crystalcell 0.0.3 → 0.0.4

data/lib/crystalcell/cell.rb

@@ -1,19 +1,5 @@
 #! /usr/bin/env ruby
 
-require "pp"
-require "matrix"
-
-require "rubygems"
-gem "builtinextension"
-require "array/selectindices.rb"
-
-gem "maset"
-require "maset/mapping.rb"
-
-#pp Getspg.methods.sort
-#pp Getspg
-#include Getspg
-
 #Class for crystal cell with lattice axes and atoms.
 #Symmetry operations are not considered in this class.
 #A sub class SymmetricCell can do, which overrides equal_in_delta methods.
@@ -39,592 +25,562 @@ require "maset/mapping.rb"
 #    疑問が生じる。
 class CrystalCell::Cell
 
-    begin
-        require "getspg.so"
-        include Getspg
-    rescue LoadError
-        #Do nothing.
-        #To use basic functions even in environments without spglib.
-    end
-
-    include Mageo
-
-    class NoAtomError < Exception; end
-    class AxesMismatchError < Exception; end
-    class AxesRangeError < Exception; end
-    class SameAxesError < Exception; end
-    class TypeError < Exception; end
-    class ArgumentError < Exception; end #その他的エラー
-    class NoSpglibError < Exception; end
-
-    attr_reader :element_names, :atoms, :axes
-    attr_accessor :comment
-
-    #Argument 'axes' must have :to_a method and expressed in 3x3 Array.
-    def initialize(axes, atoms = [])
-        #raise CellTypeError unless axes.is_a?(Axes)
-        if axes.class == CrystalCell::LatticeAxes
-            @axes = axes
-        else
-            @axes = CrystalCell::LatticeAxes.new( axes.to_a )
-        end
-
-        atoms.each do |atom|
-            #pp atom
-            unless atom.is_a?(CrystalCell::Atom)
-                raise CellTypeError,
-                    "#{atom} is not a kind of CrystalCell::Atom."
-            end
-        end
-        @atoms = atoms
-    end
-
-    #セルに原子を追加する。
-    def add_atom(atom)
-        #raise "Cell::add_atom, 2nd argument must be Array." if pos.class != Array
-        raise CellTypeError unless atom.is_a?(CrystalCell::Atom)
-        @atoms << atom
-    end
-
-    #Delete an atom from a cell.
-    #i は Cell クラスが保持している原子の番号。
-    #Cell クラスは原子を配列として保持しており、
-    #その番号を指定すると考えると分かり易かろう。
-    def delete_atom( i )
-        #raise "CrystalCell::Atom ID[#{i}] not exist" if @atoms[i] == nil
-        @atoms.delete_at( i )
-    end
-
-    #全ての原子の元素情報のリストを返す。
-    #unique なものを抽出したりはしない。
-    #unique なものが必要なら返り値に .uniq をつければ良い。
-    #e.g., #=> ['Li', 'N', 'Li']
-    #e.g., #=> [0, 1, 2, 1]
-    def elements
-        @atoms.collect{ |i| i.element }
-    end
-
-    #全ての原子の位置情報のリストを返す。
-    def positions
-        @atoms.collect{ |i| i.position }
-    end
-
-    #元素情報が elem の原子の index を配列にまとめて返す。
-    #index は原子の永続的な id ではない。
-    #Array#select は index ではなく要素そのものを配列にして返すので、少し違う。
-    def select_indices( &block )
-        return @atoms.select_indices( &block )
-    end
-
-    #Set element name to each atom in self.
-    #Argument 'elems' is a list of new names, which has [] method. e.g.,
-    #    1. Array, [ 'Li', 'O' ]
-    #    2. Hash , { 0 => 'Li', 1 => 'O' ]
-    #    3. Hash , { 'Li' => 'Na' }
-    #1. and 2. of the above examples induce the same result.
-    #Case 1. can be convenient for element names of array from POTCAR.
-    #
-    #The atoms with the name which is not included the hash key do not change their names.
-    def set_elements( elems )
-        @atoms.each do |atom|
-            begin
-                new_elem = elems[ atom.element ]
-            rescue
-                next
-            end
-            next if new_elem == nil
-            atom.element = new_elem
-        end
-    end
-
-    #セルを拡張したスーパーセルを考えたとき、中に含まれる原子のリストを返す。
-    #引数の意味は以下の通り。
-    #a_min : a 軸方向のセルの方向を整数で示したときの最小値
-    #a_max : a 軸方向のセルの方向を整数で示したときの最大値
-    #b_min : b 軸方向のセルの方向を整数で示したときの最小値
-    #b_max : b 軸方向のセルの方向を整数で示したときの最大値
-    #c_min : c 軸方向のセルの方向を整数で示したときの最小値
-    #c_max : c 軸方向のセルの方向を整数で示したときの最大値
-    #-1, 1, -1, 1, -1, 1 と指定すれば 3x3x3 の 27倍体積の構造になる。
-    def atoms_in_supercell( a_min, a_max, b_min, b_max, c_min, c_max )
-        results = []
-        @atoms.each do |atom|
-            a_min.upto( a_max ) do |a|
-                b_min.upto( b_max ) do |b|
-                    c_min.upto( c_max ) do |c|
-                        results << CrystalCell::Atom.new( atom.element, (atom.position.to_v3di + [ a, b, c ].to_v3di).to_a )
-                    end
-                end
-            end
+  begin
+    require "getspg.so"
+    include Getspg
+  rescue LoadError
+    #Do nothing.
+    #To use basic functions even in environments without spglib.
+  end
+
+  include Mageo
+
+  class NoAtomError < Exception; end
+  class AxesMismatchError < Exception; end
+  class AxesRangeError < Exception; end
+  class SameAxesError < Exception; end
+  class TypeError < Exception; end
+  class ArgumentError < Exception; end #その他的エラー
+  class NoSpglibError < Exception; end
+
+  attr_reader :element_names, :atoms, :axes
+  attr_accessor :comment
+
+  #Argument 'axes' must have :to_a method and expressed in 3x3 Array.
