unipept 2.1.1 → 2.2.2

data/lib/configuration.rb

@@ -2,8 +2,7 @@ require 'yaml'
 
 module Unipept
   class Configuration
-    attr_reader :config
-    attr_reader :file_name
+    attr_reader :config, :file_name
 
     # Creates a new config object, based on a given YAML file. If no filename
     # given, '.unipeptrc' in the home dir of the user will be used.
@@ -14,17 +13,17 @@ module Unipept
     # config from
     def initialize(file = nil)
       @file_name = file || File.join(Dir.home, '.unipeptrc')
-      @config = if !File.exist? file_name
-                  {}
+      @config = if File.exist? file_name
+                  YAML.load_file file_name, permitted_classes: [Time]
                 else
-                  YAML.load_file file_name
+                  {}
                 end
     end
 
     # Saves the config to disk. If the file doesn't exist yet, a new one will be
     # created
     def save
-      File.open(file_name, 'w') { |f| f.write config.to_yaml }
+      File.write(file_name, config.to_yaml)
     end
 
     # Deletes a key
@@ -39,7 +38,7 @@ module Unipept
 
     # forwards =[] to the internal config hash
     def []=(*args)
-      config.[]=(*args)
+      config.[]=(*args) # rubocop:disable Layout/SpaceBeforeBrackets
     end
   end
 end

data/lib/formatters.rb

@@ -156,7 +156,7 @@ module Unipept
     # @return [String] The converted input data in the JSON format
     def convert(data, first)
       output = data.map(&:to_json).join(',')
-      first ? output : ',' + output
+      first ? output : ",#{output}"
     end
   end
 
@@ -169,20 +169,7 @@ module Unipept
       'csv'
     end
 
-    # Returns the header row for the given data and fasta_mapper. This row
-    # contains all the keys of the first element of the data, preceded by
-    # 'fasta_header' if a fasta_mapper is given.
-    #
-    # @param [Array] data The data that we will use to extract the keys from.
-    #
-    # @param [Array<Array<String>>] fasta_mapper Optional mapping between input
-    # data and corresponding fasta header. The data is represented as a list
-    # containing tuples where the first element is the fasta header and second
-    # element is the input data If a fasta_mapper is given, the output will be
-    # preceded with 'fasta_header'.
-    #
-    # @return [String] The header row
-    def header(data, fasta_mapper = nil)
+    def get_keys(data, fasta_mapper = nil)
       # This global variable is necessary because we need to know how many items should be
       # nil in the convert function.
       $keys_length = 0 # rubocop:disable Style/GlobalVars
@@ -191,28 +178,47 @@ module Unipept
 
       # First we look for items for both ec numbers, go terms and ipr codes that are fully filled in.
       data.each do |row|
-        non_empty_items.keys.each do |annotation_type|
+        non_empty_items.each_key do |annotation_type|
           non_empty_items[annotation_type] = row if row[annotation_type] && !row[annotation_type].empty?
         end
       end
 
-      CSV.generate do |csv|
-        keys = fasta_mapper ? ['fasta_header'] : []
-        keys += (data.first.keys - %w[ec go ipr])
-        processed_keys = keys
+      keys = fasta_mapper ? ['fasta_header'] : []
+      keys += (data.first.keys - %w[ec go ipr])
+      processed_keys = keys
 
-        non_empty_items.each do |annotation_type, non_empty_item|
-          next unless non_empty_item
+      non_empty_items.each do |annotation_type, non_empty_item|
+        next unless non_empty_item
 
-          keys += (non_empty_item.keys - processed_keys)
-          processed_keys += non_empty_item.keys
+        keys += (non_empty_item.keys - processed_keys)
+        processed_keys += non_empty_item.keys
 
-          idx = keys.index(annotation_type)
-          keys.delete_at(idx)
-          keys.insert(idx, *non_empty_item[annotation_type].first.keys.map { |el| %w[ec_number go_term ipr_code].include?(el) ? el : annotation_type + '_' + el })
-          $keys_length = *non_empty_item[annotation_type].first.keys.length # rubocop:disable Style/GlobalVars
-        end
+        idx = keys.index(annotation_type)
+        keys.delete_at(idx)
+        keys.insert(idx, *non_empty_item[annotation_type].first.keys.map { |el| %w[ec_number go_term ipr_code].include?(el) ? el : "#{annotation_type}_#{el}" })
+        $keys_length = *non_empty_item[annotation_type].first.keys.length # rubocop:disable Style/GlobalVars
+      end
 
+      keys
+    end
+
+    # Returns the header row for the given data and fasta_mapper. This row
+    # contains all the keys of the first element of the data, preceded by
+    # 'fasta_header' if a fasta_mapper is given.
+    #
+    # @param [Array] data The data that we will use to extract the keys from.
+    #
+    # @param [Array<Array<String>>] fasta_mapper Optional mapping between input
+    # data and corresponding fasta header. The data is represented as a list
+    # containing tuples where the first element is the fasta header and second
+    # element is the input data If a fasta_mapper is given, the output will be
+    # preceded with 'fasta_header'.
+    #
+    # @return [String] The header row
+    def header(data, fasta_mapper = nil)
+      keys = get_keys(data, fasta_mapper)
+
+      CSV.generate do |csv|
         csv << keys.map(&:to_s) if keys.length.positive?
       end
     end
@@ -229,23 +235,25 @@ module Unipept
     #
     # @return [String] The converted input data in the CSV format
     def convert(data, _first)
+      keys = get_keys(data)
+
       CSV.generate do |csv|
         data.each do |o|
-          row = []
+          row = {}
           o.each do |k, v|
             if %w[ec go ipr].include? k
               if v && !v.empty?
-                v.first.keys.each do |key|
-                  row << (v.map { |el| el[key] }).join(' ').strip
+                v.first.each_key do |key|
+                  row[key == 'protein_count' ? "#{k}_protein_count" : key] = (v.map { |el| el[key] }).join(' ').strip
                 end
               else
-                row = row.concat(Array.new($keys_length[0], nil)) # rubocop:disable Style/GlobalVars
+                row[k] = row.concat(Array.new($keys_length[0], nil)) # rubocop:disable Style/GlobalVars
               end
             else
-              row << (v == '' ? nil : v)
+              row[k] = (v == '' ? nil : v)
             end
           end
-          csv << row
+          csv << keys.map { |k| row[k] }
         end
       end
     end
@@ -296,7 +304,7 @@ module Unipept
     #
     # @return [String] The converted input data in the XML format
     def convert(data, _first)
-      data.map { |row| '<result>' + row.to_xml + '</result>' }.join('')
+      data.map { |row| "<result>#{row.to_xml}</result>" }.join
     end
   end
 
