openbabel-ruby 3.1.1.2-aarch64-linux

This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
Files changed (764) hide show
  1. checksums.yaml +7 -0
  2. data/Rakefile +278 -0
  3. data/ext/openbabel/extconf.rb +69 -0
  4. data/ext/openbabel/patches/CMakeLists.txt +739 -0
  5. data/ext/openbabel/patches/scripts/CMakeLists.txt +239 -0
  6. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/MACCS.txt +199 -0
  7. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/SMARTS_InteLigand.txt +983 -0
  8. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/UFF.prm +278 -0
  9. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/atomization-energies.txt +9920 -0
  10. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/atomtyp.txt +258 -0
  11. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/babel_povray3.inc +1229 -0
  12. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/bondtyp.txt +113 -0
  13. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/eem.txt +22 -0
  14. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/eem2015ba.txt +18 -0
  15. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/eem2015bm.txt +18 -0
  16. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/eem2015bn.txt +18 -0
  17. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/eem2015ha.txt +18 -0
  18. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/eem2015hm.txt +18 -0
  19. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/eem2015hn.txt +18 -0
  20. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/eqeqIonizations.txt +100 -0
  21. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/gaff.dat +5839 -0
  22. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/gaff.prm +447 -0
  23. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/ghemical.prm +476 -0
  24. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/logp.txt +169 -0
  25. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/mmff94.ff +28 -0
  26. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/mmff94s.ff +28 -0
  27. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/mmffang.par +2354 -0
  28. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/mmffbndk.par +68 -0
  29. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/mmffbond.par +507 -0
  30. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/mmffchg.par +512 -0
  31. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/mmffdef.par +192 -0
  32. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/mmffdfsb.par +39 -0
  33. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/mmffoop.par +127 -0
  34. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/mmffpbci.par +106 -0
  35. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/mmffprop.par +103 -0
  36. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/mmffs_oop.par +128 -0
  37. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/mmffs_tor.par +939 -0
  38. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/mmffstbn.par +292 -0
  39. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/mmfftor.par +938 -0
  40. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/mmffvdw.par +105 -0
  41. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/mpC.txt +177 -0
  42. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/mr.txt +168 -0
  43. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/patterns.txt +76 -0
  44. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/phmodel.txt +180 -0
  45. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/plugindefines.txt +75 -0
  46. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/psa.txt +68 -0
  47. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/qeq.txt +116 -0
  48. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/resdata.txt +1139 -0
  49. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/rigid-fragments-index.txt +4647 -0
  50. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/rigid-fragments.txt +61289 -0
  51. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/ring-fragments.txt +33785 -0
  52. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/ringtyp.txt +71 -0
  53. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/space-groups.txt +9640 -0
  54. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/splash.png +0 -0
  55. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/superatom.txt +227 -0
  56. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/svgformat.script +51 -0
  57. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/templates.sdf +51 -0
  58. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/torlib.txt +231 -0
  59. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/torsion.txt +1563 -0
  60. data/lib/openbabel/3.1.0/data/3.1.1/types.txt +214 -0
  61. data/lib/openbabel/3.1.0/libinchi.so +0 -0
  62. data/lib/openbabel/3.1.0/libinchi.so.0 +0 -0
  63. data/lib/openbabel/3.1.0/libinchi.so.0.4.1 +0 -0
  64. data/lib/openbabel/3.1.0/libopenbabel.so +0 -0
  65. data/lib/openbabel/3.1.0/libopenbabel.so.7 +0 -0
  66. data/lib/openbabel/3.1.0/libopenbabel.so.7.0.0 +0 -0
  67. data/lib/openbabel/3.1.0/openbabel.so +0 -0
  68. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/APIInterface.so +0 -0
  69. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/CSRformat.so +0 -0
  70. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/MCDLformat.so +0 -0
  71. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/MNAformat.so +0 -0
  72. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/PQSformat.so +0 -0
  73. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/abinitformat.so +0 -0
  74. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/acesformat.so +0 -0
  75. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/acrformat.so +0 -0
  76. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/adfformat.so +0 -0
  77. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/alchemyformat.so +0 -0
  78. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/amberformat.so +0 -0
  79. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/aoforceformat.so +0 -0
  80. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/asciiformat.so +0 -0
  81. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/balstformat.so +0 -0
  82. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/bgfformat.so +0 -0
  83. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/boxformat.so +0 -0
  84. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/cacaoformat.so +0 -0
  85. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/cacheformat.so +0 -0
  86. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/carformat.so +0 -0
  87. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/castepformat.so +0 -0
  88. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/cccformat.so +0 -0
  89. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/cdxmlformat.so +0 -0
  90. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/chem3dformat.so +0 -0
  91. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/chemdoodlejsonformat.so +0 -0
  92. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/chemdrawcdx.so +0 -0
  93. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/chemdrawct.so +0 -0
  94. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/chemicaljsonformat.so +0 -0
  95. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/chemkinformat.so +0 -0
  96. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/chemtoolformat.so +0 -0
  97. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/cifformat.so +0 -0
  98. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/cmlformat.so +0 -0
  99. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/cmlreactformat.so +0 -0
  100. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/cofformat.so +0 -0
  101. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/confabreport.so +0 -0
  102. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/copyformat.so +0 -0
  103. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/crkformat.so +0 -0
  104. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/crystal09format.so +0 -0
  105. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/cssrformat.so +0 -0
  106. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/daltonformat.so +0 -0
  107. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/dlpolyformat.so +0 -0
  108. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/dmolformat.so +0 -0
  109. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/exyzformat.so +0 -0
  110. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/fastaformat.so +0 -0
  111. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/fastsearchformat.so +0 -0
  112. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/fchkformat.so +0 -0
  113. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/featformat.so +0 -0
  114. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/fhformat.so +0 -0
  115. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/fhiaimsformat.so +0 -0
  116. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/fingerprintformat.so +0 -0
  117. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/fpsformat.so +0 -0
  118. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/freefracformat.so +0 -0
  119. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/gamessformat.so +0 -0
  120. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/gamessukformat.so +0 -0
  121. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/gausscubeformat.so +0 -0