+  def initialize(axes, atoms = [])
+    #raise CellTypeError unless axes.is_a?(Axes)
+    if axes.class == CrystalCell::LatticeAxes
+      @axes = axes
+    else
+      @axes = CrystalCell::LatticeAxes.new( axes.to_a )
+    end
+
+    atoms.each do |atom|
+      #pp atom
+      unless atom.is_a?(CrystalCell::Atom)
+        raise CellTypeError,
+          "#{atom} is not a kind of CrystalCell::Atom."
+      end
+    end
+    @atoms = atoms
+  end
+
+  #セルに原子を追加する。
+  def add_atom(atom)
+    #raise "Cell::add_atom, 2nd argument must be Array." if pos.class != Array
+    raise CellTypeError unless atom.is_a?(CrystalCell::Atom)
+    @atoms << atom
+  end
+
+  #Delete an atom from a cell.
+  #i は Cell クラスが保持している原子の番号。
+  #Cell クラスは原子を配列として保持しており、
+  #その番号を指定すると考えると分かり易かろう。
+  def delete_atom( i )
+    #raise "CrystalCell::Atom ID[#{i}] not exist" if @atoms[i] == nil
+    @atoms.delete_at( i )
+  end
+
+  #全ての原子の元素情報のリストを返す。
+  #unique なものを抽出したりはしない。
+  #unique なものが必要なら返り値に .uniq をつければ良い。
+  #e.g., #=> ['Li', 'N', 'Li']
+  #e.g., #=> [0, 1, 2, 1]
+  def elements
+    @atoms.collect{ |i| i.element }
+  end
+
+  #全ての原子の位置情報のリストを返す。
+  def positions
+    @atoms.collect{ |i| i.position }
+  end
+
+  #元素情報が elem の原子の index を配列にまとめて返す。
+  #index は原子の永続的な id ではない。
+  #Array#select は index ではなく要素そのものを配列にして返すので、少し違う。
+  def select_indices( &block )
+    return @atoms.select_indices( &block )
+  end
+
+  #Set element name to each atom in self.
+  #Argument 'elems' is a list of new names, which has [] method. e.g.,
+  #    1. Array, [ 'Li', 'O' ]
+  #    2. Hash , { 0 => 'Li', 1 => 'O' ]
+  #    3. Hash , { 'Li' => 'Na' }
+  #1. and 2. of the above examples induce the same result.
+  #Case 1. can be convenient for element names of array from POTCAR.
+  #
+  #The atoms with the name which is not included the hash key do not change their names.
+  def set_elements( elems )
+    @atoms.each do |atom|
+      begin
+        new_elem = elems[ atom.element ]
+      rescue
+        next
+      end
+      next if new_elem == nil
+      atom.element = new_elem
+    end
+  end
+
+  #セルを拡張したスーパーセルを考えたとき、中に含まれる原子のリストを返す。
+  #引数の意味は以下の通り。
+  #a_min : a 軸方向のセルの方向を整数で示したときの最小値
+  #a_max : a 軸方向のセルの方向を整数で示したときの最大値
+  #b_min : b 軸方向のセルの方向を整数で示したときの最小値
+  #b_max : b 軸方向のセルの方向を整数で示したときの最大値
+  #c_min : c 軸方向のセルの方向を整数で示したときの最小値
+  #c_max : c 軸方向のセルの方向を整数で示したときの最大値
+  #-1, 1, -1, 1, -1, 1 と指定すれば 3x3x3 の 27倍体積の構造になる。
+  def atoms_in_supercell( a_min, a_max, b_min, b_max, c_min, c_max )
+    results = []
+    @atoms.each do |atom|
+      a_min.upto( a_max ) do |a|
+        b_min.upto( b_max ) do |b|
+          c_min.upto( c_max ) do |c|
+            results << CrystalCell::Atom.new( atom.element, (atom.position.to_v3di + [ a, b, c ].to_v3di).to_a )
+          end
         end
-        results
-    end
-
-    #他のセルと格子定数が等価であれば true を、そうでなければ false を返す。
-    #other: 他のセル
-    #length_ratio: 長さ(a, b, c) の許容値を比で指定
-    #angle_tolerance: 角度(alpha, beta, gamma) の許容値を角度の値で指定
-    def equal_lattice_in_delta?( other, length_ratio, angle_tolerance )
-        @axes.equal_in_delta?(
-            CrystalCell::LatticeAxes.new( other.axes.to_a ), length_ratio, angle_tolerance
-        )
-    end
-
-    #含まれる全原子が等価比較で一対一対応が付けられれば true を返す。
-    #Cell に保持される順番に関係なく、等価な原子同士が一対一に対応づけられるかで
-    #チェックする。
-    def equal_atoms_in_delta?( other, position_tolerance )
-        return false unless Mapping::map?(@atoms, other.atoms ){ |i,j| i.equal_in_delta?( j, position_tolerance ) }
-        return true
-    end
-
-    #等価判定。
-    #格子定数の長さの比率の許容値、格子定数の角度の許容値、原子座標の許容値。
-    def equal_in_delta?( other, length_ratio, angle_tolerance, position_tolerance )
-        return false unless equal_lattice_in_delta?(other, length_ratio, angle_tolerance)
-        return false unless equal_atoms_in_delta?(other, position_tolerance)
-        return true
-    end
-
-    #等価判定。
-    #「==」による等価判定は実数の等価判定と同じく、基本的には使うべきではない。
-    #しかし、これを定義しておくとテストが楽になることが多い。
-    def ==( other )
-        #pp axes;
-        #pp other.axes;
-
-        return false unless self.axes == other.axes #equal_in_delta( 0.0, 0.0, 0.0 ) とすると計算誤差でうまくいかないことがある。
-        equal_atoms_in_delta?( other, 0.0 )