@@ -336,4 +344,68 @@ module Unipept
         .join
     end
   end
+
+  class HtmlFormatter < Formatter
+    register :html
+
+    # @return [String] The type of the current formatter: html
+    def type
+      'html'
+    end
+
+    def self.hidden?
+      false
+    end
+
+    def header(_data, _fasta_mapper = nil)
+      ''
+    end
+
+    def footer
+      ''
+    end
+
+    # Converts the given input data to an HTML page that contains the Unipept visualizations
+    #
+    # @param [Array] data The data we wish to convert
+    #
+    # @param [Boolean] Is this the first output batch?
+    #
+    # @return [String] The converted input data in the Blast format
+    def convert(data, _first)
+      data
+    end
+  end
+
+  class UrlFormatter < Formatter
+    register :url
+
+    # @return [String] The type of the current formatter: html
+    def type
+      'url'
+    end
+
+    def self.hidden?
+      false
+    end
+
+    def header(_data, _fasta_mapper = nil)
+      ''
+    end
+
+    def footer
+      ''
+    end
+
+    # Converts the given input data to an HTML page that contains the Unipept visualizations
+    #
+    # @param [Array] data The data we wish to convert
+    #
+    # @param [Boolean] Is this the first output batch?
+    #
+    # @return [String] The converted input data in the Blast format
+    def convert(data, _first)
+      "#{data[0]['gist'].sub!('https://gist.github.com/', 'https://bl.ocks.org/')}\n"
+    end
+  end
 end

data/lib/server_message.rb

@@ -4,9 +4,7 @@ require_relative 'configuration'
 
 module Unipept
   class ServerMessage
-    attr_reader :message_url
-
-    attr_reader :configuration
+    attr_reader :message_url, :configuration
 
     def initialize(host)
       @message_url = "#{host}/api/v1/messages.json"
@@ -34,7 +32,7 @@ module Unipept
     # ago.
     def recently_fetched?
       last_fetched = @configuration['last_fetch_date']
-      !last_fetched.nil? && (last_fetched + 60 * 60 * 24) > Time.now
+      !last_fetched.nil? && (last_fetched + (60 * 60 * 24)) > Time.now
     end
 
     # Updates the last checked timestamp

data/test/commands/unipept/test_api_runner.rb

@@ -67,8 +67,8 @@ module Unipept
     end
 
     def test_input_iterator_file
-      File.open('input_file', 'w') { |file| file.write(%w[a b c].join("\n")) }
-      runner = new_runner('test',  host: 'https://param_host', input: 'input_file')
+      File.write('input_file', %w[a b c].join("\n"))
+      runner = new_runner('test', host: 'https://param_host', input: 'input_file')
       output = []
       runner.input_iterator.each { |el| output << el.chomp }
       assert_equal(%w[a b c], output)
@@ -84,7 +84,7 @@ module Unipept
     end
 
     def test_input_iterator_arguments_priority
-      File.open('input_file', 'w') { |file| file.write(%w[1 2 3].join("\n")) }
+      File.write('input_file', %w[1 2 3].join("\n"))
       runner = new_runner('test', { host: 'https://param_host', input: 'input_file' }, %w[a b c])
       output = []
       _out, _err = capture_io_with_input(%w[1 2 3]) do
@@ -94,8 +94,8 @@ module Unipept
     end
 
     def test_input_iterator_file_priority
-      File.open('input_file', 'w') { |file| file.write(%w[a b c].join("\n")) }
-      runner = new_runner('test',  host: 'https://param_host', input: 'input_file')
+      File.write('input_file', %w[a b c].join("\n"))
+      runner = new_runner('test', host: 'https://param_host', input: 'input_file')
       output = []
       _out, _err = capture_io_with_input(%w[1 2 3]) do
         runner.input_iterator.each { |el| output << el.chomp }
@@ -280,7 +280,7 @@ module Unipept
           runner.save_error('error message')
         end
         assert(err.start_with?('API request failed! log can be found in'))
-        assert_equal('error message', IO.foreach('errordir/error.log').next.chomp)
+        assert_equal('error message', File.foreach('errordir/error.log').next.chomp)
       end
     end
 
@@ -319,7 +319,7 @@ module Unipept
     end
 
     def test_success_no_header_option_handle_response
-      runner = new_runner('test', Hash[:host, 'test', :'no-header', true])
+      runner = new_runner('test', { host: 'test', 'no-header': true })
       response = new_response(success: true, response_body: '[{"key1":"value1","key2":"value1"},{"key1":"value2","key2":"value2"}]')
       lambda = runner.handle_response(response, 0, nil)
       assert(lambda.lambda?)
@@ -409,6 +409,7 @@ module Unipept
     def new_response(values)
       response = Class.new do
         def initialize(values)
+          super()
           @values = values
         end
 

data/test/commands/unipept/test_config.rb

@@ -44,7 +44,7 @@ module Unipept
       out, _err = capture_io_while do
         Commands::Unipept.run(['config', 'test', value])
       end
-      assert_equal('test was set to ' + value, out.chomp)
+      assert_equal("test was set to #{value}", out.chomp)
       assert_equal(value, Unipept::Configuration.new['test'])
     end
 

