openbabel-ruby 3.1.1.2-aarch64-linux

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  713. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/nulformat.so +0 -0
  714. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/nwchemformat.so +0 -0
  715. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/opendxformat.so +0 -0
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  717. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/outformat.so +0 -0
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  720. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/pdbformat.so +0 -0
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  748. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/thermoformat.so +0 -0
  749. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/tinkerformat.so +0 -0
  750. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/titleformat.so +0 -0
  751. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/turbomoleformat.so +0 -0
  752. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/unichemformat.so +0 -0
  753. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/vaspformat.so +0 -0
  754. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/viewmolformat.so +0 -0
  755. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/wlnformat.so +0 -0
  756. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/xedformat.so +0 -0
  757. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/xmlformat.so +0 -0
  758. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/xsfformat.so +0 -0
  759. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/xyzformat.so +0 -0
  760. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/yasaraformat.so +0 -0
  761. data/lib/openbabel/3.4.0/plugins/zindoformat.so +0 -0
  762. data/lib/openbabel/version.rb +4 -0
  763. data/lib/openbabel.rb +83 -0
  764. metadata +812 -0
data/lib/openbabel/3.4.0/data/3.1.1/resdata.txt ADDED
@@ -0,0 +1,1139 @@
1
+ ##############################################################################
2
+ # #
3
+ # Open Babel file: resdata.txt #
4
+ # #
5
+ # Copyright (c) 1998-2001 by OpenEye Scientific Software, Inc. #
6
+ # Some portions Copyright (c) 2001-2003 by Geoffrey R. Hutchison #
7
+ # Part of the Open Babel package, under the GNU General Public License (GPL)#
8
+ # #
9
+ # Residue records are specified as follows: (used by data.cpp:OBResidueData)#
10
+ # RES <name> #
11
+ # ATOM Name Type Hybridization (hydrogens are implicit) #
12
+ # BOND Name1 Name2 BondOrder (where Name1, Name2 are ATOM records) #
13
+ # END #
14
+ # #
15
+ ##############################################################################
16
+
17
+ RES ALA
18
+ ATOM CA C3 3
19
+ ATOM N Nam 2
20
+ ATOM CB C3 3
21
+ ATOM C Cac 2
22
+ ATOM O O2 2
23
+ BOND CA N 1
24
+ BOND CA CB 1
25
+ BOND CA C 1
26
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27
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28
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29
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30
+ BOND 1HB CB 1
31
+ BOND 2HB CB 1
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+ BOND 3HB CB 1