-    end
-
-    #2つの地点間の距離を返す。
-    #それぞれ、内部座標 Vector3DInternal クラスインスタンスなら絶対座標に変換される。
-    #絶対座標ならばそのまま計算する。
-    #Vector3D か Vector3DInternal 以外のクラスなら例外 Cell::TypeError を投げる。
-    #周期性を考慮したりはしない。
-    #周期性を考慮した距離は PeriodicCell#nearest_distance で行うべき。
-    def distance( pos0, pos1 )
-        if ((pos0.class != Vector3DInternal) && (pos0.class != Vector3D))
-            raise CrystalCell::Cell::TypeError
-        end
-        if ((pos1.class != Vector3DInternal) && (pos1.class != Vector3D))
-            raise CrystalCell::Cell::TypeError
+      end
+    end
+    results
+  end
+
+  #他のセルと格子定数が等価であれば true を、そうでなければ false を返す。
+  #other: 他のセル
+  #length_ratio: 長さ(a, b, c) の許容値を比で指定
+  #angle_tolerance: 角度(alpha, beta, gamma) の許容値を角度の値で指定
+  def equal_lattice_in_delta?( other, length_ratio, angle_tolerance )
+    @axes.equal_in_delta?(
+      CrystalCell::LatticeAxes.new( other.axes.to_a ), length_ratio, angle_tolerance
+    )
+  end
+
+  #含まれる全原子が等価比較で一対一対応が付けられれば true を返す。
+  #Cell に保持される順番に関係なく、等価な原子同士が一対一に対応づけられるかで
+  #チェックする。
+  def equal_atoms_in_delta?( other, position_tolerance )
+    return false unless Mapping::map?(@atoms, other.atoms ){ |i,j| i.equal_in_delta?( j, position_tolerance ) }
+    return true
+  end
+
+  #等価判定。
+  #格子定数の長さの比率の許容値、格子定数の角度の許容値、原子座標の許容値。
+  def equal_in_delta?( other, length_ratio, angle_tolerance, position_tolerance )
+    return false unless equal_lattice_in_delta?(other, length_ratio, angle_tolerance)
+    return false unless equal_atoms_in_delta?(other, position_tolerance)
+    return true
+  end
+
+  #等価判定。
+  #「==」による等価判定は実数の等価判定と同じく、基本的には使うべきではない。
+  #しかし、これを定義しておくとテストが楽になることが多い。
+  def ==( other )
+    #pp axes;
+    #pp other.axes;
+
+    return false unless self.axes == other.axes #equal_in_delta( 0.0, 0.0, 0.0 ) とすると計算誤差でうまくいかないことがある。
+    equal_atoms_in_delta?( other, 0.0 )
+  end
+
+  #2つの地点間の距離を返す。
+  #それぞれ、内部座標 Vector3DInternal クラスインスタンスなら絶対座標に変換される。
+  #絶対座標ならばそのまま計算する。
+  #Vector3D か Vector3DInternal 以外のクラスなら例外 Cell::TypeError を投げる。
+  #周期性を考慮したりはしない。
+  #周期性を考慮した距離は PeriodicCell#nearest_distance で行うべき。
+  def distance( pos0, pos1 )
+    if ((pos0.class != Vector3DInternal) && (pos0.class != Vector3D))
+      raise CrystalCell::Cell::TypeError
+    end
+    if ((pos1.class != Vector3DInternal) && (pos1.class != Vector3D))
+      raise CrystalCell::Cell::TypeError
+    end
+
+    v0 = pos0.to_v3d(@axes) if pos0.class == Vector3DInternal
+    v1 = pos1.to_v3d(@axes) if pos1.class == Vector3DInternal
+
+    (v0 - v1).r
+  end
+
+  ###Dump string in POSCAR format.
+  ###Argument <io> can be a file handle or nil.
+  ###POSCAR を作るには、元素の順番を指定する必要があるので
+  ###それを element_order で指定している。
+  ###element_order の要素と == で一致する CrystalCell::Atom instance を
+  ###それぞれ全て出力する。
+  ###e.g.,
+  ###    cell.dump_poscar( STDOUT ) #=> output to stdout.
+  ###    cell.dump_poscar( fileIo ) #=> output to file.
+  ###    cell.dump_poscar( nil ) #=> return in String instance.
+  ###    cell.dump_poscar                #=> return in String instance.
+  ##def dump_poscar( element_order, io = nil )
+  ##    if (io == nil)
+  ##        return create_poscar( element_order )
+  ##    else
+  ##        io.puts create_poscar( element_order )
+  ##    end
+  ##end
+
+  #Cell rotation.( Destructive method)
+  #Argument 'matrix' is 3x3 Array of float.
+  #This method does not modify the position to the range between 0 and 1,
+  #even if it was out of range.
+  def rotate!( matrix )
+    @atoms.each { |atom|
+      old_pos = atom.position
+      new_pos = [0.0, 0.0, 0.0]
+      3.times do |y|
+        3.times do |x|
+          new_pos[y] += (matrix[y][x] * old_pos[x])
         end
-
-        v0 = pos0.to_v3d(@axes) if pos0.class == Vector3DInternal
-        v1 = pos1.to_v3d(@axes) if pos1.class == Vector3DInternal
-
-        (v0 - v1).r
-    end
-
-    #Dump string in POSCAR format.
-    #Argument <io> can be a file handle or nil.
-    #POSCAR を作るには、元素の順番を指定する必要があるので
-    #それを element_order で指定している。
-    #element_order の要素と == で一致する CrystalCell::Atom instance を
-    #それぞれ全て出力する。
-    #e.g.,
-    #    cell.dump_poscar( STDOUT ) #=> output to stdout.