  122. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/gaussformat.so +0 -0
  123. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/gausszmatformat.so +0 -0
  124. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/ghemicalformat.so +0 -0
  125. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/groformat.so +0 -0
  126. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/gromos96format.so +0 -0
  127. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/gulpformat.so +0 -0
  128. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/hinformat.so +0 -0
  129. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/inchiformat.so +0 -0
  130. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/jaguarformat.so +0 -0
  131. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/lmpdatformat.so +0 -0
  132. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/lpmdformat.so +0 -0
  133. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/mdffformat.so +0 -0
  134. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/mdlformat.so +0 -0
  135. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/mmcifformat.so +0 -0
  136. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/mmodformat.so +0 -0
  137. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/mol2format.so +0 -0
  138. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/moldenformat.so +0 -0
  139. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/molproformat.so +0 -0
  140. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/molreport.so +0 -0
  141. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/mopacformat.so +0 -0
  142. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/mpdformat.so +0 -0
  143. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/mpqcformat.so +0 -0
  144. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/msiformat.so +0 -0
  145. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/msmsformat.so +0 -0
  146. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/nulformat.so +0 -0
  147. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/nwchemformat.so +0 -0
  148. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/opendxformat.so +0 -0
  149. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/orcaformat.so +0 -0
  150. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/outformat.so +0 -0
  151. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/painterformat.so +0 -0
  152. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/pcmodelformat.so +0 -0
  153. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/pdbformat.so +0 -0
  154. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/pdbqtformat.so +0 -0
  155. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/plugin_charges.so +0 -0
  156. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/plugin_descriptors.so +0 -0
  157. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/plugin_fingerprints.so +0 -0
  158. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/plugin_forcefields.so +0 -0
  159. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/plugin_ops.so +0 -0
  160. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/png2format.so +0 -0
  161. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/pngformat.so +0 -0
  162. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/pointcloudformat.so +0 -0
  163. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/posformat.so +0 -0
  164. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/povrayformat.so +0 -0
  165. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/pqrformat.so +0 -0
  166. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/pubchem.so +0 -0
  167. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/pubchemjsonformat.so +0 -0
  168. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/pwscfformat.so +0 -0
  169. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/qchemformat.so +0 -0
  170. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/reportformat.so +0 -0
  171. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/rinchiformat.so +0 -0
  172. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/rsmiformat.so +0 -0
  173. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/rxnformat.so +0 -0
  174. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/shelxformat.so +0 -0
  175. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/siestaformat.so +0 -0
  176. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/smilesformat.so +0 -0
  177. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/smileyformat.so +0 -0
  178. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/stlformat.so +0 -0
  179. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/svgformat.so +0 -0
  180. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/textformat.so +0 -0
  181. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/thermoformat.so +0 -0
  182. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/tinkerformat.so +0 -0
  183. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/titleformat.so +0 -0
  184. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/turbomoleformat.so +0 -0
  185. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/unichemformat.so +0 -0
  186. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/vaspformat.so +0 -0
  187. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/viewmolformat.so +0 -0
  188. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/wlnformat.so +0 -0
  189. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/xedformat.so +0 -0
  190. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/xmlformat.so +0 -0
  191. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/xsfformat.so +0 -0
  192. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/xyzformat.so +0 -0
  193. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/yasaraformat.so +0 -0
  194. data/lib/openbabel/3.1.0/plugins/zindoformat.so +0 -0
  195. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/MACCS.txt +199 -0
  196. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/SMARTS_InteLigand.txt +983 -0
  197. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/UFF.prm +278 -0
  198. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/atomization-energies.txt +9920 -0
  199. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/atomtyp.txt +258 -0
  200. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/babel_povray3.inc +1229 -0
  201. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/bondtyp.txt +113 -0
  202. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/eem.txt +22 -0
  203. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/eem2015ba.txt +18 -0
  204. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/eem2015bm.txt +18 -0
  205. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/eem2015bn.txt +18 -0
  206. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/eem2015ha.txt +18 -0
  207. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/eem2015hm.txt +18 -0
  208. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/eem2015hn.txt +18 -0
  209. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/eqeqIonizations.txt +100 -0
  210. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/gaff.dat +5839 -0
  211. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/gaff.prm +447 -0
  212. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/ghemical.prm +476 -0
  213. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/logp.txt +169 -0
  214. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmff94.ff +28 -0
  215. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmff94s.ff +28 -0
  216. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmffang.par +2354 -0
  217. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmffbndk.par +68 -0
  218. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmffbond.par +507 -0
  219. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmffchg.par +512 -0
  220. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmffdef.par +192 -0
  221. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmffdfsb.par +39 -0
  222. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmffoop.par +127 -0
  223. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmffpbci.par +106 -0
  224. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmffprop.par +103 -0
  225. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmffs_oop.par +128 -0
  226. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmffs_tor.par +939 -0
  227. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmffstbn.par +292 -0
  228. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmfftor.par +938 -0
  229. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmffvdw.par +105 -0
  230. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mpC.txt +177 -0
  231. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mr.txt +168 -0
  232. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/patterns.txt +76 -0
  233. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/phmodel.txt +180 -0
  234. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/plugindefines.txt +75 -0
  235. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/psa.txt +68 -0
  236. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/qeq.txt +116 -0
  237. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/resdata.txt +1139 -0
  238. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/rigid-fragments-index.txt +4647 -0
  239. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/rigid-fragments.txt +61289 -0