33
+ END
34
+
35
+ RES ARG
36
+ ATOM CA C3 3
37
+ ATOM N Nam 2
38
+ ATOM CB C3 3
39
+ ATOM C Cac 2
40
+ ATOM O O2 2
41
+ ATOM CG C3 3
42
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43
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44
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45
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47
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48
+ BOND CA CB 1
49
+ BOND CA C 1
50
+ BOND C O 2
51
+ BOND CB CG 1
52
+ BOND CG CD 1
53
+ BOND CD NE 1
54
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55
+ BOND CZ NH2 2
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+ BOND NH2 1HH2 1
63
+ BOND NH2 2HH2 1
64
+ BOND NH1 HH1 1
65
+ BOND NH2 HH2 1
66
+ BOND HA CA 1
67
+ BOND 1HB CB 1
68
+ BOND 2HB CB 1
69
+ BOND 1HD CD 1
70
+ BOND 2HD CD 1
71
+ BOND 1HG CG 1
72
+ BOND 2HG CG 1
73
+ END
74
+
75
+ RES ARZ
76
+ ATOM CA C3 3
77
+ ATOM N Nam 2
78
+ ATOM CB C3 3
79
+ ATOM C Cac 2
80
+ ATOM O O2 2
81
+ ATOM CG C3 3
82
+ ATOM CD C3 3
83
+ ATOM NE Ng+ 2
84
+ ATOM CZ C+ 2
85
+ ATOM NH2 Ng+ 2
86
+ ATOM NH1 Ng+ 2
87
+ BOND CA N 1
88
+ BOND CA CB 1
89
+ BOND CA C 1
90
+ BOND C O 2
91
+ BOND CB CG 1
92
+ BOND CG CD 1
93
+ BOND CD NE 1
94
+ BOND NE CZ 1
95
+ BOND CZ NH2 1
96
+ BOND CZ NH1 2
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+ BOND N H 1
98
+ BOND N HN 1
99
+ BOND NH1 HH1 1
100
+ BOND NE HE 1
101
+ BOND NH2 1HH2 1
102
+ BOND NH2 2HH2 1
103
+ END
104
+
105
+ RES ASN
106
+ ATOM CA C3 3
107
+ ATOM N Nam 2
108
+ ATOM CB C3 3
109
+ ATOM C Cac 2
110
+ ATOM O O2 2
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+ ATOM CG C3 3
112
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113
+ ATOM OD1 O2 2
114
+ BOND CA N 1
115
+ BOND CA CB 1
116
+ BOND CA C 1
117
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118
+ BOND CB CG 1
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+ BOND HA CA 1
124
+ BOND 1HB CB 1
125
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126
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+ BOND ND2 2HD2 1
128
+ BOND ND2 HD2 1
129
+ END
130
+
131
+ RES ASP
132
+ ATOM CA C3 3
133
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134
+ ATOM CB C3 3
135
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136
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+ BOND CA N 1
141
+ BOND CA CB 1
142
+ BOND CA C 1
143
+ BOND C O 2
144
+ BOND CB CG 1
145
+ BOND CG OD2 2
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+ BOND CG OD1 1
147
+ BOND N H 1
148
+ BOND N HN 1
149
+ BOND HA CA 1
150
+ BOND 1HB CB 1
151
+ BOND 2HB CB 1
152
+ END
153
+
154
+ RES ASH
155
+ ATOM CA C3 3
156
+ ATOM N Nam 2
157
+ ATOM CB C3 3
158
+ ATOM C Cac 2
159
+ ATOM O O2 2
160
+ ATOM CG C2 2
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+ ATOM OD2 O3 3
162
+ ATOM OD1 O2 2
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+ BOND CA N 1
164
+ BOND CA CB 1
165
+ BOND CA C 1
166
+ BOND C O 2
167
+ BOND CB CG 1
168
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169
+ BOND CG OD1 2
170
+ BOND N H 1
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+ BOND OD2 HD2 1