-    #    cell.dump_poscar( fileIo ) #=> output to file.
-    #    cell.dump_poscar( nil ) #=> return in String instance.
-    #    cell.dump_poscar                #=> return in String instance.
-    def dump_poscar( element_order, io = nil )
-        if (io == nil)
-            return create_poscar( element_order )
+      end
+      atom.set_position( new_pos )
+    }
+  end
+
+  #Cell rotation.( Nondestructive method)
+  #Argument 'matrix' is 3x3 Array of float.
+  #This method does not modify the position to the range between 0 and 1,
+  #even if it was out of range.
+  def rotate( matrix )
+    t = Marshal.load( Marshal.dump( self ) )
+    t.rotate!( matrix )
+    return t
+  end
+
+  #並進移動を行う破壊的メソッド。
+  #ary は Float 3 要素の配列。
+  def translate!( ary )
+    @atoms.each { |atom| atom.translate!( ary ) }
+  end
+
+  #並進移動を行う非破壊的メソッド。
+  #ary は Float 3 要素の配列。
+  def translate( ary )
+    t = Marshal.load( Marshal.dump( self ) )
+    t.translate!( ary )
+    return t
+  end
+
+  #Return arithmetic mean of atomic positions in an internal coordinates.
+  #Raise 'Cell::NoAtomError' if no atoms included in self.
+  def center_of_atoms
+    raise CrystalCell::Cell::NoAtomError if @atoms.size == 0
+
+    vec = Vector3DInternal[ 0.0, 0.0, 0.0 ]
+    @atoms.each { |i|
+      3.times { |j| vec[j] += i.position[j] }
+    }
+    vec *= 1.0/ @atoms.size
+  end
+
+  #Calculate volume.
+  def calc_volume
+    axes = @axes.to_a.map { |i| Vector3D[*i] }
+    vA, vB, vC = axes[0..2]
+    Vector3D.scalar_triple_product( vA, vB, vC ).abs
+  end
+
+  #Generate a new cell with the same lattice consants,
+  #containing atoms of indicated elements.
+  #Argument 'elems' must be an array of element names.
+  #含まれる @atoms の順序は、保存される。元素ごとに並び換えたりしない。
+  #CrystalCell::Atom.element が elems の要素のどれかと完全一致しているもののみ対象となる。
+  #サブクラスのインスタンスで実行した場合には、
+  #サブクラスのインスタンスとして生成する。
+  def cell_of_elements( elems )
+    result = self.class.new( @axes )
+    @atoms.each do |atom|
+      result.add_atom(atom) if elems.include?( atom.element )
+    end
+    return result
+  end
+
+  #格子定数の同じ2つのセルを合わせて、全ての原子が含まれる1つのセルを返す
+  #非破壊的メソッド。
+  #2つのセルの格子定数が異なれば例外 Cell::AxesMismatchError を発生させる。
+  #内部的には @atoms はレシーバの @atoms のあとに引数の @atoms を追加した形になる。
+  #comment は空文字になる。
+  #原子座標の重複チェックなどは行わない。
+  def unite( cell )
+    #raise Cell::AxesMismatchError unless @axes == cell.axes
+    result = Marshal.load( Marshal.dump( self ) )
+    cell.atoms.each do |atom|
+      result.add_atom(atom)
+    end
+    return result
+  end
+
+  #任意の格子軸のベクトルを反転する破壊的メソッド。
+  #大まかなイメージとしては、
+  #格子軸の原点をセルを構成する8つの頂点のどれかに移動する操作と考えれば良い。
+  #    ただし厳密には、格子ベクトルは LatticeAxes.new によって triangulate されるため、
+  #    b 軸を反転させた時は a 軸も反転する。( b 軸の y成分を正にするため)
+  #    c 軸を反転させた時は a, b 軸も反転する。( c 軸の z成分を正にするため)
+  #セルの形状、内部のモチーフは保存する。
+  #原子の絶対座標は移動せず、内部座標の表現が変わる。
+  #引数 axis_id は 0, 1, 2 のいずれかの値を取り、それぞれ x, y, z軸を表す。
+  #x, y, z軸の関係は、右手系と左手系が入れ替わる。
+  def inverse_axis!( axis_id )
+    axis_id = axis_id.to_i
+    raise CrystalCell::Cell::AxesRangeError if ( axis_id < 0 || 2 < axis_id )
+
+    axes = []
+    3.times do |i|
+      if ( i == axis_id )
+        axes << @axes[ i ] * (-1.0)
+      else
+        axes << @axes[ i ]
+      end
+    end
+    @axes = CrystalCell::LatticeAxes.new( axes )
+
+    atoms = []
+    @atoms.each do |atom|
+      position = []
+      3.times do |i|
+        if i == axis_id
+          position[i] = atom.position[i] * (-1)
         else
-            io.puts create_poscar( element_order )
-        end
-    end
-
-    #Cell rotation.( Destructive method)
-    #Argument 'matrix' is 3x3 Array of float.
-    #This method does not modify the position to the range between 0 and 1,
-    #even if it was out of range.
-    def rotate!( matrix )
-        @atoms.each { |atom|
-            old_pos = atom.position
-            new_pos = [0.0, 0.0, 0.0]
-            3.times do |y|
-                3.times do |x|
-                    new_pos[y] += (matrix[y][x] * old_pos[x])
-                end
-            end
-            atom.set_position( new_pos )
-        }
-    end
-
-    #Cell rotation.( Nondestructive method)
-    #Argument 'matrix' is 3x3 Array of float.
-    #This method does not modify the position to the range between 0 and 1,
-    #even if it was out of range.
