runops 0.2.0__py3-none-any.whl

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Files changed (115) hide show
  1. runops/__init__.py +5 -0
  2. runops/_data/README.md +476 -0
  3. runops/adapters/__init__.py +29 -0
  4. runops/adapters/_utils/__init__.py +36 -0
  5. runops/adapters/_utils/toml_utils.py +81 -0
  6. runops/adapters/base.py +335 -0
  7. runops/adapters/contrib/__init__.py +5 -0
  8. runops/adapters/contrib/beach.py +837 -0
  9. runops/adapters/contrib/emses.py +1010 -0
  10. runops/adapters/generic.py +439 -0
  11. runops/adapters/registry.py +244 -0
  12. runops/cli/__init__.py +3 -0
  13. runops/cli/analyze.py +222 -0
  14. runops/cli/clone.py +104 -0
  15. runops/cli/config.py +217 -0
  16. runops/cli/context.py +56 -0
  17. runops/cli/create.py +263 -0
  18. runops/cli/dashboard.py +179 -0
  19. runops/cli/extend.py +204 -0
  20. runops/cli/history.py +105 -0
  21. runops/cli/init.py +1432 -0
  22. runops/cli/jobs.py +145 -0
  23. runops/cli/knowledge.py +1017 -0
  24. runops/cli/list.py +102 -0
  25. runops/cli/log.py +163 -0
  26. runops/cli/main.py +96 -0
  27. runops/cli/manage.py +231 -0
  28. runops/cli/new.py +343 -0
  29. runops/cli/notes.py +257 -0
  30. runops/cli/run_lookup.py +148 -0
  31. runops/cli/setup.py +174 -0
  32. runops/cli/status.py +187 -0
  33. runops/cli/submit.py +297 -0
  34. runops/cli/update.py +113 -0
  35. runops/cli/update_harness.py +245 -0
  36. runops/cli/update_refs.py +370 -0
  37. runops/core/__init__.py +3 -0
  38. runops/core/actions.py +1186 -0
  39. runops/core/analysis.py +1090 -0
  40. runops/core/campaign.py +156 -0
  41. runops/core/case.py +307 -0
  42. runops/core/context.py +426 -0
  43. runops/core/discovery.py +192 -0
  44. runops/core/environment.py +266 -0
  45. runops/core/exceptions.py +93 -0
  46. runops/core/knowledge.py +595 -0
  47. runops/core/knowledge_source.py +1204 -0
  48. runops/core/manifest.py +219 -0
  49. runops/core/project.py +171 -0
  50. runops/core/provenance.py +147 -0
  51. runops/core/retry.py +193 -0
  52. runops/core/run.py +170 -0
  53. runops/core/run_creation.py +456 -0
  54. runops/core/site.py +337 -0
  55. runops/core/state.py +197 -0
  56. runops/core/survey.py +380 -0
  57. runops/core/validation.py +40 -0
  58. runops/harness/__init__.py +27 -0
  59. runops/harness/builder.py +327 -0
  60. runops/harness/claude.py +189 -0
  61. runops/jobgen/__init__.py +3 -0
  62. runops/jobgen/generator.py +295 -0
  63. runops/launchers/__init__.py +17 -0
  64. runops/launchers/base.py +313 -0
  65. runops/launchers/mpiexec.py +131 -0
  66. runops/launchers/mpirun.py +132 -0
  67. runops/launchers/srun.py +126 -0
  68. runops/sites/__init__.py +0 -0
  69. runops/sites/camphor.md +98 -0
  70. runops/sites/camphor.toml +27 -0
  71. runops/slurm/__init__.py +3 -0
  72. runops/slurm/query.py +384 -0
  73. runops/slurm/submit.py +203 -0
  74. runops/templates/__init__.py +29 -0
  75. runops/templates/adapters/beach/agent_guide.md +50 -0
  76. runops/templates/adapters/beach/beach.toml +19 -0
  77. runops/templates/adapters/beach/case.toml +16 -0