data/test/commands/unipept/test_pept2ec.rb

@@ -51,7 +51,7 @@ module Unipept
       lines = out.each_line
       assert_equal('', err)
       assert(lines.next.start_with?('peptide,total_protein_count,ec_number,ec_protein_count'))
-      assert(lines.next.start_with?('AALTER,1425,2.3.2.27 2.7.13.3 6.2.1.3 6.1.1.6 6.3.2.13 2.7.4.25 6.1.1.22 3.1.26.- 2.3.1.29 2.7.1.15 2.3.1.234 2.1.1.13 4.2.1.17 6.3.2.8 3.1.3.3 2.7.4.16 2.4.-.- 5.3.1.1 3.1.4.- 2.8.1.7 6.5.1.2 6.1.1.2 3.4.11.10 3.4.11.1 1.1.1.100 6.3.2.10 3.6.4.- 6.1.1.23 3.1.1.61 3.1.1.4 2.7.1.50 2.7.1.48 1.8.1.2 2.6.1.- 3.4.-.- 2.4.1.227 6.3.4.2 6.3.4.4 4.1.2.- 1.10.9.1 1.14.13.- 2.5.1.- 2.6.1.16 3.1.-.- 4.2.1.153 3.1.2.6 4.6.1.17 2.4.1.- 2.5.1.75 4.2.1.3 6.3.2.31 6.3.2.34 6.3.3.2 1.2.1.2 5.2.1.8 4.99.1.1 2.3.2.2 2.-.-.- 2.7.3.9 4.1.3.27 1.1.1.262 5.4.99.2 2.7.7.59 3.1.21.3 4.2.99.20 6.1.1.12 1.7.99.4,111 11 11 8 8 7 6 4 4 3 3 3 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1'))
+      assert(lines.next.start_with?('AALTER,7,3.1.3.3 6.3.2.13,2 2'))
       assert_raises(StopIteration) { lines.next }
     end
 
