stride-align 0.6.0

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data/data/matrix_data/PAM90 ADDED
@@ -0,0 +1,34 @@
1
+ #
2
+ # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93]
3
+ #
4
+ # PAM 90 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574
5
+ #
6
+ # Expected score = -2.26, Entropy = 1.30 bits
7
+ #
8
+ # Lowest score = -10, Highest score = 13
9
+ #
10
+ A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
11
+ A 4 -4 -1 -1 -3 -2 0 0 -4 -2 -3 -3 -2 -5 0 1 1 -8 -5 0 -1 -1 -1 -10
12
+ R -4 7 -2 -5 -5 0 -4 -5 1 -3 -5 2 -2 -6 -1 -1 -3 0 -6 -4 -3 -1 -2 -10
13
+ N -1 -2 5 3 -6 -1 0 -1 2 -3 -4 1 -4 -5 -2 1 0 -5 -2 -4 4 0 -1 -10
14
+ D -1 -5 3 6 -8 0 4 -1 -1 -4 -7 -2 -5 -8 -4 -1 -2 -9 -6 -4 5 3 -2 -10
15
+ C -3 -5 -6 -8 9 -8 -8 -5 -5 -3 -9 -8 -8 -7 -5 -1 -4 -10 -1 -3 -7 -8 -5 -10
16
+ Q -2 0 -1 0 -8 6 2 -3 2 -4 -3 -1 -2 -7 -1 -2 -3 -7 -6 -4 0 5 -2 -10
17
+ E 0 -4 0 4 -8 2 6 -1 -1 -3 -5 -2 -4 -8 -2 -2 -2 -10 -6 -3 2 5 -2 -10
18
+ G 0 -5 -1 -1 -5 -3 -1 5 -5 -5 -6 -4 -5 -6 -3 0 -2 -9 -8 -3 -1 -2 -2 -10
19
+ H -4 1 2 -1 -5 2 -1 -5 8 -5 -3 -2 -5 -3 -2 -3 -3 -4 -1 -4 1 1 -2 -10
20
+ I -2 -3 -3 -4 -3 -4 -3 -5 -5 6 1 -3 1 0 -4 -3 0 -8 -3 3 -3 -3 -2 -10
21
+ L -3 -5 -4 -7 -9 -3 -5 -6 -3 1 6 -5 2 0 -4 -5 -3 -3 -3 0 -5 -4 -3 -10
22
+ K -3 2 1 -2 -8 -1 -2 -4 -2 -3 -5 5 0 -8 -3 -1 -1 -6 -6 -5 0 -1 -2 -10
23
+ M -2 -2 -4 -5 -8 -2 -4 -5 -5 1 2 0 9 -1 -4 -3 -2 -7 -6 1 -5 -3 -2 -10
24
+ F -5 -6 -5 -8 -7 -7 -8 -6 -3 0 0 -8 -1 8 -6 -4 -5 -2 4 -4 -6 -8 -4 -10
25
+ P 0 -1 -2 -4 -5 -1 -2 -3 -2 -4 -4 -3 -4 -6 7 0 -1 -8 -8 -3 -3 -2 -2 -10
26
+ S 1 -1 1 -1 -1 -2 -2 0 -3 -3 -5 -1 -3 -4 0 4 2 -3 -4 -3 0 -2 -1 -10
27
+ T 1 -3 0 -2 -4 -3 -2 -2 -3 0 -3 -1 -2 -5 -1 2 5 -7 -4 -1 -1 -2 -1 -10
28
+ W -8 0 -5 -9 -10 -7 -10 -9 -4 -8 -3 -6 -7 -2 -8 -3 -7 13 -2 -9 -7 -8 -6 -10
29
+ Y -5 -6 -2 -6 -1 -6 -6 -8 -1 -3 -3 -6 -6 4 -8 -4 -4 -2 9 -4 -4 -6 -4 -10
30
+ V 0 -4 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 3 0 -5 1 -4 -3 -3 -1 -9 -4 6 -4 -3 -2 -10
31
+ B -1 -3 4 5 -7 0 2 -1 1 -3 -5 0 -5 -6 -3 0 -1 -7 -4 -4 4 2 -2 -10
32
+ Z -1 -1 0 3 -8 5 5 -2 1 -3 -4 -1 -3 -8 -2 -2 -2 -8 -6 -3 2 5 -2 -10
33
+ X -1 -2 -1 -2 -5 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -4 -2 -1 -1 -6 -4 -2 -2 -2 -2 -10
34
+ * -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 1
data/ext/stride_align/backend_avx2.cpp ADDED
@@ -0,0 +1,2 @@
1
+ #define STRIDE_ALIGN_RUBY_TARGET_AVX2 1
2
+ #include "backend_impl.hpp"
data/ext/stride_align/backend_avx512bwvl.cpp ADDED
@@ -0,0 +1,2 @@
1
+ #define STRIDE_ALIGN_RUBY_TARGET_AVX512BWVL 1
2
+ #include "backend_impl.hpp"
data/ext/stride_align/backend_generic.cpp ADDED
@@ -0,0 +1,3 @@
1
+ #define STRIDE_ALIGN_RUBY_TARGET_GENERIC 1
2
+ #define STRIDE_ALIGN_RUBY_PRIMARY 1
3
+ #include "backend_impl.hpp"