  240. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/ring-fragments.txt +33785 -0
  241. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/ringtyp.txt +71 -0
  242. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/space-groups.txt +9640 -0
  243. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/splash.png +0 -0
  244. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/superatom.txt +227 -0
  245. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/svgformat.script +51 -0
  246. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/templates.sdf +51 -0
  247. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/torlib.txt +231 -0
  248. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/torsion.txt +1563 -0
  249. data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/types.txt +214 -0
  250. data/lib/openbabel/3.2.0/libinchi.so +0 -0
  251. data/lib/openbabel/3.2.0/libinchi.so.0 +0 -0
  252. data/lib/openbabel/3.2.0/libinchi.so.0.4.1 +0 -0
  253. data/lib/openbabel/3.2.0/libopenbabel.so +0 -0
  254. data/lib/openbabel/3.2.0/libopenbabel.so.7 +0 -0
  255. data/lib/openbabel/3.2.0/libopenbabel.so.7.0.0 +0 -0
  256. data/lib/openbabel/3.2.0/openbabel.so +0 -0
  257. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/APIInterface.so +0 -0
  258. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/CSRformat.so +0 -0
  259. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/MCDLformat.so +0 -0
  260. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/MNAformat.so +0 -0
  261. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/PQSformat.so +0 -0
  262. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/abinitformat.so +0 -0
  263. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/acesformat.so +0 -0
  264. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/acrformat.so +0 -0
  265. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/adfformat.so +0 -0
  266. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/alchemyformat.so +0 -0
  267. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/amberformat.so +0 -0
  268. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/aoforceformat.so +0 -0
  269. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/asciiformat.so +0 -0
  270. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/balstformat.so +0 -0
  271. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/bgfformat.so +0 -0
  272. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/boxformat.so +0 -0
  273. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/cacaoformat.so +0 -0
  274. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/cacheformat.so +0 -0
  275. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/carformat.so +0 -0
  276. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/castepformat.so +0 -0
  277. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/cccformat.so +0 -0
  278. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/cdxmlformat.so +0 -0
  279. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/chem3dformat.so +0 -0
  280. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/chemdoodlejsonformat.so +0 -0
  281. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/chemdrawcdx.so +0 -0
  282. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/chemdrawct.so +0 -0
  283. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/chemicaljsonformat.so +0 -0
  284. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/chemkinformat.so +0 -0
  285. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/chemtoolformat.so +0 -0
  286. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/cifformat.so +0 -0
  287. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/cmlformat.so +0 -0
  288. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/cmlreactformat.so +0 -0
  289. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/cofformat.so +0 -0
  290. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/confabreport.so +0 -0
  291. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/copyformat.so +0 -0
  292. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/crkformat.so +0 -0
  293. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/crystal09format.so +0 -0
  294. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/cssrformat.so +0 -0
  295. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/daltonformat.so +0 -0
  296. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/dlpolyformat.so +0 -0
  297. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/dmolformat.so +0 -0
  298. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/exyzformat.so +0 -0
  299. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/fastaformat.so +0 -0
  300. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/fastsearchformat.so +0 -0
  301. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/fchkformat.so +0 -0
  302. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/featformat.so +0 -0
  303. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/fhformat.so +0 -0
  304. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/fhiaimsformat.so +0 -0
  305. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/fingerprintformat.so +0 -0
  306. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/fpsformat.so +0 -0
  307. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/freefracformat.so +0 -0
  308. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/gamessformat.so +0 -0
  309. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/gamessukformat.so +0 -0
  310. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/gausscubeformat.so +0 -0
  311. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/gaussformat.so +0 -0
  312. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/gausszmatformat.so +0 -0
  313. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/ghemicalformat.so +0 -0
  314. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/groformat.so +0 -0
  315. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/gromos96format.so +0 -0
  316. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/gulpformat.so +0 -0
  317. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/hinformat.so +0 -0
  318. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/inchiformat.so +0 -0
  319. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/jaguarformat.so +0 -0
  320. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/lmpdatformat.so +0 -0
  321. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/lpmdformat.so +0 -0
  322. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/mdffformat.so +0 -0
  323. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/mdlformat.so +0 -0
  324. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/mmcifformat.so +0 -0
  325. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/mmodformat.so +0 -0
  326. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/mol2format.so +0 -0
  327. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/moldenformat.so +0 -0
  328. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/molproformat.so +0 -0
  329. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/molreport.so +0 -0
  330. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/mopacformat.so +0 -0
  331. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/mpdformat.so +0 -0
  332. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/mpqcformat.so +0 -0
  333. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/msiformat.so +0 -0
  334. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/msmsformat.so +0 -0
  335. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/nulformat.so +0 -0
  336. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/nwchemformat.so +0 -0
  337. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/opendxformat.so +0 -0
  338. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/orcaformat.so +0 -0
  339. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/outformat.so +0 -0
  340. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/painterformat.so +0 -0
  341. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/pcmodelformat.so +0 -0
  342. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/pdbformat.so +0 -0
  343. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/pdbqtformat.so +0 -0
  344. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/plugin_charges.so +0 -0
  345. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/plugin_descriptors.so +0 -0
  346. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/plugin_fingerprints.so +0 -0
  347. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/plugin_forcefields.so +0 -0
  348. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/plugin_ops.so +0 -0
  349. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/png2format.so +0 -0
  350. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/pngformat.so +0 -0
  351. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/pointcloudformat.so +0 -0
  352. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/posformat.so +0 -0
  353. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/povrayformat.so +0 -0
  354. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/pqrformat.so +0 -0
  355. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/pubchem.so +0 -0
  356. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/pubchemjsonformat.so +0 -0
  357. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/pwscfformat.so +0 -0