@@ -62,9 +62,9 @@ module Unipept
       lines = out.each_line
       assert_equal('', err)
       assert(lines.next.start_with?('fasta_header,peptide,total_protein_count,ec_number,ec_protein_count'))
-      assert(lines.next.start_with?('>test,AALTER,1425,2.3.2.27 2.7.13.3 6.2.1.3 6.1.1.6 6.3.2.13 2.7.4.25 6.1.1.22 3.1.26.- 2.3.1.29 2.7.1.15 2.3.1.234 2.1.1.13 4.2.1.17 6.3.2.8 3.1.3.3 2.7.4.16 2.4.-.- 5.3.1.1 3.1.4.- 2.8.1.7 6.5.1.2 6.1.1.2 3.4.11.10 3.4.11.1 1.1.1.100 6.3.2.10 3.6.4.- 6.1.1.23 3.1.1.61 3.1.1.4 2.7.1.50 2.7.1.48 1.8.1.2 2.6.1.- 3.4.-.- 2.4.1.227 6.3.4.2 6.3.4.4 4.1.2.- 1.10.9.1 1.14.13.- 2.5.1.- 2.6.1.16 3.1.-.- 4.2.1.153 3.1.2.6 4.6.1.17 2.4.1.- 2.5.1.75 4.2.1.3 6.3.2.31 6.3.2.34 6.3.3.2 1.2.1.2 5.2.1.8 4.99.1.1 2.3.2.2 2.-.-.- 2.7.3.9 4.1.3.27 1.1.1.262 5.4.99.2 2.7.7.59 3.1.21.3 4.2.99.20 6.1.1.12 1.7.99.4,111 11 11 8 8 7 6 4 4 3 3 3 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1'))
-      assert(lines.next.start_with?('>test,AALER,41797,2.3.1.9 6.1.1.16 2.7.7.38 1.3.5.1 2.7.7.7 2.1.2.10 6.3.4.2 3.1.-.- 2.3.1.16 6.3.5.3 3.6.4.12 2.7.13.3 2.2.1.1 2.1.1.191 2.6.1.- 2.7.7.- 6.1.1.7 5.3.1.5 4.2.1.2 1.18.1.- 4.2.1.19 3.5.4.26 1.1.1.193 5.2.1.8 6.1.1.9 3.6.1.- 2.1.1.- 2.4.2.18 4.1.1.48 1.11.1.7 3.4.24.- 3.1.1.4 2.6.1.11 2.5.1.72 2.6.1.76 5.99.1.3 3.1.3.16 3.6.3.- 3.1.21.3 5.4.99.27 2.3.1.180 2.8.1.7 2.1.1.297 1.1.1.3 5.4.3.8 3.6.3.14 4.3.1.19 3.1.11.6 1.1.1.23 2.7.7.85 1.2.1.88 2.1.1.174 4.2.99.18 2.1.3.15 2.3.1.179 2.7.7.6 1.5.5.2 2.2.1.9 3.1.4.- 6.1.1.6 1.20.4.1 3.6.4.- 3.5.1.5 3.1.1.5 6.1.1.20 2.4.1.21 3.4.11.1 1.1.1.94 2.7.8.7 4.99.1.1 1.6.5.11 3.4.11.10 3.6.-.- 5.4.99.2 3.1.1.61 4.2.1.20 6.5.1.1 6.1.1.- 4.2.2.n1 2.7.7.59 2.7.7.89 3.2.2.27 1.2.1.27 4.2.1.126 5.1.3.11 2.7.7.42 6.1.1.17 2.9.1.1 1.14.99.29 3.6.3.17 2.1.1.198 2.5.1.75 3.5.4.2 1.2.1.- 4.1.3.27 3.1.4.16 1.4.3.16 2.6.1.9 3.4.-.- 6.5.1.2 1.-.-.- 1.14.13.- 2.6.1.16 6.3.4.19 2.4.99.16 6.2.1.5 6.1.1.18 1.5.1.20 1.2.4.1 4.1.1.20 3.1.11.5 6.1.1.1 2.7.9.1 3.1.1.31 2.3.1.234 3.4.21.- 2.2.1.6 4.2.1.46 4.1.99.22 2.1.2.9 6.3.5.1 1.3.1.9 6.1.1.5 4.2.1.1 3.6.4.13 4.1.1.31 4.1.1.47 2.7.4.1 3.1.3.12 4.2.1.24 2.7.11.1 2.6.1.62 3.1.26.- 3.1.26.4 2.5.1.61 6.3.2.13 5.3.1.24 2.3.1.- 3.4.19.12 2.7.1.25 2.3.1.157 1.8.99.2 3.4.21.53 5.3.1.9 3.7.1.3 6.3.2.2 2.5.1.17 3.4.11.2 1.3.99.- 2.7.7.23 3.5.1.4 4.3.1.3 2.7.1.71 2.3.3.9 6.3.5.5 3.6.5.- 3.1.13.1 6.3.2.4 6.3.2.1 2.1.1.197 1.3.99.1 2.7.1.130 2.7.1.100 2.7.3.9 4.1.3.40 6.1.1.19 1.7.-.- 2.3.1.30 2.7.1.23 4.1.1.86 3.6.3.41 2.3.2.31 1.11.1.15 4.2.3.4 6.1.1.3 4.2.1.113 2.4.2.21 3.1.26.3 1.8.4.11 2.4.1.- 1.4.1.13 3.1.4.52 2.7.4.16 4.2.1.17 2.7.7.4 1.4.99.6 1.4.3.5 6.1.1.2 2.4.2.17 3.4.25.1 6.3.2.- 3.1.3.- 6.2.1.3 2.7.1.180 2.7.1.167 4.6.1.1 4.3.2.1 2.7.7.56 2.7.7.70 5.1.1.8 3.1.1.- 2.3.1.20 4.1.1.32 2.4.1.25 5.4.99.15 4.2.1.33 2.7.6.5 2.1.1.182 2.7.1.- 2.7.1.2 5.99.1.2 3.2.1.23 1.1.1.100 2.1.3.- 1.5.8.4 1.4.7.1 2.1.1.228 2.3.1.94 2.3.1.41 2.3.1.39 2.7.1.15 2.7.1.30 2.7.1.24 2.3.1.181 2.4.1.182 2.4.-.- 1.3.98.3 3.6.3.28 2.7.7.3 6.3.5.9 2.5.1.- 2.6.1.37 5.3.3.2 3.1.26.8 4.2.2.- 3.2.1.21 1.1.1.25 1.1.1.157 1.17.1.8 2.10.1.1 3.2.2.4 3.2.2.- 2.7.7.18 6.3.5.11 5.3.1.23 3.5.1.2 3.5.1.- 6.3.1.1 4.3.1.7 2.3.1.47 3.6.1.7 1.2.4.4 4.1.1.36 3.4.16.4 1.13.12.4 2.4.1.129 3.2.1.- 2.6.1.1 6.2.1.30 2.1.1.72 2.1.1.33 3.2.2.23 3.5.1.94 2.4.1.227 6.3.5.7 1.3.1.- 1.2.1.38 1.2.1.12 4.2.1.109 6.3.4.18 2.4.2.4 2.4.2.- 2.1.1.107 6.3.2.5 3.1.3.6 3.5.4.16 4.2.1.- 1.1.1.133 1.1.1.37 6.3.2.10 6.3.2.17 1.2.1.2 1.5.8.3 4.3.3.7 3.6.3.4 1.1.1.267 5.4.99.- 2.7.7.77 4.1.-.- 2.3.1.1 2.1.1.298 1.5.1.2 3.5.2.3 1.1.1.