-    def rotate( matrix )
-        t = Marshal.load( Marshal.dump( self ) )
-        t.rotate!( matrix )
-        return t
-    end
-
-    #並進移動を行う破壊的メソッド。
-    #ary は Float 3 要素の配列。
-    def translate!( ary )
-        @atoms.each { |atom| atom.translate!( ary ) }
-    end
-
-    #並進移動を行う非破壊的メソッド。
-    #ary は Float 3 要素の配列。
-    def translate( ary )
-        t = Marshal.load( Marshal.dump( self ) )
-        t.translate!( ary )
-        return t
-    end
-
-    #Return arithmetic mean of atomic positions in an internal coordinates.
-    #Raise 'Cell::NoAtomError' if no atoms included in self.
-    def center_of_atoms
-        raise CrystalCell::Cell::NoAtomError if @atoms.size == 0
-
-        vec = Vector3DInternal[ 0.0, 0.0, 0.0 ]
-        @atoms.each { |i|
-            3.times { |j| vec[j] += i.position[j] }
-        }
-        vec *= 1.0/ @atoms.size
-    end
-
-    #Calculate volume.
-    def calc_volume
-        axes = @axes.to_a.map { |i| Vector3D[*i] }
-        vA, vB, vC = axes[0..2]
-        Vector3D.scalar_triple_product( vA, vB, vC ).abs
-    end
-
-    #Generate a new cell with the same lattice consants,
-    #containing atoms of indicated elements.
-    #Argument 'elems' must be an array of element names.
-    #含まれる @atoms の順序は、保存される。元素ごとに並び換えたりしない。
-    #CrystalCell::Atom.element が elems の要素のどれかと完全一致しているもののみ対象となる。
-    #サブクラスのインスタンスで実行した場合には、
-    #サブクラスのインスタンスとして生成する。
-    def cell_of_elements( elems )
-        result = self.class.new( @axes )
-        @atoms.each do |atom|
-            result.add_atom(atom) if elems.include?( atom.element )
+          position[i] = atom.position[i]
         end
-        return result
-    end
-
-    #格子定数の同じ2つのセルを合わせて、全ての原子が含まれる1つのセルを返す
-    #非破壊的メソッド。
-    #2つのセルの格子定数が異なれば例外 Cell::AxesMismatchError を発生させる。
-    #内部的には @atoms はレシーバの @atoms のあとに引数の @atoms を追加した形になる。
-    #comment は空文字になる。
-    #原子座標の重複チェックなどは行わない。
-    def unite( cell )
-        #raise Cell::AxesMismatchError unless @axes == cell.axes
-        result = Marshal.load( Marshal.dump( self ) )
-        cell.atoms.each do |atom|
-            result.add_atom(atom)
+      end
+      atom.position = Vector3DInternal[*position]
+    end
+  end
+
+  #inverse_axis! の非破壊版。
+  def inverse_axis( axis_id )
+    result = Marshal.load( Marshal.dump( self ) )
+    result.inverse_axis!( axis_id )
+    return result
+  end
+
+  #2つの格子ベクトルを交換する破壊的メソッド。
+  #Argument 'axis_ids' must have 2 items of integer.
+  #0, 1, and 2 mean x, y, and z axes, respectively.
+  #この範囲の整数でなければ例外 Cell::AxesRangeError.
+  #axis_ids に含まれる 2つの数字が同じならば
+  #例外 Cell::SameAxesError.
+  def exchange_axes!( axis_ids )
+    raise ArgumentError if axis_ids.size != 2
+    axis_ids.each{ |i| raise AxesRangeError if ( i < 0 || 2 < i ) }
+    raise CrystalCell::Cell::SameAxesError if ( axis_ids[0] == axis_ids[1] )
+
+    #格子定数を交換。
+    axes = @axes.axes
+    axes[ axis_ids[0]], axes[ axis_ids[1]] = axes[ axis_ids[1]], axes[ axis_ids[0]]
+    @axes = CrystalCell::LatticeAxes.new( axes )
+
+    #内部座標を交換。
+    new_atoms = []
+    @atoms.each do |atom|
+      new_pos = atom.position
+      new_pos[ axis_ids[0]], new_pos[ axis_ids[1]] =
+        new_pos[ axis_ids[1]], new_pos[ axis_ids[0]]
+      new_atoms << CrystalCell::Atom.new( atom.element, new_pos, atom.name, atom.movable_flags )
+    end
+  end
+
+  #exchange_axes! の非破壊版。
+  def exchange_axes( axis_ids )
+    result = Marshal.load( Marshal.dump( self ) )
+    result.exchange_axes!( axis_ids )
+    return result
+  end
+
+  #鏡像となるセルに変換する破壊的メソッド。
+  def reflect!
+    axes = @axes.to_a
+    axes[0][0] *= -1
+    @axes = CrystalCell::LatticeAxes.new( axes )
+  end
+
+  #鏡像となるセルに変換する非破壊的メソッド。
+  def reflect
+    result = Marshal.load( Marshal.dump( self ) )
+    result.reflect!
+    return result
+  end
+
+  #rotation と translation からなる操作(e.g., 対称操作)
+  #を加えたセルを返す。
+  def operate(rotation, translation)
+    rotation = Matrix[*rotation]
+    translation = translation.to_v3d
+    new_atoms = atoms.map do |atom|
+      position = atom.position.to_v3d([
+        [1.0, 0.0, 0.0], [0.0, 1.0, 0.0], [0.0, 0.0, 1.0],
+      ])
+      new_pos = (rotation * position + translation).to_a.to_v3di
+      CrystalCell::Atom.new(atom.element, new_pos, atom.name)
+    end
+    CrystalCell::Cell.new(@axes, new_atoms)
+  end
+
+  #Return information of axes symmetry.