  358. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/qchemformat.so +0 -0
  359. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/reportformat.so +0 -0
  360. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/rinchiformat.so +0 -0
  361. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/rsmiformat.so +0 -0
  362. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/rxnformat.so +0 -0
  363. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/shelxformat.so +0 -0
  364. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/siestaformat.so +0 -0
  365. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/smilesformat.so +0 -0
  366. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/smileyformat.so +0 -0
  367. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/stlformat.so +0 -0
  368. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/svgformat.so +0 -0
  369. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/textformat.so +0 -0
  370. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/thermoformat.so +0 -0
  371. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/tinkerformat.so +0 -0
  372. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/titleformat.so +0 -0
  373. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/turbomoleformat.so +0 -0
  374. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/unichemformat.so +0 -0
  375. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/vaspformat.so +0 -0
  376. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/viewmolformat.so +0 -0
  377. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/wlnformat.so +0 -0
  378. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/xedformat.so +0 -0
  379. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/xmlformat.so +0 -0
  380. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/xsfformat.so +0 -0
  381. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/xyzformat.so +0 -0
  382. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/yasaraformat.so +0 -0
  383. data/lib/openbabel/3.2.0/plugins/zindoformat.so +0 -0
  384. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/MACCS.txt +199 -0
  385. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/SMARTS_InteLigand.txt +983 -0
  386. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/UFF.prm +278 -0
  387. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/atomization-energies.txt +9920 -0
  388. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/atomtyp.txt +258 -0
  389. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/babel_povray3.inc +1229 -0
  390. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/bondtyp.txt +113 -0
  391. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/eem.txt +22 -0
  392. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/eem2015ba.txt +18 -0
  393. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/eem2015bm.txt +18 -0
  394. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/eem2015bn.txt +18 -0
  395. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/eem2015ha.txt +18 -0
  396. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/eem2015hm.txt +18 -0
  397. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/eem2015hn.txt +18 -0
  398. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/eqeqIonizations.txt +100 -0
  399. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/gaff.dat +5839 -0
  400. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/gaff.prm +447 -0
  401. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/ghemical.prm +476 -0
  402. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/logp.txt +169 -0
  403. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/mmff94.ff +28 -0
  404. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/mmff94s.ff +28 -0
  405. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/mmffang.par +2354 -0
  406. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/mmffbndk.par +68 -0
  407. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/mmffbond.par +507 -0
  408. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/mmffchg.par +512 -0
  409. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/mmffdef.par +192 -0
  410. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/mmffdfsb.par +39 -0
  411. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/mmffoop.par +127 -0
  412. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/mmffpbci.par +106 -0
  413. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/mmffprop.par +103 -0
  414. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/mmffs_oop.par +128 -0
  415. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/mmffs_tor.par +939 -0
  416. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/mmffstbn.par +292 -0
  417. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/mmfftor.par +938 -0
  418. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/mmffvdw.par +105 -0
  419. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/mpC.txt +177 -0
  420. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/mr.txt +168 -0
  421. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/patterns.txt +76 -0
  422. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/phmodel.txt +180 -0
  423. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/plugindefines.txt +75 -0
  424. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/psa.txt +68 -0
  425. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/qeq.txt +116 -0
  426. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/resdata.txt +1139 -0
  427. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/rigid-fragments-index.txt +4647 -0
  428. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/rigid-fragments.txt +61289 -0
  429. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/ring-fragments.txt +33785 -0
  430. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/ringtyp.txt +71 -0
  431. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/space-groups.txt +9640 -0
  432. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/splash.png +0 -0
  433. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/superatom.txt +227 -0
  434. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/svgformat.script +51 -0
  435. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/templates.sdf +51 -0
  436. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/torlib.txt +231 -0
  437. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/torsion.txt +1563 -0
  438. data/lib/openbabel/3.3.0/data/3.1.1/types.txt +214 -0
  439. data/lib/openbabel/3.3.0/libinchi.so +0 -0
  440. data/lib/openbabel/3.3.0/libinchi.so.0 +0 -0
  441. data/lib/openbabel/3.3.0/libinchi.so.0.4.1 +0 -0
  442. data/lib/openbabel/3.3.0/libopenbabel.so +0 -0
  443. data/lib/openbabel/3.3.0/libopenbabel.so.7 +0 -0
  444. data/lib/openbabel/3.3.0/libopenbabel.so.7.0.0 +0 -0
  445. data/lib/openbabel/3.3.0/openbabel.so +0 -0
  446. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/APIInterface.so +0 -0
  447. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/CSRformat.so +0 -0
  448. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/MCDLformat.so +0 -0
  449. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/MNAformat.so +0 -0
  450. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/PQSformat.so +0 -0
  451. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/abinitformat.so +0 -0
  452. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/acesformat.so +0 -0
  453. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/acrformat.so +0 -0
  454. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/adfformat.so +0 -0
  455. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/alchemyformat.so +0 -0
  456. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/amberformat.so +0 -0
  457. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/aoforceformat.so +0 -0
  458. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/asciiformat.so +0 -0
  459. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/balstformat.so +0 -0
  460. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/bgfformat.so +0 -0
  461. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/boxformat.so +0 -0
  462. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/cacaoformat.so +0 -0
  463. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/cacheformat.so +0 -0
  464. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/carformat.so +0 -0
  465. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/castepformat.so +0 -0
  466. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/cccformat.so +0 -0
  467. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/cdxmlformat.so +0 -0
  468. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/chem3dformat.so +0 -0
  469. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/chemdoodlejsonformat.so +0 -0
  470. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/chemdrawcdx.so +0 -0
  471. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/chemdrawct.so +0 -0
  472. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/chemicaljsonformat.so +0 -0
  473. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/chemkinformat.so +0 -0
  474. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/chemtoolformat.so +0 -0
  475. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/cifformat.so +0 -0
  476. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/cmlformat.so +0 -0
  477. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/cmlreactformat.so +0 -0