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+ END
174
+
175
+ RES CYS
176
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179
+ ATOM C Cac 2
180
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+ BOND SG CB 1
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184
+ BOND CA CB 1
185
+ BOND CA C 1
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189
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191
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+ END
195
+
196
+ RES CYX
197
+ ATOM CA C3 3
198
+ ATOM N Nam 2
199
+ ATOM CB C3 3
200
+ ATOM C Cac 2
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202
+ ATOM SG S3 3
203
+ BOND CA N 1
204
+ BOND CA CB 1
205
+ BOND CA C 1
206
+ BOND C O 2
207
+ BOND CB SG 1
208
+ BOND N H 1
209
+ END
210
+
211
+ RES GLN
212
+ ATOM CA C3 3
213
+ ATOM N Nam 2
214
+ ATOM CB C3 3
215
+ ATOM C Cac 2
216
+ ATOM O O2 2
217
+ ATOM CG C3 3
218
+ ATOM CD C2 2
219
+ ATOM NE2 Nam 2
220
+ ATOM OE1 O2 2
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+ BOND CA N 1
222
+ BOND CA CB 1
223
+ BOND CA C 1
224
+ BOND C O 2
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+ BOND CB CG 1
226
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227
+ BOND CD NE2 1
228
+ BOND CD OE1 2
229
+ BOND N H 1
230
+ BOND N HN 1
231
+ BOND CA HA 1
232
+ BOND 1HB CB 1
233
+ BOND 2HB CB 1
234
+ BOND 1HG CG 1
235
+ BOND 2HG CG 1
236
+ BOND NE2 1HE2 1
237
+ BOND NE2 2HE2 1
238
+ BOND NE2 HE2 1
239
+ END
240
+
241
+ RES GLU
242
+ ATOM CA C3 3
243
+ ATOM N Nam 2
244
+ ATOM CB C3 3
245
+ ATOM C Cac 2
246
+ ATOM O O2 2
247
+ ATOM CG C3 3
248
+ ATOM CD C2 2
249
+ ATOM OE2 O3 3
250
+ ATOM OE1 O2 2
251
+ BOND CA N 1
252
+ BOND CA CB 1
253
+ BOND CA C 1
254
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255
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256
+ BOND CG CD 1
257
+ BOND CD OE2 1
258
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259
+ BOND N H 1
260
+ BOND N 1H 1
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+ BOND N 2H 1
262
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263
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264
+ BOND 1HB CB 1
265
+ BOND 2HB CB 1
266
+ BOND 1HG CG 1
267
+ BOND 2HG CG 1
268
+ END
269
+
270
+ RES GLY
271
+ ATOM CA C3 3
272
+ ATOM N Nam 2
273
+ ATOM C Cac 2
274
+ ATOM O O2 2
275
+ BOND CA N 1
276
+ BOND CA C 1
277
+ BOND C O 2
278
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+ BOND N HN 1
280
+ BOND 1HA CA 1
281
+ BOND 2HA CA 1
282
+ END
283
+
284
+ RES GLZ
285
+ ATOM CA C3 3
286
+ ATOM N Nam 2
287
+ ATOM CB C3 3
288
+ ATOM C Cac 2
289
+ ATOM O O2 2
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+ ATOM CG C3 3
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+ ATOM CD C2 2
292
+ ATOM OE2 O3 3
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+ ATOM OE1 O2 2
294
+ BOND CA N 1
295
+ BOND CA CB 1
296
+ BOND CA C 1
297
+ BOND C O 2
298
+ BOND CB CG 1
299
+ BOND CG CD 1
300
+ BOND CD OE2 1
301
+ BOND CD OE1 2
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+ BOND N H 1
303
+ BOND OE2 HE2 1
304
+ END
305
+
306
+ RES HID
307
+ ATOM CA C3 3