+  #E.g.,
+  # [true , true , true ] when    a = b    = c, like cubic
+  # [true , false, false] when    a = b != c, like hexagonal, trigonal, tetragonal
+  # [false, true , false] (same as above)
+  # [false, false, true ] (same as above)
+  # [false, false, false] when    a != b != c, like triclinic, monoclinic, orthorhombic
+  def axis_independencies(symprec, angle_tolerance)
+    rotations = symmetry_operations(symprec, angle_tolerance).map {|oper| oper[:rotation]}
+
+    results = [true, true, true]
+    rotations.each do |rot|
+      3.times do |i|
+        3.times do |j|
+          next if rot[i][j] == 0
+          next if i == j
+          results[i] = false
+          results[j] = false
         end
-        return result
+      end
     end
+    return results
+  end
 
-    #任意の格子軸のベクトルを反転する破壊的メソッド。
-    #大まかなイメージとしては、
-    #格子軸の原点をセルを構成する8つの頂点のどれかに移動する操作と考えれば良い。
-    #    ただし厳密には、格子ベクトルは LatticeAxes.new によって triangulate されるため、
-    #    b 軸を反転させた時は a 軸も反転する。( b 軸の y成分を正にするため)
-    #    c 軸を反転させた時は a, b 軸も反転する。( c 軸の z成分を正にするため)
-    #セルの形状、内部のモチーフは保存する。
-    #原子の絶対座標は移動せず、内部座標の表現が変わる。
-    #引数 axis_id は 0, 1, 2 のいずれかの値を取り、それぞれ x, y, z軸を表す。
-    #x, y, z軸の関係は、右手系と左手系が入れ替わる。
-    def inverse_axis!( axis_id )
-        axis_id = axis_id.to_i
-        raise CrystalCell::Cell::AxesRangeError if ( axis_id < 0 || 2 < axis_id )
-
-        axes = []
-        3.times do |i|
-            if ( i == axis_id )
-                axes << @axes[ i ] * (-1.0)
-            else
-                axes << @axes[ i ]
-            end
-        end
-        @axes = CrystalCell::LatticeAxes.new( axes )
-
-        atoms = []
-        @atoms.each do |atom|
-            position = []
-            3.times do |i|
-                if i == axis_id
-                    position[i] = atom.position[i] * (-1)
-                else
-                    position[i] = atom.position[i]
-                end
-            end
-            atom.position = Vector3DInternal[*position]
-        end
-    end
+  private
 
-    #def inverse_axis!( axis_id )
-    #axis_id = axis_id.to_i
-    #raise Cell::AxesRangeError if ( axis_id < 0 || 2 < axis_id )
-
-    #axes = []
-    #3.times do |i|
-    #    if ( i == axis_id )
-    #        axes << @axes[ i ] * (-1.0)
-    #    else
-    #        axes << @axes[ i ]
-    #    end
-    #end
-    #@axes = CrystalCell::LatticeAxes.new( axes )
-
-    #atoms = []
-    #@atoms.each do |atom|
-    #    position = []
-    #    3.times do |i|
-    #        if i == axis_id
-    #            position[i] = atom.position[i] * (-1)
-    #        else
-    #            position[i] = atom.position[i]
-    #        end
-    #    end
-    #    atom.position
-    #    atoms << CrystalCell::Atom.new( atom.element, position, atom.name, atom.movable_flags )
-    #end
-    #@atoms = atoms
+  #Return rotations and translation of symmetry operations.
+  def symmetry_operations(symprec, angle_tolerance)
+    #begin
+    #    require "getspg.so"
+    #rescue LoadError
+    #    raise LoadError,
+    #        "LoadError: 'spglib' seems not to be installed into the system."
     #end
 
-    #inverse_axis! の非破壊版。
-    def inverse_axis( axis_id )
-        result = Marshal.load( Marshal.dump( self ) )
-        result.inverse_axis!( axis_id )
-        return result
-    end
-
-    #2つの格子ベクトルを交換する破壊的メソッド。
-    #Argument 'axis_ids' must have 2 items of integer.
-    #0, 1, and 2 mean x, y, and z axes, respectively.
-    #この範囲の整数でなければ例外 Cell::AxesRangeError.
-    #axis_ids に含まれる 2つの数字が同じならば
-    #例外 Cell::SameAxesError.
-    def exchange_axes!( axis_ids )
-        raise ArgumentError if axis_ids.size != 2
-        axis_ids.each{ |i| raise AxesRangeError if ( i < 0 || 2 < i ) }
-        raise CrystalCell::Cell::SameAxesError if ( axis_ids[0] == axis_ids[1] )
-
-        #格子定数を交換。
-        axes = @axes.axes
-        axes[ axis_ids[0]], axes[ axis_ids[1]] = axes[ axis_ids[1]], axes[ axis_ids[0]]
-        @axes = CrystalCell::LatticeAxes.new( axes )
-
-        #内部座標を交換。
-        new_atoms = []
-        @atoms.each do |atom|
-            new_pos = atom.position
-            new_pos[ axis_ids[0]], new_pos[ axis_ids[1]] =
-                new_pos[ axis_ids[1]], new_pos[ axis_ids[0]]
-            new_atoms << CrystalCell::Atom.new( atom.element, new_pos, atom.name, atom.movable_flags )
-        end
-    end
-
-    #exchange_axes! の非破壊版。
-    def exchange_axes( axis_ids )
-        result = Marshal.load( Marshal.dump( self ) )
-        result.exchange_axes!( axis_ids )
-        return result
-    end
-
-    #鏡像となるセルに変換する破壊的メソッド。
-    def reflect!
-        axes = @axes.to_a
-        axes[0][0] *= -1
-        @axes = CrystalCell::LatticeAxes.new( axes )
-    end
-
-    #鏡像となるセルに変換する非破壊的メソッド。
-    def reflect
-        result = Marshal.load( Marshal.dump( self ) )
-        result.reflect!