- 2.3.1.29 3.1.1.29 2.3.1.35 2.7.1.35 2.7.1.26 1.14.14.18 1.8.1.9 5.4.99.12 2.4.1.173 2.4.1.57 1.4.1.2 2.7.4.9 3.1.3.48 5.1.3.2 3.5.1.28 3.6.3.25 2.1.1.37 4.2.1.10 3.1.11.1 3.5.1.98 2.7.7.2 4.1.2.- 2.7.11.5 2.7.-.- 1.2.1.70 4.2.1.70 6.1.1.4 2.7.6.3 2.4.2.19 1.4.4.2 1.6.99.5 5.99.1.4 3.6.1.31 2.4.99.17 3.1.3.3 3.1.3.5 3.2.1.52 2.5.1.48 3.5.4.25 6.6.1.2 1.3.3.4 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2.4.1.287 2.4.1.278 2.1.1.11 2.1.1.17 4.2.1.11 4.4.1.8 3.1.11.- 4.1.99.11 2.8.1.4 2.1.2.1 1.5.99.2 6.3.4.4 1.11.1.6 1.11.1.- 1.97.1.- 2.7.7.1 2.7.11.25 2.7.7.9 2.7.7.8 1.14.99.3 3.1.26.12 1.8.3.2 2.7.11.7 2.1.1.80 1.7.1.4 3.3.1.1 1.4.99.- 1.4.99.5 6.3.5.4 6.3.5.2 1.2.7.5 1.2.7.1 1.2.7.- 2.5.1.6 2.5.1.3 2.5.1.1 2.4.1.345 1.14.13.2 1.2.1.84 1.2.1.83 1.2.1.86 2.6.1.18 2.6.1.19 1.11.2.4 1.14.13.25 1.2.1.79 1.2.1.41 1.14.13.48 1.1.5.2 4.2.3.1 2.6.1.52 4.2.3.5 1.2.1.22 1.14.13.50 4.2.1.151 1.2.1.16 1.13.11.2 1.13.11.- 2.6.1.84 4.2.1.51 4.2.1.59 3.4.17.- 1.18.1.3 6.3.4.21 2.7.6.1 3.1.2.- 2.4.2.9 3.1.2.4 2.4.2.14 2.4.2.29 3.6.5.5 2.4.2.31 5.3.3.- 5.1.3.14 4.3.1.12 2.1.1.176 2.1.1.171 3.1.13.5 3.5.3.1 3.5.3.8 6.3.2.6 2.1.1.199 2.1.1.193 2.5.1.21 2.5.1.32 3.1.2.28 3.6.1.15 2.5.1.16 3.6.1.66 3.6.1.40 3.4.11.4 3.4.11.6 3.4.11.5 3.4.11.9 2.5.1.89 1.7.3.3 2.5.1.83 2.4.99.18 3.1.3.7 3.1.3.2 3.1.3.1 3.2.1.50 3.5.4.33 3.2.1.20 3.2.1.35 3.5.4.3 3.5.4.4 4.1.2.48 1.1.1.127 3.4.19.3 4.2.1.3 4.2.1.6 4.2.1.9 1.1.1.11 1.1.1.14 1.1.1.26 6.3.2.30 2.3.3.13 1.1.1.30 1.1.1.35 6.3.2.29 1.1.1.58 4.1.2.20 1.1.1.65 1.1.1.69 1.1.1.62 1.3.99.10 1.3.99.23 1.1.1.81 1.1.1.95 2.7.8.- 1.5.3.10 1.5.3.19 2.7.8.23 2.7.8.24 2.7.8.11 6.2.1.1 6.2.1.- 2.7.1.191 2.8.1.11 3.2.2.9 2.3.2.- 2.7.1.170 2.7.1.168 1.6.2.4 4.3.3.5 5.5.1.1 5.5.1.2 2.7.1.107 2.-.-.- 2.4.99.- 4.6.1.2 4.4.1.16 4.4.1.11 3.1.4.53 1.1.1.290 4.3.2.2 1.1.1.269 1.16.8.1 2.7.7.12 1.2.99.7 2.7.7.41 2.7.7.80 5.3.1.22 3.5.2.14 2.1.1.205 3.1.21.7 3.4.13.9 2.1.1.282 6.1.1.21 3.7.1.19 6.1.1.13 6.1.1.11 1.1.1.304 1.5.1.5 3.5.2.9 1.5.1.12 1.1.1.370 1.1.1.338 6.3.1.2 2.3.1.266 2.7.2.3 2.7.2.8 2.7.2.1 5.1.1.7 5.1.1.3 2.3.1.12 3.1.1.85 1.14.13.127 3.1.1.53 2.3.1.51 3.4.23.36 3.1.1.1,810 608 278 155 153 125 123 122 91 86 83 81 79 79 72 68 68 64 59 58 57 57 57 56 50 49 49 44 43 43 41 40 37 37 36 36 35 33 33 32 31 31 29 29 28 28 28 27 27 26 26 26 26 24 24 24 23 21 21 21 21 21 21 21 20 19 19 19 19 19 18 18 18 18 18 17 17 17 17 17 16 16 16 16 16 16 16 15 15 15 15 15 15 15 15 15 14 14 14 14 14 14 14 14 14 14 14 14 13 13 13 13 13 13 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1'))
-      assert(lines.next.start_with?('>tost,AALTER,1425,2.3.2.27 2.7.13.3 6.2.1.3 6.1.1.6 6.3.2.13 2.7.4.25 6.1.1.22 3.1.26.- 2.3.1.29 2.7.1.15 2.3.1.234 2.1.1.13 4.2.1.17 6.3.2.8 3.1.3.3 2.7.4.16 2.4.-.- 5.3.1.1 3.1.4.- 2.8.1.7 6.5.1.2 6.1.1.2 3.4.11.10 3.4.11.1 1.1.1.100 6.3.2.10 3.6.4.- 6.1.1.23 3.1.1.61 3.1.1.4 2.7.1.50 2.7.1.48 1.8.1.2 2.6.1.- 3.4.-.- 2.4.1.227 6.3.4.2 6.3.4.4 4.1.2.- 1.10.9.1 1.14.13.- 2.5.1.- 2.6.1.16 3.1.-.- 4.2.1.153 3.1.2.6 4.6.1.17 2.4.1.- 2.5.1.75 4.2.1.3 6.3.2.31 6.3.2.34 6.3.3.2 1.2.1.2 5.2.1.8 4.99.1.1 2.3.2.2 2.-.-.- 2.7.3.9 4.1.3.27 1.1.1.262 5.4.99.2 2.7.7.59 3.1.21.3 4.2.99.20 6.1.1.12 1.7.99.4,111 11 11 8 8 7 6 4 4 3 3 3 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1'))
+      assert(lines.next.start_with?('>test,AALTER,7,3.1.3.3 6.3.2.13,2 2'))
+      assert(lines.next.start_with?('>test,AALER,208,6.1.1.16 2.7.7.38,44 13'))
+      assert(lines.next.start_with?('>tost,AALTER,7,3.1.3.3 6.3.2.13,2 2'))
       assert_raises(StopIteration) { lines.next }
     end
 