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+ ATOM N Nam 2
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+ ATOM CB C3 3
310
+ ATOM C C3 3
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+ ATOM O O2 2
312
+ ATOM CG C2 2
313
+ ATOM ND1 Npl 2
314
+ ATOM CD2 C2 2
315
+ ATOM NE2 N2 2
316
+ ATOM CE1 C2 2
317
+ BOND CA N 1
318
+ BOND CA CB 1
319
+ BOND CA C 1
320
+ BOND C O 2
321
+ BOND CB CG 1
322
+ BOND CG ND1 1
323
+ BOND CG CD2 2
324
+ BOND CD2 NE2 1
325
+ BOND NE2 CE1 2
326
+ BOND CE1 ND1 1
327
+ BOND N H 1
328
+ BOND ND1 HD1 1
329
+ END
330
+
331
+ RES HIE
332
+ ATOM CA C3 3
333
+ ATOM N Nam 2
334
+ ATOM CB C3 3
335
+ ATOM C Cac 2
336
+ ATOM O O2 2
337
+ ATOM CG C2 2
338
+ ATOM ND1 Npl 2
339
+ ATOM CD2 C2 2
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+ ATOM NE2 Npl 2
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+ ATOM CE1 C3 3
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+ BOND CA N 1
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+ BOND CA CB 1
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+ BOND CA C 1
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+ BOND CB CG 1
347
+ BOND CG ND1 1
348
+ BOND CG CD2 2
349
+ BOND CD2 NE2 1
350
+ BOND NE2 CE1 1
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+ BOND CE1 ND1 1
352
+ BOND N H 1
353
+ BOND NE2 HE2 1
354
+ END
355
+
356
+ RES HIP
357
+ ATOM CA C3 3
358
+ ATOM N Nam 2
359
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360
+ ATOM C Cac 2
361
+ ATOM O O2 2
362
+ ATOM CG C2 2
363
+ ATOM ND1 Npl 2
364
+ ATOM CD2 C2 2
365
+ ATOM NE2 Npl 2
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+ ATOM CE1 C3 3
367
+ BOND CA N 1
368
+ BOND CA CB 1
369
+ BOND CA C 1
370
+ BOND C O 2
371
+ BOND CB CG 1
372
+ BOND CG ND1 1
373
+ BOND CG CD2 2
374
+ BOND CD2 NE2 1
375
+ BOND NE2 CE1 1
376
+ BOND CE1 ND1 1
377
+ BOND N H 1
378
+ BOND ND1 HD1 1
379
+ BOND NE2 HE2 1
380
+ END
381
+
382
+ RES HIS
383
+ ATOM CA C3 3
384
+ ATOM N Nam 2
385
+ ATOM CB C3 3
386
+ ATOM C Cac 2
387
+ ATOM O O2 2
388
+ ATOM CG C2 2
389
+ ATOM ND1 Npl 2
390
+ ATOM CD2 C2 2
391
+ ATOM NE2 Npl 2
392
+ ATOM CE1 C2 2
393
+ BOND CA N 1
394
+ BOND CA CB 1
395
+ BOND CA C 1
396
+ BOND C O 2
397
+ BOND CB CG 1
398
+ BOND CG ND1 1
399
+ BOND CG CD2 2
400
+ BOND CD2 NE2 1
401
+ BOND NE2 CE1 2
402
+ BOND CE1 ND1 1
403
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404
+ BOND N HN 1
405
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406
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410
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413
+ END
414
+
415
+ RES ILE
416
+ ATOM CA C3 3
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+ BOND CA N 1
425
+ BOND CA CB 1
426
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+ BOND C O 2
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430
+ BOND CG1 CD1 1
431
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444
+
445
+ RES LEU
446
+ ATOM CA C3 3
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+ ATOM N Nam 2
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+ ATOM CB C3 3
449
+ ATOM C Cac 2
450