-        return result
-    end
-
-    #rotation と translation からなる操作(e.g., 対称操作)
-    #を加えたセルを返す。
-    def operate(rotation, translation)
-        rotation = Matrix[*rotation]
-        translation = translation.to_v3d
-        new_atoms = atoms.map do |atom|
-            position = atom.position.to_v3d([
-                [1.0, 0.0, 0.0], [0.0, 1.0, 0.0], [0.0, 0.0, 1.0],
-            ])
-            new_pos = (rotation * position + translation).to_a.to_v3di
-            CrystalCell::Atom.new(atom.element, new_pos, atom.name)
+    unless defined? Getspg
+      raise NoSpglibError, "symmetry_operations() is called without spglib."
+    end
+
+    #pp lattice                     # => [[2.0, 0.0, 0.0], [1.2246063538223773e-16, 2.0, 0.0], [1.2246063538223773e-16, 1.2246063538223773e-16, 2.0]]
+    ##vasp の lattice 行と比べて転置しているのに注意。
+    #pp position                    #=>[[0.0, 0.0, 0.0], [0.5, 0.0, 0.0], [0.5, 0.5, 0.0], [0.5, 0.5, 0.5]]
+    #pp types                           #=>[1, 2, 3, 3]
+    #pp symprec                     #=>1.0e-05
+    #pp angle_tolerance     #=>-1.0
+    axes_t = @axes.to_a.transpose
+
+    poss = positions.map {|pos| pos.to_a}
+
+    table = {}
+    types = elements.map do |elem|
+      table[elem] = ((table.size) +1) unless table.keys.include? elem
+      table[elem]
+    end
+
+    #pp axes_t, poss, types, symprec, angle_tolerance
+
+    spgnum, spg, hallnum, hall_symbol, t_mat, o_shift,
+    rotations, translations, wyckoffs =
+      #include Getspg
+      #pp Getspg.methods.sort
+      #Getspg::get_dataset(axes_t, poss, types, symprec, angle_tolerance)
+      get_dataset(axes_t, poss, types, symprec, angle_tolerance)
+
+    results = []
+    rotations.size.times do |index|
+      results << {
+        :rotation => rotations[index],
+        :translation => translations[index]
+      }
+    end
+    return results
+  end
+
+  #POSCAR の内容の文字列を生成。
+  #文字列の配列ではなく、改行文字を含む1つの文字列である点に注意。
+  #
+  #VASP の挙動として、Selective dynamics 指定ありの時に
+  #原子に T or F 指定していなかったり 3要素に足りなかったりすれば、
+  #error となって実行されない。
+  #なので dump_poscar では Selective dynamics 指定が必要な時には
+  #全ての原子に T/F を記述する。
+  #POSCAR から生成された Cell の場合は Selective dynamics がついていれば
+  #全ての原子に 3つの T/F が付いていることを前提としても良いだろう。
+  #原子を追加するとかで、一部の原子の movable_flags が nil になっているときは、
+  #デフォルト値として [ true, true, true ] を入れることにする。
+  #nil ならば false を連想すると思うが、敢えて true で埋めている理由は、
+  #Selective dynamics をつけていない状態で VASP は全方向に緩和する、
+  #すなわち T T T と指定したことと同じになっているから。
+  #換言すればこのデフォルト値の設定は VASP に合わせた仕様ということになる。
+  #VASP に由来する仕様が Cell クラスに持ち込まれていることになるが、
+  #VASP へのインターフェイスである POSCAR ファイルへの書き出しに限定されるので
+  #他への影響はほとんどなく、気にしなくて良いだろう。
+  def create_poscar( element_order )
+    #element_order と elements が一対一対応していなければ raise
+    raise "Cell::create_poscar, element_order mismatches to elements." if (! Mapping::map?( elements.uniq, element_order ){ |i, j| i == j } )
+
+    results = []
+    results << @comment
+    results << "1.0" #scale
+    3.times do |i|
+      results << sprintf( "%20.14f  %20.14f  %20.14f", @axes[i][0], @axes[i][1], @axes[i][2]
+      )
+    end
+
+    ##collect information
+    elem_list = Hash.new
+    element_order.each do |elem|
+      elem_list[ elem ] = @atoms.select{ |atom| atom.element == elem }
+    end
+
+    ##element symbols
+    results << "  " + element_order.join("  ")
+
+    ##numbers of element atoms
+    tmp = ''
+    element_order.each do |elem|
+      tmp += "  #{elem_list[elem].size.to_s}"
+    end
+    results << tmp
+
+    ##Selective dynamics
+    ##どれか1つでも getMovableFlag が真であれば Selective dynamics をオンにする
+    selective_dynamics = false
+    @atoms.each do |atom|
+      if atom.movable_flags
+        selective_dynamics = true
+        results << "Selective dynamics"
+        break
+      end
+    end
+
+    element_order.each do |elem|
+      elem_list[ elem ].each do |atom|
+        if atom.movable_flags
+          selective_dynamics = true
+          break
         end
-        CrystalCell::Cell.new(@axes, new_atoms)
-    end
-
-    #Return information of axes symmetry.
-    #E.g.,
-    # [true , true , true ] when    a = b    = c, like cubic
-    # [true , false, false] when    a = b != c, like hexagonal, trigonal, tetragonal
-    # [false, true , false] (same as above)
-    # [false, false, true ] (same as above)
-    # [false, false, false] when    a != b != c, like triclinic, monoclinic, orthorhombic
-    def axis_independencies(symprec, angle_tolerance)
-        rotations = symmetry_operations(symprec, angle_tolerance).map {|oper| oper[:rotation]}
-
-        results = [true, true, true]
-        rotations.each do |rot|
-            3.times do |i|
-                3.times do |j|
-                    next if rot[i][j] == 0
-                    next if i == j
-                    results[i] = false
-                    results[j] = false
-                end
+      end
+      break if selective_dynamics
+    end
+
+    results << "Direct"  #now, Direct only
+
+    ##positions of atoms
+    element_order.each do |elem|
+      elem_list[ elem ].each do |atom|
+        tmp =    sprintf( "%20.14f  %20.14f  %20.14f", * atom.position )
+        if selective_dynamics
+          if atom.movable_flags == nil
+            tmp += " T T T"
+          else
+            atom.movable_flags.each do |mov|
+              ( mov == true ) ?    tmp += " T" : tmp += " F"
             end
-        end
-        return results
-    end
-
-    private
-
-    #Return rotations and translation of symmetry operations.