  478. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/cofformat.so +0 -0
  479. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/confabreport.so +0 -0
  480. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/copyformat.so +0 -0
  481. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/crkformat.so +0 -0
  482. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/crystal09format.so +0 -0
  483. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/cssrformat.so +0 -0
  484. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/daltonformat.so +0 -0
  485. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/dlpolyformat.so +0 -0
  486. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/dmolformat.so +0 -0
  487. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/exyzformat.so +0 -0
  488. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/fastaformat.so +0 -0
  489. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/fastsearchformat.so +0 -0
  490. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/fchkformat.so +0 -0
  491. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/featformat.so +0 -0
  492. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/fhformat.so +0 -0
  493. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/fhiaimsformat.so +0 -0
  494. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/fingerprintformat.so +0 -0
  495. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/fpsformat.so +0 -0
  496. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/freefracformat.so +0 -0
  497. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/gamessformat.so +0 -0
  498. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/gamessukformat.so +0 -0
  499. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/gausscubeformat.so +0 -0
  500. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/gaussformat.so +0 -0
  501. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/gausszmatformat.so +0 -0
  502. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/ghemicalformat.so +0 -0
  503. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/groformat.so +0 -0
  504. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/gromos96format.so +0 -0
  505. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/gulpformat.so +0 -0
  506. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/hinformat.so +0 -0
  507. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/inchiformat.so +0 -0
  508. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/jaguarformat.so +0 -0
  509. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/lmpdatformat.so +0 -0
  510. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/lpmdformat.so +0 -0
  511. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/mdffformat.so +0 -0
  512. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/mdlformat.so +0 -0
  513. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/mmcifformat.so +0 -0
  514. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/mmodformat.so +0 -0
  515. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/mol2format.so +0 -0
  516. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/moldenformat.so +0 -0
  517. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/molproformat.so +0 -0
  518. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/molreport.so +0 -0
  519. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/mopacformat.so +0 -0
  520. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/mpdformat.so +0 -0
  521. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/mpqcformat.so +0 -0
  522. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/msiformat.so +0 -0
  523. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/msmsformat.so +0 -0
  524. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/nulformat.so +0 -0
  525. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/nwchemformat.so +0 -0
  526. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/opendxformat.so +0 -0
  527. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/orcaformat.so +0 -0
  528. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/outformat.so +0 -0
  529. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/painterformat.so +0 -0
  530. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/pcmodelformat.so +0 -0
  531. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/pdbformat.so +0 -0
  532. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/pdbqtformat.so +0 -0
  533. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/plugin_charges.so +0 -0
  534. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/plugin_descriptors.so +0 -0
  535. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/plugin_fingerprints.so +0 -0
  536. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/plugin_forcefields.so +0 -0
  537. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/plugin_ops.so +0 -0
  538. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/png2format.so +0 -0
  539. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/pngformat.so +0 -0
  540. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/pointcloudformat.so +0 -0
  541. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/posformat.so +0 -0
  542. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/povrayformat.so +0 -0
  543. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/pqrformat.so +0 -0
  544. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/pubchem.so +0 -0
  545. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/pubchemjsonformat.so +0 -0
  546. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/pwscfformat.so +0 -0
  547. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/qchemformat.so +0 -0
  548. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/reportformat.so +0 -0
  549. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/rinchiformat.so +0 -0
  550. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/rsmiformat.so +0 -0
  551. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/rxnformat.so +0 -0
  552. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/shelxformat.so +0 -0
  553. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/siestaformat.so +0 -0
  554. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/smilesformat.so +0 -0
  555. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/smileyformat.so +0 -0
  556. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/stlformat.so +0 -0
  557. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/svgformat.so +0 -0
  558. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/textformat.so +0 -0
  559. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/thermoformat.so +0 -0
  560. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/tinkerformat.so +0 -0
  561. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/titleformat.so +0 -0
  562. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/turbomoleformat.so +0 -0
  563. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/unichemformat.so +0 -0
  564. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/vaspformat.so +0 -0
  565. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/viewmolformat.so +0 -0
  566. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/wlnformat.so +0 -0
  567. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/xedformat.so +0 -0
  568. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/xmlformat.so +0 -0
  569. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/xsfformat.so +0 -0
  570. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/xyzformat.so +0 -0
  571. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/yasaraformat.so +0 -0
  572. data/lib/openbabel/3.3.0/plugins/zindoformat.so +0 -0
  573. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/MACCS.txt +199 -0
  574. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/SMARTS_InteLigand.txt +983 -0
  575. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/UFF.prm +278 -0
  576. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/atomization-energies.txt +9920 -0
  577. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/atomtyp.txt +258 -0
  578. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/babel_povray3.inc +1229 -0
  579. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/bondtyp.txt +113 -0
  580. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/eem.txt +22 -0
  581. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/eem2015ba.txt +18 -0
  582. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/eem2015bm.txt +18 -0
  583. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/eem2015bn.txt +18 -0
  584. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/eem2015ha.txt +18 -0
  585. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/eem2015hm.txt +18 -0
  586. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/eem2015hn.txt +18 -0
  587. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/eqeqIonizations.txt +100 -0
  588. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/gaff.dat +5839 -0
  589. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/gaff.prm +447 -0
  590. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/ghemical.prm +476 -0
  591. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/logp.txt +169 -0
  592. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/mmff94.ff +28 -0
  593. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/mmff94s.ff +28 -0
  594. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/mmffang.par +2354 -0