  78. runops/templates/adapters/beach/summarize.py +272 -0
  79. runops/templates/adapters/emses/agent_guide.md +39 -0
  80. runops/templates/adapters/emses/case.toml +18 -0
  81. runops/templates/adapters/emses/plasma.toml +118 -0
  82. runops/templates/adapters/emses/summarize.py +413 -0
  83. runops/templates/adapters/generic/case.toml.j2 +13 -0
  84. runops/templates/adapters/generic/summarize.py +21 -0
  85. runops/templates/agent.md +156 -0
  86. runops/templates/rules/cookbook.md +22 -0
  87. runops/templates/scaffold/campaign.toml.j2 +10 -0
  88. runops/templates/scaffold/cases_claude.md +22 -0
  89. runops/templates/scaffold/facts.toml +2 -0
  90. runops/templates/scaffold/gitignore.txt +30 -0
  91. runops/templates/scaffold/notes/README.md +69 -0
  92. runops/templates/scaffold/rules/plan-before-act.md +17 -0
  93. runops/templates/scaffold/rules/runops-workflow.md +84 -0
  94. runops/templates/scaffold/rules/upstream-feedback.md +85 -0
  95. runops/templates/scaffold/runs_claude.md +24 -0
  96. runops/templates/scaffold/vscode_settings.json +9 -0
  97. runops/templates/skills/analyze/SKILL.md +40 -0
  98. runops/templates/skills/check-status/SKILL.md +29 -0
  99. runops/templates/skills/cleanup/SKILL.md +43 -0
  100. runops/templates/skills/create-run/SKILL.md +135 -0
  101. runops/templates/skills/debug-failed/SKILL.md +38 -0
  102. runops/templates/skills/learn/SKILL.md +54 -0
  103. runops/templates/skills/new-case/SKILL.md +108 -0
  104. runops/templates/skills/note/SKILL.md +107 -0
  105. runops/templates/skills/run-all/SKILL.md +47 -0
  106. runops/templates/skills/runops-reference/SKILL.md +203 -0
  107. runops/templates/skills/setup-campaign/SKILL.md +111 -0
  108. runops/templates/skills/setup-env/SKILL.md +32 -0
  109. runops/templates/skills/survey-design/SKILL.md +73 -0
  110. runops/templates/survey.toml.j2 +22 -0
  111. runops-0.2.0.dist-info/METADATA +491 -0
  112. runops-0.2.0.dist-info/RECORD +115 -0
  113. runops-0.2.0.dist-info/WHEEL +4 -0
  114. runops-0.2.0.dist-info/entry_points.txt +2 -0
  115. runops-0.2.0.dist-info/licenses/LICENSE +201 -0
runops/templates/scaffold/notes/README.md ADDED
@@ -0,0 +1,69 @@
1
+ # notes/ — lab notebook & reports
2
+
3
+ `.runops/insights/` と `.runops/facts.toml` は **curated knowledge** (整理済の
4
+ 名前付き知見) を入れる場所。本ディレクトリ `notes/` は **逐次的な実験ノート
5
+ と長文レポート** を入れる場所で、両者は明確に役割を分ける。
6
+
7
+ ## どこに何を書くか
8
+
9
+ | 場所 | 用途 | 性質 |
10
+ | --- | --- | --- |
11
+ | `.runops/facts.toml` | 機械可読 atomic claim | curated, atomic |
12
+ | `.runops/insights/<name>.md` | 名前付き整理済知見 (`/learn` で書く) | curated, durable |
13
+ | **`notes/YYYY-MM-DD.md`** | **日次の lab notebook (append-only)** | **chronological** |
14
+ | **`notes/reports/<topic>.md`**| **長文レポート / 解析記事** | **refined, 改稿可** |
15
+ | `runs/<run>/analysis/` | 個別 run の curated 出力 | run 単位 |
16
+
17
+ ## 規約
18
+
19
+ ### 日次 lab notebook (`notes/YYYY-MM-DD.md`)
20
+
21
+ - **append-only**: 新しい entry を **末尾に追記**する。過去の entry は触らない
22
+ - 1 ファイル = 1 日。日付は ISO 形式 (`2026-04-08.md`)
23
+ - 各 entry は `## HH:MM <短いタイトル>` で始まる
24
+ - 内容は自由 (試したこと, 見たこと, 仮説, 失敗, TODO, etc.)
