scdataloader 1.9.2__py3-none-any.whl → 2.0.2__py3-none-any.whl
This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
- scdataloader/__main__.py +4 -5
- scdataloader/collator.py +76 -78
- scdataloader/config.py +25 -9
- scdataloader/data.json +384 -0
- scdataloader/data.py +134 -77
- scdataloader/datamodule.py +638 -245
- scdataloader/mapped.py +104 -43
- scdataloader/preprocess.py +136 -110
- scdataloader/utils.py +158 -52
- {scdataloader-1.9.2.dist-info → scdataloader-2.0.2.dist-info}/METADATA +6 -7
- scdataloader-2.0.2.dist-info/RECORD +16 -0
- {scdataloader-1.9.2.dist-info → scdataloader-2.0.2.dist-info}/WHEEL +1 -1
- scdataloader-2.0.2.dist-info/licenses/LICENSE +21 -0
- scdataloader/VERSION +0 -1
- scdataloader-1.9.2.dist-info/RECORD +0 -16
- scdataloader-1.9.2.dist-info/licenses/LICENSE +0 -674
- {scdataloader-1.9.2.dist-info → scdataloader-2.0.2.dist-info}/entry_points.txt +0 -0
scdataloader/data.json
ADDED
|
@@ -0,0 +1,384 @@
|
|
|
1
|
+
'lung': 42877488
|
|
2
|
+
'blood': 34180713
|
|
3
|
+
'brain': 29530595
|
|
4
|
+
'colon': 25830811
|
|
5
|
+
'unknown': 23810521
|
|
6
|
+
'pancreas': 21597602
|
|
7
|
+
'embryo': 16976623
|
|
8
|
+
'skin': 12513695
|
|
9
|
+
'liver': 10683313
|
|
10
|
+
'breast': 10539762
|
|
11
|
+
'marrow': 9543512
|
|
12
|
+
'kidney': 8213043
|
|
13
|
+
'heart': 4800567
|
|
14
|
+
'immune system': 4687291
|
|
15
|
+
'eye': 4677504
|
|
16
|
+
# 'other (310 tissues)': 87200000
|
|
17
|
+
'UBERON:0002106': 4559701
|
|
18
|
+
'UBERON:0000029': 4314740
|
|
19
|
+
'UBERON:0000945': 4244624
|
|
20
|
+
'UBERON:0001295': 3485757
|
|
21
|
+
'UBERON:0002049': 3350893
|
|
22
|
+
'UBERON:0002108': 3226581
|
|
23
|
+
'UBERON:0001255': 2961628
|
|
24
|
+
'UBERON:0001434': 2823653
|
|
25
|
+
'UBERON:0001004': 2588530
|
|
26
|
+
'UBERON:0002037': 2101623
|
|
27
|
+
'UBERON:0001015': 1920181
|
|
28
|
+
'UBERON:0000995': 1864451
|
|
29
|
+
'UBERON:0001013': 1853702
|
|
30
|
+
'UBERON:0001017': 1818861
|
|
31
|
+
'UBERON:0002240': 1704269
|
|
32
|
+
'UBERON:0009834': 1631471
|
|
33
|
+
'UBERON:0000002': 1596082
|
|
34
|
+
'UBERON:0001893': 1565863
|
|
35
|
+
'UBERON:0001851': 1513857
|
|
36
|
+
'UBERON:0002771': 1317262
|
|
37
|
+
'UBERON:0002367': 1301074
|
|
38
|
+
'UBERON:0002369': 1279963
|
|
39
|
+
'UBERON:0000956': 1252422
|
|
40
|
+
'UBERON:0013682': 1195809
|
|
41
|
+
'UBERON:0000160': 1156931
|
|
42
|
+
