
100
|
end
|
|
101
101
|
lines = out.each_line
|
|
102
102
|
assert_equal('', err)
|
|
103
|
-
output = lines.to_a.join
|
|
103
|
+
output = lines.to_a.join.chomp
|
|
104
104
|
assert(output.start_with?('<results>'))
|
|
105
105
|
assert(output.end_with?('</results>'))
|
|
106
106
|
assert(output.include?('<fasta_header>'))
|
|
@@ -122,7 +122,7 @@ module Unipept
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122
122
|
lines = out.each_line
|
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123
123
|
assert_equal('', err)
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124
124
|
assert(lines.next.start_with?('peptide,total_protein_count,go_term,go_protein_count'))
|
|
125
|
-
assert(lines.next.start_with?('AALTER,
|
|
125
|
+
assert(lines.next.start_with?('AALTER,7,GO:0000287 GO:0005737 GO:0042803,5 5 1'))
|
|
126
126
|
assert_raises(StopIteration) { lines.next }
|
|
127
127
|
end
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128
128
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