25
+ - 思考の chain of thought を残しておく場所と思えばよい
26
+
27
+ 例:
28
+
29
+ ```markdown
30
+ ## 14:32 cs scaling preview
31
+
32
+ 3 点で `tan α = 0.79 (cs/vflow) + 0.02, R² = 0.9997` が出た。vti scaling
33
+ (R² = 0.991, intercept 0.073) より明らかに良い。3 点だけなのが心配。
34
+ Series B 完走で確かめる。
35
+ ```
36
+
37
+ ### 長文レポート (`notes/reports/<topic>.md`)
38
+
39
+ - 1 トピック = 1 ファイル
40
+ - 何度書き直してもよい (lab notebook と違って refined)
41
+ - 図は `notes/reports/figures/` に置くか、`runs/_compare_*/` への相対 link
42
+ - 完成度が高くなってから論文用素材として paper repo に移送する
43
+
44
+ ## 補助コマンド
45
+
46
+ - **`runops notes append "<title>" "<body>"`** — 今日の `notes/YYYY-MM-DD.md`
47
+ に新しい entry を append する。`-` または引数省略で stdin から本文を読む
48
+ - **`runops notes list`** — 最近の lab notebook 日付一覧
49
+ - **`runops notes show [DATE|today|latest]`** — 指定日 (省略時は today) の内容を表示
50
+ - **`/note` skill** — agent から呼んで note を append (内部で `runops notes append` を呼ぶ)
51
+
52
+ ## なぜ `runops knowledge save` ではダメか
53
+
54
+ - `knowledge save` は **同名で書くと上書き** で chronology と相性が悪い
55
+ - knowledge は「最終的な findings」を整理する場所であって、「今日試したこと
56
+ のメモ」は意味的にも違う
57
+ - 個別 fact / insight に昇格する価値が出てきたら、そのときに `/learn` で
58
+ knowledge layer に移送すればよい
59
+
60
+ ## 昇格パス
61
+
62
+ ```
63
+ notes/YYYY-MM-DD.md ← 日次の chain of thought
64
+ ↓ (ストーリーが固まる)
65
+ notes/reports/<topic>.md ← 整理済 long form report
66
+ ↓ (atomic な知見を抽出)
67
+ .runops/insights/<name>.md ← 名前付き curated insight
68
+ .runops/facts.toml ← 機械可読 atomic claim
69
+ ```
runops/templates/scaffold/rules/plan-before-act.md ADDED
@@ -0,0 +1,17 @@
1
+ # 実行前ルール
2
+
3
+ 複数ファイル編集または高コスト操作の前には、短い plan を出す。
4
+
5
+ ```json
6
+ {
7
+ "goal": "what you want to achieve",
8
+ "edits": ["file1.toml", "file2.toml"],
9
+ "commands": ["runops runs sweep ...", "runops runs submit --all ..."],
10
+ "checkpoints": ["Confirm survey size before bulk submit"]
11
+ }
12
+ ```
13
+
14
+ - 高コスト操作では run 数・queue・retry 理由を書く
15
+ - plan にない高コスト操作をいきなり実行しない
16
+ - approval が必要な操作は、plan を出したところで止まる
17
+
runops/templates/scaffold/rules/runops-workflow.md ADDED
@@ -0,0 +1,84 @@
1
+ # runops ワークフロールール
2
+
3
+ このファイルは、以前 PreToolUse hook (`protect-files.sh`, `guard-bash.sh`,
4
+ `approve-run.sh`) で強制していた挙動を、AI エージェントが読む rule として
5
+ 記述する。permissions.deny で機械的に止められるものは settings.json に
6
+ 任せ、ここでは「Agent が判断すべき振る舞い」を明示する。
7
+
8
+ ## ファイル操作の制約
9
+
10
+ 以下は permissions.deny でも止めるが、Bash 経由 (cp, mv, rm, sed -i,
11
+ リダイレクト等) では permissions が効かないので、Agent 側の自制で守る:
12
+
13
+ - run ディレクトリ (`Rxxxx/`) は手で作らない
14
+ - `manifest.toml` は手動編集も Bash 書き込みもしない
15
+ - `Rxxxx/input/*` を直接作らない (case template から再生成する)
16
+ - `Rxxxx/submit/job.sh` は手書きしない (runops が生成する)
17
+ - run は必ず `runops runs create` または `runops runs sweep` で生成する
18
+ - `work/` の出力は読み取り専用扱い (移動・削除しない)
19
+ - `.runops/knowledge/` の自動生成物は手で整形しない
20
+ - `.runops/insights/` と `.runops/facts.toml` は直接編集せず、
21
+ `runops knowledge save` / `runops knowledge add-fact` を使う
22
+ - `SITE.md` は site profile 由来の生成ドキュメントとして直接編集しない
23
+ - `refs/` 配下は外部リポジトリのミラーなので書き込まない
24
+ - `runs/**/input/*` を緊急修正した場合は、同じ修正を上流の case へ戻す