  595. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/mmffbndk.par +68 -0
  596. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/mmffbond.par +507 -0
  597. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/mmffchg.par +512 -0
  598. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/mmffdef.par +192 -0
  599. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/mmffdfsb.par +39 -0
  600. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/mmffoop.par +127 -0
  601. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/mmffpbci.par +106 -0
  602. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/mmffprop.par +103 -0
  603. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/mmffs_oop.par +128 -0
  604. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/mmffs_tor.par +939 -0
  605. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/mmffstbn.par +292 -0
  606. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/mmfftor.par +938 -0
  607. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/mmffvdw.par +105 -0
  608. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/mpC.txt +177 -0
  609. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/mr.txt +168 -0
  610. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/patterns.txt +76 -0
  611. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/phmodel.txt +180 -0
  612. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/plugindefines.txt +75 -0
  613. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/psa.txt +68 -0
  614. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/qeq.txt +116 -0
  615. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/resdata.txt +1139 -0
  616. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/rigid-fragments-index.txt +4647 -0
  617. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/rigid-fragments.txt +61289 -0
  618. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/ring-fragments.txt +33785 -0
  619. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/ringtyp.txt +71 -0
  620. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/space-groups.txt +9640 -0
  621. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/splash.png +0 -0
  622. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/superatom.txt +227 -0
  623. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/svgformat.script +51 -0
  624. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/templates.sdf +51 -0
  625. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/torlib.txt +231 -0
  626. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/torsion.txt +1563 -0
  627. data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/types.txt +214 -0
  628. data/lib/openbabel/3.4.0/libinchi.so +0 -0
  629. data/lib/openbabel/3.4.0/libinchi.so.0 +0 -0
  630. data/lib/openbabel/3.4.0/libinchi.so.0.4.1 +0 -0
  631. data/lib/openbabel/3.4.0/libopenbabel.so +0 -0
  632. data/lib/openbabel/3.4.0/libopenbabel.so.7 +0 -0
  633. data/lib/openbabel/3.4.0/libopenbabel.so.7.0.0 +0 -0
  634. data/lib/openbabel/3.4.0/openbabel.so +0 -0
  635. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/APIInterface.so +0 -0
  636. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/CSRformat.so +0 -0
  637. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/MCDLformat.so +0 -0
  638. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/MNAformat.so +0 -0
  639. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/PQSformat.so +0 -0
  640. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/abinitformat.so +0 -0
  641. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/acesformat.so +0 -0
  642. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/acrformat.so +0 -0
  643. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/adfformat.so +0 -0
  644. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/alchemyformat.so +0 -0
  645. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/amberformat.so +0 -0
  646. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/aoforceformat.so +0 -0
  647. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/asciiformat.so +0 -0
  648. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/balstformat.so +0 -0
  649. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/bgfformat.so +0 -0
  650. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/boxformat.so +0 -0
  651. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/cacaoformat.so +0 -0
  652. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/cacheformat.so +0 -0
  653. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/carformat.so +0 -0
  654. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/castepformat.so +0 -0
  655. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/cccformat.so +0 -0
  656. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/cdxmlformat.so +0 -0
  657. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/chem3dformat.so +0 -0
  658. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/chemdoodlejsonformat.so +0 -0
  659. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/chemdrawcdx.so +0 -0
  660. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/chemdrawct.so +0 -0
  661. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/chemicaljsonformat.so +0 -0
  662. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/chemkinformat.so +0 -0
  663. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/chemtoolformat.so +0 -0
  664. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/cifformat.so +0 -0
  665. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/cmlformat.so +0 -0
  666. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/cmlreactformat.so +0 -0
  667. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/cofformat.so +0 -0
  668. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/confabreport.so +0 -0
  669. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/copyformat.so +0 -0
  670. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/crkformat.so +0 -0
  671. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/crystal09format.so +0 -0
  672. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/cssrformat.so +0 -0
  673. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/daltonformat.so +0 -0
  674. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/dlpolyformat.so +0 -0
  675. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/dmolformat.so +0 -0
  676. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/exyzformat.so +0 -0
  677. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/fastaformat.so +0 -0
  678. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/fastsearchformat.so +0 -0
  679. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/fchkformat.so +0 -0
  680. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/featformat.so +0 -0
  681. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/fhformat.so +0 -0
  682. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/fhiaimsformat.so +0 -0
  683. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/fingerprintformat.so +0 -0
  684. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/fpsformat.so +0 -0
  685. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/freefracformat.so +0 -0
  686. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/gamessformat.so +0 -0
  687. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/gamessukformat.so +0 -0
  688. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/gausscubeformat.so +0 -0
  689. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/gaussformat.so +0 -0
  690. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/gausszmatformat.so +0 -0
  691. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/ghemicalformat.so +0 -0
  692. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/groformat.so +0 -0
  693. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/gromos96format.so +0 -0
  694. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/gulpformat.so +0 -0
  695. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/hinformat.so +0 -0
  696. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/inchiformat.so +0 -0
  697. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/jaguarformat.so +0 -0
  698. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/lmpdatformat.so +0 -0
  699. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/lpmdformat.so +0 -0
  700. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/mdffformat.so +0 -0
  701. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/mdlformat.so +0 -0
  702. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/mmcifformat.so +0 -0
  703. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/mmodformat.so +0 -0
  704. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/mol2format.so +0 -0
  705. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/moldenformat.so +0 -0
  706. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/molproformat.so +0 -0
  707. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/molreport.so +0 -0
  708. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/mopacformat.so +0 -0
  709. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/mpdformat.so +0 -0
  710. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/mpqcformat.so +0 -0
  711. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/msiformat.so +0 -0
  712. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/msmsformat.so +0 -0
  713. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/nulformat.so +0 -0
