pynmrstar 3.3.5__pp39-pypy39_pp73-macosx_11_0_arm64.whl

pynmrstar/reference_files/comments.str

@@ -0,0 +1,538 @@
+data_1
+
+save_comment
+   _Saveframe_category.sf_category  comment
+   loop_
+        _comment.comment
+        _comment.every_flag
+        _comment.category
+        _comment.tagname
+
+
+;
+#######################
+#  Entry information  #
+#######################
+
+
+;
+        N entry_information .
+
+
+;
+###############
+#  Citations  #
+###############
+
+
+;
+	N citations 	.
+        
+
+
+;
+#############################################
+#  Molecular system (assembly) description  #
+#############################################
+
+
+;
+	N assembly       .
+
+
+
+;
+    ####################################
+    #  Biological polymers and ligands #
+    ####################################
+
+
+;
+	N entity   .
+
+
+
+
+;
+    #################################
+    #  Polymer residues and ligands #
+    #################################
+
+
+;
+	N      chem_comp         .
+	
+
+
+;
+    ####################
+    #  Natural source  #
+    ####################
+
+
+;
+	N        natural_source 		.
+	
+
+
+;
+    #########################
+    #  Experimental source  #
+    #########################
+
+
+;
+	N        experimental_source 	.
+	
+
+
+;
+#####################################
+#  Sample contents and methodology  #
+#####################################
+	 
+    ########################
+    #  Sample description  #
+    ########################
+
+
+;
+	N        sample 		.
+	
+
+
+
+
+;
+#######################
+#  Sample conditions  #
+#######################
+
+
+;
+	N        sample_conditions 	.
+
+
+
+;
+    #############################
+    #  Purity of the molecules  #
+    #############################
+
+
+;
+	N         molecule_purity         .
+	
+
+
+;
+####################
+#  NMR parameters  #
+####################
+
+    ##############################
+    #  Assigned chemical shifts  #
+    ##############################
+
+	################################
+	#  Chemical shift referencing  #
+	################################
+
+
+;
+	N         chem_shift_reference 	.
+
+
+
+;
+     ###################################
+     #  Assigned chemical shift lists  #
+     ###################################
+
+###################################################################
+#       Chemical Shift Ambiguity Index Value Definitions          #
+#                                                                 #
+# The values other than 1 are used for those atoms with different #
+# chemical shifts that cannot be assigned to stereospecific atoms #
+# or to specific residues or chains.                              #
+#                                                                 #
+#   Index Value            Definition                             #
+#                                                                 #
+#      1             Unique (including isolated methyl protons,   #
+#                         geminal atoms, and geminal methyl       #
+#                         groups with identical chemical shifts)  #
+#                         (e.g. ILE HD11, HD12, HD13 protons)     #
+#      2             Ambiguity of geminal atoms or geminal methyl #
+#                         proton groups (e.g. ASP HB2 and HB3     #
+#                         protons, LEU CD1 and CD2 carbons, or    #
+#                         LEU HD11, HD12, HD13 and HD21, HD22,    #
+#                         HD23 methyl protons)                    #
+#      3             Aromatic atoms on opposite sides of          #
+#                         symmetrical rings (e.g. TYR HE1 and HE2 #
+#                         protons)                                #
+#      4             Intraresidue ambiguities (e.g. LYS HG and    #
+#                         HD protons or TRP HZ2 and HZ3 protons)  #
+#      5             Interresidue ambiguities (LYS 12 vs. LYS 27) #
+#      6             Intermolecular ambiguities (e.g. ASP 31 CA   #
+#                         in monomer 1 and ASP 31 CA in monomer 2 #
+#                         of an asymmetrical homodimer, duplex    #
+#                         DNA assignments, or other assignments   #
+#                         that may apply to atoms in one or more  #
+#                         molecule in the molecular assembly)     #
+#      9             Ambiguous, specific ambiguity not defined    #
+#                                                                 #
+###################################################################
+
+;
+	N        assigned_chemical_shifts       .
+
+
+
+;
+    ########################
+    #  Coupling constants  #
+    ########################
+
+
+;
+	N         coupling_constants             .
+	
+
+;
+    #########################
+    #  Spectral peak lists  #
+    #########################
+
+
+;
+	N         spectral_peak_list          .
+	
+
+;
+    ####################################
+    #  Chemical shift isotope effects  #
+    ####################################
+
+
+;
+	N         chem_shift_isotope_effect       .
+	
+
+;
+    #####################################################
+    #  Molecule interaction chemical shift differences  #
+    #####################################################
+
+
+;
+	N         chem_shift_interaction_diff             .
+	
+
+;
+    ###############################
+    #  Chemical shift anisotropy  #
+    ###############################
+
+
+;
+	N         chem_shift_anisotropy             .