25
+
26
+ ## tools/runops の編集
27
+
28
+ - `tools/runops/` は editable install されているので、必要なら
29
+ ソースを直接編集して即試せる (settings.json でも allow になっている)
30
+ - 修正は基本 `runops` 本体側で先に行い、commit / push してから
31
+ プロジェクト側に反映する
32
+
33
+ ## venv
34
+
35
+ - **runops コマンド実行前に `.venv/` を activate する**
36
+
37
+ ## case 作成
38
+
39
+ - **case は `runops case new <name> -s <simulator>` で生成する**
40
+ (`cases/<sim>/` に自動配置)
41
+ - 生成された `case.toml` や入力テンプレートの編集は自由
42
+
43
+ ## ジョブ投入の承認フロー
44
+
45
+ `runops runs submit` は permissions.ask で毎回確認が入る (フックは廃止
46
+ したのでルールベース)。Agent 側で守るべき振る舞い:
47
+
48
+ - 実行前に **投入内容 (コマンド・対象 run・queue・資源量) をユーザーに提示**
49
+ してから submit を呼ぶ
50
+ - `--dry-run` と `--help` は確認用なのでそのまま実行してよい
51
+ - 承認なしに実ジョブ投入を繰り返し試行しない
52
+ - 一度の submit で複数 run が走る (例: `--all`) ときは特に慎重に説明する
53
+
54
+ ## 設定ファイルの変更
55
+
56
+ 以下は permissions.ask でユーザー承認が必要なファイル:
57
+ `runops.toml`, `simulators.toml`, `launchers.toml`, `CLAUDE.md`,
58
+ `AGENTS.md`, `.claude/settings.json`, `.claude/hooks/**`. 変更前に意図と
59
+ 差分を提示する。
60
+
61
+ ## コミットの義務
62
+
63
+ 意味のある作業単位ごとに必ず Git コミットして履歴を残す。詳細は CLAUDE.md
64
+ の「進捗のコミット (義務)」セクションを参照。最低限以下のタイミングで
65
+ コミットする:
66
+
67
+ - campaign / case / survey の新規作成・大幅変更
68
+ - `runops runs sweep` で新しい run を生成したとき
69
+ - 解析結果・知見を保存したとき
70
+ - `tools/runops/` を修正してテストが通ったとき
71
+ - `runops runs submit` の前 (投入前のスナップショット)
72
+
73
+ ## 知見の記録
74
+
75
+ - 実験の知見・結果は Agent の memory ではなく `/learn` で保存する
76
+ - 保存先: `.runops/insights/`, `.runops/facts.toml`
77
+ - 外部 source から来た候補 fact は `.runops/knowledge/candidates/facts/` に入る
78
+ - 候補 fact を採用するときは `runops knowledge promote-fact <source>:<fact_id>` を使う
79
+ - `high` confidence は複数 run の再現か deterministic 確認がある場合だけ使う
80
+
81
+ ## 解析 scratch
82
+
83
+ - 試行中の図・ノート・一時集計は `runs/**/analysis/scratch/` に置く
84
+ - `analysis/summary.json` や curated figure を scratch 出力で上書きしない
runops/templates/scaffold/rules/upstream-feedback.md ADDED
@@ -0,0 +1,85 @@
1
+ # runops へのフィードバック (upstream feedback)
2
+
3
+ このプロジェクトは `runops` (https://github.com/Nkzono99/runops) 上で
4
+ 運用されている。Agent は日常運用の過程で runops 自体の改善点
5
+ (バグ・使いにくさ・不足している機能・分かりにくい docs / エラーメッセージ・
6
+ 抜けている adapter / launcher サポート 等) に気づいたら、upstream に
7
+ フィードバックして runops を育てることもタスクに含める。
8
+
9
+ ## いつフィードバックするか
10
+
11
+ - `runops <command>` がクラッシュした、または unhelpful なエラーで止まった
12
+ - コマンド体系や help が実態と噛み合っていない
13
+ - 「もう一段抽象化してあれば手作業が減る」ワークフローが繰り返し出てきた
14
+ - `CLAUDE.md` / skill / rule の記述と実装が食い違っている
15
+ - 新しい simulator / launcher / site を足したくなった
16
+ - `tools/runops/` のコードを読んでいて明らかなバグ・dead code を発見した
17
+
18
+ 「この 1 回だけ回避できればよい」ではなく、**次に別のプロジェクトで同じ作業を
19
+ する人 (自分含む) が困らないようにする** という視点で判断する。
20
+
21
+ ## フィードバック手順
22
+
23
+ 1. **まずユーザーに提案する** — issue を切る前に必ず「こういう点で
24
+ runops に issue を立てようと思うがどうか」と相談する。勝手に issue を
25
+ 投げない。
26
+ 2. ユーザーが OK したら、`.venv` を activate した状態で `gh` を使って
27
+ issue を作成する:
28
+
29
+ ```bash
30
+ gh issue create \
31
+ --repo Nkzono99/runops \
32
+ --title "<短い要約>" \
33
+ --body "$(cat <<'EOF'
34
+ ## 概要
35
+ <何が問題か / どんな改善を提案するか>
36
+
37
+ ## 再現手順 (bug の場合)
38
+ 1. ...