@@ -75,9 +75,9 @@ module Unipept
       lines = out.each_line
       assert_equal('', err)
       assert(lines.next.start_with?('fasta_header,peptide,ec_number'))
-      assert(lines.next.start_with?('>test,AALTER,2.3.2.27 2.7.13.3 6.2.1.3 6.1.1.6 6.3.2.13 2.7.4.25 6.1.1.22 3.1.26.- 2.3.1.29 2.7.1.15 2.3.1.234 2.1.1.13 4.2.1.17 6.3.2.8 3.1.3.3 2.7.4.16 2.4.-.- 5.3.1.1 3.1.4.- 2.8.1.7 6.5.1.2 6.1.1.2 3.4.11.10 3.4.11.1 1.1.1.100 6.3.2.10 3.6.4.- 6.1.1.23 3.1.1.61 3.1.1.4 2.7.1.50 2.7.1.48 1.8.1.2 2.6.1.- 3.4.-.- 2.4.1.227 6.3.4.2 6.3.4.4 4.1.2.- 1.10.9.1 1.14.13.- 2.5.1.- 2.6.1.16 3.1.-.- 4.2.1.153 3.1.2.6 4.6.1.17 2.4.1.- 2.5.1.75 4.2.1.3 6.3.2.31 6.3.2.34 6.3.3.2 1.2.1.2 5.2.1.8 4.99.1.1 2.3.2.2 2.-.-.- 2.7.3.9 4.1.3.27 1.1.1.262 5.4.99.2 2.7.7.59 3.1.21.3 4.2.99.20 6.1.1.12 1.7.99.4'))
-      assert(lines.next.start_with?('>test,AALER,2.3.1.9 6.1.1.16 2.7.7.38 1.3.5.1 2.7.7.7 2.1.2.10 6.3.4.2 3.1.-.- 2.3.1.16 6.3.5.3 3.6.4.12 2.7.13.3 2.2.1.1 2.1.1.191 2.6.1.- 2.7.7.- 6.1.1.7 5.3.1.5 4.2.1.2 1.18.1.- 4.2.1.19 3.5.4.26 1.1.1.193 5.2.1.8 6.1.1.9 3.6.1.- 2.1.1.- 2.4.2.18 4.1.1.48 1.11.1.7 3.4.24.- 3.1.1.4 2.6.1.11 2.5.1.72 2.6.1.76 5.99.1.3 3.1.3.16 3.6.3.- 3.1.21.3 5.4.99.27 2.3.1.180 2.8.1.7 2.1.1.297 1.1.1.3 5.4.3.8 3.6.3.14 4.3.1.19 3.1.11.6 1.1.1.23 2.7.7.85 1.2.1.88 2.1.1.174 4.2.99.18 2.1.3.15 2.3.1.179 2.7.7.6 1.5.5.2 2.2.1.9 3.1.4.- 6.1.1.6 1.20.4.1 3.6.4.- 3.5.1.5 3.1.1.5 6.1.1.20 2.4.1.21 3.4.11.1 1.1.1.94 2.7.8.7 4.99.1.1 1.6.5.11 3.4.11.10 3.6.-.- 5.4.99.2 3.1.1.61 4.2.1.20 6.5.1.1 6.1.1.- 4.2.2.n1 2.7.7.59 2.7.7.89 3.2.2.27 1.2.1.27 4.2.1.126 5.1.3.11 2.7.7.42 6.1.1.17 2.9.1.1 1.14.99.29 3.6.3.17 2.1.1.198 2.5.1.75 3.5.4.2 1.2.1.- 4.1.3.27 3.1.4.16 1.4.3.16 2.6.1.9 3.4.-.- 6.5.1.2 1.-.-.- 1.14.13.- 2.6.1.16 6.3.4.19 2.4.99.16 6.2.1.5 6.1.1.18 1.5.1.20 1.2.4.1 4.1.1.20 3.1.11.5 6.1.1.1 2.7.9.1 3.1.1.31 2.3.1.234 3.4.21.- 2.2.1.6 4.2.1.46 4.1.99.22 2.1.2.9 6.3.5.1 1.3.1.9 6.1.1.5 4.2.1.1 3.6.4.13 4.1.1.31 4.1.1.47 2.7.4.1 3.1.3.12 4.2.1.24 2.7.11.1 2.6.1.62 3.1.26.- 3.1.26.4 2.5.1.61 6.3.2.13 5.3.1.24 2.3.1.- 3.4.19.12 2.7.1.25 2.3.1.157 1.8.99.2 3.4.21.53 5.3.1.9 3.7.1.3 6.3.2.2 2.5.1.17 3.4.11.2 1.3.99.- 2.7.7.23 3.5.1.4 4.3.1.3 2.7.1.71 2.3.3.9 6.3.5.5 3.6.5.- 3.1.13.1 6.3.2.4 6.3.2.1 2.1.1.197 1.3.99.1 2.7.1.130 2.7.1.100 2.7.3.9 4.1.3.40 6.1.1.19 1.7.-.- 2.3.1.30 2.7.1.23 4.1.1.86 3.6.3.41 2.3.2.31 1.11.1.15 4.2.3.4 6.1.1.3 4.2.1.113 2.4.2.21 3.1.26.3 1.8.4.11 2.4.1.- 1.4.1.13 3.1.4.52 2.7.4.16 4.2.1.17 2.7.7.4 1.4.99.6 1.4.3.5 6.1.1.2 2.4.2.17 3.4.25.1 6.3.2.- 3.1.3.- 6.2.1.3 2.7.1.180 2.7.1.167 4.6.1.1 4.3.2.1 2.7.7.56 2.7.7.70 5.1.1.8 3.1.1.- 2.3.1.20 4.1.1.32 2.4.1.25 5.4.99.15 4.2.1.33 2.7.6.5 2.1.1.182 2.7.1.- 2.7.1.2 5.99.1.2 3.2.1.23 1.1.1.100 2.1.3.- 1.5.8.4 1.4.7.1 2.1.1.228 2.3.1.94 2.3.1.41 2.3.1.39 2.7.1.15 2.7.1.30 2.7.1.24 2.3.1.181 2.4.1.182 2.4.-.- 1.3.98.3 3.6.3.28 2.7.7.3 6.3.5.9 2.5.1.- 2.6.1.37 5.3.3.2 3.1.26.8 4.2.2.- 3.2.1.21 1.1.1.25 1.1.1.157 1.17.1.8 2.10.1.1 3.2.2.4 3.2.2.- 2.7.7.18 6.3.5.11 5.3.1.23 3.5.1.2 3.5.1.- 6.3.1.1 4.3.1.7 2.3.1.47 3.6.1.7 1.2.4.4 4.1.1.36 3.4.16.4 1.13.12.4 2.4.1.129 3.2.1.- 2.6.1.1 6.2.1.30 2.1.1.72 2.1.1.33 3.2.2.23 3.5.1.94 2.4.1.227 6.3.5.7 1.3.1.- 1.2.1.38 1.2.1.12 4.2.1.109 6.3.4.18 2.4.2.4 2.4.2.- 2.1.1.107 6.3.2.5 3.1.3.6 3.5.4.16 4.2.1.- 1.1.1.133 1.1.1.37 6.3.2.10 6.3.2.17 1.2.1.2 1.5.8.3 4.3.3.7 3.6.3.4 1.1.1.267 5.4.99.- 2.7.7.77 4.1.-.- 2.3.1.1 2.1.1.298 1.5.1.2 3.5.2.3 1.1.1.- 2.3.1.29 3.1.1.29 2.3.1.35 2.7.1.35 2.7.1.26 1.14.14.18 1.8.1.9 5.4.99.12 2.4.1.173 2.4.1.57 1.4.1.2 2.7.4.9 3.1.3.48 5.1.3.2 3.5.1.28 3.6.3.25 2.1.1.37 4.2.1.10 3.1.11.1 3.5.1.98 2.7.7.2 4.1.2.- 2.7.11.5 2.7.-.- 1.2.1.70 4.2.1.70 6.1.1.4 2.7.6.3 2.4.2.19 1.4.4.2 1.6.99.5 5.99.1.4 3.6.1.31 2.4.99.17 3.1.3.3 3.1.3.5 3.2.1.52 2.5.1.48 3.5.4.25 6.6.1.2 1.3.3.4 1.1.1.49 1.1.1.40 3.4.21.92 2.8.1.13 3.6.3.8 3.6.3.3 2.7.3.- 2.7.7.48 2.7.7.72 2.7.7.60 2.7.7.65 1.3.5.4 6.1.1.22 6.1.1.15 6.1.1.10 2.7.2.4 5.1.1.1 4.1.99.3 1.7.99.4 2.3.1.31 3.-.-.- 2.7.1.33 2.7.1.36 3.1.6.1 2.7.1.40 2.7.1.45 2.3.1.225 1.14.-.- 4.1.1.37 4.1.1.23 4.1.1.49 1.1.2.3 2.7.7.87 1.7.1.13 1.8.1.4 5.4.99.16 1.17.99.6 2.4.1.54 5.4.2.7 5.4.99.25 5.4.99.61 2.7.4.23 1.4.1.1 2.7.4.25 5.1.1.11 6.2.1.13 1.1.99.14 1.13.11.27 3.5.1.10 3.6.3.54 3.5.1.46 5.3.1.1 4.2.1.32 1.3.8.7 2.1.1.14 1.3.8.4 4.4.1.1 3.7.1.