'UBERON:0001987': 1127465
|
|
43
|
+
'UBERON:0001043': 1015278
|
|
44
|
+
'UBERON:0001032': 1011915
|
|
45
|
+
'UBERON:0000992': 948464
|
|
46
|
+
'UBERON:0000010': 897312
|
|
47
|
+
'UBERON:0000473': 838235
|
|
48
|
+
'UBERON:0002368': 814761
|
|
49
|
+
'UBERON:0002084': 761793
|
|
50
|
+
'UBERON:0001870': 730928
|
|
51
|
+
'UBERON:0000344': 655220
|
|
52
|
+
'UBERON:0001384': 625538
|
|
53
|
+
'UBERON:0000966': 598023
|
|
54
|
+
'UBERON:0002421': 578257
|
|
55
|
+
'UBERON:0001225': 542410
|
|
56
|
+
'UBERON:0000991': 507126
|
|
57
|
+
'UBERON:0002116': 506392
|
|
58
|
+
'UBERON:8440012': 494325
|
|
59
|
+
'UBERON:0001898': 483451
|
|
60
|
+
'UBERON:0000990': 440483
|
|
61
|
+
'UBERON:0002370': 405221
|
|
62
|
+
'UBERON:0002436': 399661
|
|
63
|
+
'UBERON:0001965': 387483
|
|
64
|
+
'UBERON:0000006': 362898
|
|
65
|
+
'UBERON:0001005': 358584
|
|
66
|
+
'UBERON:0010225': 343320
|
|
67
|
+
'UBERON:0002102': 335470
|
|
68
|
+
'UBERON:0008946': 334444
|
|
69
|
+
'UBERON:0000053': 310875
|
|
70
|
+
'UBERON:0008933': 310653
|
|
71
|
+
'UBERON:0001117': 308212
|
|
72
|
+
'UBERON:0001007': 307511
|
|
73
|
+
'UBERON:0000059': 288232
|
|
74
|
+
'UBERON:0002080': 286423
|
|
75
|
+
'UBERON:0002094': 284283
|
|
76
|
+
'UBERON:0000362': 283305
|
|
77
|
+
'UBERON:0002365': 282382
|
|
78
|
+
'UBERON:0002103': 264447
|
|
79
|
+
'UBERON:0001891': 249305
|
|
80
|
+
'UBERON:0001894': 249065
|
|
81
|
+
'UBERON:0000411': 236082
|
|
82
|
+
'UBERON:0002728': 221808
|
|
83
|
+
'UBERON:0000451': 219655
|
|
84
|
+
'UBERON:0001161': 214938
|
|
85
|
+
'UBERON:0000030': 207230
|
|
86
|
+
'UBERON:0009835': 206197
|
|
87
|
+
'UBERON:0000988': 204168
|
|
88
|
+
'UBERON:0001707': 198868
|
|
89
|
+
'UBERON:0016538': 192147
|
|
90
|
+
'UBERON:0002450': 189973
|
|
91
|
+
'UBERON:0016540': 187526
|
|
92
|
+
'UBERON:0000977': 185185
|
|
93
|
+
'UBERON:0001913': 183332
|
|
94
|
+
'UBERON:0001786': 179309
|
|
95
|
+
'UBERON:0034751': 145757
|
|
96
|
+
'UBERON:0001040': 144260
|
|
97
|
+
'UBERON:0016530': 141537
|
|
98
|
+
'UBERON:0001238': 136529
|
|
99
|
+
'UBERON:0003889': 132985
|
|
100
|
+
'UBERON:0000453': 125672
|
|
101
|
+
'UBERON:0001723': 125523
|
|
102
|
+
'UBERON:0002098': 120306
|
|
103
|
+
'UBERON:0016525': 118039
|
|
104
|
+
'UBERON:0000004': 114936
|
|
105
|
+
'UBERON:0002686': 110752
|
|
106
|
+
'UBERON:0022352': 110671
|
|
107
|
+
'UBERON:0002351': 107573