39
+ 2. ...
40
+
41
+ ## 期待する挙動
42
+ <どうあるべきか>
43
+
44
+ ## 実際の挙動
45
+ <いま何が起きているか / エラーメッセージ>
46
+
47
+ ## 環境
48
+ - runops version: $(runops --version 2>/dev/null || echo unknown)
49
+ - OS: $(uname -srm)
50
+ - simulator: <該当 adapter 名 / バージョン>
51
+ - 関連 run: <run_id があれば>
52
+
53
+ ## 補足
54
+ <ログ抜粋, 関連ファイルパス, 既に試した workaround など>
55
+ EOF
56
+ )"
57
+ ```
58
+
59
+ 3. 投げた issue の URL を `notes/YYYY-MM-DD.md` (`runops notes append`) に
60
+ 記録しておく。後から「あのとき投げた issue」で辿れるようにする。
61
+
62
+ ## 軽微な修正は直接 PR でもよい
63
+
64
+ `tools/runops/` は editable install されているので、typo 修正や
65
+ small な挙動改善は以下の手順で直接 upstream に投げられる:
66
+
67
+ 1. `cd tools/runops && git checkout -b fix/<short-name>`
68
+ 2. 修正を入れて `uv run pytest` などでテストが通ることを確認
69
+ 3. プロジェクト側の再現環境で実挙動を確認
70
+ 4. `git push origin fix/<short-name>` → `gh pr create --repo Nkzono99/runops`
71
+ 5. 作成した PR の URL をユーザーに共有し、承認を求める
72
+
73
+ 大きな変更 (API 変更, 新 adapter, ワークフロー変更) は PR の前に issue で
74
+ 先に設計を合意する。
75
+
76
+ ## しないこと
77
+
78
+ - ユーザーに相談せずに issue や PR を作らない
79
+ - 同じ内容の issue が既にあるか確認せずに重複 issue を切らない
80
+ (`gh issue list --repo Nkzono99/runops --search "<keyword>"` で検索)
81
+ - プロジェクト固有の private 情報 (実データパス, クラスタ固有の秘密など)
82
+ を issue 本文に貼らない
83
+ - フィードバックを **理由にして現プロジェクトの作業を止めない** — issue や
84
+ PR は作業のサイドチャネルとして投げ、当面の研究タスクは workaround で
85
+ 進める
runops/templates/scaffold/runs_claude.md ADDED
@@ -0,0 +1,24 @@
1
+ # runs/ ディレクトリ
2
+
3
+ ここには simulation run が格納される。すべて `runops runs create` / `runops runs sweep` で生成。
4
+
5
+ ## 構造
6
+
7
+ ```
8
+ runs/<path>/Rxxxx/
9
+ manifest.toml # 正本 (状態・由来・provenance)
10
+ input/ # 入力ファイル (自動生成)
11
+ submit/ # job.sh 等 (自動生成)
12
+ work/ # 実行時出力 (.gitignore 対象)
13
+ analysis/ # 解析結果
14
+ ```
15
+
16
+ ## ルール
17
+
18
+ - run ディレクトリ (`Rxxxx/`) を手で作らない
19
+ - `manifest.toml` を手動編集しない
20
+ - `input/*`, `submit/job.sh` を直接作らない
21
+ - 状態確認は `runops runs status`、同期は `runops runs sync`
22
+ - 解析は `runops analyze summarize` / `runops analyze collect`
23
+ - 試行中の図・メモ・一時解析物は `analysis/scratch/` に置く
24
+ - 共有したい図や summary は `analysis/` の curated 出力に昇格する
runops/templates/scaffold/vscode_settings.json ADDED
@@ -0,0 +1,9 @@
1
+ {
2
+ "python.defaultInterpreterPath": "${workspaceFolder}/.venv/bin/python",
3
+ "python.terminal.activateEnvironment": false,
4
+ "terminal.integrated.env.linux": {
5
+ "VIRTUAL_ENV": "${workspaceFolder}/.venv",
6
+ "PATH": "${workspaceFolder}/.venv/bin:${env:PATH}",
7
+ "VIRTUAL_ENV_DISABLE_PROMPT": "1"
8
+ }
9
+ }
runops/templates/skills/analyze/SKILL.md ADDED
@@ -0,0 +1,40 @@
1
+ ---
2
+ name: analyze
3
+ description: Analyze completed runs and collect survey results. Use after runs complete to summarize findings.
