openbabel-ruby 3.1.1.2-x86_64-linux

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@@ -0,0 +1,512 @@
1
+ *
2
+ * Copyright (c) Merck and Co., Inc., 1994
3
+ * All Rights Reserved
4
+ *
5
+ * MMFF BOND-CHARGE INCREMENTS - Rev: 26-OCT-94 Source: MMFF94
6
+ * C94 - CORE MMFF94 parameter, obtained from fit to dipole moments
7
+ * #C94 - CORE MMFF94 parameter, either fixed or adjusted to fit
8
+ * HF/6-31G* interaction energies
9
+ * X94 - EXTD MMFF94 parameter, obtained from fit to dipole moments
10
+ * #X94 - EXTD MMFF94 parameter, fixed in the fit to dipole moments
11
+ * E94 - derived from partial bond charge increments (empirical rule)
12
+ *
13
+ * types bci Source
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+ * O=CR 7 7 7 6 0 O=C IN KET, ALD
46
+ * O=CO 7 7 7 6 0 O=C IN ACIDS, ESTERS
47
+ * O=S 7 7 7 6 0 TERMINAL O SULFOXIDES
48
+ * O=N 7 7 7 6 0 NITROSO-GROUP OXYGEN
49
+ NR 8 8 8 8 0 AMINE N
50
+ N=C 9 9 9 8 0 N=C, IMINES
51
+ * N=N 9 9 9 8 0 N=N, AZO COMPOUNDS
52
+ NC=O 10 10 10 8 0 N-C=O, AMIDES
53
+ * NC=S 10 10 10 8 0 N-C=S (DELOC LP)
54
+ * NN=C 10 10 10 8 0 N-N=C (DELOC LP)
55
+ * NN=N 10 10 10 8 0 N-N=N (DELOC LP)
56
+ F 11 11 11 11 0 FLUORINE
57
+ CL 12 12 12 12 0 CHLORINE
58
+ BR 13 13 13 13 0 BROMINE
59
+ I 14 14 14 14 0 IODINE
60
+ S 15 15 15 15 0 THIOL, SULFIDE
61
+ S=C 16 16 16 15 0 S DOUBLY BONDED TO C
62
+ S=O 17 17 17 15 0 SULFOXIDE S
63
+ SO2 18 18 18 15 0 SULFONE S
64
+ * SO2N 18 18 18 15 0 SULFONAMIDE S
65
+ * SO3 18 18 18 15 0 SULFONATE S
66
+ * =SO2 18 18 18 15 0 OXYGENATED SULFONE S
67
+ * SNO 18 18 18 15 0 NITROGEN ANALOG OF SO2
68
+ SI 19 19 19 19 0 SILICON
69
+ CR4R 20 20 1 1 0 C IN CYCLOBUTYL
70
+ HOR 21 21 21 5 0 H-O, ALCOHOLS
71
+ * HO 21 21 21 5 0 GENERAL H ON O
72
+ CR3R 22 22 22 1 0 C IN CYCLOPROPLY
73
+ HNR 23 23 23 5 0 H-N, AMINES
74
+ * H3N 23 23 23 5 0 H, AMMONIA
75
+ * HPYL 23 23 23 5 0 H-N IN PYRROLE
76
+ * HN 23 23 23 5 0 GENERAL H-N
77
+ HOCO 24 24 24 5 0 H-O, ACIDS
78
+ * HOP 24 21 21 5 0 H-O-P, PHOS ACIDS
79
+ PO4 25 25 25 25 0 PHOSPHODIESTER
80
+ * PO3 25 25 25 25 0 TETRACRD P, 3 OXYGENS
81
+ * PO2 25 25 25 25 0 TETRACRD P, 2 OXYGENS
82
+ * PO 25 25 25 25 0 TETRACRD P, 2 OXYGENS
83
+ * PTET 25 25 25 25 0 GENERAL TETRACRD P
84
+ P 26 26 26 25 0 TRICOORDINATE P
85