|
|
108
|
+
'UBERON:0001828': 105079
|
|
109
|
+
'UBERON:0001003': 104237
|
|
110
|
+
'UBERON:0002067': 100247
|
|
111
|
+
'UBERON:0002190': 99711
|
|
112
|
+
'UBERON:0005290': 99110
|
|
113
|
+
'UBERON:0002811': 98536
|
|
114
|
+
'UBERON:0001871': 97537
|
|
115
|
+
'UBERON:0003688': 92733
|
|
116
|
+
'UBERON:0010410': 91248
|
|
117
|
+
'UBERON:0000403': 90975
|
|
118
|
+
'UBERON:0000175': 90741
|
|
119
|
+
'UBERON:0001976': 87947
|
|
120
|
+
'UBERON:0002822': 87214
|
|
121
|
+
'UBERON:0001890': 86604
|
|
122
|
+
'UBERON:0014454': 86134
|
|
123
|
+
'UBERON:0002810': 85525
|
|
124
|
+
'UBERON:0002079': 82676
|
|
125
|
+
'UBERON:0010414': 80085
|
|
126
|
+
'UBERON:0003126': 79986
|
|
127
|
+
'UBERON:0003027': 75807
|
|
128
|
+
'UBERON:0008345': 73634
|
|
129
|
+
'UBERON:0002352': 73045
|
|
130
|
+
'UBERON:8410025': 72957
|
|
131
|
+
'UBERON:0001393': 72549
|
|
132
|
+
'UBERON:0010412': 71752
|
|
133
|
+
'UBERON:0001159': 69025
|
|
134
|
+
'UBERON:0014918': 65710
|
|
135
|
+
'UBERON:0002078': 64486
|
|
136
|
+
'UBERON:0007650': 64093
|
|
137
|
+
'UBERON:0002808': 63227
|
|
138
|
+
'UBERON:0007644': 62647
|
|
139
|
+
'UBERON:8410010': 61264
|
|
140
|
+
'UBERON:0001157': 60907
|
|
141
|
+
'UBERON:0002185': 59377
|
|
142
|
+
'UBERON:0002114': 59363
|
|
143
|
+
'UBERON:0000916': 59001
|
|
144
|
+
'UBERON:0014455': 58536
|
|
145
|
+
'UBERON:0002661': 58226
|
|
146
|
+
'UBERON:0001873': 57571
|
|
147
|
+
'UBERON:0001769': 57422
|
|
148
|
+
'UBERON:0008953': 56919
|
|
149
|
+
'UBERON:0002372': 56899
|
|
150
|
+
'UBERON:0002509': 55694
|
|
151
|
+
'UBERON:0000397': 55666
|
|
152
|
+
'UBERON:0001156': 54735
|
|
153
|
+
'UBERON:0023787': 54666
|
|
154
|
+
'UBERON:0002299': 54085
|
|
155
|
+
'UBERON:0034893': 53956
|
|
156
|
+
'UBERON:0001872': 53269
|
|
157
|
+
'UBERON:0007177': 49990
|
|
158
|
+
'UBERON:0004026': 48185
|
|
159
|
+
'UBERON:0012648': 48068
|
|
160
|
+
'UBERON:0001630': 47291
|
|
161
|
+
'UBERON:0002803': 47176
|
|
162
|
+
'UBERON:0016632': 45130
|
|
163
|
+
'UBERON:0008803': 43943
|
|
164
|
+
'UBERON:0001049': 43485
|
|
165
|
+
'UBERON:0016475': 42323
|
|
166
|
+
'UBERON:0002363': 42319
|
|
167
|
+
'UBERON:0001874': 41277
|
|
168
|
+
'UBERON:0000964': 40990
|
|
169
|
+
'UBERON:0011189': 40231
|
|
170
|
+
'UBERON:0036288': 36574
|
|
171
|
+
'UBERON:0008954': 35284
|
|
172
|
+
'UBERON:0018131': 34687
|
|
173
|
+
'UBERON:0004648': 34173