4
+ ---
5
+
6
+ # 完了した Run の結果を解析・集計する
7
+
8
+ ## 個別 run の要約
9
+
10
+ ```bash
11
+ cd <run_dir>
12
+ runops analyze summarize
13
+ ```
14
+
15
+ ## survey の集計
16
+
17
+ ```bash
18
+ runops analyze collect $ARGUMENTS
19
+ ```
20
+
21
+ ## survey の plot
22
+
23
+ ```bash
24
+ runops analyze plot $ARGUMENTS --list-columns
25
+ runops analyze plot $ARGUMENTS --list-recipes
26
+ runops analyze plot $ARGUMENTS --recipe completion-vs-dt
27
+ runops analyze plot $ARGUMENTS --x param.some_axis --y some_metric
28
+ ```
29
+
30
+ ## 手順
31
+
32
+ 1. `runops analyze summarize` で各 run の要約を生成する
33
+ 2. survey の場合は `runops analyze collect <dir>` を実行する
34
+ 3. `collect` が生成した `summary/survey_summary.csv`, `summary/survey_summary.json`, `summary/figures_index.json`, `summary/survey_summary.md` を確認する
35
+ 4. まず `runops analyze plot <dir> --list-recipes` を試し、使える recipe があれば `--recipe` を優先する
36
+ 5. recipe が無い場合は `runops analyze plot <dir> --list-columns` で列を確認し、`--x/--y` を指定して図を生成する
37
+ 6. 試行中の図やメモは `runs/**/analysis/scratch/` に置き、curated な出力だけを `analysis/` に残す
38
+ 7. completed run に `analysis/summary.json` が無い場合、`collect` が自動 summarize することを前提に進めてよい
39
+ 8. 結果の概要と注目すべき傾向を報告する
40
+ 9. 知見があれば `/learn` で保存する
runops/templates/skills/check-status/SKILL.md ADDED
@@ -0,0 +1,29 @@
1
+ ---
2
+ name: check-status
3
+ description: Check and sync run or survey status. Use when monitoring job progress or after submission.
4
+ ---
5
+
6
+ # Run / Survey の状態を確認・同期する
7
+
8
+ ```bash
9
+ # プロジェクト全体の active jobs
10
+ runops runs jobs
11
+
12
+ # 特定ディレクトリの run 一覧
13
+ runops runs list $ARGUMENTS
14
+
15
+ # 個別 run の同期と確認
16
+ cd <run_dir>
17
+ runops runs sync
18
+ runops runs status
19
+ ```
20
+
21
+ ## survey 全体のステータスを確認する場合
22
+
23
+ ```bash
24
+ runops runs list $ARGUMENTS
25
+ runops runs jobs
26
+ ```
27
+
28
+ 状態をサマリーとして報告する: completed / running / failed / submitted の数。
29
+
runops/templates/skills/cleanup/SKILL.md ADDED
@@ -0,0 +1,43 @@
1
+ ---
2
+ name: cleanup
3
+ description: Archive completed runs, purge unnecessary work files, cancel running jobs, or hard-delete unused runs. Use for housekeeping after experiments.
4
+ ---
5
+
6
+ # 完了・不要な Run を整理する
7
+
8
+ ```bash
9
+ # 状態を確認
10
+ runops runs list $ARGUMENTS
11
+ ```
12
+
13
+ ## completed run の整理 (通常フロー)
14
+
15
+ ```bash
16
+ # completed run をアーカイブ
17
+ cd <run_dir>
18
+ runops runs archive
19
+
20
+ # work/ の不要ファイルを削除 (archived のみ)
21
+ runops runs purge-work
22
+ ```
23
+
24
+ ## 実行中 job の停止
25
+
26
+ ```bash
27
+ # scancel + sync を一回で。submitted/running の run を cancelled に遷移
28
+ runops runs cancel
29
+ ```
30
+
31
+ ## created / cancelled / failed の run を捨てる
32
+
33
+ ```bash
34
+ # 失敗 run などをディレクトリごと削除 (completed/archived には使えない)
35
+ runops runs delete
36
+ ```
37
+
38
+ ## 注意
39
+
40
+ - `archive` / `purge-work` / `delete` は確認が必要な操作
41
+ - `cancel` は追加確認プロンプトなしで進めてよいが、実行前に対象と理由を必ず報告する
42
+ - `delete` は不可逆。`completed` / `archived` の run を捨てたい場合は
43
+ `archive` → `purge-work` を使う
runops/templates/skills/create-run/SKILL.md ADDED
@@ -0,0 +1,135 @@
1
+ ---
2
+ name: create-run
3
+ description: Create runs or expand a survey from cases. Use when generating simulation runs with runops runs create or runops runs sweep.