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452
+ ATOM CD1 C3 3
453
+ ATOM CD2 C3 3
454
+ BOND CA N 1
455
+ BOND CA CB 1
456
+ BOND CA C 1
457
+ BOND C O 2
458
+ BOND CB CG 1
459
+ BOND CG CD1 1
460
+ BOND CG CD2 1
461
+ BOND N H 1
462
+ BOND N HN 1
463
+ BOND HA CA 1
464
+ BOND 1HB CB 1
465
+ BOND 2HB CB 1
466
+ BOND 1HD1 CD1 1
467
+ BOND 2HD1 CD1 1
468
+ BOND 3HD1 CD1 1
469
+ BOND 1HD2 CD2 1
470
+ BOND 2HD2 CD2 1
471
+ BOND 3HD2 CD2 1
472
+ BOND HG CG 1
473
+ END
474
+
475
+ RES LYS
476
+ ATOM CA C3 3
477
+ ATOM N Nam 2
478
+ ATOM CB C3 3
479
+ ATOM C Cac 2
480
+ ATOM O O2 2
481
+ ATOM CG C3 3
482
+ ATOM CD C3 3
483
+ ATOM CE C3 3
484
+ ATOM NZ N3+ 3
485
+ BOND CA N 1
486
+ BOND CA CB 1
487
+ BOND CA C 1
488
+ BOND C O 2
489
+ BOND CB CG 1
490
+ BOND CG CD 1
491
+ BOND CD CE 1
492
+ BOND CE NZ 1
493
+ BOND N H 1
494
+ BOND N HN 1
495
+ BOND HA CA 1
496
+ BOND 1HB CB 1
497
+ BOND 2HB CB 1
498
+ BOND 1HD CD 1
499
+ BOND 2HD CD 1
500
+ BOND 1HG CG 1
501
+ BOND 2HG CG 1
502
+ BOND 1HE CE 1
503
+ BOND 2HE CE 1
504
+ BOND NZ 3HZ 1
505
+ BOND NZ HZ3 1
506
+ BOND NZ 2HZ 1
507
+ BOND NZ HZ2 1
508
+ BOND NZ 1HZ 1
509
+ BOND NZ HZ1 1
510
+ END
511
+
512
+ RES LYZ
513
+ ATOM CA C3 3
514
+ ATOM N Nam 2
515
+ ATOM CB C3 3
516
+ ATOM C Cac 2
517
+ ATOM O O2 2
518
+ ATOM CG C3 3
519
+ ATOM CD C3 3
520
+ ATOM CE C3 3
521
+ ATOM NZ N3+ 3
522
+ BOND CA N 1
523
+ BOND CA CB 1
524
+ BOND CA C 1
525
+ BOND C O 2
526
+ BOND CB CG 1
527
+ BOND CG CD 1
528
+ BOND CD CE 1
529
+ BOND CE NZ 1
530
+ BOND N H 1
531
+ BOND NZ HZ2 1
532
+ BOND NZ HZ1 1
533
+ END
534
+
535
+ RES MET
536
+ ATOM CA C3 3
537
+ ATOM N Nam 2
538
+ ATOM CB C3 3
539
+ ATOM C Cac 2
540
+ ATOM O O2 2
541
+ ATOM CG C3 3
542
+ ATOM SD S3 3
543
+ ATOM CE C3 3
544
+ BOND CA N 1
545
+ BOND CA CB 1
546
+ BOND CA C 1
547
+ BOND C O 2
548
+ BOND CB CG 1
549
+ BOND CG SD 1
550
+ BOND SD CE 1
551
+ BOND N H 1
552
+ BOND N HN 1
553
+ BOND HA CA 1
554
+ BOND 1HB CB 1
555
+ BOND 2HB CB 1
556
+ BOND 1HG CG 1
557
+ BOND 2HG CG 1
558
+ BOND 1HE CE 1
559
+ BOND 2HE CE 1
560
+ BOND 3HE CE 1
561
+ END
562
+
563
+ RES PHE
564
+ ATOM CA C3 3
565
+ ATOM N Nam 2
566
+ ATOM CB C3 3
567
+ ATOM C Cac 2
568
+ ATOM O O2 2
569
+ ATOM CG Car 2
570
+ ATOM CD1 Car 2
571
+ ATOM CD2 Car 2
572
+ ATOM CE2 Car 2
573
+ ATOM CZ Car 2
574
+ ATOM CE1 Car 2
575
+ BOND CA N 1
576
+ BOND CA CB 1
577
+ BOND CA C 1
578
+ BOND C O 2
579
+ BOND CB CG 1
580
+ BOND CG CD1 1
581
+ BOND CG CD2 2
582
+ BOND CD2 CE2 1
583
+ BOND CE2 CZ 2
584
+ BOND CZ CE1 1
585
+ BOND CE1 CD1 2
586
+ BOND N H 1
587
+ BOND N HN 1
588
+ BOND HA CA 1
589
+ BOND 1HB CB 1
590
+ BOND 2HB CB 1
591
+ BOND 1HD CD1 1
592
+ BOND 2HD CD2 1
593
+ BOND 1HE CE1 1
594
+ BOND 2HE CE2 1
595
+ BOND HZ CZ 1
596
+ END
597
+
598
+ RES PRO
599
+ ATOM CA C3 3
600
+ ATOM C Cac 2
601
+ ATOM CB C3 3
602
+ ATOM N Nam 2
603
+ ATOM CD C3 3
604
+ ATOM CG C3 3
605
+ ATOM O O2 2
606
+ BOND CA C 1
607
+ BOND CA CB 1
608
+ BOND CA N 1
609
+ BOND N CD 1
610
+ BOND CD CG 1
611
+ BOND CG CB 1
612
+ BOND C O 2
613
+ BOND 1HB CB 1
614
+ BOND 2HB CB 1
615
+ BOND 1HG CG 1
616
+ BOND 2HG CG 1
617
+ BOND 1HD CD 1
618
+ BOND 2HD CD 1
619
+ BOND HA CA 1