- 4.1.99.17 3.5.1.87 3.5.1.88 2.8.1.8 2.1.2.3 2.1.2.2 1.14.11.- 6.3.5.- 2.4.1.301 1.4.3.- 1.2.7.8 5.4.4.2 1.14.13.7 1.17.7.3 4.2.1.75 1.2.1.10 4.2.1.138 4.2.1.136 2.6.1.83 2.6.1.85 6.3.4.13 3.1.2.6 2.4.2.10 1.1.-.- 2.4.2.30 2.1.1.166 1.6.99.3 3.1.26.5 2.1.1.131 6.3.2.8 6.3.2.9 5.1.99.6 3.2.1.141 2.1.1.192 2.7.13.- 2.5.1.10 3.6.1.11 2.5.1.18 2.5.1.15 3.4.11.- 4.6.1.12 2.5.1.78 2.5.1.47 3.5.4.10 3.5.4.19 3.2.1.28 3.5.4.9 4.2.1.8 1.1.1.22 1.1.1.27 1.1.1.47 6.3.2.12 6.3.3.2 6.3.3.3 1.1.1.60 1.17.1.4 1.2.1.3 3.6.5.n1 2.7.1.165 2.3.2.3 2.7.1.148 3.4.14.- 3.4.14.4 4.3.3.6 3.6.3.5 1.4.1.21 1.1.1.262 3.1.4.11 2.7.7.49 5.3.1.16 2.1.1.200 3.6.4.4 2.1.1.269 6.1.1.23 6.1.1.14 3.5.2.5 3.5.1.1 2.3.1.15 5.1.1.- 4.1.99.1 3.1.1.2 3.1.1.3 2.1.3.12 5.4.2.12 5.4.2.10 5.4.2.11 3.1.22.4 2.7.1.11 1.3.1.10 2.7.1.39 3.3.2.1 2.7.1.29 1.14.14.1 3.1.6.- 2.7.1.69 2.7.1.92 3.5.3.11 3.5.3.12 4.1.1.79 4.1.1.71 4.1.1.68 2.3.1.174 1.12.1.2 1.17.4.2 4.1.1.28 4.1.1.50 2.3.1.189 1.14.13.236 4.1.1.19 1.9.3.1 2.8.3.15 5.1.2.3 1.3.1.91 2.4.1.14 2.4.1.15 2.4.1.12 2.4.1.13 2.4.1.18 2.4.1.20 3.2.1.1 1.8.1.8 5.4.99.13 2.3.3.1 5.3.3.14 1.15.1.1 2.4.1.187 2.4.1.83 1.3.7.7 4.3.99.3 5.4.2.- 2.6.1.7 1.5.3.1 1.5.3.4 5.4.99.24 2.3.1.129 2.3.1.128 1.4.1.- 2.7.4.8 2.7.4.7 6.2.1.17 6.4.1.1 3.1.3.18 1.13.11.11 2.2.1.2 5.1.3.3 5.1.3.1 1.13.11.39 1.14.11.40 2.4.1.250 2.1.1.77 3.5.1.25 2.1.1.71 3.5.1.11 3.5.1.13 1.3.98.1 2.1.1.63 2.7.10.- 3.6.3.24 2.4.1.266 3.5.1.32 2.1.1.43 5.3.1.6 3.6.3.34 3.6.3.31 3.6.3.32 2.4.1.287 2.4.1.278 2.1.1.11 2.1.1.17 4.2.1.11 4.4.1.8 3.1.11.- 4.1.99.11 2.8.1.4 2.1.2.1 1.5.99.2 6.3.4.4 1.11.1.6 1.11.1.- 1.97.1.- 2.7.7.1 2.7.11.25 2.7.7.9 2.7.7.8 1.14.99.3 3.1.26.12 1.8.3.2 2.7.11.7 2.1.1.80 1.7.1.4 3.3.1.1 1.4.99.- 1.4.99.5 6.3.5.4 6.3.5.2 1.2.7.5 1.2.7.1 1.2.7.- 2.5.1.6 2.5.1.3 2.5.1.1 2.4.1.345 1.14.13.2 1.2.1.84 1.2.1.83 1.2.1.86 2.6.1.18 2.6.1.19 1.11.2.4 1.14.13.25 1.2.1.79 1.2.1.41 1.14.13.48 1.1.5.2 4.2.3.1 2.6.1.52 4.2.3.5 1.2.1.22 1.14.13.50 4.2.1.151 1.2.1.16 1.13.11.2 1.13.11.- 2.6.1.84 4.2.1.51 4.2.1.59 3.4.17.- 1.18.1.3 6.3.4.21 2.7.6.1 3.1.2.- 2.4.2.9 3.1.2.4 2.4.2.14 2.4.2.29 3.6.5.5 2.4.2.31 5.3.3.- 5.1.3.14 4.3.1.12 2.1.1.176 2.1.1.171 3.1.13.5 3.5.3.1 3.5.3.8 6.3.2.6 2.1.1.199 2.1.1.193 2.5.1.21 2.5.1.32 3.1.2.28 3.6.1.15 2.5.1.16 3.6.1.66 3.6.1.40 3.4.11.4 3.4.11.6 3.4.11.5 3.4.11.9 2.5.1.89 1.7.3.3 2.5.1.83 2.4.99.18 3.1.3.7 3.1.3.2 3.1.3.1 3.2.1.50 3.5.4.33 3.2.1.20 3.2.1.35 3.5.4.3 3.5.4.4 4.1.2.48 1.1.1.127 3.4.19.3 4.2.1.3 4.2.1.6 4.2.1.9 1.1.1.11 1.1.1.14 1.1.1.26 6.3.2.30 2.3.3.13 1.1.1.30 1.1.1.35 6.3.2.29 1.1.1.58 4.1.2.20 1.1.1.65 1.1.1.69 1.1.1.62 1.3.99.10 1.3.99.23 1.1.1.81 1.1.1.95 2.7.8.- 1.5.3.10 1.5.3.19 2.7.8.23 2.7.8.24 2.7.8.11 6.2.1.1 6.2.1.- 2.7.1.191 2.8.1.11 3.2.2.9 2.3.2.- 2.7.1.170 2.7.1.168 1.6.2.4 4.3.3.5 5.5.1.1 5.5.1.2 2.7.1.107 2.-.-.- 2.4.99.- 4.6.1.2 4.4.1.16 4.4.1.11 3.1.4.53 1.1.1.290 4.3.2.2 1.1.1.269 1.16.8.1 2.7.7.12 1.2.99.7 2.7.7.41 2.7.7.80 5.3.1.22 3.5.2.14 2.1.1.205 3.1.21.7 3.4.13.9 2.1.1.282 6.1.1.21 3.7.1.19 6.1.1.13 6.1.1.11 1.1.1.304 1.5.1.5 3.5.2.9 1.5.1.12 1.1.1.370 1.1.1.338 6.3.1.2 2.3.1.266 2.7.2.3 2.7.2.8 2.7.2.1 5.1.1.7 5.1.1.3 2.3.1.12 3.1.1.85 1.14.13.127 3.1.1.53 2.3.1.51 3.4.23.36 3.1.1.1'))
-      assert(lines.next.start_with?('>tost,AALTER,2.3.2.27 2.7.13.3 6.2.1.3 6.1.1.6 6.3.2.13 2.7.4.25 6.1.1.22 3.1.26.- 2.3.1.29 2.7.1.15 2.3.1.234 2.1.1.13 4.2.1.17 6.3.2.8 3.1.3.3 2.7.4.16 2.4.-.- 5.3.1.1 3.1.4.- 2.8.1.7 6.5.1.2 6.1.1.2 3.4.11.10 3.4.11.1 1.1.1.100 6.3.2.10 3.6.4.- 6.1.1.23 3.1.1.61 3.1.1.4 2.7.1.50 2.7.1.48 1.8.1.2 2.6.1.- 3.4.-.- 2.4.1.227 6.3.4.2 6.3.4.4 4.1.2.- 1.10.9.1 1.14.13.- 2.5.1.- 2.6.1.16 3.1.-.- 4.2.1.153 3.1.2.6 4.6.1.17 2.4.1.- 2.5.1.75 4.2.1.3 6.3.2.31 6.3.2.34 6.3.3.2 1.2.1.2 5.2.1.8 4.99.1.1 2.3.2.2 2.-.-.- 2.7.3.9 4.1.3.27 1.1.1.262 5.4.99.2 2.7.7.59 3.1.21.3 4.2.99.20 6.1.1.12 1.7.99.4'))
+      assert(lines.next.start_with?('>test,AALTER,3.1.3.3 6.3.2.13'))
+      assert(lines.next.start_with?('>test,AALER,6.1.1.16 2.7.7.38'))
+      assert(lines.next.start_with?('>tost,AALTER,3.1.3.3 6.3.2.13'))
       assert_raises(StopIteration) { lines.next }
     end
 