4
+ ---
5
+
6
+ # Run / Survey を生成する
7
+
8
+ ## 手順
9
+
10
+ 1. 使用するケースの case.toml を確認する
11
+ 2. 単一 run か survey (パラメータスイープ) かを判断する
12
+ 3. run を生成する
13
+ 4. 生成結果を確認する
14
+
15
+ ## 単一 Run の生成
16
+
17
+ ```bash
18
+ # 生成先ディレクトリへ移動して実行
19
+ cd runs/test/basic
20
+ runops runs create <case_name>
21
+
22
+ # または --dest で生成先を指定
23
+ runops runs create <case_name> --dest runs/test/basic
24
+ ```
25
+
26
+ 生成される run:
27
+ ```
28
+ runs/test/basic/Rxxxxxxxx-xxxx/
29
+ manifest.toml # 状態・由来・provenance (正本)
30
+ input/ # 入力ファイル (case から自動生成)
31
+ submit/ # job.sh (自動生成)
32
+ work/ # 実行時出力用 (空)
33
+ analysis/ # 解析結果用 (空)
34
+ ```
35
+
36
+ ## Survey の展開
37
+
38
+ survey.toml がある場合、パラメータの直積で複数 run を一括生成する。
39
+
40
+ ```bash
41
+ # survey.toml のあるディレクトリを指定
42
+ runops runs sweep runs/sheath/angle_scan
43
+
44
+ # または cwd で
45
+ cd runs/sheath/angle_scan
46
+ runops runs sweep
47
+ ```
48
+
49
+ ### survey.toml の準備
50
+
51
+ survey.toml が未作成の場合は、先にケースと survey を作成する:
52
+
53
+ ```bash
54
+ # ケース作成時に --survey で同時生成
55
+ runops case new my_case -s emses --survey
56
+
57
+ # または既存ケースに survey を追加
58
+ mkdir -p runs/<survey_name>
59
+ # survey.toml を作成 (フォーマットは /survey-design スキル参照)
60
+ ```
61
+
62
+ ### survey.toml の例
63
+
64
+ ```toml
65
+ [survey]
66
+ name = "angle sweep"
67
+ base_case = "emses/my_case"
68
+ simulator = "emses"
69
+ launcher = "default"
70
+
71
+ [axes]
72
+ "species[2].ray_zenith_angle_deg" = [0, 20, 40, 60, 80]
73
+ "tmgrid.dt" = [0.5, 1.0]
74
+
75
+ [naming]
76
+ display_name = "angle{%raw%}{{ray_zenith_angle_deg}}{%endraw%}_dt{%raw%}{{tmgrid_dt}}{%endraw%}"
77
+
78
+ [job]
79
+ partition = "compute"
80
+ nodes = 4
81
+ ntasks = 32
82
+ walltime = "02:00:00"
83
+ ```
84
+
85
+ この例では 5 x 2 = 10 個の run が生成される。
86
+
87
+ ## 生成結果の確認
88
+
89
+ ```bash
90
+ # run 一覧を表示
91
+ runops runs list
92
+ runops runs list runs/sheath/angle_scan
93
+
94
+ # 生成数と設定を確認
95
+ runops runs status
96
+ ```
97
+
98
+ ## 生成後の次ステップ
99
+
100
+ ```bash
101
+ # 単一 run を投入
102
+ cd runs/test/basic/Rxxxxxxxx-xxxx
103
+ runops runs submit -qn <partition>
104
+
105
+ # survey 全体を投入 (/run-all スキル推奨)
106
+ cd runs/sheath/angle_scan
107
+ runops runs submit --all -qn <partition>
108
+ ```
109
+
110
+ ## 注意
111
+
112
+ - run ディレクトリを手で作らない (必ず `runops runs create` / `runops runs sweep` を使う)
113
+ - manifest.toml を手動編集しない
114
+ - input/ や submit/job.sh を直接作らない
115
+ - survey の run 数が多い場合は投入前に plan を出して承認を取る
116
+ - `runops runs submit --all --dry-run` で投入前に確認できる
117
+
118
+ ## `/note` で残すべきこと
119
+
120
+ run / survey 生成の前後で lab notebook に記録する:
121
+
122
+ - 何 run 生成したか (件数, 内訳, 命名規則)
123
+ - 想定総コスト (core-h, walltime)
124
+ - どの case を base にしたか, 上書きしたパラメータの一覧
125
+ - sweep 軸の意味付け (e.g. "vti を 1-19 eV にしたのは…")
126
+ - 投入前の commit hash (`git rev-parse HEAD`)
127
+
128
+ ```bash
129
+ runops notes append "Series A sweep 生成" - <<'EOF'
130
+ runs/series_A_flat_plate/ に 10 run.