|
|
174
|
+
'UBERON:0034891': 34153
|
|
175
|
+
'UBERON:0001775': 34132
|
|
176
|
+
'UBERON:0018707': 33610
|
|
177
|
+
'UBERON:0003661': 32722
|
|
178
|
+
'UBERON:0003403': 32138
|
|
179
|
+
'UBERON:0035328': 31696
|
|
180
|
+
'UBERON:0001728': 31325
|
|
181
|
+
'UBERON:0001388': 30877
|
|
182
|
+
'UBERON:0008952': 29895
|
|
183
|
+
'UBERON:0000080': 29606
|
|
184
|
+
'UBERON:0004024': 29064
|
|
185
|
+
'UBERON:0035886': 28873
|
|
186
|
+
'UBERON:0004023': 28857
|
|
187
|
+
'UBERON:0013473': 28621
|
|
188
|
+
'UBERON:0018105': 28367
|
|
189
|
+
'UBERON:0005969': 27736
|
|
190
|
+
'UBERON:0012168': 27154
|
|
191
|
+
'UBERON:0001886': 27092
|
|
192
|
+
'UBERON:0000400': 27087
|
|
193
|
+
'UBERON:0001911': 26952
|
|
194
|
+
'UBERON:0000088': 26853
|
|
195
|
+
'UBERON:0001153': 25865
|
|
196
|
+
'UBERON:0001471': 24982
|
|
197
|
+
'UBERON:0001085': 24807
|
|
198
|
+
'UBERON:0000057': 24700
|
|
199
|
+
'UBERON:0006761': 24573
|
|
200
|
+
'UBERON:0002809': 24445
|
|
201
|
+
'UBERON:0001158': 23887
|
|
202
|
+
'UBERON:0008972': 23110
|
|
203
|
+
'UBERON:0002807': 22796
|
|
204
|
+
'UBERON:0010506': 22652
|
|
205
|
+
'UBERON:0001459': 21633
|
|
206
|
+
'UBERON:8410000': 21592
|
|
207
|
+
'UBERON:0001831': 21003
|
|
208
|
+
'UBERON:0003544': 20212
|
|
209
|
+
'UBERON:0002110': 19880
|
|
210
|
+
'UBERON:0014614': 19650
|
|
211
|
+
'UBERON:8300000': 19408
|
|
212
|
+
'UBERON:0035895': 18814
|
|
213
|
+
'UBERON:0035213': 18775
|
|
214
|
+
'UBERON:0001162': 18404
|
|
215
|
+
'UBERON:0000056': 18354
|
|
216
|
+
'UBERON:0001228': 17958
|
|
217
|
+
'UBERON:0008971': 17831
|
|
218
|
+
'UBERON:0013756': 17625
|
|
219
|
+
'UBERON:0001052': 16913
|
|
220
|
+
'UBERON:0012474': 16607
|
|
221
|
+
'UBERON:0039167': 16527
|
|
222
|
+
'UBERON:0002317': 15963
|
|
223
|
+
'UBERON:0002115': 15762
|
|
224
|
+
'UBERON:0014648': 15580
|
|
225
|
+
'UBERON:8480028': 15307
|
|
226
|
+
'UBERON:0000014': 15215
|
|
227
|
+
'UBERON:0002489': 15127
|
|
228
|
+
'UBERON:0001836': 14502
|
|
229
|
+
'UBERON:0005343': 14336
|
|
230
|
+
'UBERON:8410026': 14090
|
|
231
|
+
'UBERON:0002132': 13953
|
|
232
|
+
'UBERON:0000965': 13900
|
|
233
|
+
'UBERON:0010415': 12330
|
|
234
|
+
'UBERON:0000017': 11977
|
|
235
|
+
'UBERON:0018303': 11937
|
|
236
|
+
'UBERON:0002382': 11898
|
|
237
|
+
'UBERON:0002046': 11840
|
|
238
|
+
'UBERON:0001087': 11702
|
|
239
|
+
'UBERON:0009958': 11377