620
+ BOND HN N 1
621
+ END
622
+
623
+ RES PSE
624
+ ATOM CA C3 3
625
+ ATOM N Nam 2
626
+ ATOM CB C3 3
627
+ ATOM C Cac 2
628
+ ATOM O O2 2
629
+ ATOM OG O3 3
630
+ ATOM PD P3 3
631
+ ATOM OE2 O- 3
632
+ ATOM OE3 O- 3
633
+ ATOM OE1 O- 3
634
+ BOND CA N 1
635
+ BOND CA CB 1
636
+ BOND CA C 1
637
+ BOND C O 2
638
+ BOND CB OG 1
639
+ BOND OG PD 1
640
+ BOND PD OE2 1
641
+ BOND PD OE3 1
642
+ BOND PD OE1 1
643
+ BOND N H 1
644
+ END
645
+
646
+ RES PSM
647
+ ATOM CA C3 3
648
+ ATOM N Nam 2
649
+ ATOM CB C3 3
650
+ ATOM C Cac 2
651
+ ATOM O O2 2
652
+ ATOM OG O3 3
653
+ ATOM PD P3 3
654
+ ATOM OE2 O- 3
655
+ ATOM OE3 O- 3
656
+ ATOM OE1 O- 3
657
+ BOND CA N 1
658
+ BOND CA CB 1
659
+ BOND CA C 1
660
+ BOND C O 2
661
+ BOND CB OG 1
662
+ BOND OG PD 1
663
+ BOND PD OE2 1
664
+ BOND PD OE3 1
665
+ BOND PD OE1 1
666
+ BOND N H 1
667
+ BOND OE3 HE3 1
668
+ END
669
+
670
+ RES PTM
671
+ ATOM CA C3 3
672
+ ATOM N Nam 2
673
+ ATOM CB C3 3
674
+ ATOM C Cac 2
675
+ ATOM O O2 2
676
+ ATOM CG Car 2
677
+ ATOM CD1 Car 2
678
+ ATOM CD2 Car 2
679
+ ATOM CE2 Car 2
680
+ ATOM CZ Car 2
681
+ ATOM OH O3 3
682
+ ATOM CE1 Car 2
683
+ ATOM PQ P3 3
684
+ ATOM OI3 O- 3
685
+ ATOM OI2 O- 3
686
+ ATOM OI1 O- 3
687
+ BOND CA N 1
688
+ BOND CA CB 1
689
+ BOND CA C 1
690
+ BOND C O 2
691
+ BOND CB CG 1
692
+ BOND CG CD1 2
693
+ BOND CG CD2 1
694
+ BOND CD2 CE2 2
695
+ BOND CE2 CZ 1
696
+ BOND CZ OH 1
697
+ BOND CZ CE1 2
698
+ BOND CE1 CD1 1
699
+ BOND OH PQ 1
700
+ BOND PQ OI3 1
701
+ BOND PQ OI2 1
702
+ BOND PQ OI1 1
703
+ BOND N H 1
704
+ BOND OI2 HI2 1
705
+ END
706
+
707
+ RES PTY
708
+ ATOM CA C3 3
709
+ ATOM N Nam 2
710
+ ATOM CB C3 3
711
+ ATOM C Cac 2
712
+ ATOM O O2 2
713
+ ATOM CG Car 2
714
+ ATOM CD1 Car 2
715
+ ATOM CD2 Car 2
716
+ ATOM CE2 Car 2
717
+ ATOM CZ Car 2
718
+ ATOM OH O3 3
719
+ ATOM CE1 Car 2
720
+ ATOM PQ P3 3
721
+ ATOM OI3 O- 3
722
+ ATOM OI2 O- 3
723
+ ATOM OI1 O- 3
724
+ BOND CA N 1
725
+ BOND CA CB 1
726
+ BOND CA C 1
727
+ BOND C O 2
728
+ BOND CB CG 1
729
+ BOND CG CD1 2
730
+ BOND CG CD2 1
731
+ BOND CD2 CE2 2
732
+ BOND CE2 CZ 1
733
+ BOND CZ OH 1
734
+ BOND CZ CE1 2
735
+ BOND CE1 CD1 1
736
+ BOND OH PQ 1
737
+ BOND PQ OI3 1
738
+ BOND PQ OI2 1
739
+ BOND PQ OI1 1
740
+ BOND N H 1
741
+ END
742
+
743
+ RES SER
744
+ ATOM CA C3 3
745
+ ATOM N Nam 2
746
+ ATOM CB C3 3
747
+ ATOM C Cac 2
748
+ ATOM O O2 2
749
+ ATOM OG O3 3
750
+ BOND CA N 1
751
+ BOND CA CB 1
752
+ BOND CA C 1
753
+ BOND C O 2
754
+ BOND CB OG 1
755
+ BOND N H 1
756
+ BOND N HN 1
757
+ BOND HA CA 1
758
+ BOND 1HB CB 1
759
+ BOND 2HB CB 1
760
+ BOND OG HG 1
761
+ END
762
+
763
+ RES THR
764
+ ATOM CA C3 3
765
+ ATOM N Nam 2
766
+ ATOM CB C3 3
767
+ ATOM C Cac 2
768
+ ATOM O O2 2
769
+ ATOM CG2 C3 3
770
+ ATOM OG1 O3 3
771
+ BOND CA N 1
772
+ BOND CA CB 1
773
+ BOND CA C 1
774
+ BOND C O 2
775
+ BOND CB CG2 1
776
+ BOND CB OG1 1
777
+ BOND N H 1
778
+ BOND HN N 1
779
+ BOND N 1H 1
780
+ BOND N 2H 1
781
+ BOND N 3H 1
782
+ BOND OG1 HG1 1
783
+ BOND OG1 1HG 1
784
+ BOND HB CB 1
785
+ BOND HA CA 1
786
+ BOND 1HG2 CG2 1
787
+ BOND 2HG2 CG2 1
788
+ BOND 3HG2 CG2 1
789
+ END
790
+
791
+ RES TRP
792