+	
+
+;
+    #################################
+    #  Theoretical chemical shifts  #
+    #################################
+
+
+;
+	N        theoretical_chem_shifts             .
+	
+
+;
+    ################################
+    #  Residual dipolar couplings  #
+    ################################
+
+
+;
+	N        RDCs             .
+	
+
+;
+    ################################
+    #  Dipolar coupling constants  #
+    ################################
+
+
+;
+	N        dipolar_couplings             .
+	
+
+;
+    #############################
+    #  Spectral density values  #
+    #############################
+
+
+;
+	N        spectral_density_values             .
+	
+
+;
+    #########################
+    #  Other kinds of data  #
+    #########################
+
+
+;
+	N        other_data_types             .
+	
+
+
+
+;
+########################
+#  Kinetic parameters  #
+########################
+
+    #############################
+    #  Hydrogen exchange rates  #
+    #############################
+
+
+;
+	N        H_exch_rates             .
+	
+
+;
+    ##########################################
+    #  Hydrogen exchange protection factors  #
+    ##########################################
+
+
+;
+	N        H_exch_protection_factors             .
+	
+
+;
+    ############################
+    #  Homonuclear NOE values  #
+    ############################
+
+
+;
+	N      homonucl_NOEs             .
+	
+
+;
+    ##############################
+    #  Heteronuclear NOE values  #
+    ##############################
+
+
+;
+	N        heteronucl_NOEs             .
+	
+
+;
+    ########################################
+    #  Heteronuclear T1 relaxation values  #
+    ########################################
+
+
+;
+	N        heteronucl_T1_relaxation             .
+	
+
+;
+    ###########################################
+    #  Heteronuclear T1rho relaxation values  #
+    ###########################################
+
+
+;
+	N        heteronucl_T1rho_relaxation             .
+	
+
+
+;
+    ########################################
+    #  Heteronuclear T2 relaxation values  #
+    ########################################
+
+
+;
+	N        heteronucl_T2_relaxation             .
+	
+
+;
+    #####################################
+    #  Dipole-dipole relaxation values  #
+    #####################################
+
+
+;
+	N        dipole_dipole_relaxation             .
+	
+
+;
+    #########################################
+    #  Cross correlation relaxation values  #
+    #########################################
+
+
+;
+	N        cross_correlations             .
+	
+
+;
+    ######################
+    #  Order parameters  #
+    ######################
+
+
+;
+	N        order_parameters             .
+	
+
+;
+    #######################
+    #  pH titration data  #
+    #######################
+
+
+;
+	N        pH_titration             .
+	
+
+;
+    ##############################################
+    #  Deuterium/Hydrogen fractionation factors  #
+    ##############################################
+
+
+;
+	N        D_H_fractionation_factors             .
+	
+
+;
+    ##########################################
+    #  Deduced secondary structure features  #
+    ##########################################
+
+
+;
+	N        secondary_struct_features             .
+	
+
+;
+    ############################
+    #  Deduced hydrogen bonds  #
+    ############################
+
+
+;
+	N        deduced_hydrogen_bonds             .
+	
+
+
+;
+
+##############################
+#  Structure determinations  #
+##############################
+
+    ##########################
+    #  Conformer statistics  #
+    ##########################
+
+
+;
+	N        conformer_statistics             .
+	
+
+
+;
+###########################
+#  Constraint Statistics  #
+###########################
+
+
+;
+	N        constraint_statistics  .
+	
+
+
+;
+    ##########################################
+    #  Representative conformer coordinates  #
+    ##########################################
+
+
+;
+	N        representative_conformer       .
+	
+
+
+;
+    #####################################
+    #  Conformer family coordinate set  #
+    #####################################
+
+
+;
+	N        conformer_family_coord_set             .
+	
+
+
+;
+##########################
+#  Distance Constraints  #
+##########################
+
+
+;
+	N        distance_constraints 	.
+	
+
+;
+#########################
+#  Experimental detail  #
+#########################
+
+    ##################################
+    #  NMR Spectrometer definitions  #
+    ##################################
+
+
+;
+	N        NMR_spectrometer .
+
+.       N       NMR_spectrometer_list .
+
+;
+    #############################
+    #  NMR applied experiments  #
+    #############################
+
+
+;
+	N        experiment_list 	.
+	
+.       N       NMR_spectrometer_expt .
+
+;
+############################
+#  Computer software used  #
+############################
+
+
+;
+	N        software 	.
+	
+
+
+
+     stop_
+save_
+

pynmrstar/reference_files/data_types.csv

@@ -0,0 +1,24 @@
+any,.*,A catch all for items that may take any form...
+atcode,"[\[\] _(),.;:""&<>/\{}'`~!@#$%?+=*A-Za-z0-9|^-]*",Character data type for atom names ...