  714. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/nwchemformat.so +0 -0
  715. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/opendxformat.so +0 -0
  716. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/orcaformat.so +0 -0
  717. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/outformat.so +0 -0
  718. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/painterformat.so +0 -0
  719. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pcmodelformat.so +0 -0
  720. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pdbformat.so +0 -0
  721. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pdbqtformat.so +0 -0
  722. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/plugin_charges.so +0 -0
  723. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/plugin_descriptors.so +0 -0
  724. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/plugin_fingerprints.so +0 -0
  725. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/plugin_forcefields.so +0 -0
  726. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/plugin_ops.so +0 -0
  727. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/png2format.so +0 -0
  728. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pngformat.so +0 -0
  729. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pointcloudformat.so +0 -0
  730. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/posformat.so +0 -0
  731. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/povrayformat.so +0 -0
  732. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pqrformat.so +0 -0
  733. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pubchem.so +0 -0
  734. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pubchemjsonformat.so +0 -0
  735. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pwscfformat.so +0 -0
  736. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/qchemformat.so +0 -0
  737. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/reportformat.so +0 -0
  738. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/rinchiformat.so +0 -0
  739. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/rsmiformat.so +0 -0
  740. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/rxnformat.so +0 -0
  741. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/shelxformat.so +0 -0
  742. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/siestaformat.so +0 -0
  743. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/smilesformat.so +0 -0
  744. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/smileyformat.so +0 -0
  745. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/stlformat.so +0 -0
  746. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/svgformat.so +0 -0
  747. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/textformat.so +0 -0
  748. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/thermoformat.so +0 -0
  749. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/tinkerformat.so +0 -0
  750. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/titleformat.so +0 -0
  751. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/turbomoleformat.so +0 -0
  752. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/unichemformat.so +0 -0
  753. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/vaspformat.so +0 -0
  754. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/viewmolformat.so +0 -0
  755. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/wlnformat.so +0 -0
  756. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/xedformat.so +0 -0
  757. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/xmlformat.so +0 -0
  758. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/xsfformat.so +0 -0
  759. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/xyzformat.so +0 -0
  760. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/yasaraformat.so +0 -0
  761. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/zindoformat.so +0 -0
  762. data/lib/openbabel/version.rb +4 -0
  763. data/lib/openbabel.rb +83 -0
  764. metadata +812 -0
data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmffdfsb.par ADDED
@@ -0,0 +1,39 @@
1
+ *
2
+ * Copyright (c) Merck and Co., Inc., 1994
3
+ * All Rights Reserved
4
+ *
5
+ * MMFF Default Stretch-Bend Parameters
6
+ * Row in
7
+ * Periodic Table
8
+ * IR JR KR F(I_J,K) F(K_J,I)
9
+ 0 1 0 0.15 0.15
10
+ 0 1 1 0.10 0.30
11
+ 0 1 2 0.05 0.35
12
+ 0 1 3 0.05 0.35
13
+ 0 1 4 0.05 0.35
14
+ 0 2 0 0.00 0.00
15
+ 0 2 1 0.00 0.15
16
+ 0 2 2 0.00 0.15
17
+ 0 2 3 0.00 0.15
18
+ 0 2 4 0.00 0.15
19
+ 1 1 1 0.30 0.30
20
+ 1 1 2 0.30 0.50
21
+ 1 1 3 0.30 0.50
22
+ 1 1 4 0.30 0.50
23
+ 2 1 2 0.50 0.50
24
+ 2 1 3 0.50 0.50
25
+ 2 1 4 0.50 0.50
26
+ 3 1 3 0.50 0.50
27
+ 3 1 4 0.50 0.50
28
+ 4 1 4 0.50 0.50
29
+ 1 2 1 0.30 0.30
30
+ 1 2 2 0.25 0.25
31
+ 1 2 3 0.25 0.25
32
+ 1 2 4 0.25 0.25
33
+ 2 2 2 0.25 0.25
34
+ 2 2 3 0.25 0.25
35
+ 2 2 4 0.25 0.25
36
+ 3 2 3 0.25 0.25
37
+ 3 2 4 0.25 0.25
38
+ 4 2 4 0.25 0.25
39
+ $
data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmffoop.par ADDED
@@ -0,0 +1,127 @@
1
+ *
2
+ * Copyright (c) Merck and Co., Inc., 1994
3
+ * All Rights Reserved
4
+ *
5
+ * MMFF OUT-OF-PLANE PARAMETERS- Rev: 15-OCT-93 Source: MMFF94
6
+ * C94 - CORE MMFF94 parameter, from fits to HF/6-31G* 2nd D's
7
+ * #C94 - Value adjusted from CORE MMFF93 value
8
+ *
9
+ * MMFF atom types koop Source
10
+ 1 2 1 2 0.030 C94
11
+ 1 2 2 2 0.027 C94
12
+ 1 2 2 3 0.026 C94
13
+ 1 2 2 5 0.013 C94
14
+ 1 2 2 37 0.032 C94
15
+ 2 2 2 5 0.013 C94
16
+ 2 2 3 5 0.012 C94
17
+ 2 2 5 5 0.006 C94
18
+ 2 2 5 6 0.027 C94
19
+ 2 2 5 37 0.017 C94
20
+ 2 2 5 40 0.012 C94
21
+ 2 2 5 41 0.008 C94
22
+ 0 2 0 0 0.020 *-2-*-* C94 DEF
23
+ 1 3 1 7 0.146 C94
24
+ 1 3 2 7 0.138 C94
25
+ 1 3 3 7 0.134 C94
26
+ 1 3 5 7 0.122 C94
27
+ 1 3 6 7 0.141 C94
28
+ 1 3 7 10 0.129 C94
29
+ 1 3 7 37 0.138 C94
30
+ 2 3 5 7 0.113 C94
31
+ 2 3 5 9 0.081 C94
32
+ 2 3 6 7 0.127 C94
33
+ 2 3 7 10 0.116 C94
34
+ 3 3 5 7 0.113 C94
35
+ 3 3 6 7 0.127 C94
36
+ 5 3 5 7 0.103 C94
37
+ 5 3 5 9 0.074 C94
38
+ 5 3 5 54 0.078 C94
39
+ 5 3 6 7 0.119 C94
40
+ 5 3 7 10 0.102 C94
41
+ 5 3 9 40 0.067 C94
42
+ 6 3 7 37 0.127 C94
43
+ 7 3 10 10 0.113 C94
44
+ 7 3 20 20 0.151 C94
45
+ 9 3 40 40 0.057 C94
46
+ 0 3 0 0 0.130 *-3-*-* C94 DEF
47
+ 0 8 0 0 0.000 *-8-*-* C94 DEF
48
+ 1 10 1 3 -0.02 #C94 (C93=-0.034)
49
+ 1 10 3 6 -0.033 C94
50
+ 1 10 3 28 -0.02 #C94 (C93=-0.030)
51
+ 3 10 3 28 -0.030 C94
52
+ 3 10 28 28 -0.019 C94
53
+ 0 10 0 0 -0.020 *-10-*-* C94 DEF
54
+ 0 17 0 0 0.000 *-17-*-* E94 DEF
55
+ 0 26 0 0 0.000 *-26-*-* CE4 DEF
56
+ 5 30 20 30 0.008 C94
57
+ 0 30 0 0 0.010 *-30-*-* C94 DEF
58
+ 1 37 37 37 0.040 C94
59
+ 2 37 37 37 0.031 C94
60
+ 3 37 37 37 0.027 C94
61
+ 5 37 37 37 0.015 C94
62
+ 5 37 37 38 0.046 C94
63
+ 5 37 37 63 0.008 C94
64
+ 5 37 37 64 0.012 C94
65
+ 5 37 37 69 0.016 C94
66
+ 5 37 38 38 0.084 C94
67
+ 6 37 37 37 0.048 C94
68
+ 15 37 37 37 0.025 C94
69
+ 37 37 37 40 0.046 C94
70
+ 0 37 0 0 0.035 *-37-*-* C94 DEF
71
+ 1 39 63 63 0.012 C94
72
+ 23 39 63 63 -0.014 C94
73
+ 23 39 63 65 0.021 C94
74
+ 23 39 65 65 0.062 C94
75
+ 0 39 0 0 0.020 *-39-*-* C94 DEF
76
+ 1 40 28 37 -0.006 C94
77
+ 2 40 28 28 -0.007 C94
78
+ 3 40 28 28 -0.007 C94
79
+ 28 40 28 37 0.004 C94
80
+ 0 40 0 0 -0.005 *-40-*-* C94 DEF
81
+ 1 41 32 32 0.178 C94
82
+ 2 41 32 32 0.161 C94
83
+ 5 41 32 32 0.158 C94
84
+ 0 41 0 0 0.180 *-41-*-* C94 DEF
85
+ 0 43 0 0 0.000 *-43-*-* E94 DEF
86
+ 0 45 0 0 0.150 *-45-*-* E94 DEF
87
+ 50 49 50 50 0.000 #C94
88
+ 0 49 0 0 0.000 *-49-*-* E94 DEF
89
+ 1 54 3 36 0.016 C94
90
+ 3 54 36 36 0.018 C94
91
+ 0 54 0 0 0.020 *-54-*-* C94 DEF
92
+ 1 55 36 57 0.020 #C94
93
+ 36 55 36 57 0.020 #C94
94
+ 0 55 0 0 0.020 *-55-*-* C94 DEF
95
+ 1 56 36 57 0.020 #C94
96
+ 36 56 36 57 0.020 #C94
97
+ 0 56 0 0 0.020 *-56-*-* C94 DEF
98
+ 5 57 55 55 0.038 C94
99
+ 56 57 56 56 0.158 C94
100
+ 0 57 0 0 0.080 *-57-*-* C94 DEF
101
+ 0 58 0 0 0.025 *-58-*-* E94 DEF
102
+ 5 63 39 64 0.019 C94
103
+ 5 63 39 66 0.068 C94
104
+ 5 63 44 64 0.014 C94
105
+ 5 63 44 66 0.055 C94
106
+ 5 63 59 64 0.033 C94
107
+ 5 63 59 66 0.085 C94
108
+ 37 63 39 64 0.010 C94
109
+ 0 63 0 0 0.050 *-63-*-* C94 DEF
110
+ 5 64 63 64 0.006 C94
111
+ 5 64 63 66 0.043 C94
112
+ 5 64 64 65 0.052 C94
113
+ 5 64 65 66 0.094 C94
114
+ 37 64 63 64 -0.011 C94
115
+ 0 64 0 0 0.040 *-64-*-* C94 DEF
116
+ 0 67 0 0 0.070 *-67-*-* E94 DEF
117
+ 32 69 37 37 0.067 C94
118
+ 0 69 0 0 0.070 *-69-*-* C94 DEF
119
+ 0 73 0 0 0.000 *-73-*-* E94 DEF
120
+ 5 78 78 81 0.046 C94
121
+ 0 78 0 0 0.045 *-78-*-* C94 DEF
122
+ 5 80 81 81 0.057 C94
123
+ 0 80 0 0 0.080 *-80-*-* C94 DEF
124
+ 36 81 78 80 0.016 C94
125
+ 0 81 0 0 0.025 *-81-*-* C94 DEF
126
+ 0 82 0 0 0.000 *-82-*-* E94 DEF
127
+ $
data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmffpbci.par ADDED
@@ -0,0 +1,106 @@
1
+ *
2
+ * Copyright (c) Merck and Co., Inc., 1994
3
+ * All Rights Reserved
4
+ *
5
+ * MMFF Partial Bond Charge Incs and Formal-Charge Adj. Factors: 19-MAY-1994
6
+ *
7
+ * type pbci fcadj Origin/Comment
8
+ 0 1 0.000 0.000 Fitted default
9
+ 0 2 -0.135 0.000 Fitted default
10
+ 0 3 -0.095 0.000 Fitted default
11
+ 0 4 -0.200 0.000 Fitted default
12
+ 0 5 -0.023 0.000 Fitted default
13
+ 0 6 -0.243 0.000 Fitted default
14
+ 0 7 -0.687 0.000 Fitted default
15
+ 0 8 -0.253 0.000 Fitted default
16
+ 0 9 -0.306 0.000 Fitted default
17
+ 0 10 -0.244 0.000 Fitted default
18
+ 0 11 -0.317 0.000 Fitted default
19
+ 0 12 -0.304 0.000 Fitted default
20
+ 0 13 -0.238 0.000 Fitted default