131
+ base case: cases/emses/flat_plate, sweep 軸: ions[0].vti = 1..19 eV.
132
+ display_name: vti{vti}.
133
+ total core-h ≈ 64k. snapshot commit: 53a7e62.
134
+ EOF
135
+ ```
runops/templates/skills/debug-failed/SKILL.md ADDED
@@ -0,0 +1,38 @@
1
+ ---
2
+ name: debug-failed
3
+ description: Diagnose failed runs and propose fixes. Use when a run has failed and needs investigation.
4
+ ---
5
+
6
+ # 失敗した Run を診断する
7
+
8
+ ```bash
9
+ cd $ARGUMENTS
10
+ runops runs sync
11
+ runops runs status
12
+ runops runs log -e
13
+ runops runs log
14
+ ```
15
+
16
+ 必要なら `work/` 以下も確認:
17
+
18
+ ```bash
19
+ ls work/
20
+ tail -n 100 work/*.err
21
+ tail -n 100 work/*.out
22
+ ```
23
+
24
+ ## 判断の目安
25
+
26
+ | failure_reason | 対処 |
27
+ |---|---|
28
+ | `timeout` | walltime 延長候補 |
29
+ | `oom` | メモリ増加または問題サイズ縮小 |
30
+ | `preempted` | 同条件再投入 |
31
+ | `exit_error` | log / err を確認してから判断 |
32
+
33
+ ## retry の進め方
34
+
35
+ - case.toml または survey.toml を修正して新しい run を生成する
36
+ - 同じ run の試行回数が 3 回前後に達したら、自動 retry を止めて原因を要約する
37
+
38
+
runops/templates/skills/learn/SKILL.md ADDED
@@ -0,0 +1,54 @@
1
+ ---
2
+ name: learn
3
+ description: Save knowledge insights and structured facts from experiment results. Use after analyzing runs to capture findings. Reads notes/ first to gather raw material before crystallizing.
4
+ ---
5
+
6
+ # 実験結果から知見を記録する
7
+
8
+ `/learn` は curated knowledge (`.runops/insights/`, `.runops/facts.toml`)
9
+ への永続化スキル。これに対して `/note` は raw な lab notebook (`notes/`) への
10
+ 時系列追記。`/learn` は **`/note` の中身を素材として利用** する関係になる。
11
+
12
+ ## 手順
13
+
14
+ 1. **`notes/` を素材として集める** (curated knowledge を作る前段)
15
+ - `runops notes list` で最近の lab notebook 日付を確認
16
+ - 関連するテーマの `runops notes show <YYYY-MM-DD>` で読む
17
+ - 散らばった観察・仮説・反例・却下案を集める
18
+ 2. 完了した run の結果 (`runops analyze summarize`, ログ, 出力) を読む
19
+ 3. 新たに分かったこと・期待と異なる結果を特定する
20
+ 4. 知見の種類を判断する (constraint / result / analysis / dependency)
21
+ 5. 出処になった `notes/<date>.md` の日付を insight 本文に書き残す
22
+ (後から検証可能・raw material trail として)
23
+
24
+ ## 人向け知見の保存
25
+
26
+ ```bash
27
+ runops knowledge save <name> -t <type> -s <simulator> -m "<内容>"
28
+ ```
29
+
30
+ タイプ: `constraint`, `result`, `analysis`, `dependency`
31
+
32
+ 例:
33
+
34
+ ```bash
35
+ runops knowledge save mag_scan_summary -t result -s emses \
36
+ -m "磁場角度 0-90 度のサーベイ。45度で最もイオン加速が効率的。"
37
+ ```
38
+
39
+ ## 機械可読な fact の追加
40
+
41
+ ```bash
42
+ runops knowledge add-fact "<claim>" \
43
+ -t <type> -s <simulator> \
44
+ --param-name <param> --scope-text "<scope>" \
45
+ --evidence-kind <kind> --evidence-ref <ref> \
46
+ -c <confidence> --tags "<tags>"
47
+ ```
48
+
49
+ タイプ: `observation`, `constraint`, `dependency`, `policy`, `hypothesis`
50
+
51
+ - `high` confidence は複数 run の再現か deterministic 確認がある場合だけ使う
52
+ - 既存 fact を修正するときは `--supersedes fNNN` を使う
53
+ - 外部 source から同期された candidate fact は `runops knowledge facts` で確認できる
54
+ - 採用する candidate fact は `runops knowledge promote-fact <source>:<fact_id>` で local fact に昇格する