+binary,"\n--CIF-BINARY-FORMAT-SECTION--\n\ [][ \n\t()_,.;:""&<>/\{}'`~!@#$%?+=*A-Za-z0-9|^-]*\ \n--CIF-BINARY-FORMAT-SECTION----","binary items are presented as MIME-like ascii-encoded sections in an imgCIF. In a CBF, raw octet streams are used to convey the same information."
+code,"[_,.;:""&<>()/\{}'`~!@#$%A-Za-z0-9*|+-]*",code item types/single words ...
+email,"(?:[a-zA-Z0-9!#$%&'*+/=?^_`{|}~-]+(?:\.[a-z0-9!#$%&'*+/=?^_`{|}~-]+)*|""(?:[\x01-\x08\x0b\x0c\x0e-\x1f\x21\x23-\x5b\x5d-\x7f]|\\[\x01-\x09\x0b\x0c\x0e-\x7f])*"")@(?:(?:[a-z0-9](?:[a-z0-9-]*[a-z0-9])?\.)+[a-z0-9](?:[a-z0-9-]*[a-z0-9])?|\[(?:(?:(2(5[0-5]|[0-4][0-9])|1[0-9][0-9]|[1-9]?[0-9]))\.){3}(?:(2(5[0-5]|[0-4][0-9])|1[0-9][0-9]|[1-9]?[0-9])|[a-z0-9-]*[a-z0-9]:(?:[\x01-\x08\x0b\x0c\x0e-\x1f\x21-\x5a\x53-\x7f]|\\[\x01-\x09\x0b\x0c\x0e-\x7f])+)\])?",An email address
+fax,\+?[0-9A-Za-z.()\s\-/]*,code item types/single words (case insensitive) ...
+float,(?:-?[0-9]*\.?[0-9]+(?:[eE][-+]?[0-9]+)?)?,int item types are the subset of numbers that are the floating numbers.
+float-range,-?(([0-9]+)[.]?|([0-9]*[.][0-9]+))([(][0-9]+[)])?([eE][+-]?[0-9]+)?(--?(([0-9]+)[.]?|([0-9]*[.][0-9]+))([(][0-9]+[)])?([eE][+-]?[0-9]+)?)?,int item types are the subset of numbers that are the floating numbers.
+framecode,"[.;:""&<>(){}'`~!$%A-Za-z0-9*|+-][_.;:""&<>(){}'`~!$%A-Za-z0-9*|+-]*",A value that points to a saveframe.
+idname,[_A-Za-z0-9]+,idname item types take the form...
+int,(?:-?[0-9]*)?,int item types are the subset of numbers that are the negative or positive integers.
+int-range,-?[0-9]+(--?[0-9]+)?,int item types are the subset of numbers that are the negative or positive integers with optional range.
+line,"[\[\] \t_(),.;:""&<>/\{}'`~!@#$%?+=*A-Za-z0-9|^-]*",char item types / multi-word items ...
+name,_[_A-Za-z0-9]+\.[][_A-Za-z0-9%-]+,name item types take the form...
+phone,\+?[0-9A-Za-z.()\s\-/]+,code item types/single words (case insensitive) ...
+symop,([1-9]|[1-9][0-9]|1[0-8][0-9]|19[0-2])(_[1-9][1-9][1-9])?,"symop item types take the form n_klm, where n refers to the symmetry operation that is applied to the coordinates in the ATOM_SITE category identified by _atom_site_label. It must match a number given in _symmetry_equiv_pos_site_id. k, l, and m refer to the translations that are subsequently applied to the symmetry transformed coordinates to generate the atom used. These translations (x,y,z) are related to (k,l,m) by k = 5 + x l = 5 + y m = 5 + z By adding 5 to the translations, the use of negative numbers is avoided."
+text,"[\[\] \n\t()_,.;:""&<>/\{}'`~!@#$%?+=*A-Za-z0-9|^-]*",text item types / multi-line text ...
+uchar1,[+]?[A-Za-z0-9],data item for 1 character codes
+uchar3,[+]?[A-Za-z0-9]?[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9],data item for 3 character codes
+ucode,"[_,.;:""&<>()/\{}'`~!@#$%A-Za-z0-9*|+-]*",code item types/single words (case insensitive) ...
+uline,"[\[\] \t_(),.;:""&<>/\{}'`~!@#$%?+=*A-Za-z0-9|^-]*",char item types / multi-word items (case insensitive)...
+yes_no,(?:yes|no)?,data item for boolean codes that have values of 'yes' or 'no'
+yyyy-mm-dd,[0-9]?[0-9]?[0-9][0-9]-[0-9]?[0-9]-[0-9][0-9],Standard format for CIF dates.
+yyyy-mm-dd:hh:mm,[0-9]?[0-9]?[0-9][0-9]-[0-9]?[0-9](-[0-9]?[0-9])?(:[0-9]?[0-9]:[0-9][0-9])?,Standard format for CIF dates with optional time stamp.