-    def symmetry_operations(symprec, angle_tolerance)
-        #begin
-        #    require "getspg.so"
-        #rescue LoadError
-        #    raise LoadError,
-        #        "LoadError: 'spglib' seems not to be installed into the system."
-        #end
-
-        unless defined? Getspg
-            raise NoSpglibError, "symmetry_operations() is called without spglib."
-        end
-
-        #pp lattice                     # => [[2.0, 0.0, 0.0], [1.2246063538223773e-16, 2.0, 0.0], [1.2246063538223773e-16, 1.2246063538223773e-16, 2.0]]
-        ##vasp の lattice 行と比べて転置しているのに注意。
-        #pp position                    #=>[[0.0, 0.0, 0.0], [0.5, 0.0, 0.0], [0.5, 0.5, 0.0], [0.5, 0.5, 0.5]]
-        #pp types                           #=>[1, 2, 3, 3]
-        #pp symprec                     #=>1.0e-05
-        #pp angle_tolerance     #=>-1.0
-        axes_t = @axes.to_a.transpose
-
-        poss = positions.map {|pos| pos.to_a}
-
-        table = {}
-        types = elements.map do |elem|
-            table[elem] = ((table.size) +1) unless table.keys.include? elem
-            table[elem]
-        end
-
-        #pp axes_t, poss, types, symprec, angle_tolerance
-
-        spgnum, spg, hallnum, hall_symbol, t_mat, o_shift,
-        rotations, translations, wyckoffs =
-            #include Getspg
-            #pp Getspg.methods.sort
-            #Getspg::get_dataset(axes_t, poss, types, symprec, angle_tolerance)
-            get_dataset(axes_t, poss, types, symprec, angle_tolerance)
-
-        results = []
-        rotations.size.times do |index|
-            results << {
-                :rotation => rotations[index],
-                :translation => translations[index]
-            }
-        end
-        return results
-    end
-
-    #POSCAR の内容の文字列を生成。
-    #文字列の配列ではなく、改行文字を含む1つの文字列である点に注意。
-    #
-    #VASP の挙動として、Selective dynamics 指定ありの時に
-    #原子に T or F 指定していなかったり 3要素に足りなかったりすれば、
-    #error となって実行されない。
-    #なので dump_poscar では Selective dynamics 指定が必要な時には
-    #全ての原子に T/F を記述する。
-    #POSCAR から生成された Cell の場合は Selective dynamics がついていれば
-    #全ての原子に 3つの T/F が付いていることを前提としても良いだろう。
-    #原子を追加するとかで、一部の原子の movable_flags が nil になっているときは、
-    #デフォルト値として [ true, true, true ] を入れることにする。
-    #nil ならば false を連想すると思うが、敢えて true で埋めている理由は、
-    #Selective dynamics をつけていない状態で VASP は全方向に緩和する、
-    #すなわち T T T と指定したことと同じになっているから。
-    #換言すればこのデフォルト値の設定は VASP に合わせた仕様ということになる。
-    #VASP に由来する仕様が Cell クラスに持ち込まれていることになるが、
-    #VASP へのインターフェイスである POSCAR ファイルへの書き出しに限定されるので
-    #他への影響はほとんどなく、気にしなくて良いだろう。
-    def create_poscar( element_order )
-        #element_order と elements が一対一対応していなければ raise
-        raise "Cell::create_poscar, element_order mismatches to elements." if (! Mapping::map?( elements.uniq, element_order ){ |i, j| i == j } )
-
-        results = []
-        results << @comment
-        results << "1.0" #scale
-        3.times do |i|
-            results << sprintf( "%20.14f  %20.14f  %20.14f", @axes[i][0], @axes[i][1], @axes[i][2]
-            )
-        end
-
-        ##collect information
-        elem_list = Hash.new
-        element_order.each do |elem|
-            elem_list[ elem ] = @atoms.select{ |atom| atom.element == elem }
-        end
-
-        ##element symbols
-        results << "  " + element_order.join("  ")
-
-        ##numbers of element atoms
-        tmp = ''
-        element_order.each do |elem|
-            tmp += "  #{elem_list[elem].size.to_s}"
+          end
         end
         results << tmp
-
-        ##Selective dynamics
-        ##どれか1つでも getMovableFlag が真であれば Selective dynamics をオンにする
-        selective_dynamics = false
-        @atoms.each do |atom|
-            if atom.movable_flags
-                selective_dynamics = true
-                results << "Selective dynamics"
-                break
-            end
-        end
-
-        element_order.each do |elem|
-            elem_list[ elem ].each do |atom|
-                if atom.movable_flags
-                    selective_dynamics = true
-                    break
-                end
-            end
-            break if selective_dynamics
-        end
-
-        results << "Direct"  #now, Direct only
-
-        ##positions of atoms
-        element_order.each do |elem|
-            elem_list[ elem ].each do |atom|
-                tmp =    sprintf( "%20.14f  %20.14f  %20.14f", * atom.position )
-                if selective_dynamics
-                    if atom.movable_flags == nil
-                        tmp += " T T T"
-                    else
-                        atom.movable_flags.each do |mov|
-                            ( mov == true ) ?    tmp += " T" : tmp += " F"
-                        end
-                    end
-                end
-                results << tmp
-            end
-        end
-
-        results.join("\n")
+      end
     end
 
+    results.join("\n")
+  end
+
 end