miga-base 1.2.18.1 → 1.3.0.0

Sign up to get free protection for your applications and to get access to all the features.
Files changed (32) hide show
  1. checksums.yaml +4 -4
  2. data/lib/miga/cli/action/doctor/base.rb +2 -1
  3. data/lib/miga/cli/action/init.rb +1 -1
  4. data/lib/miga/dataset/result/add.rb +3 -2
  5. data/lib/miga/lair.rb +9 -3
  6. data/lib/miga/version.rb +2 -2
  7. data/scripts/essential_genes.bash +4 -8
  8. data/utils/FastAAI/LICENSE +8 -0
  9. data/utils/FastAAI/README.md +151 -40
  10. data/utils/FastAAI/__init__.py +1 -0
  11. data/utils/FastAAI/example_genomes/Xanthomonas_albilineans_GCA_000962915_1.fna.gz +0 -0
  12. data/utils/FastAAI/example_genomes/Xanthomonas_albilineans_GCA_000962925_1.fna.gz +0 -0
  13. data/utils/FastAAI/example_genomes/Xanthomonas_albilineans_GCA_000962935_1.fna.gz +0 -0
  14. data/utils/FastAAI/example_genomes/Xanthomonas_albilineans_GCA_000962945_1.fna.gz +0 -0
  15. data/utils/FastAAI/example_genomes/Xanthomonas_albilineans_GCA_000962995_1.fna.gz +0 -0
  16. data/utils/FastAAI/example_genomes/Xanthomonas_albilineans_GCA_000963025_1.fna.gz +0 -0
  17. data/utils/FastAAI/example_genomes/Xanthomonas_albilineans_GCA_000963055_1.fna.gz +0 -0
  18. data/utils/FastAAI/example_genomes/Xanthomonas_albilineans_GCA_000963065_1.fna.gz +0 -0
  19. data/utils/FastAAI/example_genomes/_Pseudomonas__cissicola_GCA_002019225_1.fna.gz +0 -0
  20. data/utils/FastAAI/example_genomes/_Pseudomonas__cissicola_GCA_008801575_1.fna.gz +0 -0
  21. data/utils/FastAAI/fastaai/__init__.py +1 -0
  22. data/utils/FastAAI/fastaai/fastaai +4805 -0
  23. data/utils/FastAAI/fastaai/fastaai.py +4805 -0
  24. data/utils/FastAAI/fastaai/fastaai_miga_crystals_to_db.py +297 -0
  25. data/utils/FastAAI/fastaai/fastaai_miga_preproc.py +931 -0
  26. data/utils/FastAAI/metadata/Accession_names_and_IDs.txt +122 -0
  27. data/utils/distance/commands.rb +51 -23
  28. metadata +23 -6
  29. data/utils/FastAAI/FastAAI +0 -3659
  30. /data/utils/FastAAI/{00.Libraries → fastaai/00.Libraries}/01.SCG_HMMs/Archaea_SCG.hmm +0 -0
  31. /data/utils/FastAAI/{00.Libraries → fastaai/00.Libraries}/01.SCG_HMMs/Bacteria_SCG.hmm +0 -0
  32. /data/utils/FastAAI/{00.Libraries → fastaai/00.Libraries}/01.SCG_HMMs/Complete_SCG_DB.hmm +0 -0