|
|
240
|
+
'UBERON:0005616': 11243
|
|
241
|
+
'UBERON:8480009': 10533
|
|
242
|
+
'UBERON:0013535': 9915
|
|
243
|
+
'UBERON:0007106': 9898
|
|
244
|
+
'UBERON:0001513': 9887
|
|
245
|
+
'UBERON:0015790': 9816
|
|
246
|
+
'UBERON:0001068': 9773
|
|
247
|
+
'UBERON:0035894': 9667
|
|
248
|
+
'UBERON:0015476': 9656
|
|
249
|
+
'UBERON:0001637': 9652
|
|
250
|
+
'UBERON:0002129': 9649
|
|
251
|
+
'UBERON:0010033': 9467
|
|
252
|
+
'UBERON:0000947': 9290
|
|
253
|
+
'UBERON:0001511': 9288
|
|
254
|
+
'UBERON:0004946': 9195
|
|
255
|
+
'UBERON:0016435': 9097
|
|
256
|
+
'UBERON:0002420': 9000
|
|
257
|
+
'UBERON:0001868': 8799
|
|
258
|
+
'UBERON:0002021': 8799
|
|
259
|
+
'UBERON:0001542': 8683
|
|
260
|
+
'UBERON:0002081': 8279
|
|
261
|
+
'UBERON:0004070': 8033
|
|
262
|
+
'UBERON:0008612': 7825
|
|
263
|
+
'UBERON:0001901': 7228
|
|
264
|
+
'UBERON:0004929': 7133
|
|
265
|
+
'UBERON:0003528': 6670
|
|
266
|
+
'UBERON:0002427': 6529
|
|
267
|
+
'UBERON:0004025': 6448
|
|
268
|
+
'UBERON:0009472': 6348
|
|
269
|
+
'UBERON:0002756': 6279
|
|
270
|
+
'UBERON:0001832': 6196
|
|
271
|
+
'UBERON:0002378': 6142
|
|
272
|
+
'UBERON:0004167': 5874
|
|
273
|
+
'UBERON:0002228': 5725
|
|
274
|
+
'UBERON:0003968': 5625
|
|
275
|
+
'UBERON:0001154': 5515
|
|
276
|
+
'UBERON:0001046': 5420
|
|
277
|
+
'UBERON:0010032': 5367
|
|
278
|
+
'UBERON:0004339': 4969
|
|
279
|
+
'UBERON:0002385': 4881
|
|
280
|
+
'UBERON:0001621': 4867
|
|
281
|
+
'UBERON:0001416': 4808
|
|
282
|
+
'UBERON:0001638': 4395
|
|
283
|
+
'UBERON:0002429': 4355
|
|
284
|
+
'UBERON:0001165': 4028
|
|
285
|
+
'UBERON:0008989': 3997
|
|
286
|
+
'UBERON:0001902': 3883
|
|
287
|
+
'UBERON:0003532': 3443
|
|
288
|
+
'UBERON:0003428': 3406
|
|
289
|
+
'UBERON:0002082': 3226
|
|
290
|
+
'UBERON:0001296': 3025
|
|
291
|
+
'UBERON:0015143': 3014
|
|
292
|
+
'UBERON:0000074': 3011
|
|
293
|
+
'UBERON:0002245': 2971
|
|
294
|
+
'UBERON:0001293': 2693
|
|
295
|
+
'UBERON:0007625': 2348
|
|
296
|
+
'UBERON:0003547': 2344
|
|
297
|
+
'UBERON:0022277': 2333
|
|
298
|
+
'UBERON:0001554': 2272
|
|
299
|
+
'UBERON:0001348': 2223
|
|
300
|
+
'UBERON:0005406': 2121
|
|
301
|
+
'UBERON:0001811': 2084
|
|
302
|
+
'UBERON:0013531': 2055
|
|
303
|
+
'UBERON:0008934': 1866
|
|
304
|
+
'UBERON:0001103': 1858
|
|
305
|
+
'UBERON:0005636': 1651
|
|
306
|
+
'UBERON:0007225': 1594
|
|
307
|
+