21
+ 0 14 -0.208 0.000 Fitted default
22
+ 0 15 -0.236 0.000 Fitted default
23
+ 0 16 -0.475 0.000 Fitted default
24
+ 0 17 -0.191 0.000 Fitted default
25
+ 0 18 -0.118 0.000 Fitted default
26
+ 0 19 0.094 0.000 Fitted default
27
+ 0 20 -0.019 0.000 Fitted default
28
+ 0 21 0.157 0.000 Fitted default
29
+ 0 22 -0.095 0.000 Fitted default
30
+ 0 23 0.193 0.000 Fitted default
31
+ 0 24 0.257 0.000 Fitted default
32
+ 0 25 0.012 0.000 Fitted default
33
+ 0 26 -0.142 0.000 Fitted default
34
+ 0 27 0.094 0.000 Fitted default
35
+ 0 28 0.058 0.000 Fitted default
36
+ 0 29 0.207 0.000 Fitted default
37
+ 0 30 -0.166 0.000 Fitted default
38
+ 0 31 0.161 0.000 Fitted default
39
+ 0 32 -0.732 0.500 Fitted default
40
+ 0 33 0.257 0.000 Fitted default
41
+ 0 34 -0.491 0.000 Fitted default
42
+ 0 35 -0.456 0.500 Fitted default
43
+ 0 36 -0.031 0.000 Fitted default
44
+ 0 37 -0.127 0.000 Fitted default
45
+ 0 38 -0.437 0.000 Fitted default
46
+ 0 39 -0.104 0.000 Fitted default
47
+ 0 40 -0.264 0.000 Fitted default
48
+ 0 41 0.052 0.000 Fitted default
49
+ 0 42 -0.757 0.000 Fitted default
50
+ 0 43 -0.326 0.000 Fitted default
51
+ 0 44 -0.237 0.000 Fitted default
52
+ 0 45 -0.260 0.000 Fitted default
53
+ 0 46 -0.429 0.000 Fitted default
54
+ 0 47 -0.418 0.000 Fitted default
55
+ 0 48 -0.525 0.000 Fitted default
56
+ 0 49 -0.283 0.000 Fitted default
57
+ 0 50 0.284 0.000 Fitted default
58
+ 0 51 -1.046 0.000 Fitted default
59
+ 0 52 -0.546 0.000 Fitted default
60
+ 0 53 -0.048 0.000 Fitted default
61
+ 0 54 -0.424 0.000 Fitted default
62
+ 0 55 -0.476 0.000 Fitted default
63
+ 0 56 -0.438 0.000 Fitted default
64
+ 0 57 -0.105 0.000 Fitted default
65
+ 0 58 -0.488 0.000 Fitted default
66
+ 0 59 -0.337 0.000 Fitted default
67
+ 0 60 -0.635 0.000 Fitted default
68
+ 0 61 -0.265 0.000 Fitted default
69
+ 0 62 -0.125 0.250 Fitted default
70
+ 0 63 -0.180 0.000 Fitted default
71
+ 0 64 -0.181 0.000 Fitted default
72
+ 0 65 -0.475 0.000 Fitted default
73
+ 0 66 -0.467 0.000 Fitted default
74
+ 0 67 -0.099 0.000 == 69
75
+ 0 68 -0.135 0.000 Fitted default
76
+ 0 69 -0.099 0.000 Fitted default
77
+ 0 70 -0.269 0.000 Fitted default
78
+ 0 71 -0.071 0.000 Fitted default
79
+ 0 72 -0.580 0.500 Fitted default
80
+ 0 73 -0.200 0.000 Fitted default
81
+ 0 74 -0.301 0.000 Fitted default
82
+ 0 75 -0.255 0.000 Fitted default
83
+ 0 76 -0.568 0.250 Fitted default
84
+ 0 77 -0.282 0.000 Fitted default
85
+ 0 78 -0.168 0.000 Fitted default
86
+ 0 79 -0.471 0.000 == (65+66)/2
87
+ 0 80 -0.144 0.000 Fitted default
88
+ 0 81 -0.514 0.000 Fitted default
89
+ 0 82 -0.099 0.000 == 69
90
+ 0 83 0.000 0.000 Unused
91
+ 0 84 0.000 0.000 Unused
92
+ 0 85 0.000 0.000 Unused
93
+ 0 86 0.000 0.000 Unused
94
+ 0 87 0.000 0.000 Unused
95
+ 0 88 0.000 0.000 Unused
96
+ 0 89 0.000 0.000 Unused
97
+ 0 90 0.000 0.000 Unused
98
+ 0 91 0.000 0.000 Unused
99
+ 0 92 1.000 0.000 Ionic charge
100
+ 0 93 1.000 0.000 Ionic charge
101
+ 0 94 1.000 0.000 Ionic charge
102
+ 0 95 2.000 0.000 Ionic charge
103
+ 0 96 2.000 0.000 Ionic charge
104
+ 0 97 1.000 0.000 Ionic charge
105
+ 0 98 2.000 0.000 Ionic charge
106
+ $
data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmffprop.par ADDED
@@ -0,0 +1,103 @@
1
+ *
2
+ * Copyright (c) Merck and Co., Inc., 1993
3
+ * All Rights Reserved
4
+ *
5
+ * MMFFPROP - MMFF atom-type properties
6
+ *
7
+ * atype aspec crd val pilp mltb arom lin sbmb
8
+ 1 6 4 4 0 0 0 0 0
9
+ 2 6 3 4 0 2 0 0 1
10
+ 3 6 3 4 0 2 0 0 1
11
+ 4 6 2 4 0 3 0 1 1
12
+ 5 1 1 1 0 0 0 0 0
13
+ 6 8 2 2 1 0 0 0 0
14
+ 7 8 1 2 0 2 0 0 0
15
+ 8 7 3 3 1 0 0 0 0
16
+ 9 7 2 3 0 2 0 0 1
17
+ 10 7 3 3 1 1 0 0 0
18
+ 11 9 1 1 1 0 0 0 0
19
+ 12 17 1 1 1 0 0 0 0
20
+ 13 35 1 1 1 0 0 0 0
21
+ 14 53 1 1 1 0 0 0 0
22
+ 15 16 2 2 1 0 0 0 0
23
+ 16 16 1 2 0 2 0 0 0
24
+ 17 16 3 4 0 2 0 0 0
25
+ 18 16 4 4 0 0 0 0 0
26
+ 19 14 4 4 0 0 0 0 0
27
+ 20 6 4 4 0 0 0 0 0
28
+ 21 1 1 1 0 0 0 0 0
29
+ 22 6 4 4 0 0 0 0 0
30
+ 23 1 1 1 0 0 0 0 0
31
+ 24 1 1 1 0 0 0 0 0
32
+ 25 15 4 4 0 0 0 0 0
33
+ 26 15 3 3 1 0 0 0 0
34
+ 27 1 1 1 0 0 0 0 0
35
+ 28 1 1 1 0 0 0 0 0
36
+ 29 1 1 1 0 0 0 0 0
37
+ 30 6 3 4 0 2 0 0 1
38
+ 31 1 1 1 0 0 0 0 0
39
+ 32 8 1 12 1 1 0 0 0
40
+ 33 1 1 1 0 0 0 0 0
41
+ 34 7 4 4 0 0 0 0 0
42
+ 35 8 1 1 1 1 0 0 0
43
+ 36 1 1 1 0 0 0 0 0
44
+ 37 6 3 4 0 2 1 0 1
45
+ 38 7 2 3 0 2 1 0 0
46
+ 39 7 3 3 1 1 1 0 1
47
+ 40 7 3 3 1 0 0 0 0
48
+ 41 6 3 4 0 1 0 0 0
49
+ 42 7 1 3 0 3 0 0 0
50
+ 43 7 3 3 1 0 0 0 0
51
+ 44 16 2 2 1 1 1 0 0
52
+ 45 7 3 4 0 2 0 0 0
53
+ 46 7 2 3 0 2 0 0 0
54
+ 47 7 1 2 0 2 0 0 0
55
+ 48 7 2 2 0 0 0 0 0
56
+ 49 8 3 3 0 0 0 0 0
57
+ 50 1 1 1 0 0 0 0 0
58
+ 51 8 2 3 0 2 0 0 0
59
+ 52 1 1 1 0 0 0 0 0
60
+ 53 7 2 4 0 2 0 1 0
61
+ 54 7 3 4 0 2 0 0 1
62
+ 55 7 3 34 0 1 0 0 0
63
+ 56 7 3 34 0 1 0 0 0
64
+ 57 6 3 4 0 2 0 0 1
65
+ 58 7 3 4 0 1 1 0 1
66
+ 59 8 2 2 1 1 1 0 0
67
+ 60 6 1 3 0 3 0 0 0
68
+ 61 7 2 4 0 3 0 1 0
69
+ 62 7 2 2 1 0 0 0 0
70
+ 63 6 3 4 0 2 1 0 1
71
+ 64 6 3 4 0 2 1 0 1
72
+ 65 7 2 3 0 2 1 0 0
73
+ 66 7 2 3 0 2 1 0 0
74
+ 67 7 3 4 0 2 0 0 1
75
+ 68 7 4 4 0 0 0 0 0
76
+ 69 7 3 4 0 1 1 0 0
77
+ 70 8 2 2 1 0 0 0 0
78
+ 71 1 1 1 0 0 0 0 0
79
+ 72 16 1 1 1 1 0 0 0
80
+ 73 16 3 3 0 0 0 0 0
81
+ 74 16 2 4 0 2 0 0 0
82
+ 75 15 2 3 0 2 0 0 1
83
+ 76 7 2 2 1 0 0 0 0
84
+ 77 17 4 4 0 0 0 0 0
85
+ 78 6 3 4 0 2 1 0 1
86
+ 79 7 2 3 0 2 1 0 0
87
+ 80 6 3 4 0 2 0 0 1
88
+ 81 7 3 4 0 1 1 0 1
89
+ 82 7 3 4 0 1 1 0 0
90
+ 87 26 0 0 0 0 0 0 0
91
+ 88 26 0 0 0 0 0 0 0
92
+ 89 9 0 0 0 0 0 0 0
93
+ 90 17 0 0 0 0 0 0 0
94
+ 91 35 0 0 0 0 0 0 0
95
+ 92 3 0 0 0 0 0 0 0
96
+ 93 11 0 0 0 0 0 0 0
97
+ 94 19 0 0 0 0 0 0 0
98
+ 95 30 0 0 0 0 0 0 0
99
+ 96 20 0 0 0 0 0 0 0
100
+ 97 29 0 0 0 0 0 0 0
101
+ 98 29 0 0 0 0 0 0 0
102
+ 99 12 0 0 0 0 0 0 0
103
+ $
data/lib/openbabel/3.2.0/data/3.1.1/mmffs_oop.par ADDED
@@ -0,0 +1,128 @@
1
+ *
2
+ * Copyright (c) Merck and Co., Inc., 1994,1995,1996,1997,1998,1999
3
+ * All Rights Reserved
4
+ *
5
+ * MMFF94s OUT-OF-PLANE PARAMETERS
6
+ * C94 - CORE MMFF94 parameter, from fits to HF/6-31G* 2nd D's
7
+ * C94S - CORE MMFF94s parameter,adjusted to promote planarity
8
+ * #C94 - Value adjusted from CORE MMFF94 value
9
+ *
10
+ * MMFF atom types koop Source
11
+ 1 2 1 2 0.030 C94
12
+ 1 2 2 2 0.027 C94
13
+ 1 2 2 3 0.026 C94
14
+ 1 2 2 5 0.013 C94
15
+ 1 2 2 37 0.032 C94
16
+ 2 2 2 5 0.013 C94
17
+ 2 2 3 5 0.012 C94
18
+ 2 2 5 5 0.006 C94
19
+ 2 2 5 6 0.027 C94
20
+ 2 2 5 37 0.017 C94
21
+ 2 2 5 40 0.012 C94
22
+ 2 2 5 41 0.008 C94
23
+ 0 2 0 0 0.020 *-2-*-* C94 DEF
24
+ 1 3 1 7 0.146 C94
25
+ 1 3 2 7 0.138 C94
26
+ 1 3 3 7 0.134 C94
27
+ 1 3 5 7 0.122 C94
28
+ 1 3 6 7 0.141 C94
29
+ 1 3 7 10 0.129 C94
30
+ 1 3 7 37 0.138 C94
31
+ 2 3 5 7 0.113 C94
32
+ 2 3 5 9 0.081 C94
33
+ 2 3 6 7 0.127 C94
34
+ 2 3 7 10 0.116 C94
35
+ 3 3 5 7 0.113 C94
36
+ 3 3 6 7 0.127 C94
37
+ 5 3 5 7 0.103 C94
38
+ 5 3 5 9 0.074 C94
39
+ 5 3 5 54 0.078 C94
40
+ 5 3 6 7 0.119 C94
41
+ 5 3 7 10 0.102 C94
42
+ 5 3 9 40 0.067 C94
43
+ 6 3 7 37 0.127 C94
44
+ 7 3 10 10 0.113 C94
45
+ 7 3 20 20 0.151 C94
46
+ 9 3 40 40 0.057 C94
47
+ 0 3 0 0 0.130 *-3-*-* C94 DEF
48
+ 0 8 0 0 0.000 *-8-*-* C94 DEF
49
+ 1 10 1 3 0.015 C94S
50
+ 1 10 3 6 0.015 C94
51
+ 1 10 3 28 0.015 C94S
52
+ 3 10 3 28 0.015 C94S
53
+ 3 10 28 28 0.015 C94S
54
+ 0 10 0 0 0.015 *-10-*-* C94S DEF
55
+ 0 17 0 0 0.000 *-17-*-* E94 DEF
56
+ 0 26 0 0 0.000 *-26-*-* CE4 DEF
57
+ 5 30 20 30 0.008 C94
58
+ 0 30 0 0 0.010 *-30-*-* C94 DEF
59
+ 1 37 37 37 0.040 C94
60
+ 2 37 37 37 0.031 C94
61
+ 3 37 37 37 0.027 C94
62
+ 5 37 37 37 0.015 C94
63
+ 5 37 37 38 0.046 C94
64
+ 5 37 37 63 0.008 C94
65
+ 5 37 37 64 0.012 C94
66
+ 5 37 37 69 0.016 C94
67
+ 5 37 38 38 0.084 C94
68
+ 6 37 37 37 0.048 C94
69
+ 15 37 37 37 0.025 C94
70
+ 37 37 37 40 0.046 C94
71
+ 0 37 0 0 0.035 *-37-*-* C94 DEF
72
+ 1 39 63 63 0.012 C94
73
+ 23 39 63 63 -0.014 C94
74
+ 23 39 63 65 0.021 C94
75
+ 23 39 65 65 0.062 C94
76
+ 0 39 0 0 0.020 *-39-*-* C94 DEF
77
+ 1 40 28 37 0.030 C94S
78
+ 2 40 28 28 0.030 C94S
79
+ 3 40 28 28 0.030 C94S
80
+ 28 40 28 37 0.030 C94S
81
+ 0 40 0 0 0.030 *-40-*-* C94S DEF
82
+ 1 41 32 32 0.178 C94
83
+ 2 41 32 32 0.161 C94
84
+ 5 41 32 32 0.158 C94
85
+ 0 41 0 0 0.180 *-41-*-* C94 DEF
86
+ 0 43 0 0 0.000 *-43-*-* E94 DEF
87
+ 0 45 0 0 0.150 *-45-*-* E94 DEF
88
+ 50 49 50 50 0.000 #C94
89
+ 0 49 0 0 0.000 *-49-*-* E94 DEF
90
+ 1 54 3 36 0.016 C94
91
+ 3 54 36 36 0.018 C94
92
+ 0 54 0 0 0.020 *-54-*-* C94 DEF
93
+ 1 55 36 57 0.020 #C94
94
+ 36 55 36 57 0.020 #C94
95
+ 0 55 0 0 0.020 *-55-*-* C94 DEF
96
+ 1 56 36 57 0.020 #C94
97
+ 36 56 36 57 0.020 #C94
98
+ 0 56 0 0 0.020 *-56-*-* C94 DEF
99
+ 5 57 55 55 0.038 C94
100
+ 56 57 56 56 0.158 C94
101
+ 0 57 0 0 0.080 *-57-*-* C94 DEF
102
+ 0 58 0 0 0.025 *-58-*-* E94 DEF
103
+ 5 63 39 64 0.019 C94
104
+ 5 63 39 66 0.068 C94
105
+ 5 63 44 64 0.014 C94
106
+ 5 63 44 66 0.055 C94
107
+ 5 63 59 64 0.033 C94
108
+ 5 63 59 66 0.085 C94
109
+ 37 63 39 64 0.010 C94
110
+ 0 63 0 0 0.050 *-63-*-* C94 DEF
111
+ 5 64 63 64 0.006 C94
112
+ 5 64 63 66 0.043 C94
113
+ 5 64 64 65 0.052 C94
114
+ 5 64 65 66 0.094 C94
115
+ 37 64 63 64 -0.011 C94
116
+ 0 64 0 0 0.040 *-64-*-* C94 DEF
117
+ 0 67 0 0 0.070 *-67-*-* E94 DEF
118
+ 32 69 37 37 0.067 C94
119
+ 0 69 0 0 0.070 *-69-*-* C94 DEF
120
+ 0 73 0 0 0.000 *-73-*-* E94 DEF
121
+ 5 78 78 81 0.046 C94
122
+ 0 78 0 0 0.045 *-78-*-* C94 DEF
123
+ 5 80 81 81 0.057 C94
124
+ 0 80 0 0 0.080 *-80-*-* C94 DEF
125
+ 36 81 78 80 0.016 C94
126
+ 0 81 0 0 0.025 *-81-*-* C94 DEF
127
+ 0 82 0 0 0.000 *-82-*-* E94 DEF
128
+ $