tslearn 0.7.0__py3-none-any.whl

tslearn/.cached_datasets/singleTrainTest.csv

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+WormsTwoClass;0.5194805194805194;0.5584415584415584;0.4935064935064935;0.5714285714285714;0.5714285714285714;0.6363636363636364;0.6883116883116883;0.5974025974025974;0.61038961;0.623376623;0.584415584;0.636363636;0.688311688;0.649350649;0.649350649;0.675324675;0.61038961;0.636363636;0.571428571;0.6493506493506493;0.623376623;0.701298701;0.8311688311688312;0.7272727272727273;0.727273;0.6363636363636364;0.7142857142857143;0.8311688311688312;0.6233766233766234;0.7532467532467533;0.7532467532467533;0.7662337662337663;0.8181818181818182;0.6883116883116883;0.805194805;0.6753246753246753
+yoga;0.5423333333333333;0.6843333333333333;0.572;0.786;0.606;0.8146666666666667;0.8243333333333334;0.8206666666666667;0.830333333;0.836666667;0.843;0.82;0.828666667;0.847;0.860333333;0.865333333;0.872;0.84;0.853;0.856;0.856;0.868333333;0.8176666666666667;0.8343333333333334;0.695;0.832;0.84;0.9183333333333333;0.8593333333333333;0.8193333333333334;0.869;0.75;0.6953333333333334;0.879;0.876666667;0.844

tslearn/__init__.py

@@ -0,0 +1,15 @@
+__author__ = 'Romain Tavenard romain.tavenard[at]univ-rennes2.fr'
+__version__ = "0.7.0"
+__bibtex__ = r"""@article{JMLR:v21:20-091,
+  author  = {Romain Tavenard and Johann Faouzi and Gilles Vandewiele and
+             Felix Divo and Guillaume Androz and Chester Holtz and
+             Marie Payne and Roman Yurchak and Marc Ru{\ss}wurm and
+             Kushal Kolar and Eli Woods},
+  title   = {Tslearn, A Machine Learning Toolkit for Time Series Data},
+  journal = {Journal of Machine Learning Research},
+  year    = {2020},
+  volume  = {21},
+  number  = {118},
+  pages   = {1-6},
+  url     = {http://jmlr.org/papers/v21/20-091.html}
+}"""

tslearn/backend/__init__.py

@@ -0,0 +1,43 @@
+"""
+The :mod:`tslearn.backend` module provides multiple backends.
+The backends provided are NumPy and PyTorch.
+"""
+import os
+import logging
+from importlib import import_module
+
+from .backend import Backend, cast, instantiate_backend, select_backend
+
+
+def check_keras_backend():
+    """
+    Select a backend based on installed packages
+    when none is explicitly selected.
+
+    """
+    if not os.environ.get("KERAS_BACKEND"):
+        for keras_backend in ["torch", "tensorflow", "jax"]:
+            try:
+                import_module(keras_backend)
+                os.environ["KERAS_BACKEND"] = keras_backend
+                logging.info((
+                    "Using {} as Keras backend, may be overloaded through " +
+                    "the `KERAS_BACKEND` environment variable.").format(
+                    keras_backend
+                ))
+                break
+            except ModuleNotFoundError:
+                logging.debug(
+                    "Skipping {} backend for Keras: not installed".format(keras_backend)
+                )
+        else:
+            raise ImportError("No Keras backend installed")
+
+
+__all__ = [
+    "Backend",
+    "cast",
+    "instantiate_backend",
+    "select_backend",
+    'check_keras_backend'
+]

tslearn/backend/backend.py

@@ -0,0 +1,122 @@
+"""The generic backend."""
+
+from tslearn.backend.numpy_backend import NumPyBackend
+
+try:
+    import torch
+
+    from tslearn.backend.pytorch_backend import PyTorchBackend
+except ImportError:
+
+    class PyTorchBackend:
+        def __init__(self):
+            raise ValueError(
+                "Could not use pytorch backend since torch is not installed"
+            )
+
+
+def instantiate_backend(*args):
+    """Select backend.
+
+    Parameter
+    ---------
+    *args : Input arguments can be Backend instance or string or array or None
+        Arguments used to define the backend instance.
+
+    Returns
+    -------
+    backend : Backend instance
+        The backend instance.
+    """
+    for arg in args:
+        if isinstance(arg, Backend):
+            return arg
+        arg_string = (str(type(arg)) + str(arg)).lower()
+        if "numpy" in arg_string:
+            return Backend("numpy")
+        if "torch" in arg_string:
+            return Backend("pytorch")
+    return Backend("numpy")
+
+
+def select_backend(data):
+    """Select backend.
+
+    Parameter
+    ---------
+    data : array-like or string or None
+        Indicates the backend to choose.
+        Optional, default equals None.
+
+    Returns
+    -------
+    backend : class
+        The backend class.
+        If data is a Numpy array or data equals 'numpy' or data is None,
+        backend equals NumpyBackend().
+        If data is a PyTorch array or data equals 'pytorch',
+        backend equals PytorchBackend().
+    """
+    arg_string = (str(type(data)) + str(data)).lower()
+    if "torch" in arg_string:
+        return PyTorchBackend()
+    return NumPyBackend()
+
+
+class Backend(object):
+    """Class for the  backend.
+
+    Parameter
+    ---------
+    data : array-like or string or None
+        Indicates the backend to choose.
+        If data is a Numpy array or data equals 'numpy' or data is None,
+        self.backend is set to NumpyBackend().
+        If data is a PyTorch array or data equals 'pytorch',
+        self.backend is set to PytorchBackend().
+        Optional, default equals None.
+    """
+
+    def __init__(self, data=None):
+        self.backend = select_backend(data)
+
+        for element in dir(self.backend):
+            if "__" not in element:
+                setattr(self, element, getattr(self.backend, element))
+
+        self.is_numpy = self.backend_string == "numpy"
+        self.is_pytorch = self.backend_string == "pytorch"
+
+    def get_backend(self):
+        return self.backend
+
+    def set_backend(self, data=None):
+        self.backend = select_backend(data)
+
+
+def cast(data, array_type="numpy"):
+    """Cast data to list or specific backend.
+
+    Parameters
+    ----------
+    data: array-like,
+        The input data should be a list or numpy array or torch array.
+        The data to cast.
+    array_type: string
+        The type to cast the data. It can be "numpy", "pytorch" or "list".
+
+    Returns
+    --------
+    data_cast: array-like
+        Data cast to array_type.
+    """
+    data_type_string = str(type(data)).lower()
+    array_type = array_type.lower()
+    if array_type == "pytorch":
+        array_type = "torch"
+    if array_type in data_type_string:
+        return data
+    if array_type == "list":
+        return data.tolist()
+    be = Backend(array_type)
+    return be.array(data)