'UBERON:0007224': 1564
|
|
308
|
+
'UBERON:0000016': 1520
|
|
309
|
+
'UBERON:8440075': 1482
|
|
310
|
+
'UBERON:0004264': 1475
|
|
311
|
+
'UBERON:0001773': 1431
|
|
312
|
+
'UBERON:0013706': 1150
|
|
313
|
+
'UBERON:0023852': 1143
|
|
314
|
+
'UBERON:0001294': 849
|
|
315
|
+
'UBERON:0001134': 835
|
|
316
|
+
'UBERON:0003902': 675
|
|
317
|
+
'UBERON:0001224': 569
|
|
318
|
+
'UBERON:0005564': 399
|
|
319
|
+
'UBERON:0001817': 248
|
|
320
|
+
'UBERON:0002802': 163
|
|
321
|
+
'UBERON:0003072': 146
|
|
322
|
+
'UBERON:0000926': 139
|
|
323
|
+
'UBERON:0000416': 82
|
|
324
|
+
'UBERON:0003517': 48
|
|
325
|
+
'UBERON:0001483': 37
|
|
326
|
+
'UBERON:1000021': 37
|
|
327
|
+
'UBERON:0002023': 1
|
|
328
|
+
|
|
329
|
+
|
|
330
|
+
|
|
331
|
+
human: 230822337
|
|
332
|
+
mouse: 102753838
|
|
333
|
+
# other 14070000
|
|
334
|
+
macaque: 3161179
|
|
335
|
+
zebrafish: 3117237
|
|
336
|
+
pig: 1641179
|
|
337
|
+
thale cress: 1564711
|
|
338
|
+
drosophila: 1564460
|
|
339
|
+
chicken: 606680
|
|
340
|
+
nake mole rat: 441042
|
|
341
|
+
rabbit: 417091
|
|
342
|
+
cow: 390675
|
|
343
|
+
corn: 336166
|
|
344
|
+
chimpanzee: 293472
|
|
345
|
+
c. elegans: 251759
|
|
346
|
+
sheep: 177871
|
|
347
|
+
marmoset: 115584
|
|
348
|
+
|
|
349
|
+
10x 3': 146909525
|
|
350
|
+
10x 3' v2: 12021763
|
|
351
|
+
10x 3' v3: 121241920
|
|
352
|
+
# 10x 3': 280173208
|
|
353
|
+
10x 5' v1: 4716686
|
|
354
|
+
10x 5' v2: 3104399
|
|
355
|
+
10x 5': 28919386
|
|
356
|
+
# 10x 5': 36740471
|
|
357
|
+
10x multiome: 6942314
|
|
358
|
+
10x (vdj): 1620181
|
|
359
|
+
10x (CITE): 1580477
|
|
360
|
+
# 10x multiome: 10142972
|
|
361
|
+
sciRNA-seq: 14924076
|
|
362
|
+
slide-seq: 1867286
|
|
363
|
+
scalebio: 685024
|
|
364
|
+
microwell: 599459
|
|
365
|
+
sciPlex: 581480
|
|
366
|
+
drop-seq: 517799
|
|
367
|
+
# other (17 assays): 1423506
|
|
368
|
+
EFO:0010961: 286087
|
|
369
|
+
EFO:0008931: 192101
|
|
370
|
+
EFO:0700003: 146278
|
|
371
|
+
EFO:0700010: 133430
|
|
372
|
+
EFO:0700016: 128855
|
|
373
|
+
EFO:0030007: 105584
|
|
374
|
+
EFO:0008919: 87181
|
|
375
|
+
EFO:0009901: 76022
|
|
376
|
+
EFO:0008796: 68645
|
|
377
|
+
EFO:0009919: 68544
|
|
378
|
+
EFO:0700011: 58981
|
|
379
|
+
EFO:0030019: 31775
|
|
380
|
+
EFO:0008780: 25652
|
|
381
|
+
EFO:0010010: 5231
|
|
382
|
+
EFO:0008953: 4693
|
|
383
|
+
EFO:0008720: 2768
|
|
384
|
+
EFO:0008930: 1679
|