+ HN=C 27 27 28 5 0 IMINE N-H
86
+ * HN=N 27 27 28 5 0 AZO N-H
87
+ HNCO 28 28 28 5 0 H-N, AMIDES
88
+ * HNCC 28 28 28 5 0 H-N, ENAMINES
89
+ * HNCS 28 28 28 5 0 H-N, THIOAMIDES
90
+ * HNCN 28 28 28 5 0 H-N, HN-C=N
91
+ * HNNC 28 28 28 5 0 H-N, HN-N=C
92
+ * HNNN 28 28 28 5 0 H-N, HN-N=N
93
+ * HSP2 28 28 28 5 0 GENERAL H ON SP2 N
94
+ HOCC 29 29 29 5 0 H-O, ENOLS, PHENOLS
95
+ * HOCN 29 29 29 5 0 H-O IN HO-C=N
96
+ CE4R 30 30 2 1 0 C=C IN 4-RING
97
+ HOH 31 31 31 31 0 H-OH
98
+ O2CM 32 32 7 6 0 O, CARBOXYLATE ANION
99
+ * OXN 32 32 7 6 0 OXIDE ON NITROHGEN
100
+ * O2N 32 32 7 6 0 NITRO-GROUP OXYGEN
101
+ * O2NO 32 32 7 6 0 NITRO-GROUP IN NITRATE
102
+ * O3N 32 32 7 6 0 NITRATE ANION OXYGEN
103
+ * O-S 32 32 7 6 0 SINGLE TERM O ON TET S
104
+ * O2S 32 32 7 6 0 SULFONES, SULFONAMIDES
105
+ * O3S 32 32 7 6 0 SULFONATES, TERM OX
106
+ * O4S 32 32 7 6 0 SO4(3-)
107
+ * OSMS 32 32 7 6 0 THIOSULFINATE O (-1/2)
108
+ * OP 32 32 7 6 0 TERMINAL O, O-P
109
+ * O2P 32 32 7 6 0 TERMINAL O, O2P GROUP
110
+ * O3P 32 32 7 6 0 TERMINAL O, O3P GROUP
111
+ * O4P 32 32 7 6 0 TERMINAL O, PO4(-3)
112
+ * O4CL 32 32 7 6 0 TERMINAL O IN CLO4(-)
113
+ HOS 33 33 21 5 0 H-O-S, SULF ACIDS
114
+ NR+ 34 34 8 8 0 N+, QUATERNARY N
115
+ OM 35 35 6 6 0 OXIDE OXYGEN ON SP3 C
116
+ * OM2 35 35 6 6 0 OXIDE OXYGEN ON SP2 C
117
+ HNR+ 36 36 36 5 0 H-N+
118
+ * HNN+ 36 36 36 5 0 H ON IMIDAZOLIUM N
119
+ * HNC+ 36 36 36 5 0 H ON PROTONATED N+=C-N
120
+ * HGD+ 36 36 36 5 0 H ON GUANIDINIUM N
121
+ CB 37 37 2 1 0 AROMATIC C
122
+ NPYD 38 38 9 8 0 AROMATIC N, PYRIDINE
123
+ NPYL 39 39 10 8 0 AROMATIC N, PYRROLE
124
+ NC=C 40 40 10 8 0 N-C=C (DELOC LP)
125
+ * NC=N 40 40 10 8 0 N-C=N (DELOC LP)
126
+ CO2M 41 41 3 1 0 C IN CO2- ANION
127
+ * CS2M 41 41 3 1 0 THIOCARBOXYLATE C
128
+ NSP 42 42 42 8 0 N TRIPLE BONDED
129
+ NSO2 43 43 10 8 0 N, SULFONAMIDES
130
+ STHI 44 44 16 15 0 S IN THIOPHENE
131
+ NO2 45 45 10 8 0 NITRO GROUP N
132
+ * NO3 45 45 10 8 0 NITRATE GROUP N
133
+ N=O 46 46 9 8 0 NITROSO GROUP N
134
+ NAZT 47 47 42 8 0 TERMINAL N, AZIDE
135
+ NSO 48 48 9 8 0 DIVAL. N IN S(N)(O) GP
136
+ O+ 49 49 6 6 0 OXONIUM (TRICOORD) O
137
+ HO+ 50 50 21 5 0 H ON OXONIUM OXYGEN
138
+ O=+ 51 51 7 6 0 OXENIUM OXYGEN+
139
+ HO=+ 52 52 21 5 0 H ON OXENIUM O+
140