tslearn/backend/numpy_backend.py

@@ -0,0 +1,141 @@
+"""The Numpy backend.
+
+Several backend functions are inspired from a python package about Machine Learning
+in Riemannian manifolds named geomstats [JMLR:v21:19-027], also implementing several backends.
+
+References
+----------------
+[JMLR:v21:19-027] Nina Miolane, Nicolas Guigui, Alice Le Brigant, Johan Mathe,
+Benjamin Hou, Yann Thanwerdas, Stefan Heyder, Olivier Peltre, Niklas Koep, Hadi Zaatiti,
+Hatem Hajri, Yann Cabanes, Thomas Gerald, Paul Chauchat, Christian Shewmake, Daniel Brooks,
+Bernhard Kainz, Claire Donnat, Susan Holmes and Xavier Pennec.
+Geomstats:  A Python Package for Riemannian Geometry in Machine Learning,
+Journal of Machine Learning Research, 2020, volume 21, number 223, pages 1-9,
+http://jmlr.org/papers/v21/19-027.html, https://github.com/geomstats/geomstats/
+"""
+
+import numpy as _np
+from scipy.spatial.distance import cdist, pdist
+from sklearn.metrics.pairwise import euclidean_distances, pairwise_distances
+
+
+class NumPyBackend(object):
+    """Class for the Numpy  backend."""
+
+    def __init__(self):
+        self.backend_string = "numpy"
+
+        self.linalg = NumPyLinalg()
+        self.random = NumPyRandom()
+        self.testing = NumPyTesting()
+
+        self.int8 = _np.int8
+        self.int16 = _np.int16
+        self.int32 = _np.int32
+        self.int64 = _np.int64
+        self.float32 = _np.float32
+        self.float64 = _np.float64
+        self.complex64 = _np.complex64
+        self.complex128 = _np.complex128
+
+        self.abs = _np.abs
+        self.all = _np.all
+        self.any = _np.any
+        self.arange = _np.arange
+        self.argmax = _np.argmax
+        self.argmin = _np.argmin
+        self.array = _np.array
+        self.cdist = cdist
+        self.ceil = _np.ceil
+        self.dbl_max = _np.finfo("double").max
+        self.diag = _np.diag
+        self.empty = _np.empty
+        self.exp = _np.exp
+        self.eye = _np.eye
+        self.floor = _np.floor
+        self.full = _np.full
+        self.hstack = _np.hstack
+        self.inf = _np.inf
+        self.iscomplex = _np.iscomplex
+        self.isfinite = _np.isfinite
+        self.isnan = _np.isnan
+        self.log = _np.log
+        self.max = _np.max
+        self.mean = _np.mean
+        self.median = _np.median
+        self.min = _np.min
+        self.nan = _np.nan
+        self.pairwise_distances = pairwise_distances
+        self.pairwise_euclidean_distances = euclidean_distances
+        self.pdist = pdist
+        self.reshape = _np.reshape
+        self.round = _np.round
+        self.shape = _np.shape
+        self.sqrt = _np.sqrt
+        self.sum = _np.sum
+        self.tril = _np.tril
+        self.tril_indices = _np.tril_indices
+        self.triu = _np.triu
+        self.triu_indices = _np.triu_indices
+        self.vstack = _np.vstack
+        self.zeros = _np.zeros
+        self.zeros_like = _np.zeros_like
+
+    @staticmethod
+    def belongs_to_backend(x):
+        return "numpy" in str(type(x)).lower()
+
+    @staticmethod
+    def cast(x, dtype):
+        return x.astype(dtype)
+
+    @staticmethod
+    def copy(x):
+        return x.copy()
+
+    @staticmethod
+    def from_numpy(x):
+        return x
+
+    @staticmethod
+    def is_array(x):
+        return type(x) is _np.ndarray
+
+    @staticmethod
+    def is_float(x):
+        return isinstance(x, (_np.floating, float))
+
+    @staticmethod
+    def is_float32(x):
+        return isinstance(x, _np.float32)
+
+    @staticmethod
+    def is_float64(x):
+        return isinstance(x, _np.float64)
+
+    @staticmethod
+    def ndim(x):
+        return x.ndim
+
+    @staticmethod
+    def to_numpy(x):
+        return x
+
+
+class NumPyLinalg:
+    def __init__(self):
+        self.inv = _np.linalg.inv
+        self.norm = _np.linalg.norm
+
+
+class NumPyRandom:
+    def __init__(self):
+        self.rand = _np.random.rand
+        self.randint = _np.random.randint
+        self.randn = _np.random.randn
+
+
+class NumPyTesting:
+    def __init__(self):
+        self.assert_allclose = _np.testing.assert_allclose
+        self.assert_equal = _np.testing.assert_equal