@@ -87,7 +87,7 @@ module Unipept
       end
       lines = out.each_line
       assert_equal('', err)
-      output = lines.to_a.join('').chomp
+      output = lines.to_a.join.chomp
       assert(output.start_with?('['))
       assert(output.end_with?(']'))
       assert(!output.include?('}{'))
@@ -100,7 +100,7 @@ module Unipept
       end
       lines = out.each_line
       assert_equal('', err)
-      output = lines.to_a.join('').chomp
+      output = lines.to_a.join.chomp
       assert(output.start_with?('<results>'))
       assert(output.end_with?('</results>'))
       assert(output.include?('<fasta_header>'))
@@ -122,7 +122,7 @@ module Unipept
       lines = out.each_line
       assert_equal('', err)
       assert(lines.next.start_with?('peptide,total_protein_count,ec_number,ec_protein_count'))
-      assert(lines.next.start_with?('AALTER,1425,2.3.2.27 2.7.13.3 6.2.1.3 6.1.1.6 6.3.2.13 2.7.4.25 6.1.1.22 3.1.26.- 2.3.1.29 2.7.1.15 2.3.1.234 2.1.1.13 4.2.1.17 6.3.2.8 3.1.3.3 2.7.4.16 2.4.-.- 5.3.1.1 3.1.4.- 2.8.1.7 6.5.1.2 6.1.1.2 3.4.11.10 3.4.11.1 1.1.1.100 6.3.2.10 3.6.4.- 6.1.1.23 3.1.1.61 3.1.1.4 2.7.1.50 2.7.1.48 1.8.1.2 2.6.1.- 3.4.-.- 2.4.1.227 6.3.4.2 6.3.4.4 4.1.2.- 1.10.9.1 1.14.13.- 2.5.1.- 2.6.1.16 3.1.-.- 4.2.1.153 3.1.2.6 4.6.1.17 2.4.1.- 2.5.1.75 4.2.1.3 6.3.2.31 6.3.2.34 6.3.3.2 1.2.1.2 5.2.1.8 4.99.1.1 2.3.2.2 2.-.-.- 2.7.3.9 4.1.3.27 1.1.1.262 5.4.99.2 2.7.7.59 3.1.21.3 4.2.99.20 6.1.1.12 1.7.99.4,111 11 11 8 8 7 6 4 4 3 3 3 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1'))
+      assert(lines.next.start_with?('AALTER,7,3.1.3.3 6.3.2.13,2 2'))
       assert_raises(StopIteration) { lines.next }
     end
 
@@ -133,7 +133,7 @@ module Unipept
       lines = out.each_line
       assert_equal('', err)
       assert(lines.next.start_with?('peptide,total_protein_count'))
-      assert(lines.next.start_with?('MDGTEYIIVK,4'))
+      assert(lines.next.start_with?('MDGTEYIIVK,35'))
       assert_raises(StopIteration) { lines.next }
     end
   end