+ =N= 53 53 42 8 0 N TWICE DOUBLE BONDED
141
+ N+=C 54 54 9 8 0 IMINIUM NITROGEN
142
+ * N+=N 54 54 9 8 0 AZONIUM NITROGEN
143
+ NCN+ 55 55 10 8 0 N IN +N=C-N: ; Q=1/2
144
+ NGD+ 56 56 10 8 0 GUANIDINIUM N; Q=1/3
145
+ CGD+ 57 57 2 1 0 GUANIDINIUM CARBON
146
+ * CNN+ 57 57 2 1 0 C IN +N=C-N RESONANCE
147
+ NPD+ 58 58 10 8 0 N PYRIDINIUM ION
148
+ OFUR 59 59 6 6 0 AROMATIC O, FURAN
149
+ C% 60 60 4 1 0 ISONITRILE CARBON
150
+ NR% 61 61 42 8 0 ISONITRILE N
151
+ NM 62 62 10 8 0 SULFONAMIDE N-
152
+ C5A 63 63 2 1 0 ALPHA AROM 5-RING C
153
+ C5B 64 64 2 1 0 BETA AROM 5-RING C
154
+ N5A 65 65 9 8 0 ALPHA AROM 5-RING N
155
+ N5B 66 66 9 8 0 ALPHA AROM 5-RING N
156
+ N2OX 67 67 9 8 0 NITROGEN IN N-OXIDE
157
+ N3OX 68 68 8 8 0 NITROGEN IN N-OXIDE
158
+ NPOX 69 69 9 8 0 NITROGEN IN N-OXIDE
159
+ OH2 70 70 70 70 70 OXYGEN IN WATER
160
+ HS 71 71 5 5 0 H-S
161
+ S2CM 72 72 16 15 0 THIOCARBOXYLATE S
162
+ * S-P 72 72 16 15 0 TERMINAL SULFUR ON P
163
+ * SM 72 72 16 15 0 TERMINAL SULFUR ON C
164
+ * SSMO 72 72 16 15 0 TERM S, THIOSULFINATE
165
+ SO2M 73 73 18 15 0 SULFUR IN SULFINATE
166
+ * SSOM 73 73 18 15 0 SULFUR, THIOSULFINATE
167
+ =S=O 74 74 17 15 0 SULFINYL SULFUR, C=S=O
168
+ -P=C 75 75 26 25 0 P DOUBLY BONDED TO C
169
+ N5M 76 76 9 8 0 NEG N IN TETRAZOLE AN
170
+ CLO4 77 77 12 12 0 CHLORINE IN CLO4(-)
171
+ C5 78 78 2 1 0 GENERAL AROM 5-RING C
172
+ N5 79 79 9 8 0 GENERAL AROM 5-RING N
173
+ CIM+ 80 80 2 1 0 C IN N-C-N, IM+ ION
174
+ NIM+ 81 81 10 8 0 N IN N-C-N, IM+ ION
175
+ N5AX 82 82 9 8 0 5R NITROGEN IN N-OXIDE
176
+ * N5BX 82 82 9 8 0 5R NITROGEN IN N-OXIDE
177
+ * N5OX 82 82 9 8 0 5R NITROGEN IN N-OXIDE
178
+ FE+2 87 87 87 87 87 IRON +2 CATION
179
+ FE+3 88 88 88 88 88 IRON +3 CATION
180
+ F- 89 89 89 89 89 FLUORIDE ANION
181
+ CL- 90 90 90 90 90 CHLORIDE ANION
182
+ BR- 91 91 91 91 91 BROMIDE ANION
183
+ LI+ 92 92 92 92 92 LITHIUM CATION
184
+ NA+ 93 93 93 93 93 SODIUM CATION
185
+ K+ 94 94 94 94 94 POTASSIUM CATION
186
+ ZN+2 95 95 95 95 95 DIPOSITIVE ZINC CATION
187
+ * ZINC 95 95 95 95 95 DIPOSITIVE ZINC CATION
188
+ CA+2 96 96 96 96 96 DIPOSITIVE CALCIUM CATION
189
+ CU+1 97 97 97 97 97 MONOPOSITIVE COPPER CATION
190
+ CU+2 98 98 98 98 98 DIPOSITIVE COPPER CATION
191
+ MG+2 99 99 99 99 99 DIPOSITIVE MAGNESIUM CATION
192
+ $