+ ATOM CA C3 3
793
+ ATOM N Nam 2
794
+ ATOM CB C3 3
795
+ ATOM C Cac 2
796
+ ATOM O O2 2
797
+ ATOM CG Car 2
798
+ ATOM CD1 Car 2
799
+ ATOM CD2 Car 2
800
+ ATOM CE3 Car 2
801
+ ATOM CE2 Car 2
802
+ ATOM CZ2 Car 2
803
+ ATOM NE1 Nar 2
804
+ ATOM CH2 Car 2
805
+ ATOM CZ3 Car 2
806
+ BOND CA N 1
807
+ BOND CA CB 1
808
+ BOND CA C 1
809
+ BOND C O 2
810
+ BOND CB CG 1
811
+ BOND CG CD1 2
812
+ BOND CG CD2 1
813
+ BOND CD2 CE3 2
814
+ BOND CD2 CE2 1
815
+ BOND CE2 CZ2 2
816
+ BOND CE2 NE1 1
817
+ BOND NE1 CD1 1
818
+ BOND CZ2 CH2 1
819
+ BOND CH2 CZ3 2
820
+ BOND CZ3 CE3 1
821
+ BOND N H 1
822
+ BOND N HN 1
823
+ BOND HA CA 1
824
+ BOND 1HB CB 1
825
+ BOND 2HB CB 1
826
+ BOND 1HD CD1 1
827
+ BOND 1HE CE1 1
828
+ BOND 2HZ CZ2 1
829
+ BOND 3HZ CZ3 1
830
+ BOND 3HE CE3 1
831
+ BOND 2HH CH2 1
832
+ BOND NE1 HE1 1
833
+ BOND NE1 1HE 1
834
+ END
835
+
836
+ RES TYR
837
+ ATOM CA C3 3
838
+ ATOM N Nam 2
839
+ ATOM CB C3 3
840
+ ATOM C Cac 2
841
+ ATOM O O2 2
842
+ ATOM CG Car 2
843
+ ATOM CD1 Car 2
844
+ ATOM CD2 Car 2
845
+ ATOM CE2 Car 2
846
+ ATOM CZ Car 2
847
+ ATOM OH O3 3
848
+ ATOM CE1 Car 2
849
+ BOND CA N 1
850
+ BOND CA CB 1
851
+ BOND CA C 1
852
+ BOND C O 2
853
+ BOND CB CG 1
854
+ BOND CG CD1 2
855
+ BOND CG CD2 1
856
+ BOND CD2 CE2 2
857
+ BOND CE2 CZ 1
858
+ BOND CZ OH 1
859
+ BOND CZ CE1 2
860
+ BOND CE1 CD1 1
861
+ BOND N H 1
862
+ BOND OH HH 1
863
+ BOND N HN 1
864
+ BOND HA CA 1
865
+ BOND 1HB CB 1
866
+ BOND 2HB CB 1
867
+ BOND 1HD CD1 1
868
+ BOND 2HD CD2 1
869
+ BOND 1HE CE1 1
870
+ BOND 2HE CE2 1
871
+ BOND HZ CZ 1
872
+ END
873
+
874
+ RES VAL
875
+ ATOM CA C3 3
876
+ ATOM N Nam 2
877
+ ATOM CB C3 3
878
+ ATOM C Cac 2
879
+ ATOM O O2 2
880
+ ATOM CG2 C3 3
881
+ ATOM CG1 C3 3
882
+ BOND CA N 1
883
+ BOND CA CB 1
884
+ BOND CA C 1
885
+ BOND C O 2
886
+ BOND CB CG2 1
887
+ BOND CB CG1 1
888
+ BOND N H 1
889
+ BOND N HN 1
890
+ BOND HA CA 1
891
+ BOND HB CB 1
892
+ BOND 1HG1 CG1 1
893
+ BOND 2HG1 CG1 1
894
+ BOND 3HG1 CG1 1
895
+ BOND 1HG2 CG2 1
896
+ BOND 2HG2 CG2 1
897
+ BOND 3HG2 CG2 1
898
+ END
899
+
900
+ RES TIP
901
+ ATOM OH2 O3 3
902
+ BOND OH2 H1 1
903
+ BOND OH2 H2 1
904
+ END
905
+
906
+ RES HOH
907
+ ATOM O O3 3
908
+ ATOM 1H
909
+ ATOM 2H
910
+ BOND O 1H 1
911
+ BOND O 2H 1
912
+ END
913
+
914
+ RES WAT
915
+ ATOM O O3 3
916
+ ATOM H1
917
+ ATOM H2
918
+ BOND O H1 1
919
+ BOND O H2 1
920
+ END
921
+
922
+ RES INH
923
+ ATOM P
924
+ ATOM O1P
925
+ ATOM O2P
926
+ ATOM O3P
927
+ ATOM O5
928
+ ATOM C5
929
+ ATOM C4
930
+ ATOM O4
931
+ ATOM C3
932
+ ATOM C1
933
+ ATOM O3
934
+ ATOM C2
935
+ ATOM O2
936
+ ATOM N9
937
+ ATOM C8
938
+ ATOM N7
939
+ ATOM C6
940
+ ATOM O6
941
+ ATOM N1
942
+ ATOM N3
943
+ BOND P O1P 2
944
+ BOND P O2P 1
945
+ BOND P O3P 1
946
+ BOND P O5 1
947
+ BOND O5 C5 1
948
+ BOND C5 C4 1
949
+ BOND C4 O4 1
950
+ BOND C4 C3 1
951
+ BOND O4 C1 1
952
+ BOND C3 O3 1
953
+ BOND C3 C2 1
954
+ BOND O3 H1 1
955
+ BOND C2 O2 1
956
+ BOND C2 C1 1
957
+ BOND O2 H2 1
958
+ BOND C1 N9 1
959
+ BOND N9 C8 1
960
+ BOND N9 C4 1
961
+ BOND C8 N7 2
962
+ BOND N7 C5 1
963
+ BOND C5 C6 1
964
+ BOND C6 O6 2
965
+ BOND C6 N1 1
966
+ BOND N1 C2 1
967
+ BOND N1 H3 1
968
+ BOND C2 N3 2
969
+ BOND N3 C4 1
970
+ END
971
+
972
+ RES UMP
973
+ ATOM N1
974
+ ATOM C2
975
+ ATOM C6
976
+ ATOM C1
977
+ ATOM N3
978
+ ATOM O2
979
+ ATOM C4
980
+ ATOM C5
981
+ ATOM O4
982
+ ATOM C3
983
+ ATOM O3
984
+ ATOM O5
985
+ ATOM P
986
+ ATOM O1P
987
+ ATOM O2P
988
+ ATOM O3P
989
+ BOND N1 C2 1
990
+ BOND N1 C6 1
991
+ BOND N1 C1 1
992
+ BOND C2 N3 1
993
+ BOND C2 O2 1
994
+ BOND C2 H5 1
995
+ BOND N3 C4 1
996
+ BOND N3 H1 1
997
+ BOND C4 C5 1
998
+ BOND C4 O4 1
999
+ BOND C4 H6 1
1000
+ BOND C5 C6 1
1001
+ BOND C5 H7 1
1002
+ BOND C5 H8 1
1003
+ BOND C6 H9 1
1004
+ BOND C6 H10 1
1005
+ BOND O2 H2 1
1006
+ BOND O4 H3 1
1007
+ BOND C1 C2 1
1008
+ BOND C1 O4 1
1009
+ BOND C1 H11 1
1010
+ BOND C2 C3 1
1011
+ BOND C2 H12 1
1012
+ BOND C2 H13 1
1013
+ BOND C3 C4 1
1014
+ BOND C3 O3 1
1015
+ BOND C3 H14 1
1016
+ BOND C4 H15 1
1017
+ BOND O3 H4 1
1018
+ BOND C5 O5 1
1019
+ BOND C5 H16 1
1020
+ BOND C5 H17 1
1021
+ BOND O5 P 1
1022
+ BOND P O1P 2
1023
+ BOND P O2P 2
1024
+ BOND P O3P 2
1025
+ END
1026
+
1027
+ RES HED
1028
+ ATOM C1
1029
+ ATOM O1
1030
+ ATOM C2
1031
+ ATOM S3
1032
+ ATOM S4
1033
+ ATOM C5
1034
+ ATOM C6
1035
+ ATOM O6
1036
+ BOND C1 O1 2
1037
+ BOND C1 C2 1
1038
+ BOND C2 S3 1
1039
+ BOND S3 S4 1
1040
+ BOND S4 C5 1
1041
+ BOND C5 C6 1
1042
+ BOND C6 O6 2
1043
+ END
1044
+
1045
+ RES HEM
1046
+ ATOM FE
1047
+ ATOM NA
1048
+ ATOM NB
1049
+ ATOM NC
1050
+ ATOM ND
1051
+ ATOM CHA
1052
+ ATOM C1A
1053
+ ATOM C4D
1054
+ ATOM CHB
1055
+ ATOM C4A
1056
+ ATOM C1B
1057
+ ATOM CHC
1058
+ ATOM C4B
1059
+ ATOM C1C
1060
+ ATOM CHD
1061
+ ATOM C4C
1062
+ ATOM C1D
1063
+ ATOM C2A
1064
+ ATOM C3A
1065
+ ATOM CAA
1066
+ ATOM CMA
1067
+ ATOM CBA
1068
+ ATOM CGA
1069
+ ATOM O1A
1070
+ ATOM O2A
1071
+ ATOM C2B
1072
+ ATOM C3B
1073
+ ATOM CMB
1074
+ ATOM CAB
1075
+ ATOM CBB
1076
+ ATOM C2C
1077
+ ATOM C3C
1078
+ ATOM CMC
1079
+ ATOM CAC C3 3
1080
+ ATOM CBC
1081
+ ATOM C2D
1082
+ ATOM C3D
1083
+ ATOM CMD
1084
+ ATOM CAD
1085
+ ATOM CBD
1086
+ ATOM CGD
1087
+ ATOM O1D
1088
+ ATOM O2D
1089
+ BOND FE NA 1
1090
+ BOND FE NB 1
1091
+ BOND FE NC 1
1092
+ BOND FE ND 1
1093
+ BOND CHA C1A 1
1094
+ BOND CHA C4D 1
1095
+ BOND CHB C4A 1
1096
+ BOND CHB C1B 1
1097
+ BOND CHC C4B 1
1098
+ BOND CHC C1C 1
1099
+ BOND CHD C4C 1
1100
+ BOND CHD C1D 1
1101
+ BOND NA C1A 1
1102
+ BOND NA C4A 1
1103
+ BOND C1A C2A 1
1104
+ BOND C2A C3A 1
1105
+ BOND C2A CAA 1
1106
+ BOND C3A C4A 1
1107
+ BOND C3A CMA 1
1108
+ BOND CAA CBA 1
1109
+ BOND CBA CGA 1
1110
+ BOND CGA O1A 2
1111
+ BOND CGA O2A 1
1112
+ BOND NB C1B 1
1113
+ BOND NB C4B 1
1114
+ BOND C1B C2B 1
1115
+ BOND C2B C3B 1
1116
+ BOND C2B CMB 1
1117
+ BOND C3B C4B 1
1118
+ BOND C3B CAB 1
1119
+ BOND CAB CBB 1
1120
+ BOND NC C1C 1
1121
+ BOND NC C4C 1
1122
+ BOND C1C C2C 1
1123
+ BOND C2C C3C 1
1124
+ BOND C2C CMC 1
1125
+ BOND C3C C4C 1
1126
+ BOND C3C CAC 1
1127
+ BOND CAC CBC 1
1128
+ BOND ND C1D 1
1129
+ BOND ND C4D 1
1130
+ BOND C1D C2D 1
1131
+ BOND C2D C3D 1
1132
+ BOND C2D CMD 1
1133
+ BOND C3D C4D 1
1134
+ BOND C3D CAD 1
1135
+ BOND CAD CBD 1
1136
+ BOND CBD CGD 1
1137
+ BOND CGD O1D 2
1138
+ BOND CGD O2D 1
1139
+ END